이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2016.5.27. 경기도 OOO 토지상에 연면적 174,408.18㎡의 건축물(이하 “이 건 건축물”이라 한다)을 취득(신축)하였고, 이 건 건축물 중 연면적 100,031.98㎡의 A동 공장용 건축물(지식산업센터 351개 호실, 이하 “이 건 지식산업센터”라 한다)의 취득에 대하여 「지방세특례제한법」(2016.12.27. 법률 제14477호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제58조의2 제1항 제1호에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자가 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산 등으로 감면 신청하여 취득세의 100분의 50을 경감받았다.

나. 처분청은 청구법인이 이 건 지식산업센터 중 6개 호실(이하 “쟁점지식산업센터”라 한다)을 부동산 임대업자나 사업자등록을 하지 않은 자에게 분양하여 청구법인이 쟁점지식산업센터를 다른 용도로 분양한 경우에 해당하는 것으로 보아, 2023.12.7. 청구법인에게 기감면한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.3.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 수분양자들이 쟁점지식산업센터를 다른 용도로 사용한 것은 분양자인 청구법인에 대한 이 건 취득세 등 추징사유인 ‘다른 용도로 분양하는 것’에 해당하지 아니한다.

청구법인은 분양 당시 이 건 지식산업센터를 분양받은 수분양자들의 사업자등록증 등을 확인하여 입주자격을 확인하였고, 이 건 지식산업센터를 사업시설용으로 사용하는 내용으로 계약하면서, 그 용도대로 사용하겠다는 계약자 확인서, 사전입주조사서 및 확인사항 등을 받고 분양하였으므로, 청구법인으로서는 이 건 지식산업센터를 사업시설용으로 분양하기 위한 의무를 다한 것이다.

그럼에도 불구하고 쟁점지식산업센터의 수분양자들이 쟁점지식산업센터를 ‘다른 용도로 사용한 것’을 분양자인 청구법인에 대한 이 건 취득세 등 추징사유인 ‘다른 용도로 분양한 것’이라고 보아 한 이 건 처분은, 그 감면 및 추징에 적용되는 조항이 서로 다름에도 이를 연관지어 취득세의 감면 및 추징 여부를 판단한 것이어서 부당하다.

(2) 청구법인은 이 건 지식산업센터를 사업시설용으로 분양하기 위한 의무를 다하였다.

청구법인은 2013.9.12. 위탁자인 주식회사 A와 관리형토지신탁 계약을 체결하여 이 건 지식산업센터 신축ㆍ분양 업무를 위탁받았고, 수탁자인 청구법인은 토지 지상에 이 건 지식산업센터를 신축하여 수분양자들에게 분양하였다.

그 과정에서 청구법인은 2016년 8월 경 이 건 지식산업센터를 분양받은 수분양자들의 잔금납부일 전후로 수분양자의 사업자등록증을 확보하여 수분양자들이 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」상 지식산업센터에 입주할 수 있는 시설에 해당하는지 확인하고, 그 용도대로 사용하겠다는 계약자 확인서, 사전입주조사서 및 확인사항 등을 받고 분양하였다.

청구법인은 이 건 지식산업센터 분양일(2016년)과 세무조사일(2023년) 사이의 시간 간격이 크고, 취득세 부과제척기간 도과가 임박할 정도로 별다른 문제없이 시간이 흘렀기 때문에 청구법인은 이 건 처분 사유와 같은 추징 문제가 발생하리라고는 전혀 예상하지 못했고, 그래서 쟁점지식산업센터 중 일부 호실에 관한 자료는 보유하고 있지 못하였다.

그럼에도 불구하고 청구법인은 세무조사 당시 보관하던 일부 수분양자들의 사업자등록증과 법인 등기사항증명서를 발급받아 소명자료로 제출하였고, 쟁점지식산업센터 중 426호, 1113호, 1706호를 분양받은 업체들의 사업자등록증과 법인 등기사항전부증명서 등을 살펴보면, 위 각 호들은 제조업, 소프트웨어 개발업을 운영하기 때문에 모두 이 건 지식산업센터에 입주할 수 있는 시설에 해당한다.

