이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 서울특별시 강동구 OOO일대에서 시행하는 OOO주택재건축정비사업(이하 “이 건 정비사업”이라 한다)의 사업시행자로서 2022.7.29. 총 188세대 공동주택 및 부대복리시설(이하 “이 건 공동주택”이라 한다)의 부분준공 인가를 받고, 2023.6.21. 대지 및 건축시설의 소유권 이전고시를 한 후,

2023.6.22. 서울특별시 강동구 OOO일대 토지 9,900.9.7㎡(이하 “이 건 토지”라 한다) 중 일반분양분 토지 1,901.19㎡(전용면적 85㎡ 이하 1,765.9㎡, 전용면적 85㎡ 초과 92.16㎡ 및 상가 43.13㎡, 이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여,

「지방세법 시행령」(2023.3.14. 대통령령 제33325호로 개정된 것, 이하 같다) 제18조의4 제1항 제3호(이하 “쟁점개정규정”이라 한다)를 적용하여 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.

＜표1＞ 쟁점토지에 대한 취득세 등 신고·납부 내역(청구법인 정리)

(단위 : 원)

○○○

나. 그 후, 청구법인은 쟁점토지의 취득일을 소유권이전고시의 다음 날로 본 것과 과세표준 산출에 있어 쟁점개정규정을 적용(“분양가액”)한 것은 부당하다는 취지로 취득세 등 OOO원을 환급하여 줄 것을 요구하며 2024.2.19. 경정청구를 하였으나, 처분청은 2024.4.15. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.7.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 「지방세법 시행령」 부칙(2023.3.14. 대통령령 제33325호) 제3조의2 제1항(이하 “쟁점개정부칙”이라 한다)이 2024.12.31. 소급 개정되었는바, 쟁점개정부칙에 따라 청구법인의 청구세액 합계 OOO원은 당연히 환급되어야 한다.

(가) 2023.3.14. 개정된 쟁점개정규정은 일반분양분(비조합원용) 토지 과세표준의 산정을 “분양가액”을 기준으로 산정하도록 하였으나, 2024.12.31. 소급 개정된 쟁점개정부칙에서는 2024.3.14. 이전 관리처분계획인가를 받은 사업시행자의 경우, 쟁점개정규정 이전과 동일하게 “공시지가”를 기준으로 취득세 과세표준을 산정하도록 하였다.

(나) 이 건 정비사업은 2017.12.27. 관리처분계획의 인가, 2022.7.29. 이 건 공동주택의 부분준공 인가 및 2023.6.21. 소유권 이전고시 등을 하였고, 청구법인은 이에 따라 비조합원용 토지인 쟁점토지를 취득하였으므로, 2023.3.14. 개정된 쟁점개정규정이 아닌 2024.12.31. 소급 개정된 쟁점개정부칙에 따라 “분양가액”이 아닌 “공시지가”를 적용하여 과세표준을 산정하는 것이 타당하다.

(2) 조세심판원(조심 2025지97, 2025.5.1.)은 이미 동일 사안에 대하여 환급이 타당한 것으로 결정하였으므로, 청구법인의 경우에도 동일하게 판단되어야 한다.

(가) 조세심판원의 선결정(조심 2025지97)에서, 해당 청구법인은 2008.2.5. 관리처분계획 인가를 받은 조합이므로, 2023.11.30. 소유권 이전고시를 통해 청구법인이 취득한 비조합원용 토지에 대해서는 2024.12.31. 소급 개정된 쟁점개정부칙에 따라 과세표준 산정 기준을 공시지가로 적용되어야 함을 주장하였고, 조세심판원은 이를 받아들여 인용 결정을 하였다.

(나) 따라서, 조세심판원 선결정과 이 건 심판청구 사건은 쟁점이 완전히 동일한 사건이므로 선결정과 같이 동일하게 판단되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 「지방세법」제10조의7 및 같은 법 시행령 제20조 제7항에서 재건축조합이 재건축사업을 하면서 조합원으로부터 취득하는 토지 중 조합원에게 귀속되지 아니하는 토지를 취득하는 경우에는 “소유권이전 고시일의 다음 날”에 그 토지를 취득한 것으로 본다고 규정하고 있는바,

청구법인은 이 건 정비사업 시행으로 2022.7.29. 준공인가를 받고, 2023.6.21. 소유권이전 고시하였으므로, 소유권이전 고시일의 다음날인 2023.6.22. 쟁점토지를 취득하여 취득세 납세의무가 성립한 것으로 보는 것이 타당하다 할 것이므로 쟁점토지의 취득일을 준공일로 보아야 한다는 청구법인의 주장은 잘못이다.

