이유
가. 청구법인은 주택개발 및 분양업을 주요 목적사업으로 영위하는 법인으로, 2020.3.6. B으로부터 광주광역시 서구 OOO 등 2필지 대지 234m2 및 그 지상 건축물(이하 “이 건 부동산①”이라 한다)을 취득하고, 같은 날 ㈜C으로부터 광주광역시 서구 OOO 대 121m2 및 그 지상 건축물(이하 “이 건 부동산②”이라 한다)을 취득하였다.

나. 청구법인은 2020년 제1기 부가가치세 과세기간 중 A으로부터 모델하우스 철거용역비 관련 공급대가 OOO원의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서①”이라 한다)를 수취하였고, 2021년 제2기 부가가치세 과세기간 중 ㈜C으로부터 컨설팅용역비 관련 공급대가 OOO원(2건)의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서②”라 하고, 쟁점세금계산서①과 합하여 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취한 후 관련 부가가치세를 신고·납부하였다.

＜표1＞ 쟁점세금계산서 수취내역

○○○

다. 광주지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.3.13.부터 2024.6.20.까지 청구법인에 대한 법인통합조사 및 조세범칙조사를 실시한 결과, 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서가 용역의 제공없이 수취한 가공세금계산서에 해당한다고 보고, 이를 처분청에 통지하였고,

처분청은 쟁점세금계산서와 관련하여 기공제받은 매입세액을 부가가치세 매입세액에서 불공제하는 등 2024.10.4. 청구법인에게 2020년 제1기·2021년 제2기 부가가치세 합계 OOO원, 2020·2022사업연도 법인세 OOO원 합계 OOO원을 각각 결정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.11.14. 이의신청을 거쳐 2025.4.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 가공세금계산서 수취에 따른 가산세는 사업자가 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서 등을 발급받은 경우에 공급가액의 3%를 부과하는 것으로, 용역을 공급받고 수취한 쟁점세금계산서는 이러한 가산세 부과대상에 해당하지 않는다.

가공세금계산서 수취 관련 가산세는 거래의 목적물인 재화 자체가 아예 존재하지 않는 경우 혹은 재화는 존재하지만 형식적·실질적 재화의 이동 자체가 없는 경우임에도 거래당사자들이 재화를 공급하거나 공급받은 것으로 가장하여 허위로 가공세금계산서를 수취하는 행위에 대하여 적용되는 것으로, 실물 거래 없이 세금계산서를 수수함으로써 세금계산서 거래질서를 문란하게 하고 제세를 탈루하는 사업자를 규율하기 위한 데 그 취지가 있으므로, 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화를 거래하고 착오로 인해 세금계산서를 수수한 거래는 그 적용대상이 될 수 없다(국세청 부가-113, 2014.2.17. 등 참조).

또한 부가가치세 과세대상 거래가 아닌 거래(비과세, 면세거래, 공통비용의 정산금 등)임에도 불구하고 사업자의 착오 또는 무지로 세금계산서를 수수하였다면 이는 부가가치세 거래징수 및 세금계산서 발급의무, 매출(매입)처별세금계산서합계표 제출에 대한 의무가 당연히 면제되고(재부가-546, 2007.7.18., 같은 뜻임), 비과세 등의 거래를 매개로 조세탈루나 고의가 없는 착오에 의한 세금계산서의 발급이나 수취에 대하여 「조세법처벌법」 제10조 제3항 제1호에 따라 처벌의 대상도 되지 아니한다(법규과-356, 2014.4.11., 같은 뜻임).

(2) (쟁점세금계산서① 관련) 쟁점세금계산서①은 세금계산서상 기재사항을 오기(부동산 컨설팅용역이 아닌 모델하우스 철거공사로 품목 오기)한 것으로, 가공세금계산서에 해당하지 않는다.

