이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2003.6.27. 서울특별시 서초구 OOO 일대 A아파트 주택재건축정비사업(이하 “이 건 정비사업”이라 한다)을 목적으로 설립된 법인으로, 2017.11.17. 이 건 정비사업에 대한 관리처분계획인가를 받고, 2022.8.31. 이 건 정비사업에 따라 총 596세대 아파트(공동주택, 지하3층, 지상35층, 조합원 분양 408세대, 일반분양 135세대, 임대 53세대)를 준공하였으며, 2023.5.30.「도시 및 주거환경정비법」제86조 제1항 및 제2항에 따라 대지 및 건축시설의 소유권 이전고시를 처분청으로부터 받았다.

나. 청구법인은 2023.5.31. 이 건 정비사업 토지 26,607.7㎡ 중 일반분양분 토지 4,850.9㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득한 후, 그 취득세 과세표준을 구「지방세법 시행령」(2023.3.14. 대통령령 제33325호로 개정되기 전의 것) 제18조의4 제1항 제3호(이하 “종전규정”이라 한다)에 따라 공시지가를 기준으로 산정하여 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

다. 청구법인은 쟁점토지 취득에 대하여「지방세법 시행령」(2023.3.14. 대통령령 제33325호로 개정된 것) 제18조의4 제1항 제3호( 이하 “개정규정”이라 한다)에　따라 분양가액를 기준으로 산정하여, 2023.7.5. 추가로 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

라. 청구법인은 개정규정과 관련한「지방세법 시행령」부칙(2023.3.14. 대통령령 제33325호) 제3조의2 제1항(이하 “쟁점부칙”이라 한다)이 2024.12.31. 개정되면서, 2023년 3월 14일 전에「도시 및 주거환경정비법」제74조에 따른 관리처분계획 인가를 받은 사업시행자는 개정규정 이전과 동일하게 공시지가를 기준으로 하여 취득세 과세표준을 산정하도록 개정되었으므로 추가로 신고·납부한 취득세 등 합계 OOO원을 환급하여야 한다고 주장하면서, 2024.2.28. 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.4.18. 이를 거부하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2024.7.5. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

청구법인은 2003.6.27. 이 건 정비사업을 목적으로 설립된 법인으로, 2022.8.31. 이 건 정비사업에 따라 총 596세대 아파트를 준공하였고, 2023.5.30.「도시 및 주거환경정비법」제86조 제1항 및 제2항에 따라 대지 및 건축시설의 소유권 이전고시를 처분청으로부터 받았다.

청구법인은 2023.5.31. 쟁점토지(일반분양분)를 취득한 후, 그 취득세 과세표준을 종전규정에 따라 공시지가를 기준으로 산정하여 취득세 등을 신고·납부하였다.

청구법인은 쟁점토지 취득에 대하여 개정규정에　따라 분양가액를 기준으로 산정하여, 2023.7.5. 추가로 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

주택재건축정비사업에 따라 취득하는 일반분양분 토지의 취득세 과세표준이 개정규정과 관련한 쟁점부칙이 2024.12.31. 개정되면서, 2023년 3월 14일 전에「도시 및 주거환경정비법」제74조에 따른 관리처분계획인가를 받은 사업시행자는 개정규정 이전과 동일하게 공시지가를 기준으로 하여 취득세 과세표준을 산정하도록 개정되었으므로 추가로 신고·납부한 취득세 등 합계 OOO원을 환급하여야 한다.

나. 처분청 의견

개정규정의 쟁점부칙에서 종전의 규정을 적용한다는 경과규정을 두고 있지 않은 이상, 이는 입법권자의 재량에 해당한다 할 것이고, 설사 납세의무자가 종전규정을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호하여야 할 정도의 것으로 볼 수 없다.

