이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2014.10.21. 주식회사 AAA(이하 “이 건 법인”이라 한다)의 발행주식 OOO주 중 OOO주(56%, 이하 “이 건 주식”이라 한다)를 취득한 후, 2014.12.2. 이 건 법인이 소유하고 있는 취득세 과세대상 물건의 장부가액에 지분율(56%)을 반영한 OOO원을 과세표준으로 하고, 「지방세법」제15조 제2항 제3호에 따른 세율(2%)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 2021.10.1. 이 건 법인을 흡수합병(이하 “이 건 합병”이라 한다)하고, 2021.11.23. 경기도 이천시 OOO 외 18필지 부동산(이하 “쟁점부동산”이라 한다)의 무상취득을 원인으로 하여 쟁점부동산의 장부가액 OOO원을 과세표준으로 하고, 「지방세법」제15조 제1항 제3호 및 제11조 제1항 제2호에 따른 세율에 「지방세특례제한법」제57조의2 제1항에 따른 감면을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

다. 청구법인은 2014.10.21. 이 건 주식을 매수할 당시 쟁점부동산에 대한 간주취득세를 이미 신고·납부하였으므로, 이 건 합병으로 인한 취득세는 동일 과세물건에 대한 이중과세에 해당한다고 주장하며, 2025.1.9. 이 건 합병 과정에서 쟁점부동산을 취득함에 따라 납부한 취득세 중 56% 비율에 해당하는 취득세 OOO원 등의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2025.1.15. 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.1.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

대법원은 간주취득세는 실제 자산을 취득하지는 아니하였지만 임의처분하거나 관리운용할 수 있는 지위를 취득한 것으로 보고 그 자산 자체를 취득한 것으로 의제하여 취득세를 부과한 것이므로, 이후 그 자산을 실제 취득하고 취득세를 납부하였다면, 그 중 이미 납부한 간주취득세 상당액 부분은 동일한 물건의 취득에 대한 이중과세에 해당한다고 판시한 바 있다(대법원 2009.4.23. 선고 2006다81257 판결 참조).

청구법인은 이 건 주식 취득에 따라 쟁점부동산에 대하여 간주취득세 납세의무가 성립하였고, 관련 취득세를 신고·납부하였는바, 청구법인이 이 건 합병에 따라 쟁점부동산을 실제 취득하였다면, 쟁점부동산 중 간주취득세를 납부한 부분의 비율(56%)에 대해서는 동일한 납세자 및 과세대상에 대한 이중과세에 해당하므로, 이 부분에 대한 경정거부처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

과점주주 간주취득세의 경우 법인의 주식의 과반을 취득하여 과점주주가 된 자는 해당 법인의 자산에 대한 소유권을 형식적으로 취득하지는 못하였지만, 과점주주가 되면서 실질적으로 해당 법인의 자산에 대한 관리·처분권을 취득하게 되어 실질적인 지배권을 가지므로, 그에 대한 사실상 취득한 것으로 간주되어 납세의무가 성립하는 것으로 사실상의 취득세라고 봄이 타당하다.

반면, 이 건 합병으로 인한 취득세는 이 건 법인의 자산인 쟁점부동산을 청구법인 소유로 그 등기사항을 변경하게 되면서, 그 소유권이 형식적으로 청구법인에게 넘어가면서 취득세를 납부한 것이므로 형식상의 취득세로 보는 것이 타당하다.

청구법인은 이 건 주식을 취득하여 이 건 법인의 쟁점부동산을 실질적으로 취득하였으나, 실제 소유권은 이 건 법인이 소유하고 있던 상태에서 이 건 합병을 통하여 쟁점부동산의 소유권을 이전(형식상 취득) 받으면서, 이 건 법인의 자산을 완전히 소유하게 되었다 할 것이므로, 양자는 ‘사실상 취득’과 ‘형식상 취득’으로 그 성질이 같지 아니하고, 과세물건의 취득 요건 자체도 과점주주 취득은 이 건 주식의 취득을 요건으로 하는 반면, 이 건 합병으로 인한 취득세는 쟁점부동산의 소유권을 등기함으로써 성립하는 것이므로, 그 과세요건과 과세사실이 다르다 할 것이므로, 별개의 취득세가 성립한다고 봄이 타당하다.

따라서, 청구법인의 이 건 합병에 따른 쟁점부동산(56%)의 취득이 이중과세에 해당한다는 청구주장은 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인은 쟁점부동산에 대한 과점주주 간주취득세를 납부한 이후 이 건 법인을 합병하여 실제 쟁점부동산을 취득하였으므로, 간주취득세를 납부한 부분(56%)에 대해서는 취득세 납세의무가 없다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 2014.10.21. 아래 ＜표1＞과 같이 이 건 주식을 취득하였다.

＜표1＞ 청구법인의 주식 취득 내역

(단위 : 주, 원, %)

○○○

(나) 청구법인은 2014.12.2. 이 건 주식 취득에 따라 이 건 법인이 소유하고 있던 취득세 과세대상 자산 중 56% 비율에 대하여 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

(다) 청구법인의 등기사항증명서에 의하면, 청구법인은 2021.10.1. 이 건 법인을 흡수합병한 것으로 나타난다.

