쟁점주택을 「지방세특례제한법」 제31조 제2항 제1호에서 규정하고 있는 임대주택으로 보아 취득세를 경감하여야 한다는 청구주장의 당부

예규·판례

쟁점주택을 「지방세특례제한법」 제31...

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심판청구

조심 2024지0571

생산일자 2025-10-30

AI 요약

요지

쟁점주택은 「지방세특례제한법」 제31조 제2항에서 규정하고 있는 임대주택으로서 취득세 감면 대상에 해당한다고 할 것이므로, 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨.

상세내용

이유
1. 처분개요

가. 청구법인과 A 주식회사 등 3개 법인은 광명 제OOO구역 주택재개발정비사업조합(이하 “쟁점주택조합”이라 한다)이 건설한 경기도 광명시 OOO, OOO 내 임대아파트 총 111호(이하 “이 건 주택”이라 한다)에 대하여 2021.9.22. 총액 OOO원의 포괄양수도 계약을 체결하였다.

나. 청구법인은 2022.5.9. 이 건 주택 중 아래 ＜표1＞의 21개호(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 쟁점주택조합으로부터 취득한 후, 2022.6.8.부터 2022.6.22.까지「지방세특례제한법」제31조 제2항 및 제177조의2 제1항에 따라 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택을 최초로 분양받아 취득하는 경우로 보아 취득세의 100분의 85를 경감받았다.

구분

동

호수

16개호

OOO동

102호, 106호, 202호, 302호, 402호, 502호, 602호, 602호, 802호, 902호, 1002호, 1102호, 1202호, 1302호, 1402호, 1406호

5개호

OOO동

702호, 802호, 1102호, 1202호, 1302호

＜표1＞ 청구법인의 쟁점주택(21개호) 취득 내역

다. 이후 처분청이 2023.10.18.부터 2023.11.6.까지 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 쟁점주택 취득의 경우, 장기일반민간임대아파트 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택에 해당하여 취득세 감면 대상에 해당하지 아니한 것으로 보아, 2023.11.13. 쟁점주택에 대하여 그 취득가격인 OOO원을 과세표준으로 하고,「지방세법」제13조의2 제1항 제1호의 중과세율(1천분의 120)을 적용하여 산출한 세액에서 기 납부한 세액을 차감한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함)을 부과·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.2.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점주택은「민간임대주택에 관한 특별법」상 민간건설임대주택에 해당한다.

(가)「민간임대주택에 관한 특별법」상 민간건설임대주택을 다른 임대사업자가 양수받더라도 그 임대주택은 여전히 민간건설임대주택일 뿐, 민간매입임대주택으로 그 성격이 변경되는 것은 아니다.

(나) 한편「지방세특례제한법」제31조 제2항 제1호에서는 매입임대주택에 대하여 별도로 정하고 있지 않은데, 이를 특별한 사정이 없는 한 차용개념으로 보아「민간임대주택에 관한 특별법」과 동일하게 해석하여야 하나, 본 건에서 특별한 사정을 인정할 합리적인 이유가 없다.

(2) 재개발조합은「도시 및 주거환경정비법」제86조의2에 따라 소유권 이전 고시 후 1년 내에 청산을 위한 절차를 거쳐야 하므로, 신축한 임대주택을 임대의무기간 동안 임대사업에 직접 사용하지 못하고 다른 임대사업자에게 임대의무기간 중 포괄양도하여야 하는 이상, 임대주택에 대하여 감면받은 취득세는 추징된다.

마찬가지로 청구법인이「지방세특례제한법」제31조 제2항 제1호에 따라 쟁점주택에 대한 취득세를 감면받은 후에 임대의무기간 중 다른 임대사업자에게 쟁점주택을 포괄양도한다면 그 감면된 취득세 또한 추징된다. 결국「지방세특례제한법」제31조는 임대주택을 임대의무기간 동안 온전히 임대한 임대사업자에 한하여 취득세를 감면하도록 규정하므로, 청구법인이「지방세특례제한법」제31조 제2항 제1호에 따라 취득세를 감면받더라도 중복감면의 문제는 발생하지 않는다.

(3) 청구법인은 임대사업의 포괄양수인으로서 쟁점주택조합의 법률상 지위를 그대로 승계하였고, 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 시점에 양수인으로 민간건설임대사업자로서의 지위를 그대로 유지하고 있으므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1)「지방세특례제한법」제31조 제2항에 따른 감면대상자인 임대사업자는 같은 조 제1항에서 규정하고 있는데, 임대목적물의 범위에서 2020.7.11. 이후「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자등록 신청을 한 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택인 경우는 제외하고 있고,재개발조합이 임대목적으로 건설한 아파트를 준공 전에 포괄양수자 선정을 위한 입찰 절차를 통하여 포괄양수도 계약을 체결하고, 아파트를 준공한 후 임대사업자의 지위와 함께 그 아파트를 임대목적물로 하여 장기일반임대사업자 등록을 한 경우에는 비록 민간건설임대주택으로 임대사업자 등록을 하였다고 하더라도 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이므로 취득세 감면대상에 해당하지 않는다 할 것(행정안전부 지방세특례제도과-2102호, 2022.9.21. 참조)이다.