(가) 청구법인이 추진한 광주광역시 서구 OOO 일원에 주상복합아파트를 신축하는 사업(이하 “이 건 사업”이라 한다)의 규모는 분양가가 약 OOO원이고, 사업부지 확보에 지출된 금액은 약 OOO원으로, 이 건 사업부지를 확보하기 위해 통상 지주작업을 선행하게 되는데, 이를 통하여 토지매입 계약을 성사시킨 경우에는 계약과 동시에 토지사용승낙을 받아 아파트 건축허가 신청 및 사업개획 승인신청을 하게 되는 것이므로 토지주들이 담합 등으로 사업대상 토지에 대한 과도한 매수가격 제시, 건물주의 영업보상비 요구, 임차인에 대한 명도비 지급 등의 다양한 상황이 발생한다.

A은 부동산컨설팅업을 주업종으로 하는 사업자로, 이 건 사업 부지 확보를 위해 청구법인과 함께 업무를 진행해왔다.

이 건 부동산①의 소유주인 B은 부동산 매각 조건으로 의약품물류업체를 영위하던 임차법인이 이전할 수 있는 건물을 마련해 줄 것을 요구하였고, 지속적인 협상을 통하여 청구법인과 명도비 OOO원 지급하는 것으로 협의하였으나, B은 2020.3.6. 청구법인에게 부동산등기가 이전된 후에도 명도 조건이 충족되지 않았다고 하면서 2020년 4월 명도비 OOO원을 청구법인에 반환하였다.

청구법인은 B으로부터 명도비 OOO원을 반환받은 후 이 건 부동산①의 임차인인 E의 사업장 이전 문제 해결을 위해 A에 이 건 부동산①의 명도문제 해결을 의뢰하였고, 그에 대한 대가로 OOO원을 지급한 뒤 A으로부터 쟁점세금계산서①을 수취하였다.

단지 쟁점세금계산서①의 기재사항 중 품목을 모델하우스 철거공사로 오기하였을 뿐, 청구법인의 계좌에서 A 대표 D의 계좌로 OOO원이 지급되었고, 이후 E의 명도가 이루어져 이 건 사업부지 확보가 이루어졌으므로 청구법인은 A으로부터 부동산컨설팅용역을 제공받은 것으로 보아야 한다.

처분청의 답변서를 살펴보면, 청구법인이 A을 통하여 B에게 지급한 이 건 부동산①의 명도비 OOO원을 B이 청구법인에게 다시 반환하였고, 청구법인이 이를 ㈜F 대표 D의 개인계좌로 이체함으로써 B의 신축공사비를 대납하였다고 기재하고 있으나, 청구법인의 자금은 A에게 이체된 것을 확인할 수 있고, 이후 해당 자금이 ㈜F이나 관련자에게 이체된 것은 B이나 D을 통해 확인할 사항으로, 청구법인과는 무관하다.

오히려 청구법인은 이 건 부동산①의 임차인이나 ㈜F에게 직접 대금을 지급한 사실이 없음을 알 수 있고, 청구법인은 용역계약을 체결한 부동산컨설팅업체인 A에게 용역대가를 지급한 후 A을 통해 이 건 부동산①의 매매계약체결이나 명도 문제를 처리한 것임을 알 수 있다.

따라서, 처분청이 쟁점세금계산서①을 가공세금계산서로 본 처분은 부당하다.

(나) 청구법인은 2020사업연도 법인세 신고시 쟁점세금계산서①의 매입세액 OOO원을 공통매입세액으로 보아 면세비율(약 89.18%)에 상당하는 OOO원은 매입세액불공제한 후 지급수수료로 처리하였고, 나머지 OOO원을 매입세액공제 후 손금불산입하였다.

그러나 처분청은 이 건 법인세 경정시 당초 청구법인이 쟁점세금계산서①과 관련하여 부가가치세로 납부한 OOO원을 손금부인하였고, 당초 신고시 손금부인액 OOO원을 고려하지도 아니하였으므로 부적법하다.

(3) (쟁점세금계산서② 관련) 쟁점세금계산서②는 이 건 부동산②를 취득하는 과정에서 ㈜C에 지급한 토지지주작업 관련 컨설팅용역에 관한 것이므로, 가공세금계산서에 해당하지 않는다.

㈜C은 2018.11.20. 주택건설업 등을 영위할 목적으로 ㈜G라는 상호로 설립하였다가 2020.7.3. ㈜C으로 변경한 법인으로 설립 이후 H OOO 사업부지 내 토지를 취득하여 H광천 부동산개발 사업에 참여한 이력이 있는 법인이다.