(라) 청구법인은 2021.11.23. 쟁점부동산의 장부가액 OOO원을 과세표준으로 하고, 「지방세법」제15조 제1항 제3호 및 제11조 제1항 제2호에 따른 세율에 「지방세특례제한법」제57조의2 제1항에 따른 감면을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 이 건 주식 취득에 따른 간주취득과 이 건 법인 합병에 따른 실제 취득은 그 성질이 같지 아니하므로, 별개의 취득세 과세대상이라는 의견이다.

그러나, 「지방세법」 제7조 제5항에서 “법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등을 취득한 것으로 본다”고 규정하고 있으므로, 청구법인은 2014.10.21. 이 건 주식을 취득함과 동시에 「지방세법」상 이 건 법인이 소유하고 있는 부동산 등을 취득한 것으로 간주된다고 할 것이다.

따라서, 청구법인이 2021.10.1. 이 건 법인을 합병함으로써 ‘민사법적’ 의미에서 실제 쟁점부동산의 소유권을 취득하게 된다고 하더라도, 「지방세법」상 청구법인이 이미 취득하여 소유하고 있는 것으로 간주된 쟁점부동산 중 56%를 2021.10.1. 다시 취득한 것으로 볼 수는 없다고 봄이 타당하다.

그런데, 「지방세법」제7조 제1항은 취득세는 부동산등을 취득한 자에게 부과한다고 규정하고 있으므로, 청구법인과 같이 2021.10.1. 「지방세법」상 쟁점부동산 중 56%를 취득하였다고 볼 수 없는 경우에는 취득세 납세의무가 성립할 여지가 없다고 할 것이다.

위와 같은 지방세법령 규정의 내용들을 고려하면, 법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 자에 대한 간주취득세는 실제 법인의 자산을 취득하지는 아니하였지만 임의처분하거나 관리 운용할 수 있는 지위를 취득한 것으로 보고 그 자산 자체를 취득한 것으로 의제하여 취득세를 부과하는 것이므로, 그럼에도 불구하고 과점주주가 그 법인의 자산 전부를 실제 취득하고 취득세를 납부하였다면, 그 중 과점주주가 이미 납부한 간주취득세 상당액 부분은 동일한 물건의 취득에 대한 이중과세에 해당한다(대법원 2009.4.23. 선고 2006다81257 판결, 조심 2024지45, 2024.9.13. 등, 같은 뜻임).

따라서, 청구법인에게 2021.10.1. 쟁점부동산 중 56% 비율을 취득함에 따라 취득세 납세의무가 존재한다는 전제 하에 처분청이 청구법인에게 한 이 건 경정청구 거부처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세법

제7조(납세의무자 등) ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주 중 대통령령으로 정하는 과점주주(이하 “과점주주”라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 「신탁법」에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기ㆍ등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 「지방세기본법」 제44조를 준용한다.

제11조(부동산 취득의 세율) ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의2부터 제10조의6까지의 규정에 따른 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

2. 제1호 외의 무상취득 : 1천분의 35. 다만, 대통령령으로 정하는 비영리사업자의 취득은 1천분의 28로 한다.

제15조(세율의 특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 제11조 및 제12조에 따른 세율에서 중과기준세율을 뺀 세율로 산출한 금액을 그 세액으로 하되, 제11조 제1항 제8호에 따른 주택의 취득에 대한 취득세는 해당 세율에 100분의 50을 곱한 세율을 적용하여 산출한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 취득물건이 제13조제2항에 해당하는 경우에는 이 항 각 호 외의 부분 본문의 계산방법으로 산출한 세율의 100분의 300을 적용한다.

3. 「법인세법」 제44조 제2항 또는 제3항에 해당하는 법인의 합병으로 인한 취득. 다만, 법인의 합병으로 인하여 취득한 과세물건이 합병 후에 제16조에 따른 과세물건에 해당하게 되는 경우 또는 합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」 제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 그러하지 아니하다.

(2) 지방세특례제한법(2024.12.31. 법률 제20617호로 개정되기 전의 것)

제57조의2(기업합병ㆍ분할 등에 대한 감면) ① 「법인세법」 제44조제2항 또는 제3항에 해당하는 합병으로서 대통령령으로 정하는 합병에 따라 양수(讓受)하는 사업용 재산을 2024년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 「지방세법」 제15조 제1항에 따라 산출한 취득세의 100분의 50(법인으로서 「중소기업기본법」에 따른 중소기업 간 합병 및 법인이 대통령령으로 정하는 기술혁신형사업법인과의 합병을 하는 경우에는 취득세의 100분의 60)을 경감하되, 해당 재산이 「지방세법」 제15조 제1항 제3호 단서에 해당하는 경우에는 다음 각 호에서 정하는 금액을 빼고 산출한 취득세를 경감한다. 다만, 합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」 제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 경감된 취득세를 추징한다.

1. 「지방세법」 제13조 제1항에 따른 취득 재산에 대해서는 같은 조에 따른 중과기준세율(이하 "중과기준세율"이라 한다)의 100분의 300을 적용하여 산정한 금액

2. 「지방세법」 제13조 제5항에 따른 취득 재산에 대해서는 중과기준세율의 100분의 500을 적용하여 산정한 금액