이유
1. 처분개요

가. 수원OOO사업조합(이하 “이 건 재개발조합”이라 한다)은 2020.4.29. 경기도 수원시 OOO호 외 181호(이하 “쟁점임대주택”이라 한다)의 모든 권리와 의무를 주식회사 A(이하 “종전 양수인”이라 한다)에게 포괄양도하는 계약을 체결하였고, 청구법인과 이 건 재개발조합, 종전 양수인은 2022.12.15. 쟁점임대주택에 대한 모든 권리와 의무를 청구법인에게 양도하는 포괄양수도계약을 체결하였으며, 청구법인은 2023.5.18. 쟁점임대주택을 이 건 재개발조합으로부터 취득(매매)하였다.

나. 처분청은 2024년 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 청구법인이 소유하고 있는 쟁점임대주택에 대하여, 2024.7.17. 청구법인에게 재산세(1기분) 등 합계 OOO원(이하 “재산세 1기분”이라 한다)을, 2024.9.9. 재산세(2기분) 등 합계 OOO원(이하 “재산세 2기분”이라 한다)을 각각 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.10.29. 이의신청을 거쳐, 2025.2.3. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

청구법인은 이 건 재개발조합과 체결한 종전 양수인의 지위승계 계약(2020.4.29.)에 따라 쟁점임대주택에 대한 임대사업자의 지위를 승계하여「지방세특례제한법」제31조의3 제1항에서 규정하는 임대사업자에 해당한다.

쟁점임대주택은 2020.7.11. 이전에 임대사업자등록 신청을 한 장기일반민간임대주택 중 아파트에 해당하는 임대주택으로서, 건설 당시부터 현재까지 건설임대주택의 성격이 그대로 유지되고 있고 임대 이외의 다른 용도로 사용한 사실이 없어「지방세특례제한법」제31조의3 제1항에서 규정하는 임대용 공동주택을 임대하고 있으므로 재산세 감면대상으로 보아야 한다.

나. 처분청 의견

재산세 1기분의 경우, 청구법인은 2024.7.17. 처분청으로부터 재산세 1기분 고지서를 수령하고, 그로부터 90일이 경과한 2024.10.29. 처분청에 이의신청을 제기하여 각하결정을 받았으므로 이 건 심판청구에 대하여 각하결정을 하여야 한다.

재산세 2기분의 경우, 이 건 재개발조합은 2020.4.29. 쟁점임대주택에 대한 모든 권리와 의무를 종전 양수인에게 포괄양도하는 계약을 체결하였고, 2022.12.15. 쟁점임대주택에 대한 종전 양수인의 모든 권리와 의무를 청구법인에게 양도하는 포괄양수도계약을 통해 청구법인은 임대사업자 지위와 함께 그 아파트를 임대목적물로 하여 장기일반임대사업자 등록하였다.

비록, 청구법인이 민간건설임대주택으로 임대사업자 등록을 하였다고 하더라도 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대사업자로 보아야 하므로「지방세특례제한법」제31조의3 제1항의 재산세 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 재산세 1기분에 대한 심판청구가 적법한지 여부

② (재산세 2기분) 쟁점임대주택이「지방세특례제한법」제31조의3 제1항에서 규정하는 재산세 감면대상인지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 이 건 재개발조합은 2020년 2월경 쟁점임대주택[장기민간임대주택(아파트, 10년)] 건축공사를 착공하였고, 2020.4.29. 쟁점임대주택의 모든 권리와 의무를 종전 양수인에게 포괄양도하는 계약(임대사업자의 지위 등)을 체결하였으며, 2022.8.26. 쟁점임대주택을 준공하였다.

(나) 청구법인과 이 건 재개발조합, 종전 양수인은 2022.12.15. 쟁점임대주택에 대한 모든 권리와 의무를 청구법인에게 양도하는 포괄양수도계약(임대사업자의 지위 등)을 체결하였다.

(다) 청구법인은 2023.5.18. 쟁점임대주택[전용면적 40㎡이하(114세대), 40㎡~60㎡(68세대)]을 이 건 재개발조합으로부터 취득(매매)하였다.

