이유
1. 처분개요

가. 청구인은 2023.9.14. 경기도 오산시 OOO 외 2필지 위에 건축물 1,467.51㎡(이하 “쟁점부동산”이라고 한다)를 신축하여 취득한 후, 2023.9.21. 처분청에「지방세특례제한법」(2023.6.1., 법률 제19422호로 개정된 것, 이하 같다) 제50조 제1항에 따라 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 감면 신청하여 취득세를 면제받았다.

나. 처분청은 2024.5.8. 쟁점부동산에 현지출장하여 확인한 결과, 쟁점부동산은 비인가 대안학교인 AAA(이하 “AAA”라 한다)가 사용하고 있는 사실을 확인하고, 청구인이 쟁점부동산을 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 다른 용도(대안학교)로 사용하여 취득세 등의 추징사유가 발생한 것으로 보아, 2025.2.11. 청구인에게 기 면제한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함)을 부과·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.4.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점부동산은 1) 청구인이 점유하여 사용하는 1층 고등부예배실과 2층 중등부예배실, 2) AAA가 주중에 사용하는 교실과 교무실로 구성되어 있다. AAA가 주중에 사용하는 교실의 경우 토요일과 일요일에는 청구인의 교인들이 각종 모임 용도로 사용하고 있고 쟁점부동산 중 AAA 시설로 사용되는 교실과 교무실 등에 대해서 취득세를 과세하는 것에는 이의가 없다.

그러나 1층 고등부예배실 및 2층 중등부예배실의 경우는 청구인의 종교목적사업을 위해서 사용되고 있는 곳으로 그 명칭이 고등부예배실, 중등부예배실로 특정되어 있고, 그 명칭대로 실제로 매주 일요일에 그곳에서 고등부와 중등부가 예배를 드리고 있다. 게다가 청구인의 각종 모임과 각 부서(선교부, 청년부, 이웃사랑부, 찬양팀 등)의 모임용으로 사용하고 있다. 또한 1층 고등부예배실 및 2층 중등부예배실에는 청구인의 고등부와 중등부의 짐이 보관되어 있다. 따라서 1층 고등부예배실, 2층 중등부예배실의 경우 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 것이므로 이 부분에 대하여 이 건 취득세 등을 부과하는 것은 위법하다.

(2) 청구인이 쟁점부동산을 건축하기에 앞서 2019.12.7. 경기도 오산시 OOO 토지와 건물(이하 “이 건 본당건물”이라 한다)을 취득한 후 교회를 이전하게 되었고 AAA도 청구인을 따라서 이 건 본당건물로 이전하게 되었다.

청구인이 이 건 본당건물을 취득하기 전의 계획은 예배를 드리고 청구인의 목사들과 직원들이 사용하는 이 건 본당건물을 취득함과 동시에 쟁점부동산과 같은 교육관을 완공하여 일부는 주중에 AAA가 사용하고 주일에는 교회의 각종 모임을 위해 사용하는 것이었다. 그런데, 청구인의 자금사정으로 인하여 이 건 본당건물만 취득하고, 쟁점부동산은 자금을 모은 뒤에 건축하기로 하였다. 그래서 일단 AAA가 이 건 본당건물에 잠시 들어와 사용하게 된 것이다.

이 건 본당건물은 청구인이 종교단체라 당연히 「지방세특례제한법」 제50조 제1항에 따라 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 감면 신청하여 취득세를 면제받았다. 그런데, 과세관청은 이 건 본당건물의 일부에 대해서 AAA가 사용하고 있는 부분에 대하여 종교행위의 목적으로 사용하지 않는다고 판단하고 일부에 대해서 2023.8.2. 취득세 등 OOO원을 부과하였다.

이후 2023.9.14.경 쟁점부동산을 완성한 뒤 AAA는 쟁점부동산으로 이전하였고, 이 건 본당건물은 AAA가 사용하지 않고 있다. 즉, 쟁점부동산을 완공함으로써 애초의 계획대로 AAA가 쟁점부동산으로 이전하였는데 처분청은 쟁점부동산의 취득에 대해서도 이 건 취득세 등을 부과하였다.

세금을 부과함에 있어서 시민의 재산권이 부당하게 침해되지 않도록 하여야 하는바, 청구인이 이 건 본당건물과 쟁점부동산을 취득하면서 양쪽 모두에 대해서 대안학교인 AAA가 사용하게 되어 양쪽 모두 취득세를 납부하였다. 현재에는 이 건 본당건물은 완전한 종교시설로 사용하고 있고, 쟁점부동산은 종교시설과 학교로 혼재하여 사용하고 있는 것으로 확정된 상태다. 현재와 같은 상태가 되는 과정에서 AAA가 이곳 저곳으로 이동하는 변수와 청구인이 건물을 하나씩 취득한다는 사정으로 인하여 한 번만 내면 되는 취득세 등을 결과적으로 이중으로 납부하게 된 것이다.