그 외의 호실의 경우 7년의 긴 시간동안 직원들이 수차례 변경되는 등 회사 운영의 현실적인 사정으로 인하여 관련 자료들을 모두 보관하지는 못하여 현재 자료를 보유하고 있지 아니하다. 그러나 청구법인이 쟁점지식산업센터 외 다른 호실의 수분양자들의 사업자등록증도 보유하고 있었음을 고려하면 청구법인이 이 건 지식산업센터 분양 당시 수분양자들의 사업자등록증을 일괄적으로 확인하였음을 알 수 있다.

청구법인은 「지방세기본법」을 신뢰하여 장부 및 증거서류의 법정보존기한 5년을 준수하여 분양 관련 자료를 보관하였고, 그 시간은 평온하게 지나가 보존의무를 다하였다. 그러나 이 건 세무조사가 법정보존기한이 지나고 나서야 뒤늦게 진행됐고 결국 위 조사 당시에는 이 건 지식산업센터 분양 당시의 자료 중 일부만 존재하여 소명에 한계가 있었다. 청구법인은 「지방세기본법」상 장부 및 증거서류 보존 의무를 다하였음에도 불구하고 이 건 세무조사가 지나치게 늦게 진행돼 청구법인의 절차적 권리가 실질적으로 침해되었다.

그리고 이 건 처분의 부과제척기간과 관련하여 청구법인은 이 건 지식산업센터 분양 후 취득세를 신고납부하였기 때문에 원칙적으로 「지방세기본법」 제38조 제1항 제3호의 5년의 부과제척기간의 적용을 받는다. 그런데 이 건 처분은 ‘청구법인에게 추징사유가 발생하였고, 이에 대한 신고납부의무 또한 발생하였는데 청구법인이 이를 신고하지 않았다’고 보아 「지방세법」 제20조 제2항, 「지방세기본법」 제38조 제1항 제2호의 7년의 부과제척기간을 적용하여 내려졌다.

그러나 청구법인이 이 건 지식산업센터 분양 당시 설립자로서 ‘분양의무’를 다하였고 이는 분양 당시 발생하여 확정된 감경사유이므로 현재까지 여전히 감경사유로 유효하고, 추징사유가 발생하지 않았다고 보아야 할 것인바, 이처럼 처분청이 수분양자의 사용의무 위반을 설립자의 ‘분양의무’ 위반으로 의제하여 실질적으로 부과제척기간까지 연장하여 적용하면서까지 이 건 처분을 내린 것은 매우 부당하다.

그리고 청구법인이 이 건 지식산업센터를 분양한 이후 청구법인과 구별되는 수분양자의 사후적 의무위반 사유, 즉 수분양자들이 잔금납부일 이후에 업종을 변경하는 등의 행위를 하였다고 하더라도 이는 지식산업센터 ‘설립 및 분양자’에 해당하는 청구법인의 책임범위라고 하기 어렵다.

나. 처분청 의견

「지방세특례제한법」제58조의2 제1항 제1호 단서에서 말하는 “다른 용도로 분양하는 경우”에 해당하는지 여부는 수분양자의 지식산업센터 실제 이용 상황을 기준으로 “지식산업센터 입주가능시설 외의 용도”로 분양되었는지 여부에 따라 판단되어야 하는 것으로 봄이 타당하다 할 것이므로, 지식산업센터를 신축하였으나 그 취득일부터 5년 이내에 이를 사업시설용으로 직접 사용하지 않을 자에게 분양하거나 임대한 경우에는, 그것을 사업시설용으로 직접 사용할 자에게 분양하거나 임대한 것과 마찬가지로 볼 수 있는 등의 특별한 사정이 없는 한, 해당 부분에 관하여 경감받은 취득세는 이 사건 추징규정에 따라 추징할 수 있다고 보아야 할 것(대법원 2018.4.10. 선고 2017두74085 판결, 대법원 2018.10.25. 선고 2018두50031 판결 참조)이다.