(라) 처분청은 2024년 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 청구법인이 소유하고 있는 쟁점임대주택에 대하여, 2024.7.17. 청구법인에게 재산세 1기분을, 2024.9.9. 재산세 2기분을 각각 부과·고지하였고, 청구법인은 2024.10.29. 처분청에 이의신청을 제기하였으며, 처분청은 2024.12.16. 재산세 1기분 및 2기분에 대하여 각하 및 기각 결정을 하였다.

(마)「지방세특례제한법」제31조의3은 2021.12.28. 개정되면서, 2020년도에 주택시장 안정 보완대책(2020.7.10.)을 통해 단기 임대 및 아파트 장기임대유형이 폐지됨에 따라, 대책 발표 다음날(2020.7.11.) 부터 개정법률 시행 전일(2020.8.17.) 사이에 폐지유형으로 등록·변경한 경우 지방세 감면을 배제하도록 개정되었다.

(바) 국토교통부는 건설임대주택을 포괄양수 받은 경우 건설임대주택으로 승계되는지 여부에 관하여 아래와 같이 회신(민간임대정책과-346, 2021.1.20.)하였다.

＜국토교통부 질의회신 주요내용＞

○○○

(사) 행정안전부는 임대사업자가 재개발조합이 건설임대주택으로 등록한 아파트를 포괄양수해서 임대주택으로 등록한 경우의 감면여부에 관하여 기존 유권해석(행정안전부 지방세특례제도과-2102, 2022.9.21.)을 변경(행정안전부 지방세특례제도과-1509, 2025.5.28.)한 사실이 확인된다.

＜행정안전부 기존 유권해석 주요내용＞

o 행정안전부 지방세특례제도과-2102, 2022.9.21.

귀문 관련, 재개발조합이 임대목적으로 건설한 아파트를 준공 전에 포괄양수자 선정을 위한 입찰 절차를 통하여 포괄양수도 계약을 체결하고, 아파트 준공 후 임대사업자 지위와 함께 그 아파트를 임대목적물로 하여 장기일반임대사업자 등록을 한 경우에는 비록 민간건설임대주택으로 임대사업자 등록을 하였다고 하더라도 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이므로 취득세 감면대상에 해당하지 않습니다.

＜행정안전부 변경 유권해석 주요내용＞

o 행정안전부 지방세특례제도과-1509, 2025.5.28.

2. '감면대상 임대사업자의 범위'와 관련된 기존 유권해석(행정안전부 지방세특례제도과-2102, 2022.9.21.)을 「지방세관계법규 해석민원 처리지침」제16조제1항에 따라 '지방세법규해석심사위원회 심의'(2025.5.14.)를 거쳐 변경하였음을 알려드립니다.

3. ＜질의 요지＞

○ 재개발조합이 건축하고 건설임대주택으로 등록한 아파트(이하 "쟁점 아파트"이라 함)를「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 임대사업자가 포괄양수하고 임대주택(임대사업자등록증 상 ‘건설임대’로 등록)으로 등록한 경우,

- 「지방세특례제한법」(2024.12.31. 법률 제20632호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제31조제2항에 따른 취득세 감면대상에 해당하는지 여부

4. ＜회신 내용＞

□ 「지방세특례제한법」제31조 제2항 본문에서는 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 공동주택을 최초로 분양받은 경우 그 공동주택에 대해서는 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면한다고 규정하고 있고,

○ 같은 조 제1항(이하 "쟁점 규정"이라 함)에서 임대사업자 범위를 「민간임대주택에 관한 특별법」(이하 "「민간임대주택법」"이라 함)에 따른 임대사업자로서 임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말하되,

○ 임대목적물이 2020년 7월 11일 이후 「민간임대주택법」(2020.8.18. 법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말함) 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택, 같은 조 제6호에 따른 단기민간임대주택 또는 단기민간임대주택을 공공지원민간임대주택이나 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택이 아닐 것으로 규정하고 있습니다.

□ 먼저, 쟁점 아파트를 포괄양수한 임대사업자가 쟁점 규정에 따른 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 등록한 임대사업자에 해당하는지 살펴보겠습니다.

○ 쟁점 규정에 의하면 감면대상자인 임대사업자라 함은 '「민간임대주택법」에 따른 임대사업자로서 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 등록한 자'를 의미하고, 이때 감면대상이 되는 '임대목적물'에서 ‘「민간임대주택법」에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택'을 제외하고 있습니다.

