이유
1. 처분개요

가. 청구인은 2023.9.22. 경기도 용인시 처인구 OOO 외 2필지 토지(530㎡, 이하 “이 건 토지”라 한다)의 지목을 변경(전, 답, 목장용지 → 대지, “이 건 지목변경”이라 한다)한 후, 2023.11.15. 이 건 지목변경의 과세표준을 지목변경 후 공시지가(481,300원/㎡, 세무2과-29113호 회신 지가산정 결과)에서 2023년 지목변경 직전 공시지가(481,300원/㎡)를 차감한 금액(0원)으로 하고 「지방세법」(2023.3.14. 법률 제19230호로 일부개정된 것, 이하 같다) 제15조 제2항 제2호의 세율(1천분의 20)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 0원을 신고하였다.

나. 처분청은 지목변경 취득세 과세누락분 일제조사 결과, 이 건 지목변경으로 인한 지가상승분이 지목변경 전 토지의 공시지가에 선반영된 것으로 보아, 이 건 지목변경의 과세표준을 지목변경 후 공시지가(481,300원/㎡, 세무2과-29113호 회신 지가산정 결과)에서 2010년 지목변경 공사 착공 당시 공시지가(276,000원/㎡)를 차감한 금액(OOO원)으로 하고 「지방세법」제15조 제2항 제2호의 세율(1천분의 20)을 적용하여 2024.11.15. 청구인에게 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 합계 OOO원(가산세 제외)을 부과·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2024.12.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인이 2021년 2월 이 건 토지를 취득할 당시 토목공사가 완료되어 있었고, 이에 따라 상승된 지가를 기준으로 이 건 토지를 취득하면서 매매로 인한 세금 일체(취득세 포함)를 신고·납부하였다.

이후 이 건 토지에 건축물을 건축하기 위하여 지목변경 신청을 하면서 직접 지출한 토목공사비가 없어 시가표준액(공시지가)을 기준으로 지목변경 취득세를 신고하였고, 당시 처분청 담당자는 지목변경 전·후의 공시지가에 변동이 없어 취득세가 발생하지 않는다는 점을 확인하였는바, 청구인이 직접 대지조성 공사를 진행하지도 않은 토지에 대해 건축물 준공 시점에 토지를 소유한 자가 대지조성 공사 착공일 이후 13년간의 지가상승분을 포함한 지목변경 취득세를 납부하라는 것은 부당하다. 따라서 청구인이 지목변경 취득세를 납부하더라도 지가상승분을 배제한 지목변경 전·후의 지가 변동부분만이 지목변경 취득세 과세대상이 되어야 하고, 따라서 지목변경 후 공시지가에서 차감하는 지목변경 전 공시지가는 2010년 9월 대지조성 공사 착공일 당시 가액이 아니라, 청구인이 이 건 토지를 매입한 시점인 2021년 2월 당시의 공시지가를 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 이 건 토지의 지목변경에 대하여 이미 상승된 지가를 기준으로 토지를 취득하여 매매로 인한 세금 일체(취득세 포함)를 납부하였다고 주장하나, 지목변경에 따른 납세의무의 성립은 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 가액이 증가하였는지 여부를 판단하는 것이지 취득가액과는 무관한 것으로, 청구인이 이 건 토지를 상승된 지가를 기준으로 취득하여 취득세를 신고납부 하였다하더라도 이는 이 건 토지의 지목변경에 따른 취득과는 별도의 취득세 과세대상인 것으로 지목변경에 따른 가치증가분을 고려한 것이라 단정할 수 없고(조심 2019지1581, 2020.1.8., 같은 뜻임),

「지방세법」제7조 제4항에서 말하는 “토지의 지목을 사실상 변경”한다는 것은 사실상 토지의 주된 용도를 변경하는 것을 말하는데, 그 변경의 여부는 토지의 형질변경 유무뿐만 아니라 모든 건축공사가 완료되어 완전히 건축물의 부속토지로서의 효용에 공여되는 시점에서 비로소 토지의 주된 용도가 변경되었다고 봄이 타당한바(대법원 2018.6.15. 선고 2018두38673 판결, 같은 뜻임), 청구인이 이 건 토지를 취득할 당시 구 건축주가 건축허가·신고(개발행위 및 산지, 농지전용 허가 의제 등)를 득한 사항에 있어 행정적인 모든 권리의무를 승계하였고, 청구인은 그 개발행위허가를 승계하여 건축공사를 진행하였으며, 공사가 완료된 시점인 2023.10.5. 개발행위 준공이 이루어짐에 따라 지목이 변경(전, 답, 목장용지 → 대지)되었으므로 개발행위준공일 보다 앞선 시점에 쟁점토지의 주된 용도가 사실상 변경되었다고 볼 수는 없다.

