이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2023.3.31. OOO사업조합(이하 “이 건 조합”이라 한다)으로부터 대구광역시 중구 OOO등 72세대(이하 “쟁점임대주택”이라 한다, ＜별지1＞ 참고)을 취득하고, 취득세OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO(이하 “이 건 취득세”라 한다)원을 처분청에 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 2023.6.21. 쟁점임대주택의 취득이 「지방세특례제한법」제31조 제2항 제1호에서 규정하고 있는 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 최초로 분양받아 취득하는 임대주택으로서 취득세의 면제대상에 해당한다는 취지의 경정청구를 제기하였으나, 처분청이 2023.7.21. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.10.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 「지방세특례제한법」제31조 및 「민간임대주택에 관한 특별법」(이하 “민간임대주택법”이라 한다)등의 입법취지는 공통적으로 임대주택 공급활성화 및 국민주거생활의 안정이다.

(2) 이 건 조합은 건축주로서 임대주택용 아파트를 건축할 목적에서 쟁점임대주택을 건설하였고, 청구법인은 이 건 조합들이 쟁점임대주택에 관한 분양절차를 시작하기 전에 쟁점임대주택 및 건설임대사업자로서의 지위를 포괄적으로 양수받았다.

국토교통부는 임대의무기간 내에 민간임대주택법 제43조 제2항에 따라 건설임대주택을 포괄양수 받는 경우, 건설임대주택으로 인정받을 수 있는지 여부가 문제된 사안에서 ‘건설임대주택을 다른 임대사업자가 양도받은 경우라면 건설임대주택으로 유지된다’고 유권해석한 바 있다(국토교통부 2021.1.20. 질의회신).

청구법인은 건축주의 지위에 있는 이 건 조합으로부터 건설임대주택에 해당하는 쟁점임대주택 및 임대사업자로서의 지위를 포괄적으로 양수받아 건설임대주택으로서의 성격이 그대로 유지되는바, 쟁점임대주택은 건설임대주택에 해당한다.

(3) 행정안전부는 한국토지주택공사가 매입약정에 따라 건축주로부터 사용승인을 받은 공동주택 등을 일괄매입한 사안에서, 건축주로부터 공동주택 등을 최초로 분양받은 경우로 경우로 보아 취득세 감면을 적용할 수 있다고 유권해석한바 있다(행정안전부 지방세특례제도과-726, 2024.3.19.).

이는 건축주와 체결한 매입약정에 따라 공동주택을 매수한 경우를 「지방세특례제한법」 제31조 제2항에서 규정한 건축주로부터 공동주택 등을 최초로 분양받은 경우에 해당하는 것을 명백히 밝힌 해석으로서, 임대주택 공급 활성화 및 국민 주거생활 안정이라는 위 조항의 입법취지(조심 2021지396, 2022.5.23. 및 조심 2021지2944, 2022.10.14., 같은 뜻임)를 반영한 것이다.

청구법인은 입주절차가 시작되기 전에 이 건 조합으로부터 쟁점임대주택 및 임대사업자로서의 지위를 포괄적으로 양수받았으므로, 이는 건축주로부터 공동주택을 매입, 즉 최초로 분양받은 경우에 해당한다.

(4) 따라서, 쟁점임대주택은 건설임대주택으로서 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 공동주택을 최초로 분양받은 경우에 해당하므로, 처분청이 쟁점임대주택을「지방세특례제한법」제31조 제2항 제1호에서 규정하고 있는 취득세의 감면대상이 아니라는 전제에서 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 위법하다.

나.처분청 의견

(1) 재개발조합이 임대목적으로 건설한 아파트에 대한 포괄양수도 계약을 통하여, 아파트를 준공한 후 임대사업자 지위를 승계하면서 그 아파트를 임대목적물로 하여 장기일반임대사업자 등록을 한 경우에는 비록 민간건설임대주택으로 임대사업자 등록을 하였다고 하더라도 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이므로 취득세 감면대상에 해당하지 않는다 할 것이다(행정안전부 지방세특례제도과-2102호, 2022.9.21., 같은 뜻임).

