이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 「지방공기업법」 제49조에 근거하여 2010년 9월 설립된 후 택지개발, 주택건설 및 산업단지조성 등의 자체 사업을 영위하는 한편, 강원도 강릉시장과 OOO, OOO(볼링장), OOO, OOO 등의 운영에 관한 위·수탁 관리계약을 체결하여 대행용역(이하 “쟁점사업” 또는 “쟁점용역”이라 한다)을 제공하고 있다.

나. 국세청장(감사관)은 2023.2.6.～2023.2.24. 기간 동안 중부지방국세청에 대한 업무감사를 실시한 결과, 청구법인이 수행한 쟁점사업은 「조세특례제한법 시행령」(이하 “조특법 시행령”이라 한다) 제106조 제8항 단서(이하 “쟁점단서조항”이라 한다)에 따른 부가가치세가 면제되지 아니하는 사업으로 보아 처분청에 쟁점사업 관련 대행사업비(이하 “쟁점사업비”라 한다) 상당액에 대한 부가가치세 과세 대상 여부를 확인하도록 통보하였고, 이에 따라 처분청은 2024년 6월 청구법인에 대한 2019년 제2기～2023년 제2기 과세기간 부가가치세 세무조사를 실시하였다.

다. 처분청은 위 세무조사 결과, 청구법인이 강릉시로부터 수취한 쟁점사업비가 부가가치세 과세대상인 것으로 보아 2024.11.15. 청구법인에게 아래 ＜표1＞과 같이 2019년 제2기부터 2023년 제2기까지 부가가치세 합계 OOO원을 경정·고지하였다.

＜표1＞ 부가가치세 경정·고지내역

ㅇㅇㅇ

* 강릉시 명의로 수취한 매입세금계산서 결제금액, 강릉시에 부과된 제세공과금 납부금액, 강릉시가 납세의무자인 시설이용료 부가가치세 매출세액 등은 제외함

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.4. 이의신청을 거쳐 2025.6.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 강원도 강릉시가 수행하여야 할 공공시설 및 시설물의 관리ㆍ운영이나 지방자치단체의 사업을 단순대행한 것일 뿐, 자기 계산과 책임하에 독립적으로 재화 또는 용역을 공급한 것이 아니고, 쟁점사업이 부가가치세 과세사업에 해당되더라도 이에 대한 부가가치세 신고는 강릉시와 체육시설사업소에서 이행하였다.

(가) ‘위탁’의 구체적인 개념은 국가행정기관의 설치·조직 등을 규정하고 있는 「정부조직법」 제6조에 근거한 「행정권한의 위임 및 위탁에 관한 규정」에서 확인할 수 있는바, ‘위탁’이란 법률에 규정된 행정기관이 장의 권한 중 일부를 다른 행정기관의 장에게 맡겨 그의 권한과 책임 아래 행사하도록 하는 것을 말하고(제2조 제2호), 수탁사무의 처리에 관한 책임은 수탁기관에 있으며, 위탁기관의 장은 그에 대한 감독책임을 지며, 수탁사무에 관한 권한을 행사할 때는 수탁기관의 명의로 하여야 한다(제8조 제2항)고 규정하고 있다.

(나) 「지방자치법」 제117조 제2항에 의하면, 지방자치단체의 장은 조례나 규칙으로 정하는 바에 따라 그 권한에 속하는 사무의 일부를 관할 지방자치단체나 공공단체 또는 그 기관에 위임하거나 위탁할 수 있으며, 이에 따라 지방공공기관은 자신의 명의와 책임으로 사업을 수행할 수 있다.

(다) ‘대행’의 경우, 일반적으로 ‘행정업무의 대행’은 권한이 이전되는 위임·위탁과는 달리 행정청의 명의와 책임으로 권한을 행사하되, 실제적인 업무는 대행기관이 수행하도록 하는 것으로서, 법적인 권한의 귀속 자체가 변경되는 것은 아니므로, 업무의 성질상 대행이 가능하다면, 지방자치단체가 직접 그 업무를 수행하는 대신 대행의 방식으로 운영할 수도 있다고 할 것이고(법제처 2008.12.24. 회신 08-0388 해석례 참조), 즉 권한이 이전되는 위탁과는 달리 행정청의 명의와 책임으로 권한을 행사하되, 실제적인 업무는 대행기관이 수행하도록 하는 것으로서, 이 경우 법적인 권한의 귀속자체가 변경되는 것은 아니라 하겠다.

(라) 「지방공기업법」 제71조 제1항 및 제76조 제2항에서는 지방공사와 지방공단이 지방자치단체의 사업을 대행할 수 있다고 규정하고 있는바, 지방공사나 지방공단은 각각 해당 지방자치단체의 조례 등으로 정하는 바에 따라 지방자치단체가 수행하여야 할 공공시설 및 시설물의 관리ㆍ운영이나 지방자치단체의 사업을 대행할 수 있다.

(2) 청구법인은 쟁점사업에 대한 독립적인 권한을 행사하였다고 볼 수 없다.

(가) 쟁점사업의 거래흐름은 아래와 같다.

1) OOO의 이용자로부터 시설이용료 수취시, 강릉시장 명의의 매출전표를 발급하였고, OOO의 매출전표도 체육시설사업소 소장 명의(강릉시청 공무원)의 매출전표를 발급하였다.

2) 청구법인은 쟁점사업과 관련된 대행수수료에 대해서 세금계산서를 강릉시에 발행하였고, 대행수수료를 제외한 집행예산은 출자자인 강릉시와 강릉시의회에 자급집행계획 및 예산안을 수립하여 보고하고 최종결정을 득한 후, 예산을 교부받았다.

