이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2022.7.28. 서울특별시 성동구 OOO주택과 그 부속토지(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득하고, 쟁점주택의 취득이 「지방세법」제13조의2 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제28조의2 제8호 나목 6)에서 정하는 주택신축판매업자가 주택건설사업을 영위하기 위해 멸실 목적으로 취득하는 주택에 해당한다고 보아 같은 법 제11조 제1항 제8호 다목의 표준세율을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원(이하 “당초 취득세”라 한다)을 처분청에 신고·납부하였다.

나. 이후 처분청은 청구법인이 정당한 사유 없이 쟁점주택의 취득일부터 1년이 경과할 때까지 쟁점주택을 멸실시키지 아니한 사실을 확인하고, 2025.7.17. 청구법인에게 「지방세법」제13조의2 제1항에 따른 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 당초 취득세를 차감한 취득세 등 합계 OOO원(가산세 포함, 이하 “이 건 취득세”라 한다)을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 실질적으로 주택이 아닌 ‘토지’만을 취득하였다.

청구법인은 쟁점주택 인근의 다수 토지를 확보한 상태에서 역세권활성화 사업을 추진하기 위해 쟁점주택을 취득하였고, 역세권 활성화 사업은 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」등 관계 법령상 일정 요건을 충족해야 가능했는데, 특히 사업부지의 2/3 이상이 노후 건축물로 존치되어야 한다는 규정이 있었기 때문에 쟁점주택의 주택 부분을 철거하지 않고 형식상 존치한 것에 불과하다.

(2) 쟁점주택의 주택 부분은 취득 당시부터 심각히 노후화되어 벽체가 무너지고 내부 시설이 파손되어 사람이 거주할 수 없는 상태였고, 실제로 세입자가 거주하거나 주택으로 사용된 사실도 전혀 없는 등 주택으로서의 기능을 완전히 상실한 경제적 가치가 없는 노후 건축물로서 주택으로 평가될 수 없다.

청구법인은 2022.3.20. 매매계약 체결시 특약사항에 ‘매수인은 주거용 건축물 철거와 동시에 잔금을 지급한다’는 조건을 명시하였는데, 이는 본질적으로 토지를 대상으로 한 거래였음이 분명하고, 실제 거래가액 역시 전액 토지대금으로만 협의·지급되었으며, 주택 부분의 가액은 전혀 매매가액 산정에 고려되지 않았고, 이러한 사실은 청구법인의 법인장부에도 주택 가액은 계상되지도 아니하였을 뿐만 아니라 서울특별시의 처분청에 대한 지방세 합동점검(2025.3.27.~2025.4.4) 과정에서도 객관적으로 확인된바, 청구법인의 쟁점주택의 취득은 실질과세원칙에 따라 토지만의 취득으로 봄이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 쟁점주택을 취득할 당시 쟁점주택은 「지방세법」제11조 제1항 제8호의 적용대상이 되는 주택으로서, 주거의 기능을 상실한 폐가 등에 해당하지 아니한다.

청구법인이 제출한 쟁점주택의 멸실 전 사진을 보더라도 외벽 및 지붕 등 건축물의 구조가 주거용으로 사용될 수 있는 정도로 유지되고 있어 「주택법」상 주택으로 보이는 점, 청구법인이 쟁점주택을 취득하는 시점까지는 매매계약서의 임대차 현황 내용에서도 알 수 있듯이 사람이 거주하고 있었던 것으로 보이는 점, 건축물대장상 주택으로 등재되어 있고 취득 전 멸실된 사실이 없는 점 등에 비추어 볼 때 주택으로서의 기능을 완전히 상실한 상태라고 보기는 어렵다고 할 것(조심 2021지3162, 2022.7.12., 같은 뜻임)이다.

(2) 청구법인이 쟁점주택의 취득일부터 1년이 경과할 때까지 주택부분을 멸실시키지 아니한 사실이 확인되므로, 쟁점주택의 취득은 법인이 주택을 취득하는 경우로서 「지방세법」제13조의2에 따른 중과세율 적용대상에 해당한다.

청구법인은 매매계약서상 특약사항으로 쟁점주택의 노후화 등으로 경제적 가치가 사실상 없다는 판단하에 작성된 것으로 취득 이후 실제 사람이 거주한 사실도 없고 전액 토지대금으로만 협의한 것이며, 장부에 토지 취득가액만을 계상하였으므로 사실상 토지만 취득한 것으로 보는 것이 타당하다고 주장하고 있으나, 매매계약서상 특약사항은 매도인과 매수인의 개별적인 계약내용일 뿐 청구법인은 쟁점주택을 매매목적물로 하여 매매계약을 체결하였고, 주택 부분과 토지 부분을 별도로 구분하여 기재한 사실도 없으며, 계정별원장상 매매대금 전액을 2022.7.28.에 계상한 것으로 확인된다.