(2) 청구법인은 쟁점주택을 장기일반민간임대주택 중 건설임대주택으로 하여 임대사업자를 등록하였다고 하나, 쟁점주택조합이 쟁점주택의 건축주로서 2021.4.16. 사용승인 등을 받은 사실이 확인되므로, 청구법인을 건축주로 볼 수 없고, 쟁점주택에 대하여 매매를 등기원인으로 2022.7.8. 소유권을 이전한 사실이 확인되며, 청구법인도 쟁점주택조합으로부터 임대사업자의 지위와 함께 아파트인 쟁점주택을 취득하여 임대하고 있으므로, 쟁점주택은 민간매입임대주택으로 보아야 하는데, 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택인 경우는 감면대상에서 제외하고 있는 등 청구법인이 취득한 쟁점주택은 민간매입임대주택에 해당하여「지방세특례제한법」제31조 제2항의 감면대상 임대목적물에 해당하지 않아 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주택을「지방세특례제한법」제31조 제2항 제1호에서 규정하고 있는 임대주택으로 보아 취득세를 경감하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따라 나타나는 사실관계는 다음과 같다.

(가) 등기사항전부증명서 등에 의하면, 청구법인은 2020.5.12. 주택건설임대사업 및 매매임대사업 등을 목적사업으로 하여 설립된 것으로 나타난다.

(나) 쟁점주택조합은 2020.9.11. 신축예정인 이 건 주택을 임대목적물로 하여 임대사업자등록을 하였다.

(다) 건축물대장 총괄표제부(갑)에 의하면, 쟁점주택조합은 건축주로서 2015.8.18. 건축허가를 받고, 2017.12.11. 건축공사에 착공하여 2021.4.16. 사용승인을 받은 것으로 나타난다.

(라) 쟁점주택조합은 2021.3.26. 광명 제OOO구역 주택재개발정비사업의 임대주택(이 건 주택 111세대)에 대하여 포괄양수자 선정을 위한 입찰공고(제2021-3-26호, 입찰기준금액 : 17,000,000,000원)를 하였다.

(마) 포괄양수도 계약서 등에 의하면, 쟁점주택조합과 청구법인 외 3개 법인은 2021.9.22. 아래 ＜표2＞의 이 건 주택을 OOO원에 포괄양수도 하기로 하는 계약을 체결하였고, 청구법인은 2022.5.9. 이 건 주택(111세대) 중 쟁점주택(21개호)을 쟁점주택조합으로부터 취득한 것으로 나타난다.

＜표2＞ 이 건 주택(111세대) 현황

구분

세대수

전용면적

공급면적

임대아파트

32.5860

48.4433

40.1639

59.1947

(단위 : ㎡)

(바) 임대사업자 등록증 등에 의하면, 청구법인은 2022.4.5. 쟁점주택을 임대목적물로 하여 임대사업자등록[주택구분 : 건설, 주택종류 : 장기일반민간임대주택(10년), 주택유형 : 아파트, 등록이력 : 양수, 등록번호 : 2022-파주시-임대사업자-117]을 한 것으로 나타난다.

(사) 등기사항전부증명서에 의하면, 청구법인은 2021.9.22. 매매를 원인으로 2022.7.8. 쟁점주택의 소유권을 이전한 것으로 나타난다.

(아) 쟁점주택이 전용면적 60㎡ 이하인 공동주택으로서 취득 당시의 가액이 6억원 이하인 사실 등에 대해서는 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가)「지방세특례제한법」제31조 제1항에서 2020.7.11. 이후「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자 등록을 신청한 자가 장기일반민간임대주택 중 아파트(민간매입임대주택)를 임대하는 경우 취득세 감면대상이 되는 임대사업자로 보지 않는다고 규정하고 있고, 같은 조 제2항 제1호에서 제1항의 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 최초로 분양받은 전용면적 60㎡ 이하 공동주택(취득 당시 가액이 3억원 이하)에 대해서는 2024.12.31.까지 취득세를 면제(100분의 85 감면)한다고 규정하고 있다.

