이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 1996년 9월 부산광역시 해운대구 OOO에서 개업하여 자동제어계측장치ㆍ냉난방열교환기 제조업 등을 영위하는 법인사업자이다.

나. 부산지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.7.25.부터 2024.10.31.까지 청구법인에 대한 2019.1.1.부터 2023.12.31.까지 과세기간에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 도관업체를 설립하여 실제 거래 없이 거짓세금계산서를 수취하는 방법으로 가공경비를 계상하여 법인자금을 유출한 후 이를 사주일가에게 귀속시키고, 2017~2019사업연도에 청구법인 명의의 “인덕티브 센스 회로 특허권 외 2건의 특허권”(아래 ＜표1＞, 이하 “쟁점특허권”이라 한다)을 양도받은 대가로 A에게 OOO원(이하 “쟁점보상금”이라 한다)을 지급한 후, 2017~2019사업연도 법인세 신고 시 쟁점특허권을 무형자산으로 계상하고 쟁점보상금을 손금산입하여 법인세를 신고ㆍ납부한 사실을 확인하였다.

＜표1＞ 쟁점특허권 내역

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다. 조사청은 청구법인이 거짓세금계산서를 수취하는 방법으로 가공경비를 계상하고, A으로부터 쟁점특허권을 취득하는 방법으로 청구법인의 자금을 부당하게 사외유출한 것으로 보아 관련 조사결과를 처분청에 통지하였고, 이에 따라 처분청은 2025.2.12. 청구법인에게 아래 ＜표2＞와 같이 2019~2023사업연도 법인세 합계 OOO원, 2019년 제1기부터 2023년 제1기까지 부가가치세 합계 OOO원을 경정ㆍ고지하고, 2019~2023년 과세기간 동안 합계 OOO원을 A(OOO원) 및 B(OOO원)의 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.

＜표2＞ 이 건 처분 내역

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라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.5.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) A이 청구법인으로부터 A의 계좌로 송금을 받아 수령한 금액인 OOO원은 급여로서 이는 청구법인의 부외인건비이므로 손금으로 인정되어야 한다.

(가) A은 청구법인의 연구개발을 담당하는 기술연구소의 책임 연구소장으로서 회사의 매출 및 이익 창출은 전적으로 A의 연구개발과 그에 따른 기술력에 의한 것이고, A은 청구법인의 설립일인 1997년 9월경부터 청구법인의 연구개발을 담당하면서 약 65개의 특허권, 디자인권의 발명자 및 창작자로서 청구법인의 발전 및 성장과 기술력은 모두 A의 연구개발 덕분이다.

(나) 청구법인은 A에게 연구개발의 역할에 상당하는 연구개발에 대한 급여를 별도로 설립된 개인회사인 OOOㆍOOOㆍOOO(이하 “OOO”이라 한다)에 의하여 조성된 금액으로 A 본인의 금융기관 계좌로 매월 정기적으로 지급하였고, 2019∼2023년 기간동안 OOO으로부터 조성된 자금으로 지급한 A에 대한 추가급여는 OOO원이다.

(다) A은 청구법인의 최대주주가 아니고, 이 건 OOO 가공업체의 설립이나 가공세금계산서 수수에 직접 관여한 바도 없으며, 특히 위 추가급여는 직접 A의 계좌로 송금받아 급여 부분에서는 적극적 소득은닉 행위를 한 것도 아니며, 위 부외인건비 OOO원 지급에 대하여 A 본인이 직접 지시한 바도 없다.

(라) 따라서, A의 연구개발 성과에 상당하는 급여가 비록 가공세금계산서에 의하여 조성되었다고 하더라도 ① 해당 금액은 A 본인의 실명 금융기관계좌로 매월, 정기적으로 송금되어 급여 부분에서는 적극적 소득은닉 행위에 해당되지 아니하는 「법인세법」상의 인건비에 해당하고, ② 급여 금액도 매월 일정 금액을 지급하여 이는 사실상 급여로 보아야 하며, ③ A은 청구법인의 주주명부에서 확인되는 바와 같이 청구법인의 최대주주도 아니며, A 본인이 부외인건비 지급에 직접 관여한 것도 아니므로 A에게 추가로 지급한 부외인건비 OOO원은 회사의 급여로 손금 인정되어야 할 것이다.

(2) 쟁점특허권 양도에 대한 상여처분액 OOO원은 전액 상여처분액에서 제외되어야 하며, 만일 처분청 의견대로 상여처분 한다면 2017.3.28.에 지급된 선급금 OOO원은 5년의 부과제척기간이 경과하였으므로 이를 차감한 OOO원만 2019년 귀속분으로 상여처분하여야 한다.

(가) 청구법인과 A은 특허권과 관련하여 2010.6.3.자 계약에 따라 특허 출원과 관련하여 특허권자를 청구법인으로 하고, 발명자인 A에게 특허에 대한 대가를 2016년 이후에 지급하기로 하고, 특허권 평가액은 쌍방 협의에 의하여 평가기관의 평가액으로 하기로 계약하였다.

(나) 위 계약서 조항에 따라 특허권이 제품에 적용되어 양산됨에 따라 2017.3.28.자로 특허권 양도계약서(잠정 평가액 OOO원)를 체결하고, 우선 2017.3.28.자로 OOO원을 선지급하는 것으로 회계처리하고, 이후 평가액 확정 시 차액은 별도로 지급하기로 하였다.

(다) 이에 따라 2018.1.31.자로 기술보증기금으로부터 쟁점특허권 기술가치를 OOO원으로 평가받고, 2018.6.28.자로 특허 양도계약서를 체결하였으며, 2019.3.31.자로 특허권을 회계처리하고, 2017.3.28. 지급한 선급금 OOO원은 상계처리, 특허권에 대한 기타소득 원천징수액 OOO원을 예수금으로 처리한 후, 특허권 양도대가 미지급금 잔액 OOO원을 2019.12.31. 지급하였다.

(라) 위 특허권에 대한 회계처리 내역은 아래 ＜표3＞과 같고, 특히, 쟁점특허권에 대한 선금금 OOO원은 2017.3.28.자로 주임종 단기채권과 상계하여 지급되었다.

＜표3＞ 특허권에 대한 회계처리 내역

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(마) 이와같이 쟁점특허권은 비록 청구법인 명의로 먼저 등록을 하였으나, 정상적인 계약과 평가를 거친 특허권 취득으로 보아야 하므로 특허권양도에 대한 처분청의 2019년 귀속 OOO원의 상여처분은 부당하고, ② 만일 처분청 의견대로 특허권을 부인하여 익금 산입하여 상여처분하는 경우, 특허권 가액 중 선급금 OOO원은 2017.3.28.자로 회계처리 되었으므로 이는 2017년 귀속분 상여로 서 5년의 부과제척기간이 경과하여 나머지 OOO원만 2019년 귀속 상여로 소득처분하여야 한다.