「지방세법」을 해석하면 2번 납부하는 것이 적법할 수 있으나, 이 부분이 타당한 것인지는 다시 한번 고려해야 할 것이다. 법을 엄격히 적용함으로 인하여 청구인은 한 번만 내면 되는 취득세를 이중으로 납부하게 되어 사실상 청구인의 재산권에 심히 큰 피해를 입은 것은 분명한 사실이므로 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인은 쟁점부동산 중 고등부예배실과 중등부예배실로 사용한 부분에 대하여 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

그러나, 종교단체는 그 목적을 달성하기 위하여 선교, 봉사, 사회복지 등 여러 가지 활동을 할 수 있으나, 「지방세특례제한법」제50조 제1항은 “종교행위를 목적으로 하는 사업”에 “직접 사용”하는 경우에 취득세 등을 면제한다고 규정하고 있고 위 규정은 종교단체의 종교활동 자체를 보호하기 위하여 취득세 등을 감면하여 주는 특혜규정으로서 종교단체 자체를 보호하기 위한 취지는 아니므로 이를 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 이를 종교단체가 하는 선교, 봉사, 사회복지 등 모든 활동을 위한 부동산 취득 행위에 취득세 등을 면제하여 주는 취지로 해석한다면 이는 부당하게 확장해석하는 것이라고 할 것(대법원 2022.5.12. 선고 2022두33392 판결, 같은 뜻임)인 점,

비영리사업자가 해당 부동산을 “사업에 사용”한다고 함은 현실적으로 해당 부동산의 사용 용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, “그 사업에 사용”의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득 목적을 고려하여 그 실제의 사용 관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것(대법원 2002.10.11. 선고 2001두878 판결, 같은 뜻임)이므로, 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산이라 함은 종교의식, 예배축전, 종교교육, 선교 등을 할 수 있는 최소한의 종교시설물 등의 여건을 갖추고 정기적이고 지속적으로 종교행위가 이루어지는 곳이어야 하고, 종교시설물이라고 보기 어려운 장소에서 일시적으로 종교행위에 사용되었다 하여 그 부동산을 종교목적 사업에 직접 사용된 것으로 보기는 어려운 점(조심 2023지3777, 2024.5.8. 같은 뜻임),

청구인이 취득세 신고 시 제출한 건축위원회 회의록에 따르면, 쟁점부동산은 AAA 교육관이 필요해짐에 따라 AAA 건물 또는 청구인과 AAA가 공동으로 사용하기 위하여 건축된 것으로 보이는 점

청구인은 쟁점부동산을 일요일에는 고등부예배실과 중등부예배실로 사용하고 있다고 주장하고 있으나, 청구인은 쟁점부동산 외 이 건 본당건물에 예배를 위한 공간(본당)을 갖추고 있고, AAA 학생들의 교내 활동 및 학부모 활동(부모 교실), 학교 내 특별 강연 등에 사용되고 있는 점 등을 종합하여 볼 때,

처분청에서 청구인이 쟁점부동산을 종교목적 사업에 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 다른용도(대안학교)로 사용한 경우로 보아 취득세 등을 부과·고지한 처분은 잘못이 없다.

또한 청구인은 이 건 본당건물도 AAA가 사용하여 취득세가 추징되었는데, 쟁점부동산도 AAA가 사용한다는 이유로 취득세가 추징되는 것은 이중과세로 억울하다고 주장하나, 이중과세란 일반적으로 동일한 과세물건에 대하여 두 개의 동일 또는 유사한 조세가 부과되는 것을 말한다고 할 것(서울행정법원 2012.8.17. 선고, 2011구합42543 판결 참조)인데, 이 건 본당건물과 쟁점부동산은 별개의 과세물건이므로 청구 주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산 중 고등부예배실 및 중등부예배실은 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용되었다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률

지방세특례제한법(2023.6.1., 법률 제19422호로 개정된 것)

제2조(정의)① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자(「신탁법」 제2조에 따른 수탁자를 포함하며, 신탁등기를 하는 경우만 해당한다)가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용(이 법에서 임대를 목적 사업 또는 업무로 규정한 경우 외에는 임대하여 사용하는 경우는 제외한다)하는 것을 말한다.

제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제) ① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

다. 심리 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구인이 제출한 교단소속증명서에 따르면, 청구인은 OOO에 속한 교회이고, 주사무소는 경기도 오산시 OOO(이 건 본당건물)이며, 대표자는 BBB으로 나타난다.

(나) 쟁점부동산 건축물대장의 주요내용은 아래 ＜표＞와 같고, 2023.9.14. 사용승인된 것으로 나타난다.

