이유
1. 처분개요

가. 청구인은 2022.4.15. 경기도 성남시 분당구OOO 토지 1,308.5㎡ 및 건축물 10,149.86㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득(매매)한 후, 같은 날, 「지방세특례제한법」제50조 제1항에 따라 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세를 면제받았다.

나. 그 후, 처분청은 2024.5.8. 이 건 부동산에 대한 현지출장조사 등을 통해 청구인이 이 건 부동산 중 6층 전부(전체 면적의 15.89%, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 대안학교인 A(이하 “쟁점대안학교”라 한다)로 사용하고 있는 사실을 확인한 후,

2024.9.12. 쟁점부동산에 대하여 기 면제하였던 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함)을 부과·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2024.12.10. 이의신청을 거쳐 2025.5.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인 교회의 조직 중 다음 세대 사역기관 중 하나로 A이라는 기관이 있으며, 건축물 6층의 면적 일부를 사용하고 있으나, 그 주된 사용 용도는 교회의 주일학교 예배활동 및 분반성경공부, 소그룹 성경공부, 셀모임(예배), 중보기도사역 및 상담사역 등이고,

청구인이 A을 운영하는 것은 청구인의 비전 중 하나인 다음 세대 회복의 일환으로 ‘스쿨’이라는 명칭을 사용하지만 학력 인정 학교가 아니라, 성경공부와 예배활동 등을 통하여 기독교 세계관을 가르치기 위한 다음 세대 선교 목적으로 운영하는 것이므로, 별도의 조직이 아닌 교회 조직의 일부인 A이 사용하는 건축물의 면적도 종교 목적에 직접 사용하는 부동산으로 보아야 할 것임에도 처분청이 쟁점부동산에 대하여 기 감면하였던 취득세 등을 부과하는 것은 부당하다.

(2) 설령, 쟁점부동산이 과세 대상이라 하더라도, 실제 사용 면적을 기준으로 과세 면적 및 부과세액 등의 재산정이 필요하다.

나. 처분청 의견

(1) 처분청이 2024.5.8. 쟁점부동산에 출장하였을 당시(평일 16시 40분경), 같은 교복을 착용한 학생들이 다수 출입하고 있었으며, 6층 내부의 층별 안내문에 ‘6층 A’이 표시되어 있고, 6층 입구에 ‘A’이라는 표지문이 있었으며, 그 내부에는 교무실 및 교실들이 있고, 복도에는 학생 작품들이 전시되어 있는 사실을 확인한 점,

2024.12.12. 출장 당시에도 종교용이 아닌 대안학교 교육과정에 이용되는 사실을 확인한 점,

입학금으로 기부금 기준 분기납 OOO만원의 비용을 명시하고 있으며, 대안학교의 교과과정이 국어, 수학, 예체능 및 검정고시 등으로 일반 교육시설로 보이고, 그 운영이 본질적으로 청구인의 종교활동에 필수 불가결한 시설이라고 보기도 어려운 점(대법원 2022.6.16. 선고OOO 판결, 같은 뜻임),

청구인이 쟁점부동산을 예배 등 일부 종교적 활동으로 사용한다고 하더라도 쟁 부동산 전체가 사실상 대안학교를 위한 용도로 주로 사용되는 것으로 보이는 점,

아울러, “비인가 대안학교”는 교육서비스업의 일종인 수익사업에 해당하므로, 대안학교를 운영한 것은 수익사업을 운영한 것이라고 봄이 상당하다 할 것인 점(대법원 2022.5.12. 선고OOO, 같은 뜻임) 등에 비추어,

청구인이 쟁점부동산을 취득하고 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 다른 용도로 사용하는 경우로 보아 처분청이 쟁점부동산에 대하여 기 면제한 취득세 등을 부과·고지한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점대안학교가 사용하고 있는 쟁점부동산을 종교단체가 종교를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하는 부동산으로 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 재단법인 기독교한국침례회유지재단에서 발급한 소속증명서(문서번호OOO) 및 정관에 따르면, 청구인은 재단법인 기독교한국침례회 서울서부지방회에 소속된 교회이고, 기독교한국침례회와 1세기 사도적 교회의 성서적 이상과 가르침에 따라 예배와 24시 기도의집, 선교, 교육과 봉사, 그리고 성도의 교제를 목적으로 하고 있다.