사업시설용으로 사용될 것으로 예정되어 분양·임대된 입주대상 시설이 분양·임대계약 체결 후 사업시설용이 아닌 다른 용도로 사용하게 된다면 「지방세특례제한법」제58조의2 제1항 제1호의 규정의 취지가 몰각되는 점 등에 비추어 보면 위 규정에 기하여 사업시설용으로 분양·임대하기 위하여 취득세를 경감받은 자는 단지 법인등기부등본, 사업자등록 등을 통하여 사업시설용으로 입주하는지의 여부를 형식적으로 확인하는 것에 그치는 것이 아니라 위와 같은 개별사항을 확인하는 등 사업시설용으로 입주하고 있는지의 여부를 실질적으로 확인하고 입주자로 하여금 분양·임대계약 체결 후 사업시설용으로 입주하도록 할 의무가 있다고 봄이 상당하므로 「지방세특례제한법」제58조의2 제1항 제1호에 기하여 취득세를 경감받은 자가 처음부터 사업시설용이 아닌 다른 용도로 활용하려는 입주자에게 분양·임대받게 하는 경우만 아니라 앞서 본 경우와 같다고 평가할 수 있을 정도로 입주자로 하여금 사업시설용으로 입주하도록 할 의무를 게을리하여 입주자가 사업시설이 아닌 다른 용도로 사용하는 경우에도 「지방세특례제한법」제58조의2 제1항 제1호 단서에서 정한 ‘다른 용도로 분양·임대하는 경우’에 해당된다고 할 것(의정부지방법원 2018.5.29. 선고 2017구합11850 판결 참조)이다.

청구법인의 경우, 이 건 지식산업센터 전체를 「지방세특례제한법」제58조의2 제1항 제1호에 기하여 취득세를 경감받았으나, 쟁점지식산업센터의 경우, 부동산 임대업자나 사업자등록을 하지 않은 자에게 분양하여 실제 사업시설용이 아닌 임대업에 사용되고 있는 사실이 확인되는 이상, 다른 용도로 분양하는 경우에 해당된다고 할 것이므로 처분청에서 청구법인이 쟁점지식산업센터를 다른 용도로 분양한 경우로 보아 경감된 취득세 등을 부과·고지한 이 건 부과처분은 달리 잘못이 없다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 지식산업센터를 취득일부터 5년 이내에 다른 용도로 분양한 것으로 보아 취득세를 추징한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 2016.5.27. 이 건 건축물을 취득(신축)하였고, 이 건 건축물 중 이 건 지식산업센터의 취득에 대하여 「지방세특례제한법」 제58조의2 제1항 제1호에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자가 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산 등으로 감면 신청하여 취득세의 100분의 50을 경감받았다.

(나) 처분청은 2023년 지식산업센터 설립자 감면 일제조사 결과, 청구법인이 쟁점지식산업센터(6개 호실)를 부동산 임대업자나 사업자등록을 하지 않은 자에게 분양하여 실제 사업시설용이 아닌 임대업에 사용되고 있는 사실을 확인하고, 이를 청구법인이 쟁점지식산업센터를 다른 용도로 분양한 경우로 보아, 2023.12.7. 청구법인에게 기감면한 취득세 등 합계 OOO원을 부과·고지하였다.

＜표1＞ 처분청이 제출한 쟁점지식산업센터 명세

○○○

(다) 청구법인은 이 건 지식산업센터 분양 시 수분양자들의 사업자등록증, 법인등기부등본 등을 통해 입주가능업종인지 여부를 사전에 확인하였다는 청구주장과 관련하여 아래와 같이 수분양자들의 사업자등록증 및 법인등기부등본 등을 제출하였고, 제출된 자료에 따르면 수분양자들은 제조업, 소프트웨어개발업 등의 업종을 영위하는 것으로 기재되어 있다(쟁점지식산업센터 중 426호, 1113호, 1706호 수분양자의 자료가 포함되어 있고, 그 밖에 쟁점지식산업센터 외 다른 호실의 수분양자들의 자료도 포함되어 있음).