＜표＞ 쟁점부동산의 건축물대장 주요내용

대지면적

5,380㎡

연면적

1,467.51㎡

주용도

종교시설

건축면적

515.87㎡

용적율

27.28%

건축물 현황

층별

구조

용도

면적(㎡)

1층

철근콘크리트구조

종교시설(교회)

515.87

2층

철근콘크리트구조

종교시설(교회)

506.2

3층

철근콘크리트구조

종교시설(교회)

350.2

4층

철근콘크리트구조

종교시설(물탱크실, 기계실)

95.24

(다) 청구인이 2023.9.21. 제출한 지방세 감면신청서에 따르면, 감면 신청 사유가 ‘종교단체의 종교행사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용’이라고 기재되어 있다.

(라) 표준지방세정보시스템에 따르면, AAA는 2017.6.25. 사업자등록을 하였고, 그 대표자는 BBB이며, 주사무소는 쟁점부동산으로 나타난다.

(마) 처분청의 출장복명서(출장 일시 : 2024.5.8.∼2025.5.9.)에 따르면, 쟁점부동산 전체를 대안학교로 사용 중이라고 기록되어 있고, 청구인의 홈페이지상 중·고등부예배실은 쟁점부동산의 1층 및 2층에 위치하는 것으로 설명하고 있다.

(사) 청구인이 쟁점부동산 취득세 신고시 제출한 OOO교육관 건축위원회 협의록(1차∼12차)의 주요 내용은 다음과 같다.

○○○

(아) 청구인이 이 건 조세심판관회의에 참석하여 제출한 자료에 따르면, 청구인의 출석인원 1,070명 중 고등부는 53명, 중등부는 62명이고, 청구인의 대안학교의 학생수는 중등학생 10명, 초등학생 35명으로 기재되어 있으며, 2023.8.1.부터 2024.8.8.까지 중·고등부예배실을 대안학교의 체육수업 14일, 동아리 수업 2일간 80분, 음악수업 매주 6.5시간 등 합계 약 361시간을 사용한 반면, 청구인이 종교활동(성도들 기도모임, 찬양모임, 선교회 모임 등) 등을 위하여 사용한 시간은 합계 1,455시간으로 기재되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」제50조 제1항에서는 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하되, 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하면서 그 제3호에서 “해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우”를 규정하고 있고, 같은 법 제2조 제1항 제8호에서는 “직접 사용”이란 부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있다.

(나) 위 조항에 규정된 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산이라 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용 용도가 종교목적 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하므로, 종교단체의 경우 취득세와 재산세의 감면 대상이 되는 것은 종교의식, 예배축전, 종교교육 및 선교 등 종교목적으로 직접 사용하는 부동산에 한하는 것이라 할 것이고(조심 2018지822, 2018.11.5. 외 다수, 같은 뜻임), 직접 사용되는지 여부는 간헐적ㆍ일시적 사용이 아닌 연속적ㆍ영구적 사용을 의미하며 부수적인 용도가 아닌 주된 용도가 무엇인지에 따라 판단하는 것이 합리적이라 할 것이다(조심 2011지183, 2012.2.29., 같은 뜻임).

(다) 처분청은 청구인이 쟁점부동산의 중·고등부예배실을 직접 종교목적으로 사용한 것으로 볼 수 없어 취득세 등의 추징대상이라는 의견이다.

그러나, 처분청이 제출한 현장확인 사진 및 이 건 본당건물의 배치도상 이 건 본당건물에 중·고등부예배실이 없는 것으로 확인되고, 청구인의 홈페이지에 쟁점부동산의 1층 및 2층 일부를 중·고등부예배실로 안내하고 있으며, 청구인이 매주 발행하는 주보에도 중·고등부의 예배실은 쟁점부동산의 1층 및 2층으로 안내하고 있는 점,

청구인이 조세심판관회의에 참석하여 제출한 자료에 따르면 청구인의 출석인원 1,070명 중 고등부는 53명, 중등부는 62명으로 나타나고, 대안학교인 AAA의 학생수는 중등학생 10명, 초등학생 35명으로 약 45명에 불과하며, 2023.8.1.부터 2024.8.8.까지 중·고등부예배실은 대안학교가 약 361시간을 사용한 반면, 청구인은 종교활동(성도들 기도모임, 찬양모임, 선교회 모임 등)을 위하여 1,455시간을 사용한 것으로 나타나는 점,

쟁점부동산의 건축위원회 4차 협의록에 의하면, 쟁점부동산 중 AAA는 191평, 교회 중·고등부실은 100평을 사용하고자 한 것으로 나타나는 점 등에 비추어,

청구인은 쟁점부동산 중 중·고등부예배실을 종교의 집회시설 등 종교용도로 주로 사용하여 중·고등부예배실에 대한 취득세 등의 추징대상이 되었다고 보기 어려우므로 처분청이 중·고등부예배실에 대한 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.