이유
1. 처분개요 가. 청구법인의 대표이사 AAA(이하 “이 건 대표이사”라 한다)은 2018.2.5. 청구법인의 주식 50%를 보유하고 있던 상태에서 BBB으로부터 나머지 주식 50%(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 추가로 취득하여 청구법인 지분 100%를 보유하게 되었는데, 그 당시 청구법인은 2017.12.12. 마지막 등기를 한 날로부터 5년(2012.7.27.∼2017.7.26.) 동안 등기를 하지 아니하여 「상법」제520조의2 제1항에 따라 해산간주법인 등기가 이루어진 상태였다. 나. 청구법인은 2019.10.28. 서울특별시 관악구 OOO 토지 195㎡ 및 그 지상 주택(이하 “이 건 주택”이라 한다)을 취득하고, 같은 날 매매가액 OOO원에 표준세율을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다. 다. 청구법인은 2020.11.2. 이 건 주택을 멸실한 후 지하 1층 ∼ 지상 4층 연면적 406.75㎡ 건축물(이하 “이 건 건물”이라 하고 이 건 주택과 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 신축하여 취득하고, 2020.11.24. 이 건 건물의 공사비 OOO원을 과세표준으로 하고 원시취득에 따른 세율을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다. 라. 처분청은 이 건 대표이사가 2018.2.5. 해산간주법인인 청구법인의 주식 50%를 추가로 취득하여 과점주주(100%)가 된 것은 「지방세법 시행령」제27조 제2항 및 같은 조 제1항 제2호에 따라 이 건 대표이사가 같은 날 휴면법인을 인수한 것으로 보고, 청구법인의 쟁점부동산 취득을 대도시 내에서 휴면법인을 인수한 후 5년 내 쟁점부동산을 취득한 경우에 해당한다고 보아, 2024.9.10. 청구법인에게 「지방세법」제13조 제2항 제1호에 따른 세율을 적용하여 산출한 취득세 등에서 기 납부한 취득세 등을 차감한 취득세 등 합계 OOO원을 아래 <표1>과 같이 부과·고지하였다. <표1> 취득세 등 부과·고지 내역 (단위 : 원) ○○○ 마. 청구법인은 이에 불복하여 2024.12.3. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 실질과세원칙에 따라 청구법인은 휴면법인으로 볼 수 없다. 대도시 내에서 휴면법인 인수 이후 해당 휴면법인이 부동산을 취득하는 경우 취득세를 중과하는 이유는 사업을 하지 않는 법인을 인수하여 취득세 중과를 회피하는 것을 방지하기 위함이다. 그러나 실제 청구법인이 영위하는 사업이 있었다면 이는 휴면법인에 해당한다고 볼 수 없다. 또한, 대법원은 “휴면법인의 인수”를 “법인의 설립”과 동일하게 보아 취득세 중과세 대상으로 삼고 있는 것은, 법인을 설립하는 대신에 휴면법인의 주식 전부를 매수한 다음 법인의 임원, 자본, 상호, 목적사업 등을 변경함으로써 실질적으로는 법인설립의 효과를 얻으면서도 대도시내 법인 설립에 따른 부동산 취득시 등록세 또는 취득세의 중과를 회피하는 행위가 성행함에 따라 이를 규제하기 위한 것이다라고 판시하기도 하였다. 청구법인은 2018.2.5. 이 건 대표이사가 주식 50%를 추가로 취득하여 과점주주가 되기는 하였으나, 2018.2.5. 임원, 자본, 상호, 목적사업 등의 변동이 없고, 지속적으로 사업을 영위해 왔으므로 판례에서 정의한 휴면법인에 해당하지 않는다. 