이유
1. 처분개요

가. 청구인은 2021.12.7. 서울특별시 영등포구 OOO필지 상 다가구주택 중 a, b 지분의 전부(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득(취득가액 OOO원)한 후,

같은 날, 「지방세법 시행령」제28조의2 제8호 나목(이하 “쟁점 중과세 예외규정”이라 한다)에 따라 주택건설사업자가 주택건설을 위하여 취득하는 주택으로서 멸실시킬 목적으로 취득하는 주택으로 보아 중과세 예외를 적용한 다음, 「지방세법」제11조 제1항 제8호의 표준세율(3%)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부 하였다.

나. 그 후, 처분청은 청구인이 쟁점주택 취득일부터 3년 이내에 쟁점주택을 멸실하지 아니한 사실을 확인한 후,

2025.3.12. 「지방세법」제13조의2 제1항 제1호의 세율(12%)을 적용하여 산출한 세액에서 기 신고·납부한 세액을 차감한 취득세 등 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 부과·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.6.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 「주택법」상 지역주택조합으로서 쟁점주택 일대에 아파트를 신축할 예정으로서 사업지 내의 토지의 소유권을 확보하기 위한 작업을 현재까지 수년간 수행하고 있다.

(2) 청구인은 쟁점주택을 취득하면서 매도인과 체결한 기존 세입자의 임대차계약을 승계하였고, 이에 쟁점주택에 거주하는 세입자가 전출할 때까지는 쟁점주택을 멸실할 수 없는 사정이 있었으므로, 쟁점주택 취득일부터 3년 이내에 멸실하지 않은 “정당한 사유”를 인정하는 것이 타당하다 할 것임에도 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.

＜표1＞ 청구인이 승계한 쟁점주택의 임대차 현황

(단위 : ㎡, 원)

○ ○ ○

나. 처분청 의견

(1) 부동산을 취득할 당시 3년 이내에 그 사업 내지 고유업무에 직접 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나, 설사 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라면 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황하에서 토지를 취득하였고, 취득 후 3년 이내에 당해 토지를 그 사업 내지 고유업무에 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면, 취득 전에 존재한 법령상의 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 그 사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 법령상의 장애사유는 토지를 그 업무에 직접 사용하지 못한 데 대한 정당한 사유가 될 수 없다(대법원 2016.4.28. 선고 2016두32251 판결 등, 같은 뜻임).

(2) 청구인은 쟁점주택을 취득할 당시 기존 임대차계약을 승계하기로 하여 세입자가 임대차기간 동안 거주하여야 한다는 장애사유를 충분히 인지하였고 이러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황에서 쟁점주택을 취득한 점,

유예기간(3년) 내에 쟁점주택을 멸실하고 주택건설사업에 사용하지 못한 것은 취득 전과 동일한 사유 때문이므로, 취득 전에 존재한 장애사유 외에 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 그 사업에 사용하지 못하였다는 특별한 사정이 없다 할 것이어서 이를 정당한 사유로 인정하기는 어려운 점,

쟁점주택 취득 당시 승계한 임대차계약상 임차인이 여전히 해당 주택에 거주하고 있으며, 청구인이 이러한 사실상의 장애사유를 해소하고 쟁점주택을 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였다고 볼만한 증빙이 달리 존재하지 아니한 점,

청구인이 추진하는 지역주택조합은 2025년 9월 현재 ‘조합원 모집 신고’ 단계로 쟁점주택의 멸실을 위한 ‘사업계획 승인’ 단계까지는 장기간의 시간이 소요될 것으로 예상되는 점 등에 비추어,

청구인이 쟁점주택을 취득하여 3년 이내에 이를 멸실하지 못한 정당한 사유를 인정하기는 어렵다 할 것이므로, 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

주택건설사업자가 멸실시킬 목적으로 취득한 쟁점주택을 기존 세입자가 계속 거주함에 따라 3년 이내에 멸실하지 못한 것이므로 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구인은 주택건설사업을 영위하기 위하여 2018.1.26. 사업자등록을 하였으며, 「주택법」제11조 제2항에 따른 주택조합설립인가를 받으려는 자에 해당한다.

(나) 청구인은 2020.12.15. 매도인(a, b)과 다가구주택인 쟁점주택을 취득하기로 하는 부동산매매계약을 체결하였고, 쟁점주택에 대하여 기 체결된 임대차계약을 청구인이 승계하며 계약 후 임차인 변동이 있을 시 청구인에게 통보하여 협의하기로 하는 특약을 작성하였다.