(2) 또한, 쟁점개정규정의 부칙에서 종전의 규정을 적용한다는 경과규정을 두고 있지 않은 이상 이는 입법권자의 재량에 해당한다 할 것이고, 설사 납세의무자가 종전 규정을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호하여야 할 정도의 것으로 볼 수 없다 할 것이므로,

쟁점토지 취득에 대한 과세표준은 취득일 당시 쟁점개정규정에 따라 과세표준을 산출하여야 하는 것이 타당하다 할 것이고, 단순히 쟁점개정규정이 유예기간 없이 시행되어 납세자 신뢰보호를 저해하였다는 청구 주장 역시 이유없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인은 2017.12.27. 관리처분계획 인가를 받았으므로, 일반분양용 토지에 대한 취득세 과세표준은 쟁점개정부칙에 따라 “분양가액”이 아닌 “공시지가”를 기준으로 산정되어야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 「도시 및 주거환경정비법」과 정관이 정하는 바에 따라 사업시행구역안의 건축물을 철거하고 그 토지 위에 새로운 건축물을 건설하여 도시 및 주거 환경을 개선하고 조합원의 주거안정 및 주거생활의 질적 향상에 이바지함을 목적으로 2010.12.21. 처분청으로부터 조합설립인가를 받아 설립된 주택재건축정비사업조합이다.

(나) 청구법인은 이 건 정비사업에 대하여 처분청으로부터 2013.10.15. 사업시행인가, 2017.12.27. 관리처분계획의 인가 및 2022.7.29. 부분 준공인가 등을 거쳐 2023.6.21. 소유권 이전 고시를 하였다.

＜표2＞ 이 건 정비사업 추진경과(청구법인 정리)

일자

추진현황

2010.12.21.

조합설립인가

2013.10.15.

사업시행인가

2017.12.27.

관리처분계획인가

(서울특별시 강동구 고시 제2017-225호)

2019.12.30.

착공 신고

2022.7.29.

부분 준공인가(공동주택 및 부대시설)

2022.7.30.

입주시작(총 188세대)

2023.5.11.

준공인가(정비기반시설)

2023.6.21.

소유권이전고시

OOO

(다) 청구법인은 이 건 토지(9,900.9.7㎡) 중 일반분양분 토지 1,901.19㎡(쟁점토지)에 대하여, 2023.3.14. 개정된 쟁점개정규정에 따라 “분양가액”을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.

(라) 청구법인은 경정청구(2024.2.19.) 및 심판청구(2024.7.5.) 당시 일반분양분에 해당하는 쟁점토지는 준공인가일(2022.7.29.)에 사실상 취득하였으므로 2023.3.14. 개정된 쟁점개정규정에 따라 “분양가액”을 기준으로 과세표준을 산정하는 것은 부당하다는 취지의 주장을 하였으나, 2025.1.13. 이후 추가의견 등을 통해 2024.12.31. 소급 개정된 쟁점개정부칙에 따라 “분양가액”이 아닌 “공시지가”를 적용하여 과세표준을 산정하는 것이 타당하다는 최종 의견서 등을 제출하였다.

(마) 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 사업시행자가 조합원에게 귀속되지 아니하는 부동산 또는 체비지·보류지를 취득하는 경우, 그 과세표준은 2021.12.31. 대통령령 제32293호를 통해 “공시지가”를 기준으로 하여 산정하도록 신설되었다가 2023.3.14. 대통령령 제33325호로 쟁점개정규정을 개정하여 “공시지가”가 아닌 “분양가액”을 기준으로 하도록 하였다.

＜표3＞ 쟁점개정규정 개정 연혁

지방세법 시행령

(대통령령 제32293호, 2021.12.31.)

지방세법 시행령

(대통령령 제33325호, 2023.3.14.)

제18조의4(유상ㆍ무상ㆍ원시취득의 경우 과세표준에 대한 특례) 법 제10조의5제3항 각 호에 따른 취득의 경우 취득당시가액은 다음 각 호의 구분에 따른 가액으로 한다.

(중략)

3. 법 제10조의 5 제3항 제3호의 경우: 다음 계산식에 따라 산출한 가액

공시 지가 × 제11조의 2의 계산식에 따라 산출한 면적

제18조의4(유상ㆍ무상ㆍ원시취득의 경우 과세표준에 대한 특례) ① 법 제10조의 5 제3항 각 호에 따른 취득의 경우 취득당시가액은 다음 각 호의 구분에 따른 가액으로 한다.