(3) 익금에 산입한 금액이 사외유출된 것이 분명한 경우는 그 귀속자에게 상여처분하여야 하는바, 처분청이 현금 등으로 인출되어 귀속이 불분명한 것으로 보아 A에게 상여로 소득처분한 금액 OOO원은 B의 지시에 따라 작성된 송금리스트애서 확인되는 비율인 A 및 B 각 50%로 재계산하여 그 차액 OOO원은 A이 아닌 B의 상여로 소득처분하여야 한다.

(가) 처분청은 청구법인에서 사외유출된 금액 중 계좌 등으로 인출된 금액은 귀속이 분명한 것으로 보아 귀속자인 A과 B에게 상여처분하고, 현금으로 출금되는 등 그 귀속자를 알 수 없는 금액 OOO원은 귀속이 불분명한 것으로 보아 「법인세법 시행령」 제106조 제1항 제1호 단서에 따라 대표이사가 아닌 A을 실사주로 판단하여 A에게 상여로 소득처분하였으나, 위 금액은 다음과 같이 B이 전액 출금한 것으로 확인되므로 이는 B의 상여로 소득처분하여야 한다.

1) 2024.10.25.자 청구법인의 경리 책임자 C 대리의 문답서에 의하면 현금 인출액(또는 현금 지급액)은 해당 금액을 B에게 지급하였다고 진술하고 있다.

2) 청구법인 경리 책임자 C 대리가 현금을 B의 지시에 따라 큰딸 D에게 지급 시 D이 C 대리에게 현금 수령을 위하여 상호 소통한 C 대리와 D 간의 카톡 대화자료를 보더라도 현금 인출액 전부는 B 측이 수령하여 가져간 것이 명확하다.

3) B의 지시에 따라 청구법인의 경리팀에서 작성한 월별 송금리스트를 보더라도 A과 B에게 지급하는 금액은 각각 50%씩이고, A(그의 특수관계인 배우자 E 포함)에게는 전부 계좌로 이체하고, B에게는 큰딸인 D을 통하여 현금으로 지급한다고 표시되어 있는 것을 보더라도 현금 출금액은 전부 B이 가져간 것이 분명하다.

4) 2021.5.20.자 B이 경리담장에게 지시한 메모에 ‘매월 OOO원은 D or 집사람’이라고 기재한 것과 같이 B은 회사 출금액을 본인이나 본인의 큰딸인 D 또는 배우자 F를 통하여 현금으로 출금하여 가져갔다.

5) 특히 B이 현금을 가져갔음을 입증하는 자료는 처분청이 직접 확인한 것으로서 ① B이 현금을 가져갔다는 입증자료는 전부 처분청의 영치자료에 존재하고 있는 자료로서 처분청이 이를 확인하였고, ② 청구법인의 경리 책임자 C대리의 문답서는 처분청이 직접 문답을 거쳐 확인 내용이며, ③ B의 지시에 따라 청구법인의 경리팀에서 정리한 매월 송금리스트와 2021.5.20.자 B이 직접 경리에게 지시한 메모는 2024년 7월경 이 건 세무조사 착수시 청구법인에 대한 영치자료에서 확인되고, ④ 청구법인의 경리 책임자 C 대리와 현금을 수령한 B의 큰 딸 D 간의 카톡 대화 자료를 보더라도 현금은 전부 B이 가져 간 것이 명확하다.

(나) 따라서, 처분청이 현금 등으로 인출된 금액을 귀속이 불분명한 것으로 본 것은 부당하고, 현금 인출액 등은 여러 입증자료에서 보는 바와 같이 B이 수령한 것이므로 이는 사외유출된 것이 분명한 경우에 해당하여 이를 토대로 하여 A과 B에 대한 소득처분을 재계산하면 A과 B의 소득처분액은 각각 OOO원과 OOO원이 되며, 처분청의 A에 대한 상여처분 소득금액변동통지 금액과의 차액 OOO원은 A이 아닌 B의 상여처분액으로 경정되어야 한다.

(4) 설령 처분청 의견대로 OOO원을 귀속불분명 상여처분액으로 본다고 하더라도, A은 법인의 경영을 사실상 지배하고 있지 않으므로, 청구법인의 등기부등본상 대표이사인 G의 상여로 소득처분하여야 한다.

(가) A은 기술연구소의 책임연구 소장으로서 청구법인의 핵심인 연구개발 이외에는 다른 업무에 관여한 바가 없고, 특히 청구법인의 연구개발과 연구 관련 생산의 일부 결재 이외에는 영업·재무·관리 등 전반적인 내부 결재에 관여한 바가 없어 사실상 경영을 지배하고 있다고 볼 근거가 없는 반면, B은 청구법인의 영업·재무·관리 등 전반적인 업무를 담당하여 청구법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 자이다.

(나) 이 건 가공세금계산서 발급이나, 자금 관련 실무 일체를 B의 지시에 따라 수행한 C 경리담당 대리도 2024.10.25.자 문답서에서 경리, 자금 및 영업 부문은 전부 B이 최종 의사결정 및 결재한 것이라고 진술하였다.

(다) 가공업체인 성대의 명의상 대표이자 청구법인의 영업과장인 H의 2024.10.22.자 심문조서에서도 가공업체 설립, 세금계산서 발급 등 경리, 자금 부문은 B이 최종 의사결정 및 결재한 것이라고 진술하고 있다.

(라) 또한, 가공업체인 OOO의 명의상 대표인 I의 남편이자 청구법인의 본부장 겸 관리이사인 J의 2024.10.30.자 심문조서에서도 청구법인의 생산과 연구개발 이외의 재무, 관리, 영업, 인사 등 모든 업무를 B이 총괄하고 있다고 진술하고 있다.

(마) 한편, 처분청은 청구법인의 대표이사인 G가 2024.10.25.자 심문조서 제출 당시 청구법인의 최종 의사결정은 B이 한다고 하였다가, 이후 2024.10.28.자 심문조서에서는 세무조사가 조세범칙조사로 전환되어 본인이 피해를 입을 것을 염려하여 일부 진술을 번복한 것을 근거로 A을 실사주로 판단하였으나, 다음과 같이 G의 2024.10.28.자 심문조서 상의 일부 진술은 사실과 다르고, 2024.10.28.자 G 심문조서 내용을 보면, A을 실사주로 판단할 수 있는 명확한 근거는 없으므로, G 심문조서 만을 근거로 A을 실사주로 판단하는 것은 부당하다.

1) G는 2024.10.28.자 심문조서에서 “세무조사와 관련으로 잘못하면 본인이 전부 피해를 입을 것 같아서”라고 하여 본인의 책임 회피만을 생각하면서 청구법인 주식 지분 49%는 실제 본인 소유가 아니고 A 소유라고 하고 있으나, 2024.10.11. G와 A은 공증사무소를 재방문하여 2024.10.2. 작성한 주식명의신탁 확약서는 무효로 하고, 1998년 8월 청구법인 주식 4,900주를 취득한 당시 상호 합의한 실제 내용대로 2,900주만을 A이 G에게 주식명의신탁 하고, 2,900주에 대한 실질주주는 A이라고 하는 ‘주식명의신탁 확약서’를 다시 작성ㆍ날인한 후 이를 공증받았다.