3) 쟁점사업의 수행에 있어 필요한 재화나 용역은 예산의 범위내에서 외부업체에 지급하고, 관련 세금계산서 등 증빙은 강릉시를 공급받는자로 하여 발급받았다.

(나) 쟁점사업 이용료에 대한 가격결정 및 징수는 청구법인이 강릉시와 체결한 ‘시설관리·운영에 관련된 위·수탁계약서’ 제4조에 따라 ‘시’가 정한 관련 조례와 규정에 따라 ‘공사’가 징수하고 있다(2018년 12월 OOO(숙박시설) 위·수탁계약서, 2021년 11월 OOO 수영장 위·수탁계약서 참고).

(다) 청구법인이 ‘강릉시’와 주고받은 공문(직원채용계획보고, 직원채용 관련 검토 회신)에서 확인 할 수 있는 바와 같이 쟁점사업과 관련된 인사채용은 청구법인이 독립적으로 의사결정 할 수 있는 사안이 아니므로, 청구법인 명의로 채용공고를 하였다는 사유로 청구법인이 채용에 대한 독립적 의사결정을 한다고 본 것은 부당하다.

(라) 쟁점사업과 관련된 보험가입증서의 계약자가 청구법인이기는 하나, 피보험자가 청구법인이 아닌 사실을 보면 청구법인을 쟁점사업에 대한 독립적 의사결정 주체로 단정할 수는 없음을 알 수 있다.

(3) 대행사업비 수입을 수익으로 인식하는 것은 「지방공기업 결산기준」에 따른 것으로서, 손익계산서상 매출로 회계처리 하였다는 이유로 부가가치세 부과대상이라는 처분청 의견은 부당하다.

「지방공기업 결산기준」에 따라 영업수익은 대행사업수익, 자체사업수익, 기타영업수익으로 구분되고, 대행사업수익의 경우, 일반기업회계기준 상 대행 및 위탁사업 관련 수익·비용의 회계처리는 대행사업운영으로 인하여 발생하는 수익·비용이 아닌 대행업무수행으로 인하여 수취한 위탁수수료만을 수익으로 인식(일반기업회계기준 16. 사례10, 일반기업회계기준 실16.19)하는 것이나, 이러한 방식의 회계처리를 적용할 경우, 지방공기업의 영업성과 등의 회계정보가 구체적으로 나타나지 않아 지방공기업의 정보이용자들이 요구하는 회계정보 제공이 어려운 사실을 감안하여, 정보이용자들에게 적합한 정보를 제공하기 위해 지방공기업의 대행사업 회계처리는 대행사업비 수취시 수익, 집행시 비용으로 회계처리하는 총액법으로 회계처리 한 것이다.

(4) 청구법인의 모든 사업은 출자자인 강릉시와 강릉시의회에 자급집행계획 및 예산안을 수립하여 보고하고 최종결정을 득한 후, 예산을 교부받고 있다.

(가) 자체수익사업을 제외한 쟁점사업의 경우, 사용자에게 징수한 수입금 전액을 강릉시 일반회계로 입금하고, 쟁점사업에 필요한 예산 또한 회계연도 종료와 함께 집행잔액 및 발생이자를 강릉시에 반납하며, 예산수지 상황과 함께 정산보고를 하고 쟁점대행사업비는 청구법인의 효율적 운영과 관계없이 청구법인에 귀속시킬 수 있는 성격이 아니다.

(나) 쟁점사업 위·수탁계약서에서 확인되는바와 같이 청구법인은 강릉시로부터 위탁받은 사업을 대행함에 있어 선량한 관리자로서의 주의의무를 다하여야 하고, 위탁받은 지방자치단체 대행업무에 대하여 이용목적에 반하는 일체의 행위를 할 수 없으며, 강릉시의 승인없이 제3자에게 양도, 재위탁도 할 수 없다.

또한 감독관청(강릉시)의 지시 또는 공익상 필요에 따라 위탁관리를 계속할 수 없는 불가피한 사유가 발생한 때에는 강릉시는 계약을 해지하거나 기간 단축등 필요한 조치를 취할 수 있고, 청구법인은 이로 인한 손실의 보상 또는 이익의 반환을 청구할 수 없다.

(다) 이러한 강릉시 대행사업에 대한 위·수탁계약 내용에 따라 청구법인은 강릉시에서 교부받은 대행사업비에 대해서는 매출 세금계산서를 발행하지 않고 있고, 각 시설 사업장에서 발생하고 있는 비용에 대해서는 강릉시와 체육시설사업소를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급하며, 강릉시 등은 이를 통해 관련 부가가치세를 신고하고 있다.

(라) 처분청이 작성한 ‘쟁점사업에 대한 부가가치세 과세표준 누락 내역’은 대행사업비 중 유·무형자산 취득의 자본적 지출과 청구법인에 대한 위탁수수료, 강릉시 세금계산서 수취분을 제외한 금액으로서 위 금액은 결국 대행사업을 위해 지출된 인건비(수영장의 경우 인건비와 상·하수도료)에 해당한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점사업의 수입수수료 책정 및 결정은 강릉시 조례에 따라 정해지고, 소요되는 자금에 대해 강릉시에서 예산검토 및 결정을 하는 등 가격결정권의 주체, 손익의 주체가 강릉시이므로 강릉시의 책임과 계산으로 쟁점사업이 수행된다고 주장하나, 청구법인이 자체적으로 강릉시 위탁사업과 관련된 연간집행계획을 수립하여 강릉시에 예산을 요구하여 이에 대한 승인을 받아 집행하고, 위탁수수료도 강릉시 위탁사업 정산금액을 토대로 책정되며, 인건비ㆍ시설보험료 등도 자기계산과 책임하에 집행되므로 단순 대행이라는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.