(2) 청구인은 지목변경 취득세의 과세표준을 산정함에 있어 종전지가를 2010년 9월 착공일 당시가 아니라, 청구인이 이 건 토지를 매입한 시점인 2021년 2월 당시의 지가를 적용하여야 한다고 주장하나,

처분청은 이 건 토지의 지목변경 전 개별공시지가를 공사 착공일(2010년 9월) 현재 공시지가(276,000원/㎡)를 적용하였고, 이 건 토지와 인접한 유사 용도의 토지의 현재 개별공시지가가 206,000원/㎡～242,700원/㎡[OOO번지(전) 206,000원, OOO번지(답) 207,000원, OOO번지(전) 242,700원]인 반면, 청구인의 이 건 토지 취득일(2021년 2월) 현재 개별공시지가는 522,700원/㎡(용도: 주거용)인 점에 비추어, 2021년 현재 이 건 토지의 개별공시지가는 사실상 지목변경이 된 토지의 개별공시지가인 것으로 보이므로 2021년 현재 이 건 토지의 개별공시지가를 지목변경 전 개별공시지가로 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

대지조성 공사 착공일 당시 시가표준액과 지목변경 후 시가표준액의 차액을 과세표준으로 하여 이 건 지목변경에 대한 취득세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료 등에 따르면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 종전 소유자(a)는 2010.9.9. 이 건 토지에 착공예정일을 2010.9.13.로 한 착공신고를 하였고, 청구인은 2021.2.16. 매매를 원인으로 이 건 토지에 대한 소유권이전등기를 하면서 종전 소유자(a)로부터 이 건 토지 지상의 단독주택 건축허가 등 각종 인허가를 승계한 것으로 나타난다.

(나) 청구인은 2023.9.19. 처분청에 ‘단독주택 부지 조성’ 사업의 개발행위준공검사 신청을 하였고, 처분청은 2023.9.22. 청구인에게 사업기간을 ‘2007.9.17.～2023.10.31.’, 준공검사일자를 ‘2023.9.22.’로 한 개발행위 준공검사필증을 교부하였다.

(다) 청구인은 2023.9.26. 이 건 토지에 연면적 154.86㎡, 지상 2층 단독주택을 건축(사용승인)하였고, 건축물대장에는 위 주택의 건축허가일이 2009.10.22., 착공일이 2010.9.13.로 등재되어 있다.

(라) 검색 포털 거리뷰 사진에 나타나는 이 건 토지 및 연접한 토지[OOO 전(이 건 토지와 연접), OOO 목장용지(이 건 토지와 연접), OOO 전(이 건 토지 인근)의 연도별 현황을 살펴보면, OOO 전 및 같은 동 OOO 목장용지는 이 건 토지와 연접하여 면적, 위치 및 형태 등이 유사한 반면, OOO 전은 이 건 토지 인근에 위치하고 있으나 토지 모양이 이 건 토지와 상이(OOO: 삼각형, 이 건 토지: 정방형)으로 하고 나무가 우거져 있는 등 형태가 상이하고, 해당 토지의 연도별 개별공시지가 및 지목변경 토지에 대한 개별공시지가 임시산정 결과(처분청 세무2과 공문, 민원지적과 회신)는 다음과 같다.

가격기준년도

개별공시지가(원/㎡)

기준 일자

공시일자

이 건 토지

OOO(전)

OOO(전)

OOO(목)· OOO(전)

2024

504,800

206,000

242,700

504,800

1.1.

2024.4.30.

2023

481,300

217,500

252,100

481,300

1.1.

2023.4.28.

2022

522,700

236,800

272,700

522,700

1.1.

2022.4.29.

2021

487,500

222,800

245,500

487,500

1.1.

2021.5.31.

2020

429,600

214,600

230,700

429,600

1.1.

2020.5.29.

2019

415,800

207,900

226,100

415,800

1.1.

2019.5.31.