청구법인은 2019.7.18. ㈜C과 이 건 부동산②의 매매가액을 OOO원으로 하여 부동산매매계약을 체결하였으나, ㈜C이 HOOO 부동산 개발사업을 진행하는 과정에서 취득한 노하우 등을 이용하고자 하였고, 이러한 사업권 양도대가는 별도로 구분해야 한다는 세무사 등 전문가의 조언에 따라 부동산 매매금액 OOO원, 사업권 양도대가를 건물명도비 OOO원으로 구분 기재하기로 합의하여 부동산매매계약을 다시 체결하였다.

청구법인은 2020.3.6. ㈜C에 OOO원을 지급한 후 소유권이전등기를 경료하였고, OOO원은 부동산 취득가액으로, OOO원을 선급금으로 처리하였다가 부동산컨설팅계약서상의 용역제공일에 맞춰 쟁점세금계산서②를 수취하였으며, 쟁점세금계산서② 관련 매입세액은 토지 관련 금액으로 보아 매입세액 불공제하였으므로, 쟁점세금계산서②가 가공세금계산서라는 조사청의 주장은 부당하다.

청구법인이 건물명도와 사업권 포기에 대한 대가로 쟁점세금계산서②를 수취한 것으로 본다 하더라도, 이 건 부동산②의 명도가 이루어진 시점(2020년 제1기)을 경과하여 세금계산서를 수취한 것이어서 세금계산서 미수취에 따른 가산세를 부과할 수는 있으나, 가공세금계산서에는 해당하지 않는다.

무엇보다 청구법인은 쟁점세금계산서②에 대한 부가가치세 OOO원을 토지 관련 매입세액으로 하여 전액 매입세액 불공제하였고, 2020년 광주광역시 서구청에 취득세 신고시 OOO원 전액을 토지취득가액으로 반영하였으며, ㈜C은 쟁점세금계산서②에 대한 부가가치세를 모두 납부하였는바, 해당 거래에 따른 조세회피 의도도 없었다.

설령, 처분청의 주장대로 쟁점세금계산서②의 실질이 부동산매매라면 C과 청구법인 간 거래된 토지라는 재화가 존재하고, 청구법인이 쟁점세금계산서②의 공급가액과 부가가치세를 모두 토지가액에 포함하여 장부에 반영하였으므로 쟁점세금계산서②는 가공세금계산서가 아닌, 착오로 받은 세금계산서에 해당하므로 이를 가공세금계산서로 보아 가산세 OOO원을 부과한 처분은 취소하여야 한다.

(4) 「국세기본법」 제14조에 따른 실질과세의 원칙은 조세부담의 공평이 이루어지도록 경제적 의의 또는 실질을 기준으로 하여 세법을 해석하고 과세요건사실을 인정하여야 한다는 원칙으로서 세법의 기본원칙인 조세평등주의를 실현하기 위한 실천적 원리로, 과세요건사실의 인정에 있어서는 물론이고 해당 조세법령을 해석함에 있어서도 반드시 고려되어야 할 것이고,

세법 규정을 적용하여 과세하기 위해서는 먼저 거래의 경제적 실질에 따라 과세요건사실을 인정하고 그에 적용할 조세법령의 의미ㆍ내용을 확정한 후, 해당 조세법령을 적용하여 과세를 행하여야 하는데, 이러한 실질과세의 원칙은 과세관청에서만 그 적용을 주장할 수 있는 것이 아니고, 납세자에 의해서도 그 적용을 주장할 수 있음은 당연하다(대법원 2009.7.9. 선고 2007두4049 판결 등 다수, 같은 뜻임).

과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자로부터 일정한 부분의 거래가 가공거래임을 자인하는 내용의 확인서를 작성받았다면, 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치는 쉽게 부인할 수 없는 것으로서 이를 법에서 정하고 있는 증빙서류에 갈음하는 자료에 해당된다고 할 것이나,

납세의무자가 작성한 확인서에 가공거래의 구체적 내용이 들어 있지 아니하여 그와 같은 정도의 신빙성이 인정되지 아니하다면, 비록 납세의무자의 확인서라고 하더라도, 이는 실지조사의 근거로 될 수 있는 장부 또는 증빙서류에 갈음하는 자료에 해당되지 않는다고 할 것이다(대법원 1998.07.10. 선고 96누14227 판결 등 참조).