(가) 청구법인이 강릉시에 제공하는 위탁 운영용역의 범위는 시설물의 관리·운영 및 유지관리 사무, 시설이용료 징수 및 세입조치, 기타 시설물 대여사업에 필요한 업무로 확인되고, 청구법인이 쟁점대행사업비를 미리 받아 경비로 사용하고 차후에 정산하는 것은 용역거래시 일반적으로 널리 쓰이는 실비정산계약으로서 쟁점사업비는 대가에 포함된다.

(나) 청구법인은 쟁점사업비에 대하여 지배·통제권이 없어 용역대가에 포함할 수 없다고 주장하나, 청구법인은 법인세 신고 시 이를 수입금액으로 계상하였고, 청구법인이 위탁운영에 필요한 인력채용 공고를 하고 근로계약에 따라 인건비, 복리후생비 등을 지급하였으며, 소모품비도 청구법인의 자체 판단으로 지출한 사실이 확인되므로 쟁점사업비는 모두 청구법인의 책임과 계산으로 지출한 것이다.

다만, 청구법인이 사업을 수행하면서 강릉시의 지급을 단순 대행한 부분[강릉시를 공급받는 자로 하여 수취한 매입세금계산서 결제금액, 강릉시에 부과된 제세공과금 납부금액, 시설이용료 부가가치세 매출세액(납세의무자 강릉시)]은 과세표준에서 제외하였다.

(다) 아울러 청구법인이 OOO과 2023.12.22. 체결한 ‘체육시설업자 배상책임보험 계약’에 의하면 청구법인은 체육시설업자로서의 계약자 자격으로 보험가입 및 보험료 납입 의무를 이행하고 있고, 청구법인이 부담하고 있는 ‘OOO(수영장) 공제금 부과 산정 조서’를 보더라도 청구법인은 쟁점사업 시설물에 대한 사용자 또는 임차인(점유자)로서 공제금 및 보험료를 부담하는 사실을 보더라도 청구법인이 강릉시의 업무를 단순 대행한 것으로 볼 수 없다.

(라) 「부가가치세법」 제29조 제3항에서 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준에는 거래상대방으로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목 여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다고 규정하고 있는바, 청구법인이 강릉시로부터 쟁점시설의 관리·운영을 위탁받고 쟁점사업비를 수령하여 이를 법인세 신고 시 수입금액으로 신고한 점, 청구법인이 쟁점시설 운영에 필요한 직원을 채용·관리하면서 인건비를 지출하였고, 소모품비 등의 경비도 청구법인의 자체적인 판단에 따라 지출한 사실 등을 감안하면 청구법인이 단순히 쟁점사업비의 집행만 대신하였다고 보기 어렵다.

(마) 이 건 조사 시 처분청이 단순 집행으로 볼 수 있는 항목(청구법인이 강릉시를 공급받는 자로 하여 수취한 매입세금계산서 상당액 등)을 파악하여 이를 과세표준에서 제외하였음에도 청구법인은 인건비를 포함한 사업비 항목 전부를 단순한 집행한 것에 불과하다고 주장할 뿐 이를 뒷받침할 수 있는 구체적·객관적 증빙을 제시하지 못하고 있으므로 청구주장은 받아들이기 어렵다.

(2) 청구법인은 강릉시의 공공시설을 위탁받아 자기 책임과 계산 하에 쟁점사업에 대한 용역을 제공한 사업자이므로 쟁점사업비 중 강릉시가 수취한 세금계산서 및 자본적지출액을 제외한 집행사업비 전액이 부가가치세 과세대상에 해당한다.

(가) 청구법인은 강릉시로부터 위탁받아 운영하고 있는 운동시설의 매출 관련 부가가치세는 강릉시(문화체육시설사업소)가 직접 신고하고 있고, 운영경비로 교부받은 대행사업비 집행과 관련된 매입세금계산서의 경우 문화체육시설사업소를 공급받는자로 하여 부가가치세 신고 시 매입세액 공제를 받고 있으므로, 쟁점사업비 중 위탁수수료만 청구법인의 수익에 해당한다고 주장하나, 청구법인은 강릉시와 체결한 위·수탁계약에 따라 수령한 쟁점사업비 중 자본적 지출액 및 불용·반납금액을 제외한 사업비 전액을 수익으로 인식하고 있음이 결산서 등에 의해 확인된다.

청구법인은 1년 단위로 위탁사업의 운영과 관련한 필요자금을 미리 산정하여 강릉시로부터 ‘당초예산(대행사업비) 편성 요구안’의 승인을 받아 해당연도 초에 그 총액을 지급받고 있고, 당초예산이 부족한 경우에는 연도 중 강릉시에 추경예산을 요구하여 부족분을 충당하고, 사업연도 종료 이후 정산을 통하여 잔액 및 불용액은 반납형식을 거쳐 다음연도로 이월하고 있다.

이와 같이 청구법인은 자체적으로 쟁점사업과 관련한 ‘연간집행계획’을 수립하고, ‘연간집행계획서’에 따라 매 분기 10일 전까지 강릉시에 대행사업비를 청구하여 대행사업비를 교부받고 있으며, 지출된 쟁점 대행사업비 정산금액을 토대로 위탁수수료가 책정되고 있다.

