이유
1. 처분 개요

가. 처분청은 2023년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 청구법인이 소유하고 있는 인천광역시 연수구 OOO(이하 “이 건 토지”라 한다)를 종합합산과세대상으로 구분하여, 2023.9.15. 청구법인에게 재산세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 재산세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

나. 청구법인은 이에 불복하여 2023.12.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) AAA개발사업(이하 “이 건 개발사업”이라 한다)은 인천경제자유구역 내에 OOO 국제캠퍼스를 조성하여 OOO지구를 국제적인 교육·연구 허브로 만들고자 하는 공공주도 사업이다.

(2) 인천광역시장, 인천경제자유구역청장, 청구법인 및 AAA개발 주식회사(인천도시공사·인천교통공사 51% 지분 보유, 이하 “BBB(주)”라 한다)은 2020.12.18. 이 건 개발사업의 일환으로 이 건 개발사업의 부지 내에 OOO 국제캠퍼스를 조성하기로 하는 사업 협약(＜별지1＞ 기재, 이하 “이 건 협약”이라 한다)을 체결하였고, 인천경제자유구역청장은 2022.4.4. 이 건 개발사업 부지 내에 OOO 국제캠퍼스를 조성(학교용 건축물의 신축 등)하는 것 등을 내용으로 하는 OOO 실시계획(변경) 승인 및 지형도면을 고시(OOO)하였다.

(3) 청구법인은 이 건 협약에 따라 2022.6.9. BBB(주)로부터 인천경제자유구역(OOO)에 소재하는 이 건 토지를 취득하였는데, 이 건 토지는 학교용 건축물(이하 “이 건 건축물”이라 한다)을 신축하는 것 외에 다른 용도로 사용하거나 처분하는 것이 금지된 토지이다.

(4)「지방세특례제한법」(2023.6.1. 법률 제19422호로 개정된 것, 이하 같다) 제41조 제2항에서 학교가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세 등을 2024.12.31.까지 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제18조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지”란 해당 사업에 직접 사용할 건축물을 건축 중인 경우와 건축허가 후 행정기관의 건축규제조치로 건축에 착공하지 못한 경우의 건축 예정 건축물의 부속토지를 말한다고 규정하고 있다.

(5)「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」제11조 제1항 제36호에서 같은 법 제9조에 따라 실시계획을 승인받으면「건축법」제11조에 따른 건축허가를 받은 것으로 본다고 규정하고 있고, 인천경제자유구역청장은 2022.4.4. 이 건 개발사업의 실시계획을 승인하였으므로 이 건 건축물은 2023년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 건축허가를 받은 건축물에 해당된다.

(6) 이 건 토지는 바다를 간척해 조성한 매립지로서, 이 건 협약의 제6조 제1항에 따르면 인천경제자유구역청장은 이 건 토지가 소재한 OOO에 공공시설(이하 “기반시설”이라 한다)을 설치하여야 하는데, 2023년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 이 건 토지 일대에는 도로, 상·하수도, 전력시설 등과 같은 기반시설이 갖추어져 있지 않을 뿐만 아니라 인천경제자유구역청장은 이 건 토지를 OOO 기반시설 공사를 위한 임시도로, 세륜시설, 관리실 및 자재보관소 등으로 사용하고 있어서 사실상 건축물을 신축할 수 없는 상태이므로 이 건 토지는 건축허가 후 행정기관의 건축규제 조치로 인하여 건축에 착공하지 못한 건축예정지에 해당한다.

(7) 대법원은 한국도로공사 및 국토교통부의 결정으로 장차 토지 중 일부가 고속도로로 편입될 수 있으니 편입될 부분이 확정되기 전까지 건축을 유보해달라고 통지받은 상황에서 원고가 착공하지 못한 것에 대해 ‘행정기관의 명시적인 건축규제 조치가 없다는 이유만으로 이에 해당하지 않는다고 한다면, 나중에 철거될 위험이 있다는 것을 뻔히 알면서도 단지 비과세 혜택을 받기 위하여 착공함으로써 자원낭비를 초래하도록 강요하는 부당한 결과가 된다’는 점을 들어 ‘건축허가 후 행정기관의 건축규제 조치로 인하여 건축에 착공하지 못한 경우’에 해당하는 것으로 보아야 한다고 결정한 바 있다(서울고등법원 2009.7.1. 선고 2009누302 판결, 대법원 2009.11.12. 선고 2009두13504 판결).