쟁점토지의 취득세 과세표준은 취득일 당시 개정규정에 따라 과세표준을 산출하여야 하는 것이 타당하다 할 것이고, 단순히 개정규정이 유예기간 없이 시행되어 납세자 신뢰보호를 저해하였으므로 개정규정이 아닌 종전규정을 적용하여야 한다는 청구주장은 이유없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지(비조합원용 부동산)에 대한 취득세 과세표준 산정시 공시지가를 적용하여야 한다는 청구구장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2003.6.27. 이 건 정비사업을 목적으로 설립된 법인으로, 2017.11.17. 이 건 정비사업에 따라 관리처분계획인가를 받고, 2022.8.31. 이 건 정비사업에 대해 총 596세대 아파트(공동주택, 지하3층, 지상35층, 조합원 분양 408세대, 일반분양 135세대, 임대 53세대)를 준공하였다.

(나) 청구법인은 2023.5.30.「도시 및 주거환경정비법」제86조 제1항 및 제2항에 따라 대지 및 건축시설의 소유권 이전고시를 처분청으로부터 받았다.

(다) 청구법인은 2023.5.31. 이 건 정비사업 토지 26,607.7㎡ 중 쟁점토지(일반분양분 토지 4,850.9㎡)를 취득한 후, 그 취득세 과세표준을 종전규정에 따라 공시지가를 기준으로 산정하여 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

(라) 청구법인은 쟁점토지 취득에 대하여 개정규정에　따라 분양가액를 기준으로 산정하여, 2023.7.5. 추가로 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

(마) 개정규정과 관련한 쟁점부칙[「지방세법 시행령」부칙(2023.3.14. 대통령령 제33325호) 제3조의2 제1항]이 2024.12.31. 개정되면서, 2023년 3월 14일 전에「도시 및 주거환경정비법」제74조에 따른 관리처분계획 인가를 받은 사업시행자는 개정규정 이전과 동일하게 공시지가를 기준으로 하여 취득세 과세표준을 산정하도록 개정되었다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점토지(비조합원용 부동산)에 대한 취득세 과세표준 산정을 분양가액을 적용하여야 한다는 의견이나, 주택재건축정비사업조합이 취득하는 비조합원용 부동산(일반분양분)에 대한 취득세 과세표준 산정과 관련한 규정(「지방세법 시행령」제18조의4 제1항 제3호)의 부칙 제3조의2 제1항이 2024.12.31. 개정되면서, 2023년 3월 14일 전에「도시 및 주거환경정비법」제74조에 따른 관리처분계획 인가를 받은 사업의 시행으로 주택재건축사업시행자가 2023년 3월 14일 이후 취득하는 비조합원용 부동산(일반분양분)에 대해서는 제18조의4 제1항 제3호의 개정 규정에도 불구하고 취득당시가액은 공시지가를 적용하여 산출한 가액으로 하도록 규정하고 있는바, 청구법인은 2003.6.27. 이 건 정비사업을 목적으로 설립된 법인으로, 2017.11.17. 이 건 정비사업에 따라 관리처분계획인가를 받고, 2022.8.31. 이 건 정비사업에 대해 총 596세대 아파트(조합원 분양 408세대, 일반분양 135세대, 임대 53세대)를 준공하였으며, 2023.5.30.「도시 및 주거환경정비법」제86조 제1항 및 제2항에 따라 대지 및 건축시설의 소유권 이전고시를 처분청으로부터 받은 점, 청구법인은 2023.5.31. 이 건 정비사업 토지 26,607.7㎡ 중 쟁점토지를 취득한 후, 그 취득세 과세표준을 종전규정에 따라 공시지가를 기준으로 산정하여 취득세 등을 신고·납부하였다가 개정규정에　따라 분양가액를 기준으로 산정하여 추가로 취득세 등을 신고·납부한 점, 개정규정과 관련한 쟁점부칙이 2024.12.31. 개정되면서, 2023년 3월 14일 전에「도시 및 주거환경정비법」제74조에 따른 관리처분계획 인가를 받은 사업시행자는 개정규정 이전과 동일하게 공시지가를 기준으로 하여 취득세 과세표준을 산정하도록 개정되었으므로 쟁점토지에 대한 취득세 과세표준을 공시지가를 기준으로 하여 산정하는 것이 타당한 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법

제10조의5(무상취득ㆍ유상승계취득ㆍ원시취득의 경우 과세표준에 대한 특례) ③ 제10조의2부터 제10조의4까지의 규정에도 불구하고 다음 각 호의 경우 취득당시가액의 산정 및 적용 등은 대통령령으로 정한다.