(나) 청구법인과 강릉시간 위·수탁계약서상 대행사업비 내역을 보면, ① 대행사업의 집행에 소요되는 인건비 및 운영비, ② 시설 유지관리 성격의 소규모 소모성 유지비, ③ 그 밖에 사업 대행에 필수적으로 소요되는 경상경비로 구성되어 있고, 이외에도 청구법인이 시행할 필요가 있다고 판단되는 경우 강릉시의 승인을 받아 이를 시행할 수 있도록 되어 있으며, 또한 청구법인은 위·수탁업무 수행에 소요되는 모든 비용을 대행사업비에서 지출하면서, 시설에 대한 기본경비 및 대수선비, 즉 자본적 지출액 등 계약서에 명시되어 있는 항목의 비용만을 강릉시가 부담하게 되어 있다.

이를 근거로 처분청은 쟁점사업비 중 강릉시 명의로 수취한 매입세금계산서(자본적 지출분 등)는 강릉시가 소유한 공공시설물 수선비를 청구법인이 자금집행을 단순 대행한 것으로 보아 부가가치세 과세대상 공급가액에서 차감하였다.

이상과 같이 세법상 부가가치세 과세표준에는 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치가 있는 것을 포함하도록 규정하고 있는 점, 청구법인이 쟁점 용역제공과 관련하여 강릉시로부터 매년 인건비·경비·대행수수료 등으로 구성된 위탁관리비를 총액으로 지급받고 있는 점, 위탁관리비 전체를 청구법인의 독자적인 수입과 지출로 회계처리하고 있는 점, 청구법인이 법인세 신고시 위탁관리비 전액을 수입금액으로, 지출한 비용을 손금으로 신고한 점, 위탁관리비 수수료의 대부분이 청구법인의 인건비(강사료 등) 등을 근거로 하여 책정된 점 등을 고려하면 청구법인의 책임과 계산으로 이 건 용역을 제공하고 그 대가로 지급받은 쟁점사업비 전액은 부가가치세 과세대상이라 하겠다.

(3) 청구법인은 쟁점사업은 강릉시의 사업을 대행한 것으로 「부가가치세법」상 사업자 지위에서 업무를 수행한 것이 아니라고 주장하나, 「부가가치세법」 제2조 제3호에 의하면 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 사업자로 규정하고 있는바, 청구법인은 자기의 책임과 계산하에 쟁점사업을 관리·운영하였으므로 사업상 독립적으로 용역을 제공하고 쟁점사업비(대행사업비와 대행수수료)를 용역의 대가로 수취한 것으로 보아야 한다.

(가) 조특법 제106조 제1항 제6호는 ‘정부업무대행단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것’을 부가가치세 면제 대상으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제106조 제8항은 “법 제106조 제1항 제6호에서 ‘재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것’이라 함은 정부업무 대행단체가 고유목적 사업으로 기획재정부령이 정하는 사업을 위해 공급하는 재화 또는 용역을 말한다”고 규정하면서 다만 다음 제1호, 제4호에 해당하는 사업인 1. 소매업·음식점업·숙박업·욕탕업 및 예식장업, 4. 골프장·스키장 및 기타 운동시설 운영업을 면세대상에서 제외하는 사업으로 규정하고 있다.

또한 조특법 시행령 제106조 제8항의 내용 및 개정연혁 등을 종합하여 보면, 정부업무대행단체의 면세사업의 범위는 위 시행령 조항의 본문과 그 위임에 의한 시행규칙 규정에 의하여 정해지고, 그 중 일부는 위 같은 항 단서 조항에 따라 면세사업의 범위에서 제외되었으며, 부가가치세 납세의무는 영리목적의 유무에 불구하고 발생하는 것으로 규정한 「부가가치세법」 제2조 제1항의 취지에 비추어 볼 때 반드시 정부업무대행단체가 사경제주체로서 영리를 목적으로 하는 경우만을 의미한다고 볼 수 없다(OOO).

(나) 청구법인은 쟁점사업이 「지방공기업법」 제71조 제1항 및 제2항, 같은 법 시행령 제1항, 「강릉시 강릉관광개발공사 설립 및 운영에 관한 조례」에 의거하여 위탁자인 강릉시와 위·수탁계약을 체결한 대행사업으로, 조특법 제106조 제1항 제6호, 같은 법 시행령 제106조 제7항 제22호의2, 같은 법 시행규칙 제48조에 의거하여 부가가치세 면제대상에 해당하므로 대행수입 또한 부가가치세 면제대상이라고 주장하나, 청구법인이 쟁점사업과 관련하여 강릉시로부터 수취한 쟁점사업비 중 위탁수수료를 부가가치세 과세대상으로 신고하고 있는 사실을 고려하면, 쟁점사업비가 부가가치세 면제대상이라는 청구법인의 주장은 논리적 일관성이 없다.

(다) 청구법인과 같은 지방공사의 위탁사업비 관련 부가가치세 과세여부에 대해 조세심판원(조심 2015중1439, 2016.3.14., 조심 2016중4286, 2017.3.2.)은 위탁 또는 대행사업비가 부가가치세 과세대상이라고 판단하였고, 법원은 쟁점단서조항의 사업 외의 위탁사업에 대한 사업비, 예를 들어 환경기초시설 운영·관리용역(OOO), 장례식장 운영·관리용역(OOO), 하수·분뇨·폐수처리장 운용·관리용역(OOO), 집단에너지공급사업(OOO)과 관련된 위탁사업비에 대해서도 부가가치세 과세대상이라고 판결하였다.