(나) 청구인은 2022.4.15. 지하 6층, 지상 7층 규모의 이 건 부동산을 OOO 주식회사로부터 취득한 후, 「지방세특례제한법」제50조 제1항에 따라 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세를 면제받았다.

＜표1＞ 이 건 부동산의 건축물 현황

(단위 : ㎡)

○○○

(다) 처분청은 2024.5.8.과 2024.12.12. 이 건 부동산에 대한 출장조사 등을 통해, 아래 ＜표2＞과 같은 사실을 확인한 것으로 나타난다.

＜표2＞ 처분청의 이 건 부동산 출장복명서(발췌)

○○○

(라) 쟁점대안학교는 “다음 세대를 바벨론의 가치에 저항하며 이 시대를 승리하는, 마지막 때 다니엘 세대들로 키우는 학교”라는 이념으로 아래 ＜표3＞과 같이 학생을 모집하고 있는 것으로 나타난다.

＜표3＞ 쟁점대안학교 모집인원

○○○

(마) 처분청은 이 건 부동산 중 지상 6층 전체(쟁점부동산)를 쟁점대안학교가 사용한다고 하며 취득세 등을 추징한 반면, 청구인은 쟁점대안학교가 사용하는 면적은 이 건 부동산의 6층 전체가 아닌 일부 면적(아래 ＜그림1＞의 “(B)” 부분)에 한정하여야 한다고 주장하며, 아래 ＜그림1＞과 같이 지상 6층의 현황도면을 제출하였다.

＜그림1＞ 쟁점부동산 현황도면(이 건 부동산의 지상 6층)

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」제50조 제1항에서는 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하되, 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하면서 그 제3호에서 “해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우”를 규정하고 있으며, 같은 법 제2조 제1항 제8호에서는 “직접 사용”이란 부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있는바,

「지방세특례제한법」제50조에서 종교를 목적으로 하는 단체가 그 사업에 사용하기 위한 부동산이라 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용 용도가 종교목적 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하므로 종교단체의 경우 취득세와 재산세의 감면 대상이 되는 것은 종교의식, 예배축전, 종교교육 및 선교 등 종교목적으로 직접 사용하는 부동산에 한하는 것이라 할 것이다(조심 2018지822, 2018.11.5. 외 다수, 같은 뜻임).

(나) 살피건대, 「지방세특례제한법」제50조에 의한 고유목적사업에 직접 사용되는지 여부는 간헐적ㆍ일시적 사용이 아닌 연속적ㆍ영구적 사용을 의미하며 부수적인 용도가 아닌 주된 용도가 무엇인지에 따라 판단하는 것이 합리적이라 할 것인바(조심 2011지183, 2012.2.29., 같은 뜻임),

처분청의 출장보고서, 쟁점건축물의 현장 사진, 쟁점대안학교의 수업내용 및 학사일정 등을 종합하여 보면, 청구인은 쟁점부동산의 일정 부분을 쟁점대안학교가 사용하고 있는 것으로 나타나는 점, 쟁점대안학교는 쟁점건축물을 소재지로 하여 초등 각 학년당 ○명의 정원으로 기본교과 및 역량교과 등의 과정을 진행하고 있는 사실이 확인되는 점 등에 비추어,

쟁점부동산 중 위 ＜그림1＞의 “(B)”부분은 종교용이 아니라 청구인의 종교 목적사업과는 구분되는 비인가학교인 쟁점대안학교의 용도로 사용되고 있다고 보는 것이 타당하다 하겠으므로, 처분청이 이에 대하여 대하여 기 면제하였던 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