따라서, 청구법인의 주식 지분 49%는 실제 본인 소유가 아니고 A 소유라는 G의 진술은 사실과 다르고(즉, 20%는 G 소유임), G는 2024.10.28.자로 진술을 일부 번복한 이후에도 2024.11.12. 및 2024.12.23.자로 주주권을 계속 행사한 바도 있으므로 청구법인의 지분 49%는 실제 본인 소유가 아닌 A 소유라고 하는 것은 사실과 다르다.

2) G는 청구법인의 2024.10.23.자 주주총회에서 ‘K 부장의 지분 3%를 G 지분으로 이전하는 내용’으로 주주총회를 개최하였다고 하는데, 이는 사실과 다르며, 당시 주주총회는 ① K의 사내이사 선임 건, ② 감사 L 선임의 건, ③ 회사 재산 일부 처분의 건 등 3건의 안건을 처리한 것으로 G가 주장하는 K 부장의 지분 3%를 G 지분으로 이전하여 G 지분을 52%로 만드는 내용의 주주총회가 아니며, 이는 당시 주주총회 의사록과 동영상에서 확인된다.

(바) B과 그 가족[D(B의 큰딸), M(B의 작은딸), N(D의 남편)]은 이 건 세무조사 기간 중 휴일에 3회에 걸쳐 청구법인에 무단으로 침입하여 B이 결재한 청구법인의 회계, 경리 및 본인이 직접 지시 및 결재한 서류와 자료 등 일체를 불법으로 절취하여 본인의 이 건에 대한 가공거래 기획 및 지시 등 실행 사실을 숨기고, 본인이 청구법인의 경영을 사실상 지배하고 있었던 사실을 입증하는 자료 등을 은닉한 사실을 보면, 청구법인의 경영을 사실상 지배한 것은 B이다.

위와 같이 청구법인의 경영을 사실상 지배한 것은 B이고, 청구법인이 비밀번호 등을 변경하였음에도 회계, 경리 및 본인이 직접 지시 및 결재한 서류와 자료 등을 추가로 절취하였으며, 3차 침입 시에는 1ㆍ2차 침입 시 절취 자료가 미흡하였는지 B이 직접 참여하여 D 및 N과 함께 2층, 3층, 5층 등 청구법인 전체를 거의 뒤지다시피 하여 추가로 관련 자료를 절취하였다.

(사) 한편, 「법인세법 시행령」(2008.2.22. 대통령령 제20619호로 개정되기 전의 것) 제106조 제1항 제1호 단서에서 규정하고 있는 소득처분에 따른 대표자에 대한 인정상여제도는 그 대표자에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라 법인에 의한 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정한 사실에 대해 그 실질에 관계 없이 무조건 대표자에 대한 상여로 간주하도록 하는 데에 그 취지가 있는 것으로서 이와 같은 경우 상여처분의 대상이 되는 법인의 대표자는 그 문면에 좇아 제한적으로 엄격히 해석하여야 하는바(OOO), 위 규정상 상여처분이 의제되는 대표자는 법인등기부상 대표자로 등재되어 있는 자이거나, 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서 괄호 안의 요건을 갖춘 주주 등 임원 중 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 자이어야 할 것이므로, A은 법인등기부상 대표자로 등재되어 있는 자가 아니고, 청구법인 경영을 사실상 지배하고 있는 자에도 해당하지 않으므로, A에게 귀속불분명 상여처분액을 처분한 것은 부당하며, 귀속불분명 상여처분액 OOO원은 청구법인의 등기부등본상 대표이사인 G에 대한 상여로 소득처분하여야 한다.

(5) 처분청의 답변에 대한 청구법인의 항변은 다음과 같다.

(가) 처분청은 A이 청구법인으로부터 본인의 계좌로 송금받아 수령한 금액인 OOO원은 청구법인의 행위를 결정할 권한을 가진 실사주가 우월적 지위에서 도관업체를 설립하여 사기 기타 부정한 행위를 통해 유출한 자금이 출처로서 소극적 은닉행위에 해당되지 않으므로 부외인건비인 경비로 인정될 수 없다는 의견이나,

1) 청구법인의 G 대표는 2024.10.25. 1차 심문조서에서 청구법인의 주식 49%는 본인 소유가 맞다고 하였다가, 이후 2025.10.28. 조사청을 방문하여 49% 주식은 A 소유이고, 2024.10.24. 오전 주주총회를 개최하여 K의 주식 3%까지 G 본인에게 이전하는 안건을 통과시켰다고 진술을 한 바가 있으나, 이는 사실이 아니다.

즉, G는 2024.10.28.자 심문조서에서 청구법인 소유 주식 49%는 A 소유라고 진술한 것은 이 사건 세무조사가 조세범칙조사로 되어 본인이 피해를 입을 것 같아서 사실과 다르게 진술한 것이며, 최근 2025.8.29.자로 G 본인이 직접 사실확인 한 사실확인서 인증서를 보면, ‘2024.10.28.자로 본인이 부산지방국세청에서 회사의 주식 49%는 A 소유라고 한 것은 세무조사로 본인이 전부 피해를 입을 것 같아서 사실과 다르게 진술한 것이며, 회사 주식 20%인 2,000주는 본인 소유이고, 29%인 2,900주는 A 소유이다’라고 하여 청구법인 주식 20%는 본인 소유임을 명확히 확인하고 있다.

또한, G는 청구법인의 2024.10.23.자 주주총회에서 ‘K 부장의 지분 3%를 G 지분으로 이전하는 내용’으로 주주총회를 개최하였다고 하는데, 당시 주주총회는 ① K의 사내이사 선임 건, ② 감사 L 선임의 건, ③ 회사 재산 일부 처분의 건등 3건의 안건을 정식으로 주주총회를 개최하여 처리한 것으로 G가 주장하는 K의 지분 3%를 G 지분으로 이전하여 G 지분을 52%로 만드는 내용의 주주총회가 아니며, 이에 대하여는 당시 주주총회 의사록과 주주총회 동영상에도 명확히 촬영되어 있으며, 특히 회사의 주주총회에서 K의 주식 3%를 G 명의로 이전하는 결의를 하였다는 것은 「상법」 규정에도 어긋하며, 상식적으로도 타당하지 않다.

2) 한편 이 건에 있어서 도관업체를 설립, 운영법인 자금을 유출을 실행한 것은 A이 아니라 B이며, B은 본인이 유출한 자금은 전부 현금으로 인출하고, A에게는 A의 실명 계좌로 송금하도록 하였다. 이에 대하여는 세무조사 당시의 청구법인의 C 대리의 2024.10.25.자 문답서, H 과장의 2024.10.22.자 심문조서와 J 이사의 2024.10.30.자 심문조서에도 명확히 나와 있으며, 이와는 별개로 조사청의 세무조사 당시인 2024.10.21.자에도 당시 청구법인의 C 대리, J 이사의 사실확인서에도 ‘이 사건 도관업체 설립, 운영을 지시한 자는 B이며, 자금 인출도 청상진의 지시에 따라 경리가 업무 수행을 하였다’라고 사실확인하고 있다.