이는 위탁사업비가 정부 등을 대신하여 자기책임과 계산 하에 관리용역을 제공하고 수취하는 것으로 보아 위탁사업비 전체를 부가가치세 과세대상으로 판단한 것으로서, 청구법인이 수령한 위탁사업비 모두를 부가가치세 과세대상으로 보고 부가가치세를 과세하는 것이 마땅하나, 지방공사가 지방자치단체가 설립한 유일한 지방공사인 경우 정부업무대행단체로 보아야 하고, 이러한 정부업무대행단체가 공급하는 재화나 용역으로서 쟁점단서조항에 해당하지 않는 경우에 한하여 부가가치세가 면제되는 것이므로, 쟁점단서조항에서 열거한 사업에 해당하는 쟁점사업은 부가가치세 면제대상에서 제외되는 것이므로 이건 부가가치세 부과처분은 적법하다.

만약 해당 조특법 법령의 특례조항에 언급된 과세대상 업종을 열거한 것임에도 부가가치세 면제로 판단하여 과세가 이루어지지 않는다면 같은 사업에 대해 부가가치세를 납부하고 있는 민간사업자와 비교하여 과세형평성에 어긋나는 문제가 발생한다.

(라) 「강릉관광개발공사 설립 및 운영조례」 제29조 제1항 제1호에서 「지방공기업법 시행령」 제63조 제2항 제4호에 ‘사업의 대행에 따른 대행수수료를 부담할 비용’으로 규정되어 있는바, 이윤보장은 시의 선택사항일 뿐 이윤 발생이 용역공급의 대가관계에서 필수조건은 아니다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

위탁사업 중 숙박업 및 체육시설운영업인 쟁점사업은 청구법인의 책임과 계산에 따른 것으로서 부가가치세 과세대상에 해당하는 것으로 보아 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인의 법인등기사항전부증명서 및 정관에 의하면, 청구법인은 아래 ＜표2＞와 같이 토지개발, 주택건설 및 산업단지조성 등의 자체 사업을 영위하고 있는 한편 ‘국가 또는 지방자치단체의 대행업무’를 그 목적사업으로 하고 있다.

＜표2＞ 청구법인 목적사업

1. 토지개발 등을 위한 토지의 취득·개발·공급·임대 및 관리

2. 주택 및 일반건축물의 건설·개량·공급·임대 및 관리

3. 관광지·리조트 등 위락단지 조성 및 관리

4. 산업단지 및 공업단지 조성 및 관리

5. 도로·도시철도 등 교통관련 시설의 건설 및 유지관리

6. 지역경제 활성화에 기여할 수 있는 해외무역·외자유치 및 그와 관련된 투자업무

7. 건설자재의 생산 및 공급

8. 체육시설의 조성 및 관리

9. 국가 또는 지방자치단체의 대행 업무

10. 제1호부터 제8호까지에 부수되는 설계용역 및 감리 등의 업무

11. 법 제2조와 관련되는 공공성과 수익성이 있는 경영수익사업

(나) 강원도 강릉시장은 관련 법령 및 조례에 따라 쟁점사업[OOO 수영장ㆍOOO수영장ㆍOOO수영장(체육시설사업소), OOO(관광개발과)]에 관한 업무를 수행하고 있고, 쟁점사업과 관련하여 「지방공기업법 시행령」 제63조 및 강릉시 조례 등에 따라 OOO과 청구법인이 체결한 업무대행에 관한 위·수탁 관리계약의 주요 내용은 아래 ＜표3＞과 같으며(OOO 수영장ㆍOOO수영장ㆍOOO수영장 내용 동일), 강릉시장은 사업의 집행에 소요되는 시설비ㆍ인건비 및 부대경비 등을 위탁(대행)사업비로 청구법인에게 지급하였다.

＜표3＞ 쟁점사업 관련 위·수탁 계약서 주요 내용

ㅇㅇㅇ

(다) 쟁점사업에서 발생한 수입(수영장 요금 및 한옥마을 이용료)은 강릉시의 세외수입인데, 청구법인은 2019년부터 수영장 요금은 강릉시 체육시설사업소 명의로, 한옥마을 이용료는 강릉시장명의로 요금을 대행 징수하고, 계약내용에 따라 동 요금을 강릉시의 계좌로 익일 이체하고 있다.

(라) 강릉시장은 쟁점사업과 관련된 위탁(대행)용역 사업비를 매년(2019～2023년) 예산 편성 후 집행하고 있고, 청구법인의 대행사업비 집행내역은 아래 ＜표4＞와 같다.

＜표4＞ 쟁점사업 관련 대행사업비 집행내역

ㅇㅇㅇ

(마) 청구법인 손익계산서는 아래 ＜표5＞와 같고, 강릉시장으로부터 대행사업비를 수령하여 이를 수입금액으로 회계처리하였다.

＜표5＞ 청구법인 손익계산서(일부 발췌)

ㅇㅇㅇ

(바) 처분청은 아래 ＜표6＞과 같이 대행사업비 중 청구법인의 결산서상 수익인식액(대행사업비-자본적 지출)에 수탁시설과 관련된 강릉시의 지급을 단순 대행하여 강릉시를 공급받는자로 하여 수취한 매입세금계산서 결제금액과 기신고한 위탁수수료를 제외한 금액을 과세표준 누락액으로 하여 이 건 부가가치세를 경정ㆍ고지하였다.

＜표6＞ 대행사업비 과세표준 누락금액 산출 내역

ㅇㅇㅇ

(2) 청구법인이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 쟁점사업을 운영하기 위한 인력 채용계획을 수립하여 강릉시장(기획예산과장)에 사전에 보고하고, 이에 대한 강릉시장의 검토결과에 따라 직원을 채용하는 등 쟁점사업과 관련된 인사채용은 청구법인이 독립적으로 의사결정 할 수 있는 사안이 아니라고 주장하면서, 이와 관련하여 청구법인이 강릉시와 주고받은 문서(청구법인-25764, 2023.12.15., 강릉시 기획예산과-9821, 2023.12.20.)를 심리자료로 제시하였다.