청구법인은 조사청의 100일에 걸친 세무조사 과정에서 M의 대상포진 발병과 회계총괄 담당 직원인 Z이 퇴사하는 등의 어려움을 겪었고, 이러한 상황속에서 조사청이 요구하는 결과물을 제시할 수 없어 조세범칙조사 문답과정에서 쟁점세금계산서에 관한 가공거래혐의를 시인하게 되었으나, 앞서 주장한 바와 같이 쟁점세금계산서와 관련한 거래의 정황과 사실관계 등에 대한 거래 실질을 반영하여 결정하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 조세탈루나 고의가 없는 착오에 의해 쟁점세금계산서를 수수한 것이므로 가공세금계산서가 아니라고 주장을 하나, 청구법인의 거래질서 위반행위로 인하여 ㈜I와 ㈜C은 각각 OOO원에 달하는 법인세를 탈루하게 만들었고, 청구법인은 특수관계자인 A과 ㈜C을 통해 가공세금계산서를 발급하였다.

세금계산서의 발급의무를 위반한 사업자에 대하여는 소득 유무와 상관없는 가산세 부과와 함께 「조세범처벌법」에 따라 징역 또는 벌금에 처하도록 규정하고 있는바, 사업추진을 위한 쟁점세금계산서 관련 거래를 정상적인 거래로 보기는 어렵다.

(2) 쟁점세금계산서①은 청구법인이 이 건 부동산①의 임차법인 E(주)에게 지급한 명도비용 OOO원에 대한 것으로, A으로부터 실물거래 없이 수취한 가공세금계산서이다.

(가) 청구법인은 2019년 7월 이 건 부동산①의 전소유자인 B에게 당시 임차법인인 E(주)에게 지급할 명도비 OOO원을 지급하면서 이에 대한 세금 일체를 청구법인이 부담한다는 내용의 명도합의서를 작성하였다.

B은 이 건 부동산① 관련 명도비 명목으로 OOO원을 지급받은 후 청구법인에게 다시 OOO원을 되돌려주었고, 해당 금액은 같은 날 D의 개인계좌로 이체되었으며, 이는 D과 ㈜F(대표 D)의 주주 J가 사용한 것으로 확인되었다.

조사청은 B에 대한 양도소득세 세무조사를 진행하는 과정에서 B에게 청구법인에게 OOO원을 다시 되돌려 준 사유를 질의하였고, B은 청구법인에게 OOO원을 대여해 준 것이라고 주장하였으나,

조사청이 B에게 청구법인과 작성한 명도합의서(2019.7.10.), 청구법인이 B의 양도소득세를 대납하였고, B의 신축건물을 A의 특수관계인인 ㈜F이 시공하였다는 내용 등을 제시하자 B은 임차법인에게 지급될 명도비 OOO원을 지급받은 후 이를 임차법인이 아닌 청구법인에게 되돌려주었고, 이를 (주)F의 대표자 D의 개인계좌로 이체하였음을 인정하였다.

한편, 이 건 부동산①의 임차법인 E(주)는 지급받은 명도비 OOO원과 관련하여 기타소득에 대한 법인세 신고를 누락하고, 이를 배우자의 자산취득자금으로 사용하도록 사외유출한 사실을 인정한 후 2025년 5월 법인세 및 원천세를 수정신고·납부하였고, B은 2025년 7월 상여로 처분받은 금액에 대해 소득세를 신고·납부하였다.

＜K에 대한 문답서 중 일부 발췌＞

○○○

청구법인의 대표이사 M는 조세범칙조사전환일(2024.5.24.) 이전에는 A으로부터 모델하우스 철거공사용역을 제공받았고, 이에 따라 쟁점세금계산서①을 정상적으로 수취하였다고 주장하였으나, 조사청이 ㈜L로부터 공사와 관련된 견적서, 공사도급계약서 등의 서류를 확인한 결과, 실제 모델하우스 설치 및 철거공사 용역을 제공한 업체는 A이 아닌 ㈜L로 확인되었고, 이에 따라 M는 쟁점세금계산서①을 가공세금계산서로 시인하였다.