3) B이 이 건에 있어서 도관업체를 설립, 운영법인 자금을 유출을 직접 기획, 실행, 지시하였다는 것은 B이 직접 청구법인 임직원 등에게 지시한 수많은 메모에도 나와 있으며, A이 도관업체를 설립, 운영법인 자금을 유출을 직접 기획, 실행, 지시한 입증자료는 이 사건 도관업체 설립, 운영의 실행위자인 B 본인의 진술 이외에는 어떠한 입증자료도 없다.

4) 이상과 같이 청구법인의 주식 소유관계를 보더라도 ① A은 최대주주도 아니며, ② 특히 이 사건 도관업체 설립, 운영, 지시 및 자금 인출 모두는 B이 실행하였고, ③ 청구법인 내부 문서, 그리고 조사청이 영치한 모든 문서상에도 이 건 실행과 청구법인의 실질적 운영은 B이 행한 것이 명확하다.

따라서, A은 청구법인의 행위를 결정할 우월적 지위에 있지도 않고, 도관업체 설립, 운영 등에 관여한 바도 없으므로, A에 대한 연구개발의 역할에 상당하는 급여가 비록 가공세금계산서에 의하여 조정되었다고 하더라도 ① 해당 금액은 A 본인의 실명 금융기관계좌로 매월, 정기적으로 송금되어 급여 부분에서는 적극적 소득은닉 행위에 해당되지 아니하는 「법인세법」상의 인건비에 해당하고, ② 급여 금액도 매월 일정 금액을 지급하여 이는 사실상 급여로 보아야 하며, ③ A은 청구법인의 최대주주도 아니며, A 본인이 부외인건비 지급에 직접 관여한 것도 아니므로 A에게 추가로 지급한 부외인건비 OOO원은 회사의 급여로 손금 인정되어야 할 것이다.

(나) 처분청은 특허권 양도에 대한 상여처분액 OOO원과 관련하여 쟁점특허권은 2014.6.25. 특허권 출원 시 특허권 모든 권리가 청구법인에 귀속되므로 특허권 대가를 A에게 지급할 의무가 없고, 「소득세법」 제98조에 따라 자산의 양도시기는 해당 자산에 대한 대금을 청산한 날이므로, 선급금 OOO원과 특허권을 상계하여 회계처리한 2019년이 양도시기이므로 이는 2019년 상여 처분 대상이라는 의견이나,

1) 처분청의 답변과 같이 쟁점특허권에 대한 A의 권리를 부인한다면, 결국 청구법인은 특허권 관련 자금을 유출하기 위하여, 2017년에 OOO원을 인출하면서 선급금이라는 OOO원의 가공자산을 계상하고, 2019년에 특허권을 계상하면서 나머지 잔금 OOO원을 유출한 것이므로, 가공자산(즉, 선급금)을 계상하고 있는 경우에는 계상한 사업연도에 해당 가공자산을 익금 산입하여, 소득처분(즉, 상여처분)하도록 해석한 국세청 예규(법인46012-1216, 2000.5.24. 외 다수)에 따라 특허권 계상연도가 아닌 실제 자금을 유출하여 가공자산인 선급금 OOO원을 계상한 2017년에 상여처분을 하여야 한다.

2) OOO에서도, 선급금 계상 등 가공자산 사외유출 시기는 ‘돈을 인출하면서 선급금이라는 가공자산을 계상한 경우 이를 계상한 때에 상여처분 한다’라고 판시하였고, OOO에서도 현금을 인출하여 보증예치금이라는 가공자산을 계상한 경우 보증예치금으로 계상하여 자금을 유출한 사업연도에 상여처분한다고 결정하고 있다

따라서, 이 건 선급금 OOO원의 소득처분 연도는 2017년으로서 5년의 부과제척기간이 경과하였으므로 이를 차감한 금액 OOO원 만을 2019년 과세연도분으로 상여처분하여야 한다.

(다) 처분청은 현금 등으로 인출된 귀속불분명 상여처분액 OOO원은 ① A이 실제 청구법인의 경영을 지배하여 업무를 지시한 사실이 확인되고, ② 청구법인 주장대로 A의 주식 소유가 29%라고 하더라도, K의 주식지분 3%를 포함하면, 30% 이상을 보유하고 있으므로 A은 「법인세법 시행령」 제106조 제1항에 따라 주식 30% 이상을 보유하고, 청구법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 사실이 확인되므로 A에게 상여처분하여야 하며, ③ 조사팀은 수차례에 걸쳐 현금 지급 내역을 확인할 수 있는 자료를 요청하였으나, 조사 종결까지도 관련 자료를 제출하지 않아, 현금 등으로 인출된 귀속불분명 상여처분액 OOO원을 전액 A에게 상여처분하였다는 의견이나,

1) 만일 A이 청구법인의 경영을 지배하였다면 회사 업력이 28년(1997.9.26. 설립)이고, 매출이 OOO원 이상인데, 청구법인의 영업, 경리, 생산, 구매, 총무 등 회사 전반에 걸쳐 내부 문서에 A의 승인, 결재가 있어야 하나, 청구법인 28년 간의 내부 문서 어디에도 A의 내부 승인, 결재 자료는 전혀 없으며, 오히려, 청구법인의 모든 문서에는 B의 승인, 결재 자료만이 존재하며, 청구법인의 경리, 총무, 영업 등 세무조사 과정에서 문답, 심문한 모든 임직원은 회사 내부의 모든 승인 및 결재는 B이 하였다고 일관되게 진술하고 있다.

2) B이 제시한, 도관업체 OOO, OOO 상호 관련 B의 카톡(문자)는 B이 정상적인 거래를 한다고 하면서 무역업체 설립과 선용품 판매업체 설립이 필요하다고 하여, A에게 상호 선정을 부탁하여, A이 상호 작명을 해준 것이며, 동 카톡(문자) 및 기타 어떠한 입증자료에도 A이 도관업체 설립, 운영을 지시한 입증문서는 없고, 오히려, 이 건에 있어서 도관업체를 설립, 운영 하면서 자금을 유출을 직접 기획, 실행, 지시한 것은 B이라는 사실은 청구법인 임직원 등에게 지시한 수많은 메모, 회사 내부 자료, 회사 임직원의 문답, 심문 및 사실확인서 등 수많은 자료로 입증된다.

3) A의 회장 명함, A이 도관업체 상호를 결정하여 통지한 B의 카톡(문자) 내용, 법인카드 해지, 자료 반출 지시 카톡 자료 만으로 A이 청구법인의 경영을 지배하였다는 것은 상식적으로도 타당하지 아니하다.

