이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2021.3.31. 대전광역시 중구 OOO 외 4필지 토지 및 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득하고,「지방세특례제한법」제50조 제1항에 따라 종교단체가 종교 행위를 목적으로 취득하는 부동산으로 처분청에 신고하여 취득세 등을 면제받았다.

나. 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 취득하고 정당한 사유 없이 취득일로부터 3년 이내에 종교용으로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아, 2024.9.19. 청구법인에게 기 면제한 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.12.11. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

청구법인은 교환으로 취득한 쟁점부동산을 취득한 후 지방세특례제한법에서 규정하고 있는 유예기간 내에 고유목적에 사용하기 위하여 부단히 진지한 노력을 다하였다.

청구법인은 교환으로 취득한 쟁점부동산을 취득(취득일 2021.3.31)하기도 전인 2020.11.15. 성당 신축과 관련한 회의를 거쳐 2020년 12월 ㈜건축사사무소 A과 성당건물 설계를 검토한 후, 13차례의 설계와 협의 끝에 2021.9.9. OOO성당 건물에 대한 설계 계약을 체결하였다.

쟁점부동산 중 대전광역시 중구 OOO8과 OOO16에 대한 매매계약일은 2021.3.17.이고 잔금지급일은 2021.3.31.이나, 매도인인 B금고가 전산시스템을 비롯한 금고 및 비품의 이전과 고객에게 영업장소 이전에 대한 안내기간의 필요 등의 사유로 부동산의 명도를 취득일로부터 5개월후인 2021.8.31.에 하는 것으로 요구하여 이에 응할 수 밖에 없었다.

쟁점부동산 중 철거대상건물인 대전광역시 중구 OOO18의 건물은 지하 1층 지상 7층 연면적 2,424,89㎡이고, 같은 동 OOO1의 건물도 지하 1층 지상 6층 연면적 1,939.66㎡로 층수가 높고 면적도 큰 건물이며, 쟁점부동산의 지상에 존재하던 건물은 거래상대방인 ㈜C가 철거해 주는 조건이어서, 건물철거를 하기로 한 ㈜C 역시 건물철거에 대하여 최선의 노력을 다하였으나 건물철거에 많은 시간이 소요되었으며, 이 시기에 광주광역시에서 2021.6.9. 학동 주택재개발현장 건물 철거작업 중 붕괴사고가 발생하여 건물 철거에 대한 안전관련 규정이 대폭 강화되어 개정된 규정을 준수하기 위해서는 건물철거 과정에 있어서 물리적으로 많은 시간이 필요했다.

청구법인은 2023.3.9. 주식회사 D과 선화동성당 신축공사에 대한 도급계약을 체결한 후, 순조롭게 신축공사가 진행되어 유예기간내인 2023.5.22. 건축공사에 착공하였고, 유예기간으로부터 약 5개월이 경과한 2024.9.3. 사용승인을 받고 현재까지 성당에서 미사를 드리는 등의 종교용으로 사용하고 있다.

아울러, 청구법인은 성당을 신축하는 과정에서, 성당으로 사용하고자 임시로 임차한 대전광역시 중구 OOO6의 건물은 지하층이 주차장으로 되어 있기는 하나 실제로는 지하층으로 내려가는 입구에 턱이 있어 일반승용차는 출입이 매우 어렵고 주차공간도 승용차 대여섯대밖에 주차할 수 없는 상태였다. 그러다 보니 1,250여명의 신자들이 주차장으로 이용할 공간이 절대적으로 부족하여 쟁점부동산을 2022.6.1.부터 공사착공전인 2023.4.10.까지 OOO성당의 주차장으로 사용하였다.

위와 같이 청구법인은 쟁점부동산을 취득한 후 유예기간 내에 종교용으로 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 것이므로「지방세특례제한법」제50조 제1항 제2호에서 규정하는 정당한 사유에 해당한다.

나. 처분청 의견

우선 성당이라는 특수한 건축물 설계를 위한 건축사무소 선정의 어려움이 있어 건물 신축이 지연되었고, 매도인의 사정에 의하여 쟁점부동산 일부의 명도가 늦어져 건물 신축이 지연되었다고 하나 이는 청구법인의 내부적인 사유에 해당한다.

광주광역시에서 벌어진 일련의 사고로 인하여 건물 철거 규정이 대폭 강화되었고 또한 철근 및 시멘트 가격의 급등으로 인한 공사비 상승으로 공사도급을 진행할 건설업체를 선정하는데 어려움이 있어 건물 신축이 지연되었다고 하나 이는 법령에 의한 금지·제한 등 객관적으로 불가능한 사유가 있었던 것은 아니다.