＜청구법인의 대표이사 M에 대한 심문조서 중 일부＞

○○○

또한 청구법인의 대표자 M는 「조세범처벌법」 위반에 따른 통고처분에 대해 납부의사를 표명하였고, 조사청은 이에 따라 고발조치하지 아니하고 벌금을 부과하였으며, M는 2024년 7월에 이를 전액 납부하였다.

＜M의 심문조서 중 일부 발췌＞

○○○

＜M에 대한 통고서(2024.6.25.자)＞

○○○

청구법인은 A으로부터 가공세금계산서에 해당하는 쟁점세금계산서①을 실물거래 없이 수취하여 「조세범처벌법」 제10조 제3항의 세금계산서의 발급의무를 위반하였고, 이에 따라 명도합의서에 따른 E(주)의 법인세 대납 부담을 회피하였다.

또한 E(주)는 법인의 소득을 탈루함과 동시에 법인자금을 B의 건물신축비로 사용하였고, F(주)의 대표자 D은 공사대금을 법인계좌가 아닌 개인계좌로 수령하였다.

따라서 쟁점세금계산서①을 가공세금계산서로 보아 기공제된 매입세액을 불공제하고, 가산세(3%)를 부과한 처분은 적법하다.

(나) A은 쟁점세금계산서①에 관한 부가가치세 OOO원을 납부하지 않았고, 조사청은 A의 대표이사 D에게 수차례 통화를 시도하고 출석요구서를 발송하였으나, 답변을 받지 못하였으므로 이를 2020사업연도 법인세 과세표준 산정시 손금에서 부인하였다.

＜D 출석요구 관련 공문(2024.4.16.) ＞

○○○

한편, 청구법인은 처분청이 이 건 법인세 경정시 당초 손금부인하였던 OOO원을 고려하지 아니하고 OOO원 전액을 손금부인하였다고 주장하나, 처분청은 OOO원을 손금산입한 후 기타로 소득처분하였으므로 청구법인의 주장은 사실과 다르다.

(2) 쟁점세금계산서②는 전소유주 ㈜C의 양도소득에 대한 법인세를 탈루하기 위하여 청구법인이 이 건 부동산②에 대한 다운계약서를 작성한 후 실물거래 없이 수취한 가공세금계산서이다.

(가) 청구법인은 2019.7.18. ㈜C과 이 건 부동산②에 대한 매매계약을 체결(매매대금 OOO원)한 후 2019.12.20. 매매대금 중 OOO원을 건물명도비로 계상하는 방법으로 다운계약서를 작성한 후 2020.3.6. 소유권이전등기를 경료하였고, ㈜C은 2020년 귀속 법인세 신고시 이 건 부동산②의 양도가액을 OOO원으로 기재하여 법인세를 신고·납부하였다.

＜표2＞ 청구법인과 (주)C의 매매계약서 변경내역

○○○

청구법인은 부동산매매계약 변경을 통해 부동산 매매가액과 명도비용을 구분하였고, 이후 명도비용이 컨설팅 비용으로 변경되었을 뿐 총액은 변동이 없으므로 다운계약에 해당되지 않는다고 주장하나,

청구법인은 이 건 부동산②의 소유권이전등기시 실거래가액을 OOO원이 아닌 OOO원으로 신고하였고, 전소유자인 ㈜C 또한 부동산 양도소득세 신고시 양도가액을 OOO원으로 신고하였으므로 최종 변경된 매매계약서는 다운계약서에 해당한다.

또한 ㈜C은 이 건 부동산②의 매매대금 OOO원을 용역대금으로 변경함에 따라 국세 약 OOO원을 절감하게 되었다는 내부결과보고서를 작성한 사실이 확인되었다.