4) 한편, 조사청은 수차례에 걸쳐 현금 지급 내역을 확인할 수 있는 자료를 청구법인에 요청하였으나, 조사 종결까지도 관련 자료를 제출하지 않아, 현금 등으로 인출된 귀속불분명 금액을 A에게 상여처분하였다는 의견이나,

조사과정에서 현금인출액 약 OOO원을 B이 가져갔다는 입증자료, 매월 송금리스트, 경리담당자의 진술, 현금을 지급할 때 B의 딸ㆍ사위와 C 대리의 카톡 대화자료, B의 현금 인출 지시 메모, 조사청의 영치자료 등을 통해 청구법인 현금 인출액은 전부 B(또는 그 특수관계인)의 귀속으로 상여처분되어야 한다고 보았다가, 2024년 10월말 조사종결 시점에 조사청은 현금 인출액 OOO원은 전부 A에게 귀속 불분명으로 소득처분한다고 구두로 통보하였고, 이에 대하여 B이 가져간 것이 분명한데 A에게 소득처분하는 것은 부당하다고 하자, 조사청은 그제서야 그러면 B측이 가져간 통장 계좌 자료를 달라고 하였고, 청구법인은 ‘처음부터 자금 은닉하려고, 현금 인출한 자가 자기나 가족 계좌에 입금하는 사람이 어디 있냐. 청구법인이 B측에게 현금 입금 자료 달라고 하면 주겠느냐, 조사팀이 이에 대한 조사를 하여야 하는 것 아니냐고 하였고, 조사청은 이에 대한 조사없이 B이 가지고 간 입증자료를 제출하지 않으면 A에게 상여처분 한다.’고 구두 통보하였다.

즉, 조사청은 현금 인출액 자료 요청은 조사종결 시점인 2024년 10월말경에 구두로 B측 계좌 등으로 입금된 자료를 요청하였고, 「법인세법」 등에 따른 정식 질문ㆍ조사로 요청한 사실도 없으며, 특히 만 5년간 OOO원이나 되는 방대한 자료를 조사종결 시점에 현금 인출하여 가지고 간 사람(B측)이 아닌 그 내용도 모르는 청구법인에게만 구두 요청한 것은 절차상으로도 타당하지 않고, 조사청은 현금 인출한 B측에게도 정식으로 현금 인출 자료 요청 등을 한 사실도 없는 것으로 알고 있다.

이상과 같이 청구법인에서 현금 등으로 인출된 귀속불분명 상여처분액 OOO원은 그 귀속이 분명하므로 B의 지시에 따라 작성한 송금리스트 상의 확인된 비율인 A 및 B 각 50%로 재계산하여 그 차액 OOO원은 A 상여처분에서는 제외하여 B 상여처분액으로 경정되어야 하고, 만일 처분청 의견대로 OOO원을 귀속불분명 상여처분액으로 본다고 하더라도, A은 법인의 경영을 사실상 지배하고 있지 않으므로, 청구법인의 대표이사인 G에 대한 상여로 소득처분하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) A이 별도로 회사로부터 송금을 받아 수령한 금액인 OOO원은 급여로서 손금 인정되어야 한다는 청구주장에 대해,

(가) 청구법인은 회사의 수익 창출이 전적으로 A의 연구개발과 그에 따른 기술력에 의한 것이며, A에게 지급된 금액의 원천이 OOO, OOO, OOO 등 도관업체를 통해 조성된 자금이라고 하더라도 A이 청구인의 최대주주도 아니고, 도관업체의 설립이나 운영에 직접 관여한 바 없이 본인 명의 금융기관 계좌로 해당금액을 송금받았기에 적극적 소득은닉 행위에 해당되지 않으므로 계좌로 이체된 OOO원은 급여로 인정되어야 한다고 주장하면서 청구법인에 대한 세무조사가 진행 중이던 2024.10.2. 작성한 주식명의신탁 확약서와 2024.10.11. 작성한 주식명의신탁 확약서를 제출하였다.

그러나 G는 2024.10.25. 청구법인 사무실에서 진행된 심문조서 작성시 위 주식명의신탁 확약서와 별개로 청구법인의 주식이 본인 소유라고 진술하였고, 이후 2024.10.28. 조사청을 방문하여 49%가 A 소유이고, 2024.10.24. 오전에 주주총회를 개최하여 K(A의 子) 소유 주식 3%까지 본인에게 이전하는 안건을 통과시켰다고 진술하였는바, 위 주식명의신탁 확약서를 근거로 A이 청구법인의 최대주주가 아니라는 청구주장은 사실과 다르다.

(나) 청구법인은 A 본인 명의 계좌로 자금을 지급받았으므로 이는 적극적 소득은닉 행위에 해당되지 않는다고 주장하나, 청구법인이 도관업체를 직접 설립·운영하면서 법인자금을 유출한 사실과 위 행위로 조성한 자금을 AㆍB 형제에게 귀속시킨 사실을 인정하고 있는 이상, 도관업체를 통해 실제 거래 없이 거짓세금계산서를 수수하고 법인자금을 유추한 행위는 「조세범처벌법」 제3조 제6항의 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’에 해당한다.

또한 A은 청구법인 내부에서 ‘큰사장’으로, 대외적으로는 청구인의 회장 직함으로 활동한 사실이 언론자료, 청구인 내부서류에서 확인되고, A 본인 소유 청구법인 주식 49%를 O에게 명의신탁한 후 생산부장인 G를 대표이사로 등재하여 본인과 청구법인의 관계를 은닉하고, 청구법인의 입출금을 관리한 도관업체 명의 계좌를 이용하여 송금받은 사실 등을 감안하면, A 본인 명의 계좌로 이체되었다고 하더라도 해당 금액은 청구법인의 행위를 결정할 권한을 가진 실사주가 우월적 지위에서 도관업체를 설립하여 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’를 통해 유출한 자금이 출처이므로 소극적 소득은닉 행위에 해당되지 아니하고, 이를 청구법인의 부외인건비로 인정하여야 한다는 청구주장은 근거가 없다.

(2) 청구법인은 특허권 양도대가 OOO원은 전액 상여처분액에서 제외되어야 하고, 만일 이를 상여처분한다면 2017.3.28.에 지급된 선급금 OOO원은 5년의 부과제척기간이 경과하였으므로 동 OOO원은 차감한 OOO원만을 2019년 과세연도분으로 상여처분하여야 한다고 주장하나,

(가) 청구법인이 2014.6.25. 청구법인을 권리자로 출원한 특허의 대가를 A에게 지급한 근거로 제출한 2010.6.3.자 연구개발 및 특허 출원과 관련된 계약서를 보면, 2013년부터 2015년까지 기간동안 위 계약으로 개발한 특허로 발생한 매출이 전체 매출액의 20%를 초과할 경우 특허의 대가를 2016년 이후 지급하며, 특허의 평가는 쌍방 협의에 의해 신뢰성이 입증된 평가기관의 평가에 의한다고 기재되어 있고, 청구법인은 위 계약서를 근거로 2017.6.3. 특허권 양도계약서를 체결하고 2017년에 OOO원을 선급금으로, 2018.1.31. 기술보증기금의 특허권 기술가치평가에 따라 특허 대가를 OOO원으로 평가한 후 2018.6.28. 특허양도 계약서를 작성한 후 선급금과 상계한 OOO원을 2019년에 지급한 것으로 회계처리하였다.