따라서, 청구법인이 쟁점주택의 취득일부터 1년이 경과할 때까지 주택부분을 멸실시키지 아니한 사실을 확인하고, 처분청이 청구법인에게 취득세 중과세율을 적용하여 이 건 취득세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

취득 이전 이미 주거의 기능을 상실한 쟁점주택을 「지방세법」상 주택으로 보아 법인의 주택 취득 중과세율을 적용하는 것이 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구법인은 주택신축판매업을 영위할 목적으로 1993.12.20. 설립되었으며, 「부가가치세법」제8조 제1항에 따라 사업자 등록을 한 것으로 확인된다.

(나) 청구법인은 2022.3.20. 임병운과 쟁점주택에 대한 매매계약을 체결하였고, 2022.7.28. 잔금을 지급하고 쟁점주택을 취득한 것으로 확인되며, 매매계약서 특약사항과 청구법인의 거래처원장에 아래와 같은 사실이 기재되어 있다.

＜ 쟁점주택 매매계약서상 특약사항 ＞

○○○

＜ 청구법인의 거래처원장 ＞

○○○

(다) 청구법인은 쟁점주택의 취득이 주택신축판매업자가 주택건설사업을 영위하기 위해 멸실목적으로 취득하는 주택에 해당한다고 보아, 표준세율을 적용하여 당초 취득세를 신고·납부하였다.

(라) 청구법인은 쟁점주택의 취득일부터 1년이 경과한 2024.5.13. ~2024.5.30.의 기간 동안 쟁점주택의 건축물 해체공사 후 처분청에 완료신고서를 제출하였으며, 2024.5.30. 건축물대장이 말소된 것으로 확인된다.

(마) 쟁점주택의 주택부분에 대한 등기사항전부증명서상 소유권 변동은 아래와 같다.

＜ 쟁점주택의 주택 부분 (폐쇄)등기사항전부증명서 ＞

○○○

(바) 청구법인은 이 건 매매계약으로 토지만을 취득하였다고 주장하면서 아래와 같이 항변하였다.

1) 청구법인은 쟁점주택을 취득할 당시 심각히 노후화되어 벽체가 무너지고 내부시설이 파손되어 사람이 거주할 수 없는 상태였고, 실제로 세입자가 거주하거나 주택으로 사용된 사실도 전혀 없는 등 쟁점주택의 건축물 부분은 주택으로서의 기능을 완전히 상실한 경제적 가치가 없는 노후 건축물로서 주택으로 평가될 수 없다.

2) 청구법인이 쟁점주택을 취득한 2022.7.28.로부터 불과 5~6일 경과한 2022.8.2. 및 8.3.에 쟁점주택에 공급되던 수도와 전기의 공급이 중단되었고, 이미 잔금지급일 전에 매수인 및 세입자가 모두 퇴거한 상태였다.

3) 청구법인은 위와 같은 사실을 주장하면서 쟁점주택의 현장사진을 제출(날짜 미상)하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

청구법인은 쟁점주택의 토지 부분만을 취득하였고, 취득 당시 이미 쟁점주택의 주택 부분이 주거의 기능을 상실한 노후 건축물에 해당한다고 주장하나,

청구법인이 매도인과 쟁점주택에 대한 매매계약서를 작성할 당시 매도인을 포함한 4가구가 주거용으로 사용하고 있었던 사실이 확인되는바, 장기간 주거의 기능을 상실한 주택으로 보기는 어려워 보이고, 세대의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물과 그 부속토지이므로 「주택법」제2조 제1호에서 “주택”으로서 「지방세법」제13조의2 제1항의 적용대상에 해당하는 것으로 보이는 점, 쟁점주택의 주택 부분의 등기사항전부증명서에 의하더라도 매도인으로부터 쟁점주택을 취득하고 청구법인의 명의로 소유권을 이전한 사실이 확인되는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점주택의 토지부분만을 취득하였다는 청구주장을 받아들일 수 없다.