＜㈜C의 내부 결과보고서＞

○○○

(나) 청구법인은 가공세금계산서를 수취한 사실을 숨기기 위하여 매매대금이 다른 매매계약서를 2부 작성하였고, 컨설팅용역계약서와 법인장부를 조작한 사실이 매매계약서 등의 서류로 확인되었으며, 조세범칙조사 당시 청구법인의 대표이사 M는 이를 시인하였다.

M는 ㈜C으로부터 실물거래 없이 쟁점세금계산서②를 수취한 후 실질거래를 가장하기 위해 “OOO H 주상복합 신축관련 컨설팅용역계약서”라는 문서를 작성한 사실에 대하여 시인하였고, ㈜N 대표 O과 상호 협의하에 이 건 부동산②의 매매대금을 OOO원으로 결정한 사실이 확인된다.

＜M 심문조서 중 일부 발췌＞

○○○

＜쟁점세금계산서②에 대한 M 확인서＞

○○○

청구법인은 이 건 부동산②의 매매대금 중 OOO원을 사업권 양도대가로 주장하였다가 건물명도비로 표기하였다고 주장하였고, 이후 2020.1.6.에 이르러 컨설팅용역비라고 주장하였으나,

청구법인은 사업권 양도대가, 명도비, 컨설팅용역비는 각각 전혀 다른 용역에 해당함에도 ㈜C으로부터 OOO원에 상응하는 어떤 용역을 공급받았는지에 대하여 구체적으로 제시한 바가 없다.

따라서 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서②를 가공세금계산서로 보아 가산세(3%)를 부과한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점세금계산서①을 실물거래 없이 수수한 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부

② 쟁점세금계산서②를 실물거래 없이 수수한 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법

제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

제60조(가산세) ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 "세금계산서등"이라 한다)을 발급한 경우: 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우: 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

5. 재화 또는 용역을 공급하고 세금계산서등의 공급가액을 과다하게 기재한 경우: 실제보다 과다하게 기재한 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트

6. 재화 또는 용역을 공급받고 제5호가 적용되는 세금계산서등을 발급받은 경우: 실제보다 과다하게 기재된 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트

(2) 부가가치세법 시행령

제67조(세금계산서) ① 법 제32조 제1항 제2호 단서에서 “대통령령으로 정하는 고유번호”란 제12조 제2항에 따라 부여받는 고유번호를 말한다.

② 법 제32조 제1항 제5호에 따라 세금계산서에 적을 그 밖의 사항은 다음 각 호와 같다.

1. 공급하는 자의 주소

2. 공급받는 자의 상호ㆍ성명ㆍ주소

3. 공급하는 자와 공급받는 자의 업태와 종목

4. 공급품목

5. 단가와 수량

6. 공급 연월일

7. 거래의 종류

8. 사업자 단위 과세 사업자의 경우 실제로 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 종된 사업장의 소재지 및 상호

제75조(세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제) 법 제39조 제1항 제2호 단서에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1 제11조 제1항 또는 제2항에 따라 사업자등록을 신청한 사업자가 제11조 제5항에 따른 사업자등록증 발급일까지의 거래에 대하여 해당 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 적어 발급받은 경우

2. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받은 경우

4. 법 제32조 제2항에 따라 발급받은 전자세금계산서로서 국세청장에게 전송되지 아니하였으나 발급한 사실이 확인되는 경우

5 법 제32조 제2항에 따른 전자세금계산서 외의 세금계산서로서 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받았고, 그 거래사실도 확인되는 경우

6. 실제로 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받은 사업장이 아닌 사업장을 적은 세금계산서를 발급받았더라도 그 사업장이 법 제51조 제1항에 따라 총괄하여 납부하거나 사업자 단위 과세 사업자에 해당하는 사업장인 경우로서 그 재화 또는 용역을 실제로 공급한 사업자가 법 제48조 및 제49조에 따라 납세지 관할 세무서장에게 해당 과세기간에 대한 납부세액을 신고하고 납부한 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2020.3.6. P과 광주광역시 서구 OOO 모델하우스 철거공사대금을 OOO원(부가가치세 포함)으로 하는 내용의 하도급계약을 체결하였고, 2020.6.15. P로부터 쟁점세금계산서①을 수취하였다.