(나) 청구법인은 A과 작성한 수 개의 계약서만으로 2019년 A에게 지급한 OOO원을 특허 대가로 지급한 것이라고 주장할 뿐, 계약서에 기재된 연구개발 업무를 A이 수행한 사실을 입증할 자료와 해당 연구개발로 생산한 제품의 종류 및 2013년부터 2015년까지 기간 중 해당 물품을 통해 발생한 매출 비율 등 2010.6.3. 작성한 계약서의 특허 대가 지급 조건을 입증할 자료를 제출한 사실이 없다.

(다) 쟁점특허권은 2014.6.25. 특허권 출원 시 권리권자를 청구법인으로, 발명자를 A으로 하여 특허의 모든 권리가 청구법인에게 귀속되므로 청구법인이 양도대가를 지급할 의무가 없음에도 A에게 이를 지급한 것은 상여처분 대상에 해당하고, 설령 2010.6.3. 작성한 계약서를 근거로 특허 대가를 지급할 의무가 있다 하더라도 청구법인이 A에게 지급한 것으로 2017년에 회계처리한 OOO원은 특허권 평가일(2018.1.31.), 양도계약서 작성일(2018.6.28.) 이전에 지급의무가 발생하지 않은 상태에서 회계처리만 한 것이다.

또한 「소득세법」 제98조에 따른 자산의 양도시기는 해당 자산의 대금을 청산한 날이므로, 청구인의 주장대로 선급금과 특허 대가를 상계하였다 하더라도, 지급의무가 발생하여 상계처리한 나머지 OOO원을 지급한 2019년이 양도시기이므로 OOO원은 2019년 귀속 상여처분 대상에 해당한다.

(3) 청구법인은 현금 등으로 인출된 귀속불분명 상여처분액 OOO원은 대표자 G에게 경정처분하여야 하고, A 및 B에게 처분한다면 송금리스트에서 확인된 비율인 50%로 재계산하여 그 차액을 B에게 상여처분하여야 한다고 주장하나,

(가) A은 청구법인의 회장으로 대외활동을 한 이력이 언론기사 및 회장으로 기재된 명함으로 확인되고, B과의 카톡 대화내용을 통해 A이 도관업체의 상호를 결정하여 통지한 내용이 확인되며, 청구법인의 직원에게 B이 보유한 법인카드 해지, 자료 반출을 지시한 사실이 확인되어 ‘연구업무에만 전념하며 청구법인의 사업에 관여하지 않았다’는 진술과는 반대로 A이 실제 청구법인의 경영을 지배하며 업무를 지시한 사실이 확인된다.

(나) 청구법인이 제출한 2024.10.2. 및 2024.10.11.자 주식명의신탁 확약서에는 1998.8.5. A 본인이 보유한 청구법인 주식 49%를 G에게 명의신탁한 사실이 확인되며, 청구법인 주장대로 이 중 20%가 G의 소유라고 가정하더라도 K(A 子)이 보유한 청구법인 주식 3%를 포함하면 A과 그 특수관계인이 청구법인 주식의 30% 이상을 보유한 사실이 확인된다.

위와 같이 A과 K은 청구인 주식의 30% 이상을 보유하고 있고, A이 청구법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 사실이 확인되므로 「법인세법 시행령」 제106조 제1항 제1호에 근거하여 청구법인의 실사주인 A에게 상여 처분한 것은 정당하다.

(다) 청구법인은 관련인의 진술과 카톡 대화자료, 경리팀에서 정리한 매월 송금리스트, D(B 子)에게 현금을 지급하도록 지시한 메모 등 B에게 현금으로 지급한 사실을 입증할 자료가 있음에도 A을 실사주로 보아 현금 등으로 인출된 귀속불분명 금액을 A에 대한 상여로 소득처분한 것은 부당하다고 주장하나,

이 건 조사 과정에서 도관업체를 통해 청구법인에서 유출된 자금을 A 및 B에게 송금한 사실을 청구법인 등으로부터 수집한 자료와 금융거래정보를 통해 조사하였고, 청구법인이 제출한 송금리스트 등의 자료는 경리부에서 작성한 서류에 불과하고, 메모나 카톡대화 내용 등은 일부 거래에 한정된 것으로서 그마저도 실제로 지시대로 이행되었는지 여부를 확인할 수 없는 정황증거에 불과하다.

이에 조사팀은 청구법인에게 수차례 현금 지급 내역을 확인할 수 있는 자료를 요청하였으나 조사 종결 시까지도 관련자료를 제출하지 않았고, 도관업체 등의 금융거래정보를 분석한바 송금리스트에 기재된 날자 외에도 AㆍB 일가에게 대금이 송금되고 있어 송금리스트가 아닌 도관업체에서 A 등에게 송금되거나 현금으로 출금된 금액을 기준으로 상여 처분액을 산정하였다.

(라) 「법인세법」 제67조는 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제106조 제1항 제1호는 귀속이 불분명할 경우 대표자에게 상여처분하도록 되어 있는바, 조사청이 청구법인의 주식을 30% 이상 보유하면서 경영을 사실상 지배한 A에게 현금 등으로 인출하여 귀속이 불분명한 금액을 상여 처분한 것은 정당하고, 정황증거에 불과한 송금리스트를 근거로 AㆍB에게 각 50%씩 상여 처분하여야 한다는 청구주장은 근거가 없다 하겠다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① A 계좌로 입금된 금액(OOO원)을 급여로 보아 손금산입할 수 있는지 여부

② A에게 귀속된 금액(OOO원)이 2014년 청구법인으로 등록된 특허권 양도대가에 해당하고, 이를 상여로 소득처분하더라도 2017.3.28.에 지급된 것으로 회계처리한 선급금 OOO원은 5년의 부과제척기간이 경과되었다는 청구주장의 당부

③ A을 청구법인의 실사주로 보아 귀속불분명 금액(OOO원)을 A에게 상여처분 할 수 있는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인이 도관업체인 OOO, OOO, OOO 등을 설립한 후 2020년 제2기부터 2023년 제1기까지 거짓세금계산서 공급가액 합계 OOO원을 수취한 사실에 대해서는 청구법인과 처분청간 다툼이 없다.

(나) 청구법인은 청구법인의 경리 담당자 C 대리의 문답서, C 대리와 P의 딸 D 간의 카톡 대화자료, 청구법인의 경리팀에서 정리한 매월 송금리스트, 2021. 5. 20.자 B이 직접 경리에게 지시한 메모 등을 제시하면서, 회사의 수익은 A과 B이 각각 50%씩 수령하고, A은 전부 본인의 계좌로, B은 대부분 현금으로 수령한 것으로 확인되므로 A 및 B에 대한 상여처분은 아래 ＜표4＞와 같이 수정되어야 한다고 주장한다.

＜표4＞ 청구법인의 상여처분 재계산 내역

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(다) 2023.12.31. 기준 청구법인 주주 구성은 아래 ＜표4＞와 같고, A에 대한 추가급여 지급내역은 아래 ＜표5＞와 같다.

＜표5＞ 청구법인 주주명부 내역(2023.12.31.)