(나) 행정안전부 「2021사업연도 지방공기업 결산기준」1-3-2 가. 수익인식과 회계처리에 의하면, 대행사업수익은 “(1) 일반기업회계 기준 상 대행 및 위탁사업 관련 수익ㆍ비용의 회계처리는 대행사업 운영으로 인하여 발생하는 수익ㆍ비용이 아닌 대행업무 수행으로 인하여 수취한 위탁수수료만을 수익으로 인식하도록 하고 있으나(16.사례10, 실16.19), 이 경우 공단의 영업성과 등의 회계정보가 구체적으로 나타나지 않아 지방공기업 내ㆍ외부 정보이용자들이 요구하는 회계정보 제공이 어려워, 공단의 대행사업 회계처리는 대행사업비 수취 시 수익, 집행시 비용으로 처리하는 총액법을 회계처리하며, 대행사업 관련 부대수익ㆍ비용(이자수익ㆍ비용 등)을 모두 손익계산서에 표시”하도록 규정하고 있다.

(3) 정부업무대행단체가 공급하는 재화 또는 용역에 대한 부가가치세 면제와 관련한 입법연혁은 아래와 같다.

(가) 1976.12.31. 부가세법 제정 당시 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합(이하 “국가 등”이라 한다) 및 대통령령이 정하는 정부업무대행단체가 공급하는 재화 또는 용역에 대하여 부가가치세를 면세하는 것으로 규정하였다가, 민간경쟁 사업과 관련된 일부 사업(업종)에 대하여 정부업무대행단체의 사업은 1977년부터, 국가 등의 사업은 2004년부터 과세로 전환하여 점진적으로 이를 확대·시행 중인 것으로 확인되는데, 세부내용은 아래 ＜표7＞ㆍ＜표8＞과 같다.

＜표7＞ 국가 등 사업(업종)의 부가가치세 면제 규정 연혁

일 자

국가 등

정부업무대행단체

근거법령

1977.7.1.

전부 면세

전부 면세

- 시행령 §38에서 대행단체를 열거

부가세법 §12

1977.9.12.

전부 면세

면세

ㅇ 예외

- 부가령 §38에서 대행단체를 열거하고, 해당 단체의 일부 사업을 면세 제외

부가령

§38

1993.12.31.

전부 면세

ㅇ 부가령 제38조 제1항에서 대행단체를 열거하고, 제2항에서 재무부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화·용역에 대하여 면세. 다만, 부동산매매업, 부동산임대업 및 농·축·수협의 수퍼마켓, 연쇄점은 과세

ㅇ 부가법 시행규칙에 별표를 신설하여 단체명과 면세사업의 범위를 구체적으로 명시

조문 정비

부가 규칙

§11의5, 별표 신설

1997.12.31.

전부 면세

ㅇ 지방공기업법 제76조의 규정에 의하여 설립된 지방공단(대행단체 추가)

- 지방공기업법 제71조 제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체로부터 위탁을 받아 수행하는 업무

부가령

§38

1998.12.31.

전부 면세

ㅇ 조특법으로 이관

조특법§106, 영§106 ⑦·⑧

2000.12.29.

전부 면세

ㅇ 소매업·음식점업·숙박업·부동산매매업 및 부동산임대업에 속하는 것을 제외

조특령§106 ⑧

2001.12.31.

전부 면세

ㅇ 기타 서비스업(욕탕업과 예식장업에 한한다)에 속하는 것을 제외(추가)

조특령§106 ⑧

2003.12.30.

일부 과세

(우체국 소포, 고속철도 여객운송)

ㅇ 경기·오락 스포츠업(골프장·스키장 및 기타 운동시설 운영업에 한한다) 및 유원지·테마파크 운영업에 속하는 것을 제외(추가)

부가령 §38

조특령§106 ⑧

2006.2.9.

일부 과세

(부동산 임대업, 도·소매 등 추가)

ㅇ 주차장운영업 및 자동차견인업(추가)

ㅇ 현행과 같음

조특령§106 ⑧

2017.2.7.

상 동

ㅇ 지방공기업법 제49조의 규정에 의하여 설립된 지방공사(지방자치단체에 1개만 있는 경우로서 공단이 없는 경우, 대행단체 추가)

- 지방공기업법 제71조 제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체로부터 위탁을 받아 수행하는 업무

＜표8＞ 정부업무대행단체 부가가치세 면세 관련 조문 내용

법 령

조문 내용

부가세법

(1976.12.22.)

제12조 (면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

17. 국가ㆍ지방자치단체ㆍ지방자치단체조합 또는 대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역

부가령

(1993.12.31.)

제38조 (정부업무대행단체의 범위) ② 법 제12조 제1항 제17호의 규정에 의하여 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 부가가치세를 면제하는 재화 또는 용역은 제1항 각 호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 재무부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역으로 한다. 다만, 부동산매매업 및 부동산임대업에 속하는 것을 제외한다.

조특규칙

(1999.4.26.)

[별표10] 단체명

22. 지방공기업법 제76조의 규정에 의하여 설립된 지방공단

면세사업 : 지방공기업법 제71조 제1항 및 제76조 제2항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하는 경우 그 사업

조특령

(2006.2.9.)

제106조 (부가가치세 면제 등) ⑧ 법 제106조 제1항 제6호에서 "재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것"이라 함은 제7항 각호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 재정경제부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다. 다만, 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외하며, 제7호의 규정은 「부가가치세법 시행령」 제37조 제1호의 규정에 불구하고 적용한다.