＜쟁점세금계산서①＞

○○○

＜ 쟁점세금계산서① 관련 하도급계약서(2020.3.6.) ＞

○○○

(나) 청구법인은 2019.7.10. B으로부터 이 건 부동산①의 매매대금을 OOO원으로 하고, 잔금일을 2019.12.30.로 하는 내용의 부동산매매계약서를 체결하였으며, 명도합의서 등을 살펴보면, B은 청구법인이 이 건 부동산①을 개발하는 데 적극 협조하고, 청구법인이 사업시행에 지장이 없도록 명도하기로 하면서 부동산매매대금 OOO원과 별도로 명도비 OOO원을 추가 지급하기로 한 것으로 나타난다.

＜이 건 부동산① 관련 부동산계약서 및 명도합의서(2019.7.10.)＞

○○○

(다) 청구법인의 금융계좌조회내역, 이체확인증 등에 따르면, 청구법인은 2020.4.23. D(A 대표자)의 OOO로 OOO원을 입금하였고, 같은 날 B으로부터 OOO원을 지급받았으며, 2020.6.15. D에게 OOO원을 입금한 것으로 나타난다.

＜청구법인의 계좌거래내역 조회화면 - 조사청 제출＞

○○○

＜이체확인증＞

○○○

(라) 조사청이 제출한 청구법인의 대표자 M의 소명서, 진술서, 확인서 등을 살펴보면, M는 쟁점세금계산서①은 모델하우스 철거에 관한 것으로, 실물거래 없이 수취한 매입세금계산서임을 인정한 것으로 나타난다.

＜M에 대한 조세범칙조사 심문조서 중 일부 발췌＞

○○○

＜쟁점세금계산서① 관련 소명서 및 대표자 확인서-조사청 제출＞

○○○

(마) 청구법인은 쟁점세금계산서①은 A으로부터 부동산컨설팅용역을 제공받은 대가라고 주장하면서 그 증빙으로 A의 대표자 D과 정유리가 작성한 사실확인서를 제출하였다.

＜D, 정유리가 작성한 사실확인서 - 청구법인 제출＞

○○○

(바) 조사청이 제출한 B의 진술서를 살펴보면, B은 이 건 부동산①의 매매에 관한 조건 등을 D(A)과 협의한 것으로 진술한 것으로 나타난다.

＜B의 진술서 중 일부 발췌＞

○○○

(사) 청구법인은 2019.7.18. ㈜C과 이 건 부동산②의 매매대금을 OOO원으로 하고, 잔금일자를 2019.11.30.로 하는 내용의 부동산매매계약서를 체결한 후, 2019.11.14. 잔금일자를 2019.12.16.로 변경하였으며, 2019.12.20. 이 건 부동산②의 매매대금을 OOO원으로 하고, 잔금일자를 2020년 1월로 변경(2차)하면서, 그 특약사항에 “건물명도비 OOO원 별도”로 기재한 것으로 나타난다.

＜최초계약서(2019.7.18.) 및 1차 변경계약서(2019.11.14.)＞

○○○

＜2차 변경계약서(2019.12.20.)＞

○○○

(아) 청구법인은 2020.1.6. ㈜C과 이 건 사업 관련 컨설팅용역대금을 OOO원으로 하고, 2021.9.30., 2021.12.31.에 각 OOO원을 지급받는 내용의 용역계약을 체결한 후, 2021.9.30., 2021.12.31. ㈜C으로부터 쟁점세금계산서②를 수취하였다.

＜컨설팅용역계약서 중 일부＞

○○○

(자) 등기사항전부증명서에 의하면, 이 건 부동산②는 2019.12.20. 매매를 원인으로 하여 2020.3.6. 청구법인의 명의로 소유권이전등기가 경료되었고, 그 가액은 OOO원으로 기재되어 있다.

(차) 청구법인은 세무조사당시 컨설팅용역 수행에 대한 결과보고서 등은 없고, 토지매입 관련 명도를 완료한 것을 용역의 결과물로 보아야 한다는 취지의 소명자료를 제출하였다.