특히, 청구법인이 「상법」에 따른 해산간주법인인 것은 맞으나, 그 당시 사업을 계속 운영하고 있었으므로, 휴면법인이라고 볼 수 없다. 조세심판원은 ‘사업실적’에 관하여 반드시 부가가치세 과세표준이 되는 매출·매입 실적이나 손익계산서상의 매출만을 의미한다고 보기는 어렵다고 판단한바 있다(조심 2010지592, 2011.9.16.). 그런데 청구법인은 부가세신고, 법인세신고, 건보료납부 등 법에서 정한 신고의무를 이행하고 있었다. 또한 이 건 대표이사는 2017년 당시 OOO 토지개발사업을 진행하고 있었고, 회사에 자금이 부족하여 대표이사 사재로 설계비 OOO원을 지급하기도 하였다. 즉 청구법인은 2017년 전후로 사업실적이 있었으므로, 휴면법인에 해당한다고 볼 수 없다. (2) 쟁점주식은 이 건 대표이사가 제3자에게 명의신탁한 주식에 해당하므로, 쟁점주식의 취득으로 인하여 청구법인의 과점주주가 되었다고 볼 수 없고, 따라서 휴면법인의 인수에 해당하지 않는다. 청구법인 설립 당시 발기인 총회의사록을 살펴보면, 발기인총수 1명, 이의 인수주식총수 OOO주라고 표현되어 있는데, 이는 이 건 대표이사가 발기인으로서 설립당시 발행한 주식 OOO주 전부를 인수함을 의미한다. 또한 예금잔액증명서에 의하면, 위 주식의 주금도 이 건 대표이사가 납입한 사실도 확인된다. 다만 청구법인 설립 당시 대표이사는 주금 납입액을 청구법인 계좌로 입금하지 않고, 본점 임차보증금 OOO원을 청구법인 대표이사가 개인통장에서 2011.7.19.에 직접 입금하였고, 이는 회계처리 내역에서 확인된다. 이와 관련하여 청구법인 감사이자 쟁점주식의 형식적 소유자였던 BBB의 확인서도 증빙으로 제시하였다. 따라서 쟁점주식은 원래 이 건 대표이사의 소유이나 다만 명의만 BBB 명의로 되어 있었을 뿐이므로, 2018.2.5. 쟁점주식의 인수를 휴면법인의 인수라고 볼 수 없다. (3) 설령, 청구법인의 쟁점부동산 취득이 중과세 대상에 해당한다고 하더라도 행정법원 판례에 따라 쟁점주식 취득 비율에 한하여 중과세율이 적용되어야 한다. 서울행정법원 2022.10.28. 선고 2021구합75016 판결은 휴면법인의 인수 시점에 관하여 다음과 같이 판시한바 있다. <판결서 내용 중 발췌>구 지방세법 시행령 제27조 제2항(이하 ‘종전 시행령 규정’이라 한다)은 “법 제13조 제2항 제1호에 따른 휴면법인의 인수로 보는 범위는 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인의 과점주주가 된 때 과점주주가 인수한 주식등의 비율로 한다.”고 규정하였다. 위 종전 시행령 규정은 2017.12.29. “법 제13조 제2항 제1호에 따른 휴면법인의 인수는 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에서 최초로 그 법인의 과점주주가 된 때 이루어진 것으로 본다.”고 개정(대통령령 제28524호, 2018.1.1. 시행, 이하 위와 같이 개정된 규정을 ‘개정 시행령 규정’이라 한다)되었으나, 그 부칙 제3조에서 “이 영 시행 전에 종전의 제27조 제2항에 따라 과점주주가 된 자에 대해서는 제27조 제2항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.”고 정하고 있으므로, 2018.1.1. 이전에 1차 법인 인수 및 2차 법인 인수가 이루어진 이 사건에서는 종전 시행령 규정이 적용된다.