2018

405,900

197,000

214,800

405,900

1.1.

2018.5.31.

2017

386,100

168,800

205,400

386,100

1.1.

2017.5.31.

2016

351,400

157,100

188,600

351,400

1.1.

2016.5.31.

2015

346,500

138,200

164,000

346,500

1.1.

2015.5.29.

2014

341,500

135,800

166,600

341,500

1.1.

2014.5.30.

2013

334,000

137,000

155,500

334,000

1.1.

2013.5.31.

2012

329,000

135,000

166,000

329,000

1.1.

2012.5.31.

2011

299,000

129,000

155,000

299,000

1.1.

2011.5.31.

2010

276,000

124,000

167,000

276,000

1.1.

2010.5.31.

연도

토지소재지

면적

지목변경

비고

전

후

2024

(지목변경 임시산정)

OOO

382

답

대지, 481,300원/㎡

OOO

142

전

대지, 481,300원/㎡

2023.10.5.

합병말소

OOO

6

목장용지

대지, 481,300원/㎡

* OOO번지 개별공시지가(2010～2024년)는 OOO번지와 동일함.

(마) 「지방세법 시행령」의 지목변경에 대한 취득세 과세표준 산정방식이 2022.12.31.까지는 ‘지목변경 후 시가표준액’에서 ‘지목변경 전(지목변경 공사착공일 현재)의 시가표준액’을 차감하는 방식을 취하다가 2023.1.1.부터는 ‘지목변경 후 시가표준액’에서 ‘지목변경 전(지목변경으로 인한 취득일 현재 해당 토지의 변경 전 지목)의 토지에 대한 시가표준액’을 차감하는 방식으로 개정되었고, 그 개정이유로 ‘지목변경에 대한 과세 인정범위 확대 및 단서조항 신설을 통한 실질가치 반영’을 들고 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세법」제7조 제4항은 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 취득으로 본다고 규정하고, 같은 법 제10조의6 제1항 제1호는 지목변경의 취득세 과세표준인 취득 당시가액을 ‘그 변경으로 증가한 가액에 해당하는 사실상 취득가격으로 한다’고 규정하고 있으며, 같은 조 제2항은 법인이 아닌 자가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 사실상취득가격을 확인할 수 없는 경우 취득당시가액은 제4조에 따른 시가표준액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 계산한 가액으로 한다고 규정하고 있고,

「지방세법 시행령」제18조의6 제1호는 지목변경으로 증가한 가액을 ‘지목변경 이후의 토지에 대한 시가표준액(해당 토지에 대한 개별공시지가의 공시기준일이 지목변경으로 인한 취득일 전인 경우에는 인근 유사토지의 가액을 기준으로 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따라 국토교통부장관이 제공한 토지가격비준표를 사용하여 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 산정한 가액을 말한다)’에서 ‘지목변경 전의 토지에 대한 시가표준액(지목변경으로 인한 취득일 현재 해당 토지의 변경 전 지목에 대한 개별공시지가를 말한다. 다만, 변경 전 지목에 대한 개별공시지가가 없는 경우에는 인근 유사토지의 가액을 기준으로 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따라 국토교통부장관이 제공한 토지가격비준표를 사용하여 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 산정한 가액을 말한다)’을 뺀 가액으로 하도록 규정하고 있다.

(나) 처분청은 이 건 지목변경의 과세표준을 산정하면서 「지방세법 시행령」제18조의6 제1호 나목에 따른 ‘지목변경 전의 토지에 대한 시가표준액’을 2010년 지목변경 공사 착공 당시 공시지가로 보았으나, 해당 규정에서 ‘지목변경 전의 토지에 대한 시가표준액’을 ‘지목변경으로 인한 취득일 현재 해당 토지의 변경 전 지목에 대한 개별공시지가를 말한다’라고 명시적으로 규정하고 있고, 이 건 토지에 대한 지목변경으로 인한 취득일(2023.9.22.) 현재 해당 토지의 변경 전 지목에 대한 개별공시지가는 기준일을 ‘2023.1.1.’로 하여 2023.4.28. 공시된 가액인 OOO원/㎡인 것으로 보이는 점,