1. 소매업ㆍ음식점업ㆍ숙박업ㆍ욕탕업 및 예식장업

2. 「부가가치세법 시행령」 제2조 제2항에 규정된 사업

3. 부동산임대업

4. 골프장ㆍ스키장 및 기타 운동시설 운영업

5. 수상오락서비스업

6. 유원지ㆍ테마파크운영업

7. 주차장운영업 및 자동차견인업

조특령

(2017.2.7.)

조특규칙

(2017.3.17.)

조특령 제106조 제7항 제22호의2, 조특규칙 [별표10] 단체명

22의2. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 「지방공기업법」제49조에 따라 설립된 지방공사(추가)

가. 시·군 또는 자치구인 지방자치단체가 설립하였을 것

나. 제21호에 따른 지방공사를 제외할 경우 해당 지방자치단체가 설립한 유일한 지방공사일 것

다. 해당 지방자치단체에 제22호에 따른 지방공단이 없을 것

면세사업 : 「지방공기업법」 제71조 제1항 및 제76조 제2항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하는 경우 그 사업

(나) 2017.2.7. 조특법 시행령 개정 시 지방공사만 1개 있는 기초 지방자치단체의 경우 면세되는 지방공단의 업무(정부대행업무)를 지방공사가 대행하므로 동일한 혜택을 부여하기 위하여 기초자치단체(시·군·구)에서 설립한 지방공사(2016년 11월 현재, 28개)의 정부대행업무에 대해 부가가치세를 면제하기 위하여 해당 규정의 정부업무대행단체에 지방공사가 추가되었다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 「부가가치세법」 제26조 제1항 제19호에서 국가 및 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서 면세대상으로 규정하고 있고, 조특법 제106조 제1항 제6호는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것을 부가가치세 면제대상으로 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제106조 제8항은 정부업무대행단체가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을, 같은 법 시행규칙 [별표10]에서는 정부업무대행단체가 「지방공기업법」 제71조 제1항 및 제76조 제2항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하는 경우 그 사업에 대하여 부가가치세를 면세한다고 규정하고 있다.

처분청은 정부업무대행단체가 쟁점단서 조항의 사업(정부업무)을 대행하는 경우에는 부가가치세가 면제되지 아니하고, 청구법인은 자기의 계산과 책임으로 쟁점사업에 관한 용역을 제공하였으므로 이 건 부가가치세를 부과한 처분이 적법하다는 의견이나, 조특법 시행령 제106조 제8항 단서 조항의 사업을 정부업무대행단체가 직접 운영하는 경우에는 부가가치세가 면제되지 아니하는 것이나, 지방자치단체와 「지방공기업법」 제71조 제1항 및 제76조 제2항 등의 규정에 의하여 지방자치단체의 시설(자산) 등에 대한 위탁계약을 체결하고, 국가·지방자치단체의 사업을 대행하는 용역(사업지원 서비스업 등)을 제공한 경우에는 쟁점단서 조항의 사업에 해당하는 것으로 보기 어렵고, 이 건 대행사업비는 지방자치단체 업무대행단체인 청구법인이 지방자치단체에 공급하는 대행용역의 대가인데, 2017.2.7. 조특법 시행령 개정 시 정부업무대행단체에 지방공사가 추가된 이유가 국가·지방자치단체의 본래 사업이 과·면세대상인지 여부(이 경우 「부가가치세법」 제26조에 따라 과세대상 여부를 판단함)와 관계없이 지방공사가 이를 대행하는 경우 해당 사업비에 대하여 부가가치세를 면제하는 취지로 볼 수 있는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점사업비를 부가가치세 과세대상으로 보아 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다(조심 2024중4134, 2025.7.10. 조세심판관합동회의결정, 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 부가가치세법

제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. “사업자”란 사업 목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 말한다.

제3조【납세의무자】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다), 법인격이 없는 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

1. 사업자

제4조【과세대상】부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

제11조【용역의 공급】① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제29조【과세표준】① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

(중략)

③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

(2) 부가가치세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29535호로 개정된 것)

제3조【용역의 범위】① 법 제2조 제2호에 따른 용역은 재화 외에 재산 가치가 있는 다음 각 호의 사업에 해당하는 모든 역무(役務)와 그 밖의 행위로 한다.

6. 부동산업. 다만, 다음 각 목의 사업은 제외한다.

가. 전ㆍ답ㆍ과수원ㆍ목장용지ㆍ임야 또는 염전 임대업

나. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제4조에 따른 공익사업과 관련해 지역권ㆍ지상권(지하 또는 공중에 설정된 권리를 포함한다)을 설정하거나 대여하는 사업

7. 전문, 과학 및 기술 서비스업과 사업시설 관리, 사업 지원 및 임대서비스업

8. 공공행정, 국방 및 사회보장 행정

(3) 조세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16009호로 개정된 것)

제106조【부가가치세의 면제 등】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호, 제4호의2, 제5호, 제9호의2, 제9호의3, 제11호 및 제12호는 2020년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제2호, 제3호, 제4호의5 및 제9호는 2021년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호 및 제8호의2는 2014년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용한다.

