이유
1. 처분 개요

가. 청구법인은 2021.5.13 물류서비스업 및 창고업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로서, 2021.8.20. 전북특별자치도 김제시 OOO(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득하고 2022.2.16. 그 지상에 판넬지붕 단층 창고시설용 건축물 1,437.6㎡(이하 “이 건 건물”이라 하고, 이 건 토지와 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축하여 취득한 후「지방세특례제한법」제58조의3 제1항에 따른 창업중소기업이 창업일부터 4년 이내에 취득하는 부동산에 대한 감면을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였고, 「지방세특례제한법」 제58조의3 제1항 제2호에 따라 2022년부터 2024년까지의 재산세 합계 OOO원을 감면받았다.

나. 처분청은 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 청구법인과 AAA(주)가 2022.1.21. 쟁점부동산에 대한 임대차계약(이하 “이 건 계약”이라 한다)을 체결한 것을 확인하고 청구법인이 쟁점부동산을 취득일부터 3년 이내에 해당사업에 직접 사용하지 아니하여「지방세특례제한법」제58조의3 제7항 제1호(이하 “이 건 추징규정”이라 한다)에 따라 기 감면한 취득세 등의 추징사유가 발생한 것으로 보아, 2024.11.15. 청구법인에게 취득세 등 합계 OOO원(가산세 포함)과 재산세 등 합계 OOO원(취득세 등과 합하여 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 각 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.1.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 쟁점부동산을 냉장창고 보관업에 사용하고 있고, 2022년~2024년 기간 동안 냉장창고 보관이용료로 총 OOO원의 매출이 실제로 발생하였으며, 최근 물류량의 증가로 창고가 부족하게 됨에 따라 화주가 물류창고업자에게 화물을 넘겨주어 임의로 보관하게 하는 위탁방식에서 화주가 물류창고의 일정 공간을 확보한 상태에서 화물의 보관을 의뢰하는 방식인 임대방식으로 화물보관 방식이 변화하는 가운데 청구법인 또한 임대방식으로 쟁점부동산을 직접 사용하였음에도 처분청에서 임대방식을 물류사업에서 배제하는 것은 물류산업의 현실과 부합하지 않다.

청구법인은 창고○물류 산업을 목적으로 사업을 영위하고자 하였으므로 사업용 자산인 쟁점부동산은「지방세특례제한법」제58조의3 제1항에 따른 취득세 감면대상에 해당한다.

또한 대법원 판례(2018.10.4. 선고 2018두46643 판결) 등에 비추어 ‘직접 사용’의 의미는 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것이면 충분하고, 그 사용 방법이 원고 스스로 그와 같은 용도에 사용하거나 혹은 제3자에게 임대 또는 위탁하여 그와 같은 용도에 사용하는지 여부는 가리지 않는 것이 타당하므로 청구법인이 쟁점부동산을 직접 사용하지 않는다고 하여 물류 산업에 대한 창업중소기업 감면을 배제하는 것은 부당하므로 청구법인에게 부과된 이 건 취득세 등 부과처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 물류사업에는 물류시설운영업(창고업)이 포함되고 물류창고업의 영업형태에 수탁창고 방식뿐 아니라 임대창고 방식도 포함되므로 쟁점부동산을 창고업에 직접 사용하였다고 주장한다.

먼저, 청구법인은 임대의 경우에도 “직접 사용”에 포함된다며 판례(대법원 2018.10.4. 선고 2018두46643 판결)를 제시하였으나, 최근 대법원(2021.9.9. 선고 2021두34558 판결, 참조)은 ‘직접 사용’의 의미에 대해 “구 「지방세특례제한법」 제2조 제1항 제8호에 따라 ‘부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것’으로 해석하여야 하고, ‘직접 사용’의 의미를 이와 달리 해석하기 위해서는 원칙적으로 그에 관한 별도의 규정이 필요하다”라고 설시하여, 「지방세특례제한법」상 ‘직접 사용’의 의미에 대하여 더욱 명확히 판시하였으며, 이 건 감면조항인 「지방세특례제한법」제58조의3에서는 취득세와 재산세 감면 대상을 규정하고 있는데 재산세 감면 대상에서 임대용 부동산은 제외된다고 명문으로 밝히고 있으므로 동일한 조항 내에서 감면 규정과 추징 규정을 다르게 해석하는 것은 법리적으로 허용되지 않으며, 청구법인의 주장처럼 ‘직접 사용’의 범위를 확대 해석하는 것은 법적 근거가 부족하며, 해당 법령의 규정에 따라 엄격하게 해석해야 한다.