이 건 토지에 대한 2023년 개별공시지가가 사실상 지목변경이 이루어진 후의 개별공시지가여서 지목변경일 현재 변경 전 지목에 대한 개별공시지가가 없는 경우라 보더라도, 「지방세법 시행령」제18조의6 제1호 나목 괄호 안 단서에서 규정한 바와 같이 인근 유사토지의 가액을 기준으로 이 건 토지의 변경 전 지목에 대한 개별공시지가를 산정하여야 할 것인데, 처분청이 이 건 토지와 연접하여 있으면서 지목이 ‘전’으로 동일하고 면적, 위치 및 형태 등이 유사한 OOO 토지의 개별공시지가를 기준으로 변경 전 지목에 대한 개별공시지가를 산정하지 아니하고, 2010년 지목변경 공사 착공 당시 공시지가를 이 건 토지의 변경 전 지목에 대한 개별공시지가로 본 것은 잘못이 있어 보이는 점 등에 비추어,

처분청에서 이 건 토지의 ‘지목변경 전의 토지에 대한 시가표준액’을 2010년 지목변경 공사 착공 당시 공시지가로 보아 지목변경에 대한 취득세 등을 부과한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항, 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2023.3.14. 법률 제19230호로 일부개정된 것)

제7조(납세의무자 등) ① 취득세는 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박, 입목, 광업권, 어업권, 양식업권, 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄 회원권, 종합체육시설 이용회원권 또는 요트회원권(이하 이 장에서 “부동산등”이라 한다)을 취득한 자에게 부과한다.

④ 선박, 차량과 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 취득으로 본다.

제10조(과세표준의 기준) 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부로 취득하는 경우 취득세의 과세표준은 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 장에서 같다)으로 한다.

제10조의6(취득으로 보는 경우의 과세표준) ① 다음 각 호의 경우 취득 당시가액은 그 변경으로 증가한 가액에 해당하는 사실상취득가격으로 한다.

1. 토지의 지목을 사실상 변경한 경우

2. 선박, 차량 또는 기계장비의 용도 등 대통령령으로 정하는 사항을 변경한 경우

② 제1항에도 불구하고 법인이 아닌 자가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 사실상취득가격을 확인할 수 없는 경우 취득당시가액은 제4조에 따른 시가표준액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 계산한 가액으로 한다.

제15조(세율의 특례) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 중과기준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 취득물건이 제13조 제1항에 해당하는 경우에는 중과기준세율의 100분의 300을, 같은 조 제5항에 해당하는 경우에는 중과기준세율의 100분의 500을 각각 적용한다.

2. 제7조 제4항에 따른 선박ㆍ차량과 기계장비 및 토지의 가액 증가. 이 경우 과세표준은 제10조의6 제1항에 따른다.

제20조(신고 및 납부) ③ 이 법 또는 다른 법령에 따라 취득세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징 대상이 되었을 때에는 제1항에도 불구하고 그 사유 발생일부터 60일 이내에 해당 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.

(2) 지방세법 시행령(2023.6.30. 대통령령 제33609호로 일부개정된 것)

제18조의6(취득으로 보는 경우의 과세표준) 법 제10조의6 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 사실상취득가격을 확인할 수 없는 경우의 취득당시가액은 다음 각 호의 구분에 따른 가액으로 한다.

1. 법 제10조의6 제1항 제1호의 경우: 토지의 지목이 사실상 변경된 때를 기준으로 가목의 가액에서 나목의 가액을 뺀 가액

가. 지목변경 이후의 토지에 대한 시가표준액(해당 토지에 대한 개별공시지가의 공시기준일이 지목변경으로 인한 취득일 전인 경우에는 인근 유사토지의 가액을 기준으로 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따라 국토교통부장관이 제공한 토지가격비준표를 사용하여 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 산정한 가액을 말한다)

나. 지목변경 전의 토지에 대한 시가표준액(지목변경으로 인한 취득일 현재 해당 토지의 변경 전 지목에 대한 개별공시지가를 말한다. 다만, 변경 전 지목에 대한 개별공시지가가 없는 경우에는 인근 유사토지의 가액을 기준으로 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따라 국토교통부장관이 제공한 토지가격비준표를 사용하여 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 산정한 가액을 말한다)

제20조(취득의 시기 등) ⑩ 토지의 지목변경에 따른 취득은 토지의 지목이 사실상 변경된 날과 공부상 변경된 날 중 빠른 날을 취득일로 본다. 다만, 토지의 지목변경일 이전에 사용하는 부분에 대해서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다.