6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

(4) 조세특례제한법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29527호로 개정된 것)

제106조【부가가치세의 면제 등】⑦ 법 제106조 제1항 제6호에서 "대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

22. 「지방공기업법」 제76조의 규정에 의하여 설립된 지방공단

22의2. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 「지방공기업법」 제49조에 따라 설립된 지방공사

가. 시·군 또는 자치구인 지방자치단체가 설립하였을 것

나. 제21호에 따른 지방공사를 제외할 경우 해당 지방자치단체가 설립한 유일한 지방공사일 것

다. 해당 지방자치단체에 제22호에 따른 지방공단이 없을 것

⑧ 법 제106조 제1항 제6호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 제7항 각호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외하며, 제7호의 규정은 「부가가치세법 시행령」 제45조 제1호에도 불구하고 적용한다.

1. 소매업·음식점업·숙박업·욕탕업 및 예식장업

2. 「부가가치세법 시행령」 제3조 제2항에 규정된 사업

3. 부동산임대업

4. 골프장·스키장 및 기타 운동시설 운영업

5. 수상오락서비스업

6. 유원지·테마파크운영업

7. 주차장운영업 및 자동차견인업

(5) 지방공기업법(2013.6.4. 법률 제11852호로 개정된 것)

제67조【손익금의 처리】① 공사는 결산 결과 이익이 생긴 경우에는 그 이익금을 다음 각 호의 순서에 따라 처리한다.

1. 전 사업연도로부터 이월된 결손금이 있으면 결손금을 보전

2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 이익준비금으로 적립

3. 대통령령으로 정하는 바에 따라 감채적립금으로 적립

4. 이익을 배당하거나 정관으로 정하는 바에 따라 적립

② 제1항 제3호의 감채적립금은 공사의 사채를 상환하는 목적 외에는 사용할 수 없다.

③ 공사는 결산 결과 손실이 생긴 경우에 그 결손금을 제1항제4호의 적립금으로 보전하고, 그 적립금으로도 보전하지 못한 결손금은 제1항제2호의 이익준비금으로 보전하거나 이월한다.

제71조【대행사업의 비용 부담】① 공사는 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행할 수 있으며, 이 경우에 필요한 비용은 국가 또는 지방자치단체가 부담한다.

② 제1항에 따른 비용의 부담에 필요한 사항은 대통령령으로 정하는 사항을 제외하고는 조례로 정한다.

제76조【설립·운영】① 지방자치단체는 제2조의 사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요한 경우에는 지방공단(이하 "공단"이라 한다)을 설립할 수 있다.

(6) 지방공기업법 시행령(2018.1.18. 대통령령 제28586호로 개정된 것)

제63조【대행업무의 비용부담등】① 공사가 법 제71조 제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하고자 하는 때에는 위탁계약에 의한다.

② 공사가 법 제71조 제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하는 경우 국가 또는 지방자치단체가 부담하여야 할 경비의 범위는 다음과 같다.

1. 사업실시에 따른 사업계획의 수립, 사전조사, 용역 등에 소요되는 경비

2. 사업의 집행에 소요되는 시설비ㆍ인건비 및 부대경비

3. 사업의 종료 후 결산이전 또는 시설물 등의 인계이전까지의 사이에 시설물 등을 관리하는 데 소요되는 경비

4. 사업의 대행에 따른 대행수수료

5. 기타 사업집행 상 필수적으로 소요되는 경비

③ 법 제71조 제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체가 비용을 부담하는 경우, 공사는 미리 자금집행계획을 수립하여 국가 또는 지방자치단체에 제출하여야 하며, 국가 또는 지방자치단체는 다른 자금에 앞서 이에 대한 자금을 우선적으로 지급하되, 그 지급시기를 조정하고자 하는 때에는 공사와 협의하여야 한다.

④ 공사가 그 대행사업을 종료한 때에는 지체없이 국가 또는 지방자치단체가 부담한 비용을 정산하여야 한다.

⑤ 공사는 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행함에 있어 특히 필요한 경우에는 지방자치단체의 장의 승인을 얻어 그 사업의 일부를 제3자로 하여금 시행하게 할 수 있다.

(7) 강릉관광개발공사 설립 및 운영 조례(강원특별자치도 강릉시 조례 제1114호, 2015.12.16.)

제27조【결산】① 공사는 매 사업연도의 결산을 해당 사업연도 종료 후 2개월 이내에 완료하여야 한다.

② 공사는 결산 완료 후 결산서를 작성하여 관계법령이 정하는 서류와 시장이 지정하는 공인회계사의 회계감사보고서를 첨부하여 지체없이 시장에게 보고하여 승인을 받아야 한다.

③ 시장은 결산서에 부당하다고 인정되는 사항이 있을 때에는 그 시정을 명할 수 있다.

제28조【손익금의 처리】① 공사는 결산한 결과 이익이 생긴 때에는 다음 각 호의 손서에 따라 처리하여야 한다.

1. 이월결손금의 보전

2. 이익준비금의 적립

3. 주주에 대한 이익배당

4. 정관이 정하는 바에 따른 적립금의 적립

② 공사는 결산한 결과 손실이 생긴 때에는 다음 각 호의 순서에 따라 이를 처리하여야 한다.

1. 사업준비적립금으로 보전

2. 이익준비금으로 보전

3. 결손금으로 차기이월

제29조【일반회계 등이 부담할 경비】① 법 제71조 제2항에 따라 공사가 국가나 지방자치단체의 사업을 대행하는 경우 국가 또는 지방자치단체에서 부담하여야 하는 경비는 다음 각 호와 같다.

1. 영 제63조 제2항에 따른 경비

2. 지방자치단체의 공공의 목적에 따라 무상으로 공급하거나 평균공급가격 이하의 낮은 가격으로 공급하는 급부에 대한 평균공급가격과 실제공급가격의 차액

② 제1항 제2호의 비용부담에 관해서는 공사는 해당 지방자치단체와 협의하여야 한다.