다만, 쟁점부동산 중 위 ＜그림1＞의 “(A)”부분은 쟁점대안학교가 사용하는 면적인지 여부 등에 대하여 다툼이 있으므로, 처분청이 그 사용현황 등에 대하여 재조사한 후, 청구인이 종교 목적에 직접 사용하는 부동산 부분에 한정하여 취득세 등의 면제 여부를 판단하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호·제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법

(2020.1.15. 법률 제16865호로 일부 개정된 것)

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “수익사업”이란 「법인세법」 제4조 제3항에 따른 수익사업을 말한다.

8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자(「신탁법」 제2조에 따른 수탁자를 포함하며, 신탁등기를 하는 경우만 해당한다)가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.

제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제) ① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 법인세법

제4조(과세소득의 범위) ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

1. 각 사업연도의 소득

3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득

③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

(3) 법인세법 시행령

제3조(수익사업의 범위) ① 법 제4조 제3항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 교육시설에서 해당 법률에 따른 교육과정에 따라 제공하는 교육서비스업

가. 「유아교육법」에 따른 유치원

나. 「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교

다. 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법」에 따라 설립된 외국교육기관(정관 등에 따라 잉여금을 국외 본교로 송금할 수 있거나 실제로 송금하는 경우는 제외한다)

라. 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」에 따라 설립된 비영리법인이 운영하는 국제학교

마. 「평생교육법」 제31조 제4항에 따른 전공대학 형태의 평생교육시설 및 같은 법 제33조 제3항에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설

(4) 대안교육기관에 관한 법률

(2021.1.12. 법률 제17887호로 제정된 것)

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “대안교육”이란 개인적 특성과 필요에 맞는 다양한 교육내용 및 교육방법을 통하여 개개인의 소질과 적성 개발을 목적으로 하는 학습자 중심의 교육을 말한다.

2. “대안교육기관”이란 「초ㆍ중등교육법」 제4조에 따른 인가를 받지 아니하고 이 법 제5조에 따라 등록하여 대안교육을 실시하는 시설ㆍ법인 또는 단체(이하 “시설등”이라 한다)를 말한다.

제5조(대안교육기관의 설립ㆍ운영의 등록 등) ① 대안교육기관을 설립ㆍ운영하려는 자는 대안교육에 필요한 교사(체육장을 포함한다)와 교지 등 대통령령으로 정하는 시설 및 설비와 다음 각 호의 사항이 기재된 서류를 갖추어 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ도ㆍ특별자치도 교육감(이하 “교육감”이라 한다)에게 등록하여야 한다.

1. 목적

2. 명칭

3. 위치

4. 교육목표

5. 학칙

6. 경비와 유지방법

7. 교육과정 운영계획서

8. 교직원 배치계획서

9. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

제15조(수업료 등) ① 대안교육기관은 학생으로부터 수업료ㆍ입학금 및 운영지원비(이하 “수업료등”이라 한다)를 받을 수 있다.

② 수업료등의 금액 및 납부에 관하여 필요한 사항은 운영위원회의 심의를 거쳐 대안교육기관의 장이 정한다. 이 경우 운영위원회에서는 전년도 대비 물가상승률, 임금인상률, 대안교육기관 여건 등을 고려하여 적정한 수준의 수업료등을 산정하여야 한다.

③ 대안교육기관의 장은 학생이 수강을 계속할 수 없거나 대안교육기관의 폐쇄 등으로 교육을 계속할 수 없을 경우에는 학생으로부터 받은 수업료등을 반환하는 등 학습자를 보호하기 위하여 필요한 조치를 하여야 한다.(이하 생략)

제16조(회계운용) 대안교육기관의 장은 제14조 제2항 제2호에 따라 운영위원회의 심의를 거친 예산안 및 결산 내역을 해당 대안교육기관이 운영하는 인터넷 홈페이지에 지체 없이 공개하여야 한다.