＜ 쟁점주택 매매계약의 특약사항(발췌) ＞

○○○

(다) 청구인은 2021.12.7. 쟁점주택을 OOO원에 취득한 후, 쟁점 중과세 예외규정에 따라, 「지방세법」제11조 제1항 제8호의 표준세율(3%)을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고·납부 하였다.

(라) 처분청은 2025.2.25. 쟁점주택에 대한 출장조사 등을 통해, 쟁점주택이 멸실되지 아니한 상태(쟁점주택의 취득일부터 3년이 경과한 시점에도 멸실하지 않고 건물의 외벽, 창문 등이 보존되어 있으며 사람이 거주)에 있는 사실을 확인하였다.

(마) 청구인이 2021.12.7. 다가구주택인 쟁점주택을 취득할 당시, 임대차기간이 최장 2022.6.30.까지인 세입자 3가구가 있는 상태였으며, 2025.6.12. 현재 임차인 c이 쟁점주택에 계속 거주하고 있는 사실이 전입세대확인서 등에 의하여 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세법」제13조의2 제1항에서 주택을 유상거래를 원인으로 취득하는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제11조 제1항 제8호에도 불구하고 다음 각 호에 따른 세율을 적용한다고 하면서, 그 제1호에서 법인이 주택을 취득하는 경우에는 “제11조 제1항 제7호 나목의 세율을 표준세율로 하여 해당 세율에 중과기준세율의 100분의 400을 합한 세율”을 규정하고 있고,

같은 법 시행령 제28조의2에서 법 제13조의2 제1항을 적용할 때 같은 항 각 호 외의 부분에 따른 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 중과세 대상으로 보지 않는다고 규정하고 있고, 제8호에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택으로서 멸실시킬 목적으로 취득하는 주택. 다만, 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 주택을 멸실시키지 않은 경우는 제외한다고 규정하고 있으며, 그 나목에서 “「주택법」 제2조 제11호에 따른 주택조합 또는 같은 법 제4조에 따라 등록한 주택건설사업자가 주택건설사업을 위하여 취득하는 주택”을 규정하고 있다.

(나) 살피건대, 청구법인은 쟁점주택에 거주하는 세입자가 전출할 때까지는 쟁점주택을 멸실할 수 없는 사정이 있었으므로, 쟁점주택 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 주택을 멸실시키지 아니한 ‘정당한 사유’를 인정하여야 한다고 주장하나,

주택건설사업자가 주택건설사업을 위하여 취득하는 주택을 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 주택을 멸실시키지 않은 ‘정당한 사유’라 함은, 그 취득한 주택을 멸실시키지 않은 사유가 행정관청의 사용금지·제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 목적사업에 사용할 수 없는 경우 등을 의미하는 것이라 할 것인바(조심 2023지4130, 2024.5.1. 외 다수, 같은 뜻임),

청구인이 다가구주택인 쟁점주택을 취득할 당시 3세대의 세입자가 거주하고 있었고, 세입자의 명도가 되지 아니한 상황에서는 3년 이내에 쟁점주택을 멸실하지 못한다는 사실 등을 사전에 알고 있는 상태에서 이를 취득하였다 할 것이고, 이러한 이유로 3년 내에 쟁점주택을 멸실하지 못한 경우는 정당한 사유를 인정하기는 어렵다고 판단된다(조심 2024지759, 2025.5.30. 외 다수, 같은 뜻임).

따라서, 처분청이 쟁점주택에 대하여 「지방세법」제13조의2 제1항 제1호의 세율(12%)을 적용하여 산출한 세액에서 기 신고·납부한 세액을 차감한 이 건 취득세 등을 부과·고지한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법