＜청구법인 제출 소명자료 중 일부 발췌＞

○○○

(카) 조사청이 제출한 청구법인의 대표자 M의 조세범칙조사 심문조서를 살펴보면, M는 쟁점세금계산서②를 실물거래 없이 수취한 매입세금계산서임을 인정한 것으로 나타난다.

＜M에 대한 조세범칙조사 심문조서 중 일부 발췌＞

○○○

(타) 조사청은 2024.3.13.부터 2024.6.20.까지 청구법인에 대한 법인통합조사 및 조세범칙조사를 실시한 결과, 쟁점세금계산서가 용역의 제공 없이 수취한 가공세금계산서에 해당한다고 보아 이를 처분청에 통지하였고, 처분청은 쟁점세금계산서①과 관련한 쟁점세금계산서①과 관련한 부가가치세 OOO원을 손금부인하고, 기공제한 부가가치세(OOO원)를 매입세액불공제하면서 부당과소신고가산세(40%) 및 납부지연가산세를 적용하였으며, 쟁점세금계산서①·②를 실물거래 없이 수취한 가공세금계산서에 해당한다고 보아 세금계산서불성실가산세(3%)를 적용하는 등 2024.10.24. 청구법인에게 2020년 제1기·2021년 제2기 부가가치세 합계 OOO원(아래 ＜표3＞·＜표4＞ 기재), 2020사업연도 법인세 OOO원, 2022사업연도 법인세 OOO을 각각 결정·고지하였다.

＜표3＞ 이 건 부가가치세 고지내역

○○○

＜표4＞ 가산세 부과내역

○○○

(파) 처분청이 제출한 결의서 등을 살펴보면, 처분청은 2020사업연도 법인세 경정시 쟁점세금계산서①와 관련한 부가가치세 OOO원 전액을 손금불산입한 후, 이 중 OOO원을 손금산입한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점세금계산서①이 용역내용을 단순착오에 의해 오기된 세금계산서이므로, 이를 용역의 제공 없이 수취한 가공세금계산서로 보아 이 건 부가가치세 등을 부과한 처분이 부당하다고 주장하나,

청구법인은 A이 이 건 부동산①의 전소유주에 대한 명도용역을 제공하였다는 사실을 입증할만한 A과 체결한 명도용역계약서, 용역수행결과보고서 등 객관적인 증빙을 제출하지 못하고 있는 점, 청구법인은 A의 대표 D의 개인계좌로 OOO원을 이체하였으나, 같은 날 B으로부터 동일한 금액(OOO원)을 다시 돌려받은 것으로 확인되고, A은 쟁점세금계산서①과 관련한 부가가치세를 신고·납부하지 아니한 점, B은 임차인에게 지급하여야 할 명도비 OOO원을 F을 통해 사업장 신축공사비로 사용하였다고 인정한 점 등에 비추어 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

한편, 청구법인은 처분청이 2020사업연도 법인세를 부과하면서 쟁점세금계산서①에 관한 매입세액 중 OOO원을 손금부인함에 따라 중복으로 과세되었다고 주장하나, 「국세기본법」 제55조 제1항에서 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 제65조 제1항 제1호에서 심사청구가 적법하지 아니한 때에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다고 규정하고 있는바, 처분청이 제출한 법인세 경정결의서 등에서 처분청은 쟁점세금계산서①와 관련한 부가가치세 OOO원 전액을 손금불산입한 후 이 중 OOO원을 손금산입하여 2020사업연도 법인세를 산정한 것으로 확인되므로, 이에 관한 심판청구는 심리일 현재 불복의 대상이 되는 처분이 존재하지 아니하는 부적법한 청구로 판단된다.

(다) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 당초 ㈜C과 이 건 부동산②의 매매가액을 OOO원으로 하는 매매계약을 체결하였으나, 이 건 부동산②의 매매가액과 용역대금을 각각 구분하여 변경계약을 체결하면서 용역대금을 구분하여 산정한 근거나, ㈜C으로부터 컨설팅용역을 제공받았다는 사실을 입증할만한 증빙은 제출하지 못하고 있는 반면, 조사 당시 청구법인의 대표자 쟁점세금계산서②가 가공세금계산서라고 인정한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하거나, 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.