(2) 쟁점임대주택의 경우 임대사업자등록증에 의하면 그 주택종류를 장기일반민간임대주택으로, 주택유형을 아파트로 기재하고 있어, 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 경우에 해당하는 점, 쟁점임대주택은 이 건 주택조합이 건축주로서 사용승인 받은바 청구법인은 건축주에 해당하지 않고, 쟁점임대주택은 등기원인을 매매로 하여 청구법인 명의로 소유권이전등기되어 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택으로서, 민간임대주택법 제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택으로 보는 것이 타당한 점, 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택의 경우에는 「지방세특례제한법」제31조 제2항의 감면대상에서 제외되는 점 등을 종합하여 볼 때, 처분청이 쟁점임대주택은 아파트를 임대하는 민간매입임대주택에 해당하여 감면대상이 아닌 것으로 보아 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점임대주택이「지방세특례제한법」제31조제2항에서 규정한 취득세의 감면대상에 해당하는지 여부

나. 관련 법률 : ＜별지2＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

(가) 이 건 조합은 대구광역시 중구OOO정비사업(이하 “이 건 사업” 이라 한다)’의 시행자로서 처분청으로부터 2015.11.20. 이 건 사업의 사업시행인가를, 2017.9.5. 관리처분계획인가를 받아 이 건 사업을 시행하였고, 2020.9.2. 쟁점임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따라 임대사업자 등록(장기일반민간임대주택)하였으며, 2022.3.31. 쟁점임대주택을 포함한 남산OOO아파트 1,368세대의 건축공사를 마치고 사용승인을 받아 취득하였다.

(나) 청구법인은 2023.3.17. 이 건 조합과 이 건 사업의 (건설)임대주택 포괄양수도 계약을 체결하고, 2023.3.31. 쟁점임대주택을 취득하였으며, 「민간임대주택에 관한 특별법」제43조 제2항에 따라 위 포괄양수도계약에 따른 이 건 조합의 주택임대사업자의 지위를 승계하여 2023.4.13. 임대사업자 등록을 마쳤다.

(다) 국토교통부는 건설임대주택을 포괄양수 받은 경우 건설임대주택으로 승계되는지 여부에 관하여 아래와 같이 회신(민간임대정책과-346, 2021.1.20.)하였다.

＜참고＞ 국토교통부 질의회신 주요내용

○○○

(라) 행정안전부는 임대사업자가 재개발조합이 건설임대주택으로 등록한 아파트를 포괄양수해서 임대주택으로 등록한 경우의 감면여부에 관하여 기존 유권해석(행정안전부 지방세특례제도과-2102, 2022.9.21.)을 변경(행정안전부 지방세특례제도과-1509, 2025.5.28.)한 사실이 확인된다.

＜ 행정안전부 기존 유권해석 주요내용 ＞

○○○

＜ 행정안전부 변경 유권해석 주요내용 ＞

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」 제31조 제1항 및 제2항에서 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자[임대용 부동산 취득일부터 60일{2020년 7월 11일 이후「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제5조에 따른 임대사업자등록 신청을 한 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택인 경우는 제외한다}이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말한다. 이하 이 조에서 “임대사업자”라 한다]가 임대할 목적으로 건축주로부터 공동주택을 최초로 분양받은 경우 그 공동주택 또는 오피스텔에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면한다고 규정하면서, 그 제1호에서 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택을 취득하는 경우에는 취득세를 면제한다고 규정하고 있다.

(나) 처분청은 쟁점임대주택이 아파트를 임대하는 민간매입임대주택에 해당하여 「지방세특례제한법」제31조 제2항의 취득세 감면대상이 아니라는 의견이다.