한편 종전 시행령 규정이 위와 같이 개정된 이유는 수도권 내에서 휴면법인을 인수하는 경우 새로운 법인의 설립과 동일하게 보아 취득세 및 등록면허세를 중과세하는데, 중과 범위가 일반 신설법인과 다르고 적용시점이 모호한 점이 있기 때문이다. 종전 시행령 규정에 의하면 중과제도는 주주가 아닌 법인 자체에 대한 과세임에도 휴면법인 인수관련 과점주주 비율만큼만 중과하게 되어 입법취지(중과세 회피 차단)나 과세체계에 맞지 않는 측면이 있고, 과점주주 지분 비율 기준으로 과세할 경우 휴면법인 인수 후 지분비율이 변동할 경우 중과적용 시점에 대한 혼선(예를 들어 휴면법인을 인수하고 과점주주 비율이 재차 변동한 이후 부동산 취득 시 부동산 취득시점인지 또는 휴면법인 인수 시점인지 등)이 발생한다.
따라서 개정 시행령 규정은 이러한 문제를 해결하기 위하여 ‘휴면법인의 인수는 휴면법인에 해당하는 법인에서 최초로 그 법인의 과점주주가 된 때 이루어진 것’이라는 점을 명확히 한 것으로, 지방세법상 휴면법인 인수시기에 대한 판단에 있어 종전 시행령 규정과 달리 보는 것이 아니고 단지 문언해석상 혼선이 있는 부분을 명확히 한 것일 뿐이다. 이러한 개정 취지에 따라 종전 시행령 규정에 따라 휴면법인을 인수한 경우 역시 ‘최초 인수시점’을 기준으로 해당 과점주주 비율만큼 중과세 적용을 받게 된다.
그리고 위 입법취지에 비추어 보면, 위에서 언급한 ‘최초 인수시점’은 한 명의 과점주주를 기준으로 그 과점주주가 최초로 과점주주가 된 때를 의미하는 것이므로, 대도시 부동산 취득에 관한 중과세 기간의 적용을 받는 도중 과점주주 변경이 이루어진 경우, 즉 법인의 설립(휴면법인 인수) 이후 5년 이내에 부동산 취득을 하였는데 그 부동산 취득 전에 과점주주 변경이 이루어진 경우에는 과점주주 별로 과점주주가 된 때(최초 인수시점)에 해당 법인이 휴면법인이었는지 여부를 각기 판단하여야 한다고 봄이 상당하다. 따라서 설령 ‘변경 후 과점주주’가 법인을 인수할 때를 기준으로는 휴면법인이 아닌 경우라 하더라도 ‘변경 전 과점주주’가 법인을 인수할 때를 기준으로 휴면법인인 경우에는 ‘변경 전 과점주주’의 법인 인수 시점을 기준으로 중과세 적용대상인 부동산 취득이 있는지 여부를 살펴야 할 것이다.
만약 이와 달리 변경이 이루어진 후의 과점주주(= 중과세 대상 부동산 취득 당시 과점주주)가 최초로 법인을 인수한 때만을 기준으로 휴면법인이었는지 여부를 판단한다면, ‘휴면법인의 인수’가 이루어진 이후 5년 이내에 해당 법인이 대도시 부동산을 취득함으로써 중과세 적용대상이 되어야 하는 경우에도, 단지 부동산 취득 당시 과점주주가 해당 법인을 인수한 때에는 이전의 사업 실적이 있어 휴면법인이 아니었다는 이유만으로 중과세를 면하는 불합리한 결과가 발생한다. 수도권 내에서 휴면법인을 인수하는 경우 새로운 법인의 설립과 동일하게 보아 취득세를 중과세하고 있는 점, 그런데 ‘법인 설립(신설)’ 이후 5년 이내에 해당 법인이 대도시 부동산을 취득한 경우에는 해당 법인의 주주 변동이 있는지를 따지지 않고 중과세 적용대상이 되는 점을 고려할 때, ‘휴면법인의 인수’ 이후 5년 이내에 해당 법인이 대도시 부동산을 취득한 경우에도 해당 법인의 과점주주 변동과 무관하게 중과세 적용대상이 되도록 해석하는 것이 균형에 부합하는 합리적인 해석이라 할 것이다. |