- 「민간임대주택법」 제43조 제2항에서는 임대사업자가 임대의무기간 동안에도 일정한 절차를 거쳐 민간임대주택을 다른 임대사업자에게 양도할 수 있도록 하면서, 이 경우 양도받는 자는 양도하는 자의 임대사업자로서의 지위를 포괄적으로 승계하도록 규정하고 있는바,

- 임대의무기간 중 건설임대사업자가 양수받는 임대사업자와 포괄양수계약을 체결하고 소유권 이전 절차를 완료하게 되면 양도인의 건설임대사업자 지위를 포괄 승계하면서 기존 유형 그대로 민간건설임대주택으로 양도되는 것으로(국토부 민간임대정책과-5375, 2024.11.1.),

- 임대사업자가 건설임대주택을 다른 임대사업자에게 매각하였다고 하여 그 임대주택이 건설임대주택에서 매입임대주택으로 변경되는 것이 아니라고 할 것(대법원 2006.8.25. 선고 2006다14103 판결)입니다.

○ 아울러, 쟁점 규정을 개정하여 임대목적물에서 ‘「민간임대주택법」에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택'을 제외한 입법 취지를 살펴보면,

- 정부는 2020.7.10. 부동산대책에서 당시 주택시장의 과열 요인이 될 수 있는 아파트 민간매입임대 제도 폐지를 발표하고, 이에 대한 후속조치로서 「민간임대주택법」(아파트 민간매입임대주택 등록제도 폐지)과 「지방세특례제한법」(아파트 민간매입임대주택 감면 제외)을 개정하였습니다.

- 당시 「민간임대주택법」 개정의 취지가 매물잠김 등에 영향이 크지 않을 것으로 판단되는 민간건설임대주택(포괄양수도 포함)까지 등록임대주택에서 제외하고자 하는 것은 아니었으며(국토부 민간임대정책과-5375, 2024.11.1.), 아파트 민간매입임대 등록제도가 폐지된 이후에도 「민간임대주택법」에 따라 법인이 건설임대주택(아파트)을 포괄 양수한 경우에는 이를 건설임대주택으로 보아 임대목적물 등록을 허용하고 있습니다.

○ 이상의 관련 법령 및 입법 취지를 살펴볼 때, 「민간임대주택법」에 따라 건설임대주택으로 등록된 쟁점 아파트를 임대사업자가 포괄양수한 경우 쟁점 아파트는 「민간임대주택법」에 따른 건설임대주택으로서, 쟁점 규정에서 규정하고 있는 임대목적물에서 제외되는 「민간임대주택법」에 따른 아파트를 임대하는 민간매입임대주택으로 보기 어려우며, 쟁점 아파트를 포괄양수한 임대사업자는 쟁점 규정에 따른 임대사업자에 해당한다고 판단됩니다.

□ 다음으로 재개발조합이 건축한 임대아파트를 포괄양수 계약으로 취득한 경우가 「지방세특례제한법」제31조제2항에 따른 건축주로부터 공동주택을 최초로 '분양'받은 경우에 해당하는지 살펴보겠습니다.

○ '분양'의 개념에는 불특정 다수를 상대로 광고 등의 방법으로 매수하기를 원하는 사람을 모집한 후 건축물 중 일부를 쪼개어 판매하는 통상적인 의미의 일반분양뿐만 아니라, 특정인들을 상대로 정해진 규정이나 절차에 따라 건축물을 일괄해서 매도하는 특별분양이나 광고 등을 통한 일반경쟁입찰이 아닌 수의계약 방식을 통해 상대방을 정하여 건축물의 일부를 판매하는 형태의 임의분양 등 다양한 형태의 '분양'이 존재하므로 재건축임대주택과 같이 관계법령에 따라 임대주택을 공법인에게 일괄적으로 공급하는 것도 '분양'의 한 형태로 충분히 포섭할 수 있다(대법원 2012.5.9. 선고 2012두751 판결)할 것입니다.