(라) 쟁점지식산업센터 중 1706호의 등기부등본에 따르면, 위 1706호 부동산은 2016.6.3. 청구법인의 소유권보존 등기가 경료되었고, 2016.9.20. B주식회사에 소유권이 이전되었으며, 2017.1.11. 주식회사 C에 소유권이 이전되었다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」 제58조의2 제1항에서 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의2에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2016년 12월 31일까지 지방세를 경감한다고 규정하고 있고, 그 제1호에서 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 "사업시설용"이라 한다)으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한 지식산업센터에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감하되, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다고 규정하면서, 나목에서 그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 분양ㆍ임대하는 경우를 규정하고 있다.

(나) 처분청은 쟁점지식산업센터의 경우, 부동산 임대업자나 사업자등록을 하지 않은 자에게 분양하여 실제 사업시설용이 아닌 임대업에 사용되고 있는 사실이 확인되는 이상, 다른 용도로 분양하는 경우에 해당된다는 의견이다.

그러나, 청구법인이 쟁점지식산업센터를 분양하면서 수분양자들의 사업자등록증 등을 수집하여 수분양자들의 영위업종을 확인한 것으로 보이고, 수분양자들에게 쟁점지식산업센터를 사업시설용으로 사용하여야 한다고 안내한 것으로 보이는바, 청구법인이 수분양자가 사업시설용으로 입주하도록 할 의무를 게을리한 것으로 보기 어려운 점,

소유권이 이전된 이후 사업시설용으로 직접 사용하지 않고 다른 용도로 사용하거나 임대하였다고 하여 이미 감면한 취득세 등을 추징하는 것은 지식산업센터의 신축과 분양에 대한 청구법인의 책임과 한계를 넘어서는 것으로 보이는 점 등에 비추어,

청구법인이 쟁점지식산업센터를 취득한 이후 다른 용도로 분양ㆍ임대한 것으로 보기 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 지방세특례제한법

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

6. “지방세 특례”란 세율의 경감, 세액감면, 세액공제, 과세표준 공제(중과세 배제, 재산세 과세대상 구분전환을 포함한다) 등을 말한다.

제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면) ① 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의2에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2016년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.

1. 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 "사업시설용"이라 한다)으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한 지식산업센터에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우

나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 분양ㆍ임대하는 경우

(2) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다

13. “지식산업센터”란 동일 건축물에 제조업, 지식산업 및 정보통신산업을 영위하는 자와 지원시설이 복합적으로 입주할 수 있는 다층형 집합건축물로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.

제28조의4(지식산업센터의 분양) ① 지식산업센터를 설립한 자가 지식산업센터를 분양 또는 임대하려는 경우에는 공장건축물 착공 후 산업통상자원부령으로 정하는 바에 따라 모집공고안을 작성하여 시장ㆍ군수 또는 구청장의 승인을 받아 공개로 입주자(지식산업센터를 분양 또는 임대받아 제조업이나 그 밖의 사업을 하는 자를 말한다. 이하 같다)를 모집하여야 한다. 승인을 받은 사항 중 산업통상자원부령으로 정하는 중요사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.

제28조의5(지식산업센터에의 입주) ① 지식산업센터에 입주할 수 있는 시설은 다음 각 호의 시설로 한다.

1. 제조업, 지식기반산업, 정보통신산업, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사업을 운영하기 위한 시설

2. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 제1항에 따른 벤처기업을 운영하기 위한 시설

3. 그 밖에 입주업체의 생산 활동을 지원하기 위한 시설로서 대통령령으로 정하는 시설

제28조의6(지식산업센터의 관리) ① 지식산업센터는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 관리한다.

1. 「집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률」에 따른 구분소유관계가 성립하는 경우 : 같은 법 제23조 제1항에 따른 관리단

2. 「집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률」에 따른 구분소유관계가 성립하지 아니하는 경우 : 지식산업센터를 설립한 자

② 제1항 제1호에 따른 관리단은 관리단이 구성된 날부터 산업통상자원부령으로 정하는 기간 내에 「집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률」 제28조 제1항에 따른 규약을 정하여 시장ㆍ군수 또는 구청장에게 신고하여야 한다. 신고한 사항 중 산업통상자원부령으로 정하는 중요 사항을 변경한 경우에도 또한 같다.