제11조(부동산 취득의 세율) ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

7. 그 밖의 원인으로 인한 취득

가. 농지: 1천분의 30

나. 농지 외의 것: 1천분의 40

8. 제7호나목에도 불구하고 유상거래를 원인으로 주택[「주택법」 제2조 제1호에 따른 주택으로서 「건축법」에 따른 건축물대장ㆍ사용승인서ㆍ임시사용승인서 또는 「부동산등기법」에 따른 등기부에 주택으로 기재{「건축법」(법률 제7696호로 개정되기 전의 것을 말한다)에 따라 건축허가 또는 건축신고 없이 건축이 가능하였던 주택(법률 제7696호 건축법 일부개정법률 부칙 제3조에 따라 건축허가를 받거나 건축신고가 있는 것으로 보는 경우를 포함한다)으로서 건축물대장에 기재되어 있지 아니한 주택의 경우에도 건축물대장에 주택으로 기재된 것으로 본다}된 주거용 건축물과 그 부속토지를 말한다. 이하 이 조에서 같다]을 취득하는 경우에는 다음 각 목의 구분에 따른 세율을 적용한다. 이 경우 지분으로 취득한 주택의 제10조에 따른 취득 당시의 가액(이하 이 호에서 "취득당시가액"이라 한다)은 다음 계산식에 따라 산출한 전체 주택의 취득당시가액으로 한다.

가. 취득당시가액이 6억원 이하인 주택: 1천분의 10

나. 취득당시가액이 6억원을 초과하고 9억원 이하인 주택: 다음 계산식에 따라 산출한 세율. 이 경우 소수점이하 다섯째자리에서 반올림하여 소수점 넷째자리까지 계산한다.

다. 취득당시가액이 9억원을 초과하는 주택: 1천분의 30

제13조의2(법인의 주택 취득 등 중과) ① 주택(제11조 제1항 제8호에 따른 주택을 말한다. 이 경우 주택의 공유지분이나 부속토지만을 소유하거나 취득하는 경우에도 주택을 소유하거나 취득한 것으로 본다. 이하 이 조 및 제13조의3에서 같다)을 유상거래를 원인으로 취득하는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제11조 제1항 제8호에도 불구하고 다음 각 호에 따른 세율을 적용한다.

1. 법인(「국세기본법」 제13조에 따른 법인으로 보는 단체, 「부동산등기법」 제49조 제1항 제3호에 따른 법인 아닌 사단ㆍ재단 등 개인이 아닌 자를 포함한다. 이하 이 조 및 제151조에서 같다)이 주택을 취득하는 경우: 제11조 제1항 제7호 나목의 세율을 표준세율로 하여 해당 세율에 중과기준세율의 100분의 400을 합한 세율

3. 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택으로서 조정대상지역에 있는 주택을 취득하는 경우 또는 1세대 4주택 이상에 해당하는 주택으로서 조정대상지역 외의 지역에 있는 주택을 취득하는 경우: 제11조 제1항 제7호 나목의 세율을 표준세율로 하여 해당 세율에 중과기준세율의 100분의 400을 합한 세율

(2) 지방세법 시행령

제28조의2(주택 유상거래 취득 중과세의 예외) 법 제13조의2 제1항을 적용할 때 같은 항 각 호 외의 부분에 따른 주택(이하 이 조 및 제28조의3부터 제28조의6까지에서 "주택"이라 한다)으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 중과세 대상으로 보지 않는다.

8. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택으로서 멸실시킬 목적으로 취득하는 주택. 다만, 나목6)의 경우에는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 주택을 멸실시키지 않거나 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 주택을 신축하여 판매하지 않은 경우는 제외하고, 나목6) 외의 경우에는 정당한 사유 없이 3년[나목5)의 경우 2년]이 경과할 때까지 해당 주택을 멸실시키지 않은 경우는 제외한다.

나. 다음 중 어느 하나에 해당하는 자가 주택건설사업을 위하여 취득하는 주택. 다만, 해당 주택건설사업이 주택과 주택이 아닌 건축물을 한꺼번에 신축하는 사업인 경우에는 신축하는 주택의 건축면적 등을 고려하여 행정안전부령으로 정하는 바에 따라 산정한 부분으로 한정한다.

3) 「주택법」제2조 제11호에 따른 주택조합(같은 법 제11조 제2항에 따른 “주택조합설립인가를 받으려는 자”를 포함한다)

(3) 주택법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

11. “주택조합”이란 많은 수의 구성원이 제15조에 따른 사업계획의 승인을 받아 주택을 마련하거나 제66조에 따라 리모델링하기 위하여 결성하는 다음 각 목의 조합을 말한다.

가. 지역주택조합: 다음 구분에 따른 지역에 거주하는 주민이 주택을 마련하기 위하여 설립한 조합

1) 서울특별시ㆍ인천광역시 및 경기도