3.「도시 및 주거환경정비법」제2조 제8호의 사업시행자,「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」제2조 제1항 제5호의 사업시행자 및「주택법」제2조 제11호의 주택조합이 취득하는 경우

(2) 지방세법 시행령(2023.3.14. 대통령령 제33325호로 개정되기 전의 것)

제18조의4(유상ㆍ무상ㆍ원시취득의 경우 과세표준에 대한 특례) 법 제10조의5 제3항 각 호에 따른 취득의 경우 취득당시가액은 다음 각 호의 구분에 따른 가액으로 한다.

3. 법 제10조의5 제3항 제3호의 경우: 다음 계산식에 따라 산출한 가액

제20조(취득의 시기 등) ⑦「주택법」제11조에 따른 주택조합이 주택건설사업을 하면서 조합원으로부터 취득하는 토지 중 조합원에게 귀속되지 아니하는 토지를 취득하는 경우에는「주택법」제49조에 따른 사용검사를 받은 날에 그 토지를 취득한 것으로 보고,「도시 및 주거환경정비법」제35조 제3항에 따른 재건축조합이 재건축사업을 하거나 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」제23조 제2항에 따른 소규모재건축조합이 소규모재건축사업을 하면서 조합원으로부터 취득하는 토지 중 조합원에게 귀속되지 아니하는 토지를 취득하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」제86조 제2항 또는「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」제40조 제2항에 따른 소유권이전 고시일의 다음 날에 그 토지를 취득한 것으로 본다.

(3) 지방세법 시행령(2023.3.14. 대통령령 제33325호로 개정 된 것)

제18조의4(유상ㆍ무상ㆍ원시취득의 경우 과세표준에 대한 특례) ① 법 제10조의5제 3항 각 호에 따른 취득의 경우 취득당시가액은 다음 각 호의 구분에 따른 가액으로 한다.

3. 법 제10조의5 제3항 제3호에 따른 사업시행자 또는 주택조합이 법 제7조 제8항 단서에 따른 비조합원용 부동산 또는 체비지ㆍ보류지를 취득한 경우: 다음 계산식에 따라 산출한 가액

제20조(취득의 시기 등) ⑦「주택법」 제11조에 따른 주택조합이 주택건설사업을 하면서 조합원으로부터 취득하는 토지 중 조합원에게 귀속되지 아니하는 토지를 취득하는 경우에는 「주택법」 제49조에 따른 사용검사를 받은 날에 그 토지를 취득한 것으로 보고, 「도시 및 주거환경정비법」 제35조 제3항에 따른 재건축조합이 재건축사업을 하거나 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제23조 제2항에 따른 소규모재건축조합이 소규모재건축사업을 하면서 조합원으로부터 취득하는 토지 중 조합원에게 귀속되지 아니하는 토지를 취득하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」제86조 제2항 또는 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」제40조 제2항에 따른 소유권이전 고시일의 다음 날에 그 토지를 취득한 것으로 본다.

(4) 지방세법 시행령(2024.12.31. 대통령령 제33325호로 개정된 것)

＜부칙＞

제3조의2(재개발사업 등으로 취득한 부동산에 대한 과세표준에 관한 특례) ① 2023년 3월 14일 전에 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 또는 「주택법」 제15조에 따른 사업계획 승인을 받은 사업의 시행으로 법 제10조의5 제3항 제3호에 따른 사업시행자 또는 주택조합이 2023년 3월 14일 이후 취득하는 비조합원용 부동산 또는 체비지ㆍ보류지에 대해서는 제18조의4 제1항 제3호의 개정규정에도 불구하고 취득당시가액은 다음 계산식에 따라 산출한 가액으로 한다. 다만, 다음 계산식에 따라 산출한 가액이 제18조의4 제1항 제3호의 개정규정에 따라 산출한 가액보다 높은 경우에는 그렇지 않다.