OOO성당이 신축되는 동안 임시로 사용하기 위하여 임차한 건물 주차장이 협소하여 쟁점부동산의 지상건물을 멸실한 후부터 공사착공 전까지 신자들의 주차장으로 사용하였다고 하나, 기존의 교회가 연접한 부동산을 취득하여 주차장으로 사용하고 있는 경우 단순히 교회 주차장으로 사용하고 있다는 사실만으로 곧바로 종교용에 사용하는 부동산에 해당된다고 인정하기는 어렵다.

또한, 청구법인은 이를 증명할 입증자료(홈페이지 외부주차장 안내, 주차장 사용 사진, 주차장 사용 항공사진, 자동차주차증 등록현황, 부설주차장 현황, 주차장 표지 등)를 제출하지 않았고, 임시주차장으로 사용했다는 확인서만 제출하여 이를 종교용으로 직접 사용하였다고 보기 어려우므로「지방세특례제한법」제50조 제1항 제2호에 따른 정당한 사유에 해당한다고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 쟁점부동산을 취득하고 취득일로부터 3년 이내에 종교용으로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법률

지방세특례제한법

제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제) ① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2021.3.31. 쟁점부동산을 취득하고,「지방세특례제한법」제50조 제1항에 따라 종교단체가 종교 행위를 목적으로 취득하는 부동산으로 처분청에 신고하여 취득세 등을 면제받았다.

(나) 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 취득하고 정당한 사유 없이 취득일로부터 3년 이내에 종교용으로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아, 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과하였다.

(다) 청구법인은 쟁점부동산을 취득하고 유예기간내에 종교용으로 사용하기 위하여 아래와 같이 진지한 노력을 다하여 정당한 사유가 있고, 쟁점부동산을 성당(임차)의 주차장으로 사용하였다고 주장하고 있다.

＜선화동 성당 건축 진행 내역＞

○ ○ ○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 취득하고 정당한 사유 없이 유예기간내에 쟁점부동산을 종교용에 직접 사용하지 않았다는 의견이나,「지방세특례제한법」제50조 제1항에서 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하되, 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징하도록 규정하고 있고, 그 제2호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우를 규정하고 있는바, 여기서의 정당한 사유란 법령에 의한 금지·제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 해당 목적사업에 사용하거나 건축공사에 착공하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무는 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하거나 건축공사에 착공하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없거나 건축공사에 착공할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 납세의무자가 목적사업에 사용하거나 건축공사에 착공하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 2014.2.13. 선고 2013두18582 판결, 같은 뜻임)인바, 청구법인은 교환으로 취득한 쟁점부동산을 취득(취득일 2021.3.31)하기 전인 2020.11.15. 성당 신축과 관련한 사전검토 회의를 거쳐 2020년 12월 ㈜건축사사무소 A과 성당건물 설계를 검토한 후, 13차례의 설계와 협의 끝에 성당 건물에 대한 설계 계약을 체결한 점, 청구법인은 2021.3.17. 쟁점부동산 중 대전광역시 중구 OOO8과 OOO16에 대한 매매계약을 체결하면서, 매도인인 B금고의 요청으로 잔금지급일을 2021.3.31.로 하되, 전산시스템을 비롯한 금고 및 비품의 이전과 고객에게 영업장소 이전에 대한 안내기간의 필요 등의 사유로 부동산의 명도일을 취득일로부터 5개월후인 2021.8.31.로 요구하여 불가피하게 공사가 지연된 점, 쟁점부동산 중 철거대상건물은 면적이 크고 층수가 높은 건물로, 거래상대방인 ㈜C가 이를 철거해 주는 조건으로 취득하였고, 건물철거에 많은 시간이 소요되었으며, 이 시기에 광주광역시에서 주택재개발현장 건물을 철거하는 과정에서 붕괴사고가 발생하여 건물 철거에 대한 안전관련 규정이 대폭 강화되어 개정된 규정을 준수하는 과정에 예상하지 못한 물리적으로 많은 시간이 소요된 점, 청구법인은 2023.3.9. 주식회사 D과 성당 신축공사에 대한 도급계약을 체결하였고, 성당 신축공사에 대한 도급계약을 체결한 이후에는 비교적 순조롭게 신축공사가 진행되어 유예기간내인 2023.5.22. 건축공사에 착공하였고, 대규모 성당을 건축하는 과정에서 유예기간으로부터 약 5개월이 경과한 2024.9.3. 건축물 사용승인을 받고 현재까지 성당으로 사용하고 있는 점 등에 비추어, 청구법인은 쟁점부동산을 취득한 후 유예기간 내에 종교용으로 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 것이므로「지방세특례제한법」제50조 제1항 제2호에서 규정하는 정당한 사유를 인정하는 것이 타당하다 할 것이다.

따라서, 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.