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＜표6＞ 청구법인이 A에게 추가로 지급한 급여 내역

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(라) 청구법인이 쟁점특허권 양수대가로 A에게 합계 OOO원을 지급하고 회계처리한 내역은 아래 ＜표6＞과 같다.

＜표7＞ 쟁점특허권에 대한 회계처리 내역

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(마) 청구법인과 A 간 2010.6.3.자 계약서에 의하면, “쟁점특허권 출원과 관련하여 2013년부터 3년간 계약에 의하여 수수료를 지급하되, 2013~2015년 상기 특허의 매출 합계액이 전체 매출액의 20% 이상 점유시 2016년 이후 지급”하는 것으로 기재되어 있고, 2017.3.28.자 특허양도계약서에 의하면, “쟁점특허권 잠정평가액을 OOO원으로 정하고, 지급방법은 2017년에 평가금액이 확정되지 않는 경우 잠정평가액 중 OOO원은 2017년 중 분할하여 지급하고, 잔액은 2018년 상반기에 분할 지급하며, 2018.6.28.자 특허양도계약서에 의하면 “쟁점특허권 평가금액 OOO원을 2018년 7월 1일부터 OOO원을 분할하여 지급하고, 잔액은 2019년 상반기에 분할하여 지급”하는 것으로 기재되어 있다.

(바) 청구법인은 2018.1.31.자로 기술보증기금으로부터 쟁점특허권 가액을 OOO원으로 평가받았고, 평가결과표상 기술의 경제적 수명 12년, 할인율 9.24, 여유현금흐름의 현재가치 OOO원, 기술기여도 51.39%를 적용한 것으로 나타난다.

(사) 청구법인은 「조세특례제한법」제9조 제13항에 따라 연구ㆍ인력개발비 세액공제(2023사업연도 OOO원) 사전심사 신청서를 부산지방국세청장에 제출하고(날짜 미상), 이에 첨부된 연구개발비 명세서상 자체 연구개발비로 인건비(전담인력 A 외 4명) OOO원 및 재료비 등 OOO원, 위탁 및 공동연구개발비 OOO원을 지출한 것으로 나타나고, 청구법인이 종업원등에게 적용되는 직무발명 관련 보상규정, 쟁점특허권을 A이 발명하였음을 입증할 내용, 청구법인이 쟁점특허권을 승계하는데 대한 보상금 지급 심의ㆍ의결 등 관련 자료는 제출되지 아니하였다.

(아) 청구법인은 A은 법인의 경영을 사실상 지배하고 있지 않으므로, 청구법인의 등기부등본상 대표이사인 G의 상여처분으로 경정되어야 한다고 주장하면서, C 대리의 2024.10.25.자 문답서(경리, 자금 및 영업부문 최종 의사결정 및 결재는 B이 함), 청구법인의 영업과장 H의 2024.10.22.자 심문조서(B의 권유에 따라 본인 명의로 성대 사업자등록), 청구법인의 본부장 겸 관리이사인 J 이사의 2024.10.30.자 심문조서(가공업체 OOO의 대표자 I의 남편, 생산과 연구개발 이외의 재무, 관리, 영업, 인사 등 모든 업무를 B이 총괄함) 등을 심리자료로 제출하였다.

(자) 청구법인은 청구법인의 주식 지분 49%는 실제 A 소유라는 G의 진술은 사실과 다르다고 주장하면서, 아래 ＜표7＞과 같이 2024.10.2.자 주식명의신탁 확약서(1998년 8월 5일 청구법인 주식 4,900주를 A이 G에게 명의신탁함), 2024.10.11.자 주식명의신탁 확약서(1998년 8월 5일 청구법인 주식 2,900주를 A이 G에게 명의신탁함), 2024.11.12.자 임시주주총회 의사록(G 사임, Q 대표이사 취임) 2024.12.23.자 임시주주총회 의사록(본점 이전), 2024.10.23.자 임시주주총회 의사록(K 이사 선임, 감사 K 사임, L 감사 선임, 회사재산 일부 처분 및 임대차) 등을 심리자료로 제출하였다.

＜표8＞ 이 건 확약서 내용

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(2) 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인 직원 C(경리업무 담당)의 2024.10.25.자 문답서 주요 내용은 아래 ＜표8＞과 같고, 청구법인이 직원 등의 명의로 OOO, OOO, OOO 등의 도관업체를 설립한 후 경리팀에서 통장 입출금, 세금계산서 수수 등을 관리하였고, 경리팀 업무 보고체계상 최종결정권자는 B이라고 기재되어 있다.

＜표9＞ 문답서 중 일부

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(나) 청구법인 대표이사 G(1998년 8월 취임)는 2024.10.25.자 문답시 “청구법인의 사업과 관련하여 최종 의사결정은 B이 하고, 1998년 청구법인 입사 시 청구법인 주식을 취득하였고, 주식대금 액수나 지급방법은 기억나지 않으며, 주식 실물을 받은 사실은 없다”고 답변하였다가, 2024.10.28.자로 “본인 명의의 청구법인 주식 49%는 A의 소유이고, 본인은 생산부장일뿐 실제 대표이사는 A이며, 실제 사주는 A과 B이다”는 내용의 문답서를 조사청에 제출하였다.

(다) B의 2024.10.28.자 문답서에 의하면, “형 A이 청구법인의 회장이자 실사주이고, A의 지시에 따라 가공업체를 설립했으며, 거짓세금계산서 수취 등은 A의 지시나 승인에 따른 것이고, A과 비슷한 금액인 매월 OOO원 정도만 가져갔을 뿐 나머지 현금은 본인이 가져가지 않았다”고 답변하였다.

(라) A의 2024.10.28.자 문답서에 의하면, “청구법인의 실제 대표겸 실사주는 B이고, G가 보유한 주식 지분 48%는 본인의 소유가 아니며, 가공업체로부터 세금계산서를 수취하고 대금을 돌려받은 것은 B이 한 일이고, 매월 OOO원 정도를 급여로 지급받은 것”이라고 답변하였다.

(마) H(청구법인 근무이력, 가공업체 OOO 대표자), R(가공업체 OOO 공동대표), S(가공업체 세진 대표), J(청구법인 근무이력, 가공업체 OOO 대표)에 대한 처분청의 문답서 주요 내용은 아래 ＜표9＞와 같다.