○ 「지방세특례제한법」제31조제2항에서 '최초로 분양받은 경우'를 취득세의 감면 요건으로 정하고 있는 취지를 살펴보더라도 신축 주택을 임대주택 시장의 민간임대주택으로 유입하기 위한 인센티브를 제공하는 것이므로, 신축 주택을「민간임대주택법」에 따른 민간임대주택으로 등록한 이상 거래 방식에 관계없이 감면을 적용하는 것이 당초 감면 취지에 부합한다고 판단됩니다.

○ 따라서,「민간임대주택법」에 따라 재개발조합의 건설임대주택을 포괄승계의 방식으로 최초로 취득한 경우,「지방세특례제한법」제31조제2항에서 말하는 최초로 '분양'받은 경우에 해당한다고 볼 수 있습니다.

□ 이상의 사항을 종합적으로 고려할 때, 재개발조합이 건축한 건설임대주택을 「민간임대주택법」에 따른 포괄양수도계약을 통해 소유권을 양수받은 경우,

○ 해당 임대주택을 양수한 임대사업자는 「민간임대주택법」에 따른 건설임대사업자로서 임대목적물인 아파트는 건설임대주택에 해당하므로 「지방세특례제한법」 제31조제2항에 따른 임대사업자에 해당한다고 봄이 타당하고,

○ 포괄양수도 계약을 통해 신축 임대주택을 최초로 이전받는 경우에 해당한다고 한다면 「지방세특례제한법」제31조제2항에서 말하는 최초로 '분양'받은 경우에 해당하므로 취득세 감면 대상에 해당한다고 할 것입니다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

먼저, 쟁점①의 경우, 청구법인은 2024.7.17. 2024년도 재산세 1기분 납세고지서를 수령하고 90일을 경과한 2024.10.29. 처분청에 이의신청을 제기하였고, 처분청은 2024.12.16. 각하결정을 하였으며, 청구법인은 2025.2.3. 이 건 심판청구를 제기하였는바, 청구법인이 납세고지서 수령일로부터 90일을 경과하여 제기한 이의신청은 청구기간을 도과한 것이므로 부적법하다 할 것이고, 부적법한 이의신청에 터잡은 이 건 심판청구 또한 적법한 절차를 거치지 아니한 것이므로 부적법한 청구에 해당한다고 판단된다.

쟁점②의 경우, 처분청은 쟁점임대주택이「민간임대주택에 관한 특별법」제2조 제2호에서 규정한 민간건설임대주택의 정의에 부합하지 아니하여 재산세 감면대상이 아니라는 의견이나, 이 건 재개발조합과 종전 양수인은 2020.7.10. 정부의 주택시장 안정 보완대책 발표 이전인 2020.4.29. 쟁점임대주택[장기민간임대주택(아파트, 10년)]의 모든 권리와 의무를 종전 양수인에게 포괄양도하는 계약(임대사업자의 지위 등)을 체결하였고, 이 건 재개발조합은 2022.8.26. 쟁점임대주택을 준공하였으며, 청구법인과 이 건 재개발조합, 종전 양수인은 2022.12.15. 쟁점임대주택에 대한 모든 권리와 의무를 청구법인에게 양도하는 포괄양수도계약(임대사업자의 지위 등)을 체결하여 청구법인은 이 건 재개발조합의 임대사업자의 지위를 승계한 것으로 보이는 점, 청구법인은 2023.5.18. 쟁점임대주택을 취득하고 2024년 재산세 과세기준일 현재까지 임대주택으로 사용하고 있는 점 등에 비추어 쟁점임대주택은「지방세특례제한법」제31조의3 제1항에 따른 재산세 감면대상에 해당한다 할 것이므로 쟁점임대주택 중 전용면적 40제곱미터 이하인 공동주택(114세대)에 대해서는 재산세를 면제하고, 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택(68세대)에 대해서는 재산세를 100분의 75를 경감하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당하거나 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제1호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세기본법

제90조(이의신청) 이의신청을 하려면 그 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받았을 때에는 그 통지를 받은 날)부터 90일 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 불복의 사유를 적어 특별시세ㆍ광역시세ㆍ도세[도세 중 소방분 지역자원시설세 및 시ㆍ군세에 부가하여 징수하는 지방교육세와 특별시세ㆍ광역시세 중 특별시분 재산세, 소방분 지역자원시설세 및 구세(군세 및 특별시분 재산세를 포함한다)에 부가하여 징수하는 지방교육세는 제외한다]의 경우에는 시ㆍ도지사에게, 특별자치시세ㆍ특별자치도세의 경우에는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사에게, 시ㆍ군ㆍ구세[도세 중 소방분 지역자원시설세 및 시ㆍ군세에 부가하여 징수하는 지방교육세와 특별시세ㆍ광역시세 중 특별시분 재산세, 소방분 지역자원시설세 및 구세(군세 및 특별시분 재산세를 포함한다)에 부가하여 징수하는 지방교육세를 포함한다]의 경우에는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 이의신청을 하여야 한다.