그러나, 민간임대주택법 제43조 제2항에서 임대사업자는 임대의무기간 동안에도 민간임대주택을 다른 임대사업자에게 양도할 수 있도록 하면서, 이 경우 양도받는 자는 양도하는 자의 임대사업자로서의 지위를 포괄적으로 승계하도록 규정하고 있는바, 그 승계 범위에는 임대개시일, 임대의무기간 외에도 임대주택의 구분(건설) 및 주택종류(장기일반민간임대주택) 등도 포함되는 것으로 볼 수 있는 점, 쟁점임대주택에 대한 양수인 지위승계 계약서에 의하면, 청구법인은 쟁점임대주택을 취득하면서 임대사업자로서의 지위를 포괄적으로 승계한 사실을 명시하고 있고, 청구법인의 임대사업자등록증에는 쟁점임대주택의 주택구분을 건설로, 주택종류를 장기일반민간임대주택(10년)으로 기재하고 있어, 청구법인이 취득한 쟁점임대주택은 건설임대주택으로 볼 수 있는 점, 「지방세특례제한법」제31조 제1항에서 장기일반임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택을 임대주택으로 등록한 임대사업자는 취득세의 감면대상이 되는 임대사업자의 범위에서 제외하도록 규정하고 있으나 청구법인이 취득한 쟁점임대주택은 건설임대주택에 해당하므로 청구법인은 위 조항에 따른 임대사업자에 해당하는 것으로 보이는 점, 행정안전부는 2025.5.14. 지방세법규해석심사위원회를 개최하여 재개발조합이 건축하여 「민간임대주택법」에 따라 건설임대주택으로 등록한 아파트를 포괄양수하고 건설임대주택으로 등록한 경우, 그 양수한 임대사업자는 「지방세특례제한법」제31조 제1항 및 제2항에 따른 임대사업자이고, 그 취득원인은 최초로 분양받은 경우에 해당한다고 유권해석한 점 등에 비추어, 쟁점임대주택은 장기건설임대사업자로서의 지위를 승계하여 임대사업자로 등록한 청구법인이 건축주로부터 공동주택을 최초로 분양받은 경우로서 「지방세특례제한법」제31조 제2항에 따른 취득세의 감면 대상으로 보이므로, 처분청이 청구법인의 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지2＞ 관련 법률

(1) 지방세특례제한법(2023.12.29. 법률 제19862호로 개정된 것)

제31조[임대주택 등에 대한 감면] ①「공공주택 특별법」에 따른 공공주택사업자 및「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자[임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물{2020년 7월 11일 이후「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위하여 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 “장기일반민간임대주택”이라 한다) 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이거나 같은 조 제6호에 따른 단기민간임대주택(이하 이 조에서 “단기민간임대주택”이라 한다)인 경우 또는 같은 법 제5조에 따라 등록한 단기민간임대주택을 같은 조 제3항에 따라 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제2조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택이나 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다}로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말하되, 토지에 대해서는「주택법」제15조에 따른 사업계획승인을 받은 날 또는「건축법」제11조에 따른 건축허가를 받은 날부터 60일 이내로서 토지 취득일부터 1년 6개월 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 “임대사업자”라 한다]가 임대할 목적으로 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 임대용 복리시설을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 건축하는 경우 그 공동주택에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면한다.

② 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 공동주택 또는「민간임대주택에 관한 특별법」제2조 제1호에 따른 준주택 중 오피스텔(그 부속토지를 포함한다. 이하 이 조에서 “오피스텔”이라 한다)을 최초로 분양받은 경우 그 공동주택 또는 오피스텔에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면한다. 다만,「지방세법」제10조에 따른 취득 당시의 가액이 3억원(「수도권정비계획법」제2조 제1호에 따른 수도권은 6억원으로 한다)을 초과하는 경우에는 감면 대상에서 제외한다.

1. 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택 또는 오피스텔을 취득하는 경우에는 취득세를 면제한다.

