이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2021.4.1. 주식회사 A보험(이하 “이 건 피분할법인”이라 한다)으로부터 분할되어 설립되었고, 분할일에 서울특별시 중구 OOO토지 및 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 승계취득하고, 2021.4.21. 장부가액 OOO원을 취득가격으로 하여 취득세 등 합계 OOO원을 처분청에 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 2021.5.31. 쟁점부동산의 취득가격을 이 건 분할 당시 감정평가액인 OOO원으로 하여 산출한 세액에서 기 납부한 세액을 차감한 OOO원(가산세 포함, 이하 “이 건 취득세”라 한다)을 처분청에 수정신고·납부하였다.

다. 이후 청구법인은 2024.8.5. 쟁점부동산의 취득가격을 장부가격으로 경정하여야 한다는 취지의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.10.7. 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.12.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 행정안전부는 물적분할 거래에 대해 승계한 자산의 취득세 과세표준과 관련하여 ‘취득 법인의 장부가액이 정당한 가액이라면 그 가액을 사실상 취득가격으로 볼 수 있을 것’이라고 하면서, 법인의 장부가액이 정당한지 여부에 대해 ‘기업회계기준 등 관련 규정에 따라 정당하게 장부가액으로 기재한 것으로 인정된다면 이를 「지방세법」 제10조 제5항 제3호에 따른 법인 장부로 확인되는 사실상 취득가액’이라고 회신하였고(부동산세제과-OOO, 2022.12.30.), 한국회계기준원에서는 ‘물적분할은 분할 사업부가 지속되는 것이고 경제적 실질의 변동이 없으며, 분할 사업부가 새로운 기업의 형태로 변경된 것일 뿐이므로 분할신설회사가 분할일의 이전되는 자산, 부채를 장부가액으로 계상하는 것이 적정한 것’으로 해석하고 있는바, 사실상의 취득가액이 확인되는 경우, 납세의무자의 신고유무 및 금액 등과 관계없이 사실상의 취득가격이 취득세의 과세표준이 된다 할 것(대법원 2006.7.6. 선고 OOO 판결, 같은 뜻임)이다.

분할법인의 장부가액이 「지방세법」 제10조 제5항 제3호에 따른 법인 장부로 확인되는 사실상 취득가액임이 명백하므로, 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

(2) 행정안전부는 2016년에 지방세법령 적용요령을 배포하면서 물적분할에 따른 취득은 유상취득에 해당하고, 유상취득으로 볼 경우 취득세의 과세표준은 법인 장부가액이라고 명시한 바 있고,

법인의 물적분할은 분할로 인하여 새로운 법인이 설립되면서 분할 전 법인의 일부 분리독립가능한 사업부분을 승계받고 이에 대한 대가로 주식을 분할 전 법인에게 교부하는 방식으로 이루어지는 것으로, 현물출자와 주식의 교부는 서로 대가관계에 있는 것(조심 2019지1939, 2019.11.21., 같은 뜻임)이라 할 것이어서 물적분할에 따른 쟁점부동산의 취득은 분할신설법인이 분할법인으로부터 자산을 이전받는 대가로 신주를 교부하는 유상취득거래에 해당하고, 이에 따른 자산의 이전과 주식의 교부는 서로 대가관계에 있다.

청구법인은 물적분할로 인하여 감소하는 분할법인으로부터 순자산의 장부가액에 상당하는 주식을 교부하였고, 분할법인은 물적분할로 인하여 감소하는 순자산 장부금액으로 종속기업투자주식의 취득원가를 인식하였으므로 청구법인이 취득한 쟁점부동산의 장부가액이 사실상의 취득가격에 해당한다.

나. 처분청 의견

(1) 「법인세법」제46조의3을 살펴보면 ‘적격분할을 한 분할신설법인은 분할법인등의 자산을 장부가액으로 양도 받은 것으로 하고 이 경우 장부가액과 시가와의 차액을 자산별로 계상하여야 한다’고 명시되어 있다.

청구법인은 이 조항에 따라 이 건 피분할법인의 자산을 분할신설법인의 유형자산 계정에 장부가액으로 기장하였고, 유형자산 계정뿐만 아니라 이 건 피분할법인의 자산의 장부가액과 시가(감정평가금액)의 차액을 승계하여 세무조정계산서에 유보한 사실이 장부상 확인된다. 객관적인 증거서류인 감정평가서에 의하여 법인이 결산서인 유형자산계정과 세무조정계산서에 각각 작성한 것이 확인된다면 이것은 모두 청구법인이 작성한 결산서에 해당하므로 감정평가서에 의한 감정평가금액이 취득가격이 증명되는 법인장부로 쟁점부동산의 사실상의 취득가격이 될 것이다.