(2) 지방세특례제한법

제31조의3(장기일반민간임대주택 등에 대한 감면) ①「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제4호에 따른 공공지원민간임대주택[「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제5조에 따라 등록한 같은 법 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택(이하 이 조에서 “단기민간임대주택”이라 한다)을 같은 법 제5조제3항에 따라 2020년 7월 11일 이후 공공지원민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다] 및 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택[2020년 7월 11일 이후 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위하여 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이거나 단기민간임대주택을 같은 조 제3항에 따라 2020년 7월 11일 이후 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다]을 임대하려는 자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 국내에서 임대 목적의 공동주택 2세대 이상 또는 대통령령으로 정하는 다가구주택(모든 호수의 전용면적이 40제곱미터 이하인 경우를 말하며, 이하 이 조에서 “다가구주택”이라 한다)을 과세기준일 현재 임대 목적에 직접 사용하는 경우 또는 같은 법 제2조제1호에 따른 준주택 중 오피스텔(이하 이 조에서 “오피스텔”이라 한다)을 2세대 이상 과세기준일 현재 임대 목적에 직접 사용하는 경우에는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2024년 12월 31일까지 지방세를 감면한다. 다만, 「지방세법」 제4조제1항에 따라 공시된 가액 또는 시장ㆍ군수가 산정한 가액이 3억원[「수도권정비계획법」 제2조제1호에 따른 수도권은 6억원(「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제2호에 따른 민간건설임대주택인 경우는 9억원)으로 한다]을 초과하는 공동주택과 「지방세법」 제4조에 따른 시가표준액이 2억원(「수도권정비계획법」 제2조제1호에 따른 수도권은 4억원으로 한다)을 초과하는 오피스텔은 감면 대상에서 제외한다.

1. 전용면적 40제곱미터 이하인 임대 목적의 공동주택, 다가구주택 또는 오피스텔에 대해서는 재산세(「지방세법」 제112조에 따른 부과액을 포함한다)를 면제한다.

2. 전용면적 40제곱미터 초과 60제곱미터 이하인 임대 목적의 공동주택 또는 오피스텔에 대하여는 재산세(「지방세법」 제112조에 따른 부과액을 포함한다)의 100분의 75를 경감한다.

3. 전용면적 60제곱미터 초과 85제곱미터 이하인 임대 목적의 공동주택 또는 오피스텔에 대하여는 재산세의 100분의 50을 경감한다.

(3) 민간임대주택에 관한 특별법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “민간건설임대주택”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 말한다.

가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택

나.「주택법」제4조에 따라 등록한 주택건설사업자가 같은 법 제15조에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 주택 중 사용검사 때까지 분양되지 아니하여 임대하는 주택

3. “민간매입임대주택”이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

5. “장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택(아파트를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다)을 말한다.

제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.

1. 삭제

2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택

3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택

＜부칙＞

제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제6조 제1항 제12호, 제48조 제2항 및 법률 제17452호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 제5조, 제5조의6, 제5조의7, 제6조, 제43조, 제67조의 개정규정은 2020년 12월 10일부터 시행한다.

제5조(폐지되는 민간임대주택 종류에 관한 특례) ① 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 또는 단기민간임대주택을 등록한 임대사업자 및 그 민간임대주택은 임대사업자 및 그 민간임대주택의 등록이 말소되기 전까지 이 법에 따른 임대사업자 및 장기일반민간임대주택으로 보아 이 법을 적용한다. 다만, 임대의무기간은 종전의 규정에 따른다.

② 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 등록한 단기민간임대주택은 이 법 시행 이후 장기일반민간임대주택 또는 공공지원민간임대주택으로 변경 등록할 수 없다.