(2) 민간임대주택에 관한 특별법(2020.8.18. 법률 제17482호로 개정된 것)

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “민간건설임대주택”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 말한다.

가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택

나. 「주택법」 제4조에 따라 등록한 주택건설사업자가 같은 법 제15조에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 주택 중 사용검사 때까지 분양되지 아니하여 임대하는 주택

3. “민간매입임대주택”이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

5. “장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택(아파트를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다)을 말한다.

제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.

1. 삭제

2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택

3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택

제6조(임대사업자 등록의 말소) ① 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 임대사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 등록의 전부 또는 일부를 말소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 등록의 전부 또는 일부를 말소하여야 한다.

제43조(임대의무기간 및 양도 등) ① 임대사업자는 임대사업자 등록일 등 대통령령으로 정하는 시점부터 제2호제4호 또는 제5호의 규정에 따른 기간(이하 “임대의무기간”이라 한다) 동안 민간임대주택을 계속 임대하여야 하며, 그 기간이 지나지 아니하면 이를 양도할 수 없다.

② 제1항에도 불구하고 임대사업자는 임대의무기간 동안에도 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고한 후 민간임대주택을 다른 임대사업자에게 양도할 수 있다. 이 경우 양도받는 자는 양도하는 자의 임대사업자로서의 지위를 포괄적으로 승계하며, 이러한 뜻을 양수도계약서에 명시하여야 한다.

부칙

제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제6조제1항제12호, 제48조제2항 및 법률 제17452호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 제5조, 제5조의6, 제5조의7, 제6조, 제43조, 제67조의 개정규정은 2020년 12월 10일부터 시행한다.

제5조(폐지되는 민간임대주택 종류에 관한 특례) ① 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 또는 단기민간임대주택을 등록한 임대사업자 및 그 민간임대주택은 임대사업자 및 그 민간임대주택의 등록이 말소되기 전까지 이 법에 따른 임대사업자 및 장기일반민간임대주택으로 보아 이 법을 적용한다. 다만, 임대의무기간은 종전의 규정에 따른다.

② 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 등록한 단기민간임대주택은 이 법 시행 이후 장기일반민간임대주택 또는 공공지원민간임대주택으로 변경 등록할 수 없다.

제6조(임대의무기간 연장 등에 대한 특례) ① 제2조제4호 및 제5호의 개정규정에 따른 임대의무기간의 연장 및 제43조제4항제2호의 개정규정은 이 법 시행 이후 등록하는 민간임대주택부터 적용한다.

(3) 민간임대주택에 관한 특별법(2023.6.1. 법률 제19424호로 개정된 것)

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “민간임대주택”이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 “준주택”이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.

2. “민간건설임대주택”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 말한다.

가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택

나.「주택법」제4조에 따라 등록한 주택건설사업자가 같은 법 제15조에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 주택 중 사용검사 때까지 분양되지 아니하여 임대하는 주택

3. “민간매입임대주택”이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

5. “장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택[아파트(「주택법」제2조 제20호의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다]을 말한다.

7. “임대사업자”란「공공주택 특별법」제4조 제1항에 따른 공공주택사업자(이하 “공공주택사업자”라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다.

제43조(임대의무기간 및 양도 등) ① 임대사업자는 임대사업자 등록일 등 대통령령으로 정하는 시점부터 제2조 제4호 또는 제5호의 규정에 따른 기간(이하 “임대의무기간”이라 한다) 동안 민간임대주택을 계속 임대하여야 하며, 그 기간이 지나지 아니하면 이를 양도할 수 없다.

② 제1항에도 불구하고 임대사업자는 임대의무기간 동안에도 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고한 후 민간임대주택을 다른 임대사업자에게 양도할 수 있다. 이 경우 양도받는 자는 양도하는 자의 임대사업자로서의 지위를 포괄적으로 승계하며, 이러한 뜻을 양수도계약서에 명시하여야 한다.