(8) 이 건 협약에서 BBB(주)는 이 건 개발사업을 통해 얻게 되는 개발이익으로 이 건 건축물을 신축하여 청구법인에게 무상 제공하는 것으로 되어 있으나, BBB(주)이 그 개발이익으로 이 건 건축물을 신축하기 위해서는 이 건 개발사업의 사업시행자인 인천광역시장의 사전 승인이 필요한 데, 인천광역시장은 2023년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 이 건 건축물의 신축을 위한 개발이익의 투입을 승인하지 않고 있으므로 이는 이 건 건축물의 건축허가 후 행정기관인 인천광역시장이 건축규제 조치를 한 것과 다름이 없다.

(9) 따라서, 이 건 토지는「지방세특례제한법 시행령」제18조 제2항에서 재산세 면제 대상으로 규정하고 있는 건축 후 행정기관의 건축규제 조치로 건축에 착공하지 못한 건축물의 부속토지에 해당한다 할 것임에도, 2023년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 청구법인이 이 건 건축물의 신축공사를 하고 있지 않고, 그 이유가 행정기관의 건축규제조치와는 관련이 없다고 하여 처분청이 청구법인에게 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 부당하다.

(10) 끝으로, 청구법인은 이 건 토지에 이 건 건축물을 반드시 신축하여야 하고, 이 건 토지를 학교용 건축물의 신축 이외의 다른 용도로 사용할 수 없으며, 청구법인이 2023년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 이 건 토지에 학교용 건축물을 신축하지 못하고 있는 것은 송도 11지구 내 기반시설의 미준공과 인천광역시장이 이 건 건축물의 신축을 위한 개발이익의 사용을 승인하지 않음에 따른 것으로 이와 같은 사유는 청구법인으로서는 어쩔 수 없는 외부적 사유에 해당하므로 학교가 학교 용도로 직접 사용하고자 취득한 부동산에 대한 재산세 면제를 규정한「지방세특례제한법」제41조 제2항의 입법 취지를 고려하여 이 건 토지에 대하여는 재산세 등을 면제하는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1)「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」제11조 제1항 제36호에서 같은 법 제9조에 따라 실시계획을 승인받은 경우「건축법」제11조에 따른 건축허가를 받은 것으로 본다고 규정하고 있는바, 청구법인은 223년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 이 건 건축물의 신축을 위한 건축허가를 받았다고 볼 수는 있다.

(2) 그러나, 2023년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 이 건 토지는 기반시설 조차 조성되어 있지 않은 토지로서 청구법인이 이 건 토지에서 이 건 건축물의 신축공사를 하고 있지 않은 사실은 다툼이 없으므로 이 건 토지는 학교(청구법인)가 학교 용도에 직접 사용하는 것으로 볼 수 있는 건축 중인 토지에 해당하지 아니한다.

(3)「지방세특례제한법 시행령」제18조 제2항에서 건축허가 후 행정기관의 건축규제 조치로 건축에 착공하지 못한 경우에도 건축 중인 것으로 본다고 규정하고 있으나 해당 규정에서 ‘건축허가 후 행정기관의 건축규제 조치’에는 해당 건축물의 건축허가 전부터 건축을 할 수 없는 사유를 예상할 수 있었다거나 행정관청의 건축규제 조치가 아닌 다른 사유에 의해 건축을 하지 못한 경우 또는 행정기관이 직접 건축을 규제 또는 금지하는 조치를 하지 아니한 경우 등은 포함되지 않는다고 보는 것이 조세법규의 엄격해석원칙에 부합한다.