또한, 「지방세법」제13조의2 제1항 및 같은 법 시행령 제28조의2 제8호에서 법인이 취득하는 주택 중 멸실시킬 목적으로 취득하는 주택의 경우 중과세 대상으로 보지 않으나, 주택신축판매업을 영위할 목적으로 「부가가치세법」제8조 제1항에 따라 사업자등록을 한 자가 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 주택을 멸실시키지 않거나 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 주택을 신축하여 판매하지 않은 경우는 제외하도록 규정하고 있는 점, 청구법인이 추진하는 역세권 활성화 사업에 있어 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」등 관계 법령에서 정하는 요건을 충족하기 위해 노후화된 건축물을 존치하고 있어야 하더라도 이와 같은 경우를 중과세 적용의 예외로 규정하고 있지 아니한 점 등에 비추어, 청구법인이 쟁점주택의 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 주택을 멸실시키지 아니한 사실을 확인하고 중과세율 적용대상에 해당한다고 보아 처분청이 이 건 취득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

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＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법

제11조(부동산 취득의 세율) ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

7. 그 밖의 원인으로 인한 취득

나. 농지 외의 것: 1천분의 40

8. 제7호나목에도 불구하고 유상거래를 원인으로 주택[「주택법」 제2조제1호의 주택으로서 「건축법」에 따른 건축물대장ㆍ사용승인서ㆍ임시사용승인서나 「부동산등기법」에 따른 등기부에 주택으로 기재{「건축법」(법률 제7696호로 개정되기 전의 것을 말한다)에 따라 건축허가 또는 건축신고 없이 건축이 가능하였던 주택(법률 제7696호 건축법 일부개정법률 부칙 제3조에 따라 건축허가를 받거나 건축신고가 있는 것으로 보는 경우를 포함한다)으로서 건축물대장에 기재되어 있지 아니한 주택의 경우에도 건축물대장에 주택으로 기재된 것으로 본다}된 주거용 건축물과 그 부속토지를 말한다. 이하 이 조에서 같다]을 취득하는 경우에는 다음 각 목의 구분에 따른 세율을 적용한다. 이 경우 지분으로 취득한 주택의 취득당시가액(제10조의3 및 제10조의5제3항에서 정하는 취득당시가액으로 한정한다. 이하 이 호에서 같다)은 다음 계산식에 따라 산출한 전체 주택의 취득당시가액으로 한다.

다. 취득당시가액이 9억원을 초과하는 주택: 1천분의 30

제13조의2(법인의 주택 취득 등 중과) ① 주택(제11조 제1항 제8호에 따른 주택을 말한다. 이 경우 주택의 공유지분이나 부속토지만을 소유하거나 취득하는 경우에도 주택을 소유하거나 취득한 것으로 본다. 이하 이 조 및 제13조의3에서 같다)을 유상거래를 원인으로 취득하는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제11조제1항제8호에도 불구하고 다음 각 호에 따른 세율을 적용한다.

1. 법인(「국세기본법」 제13조에 따른 법인으로 보는 단체, 「부동산등기법」 제49조제1항제3호에 따른 법인 아닌 사단ㆍ재단 등 개인이 아닌 자를 포함한다. 이하 이 조 및 제151조에서 같다)이 주택을 취득하는 경우: 제11조제1항제7호나목의 세율을 표준세율로 하여 해당 세율에 중과기준세율의 100분의 400을 합한 세율

(2) 지방세법 시행령

제13조(취득 당시의 현황에 따른 부과) 부동산, 차량, 기계장비 또는 항공기는 이 영에서 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 해당 물건을 취득하였을 때의 사실상의 현황에 따라 부과한다. 다만, 취득하였을 때의 사실상 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부(公簿)상의 등재 현황에 따라 부과한다.

제28조의2(주택 유상거래 취득 중과세의 예외) 법 제13조의2제1항을 적용할 때 같은 항 각 호 외의 부분에 따른 주택(이하 이 조 및 제28조의3부터 제28조의6까지에서 “주택”이라 한다)으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 중과세 대상으로 보지 않는다.

8. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택으로서 멸실시킬 목적으로 취득하는 주택. 다만, 나목 6)의 경우에는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 주택을 멸실시키지 않거나 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 주택을 신축하여 판매하지 않은 경우는 제외하고, 나목 6) 외의 경우에는 정당한 사유 없이 3년[나목 5)의 경우 2년]이 경과할 때까지 해당 주택을 멸실시키지 않은 경우는 제외한다.

나. 다음 중 어느 하나에 해당하는 자가 주택건설사업을 위하여 취득하는 주택. 다만, 해당 주택건설사업이 주택과 주택이 아닌 건축물을 한꺼번에 신축하는 사업인 경우에는 신축하는 주택의 건축면적 등을 고려하여 행정안전부령으로 정하는 바에 따라 산정한 부분으로 한정한다.

6) 주택신축판매업[한국표준산업분류에 따른 주거용 건물 개발 및 공급업과 주거용 건물 건설업(자영건설업으로 한정한다)을 말한다]을 영위할 목적으로 「부가가치세법」 제8조 제1항에 따라 사업자 등록을 한 자