(나) 청구법인은 쟁점주택이 민간매입임대주택인 아파트이므로, 쟁점주택의 취득은「지방세특례제한법」제31조 제2항에 따른 취득세 감면대상에 해당하지 않는다는 의견이나,

청구법인의 임대사업자등록증에서 장기일반민간임대주택(10년)인 쟁점주택의 주택 구분을 건설로 기재하고 있고, 청구법인은 쟁점주택을 취득하면서 쟁점주택의 임대인의 지위(권리와 의무)를 포괄양수한 것으로 보아, 청구법인이 취득한 쟁점주택은 건설임대주택으로 볼 수 있는 점,

「지방세특례제한법」제31조 제1항에서 장기일반임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이거나 단기민간임대주택을 임대주택으로 등록한 임대사업자는 취득세 등의 감면대상이 되는 임대사업자의 범위에서 제외하도록 규정하고 있으나, 청구법인이 취득한 쟁점주택은 건설임대주택에 해당하고 단기매입임대주택에 해당하지 아니하므로 청구법인은 위 조항에 따른 임대사업자에 해당하는 것으로 보이는 점, 행정안전부는 청구법인과 같은 임대사업자가 재개발조합 등이 건축한 임대주택을 포괄양수해서 임대목적물로 등록한 경우 그 포괄양수인도 임대사업자에 해당하고, 해당 주택은「지방세특례제한법」제31조 제2항에서 규정하고 있는 임대주택에 해당한다고 해석한 점(지방세특례제도과-1509, 2025.5.28.) 등에 비추어, 쟁점주택은「지방세특례제한법」제31조 제2항에서 규정하고 있는 임대주택으로서 취득세 감면 대상에 해당한다고 할 것이므로, 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세특례제한법

제31조(임대주택 등에 대한 감면) ①「공공주택 특별법」에 따른 공공주택사업자 및「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자[임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물{2020년 7월 11일 이후「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위하여 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 “장기일반민간임대주택”이라 한다) 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이거나 같은 조 제6호에 따른 단기민간임대주택(이하 이 조에서 “단기민간임대주택”이라 한다)인 경우 또는 같은 법 제5조에 따라 등록한 단기민간임대주택을 같은 조 제3항에 따라 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제2조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택이나 장기일반민간임대주택으로 변경신고한 주택은 제외한다}로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말하되, 토지에 대해서는「주택법」제15조에 따른 사업계획승인을 받은 날 또는「건축법」제11조에 따른 건축허가를 받은 날부터 60일 이내로서 토지 취득일부터 1년 6개월 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 “임대사업자”라 한다]가 임대할 목적으로 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 임대용 복리시설을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 건축하는 경우 그 공동주택에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면한다. 다만, 토지를 취득한 날부터 정당한 사유 없이 2년 이내에 공동주택을 착공하지 아니한 경우는 제외한다.

② 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 공동주택 또는「민간임대주택에 관한 특별법」제2조 제1호에 따른 준주택 중 오피스텔(그 부속토지를 포함한다. 이하 이 조에서 "오피스텔"이라 한다)을 최초로 분양받은 경우 그 공동주택 또는 오피스텔에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면한다. 다만,「지방세법」제10조의3에 따른 취득 당시의 가액이 3억원(「수도권정비계획법」제2조 제1호에 따른 수도권은 6억원으로 한다)을 초과하는 경우에는 감면 대상에서 제외한다.

1. 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택 또는 오피스텔을 취득하는 경우에는 취득세를 면제한다.

③ 제1항 및 제2항을 적용할 때「민간임대주택에 관한 특별법」제43조 제1항 또는「공공주택 특별법」제50조의2 제1항에 따른 임대의무기간에 대통령령으로 정한 경우가 아닌 사유로 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 임대 외의 용도로 사용하거나 매각·증여하는 경우

제177조의2(지방세 감면 특례의 제한) ① 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이「지방세법」에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(「지방세법」제13조 제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

(2) 민간임대주택에 관한 특별법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. “민간매입임대주택”이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

5. “장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택[아파트(「주택법」제2조 제20호의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다]을 말한다.

제43조(임대의무기간 및 양도 등) ① 임대사업자는 임대사업자 등록일 등 대통령령으로 정하는 시점부터 제2조 제4호·제5호 또는 제6호의2에 따른 기간(이하 “임대의무기간”이라 한다) 동안 민간임대주택을 계속 임대하여야 하며, 그 기간이 지나지 아니하면 이를 양도할 수 없다.

② 제1항에도 불구하고 임대사업자는 임대의무기간 동안에도 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 시장·군수·구청장에게 신고한 후 민간임대주택을 다른 임대사업자에게 양도할 수 있다. 이 경우 양도받는 자는 양도하는 자의 임대사업자로서의 지위를 포괄적으로 승계하며, 이러한 뜻을 양수도계약서에 명시하여야 한다.

(3) 주택법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

20. “도시형 생활주택”이란 300세대 미만의 국민주택규모에 해당하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 말한다.