(중략)

3. 법 제10조의 5 제3항 제3호에 따른 사업시행자 또는 주택조합이 법 제7조 제8항 단서에 따른 비조합원용 부동산 또는 체비지ㆍ보류지를 취득한 경우: 다음 계산식에 따라 산출한 가액

가액 = A × [B - (C × B / D)]

A : 해당 토지의 제곱미터당 분양가액

B : 해당 토지의 면적

C : 사업시행자 또는 주택조합이 해당 사업 진행 중 취득한 토지면적(조합원으로부터 신탁받은 토지는 제외한다)

D : 해당 사업 대상 토지의 전체 면적

(바) 그 후, 2024.12.31. 부칙(대통령령 제33325호, 2023.3.14.) 제3조의2 제1항(쟁점개정부칙)의 신설로 인해, 2023.3.14. 이전에 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 등을 받은 사업의 시행으로 사업시행자가 2023.3.14. 이후 취득하는 비조합원용 부동산 또는 체비지ㆍ보류지에 대해서는 “공시지가” 또는 “분양가액”으로 산정한 가액 중 낮은가액을 과세표준으로 적용하도록 소급 개정되었다.

＜표4＞ 2024.12.31. 소급 개정된 쟁점개정부칙

「지방세법 시행령」 부칙

제3조의2 (재개발사업 등으로 취득한 부동산에 대한 과세표준에 관한 특례) ① 2023년 3월 14일 전에 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 또는 「주택법」 제15조에 따른 사업계획 승인을 받은 사업의 시행으로 법 제10조의5 제3항 제3호에 따른 사업시행자 또는 주택조합이 2023년 3월 14일 이후 취득하는 비조합원용 부동산 또는 체비지ㆍ보류지에 대해서는 제18조의4 제1항 제3호의 개정규정에도 불구하고 취득당시가액은 다음 계산식에 따라 산출한 가액으로 한다. 다만, 다음 계산식에 따라 산출한 가액이 제18조의4 제1항 제3호의 개정규정에 따라 산출한 가액보다 높은 경우에는 그렇지 않다.

가액 = A × [B - (C × B / D)]

A : 해당 토지의 제곱미터당 공시지가

B : 해당 토지의 면적

C : 사업시행자 또는 주택조합이 해당 사업 진행 중 취득한 토지면적(조합원으로부터 신탁받은 토지는 제외한다)

D : 해당 사업 대상 토지의 전체 면적

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 「지방세법 시행령」 제18조의4 제1항 제3호에 따르면, 사업시행자가 조합원에게 귀속되지 아니하는 부동산을 취득하는 경우, 과세표준은 공시지가를 기준으로 산정하도록 2021.12.31. 신설되었다가 2023.3.14. 개정으로 인해 분양가액을 기준으로 산정하도록 변경되었으나,

2024.12.31. 개정된 「지방세법 시행령」 부칙 제3조의2에서 2023.3.14. 이전에 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가를 받은 사업시행자가 2023.3.14. 이후 취득하는 비조합원용 부동산에 대해서는 공시지가와 분양가액 중 낮은 가액을 과세표준으로 적용하도록 소급 개정되었는바, 청구법인은 2017.12.27. 관리처분계획 인가를 받았으며, 2023.6.21. 소유권 이전 고시를 통해 비조합원용 부동산을 취득하였으므로, 쟁점개정부칙(「지방세법 시행령」 부칙 제3조의2 제1항)의 적용 대상에 해당한다(조심 2025지97, 2025.5.1. 외 다수, 같은 뜻임) 할 것임에도 처분청이 청구법인의 취득세 등 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2023.3.14. 법률 제19230호로 개정된 것)

제10조의5(무상취득ㆍ유상승계취득ㆍ원시취득의 경우 과세표준에 대한 특례) ③ 제10조의2부터 제10조의4까지의 규정에도 불구하고 다음 각 호의 경우 취득당시가액의 산정 및 적용 등은 대통령령으로 정한다.