또한 청구법인은 대법원(2018.10.4. 선고 2018두46643 판결) 판례를 인용하며 자신도 쟁점부동산에서 (임대)창고업을 영위하였다고 주장하나, 해당 판례의 사안은 원고가 물품보관 및 관리업무를 해주고, 월간 화물보관 및 작업료에 비례하는 보증금을 지급받으며, 보관 재화의 손실책임이 원고에게 있는 등 실제로 물품보관을 하는 사례인 반면, 청구법인은 그와 달리 단순한 임대차계약을 한 것에 불과하다.

일반적으로 창고보관료란 영업 창고가 화물을 보관하는 대가로 요율의 기준에 따라 징수하는 요금이라 할 것이고, 부동산임대란 금전을 받고 자기 물건을 상대방이 사용·수익하도록 하는 계약을 의미한다. 이에 따라 창고보관료에는 임대보증금, 일정한 임대료 및 각종 공과금을 청구할 수 없다고 할 것임에도 이 건 계약에서 청구법인은 임대보증금과 일정한 임차료를 정하고 쟁점부동산의 임차료 지급 시기를 매월 20일로 규정한 점, 임대차 기간을 임차인이 요구할 경우 1년씩 자동 연장하는 것으로 나타나고 있는 점, 창고에 보관된 화물과 관련한 책임소재에 관한 명시적인 약정의 내용은 없는 것으로 나타나는 점, 이 건 계약의 그 명칭 자체도 ‘임대차계약’인 점 등을 종합하여 볼 때, 당해 임차료는 창고업자가 물건을 임치한 대가로 받는 보관료가 아니라, 임차인에게 쟁점부동산을 제공한 대가로서 받는 임대료라고 보는 것이 타당하다 할 것이므로 이 건 계약은 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」제2조 제5의3에서 규정한 물류창고업에 해당하지 않으며, 실질적으로 쟁점부동산의 임대차계약에 해당하므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과·고지한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

창업중소기업인 청구법인이 물류창고를 신축한 후 이를 임대방식의 창고업으로 사용한 경우, 직접 사용하지 아니하고 임대한 것으로 보아 감면한 취득세 등을 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2021.5.13. 물류 터미널 운영 서비스업, 농산물 보관 및 창고업 등을 영위하기 위한 목적으로 OOO 소재를 본점으로 하여 설립되었고 이 건 건물을 사업장 소재지로 하고, 업태를 ‘운수 및 창고업’, 종목을 ‘물류 터미널 운영업’로 하여 익산세무서장에게 2025.1.22. 사업자등록을 한 것으로 나타난다.

(나) 청구법인은 2021.8.20. 이 건 토지를 취득하여 그 지상에 이 건 건물을 2022.2.16. 신축하고 「지방세특례제한법」상 창업중소기업이 창업일부터 4년 이내에 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득 당시 취득세의 100분의 75를 경감신청한 후 2022.5.23. 이 건 건물을 보관시설(냉동·냉장창고)로 하여 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」제21조의2 제1항 및 제2항에 따라 물류창고업으로 처분청에 등록한 것으로 나타난다.

(다) 취득세 신고 당시 제출한 창업중소기업 지방세 감면신청서의 사업계획서에 따르면, 청구법인은 ○○○ 식품과 10년 장기계약하여 냉장 및 냉동 신선식품을 위주로 보관, 분류, 포장, 배송을 수행함으로써 안정적 수입 창출을 예상하고 있으며 추후 지역 업체와 창고 보관, 배송 업무를 추가할 예정이라고 기재되어 있다.

(라) 청구법인과 AAA(주)가 2022.1.21. 체결한 임대차계약서에 따르면 2022.2.18.부터 2027.2.17.까지 5년간, 제품 보관 및 냉장, 냉동 분배 작업장 용도로 이 건 건물을 임대보증금 OOO원, 월 임대료 OOO원으로 임대하는 내용의 계약을 체결하였고, 2022.2.17. 상하수도 및 전기요금, 제세공과금 등의 납부방식 등을 합의(부대합의서)한 것으로 나타나는바, 그 계약내용 일부는 아래 ＜표1·2＞와 같다.