(2) 또한, 「지방세법」 제10조 제5항을 살펴보면 ‘취득세 과세표준’은 ‘사실상의 취득가격’이라고 하고, 제3호는 법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득은 사실상의 취득가격으로 본다고 하며(대법원 1996.12.6. 선고OOO 판결), 「지방세법시행령」 제18조 제3항에서는 ‘법인장부란 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」제6조에 따른 감정평가서 등 객관적인 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서’라고 명시되어 있다.

「지방세법」제10조 제5항 제3호에서 법인의 장부가액 등을 사실상의 취득가액으로 보고 이를 과세표준으로 한 취지는 객관화된 조직체로서 거래가액을 조작할 염려가 적은 법인의 장부가액은 특별히 취득가액을 조작하였다고 인정되지 않는 한 원칙적으로 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성이 있음을 전제로 하는 것일 뿐 법인의 장부가액이 사실상의 취득가격에 부합되는지 여부에 관계없이 무조건 법인의 장부가액을 취득세의 과세표준으로 하여야 하는 것은 아니다(대법원 1993.4.27. 선고OOO판결)라고 명시되어 있다.

(3) 청구법인의 주장대로 적격분할을 한 분할신설법인은 분할법인등의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 하나, 「법인세법」에 의해 계상된 ‘장부가액’이 반드시 「지방세법」상 취득세의 사실상 취득가격에 해당하는 ‘장부가액’이라고 할 수 없고, 청구법인이 주장하는 장부가액은 법인세법상의 장부가액으로 「지방세법」의 취득세 과세표준과는 상이하며, 「지방세법」제10조 제5항 제3호 및 같은 법 시행령 제18조 제3항「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」제6조에 따른 감정평가서 등에 의하여 법인이 작성한 원장 등 결산서에 의해 ‘사실상 취득가격’이 증명된다면 그 감정평가금액(시가)이 취득세 과세표준이 되므로 이것이 당해 물건의 취득가격에 부합하는 쟁점부동산의 ‘사실상 취득가격’이라 하겠다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

물적분할을 원인으로 취득한 쟁점부동산의 취득세 과세표준을 그 장부가액으로 경정하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 자료에 따르면 아래와 같은 사실이 나타난다.

(가) (청구법인 현황) 청구법인은 2021.4.1. 이 건 피분할법인이 영위하는 사업 중 개인영업본부 산하 보험모집 및 지원사업부문을 단순·물적분할 방식으로 분할하여 과밀억제권역인 서울특별시 영등포구를 본점으로 하여 설립된 법인이다.

(나) (쟁점부동산 취득) 청구법인은 분할로 이 건 피분할법인으로부터 쟁점부동산 등을 포함한 자산 및 부채를 승계받았고, 분할 당시 처분청 관내 부동산인 쟁점부동산의 장부가액은 OOO원이고, 감정평가액은 OOO원이다.

(다) (분할관련 일반기업회계기준) 일반기업회계기준 제32장(동일지배거래)에는 “새로운 기업은 이전받은 사업에 대하여 분할한 기업의 장부금액으로 인식”한다고 정하고 있고, K-IFRS에서는 이와 관련한 내용이 확인되지 아니한다.

＜ 일반기업회계기준(일부발췌) ＞

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점부동산의 취득가격을 감정평가액으로 하여 취득세 등을 신고·납부하였으므로, 사실상의 취득가격을 입증하지 못하는 이상, 이를 경정할 수 없다는 의견이다.

처분청 의견대로 사실상의 취득가격이 신고가액에 우선하여 적용되어야 하고, 법인장부에 따라 증명되는 사실상의 취득가격은 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여할 직·간접비용의 합계액 전부가 계정별 원장 등에 따라 확인되는 경우에만 인정되는 것이므로, 자산의 장부가액 자체가 곧바로 사실상의 취득가격이 되는 것은 아니다.

그러나 경정청구 제도가 조세채권의 확정 절차의 하나로서 당초 납세자가 신고한 취득가격에 오류가 있으면 관련 법령에 어긋나지 않는 범위 내에서는 신고가액의 경정을 허용코자 도입된 점을 고려하면, 신고가액과 경정청구한 가액이 모두 사실상의 취득가격에 해당하지 않는다 하더라도 경정청구한 취득가격의 신빙성이 인정되면 신고가액에 우선하여 이를 과세표준으로 삼을 수 있어야 할 것이다(대법원 2017.1.12. OOO같은 뜻임).