③ 제2항에 따라 신고를 받은 시장ㆍ군수 또는 구청장은 산업통상자원부령으로 정하는 기간 내에 관리기관에게 신고내용을 통보하여야 한다.

④ 제1항 각 호에 따라 지식산업센터를 관리하는 자(이하 “관리자”라 한다)의 업무 범위는 산업통상자원부령으로 정한다.

제28조의7(입주자 등의 의무) ① 지식산업센터의 입주자 또는 관리자는 다음 각 호의 행위를 하여서는 아니 된다.

3. 제28조의5 제1항에 따른 입주대상시설이 아닌 용도로 지식산업센터를 활용하거나 입주대상 시설이 아닌 용도로 활용하려는 자에게 지식산업센터의 전부 또는 일부를 양도ㆍ임대하는 행위

제28조의8(의무위반에 대한 조치 등) 시장ㆍ군수 또는 구청장은 입주자 또는 관리자가 제28조의7에 따른 의무를 준수하지 아니하여 지식산업센터의 안전에 위해를 끼치거나 다른 업체의 생산활동에 지장을 주는 등 지식산업센터의 안전을 해치거나 제28조의5 제1항에 따른 입주대상시설 외의 용도로 활용하는 경우에는 상당한 기간을 정하여 그 시정을 명하거나 대통령령으로 정하는 바에 따라 지식산업센터의 안전확보 등을 위하여 필요한 조치를 할 수 있다.

(3) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령

제36조의4(지식산업센터에의 입주) ① 법 제28조의5 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 사업"이란 다음 각 호의 사업을 말한다.

1. 제6조 제2항 및 같은 조 제3항에 따른 지식산업 및 정보통신산업

2. 그 밖에 특정 산업의 집단화와 지역경제의 발전을 위하여 다음 각 목의 구분에 따라 지식산업센터에의 입주가 필요하다고 인정하는 사업

가. 산업단지 안의 지식산업센터의 경우 : 법 제2조 제18호에 따른 산업에 해당하는 사업으로서 관리기관이 인정하는 사업

나. 산업단지 밖의 지식산업센터의 경우 : 시장ㆍ군수 또는 구청장이 인정하는 사업

(4) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행규칙

제26조의3(지식산업센터의 관리 등) ① 법 제28조의6 제2항 전단에서 “산업통상자원부령으로 정하는 기간”이란 2개월을 말한다.

② 법 제28조의6 제2항에 따른 규약에는 다음 각 호의 사항이 포함되어야 한다.

1. 입주자의 권리 및 의무에 관한 사항

2. 관리기구의 선정 및 관리기구 구성원의 인사ㆍ보수 등 관리기구의 운영에 관한 사항

3. 관리운영의 책임 및 범위에 관한 사항

4. 공동시설의 유지ㆍ보수ㆍ대체 및 개량에 관한 사항

5. 공동부담금의 징수절차 및 방법에 관한 사항

6. 건축물의 안전관리 및 하자보수에 관한 사항

7. 그 밖에 지식산업센터의 관리 및 유지를 위하여 필요한 사항

③ 법 제28조의6 제2항 후단에서 “산업통상자원부령으로 정하는 중요사항”이란 제2항 제1호ㆍ제3호 및 제6호에 해당하는 사항을 말한다.

④ 법 제28조의6 제3항에서 “산업통상자원부령으로 정하는 기간”이란 신고를 받은 날부터 10일을 말한다.

⑤ 법 제28조의6 제4항에 따른 지식산업센터를 관리하는 자(이하 “관리자”라 한다)의 업무 범위는 다음과 같다.

1. 지식산업센터의 공유부분, 지식산업센터 입주자의 공동소유인 부대시설 및 지원시설(일반에게 분양되는 것은 제외한다)의 유지ㆍ보수 및 안전관리

2. 지식산업센터의 경비ㆍ청소 및 쓰레기수거

3. 관리비, 사용료, 특별수선충당금 등 부담금의 징수ㆍ보관ㆍ예치 및 회계관리

4. 공과금의 납부대행

5. 입주 및 가동 현황과 그 변동에 관한 사항의 관리

6. 그 밖에 규약으로 정한 사항의 집행