(4) 이러한 취지에서 서울행정법원은 행정기관이 도시계획변경결정을 지체하여 학교법인이 학교용 건축물을 신축하지 못하였다고 하더라도 이러한 사정만으로 건축허가 후 건축규제조치가 있었다고 볼 수 없다고 판결하였고(서울행정법원 2010.9.17. 선고 2009구합53182 판결), 조세심판원도 건축행위 전에 관련 법령상 거쳐야 할 절차인 지하안전영향평가 때문에 착공이 지연된 것은 건축규제조치로 착공하지 못한 경우에 해당하지 않는다고 결정한 바 있다(조심 2020서175, 2020.9.16.).

(5) 청구법인은 이 건 개발사업에 따른 기반시설 조성공사가 완료되지 않아 이 건 토지에 건축물을 착공할 수 없었다고 주장하나 기반시설 조성 공사는 건축물을 건축하기 이전에 당연히 시행해야 하는 일종의 사전절차에 불과한 것으로 행정기관이 기반시설이 조성되지 않았다고 하여 이를 행정기관의 건축규제 조치로 볼 수는 없고, 설령 기반시설 조성공사가 지연된 것을 정당한 사유로 본다고 하더라도「지방세특례제한법 시행령」제18조 제2항에서 정당한 사유에 대해 별도로 규정하고 있지 아니하므로 정당한 사유를 근거로 이 건 토지에 대한 재산세 등을 면제할 수는 없다.

(6) 인천광역시장이 이 건 건축물의 건축을 위한 개발이익의 사용을 승인하지 아니하여 2023년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 이 건 건축물을 신축하지 못하고 있는 것이라 하더라도 이와 같은 사유는 청구법인의 개별적, 내부적인 사유로서 이를 행정기관의 건축규제 조치로 볼 수 없을 뿐만 아니라 이러한 사정은 청구법인이 이 건 토지를 매입할 단계부터 충분히 예상할 수 있는 것으로 보이는바, 이를 건축허가 후의 새로운 사정의 발생이나 변경으로 건축이 제한된 것으로 볼 수도 없다.

(7) 끝으로, 청구법인은 이 건 토지를 2023년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 이 건 건축물을 건축하지 못하고 있는 것은 청구법인의 귀책이 아니라 인천경제자유구역청장이 이 건 토지의 일부를 OOO 기반시설 조성 공사를 위한 임시도로 등으로 사용하는 등 외부적인 사유에 의한 것이므로 학교 소유의 재산에 대한 재산세 면제를 규정한「지방세특례제한법」제41조 제2항 및 같은 법 시행령 제18조 제2항의 입법 취지 등을 고려하여 이 건 토지에 대한 재산세 등을 면제하여야 한다고 주장하나, 정당한 사유의 존재 여부에 따라 재산세 면제 여부가 달라지는 것이 아니고 이 건 토지를 청구법인이 사용·수익하고 있지 않다고 하더라도 이를 재산세를 부과할 수 없는 장애 사유로 볼 수도 없으므로 처분청이 이 건 토지를 종합합산과세대상으로 구분하여 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

건축허가 후 행정기관의 건축규제 조치로 건축에 착공하지 못한 것이므로 그 건축예정지인 이 건 토지에 대한 재산세 등을 면제하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지2＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 인천광역시장, 인천경제자유구역청장, BBB(주) 및 청구법인은 2020.12.18. ＜별지2＞와 같이 이 건 협약을 체결하였는데, 그 협약서 제6조, 제7조, 제8조에서 인천경제자유구역청장은 이 건 토지가 소재한 OOO에 기반시설을 조성 및 설치하고, BBB(주)는 이 건 개발사업을 시행하여 발생하는 개발이익(약 OOO원)으로 이 건 건축물을 신축하여 청구법인에게 무상으로 제공하며, 청구법인은 그 건축물을 이용하여 OOO 국제캠퍼스 운영하는 것을 협약 당사자들 각각의 의무로 규정하고 있고, 제22조에서 이 건 협약과 관련하여 발생하는 모든 분쟁은「중재법」및 중재규칙에 따라 대한상사중재원의 중재로 해결되도록 합의할 수 있다고 규정하고 있다.

(나) 청구법인은 2020.12.29. BBB(주)와 이 건 토지(인천광역시 연수구 OOO)를 OOO원에 취득하는 매매계약을 체결하고, 2022.6.9. 이 건 토지를 취득한 후, 이 건 토지를 학교법인이 학교용도에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산으로 하여 처분청으로부터 취득세 등을 면제받았다.