＜표10＞ 문답서 주요 내용

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(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 A이 청구법인으로부터 본인의 계좌로 송금받은 금액 OOO원은 급여로서 이는 청구법인의 부외인건비이므로 손금으로 인정되어야 한다고 주장하나, 청구법인이 가공업체를 설립하여 거짓세금계산서를 수수하고 직원의 차명계좌 등을 이용하여 부가가치세 상당액을 제외한 금액을 은행계좌 또는 현금으로 되돌려 받은 후 이를 A 또는 B이 수취한 사실이 확인되고, 이는 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위로 볼 수 있는 반면, A의 계좌로 입금된 금액을 급여로 볼 수 있는 급여산정 계약서 지급명세서, 원천징수 내역 등이 확인되지 아니하므로 이를 상시근로 제공의 대가로 지급하는 인건비로 인정하기는 어렵다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 특허권 양도에 대한 상여처분액 OOO원은 상여처분액에서 제외되어야 한다고 주장하나, 쟁점특허권은 청구법인의 업무와 연관이 있는 것으로 청구법인의 계측기 등 제조과정에서 획득하였을 가능성이 높고, 센서 및 계측기 제품의 특성상 단순한 구상만으로 제품생산이 가능한 것이 아니며, 제품의 실현가능성 및 효율성 등을 검증하기 위해 시제품의 제작 및 실험이 필요하고, 거기에는 상당한 설비 및 비용이 소요될 것인데 청구법인이 기업부설연구소를 설립·운영하면서 연구전담요원을 배치하고 2023사업연도에 연구개발비로 OOO원을 지출하면서 ‘센서 연구’를 수행하여 온 것으로 확인되므로 어느 한 개인의 힘으로 이를 모두 이루었다는 청구법인의 주장은 신빙성이 없어 보이는점, 청구법인 명의로 등록하고 있는 65건의 특허 및 디자인권의 발명자 및 발명자에 대한 직무발명 보상 여부 및 보상금 액수 등이 확인되지 아니하고, 단지 특허출원서나 특허원부에 출원자나 발명자로 A이 기재되어 있다 하여 쟁점특허권의 진정한 발명자를 A으로 볼 수는 없고 실제로는 청구법인의 직원이 개발하였거나 A이 직원들과 공동으로 개발한 것으로 보아야 할 것인 점, 감정평가법인의 평가보고서를 보면, 쟁점특허권과 관련한 미래의 손익(현금흐름)을 현재가치로 환산(할인현금수지평가법, DCF법)하여 평가액을 산정하였는데, 그 평가방법을 적용하기 위해서는 쟁점특허권이 적용됨에 따라 새로이 발생하는 추정 매출액과 추정 비용을 토대로 하여야 하나, 이에 대한 산정 기초자료가 제시되지 아니하여 기술보증기금의 평가액을 쟁점특허권의 적정한 가치로 보기도 어려운 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점특허권과 관련하여 A에게 지급한 OOO원을 상여처분대상으로 보아 청구법인에게 소득금액변동통지한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

또한 청구법인은 특허권 양도에 대한 상여처분액 중 2017.3.28.에 지급된 것으로 회계처리한 선급금 OOO원은 5년의 부과제척기간이 경과되었다고 주장하나, 「소득세법」 제98조에 따른 자산의 양도시기는 해당 자산의 대금을 청산한 날이므로, 처분청이 선급금과 상계처리하면서 잔금을 지급한 것으로 회계처리한 2019년으로부터 5년의 부과제척기간을 적용하여 A의 상여로 소득처분한 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 현금 등으로 인출된 금액 중 A에 대한 귀속불분명 상여처분액(OOO원)은 B의 지시에 따라 작성한 송금리스트 상 비율인 A 및 B 각 50%로 재계산하여 그 차액(OOO원)은 A 상여처분에서 제외하여야 한다고 주장하나, 청구법인의 법인등기상 1998년부터 2024년까지 청구법인 대표이사로 등기되어 있던 G가 2024.10.25.자 문답서를 통해 2024.10.11.자 주식명의신탁확약서(G가 A의 주식 49% 중 20%를 명의신탁 받음)와 별개로 실제로는 A이 주식 49%의 실소유자이고, A의 아들인 K의 주식 지분 3%를 합하여 청구법인의 최대주주는 A이라고 진술하고 있는 점, A은 청구법인의 회장으로 대외활동을 한 이력이 언론기사 및 회장으로 기재된 명함으로 확인되고, B과의 카톡 대화내용을 통해 A이 도관업체의 상호를 결정하여 통지한 내용이 확인되며, A이 청구법인의 직원에게 B이 보유한 법인카드를 해지하도록 지시한 사실이 확인되어 A이 실제 청구법인의 경영을 지배하며 업무를 지시한 사실이 확인되는 점 등에 비추어 볼 때, 「법인세법」 제67조 및 같은 법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서규정에 따라 대표자 상여 처분의 대상이 되는 사실상의 대표자는 A으로 보는 것이 타당한 것으로 판단된다.

다만, 현금 등으로 인출되어 귀속이 불분명한 금액 OOO원 중 실제 B에게 귀속된 금액이 있는지 여부에 대해서는 처분청이 이를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 법인세법

제19조【손금의 범위】① 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

제26조【과다경비등의 손금불산입】① 다음 각호의 손비중 대통령령이 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정되는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 인건비

제67조【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

(2) 법인세법 시행령

제106조【소득처분】① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 「조세특례제한법」 제46조 제12항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주등인 임원 중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

(3) 소득세법

제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

(4) 발명진흥법(2016.1.27. 법률 제13842호로 일부개정된 것)

제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “발명”이란 「특허법」ㆍ「실용신안법」 또는 「디자인보호법」에 따라 보호 대상이 되는 발명, 고안 및 창작을 말한다.

2. “직무발명”이란 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 “종업원등”이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자ㆍ법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 “사용자등”이라 한다)의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다.

3. “개인발명가”란 직무발명 외의 발명을 한 자를 말한다.

제12조【직무발명 완성사실의 통지】종업원등이 직무발명을 완성한 경우에는 지체 없이 그 사실을 사용자등에게 문서로 알려야 한다. 2명 이상의 종업원등이 공동으로 직무발명을 완성한 경우에는 공동으로 알려야 한다.

제13조【승계 여부의 통지】① 제12조에 따라 통지를 받은 사용자등(국가나 지방자치단체는 제외한다)은 대통령령으로 정하는 기간에 그 발명에 대한 권리의 승계 여부를 종업원등에게 문서로 알려야 한다. 다만, 미리 사용자등에게 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 승계시키거나 사용자등을 위하여 전용실시권을 설정하도록 하는 계약이나 근무규정이 없는 경우에는 사용자등이 종업원등의 의사와 다르게 그 발명에 대한 권리의 승계를 주장할 수 없다.

제15조【직무발명에 대한 보상】① 종업원등은 직무발명에 대하여 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 계약이나 근무규정에 따라 사용자등에게 승계하게 하거나 전용실시권을 설정한 경우에는 정당한 보상을 받을 권리를 가진다.

(5) 특허법(2016.2.29. 법률 제14035호로 일부개정되기 전의 것)

제33조【특허를 받을 수 있는 자】① 발명을 한 사람 또는 그 승계인은 이 법에서 정하는 바에 따라 특허를 받을 수 있는 권리를 가진다. (단서 생략)

제133조【특허의 무효심판】① 이해관계인(제2호 본문의 경우에는 특허를 받을 수 있는 권리를 가진 자만 해당한다) 또는 심사관은 특허가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 무효심판을 청구할 수 있다. (이하 생략)

2. 제33조 제1항 본문에 따른 특허를 받을 수 있는 권리를 가지지 아니하거나 제44조를 위반한 경우. (단서 생략)