3. 「도시 및 주거환경정비법」제2조 제8호의 사업시행자, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」제2조 제1항 제5호의 사업시행자 및 「주택법」제2조 제11호의 주택조합이 취득하는 경우

제10조의7(취득의 시기) 제10조의2부터 제10조의6까지의 규정을 적용하는 경우 취득물건의 취득유형별 취득시기 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 지방세법

제7조(납세의무자 등) ⑧ 「주택법」 제11조에 따른 주택조합과 「도시 및 주거환경정비법」 제35조 제3항 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제23조에 따른 재건축조합 및 소규모재건축조합(이하 이 장에서 "주택조합등"이라 한다)이 해당 조합원용으로 취득하는 조합주택용 부동산(공동주택과 부대시설ㆍ복리시설 및 그 부속토지를 말한다)은 그 조합원이 취득한 것으로 본다. 다만, 조합원에게 귀속되지 아니하는 부동산(이하 이 장에서 "비조합원용 부동산"이라 한다)은 제외한다. ＜개정 2016.1.19., 2017.2.8＞

제9조 (비과세) ③ 신탁(「신탁법」에 따른 신탁으로서 신탁등기가 병행되는 것만 해당한다)으로 인한 신탁재산의 취득으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 신탁재산의 취득 중 주택조합등과 조합원 간의 부동산 취득 및 주택조합등의 비조합원용 부동산 취득은 제외한다. ＜개정 2011.7.25＞

1. 위탁자로부터 수탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우

2. 신탁의 종료로 인하여 수탁자로부터 위탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우

3. 수탁자가 변경되어 신수탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우

(3) 지방세법 시행령(2021.12.31. 대통령령 제32293호로 개정되어 2023.1.1. 시행된 것)

제18조의4(유상ㆍ무상ㆍ원시취득의 경우 과세표준에 대한 특례) 법 제10조의5 제3항 각 호에 따른 취득의 경우 취득당시가액은 다음 각 호의 구분에 따른 가액으로 한다.

3. 법 제10조의5 제3항 제3호의 경우: 다음 계산식에 따라 산출한 가액

(4) 지방세법 시행령(2023.3.14. 대통령령 제33325호로 일부개정 된 것)

제11조의2(비조합원용 부동산의 취득) 법 제7조 제8항 단서에 따른 비조합원용 부동산의 취득 면적은 다음 계산식에 따라 산출한 면적으로 한다.

제18조의4(유상ㆍ무상ㆍ원시취득의 경우 과세표준에 대한 특례) ① 법 제10조의5 제3항 각 호에 따른 취득의 경우 취득당시가액은 다음 각 호의 구분에 따른 가액으로 한다.

3. 법 제10조의5 제3항 제3호에 따른 사업시행자 또는 주택조합이 법 제7조 제8항 단서에 따른 비조합원용 부동산 또는 체비지ㆍ보류지를 취득한 경우: 다음 계산식에 따라 산출한 가액

제20조(취득의 시기 등) ⑦「주택법」 제11조에 따른 주택조합이 주택건설사업을 하면서 조합원으로부터 취득하는 토지 중 조합원에게 귀속되지 아니하는 토지를 취득하는 경우에는 「주택법」 제49조에 따른 사용검사를 받은 날에 그 토지를 취득한 것으로 보고, 「도시 및 주거환경정비법」 제35조 제3항에 따른 재건축조합이 재건축사업을 하거나 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제23조 제2항에 따른 소규모재건축조합이 소규모재건축사업을 하면서 조합원으로부터 취득하는 토지 중 조합원에게 귀속되지 아니하는 토지를 취득하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제86조 제2항 또는 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제40조 제2항에 따른 소유권이전 고시일의 다음 날에 그 토지를 취득한 것으로 본다.

부 칙 ＜대통령령 제33325호, 2023. 3. 14.＞

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제87조 제4항, 제99조의2부터 제99조의4까지, 제100조 제12항, 제100조의5 제3항 전단 및 제100조의7 제4항의 개정규정은 2025년 1월 1일부터 시행한다.

제3조의2(재개발사업 등으로 취득한 부동산에 대한 과세표준에 관한 특례) ① 2023년 3월 14일 전에 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 또는 「주택법」 제15조에 따른 사업계획 승인을 받은 사업의 시행으로 법 제10조의5 제3항 제3호에 따른 사업시행자 또는 주택조합이 2023년 3월 14일 이후 취득하는 비조합원용 부동산 또는 체비지ㆍ보류지에 대해서는 제18조의4 제1항 제3호의 개정규정에도 불구하고 취득당시가액은 다음 계산식에 따라 산출한 가액으로 한다. 다만, 다음 계산식에 따라 산출한 가액이 제18조의4 제1항 제3호의 개정규정에 따라 산출한 가액보다 높은 경우에는 그렇지 않다.

가액 = A × [B - (C × B / D)]

A: 해당 토지의 제곱미터당 공시지가

B: 해당 토지의 면적

C: 사업시행자 또는 주택조합이 해당 사업 진행 중 취득한 토지면적(조합원으로부터 신탁받은 토지는 제외한다)

D: 해당 사업 대상 토지의 전체 면적

[본조신설 2024. 12. 31.]