(다) 인천경제자유구역청장은 2022.4.4.「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」제9조에 따라 이 건 개발사업의 실시계획(변경)을 승인하고 그 지형도면을 고시하였는데, 이를 보면 이 건 토지는 지구단위계획구역에 따른 교육연구용 토지로서 그 면적 및 위치가 특정되어 있고, 허용 용도 이외의 다른 용도로 사용하는 것은 불허한다고 기재되어 있다.

(라) 인천경제자유구역청장은 2022.9.21. 청구법인에게 이 건 토지의 일부를 OOO 기반시설의 설치를 위한 부지로 사용할 수 있도록 아래와 같이 협조 요청하였다.

○○○

(마) 인천경제자유구역청장은 청구법인이 위의 요청을 받아들임에 따라, 2023년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 이 건 토지의 일부를 OOO 기반시설(도로·상하수도 관로 등) 설치 등을 위한 공사용 임시도로, 세륜·세차시설 및 자재 창고 등으로 사용하거나 그 사용을 위한 준비 등을 하고 있는 것으로 보인다.

(바) 처분청이 제출한 이 건 토지 일부의 현장 사진(2023.6.12.)을 보면, 이 건 토지 일부에 자재 창고로 보이는 건축물과 공사용 임시도로 등이 있는 것으로 보이나, 대부분은 나대지 상태인 것으로 확인되고, 청구법인도 2023년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 이 건 건축물의 신축공사를 진행(착공)하지 않았다는 사실은 인정하고 있다.

(2)「지방세특례제한법」제41조 제2항에서 학교가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세 등을 2024.12.31.까지 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제18조 제2항에서 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지란 해당 사업에 직접 사용할 건축물을 건축 중인 경우와 건축허가 후 행정기관의 건축규제조치로 건축에 착공하지 못한 경우의 건축 예정 건축물의 부속토지를 말한다고 규정하고 있으며, 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」제9조 제1항에서 개발사업시행자는 개발사업시행자로 지정된 날부터 2년 이내에 경제자유구역개발사업 실시계획(이하 “실시계획”이라 한다)을 작성하여 관할 시ㆍ도지사의 승인을 받아야 하고, 같은 법 제11조 제1항에서 개발사업시행자가 제9조에 따라 실시계획의 승인 또는 변경승인을 받은 경우에는 다음 각 호의 허가 등을 받은 것으로 본다고 규정하면서, 제36호에서「건축법」제11조에 따른 건축허가를 그 하나로 규정하고 있다.

또한「행정규제기본법」제2조 제1항 제1호에서 “행정규제”란 국가나 지방자치단체가 특정한 행정 목적을 실현하기 위하여 국민의 권리를 제한하거나 의무를 부과하는 것으로서 법령등이나 조례ㆍ규칙에 규정되는 사항을 말한다고 규정하고 있고, 제2호에서 “법령등”이란 법률ㆍ대통령령ㆍ총리령ㆍ부령과 그 위임을 받는 고시(告示) 등을 말한다고 규정하고 있으며, 제4호에서 “행정기관”이란 법령등 또는 조례ㆍ규칙에 따라 행정 권한을 가지는 기관과 그 권한을 위임받거나 위탁받은 법인ㆍ단체 또는 그 기관이나 개인을 말한다고 규정하고 있다.

한편, 국토교통부 산하의 건축규제혁신센터는 건축법령 둥에 근거하지 않거나 위임 범위를 벗어난 규제와 명문화하지 않고 운영하는 규제(미등록 규제 또는 숨은 규제)도 건축규제의 하나로 보고, 이를 신고할 수 있도록 하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대해 살피건대, 국토교통부는 건축법령 등에 근거하지 않거나 위임 범위를 벗어난 규제도 건축규제의 하나로 보고 있고, 서울고등법원 2009.7.1. 선고 2009누302 판결과 대법원 2009.11.12. 선고 2009두13504 판결(심리불속행)에서, 행정기관의 명시적인 건축규제 조치가 없어도 사실상의 건축규제 조치에 해당하는 경우라면 건축규제로 보아야 한다고 판결한 것을 보면,「지방세특례제한법 시행령」제18조 제2항에서 규정하고 있는 ‘행정기관의 건축규제 조치’가 반드시 법령 등에 근거한 명시적인 것만을 의미한다고 보기는 어려운 점,