특히, 사업을 포괄적으로 양수하는 경우에 있어서는 각 자산별로 그 대금이 지급되는 형태가 아니라서 당사자 간의 합의에 따라 해당 자산의 취득가격을 산정하거나 이를 안분할 수밖에 없고, 이러한 합의나 안분 방식이 조세회피 목적에서 비롯되었다거나 통념에 반하는 것이 아닌 인상, 이렇게 평가된 장부가액은 인정되어야 할 것이다.

청구법인의 경우, 이 건 피분할 법인의 장부가액을 그대로 승계하였는데, 이는 회계기준 및 이 건 피분할법인과의 합의 등에 따른 것이라서 그 가액의 신빙성을 부인하기 어렵다.

한편, 처분청은 감정평가액이 신빙성이 더 높다는 취지의 의견도 제시한 것으로 보이나, 취득가격은 취득물건의 객관적 가치를 평가하는 것이 아니라 매매계약 등 그 거래의 원인이 되는 계약 등을 기초로 산정하거나 취득에 소요된 직·간접 비용에 따르는 것이라서 이 건 피분할법인과의 합의에 기반한 장부가액이 감정평가액 보다 취득가격에 부합하는 가액으로 보인다.

따라서 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세기본법

제22조(기업회계의 존중) 세무공무원이 지방세의 과세표준과 세액을 조사ㆍ결정할 때에는 해당 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행이 일반적으로 공정하고 타당하다고 인정되는 것이면 존중하여야 한다. 다만, 지방세관계법에서 다른 규정을 두고 있는 경우에는 그 법에서 정하는 바에 따른다.

(2) 지방세법

제10조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다.

② 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.

⑤ 다음 각 호의 취득(증여ㆍ기부, 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조 제1항 또는 「법인세법」 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.

1. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득

2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득

3. 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

4. 공매방법에 의한 취득

5. 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제3조에 따른 신고서를 제출하여 같은 법 제5조에 따라 검증이 이루어진 취득

(3) 지방세법 시행령

제18조(취득가격의 범위 등) ① 법 제10조 제5항 각 호에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

1. 건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용

2. 할부 또는 연부(年賦) 계약에 따른 이자 상당액 및 연체료. 다만, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우는 취득가격 또는 연부금액에서 제외한다.

3. 「농지법」에 따른 농지보전부담금, 「문화예술진흥법」 제9조제3항에 따른 미술작품의 설치 또는 문화예술진흥기금에 출연하는 금액, 「산지관리법」에 따른 대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용

4. 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비ㆍ수수료

5. 취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액

6. 부동산을 취득하는 경우 「주택도시기금법」 제8조에 따라 매입한 국민주택채권을 해당 부동산의 취득 이전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 행정안전부령으로 정하는 금융회사 등(이하 이 조에서 “금융회사등”이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융회사등에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.

7. 「공인중개사법」에 따른 공인중개사에게 지급한 중개보수. 다만, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우는 취득가격 또는 연부금액에서 제외한다.

8. 붙박이 가구ㆍ가전제품 등 건축물에 부착되거나 일체를 이루면서 건축물의 효용을 유지 또는 증대시키기 위한 설비ㆍ시설 등의 설치비용

9. 정원 또는 부속시설물 등을 조성ㆍ설치하는 비용

10. 제1호부터 제9호까지의 비용에 준하는 비용

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용은 취득가격에 포함하지 아니한다.

1. 취득하는 물건의 판매를 위한 광고선전비 등의 판매비용과 그와 관련한 부대비용

2. 「전기사업법」, 「도시가스사업법」, 「집단에너지사업법」, 그 밖의 법률에 따라 전기ㆍ가스ㆍ열 등을 이용하는 자가 분담하는 비용

3. 이주비, 지장물 보상금 등 취득물건과는 별개의 권리에 관한 보상 성격으로 지급되는 비용

4. 부가가치세

5. 제1호부터 제4호까지의 비용에 준하는 비용

③ 법 제10조 제5항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.

1. 판결문 : 민사소송 및 행정소송에 의하여 확정된 판결문(화해ㆍ포기ㆍ인낙 또는 자백간주에 의한 것은 제외한다)

2. 법인장부 : 금융회사의 금융거래 내역 또는 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제6조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서. 다만, 법인장부의 기재사항 중 중고자동차 또는 중고기계장비의 취득가액이 법 제4조 제2항에서 정하는 시가표준액보다 낮은 경우에는 그 취득 가액 부분(중고자동차 또는 중고기계장비가 천재지변, 화재, 교통사고 등으로 그 가액이 시가표준액보다 하락한 것으로 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 인정한 경우는 제외한다)은 객관적 증거서류에 의하여 취득가액이 증명되는 법인장부에서 제외한다.