＜표1＞ 이 건 물류창고 임대차계약 내용(발췌)

○○○

＜표2＞ 이 건 물류창고 부대합의서 내용(발췌)

○○○

(마) 처분청이 현지확인 후 작성한 출장보고서(2024.10.24.)에 따르면, 물류창고 재고대장 관리 및 냉장창고 온도 관리를 AAA(주) 직원이 하고 있으며, 이 건 건물의 실질적인 안전관리 및 소방관리도 AAA(주)가 하고 있다고 기재되어 있다.

(바) 청구법인은 쟁점부동산을 냉장 창고보관업에 사용하고 있고, 청구법인이 저온 창고보관 이용료 합계 OOO원의 매출이 발생하였다고 주장하며 2022년부터 2024년도 부가가치세 신고서 등의 자료를 아래 ＜표3＞과 같이 제출하였다.

＜표3＞ 저온 창고보관 이용료 매출

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」(2020.12.8. 법률 제17598호로 개정된 것) 제58조의3 제1항은 2023.12.31.까지 과밀억제권역 외의 지역에서 창업하는 중소기업이 창업일로부터 4년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감하고 창업일부터 3년간 재산세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 제7항은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하면서, 그 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년 이내에 그 부동산을 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 취득세를 추징한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제2조 제1항 제8호에서는 “직접 사용”이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있다.

(나) 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하고(대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결, 같은 뜻임), 「지방세특례제한법」에서 정한 ‘직접 사용’의 문구는 특별한 사정이 없는 한 ‘직접 사용’의 의미에 관한 정의규정인 「지방세특례제한법」 제2조 제1항 제8호에 따라 해석하여야 하고, ‘직접 사용’의 의미를 이와 달리 해석하기 위해서는 원칙적으로 그에 관한 별도의 규정이 필요하며 「지방세특례제한법」제58조의3에서는 ‘직접 사용’의 의미를 「지방세특례제한법」 제2조 제1항 제8호와 다르게 해석하도록 하는 별도의 규정을 두고 있지 않는 한 ‘직접 사용’의 의미도 「지방세특례제한법」 제2조 제1항 제8호에 따라 ‘부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것’으로 해석하여야 한다(대법원 2021.9.9. 선고 2021두34558 판결, 같은 뜻임).

(다) 청구법인은 임대방식으로 쟁점부동산을 직접 사용하였으므로 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장한다.

그러나, 청구법인은 물류서비스업 및 창고업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로 쟁점부동산을 창고업 등에 직접 사용하여야 하나

청구법인과 AAA(주)가 체결한 이 건 계약에 따르면 청구법인은 임대보증금과 일정한 임차료를 정하고 쟁점부동산의 임차료 지급 시기를 매월 20일로 규정하고 있고, 임대차 기간을 임차인이 요구할 경우 1년씩 자동 연장하는 것으로 나타나며, 창고에 보관된 화물과 관련한 책임소재에 관한 명시적인 약정의 내용은 없고 그 명칭 자체도 ‘임대차계약’인 점

청구법인은 AAA(주)의 물품을 보관하고 관리업무를 해주고, 월간 화물보관 및 작업료에 비례하는 보증금을 지급받거나, 보관 재화의 손실책임이 청구법인에게 있다는 등의 사실이 확인되지 아니하여 실질적으로 창고업을 운영하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구법인은 단순히 쟁점부동산을 임대업으로 사용한 것으로 보이고 따라서 청구법인의 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용한 것으로 보기 어렵다 할 것이므로 처분청이 이 건 추징규정에 따라 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항, 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2020.12.8. 법률 제17598호로 개정된 것)

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.

제58조의3(창업중소기업 등에 대한 감면) ① 2023년 12월 31일까지 과밀억제권역 외의 지역에서 창업하는 중소기업(이하 이 조에서 “창업중소기업”이라 한다)이 대통령령으로 정하는 날(이하 이 조에서 “창업일”이라 한다)부터 4년 이내(대통령령으로 정하는 청년창업기업의 경우에는 5년 이내)에 취득하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다.

2. 창업일 당시 업종의 사업에 과세기준일 현재 직접 사용(임대는 제외한다)하는 부동산(건축물 부속토지인 경우에는 대통령령으로 정하는 공장입지기준면적 이내 또는 대통령령으로 정하는 용도지역별 적용배율 이내의 부분만 해당한다)에 대해서는 창업일부터 3년간 재산세를 면제하고, 그 다음 2년간은 재산세의 100분의 50을 경감한다.

④ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한정한다. 이 경우 제1호부터 제8호까지의 규정에 따른 업종은 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른 업종으로 한다.

1. 광업

2. 제조업

3. 건설업

9. 대통령령으로 정하는 물류산업

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항 제1호 및 제2항 제1호에 따라 경감된 취득세를 추징한다. 다만, 「조세특례제한법」 제31조 제1항에 따른 통합(이하 이 조에서 “중소기업간 통합”이라 한다)을 하는 경우와 같은 법 제32조 제1항에 따른 법인전환(이하 이 조에서 “법인전환”이라 한다)을 하는 경우는 제외한다.

1. 정당한 사유 없이 취득일부터 3년 이내에 그 부동산을 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 취득일부터 3년 이내에 다른 용도로 사용하거나 매각ㆍ증여하는 경우

3. 최초 사용일부터 계속하여 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용하거나 매각ㆍ증여하는 경우

(2) 지방세특례제한법 시행령(2021.4.6. 대통령령 제31614호로 개정된 것)

제29조의2(창업중소기업 등의 범위) ⑦ 법 제58조의3 제4항 제9호에서 “대통령령으로 정하는 물류산업”이란 「조세특례제한법 시행령」 제5조 제7항에 따른 물류산업을 말한다.

(3) 조세특례제한법 시행령(2021.5.4. 대통령령 제31661호로 개정된 것)

제5조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) ⑦ 법 제6조 제3항 제6호에서 “대통령령으로 정하는 물류산업”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 업종(이하 “물류산업”이라 한다)을 말한다.

1. 육상ㆍ수상ㆍ항공 운송업

2. 화물 취급업

3. 보관 및 창고업

4. 육상ㆍ수상ㆍ항공 운송지원 서비스업

5. 화물운송 중개ㆍ대리 및 관련 서비스업

6. 화물포장ㆍ검수 및 계량 서비스업

7. 「선박의 입항 및 출항 등에 관한 법률」에 따른 예선업

8. 「도선법」에 따른 도선업

9. 기타 산업용 기계ㆍ장비 임대업 중 파렛트 임대업

(4) 물류정책기본법 시행령(2021.1.5. 대통령령 제31380호로 개정된 것)

[별표1]

물류사업의 범위(제3조 관련)

대분류

세분류

세세분류

화물

운송업

육상화물운송업

화물자동차운송사업, 화물자동차운송가맹사업, 철도사업

해상화물운송업

외항정기화물운송사업, 외항부정기화물운송사업, 내항화물운송사업

항공화물운송업

정기항공운송사업, 부정기항공운송사업, 상업서류송달업

파이프라인운송업

파이프라인운송업

물류시설

운영업

창고업

(공동집배송센터운영업 포함)

일반창고업, 냉장 및 냉동 창고업, 농·수산물 창고업, 위험물품보관업, 그 밖의 창고업

물류터미널운영업

복합물류터미널, 일반물류터미널, 해상터미널, 공항화물터미널, 화물차전용터미널, 컨테이너화물조작장(CFS), 컨테이너장치장(CY), 물류단지, 집배송단지 등 물류시설의 운영업

물류

서비스업

화물취급업(하역업 포함)

화물의 하역, 포장, 가공, 조립, 상표부착, 프로그램 설치, 품질검사 등 부가적인 물류업

화물주선업

국제물류주선업, 화물자동차운송주선사업

물류장비임대업

운송장비임대업, 산업용 기계·장비 임대업, 운반용기 임대업, 화물자동차임대업, 화물선박임대업, 화물항공기임대업, 운반·적치·하역장비 임대업, 컨테이너·파렛트 등 포장용기 임대업, 선박대여업

물류정보처리업

물류정보 데이터베이스 구축, 물류지원 소프트웨어 개발·운영, 물류 관련 전자문서 처리업

물류컨설팅업

물류 관련 업무프로세스 개선 관련 컨설팅,

자동창고, 물류자동화 설비 등 도입 관련 컨설팅, 물류 관련 정보시스템 도입 관련 컨설팅

해운부대사업

해운대리점업, 해운중개업, 선박관리업

항만운송관련업

항만용역업, 선용품공급업, 선박연료공급업, 선박수리업, 컨테이너 수리업, 예선업

항만운송사업

항만하역사업, 검수사업, 감정사업, 검량사업

종합물류

서비스업

종합물류서비스업

종합물류서비스업