아울러, 인천경제자유구역청장이 2023년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 이 건 토지의 일부를 OOO의 기반시설 조성을 위한 임시도로 등으로 사용하거나 사용을 준비하고 있음을 볼 때, BBB(주)의 사정(개발이익의 사용 불가 등) 등으로 인해, 청구법인이 직접 이 건 건축물을 신축하여야 한다고 가정하더라도 이 건 토지에 학교용 건축물을 신축하는 것이 불가능하다는 사실은 명백하고, 이는 행정기관인 인천경제자유구역청장이 귀책(기반시설 미 설치)이거나 이 건 토지의 일부를 기반시설 조성에 사용하고 있는데 그 원인이 있는 점 등에 비추어,

이 건 토지는「지방세특례제한법 시행령」제18조 제2항에서 규정하고 있는 ‘행정기관의 건축규제 조치’로 건축에 착공하지 못한 경우의 건축 예정 건축물의 부속토지로 보는 것이 타당하다고 판단되므로 처분청이 이와 다른 전제에서 청구법인에게 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지1＞ 이 건 협약서(발췌)

○○○

＜별지2＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2023.6.1. 법률 제19422호로 개정된 것)

제41조[학교 및 외국교육기관에 대한 면제] ② 학교등이 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및「지방세법」제146조 제3항에 따른 지역자원시설세를 각각 2024년 12월 31일까지 면제한다

(2) 지방세특례제한법 시행령

제18조[학교등 면제대상 사업의 범위 등] ② 법 제41조 제2항 본문에서 “대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지”란 해당 사업에 직접 사용할 건축물을 건축 중인 경우와 건축허가 후 행정기관의 건축규제조치로 건축에 착공하지 못한 경우의 건축 예정 건축물의 부속토지를 말한다.

(3) 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법

제9조[경제자유구역개발사업 실시계획의 승인] ① 개발사업시행자는 개발사업시행자로 지정된 날부터 2년 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 경제자유구역개발사업 실시계획(이하 “실시계획”이라 한다)을 작성하여 관할 시ㆍ도지사의 승인을 받아야 한다. 승인받은 사항을 변경할 때에도 또한 같다. (이하 생략)

② 시ㆍ도지사는 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 실시계획을 승인하거나 변경승인을 하는 경우에는 미리 산업통상자원부장관과 협의하여야 한다.

제11조[인가ㆍ허가 등의 의제] ① 개발사업시행자가 제9조에 따라 실시계획의 승인 또는 변경승인을 받은 경우에는 다음 각 호의 허가ㆍ인가ㆍ지정ㆍ승인ㆍ협의 및 신고 등(이하 “허가등”이라 한다)을 받은 것으로 보며, 제10조에 따라 실시계획의 승인이 고시된 때에는 다음 각 호의 관계 법률에 따른 허가등의 고시 또는 공고가 있은 것으로 본다.

36.「건축법」제4조에 따른 건축위원회의 심의, 같은 법 제11조에 따른 건축허가, 같은 법 제20조에 따른 가설건축물의 건축허가ㆍ축조신고, 같은 법 제29조에 따른 건축협의

(4) 행정규제기본법

제2조[정의] ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “행정규제”(이하 “규제”라 한다)란 국가나 지방자치단체가 특정한 행정 목적을 실현하기 위하여 국민(국내법을 적용받는 외국인을 포함한다)의 권리를 제한하거나 의무를 부과하는 것으로서 법령등이나 조례ㆍ규칙에 규정되는 사항을 말한다.

2. “법령등”이란 법률ㆍ대통령령ㆍ총리령ㆍ부령과 그 위임을 받는 고시(告示) 등을 말한다.

4. “행정기관”이란 법령등 또는 조례ㆍ규칙에 따라 행정 권한을 가지는 기관과 그 권한을 위임받거나 위탁받은 법인ㆍ단체 또는 그 기관이나 개인을 말한다.