이유
1. 처분개요

가. 처분청은 2024.5.1. 고양세무서장으로부터 청구인의 2019·2020년 귀속 종합소득세 과세자료를 통보받고, 2024.6.10. 청구인에게 2019년 귀속 개인지방소득세 OOO원, 2020년 귀속 개인지방소득세 OOO원(합계 OOO원)을 부과·고지하였다.

나. 청구인은 이에 불복하여 2024.8.9. 이의신청을 거쳐 2025.1.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 수익사업을 하지 않는 법인 아닌 단체로서 2007.5.19. 경기도 고양시 OOO에 개업하여 미인가 대안교육시설(「초ㆍ중등교육법」 및 「대안학교의 설립ㆍ운영에 관한 규정」에서 정하는 대안학교 설립인가조건을 충족하지는 못하지만 부적응 학생 교육 등을 주 교육 목적으로 하여 학생들의 학습권을 보장하고자 운영되는 시설)을 운영하다가 2020.10.5. 폐업하였다.

청구인의 대표자인 AAA 목사의 주소지는 청구인 개업부터 2023.12.25.까지 경기도 파주시 OOO이었고, AAA는 2023.12.26. 경기도 고양시 OOO로 주소지를 이전하였다.

(2) 청구인은 수익사업을 하지 않는 비영리단체로서 종합소득세 등에 대하여 납세의무가 없다고 판단하여 개업 이후로 별도의 세금 신고를 진행하지 않았으나, 2020년 인천지방국세청 통합조사에서 미인가 대안학교 수입금액 누락을 사유로 고양세무서장으로부터 청구인의 2019·2020년 귀속 종합소득세 과세자료를 통보받아 이 건 처분을 하였다.

2023.12.26. 청구인은 고양세무서장으로부터의 부과처분이 과세관할을 위반한 것인지에 대한 고충을 인천지방국세청에 접수하였고, 납세자보호위원회에서 「소득세법」 제6조 및 같은 법 시행령 제2조에 따라 청구인의 소득세 납세지는 대표자의 주소지가 아닌 청구인의 사업장 소재지인 고양시라고 회신하였다.

(3) 「지방세법」 제86조에서는 지방소득세 납세의무자란 「소득세법」에 따른 소득세 납세의무가 있는 자로 보고 있으며, 「소득세법」 제2조에 의거 법인으로 보는 단체 외의 법인 아닌 단체는 국내에 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 경우에는 1거주자로 보아 납세의무를 진다고 규정하고 있다.

「지방세법」 제89조 제1항 제1호에서 「지방세기본법」 제34조에 따른 납세의무 성립 당시의 「소득세법」 제6조 및 제7조에 따른 납세지를 개인지방소득세의 납세지로 규정하고 있으며, 「소득세법」 제6조 제1항에서 거주자의 소득세 납세지는 그 주소지로 한다고 규정하고 있다. 이에 대하여 「소득세법 시행령」 제2조에서 「소득세법」상 “주소”란 국내에서 생계를 같이 하는 가족 및 국내에 소재하는 자산의 유무 등 생활관계의 객관적 사실에 따라 판정한다고 규정하고 있다.

청구인은 법인격 없는 단체로서 「소득세법」상 1거주자로 보며 그 주소지가 납세지에 해당하나, 청구인은 일반적인 개인 또는 법인에 해당하지 않으므로 주민등록법에 따른 주소지가 존재하지 아니한다.

이에 따라, 「소득세법 시행령」 제2조에 의거 국내에 소재하는 자산의 유무 등 생활관계의 객관적 사실에 따라 그 주소지를 판정하여야하며, 납세의무성립일 당시 청구인의 사업장에 대표자가 상주하고 있고 동 사업장에서 대안교육시설에 대한 실질적 운영 및 관리가 이루어지며, 단체의 재산 또한 사업장에 존재하고 있었으므로 사업장의 소재지인 고양시가 납세지에 해당한다.

한편, 처분청은 대표자의 주소지를 납세지로 보아 청구인의 지방소득세 납세지 관할 지방자치단체로 보고 있으나, 이는 「지방세법」 및 「소득세법」 법령에서 규정하고 있는 것이 아닌 소득세법 기본통칙 6-0…1에 따라 청구인의 대표자 주소지를 납세지로 판단한 것이다.

그러나 「국세기본법」상 기본통칙은 과세관청 내부에 있어서의 세법 해석기준 및 행정규칙에 불과할 뿐 법원이나 국민을 기속하는 효력이 있는 법규에 해당하지 아니하므로(대법원 2012.6.28선고 2011두30205, 대법원 2007.2.8. 선고 2005두5611 판결 외 다수 참조), 기본통칙을 기준으로 과세권을 귀속하는 것은 법적 효력이 없다.

청구인도 2020년 인천지방국세청 통합조사 당시에는 고양세무서장이 청구인에 부과처분한 종합소득세에 대하여 소득세법 기본통칙 6-0…1을 근거로 청구인의 납세지는 고양시가 아닌 대표자의 주소지인 파주시에 해당한다고 민원을 접수한 바 있으나, 인천지방국세청은 법인격 없는 단체의 납세지는 대표자의 주소지가 아닌 해당 단체의 자산 등 생활관계의 객관적 사실에 따라 주소지를 판단하는 것이며, 그 판단결과로 청구인의 「소득세법」 제6조에 따른 납세지 관할 세무서는 고양세무서에 해당한다고 결정하였다.

위와 같은 인천지방국세청 고충민원 결과에 대하여, 청구인은 추가적으로 국민권익위원회에 기본통칙 6-0…1에 따른 납세지를 청구인의의 납세지로 보아야한다는 고충민원을 신청하였으나, 2024.4.1. 국민권익위원회에서도 인천지방국세청의 고충민원 결정요지가 적법하며 청구인의 주장은 수용하기 어렵다고 회신하였다.

「지방세법」 제89조 제1항 제1호에서 개인지방소득세의 납세지는 「소득세법」제6조 및 제7조를 준용하므로, 종합소득세를 결정ㆍ경정하는 곳과 지방소득세 종합소득분을 결정ㆍ경정하는 곳은 「소득세법」제80조 및 「지방세법」 제97조에 따라 납세지 관할 세무서장인지 혹은 지방자치단체의 장인지에 대하여만 차이가 존재하는 것일 뿐, 두 세목의 납세지는 소득세에 대하여 별도의 납세지 지정이 있지 않는 한 동일하여야 한다.

청구인의 설립목적 및 실제 운영 실태가 인가받은 대안학교와 상이하지 않은 점, 청구인이 세무조사 당시 세무적 지식이 부족하여 장부 및 구체적인 증빙자료를 제시하지 못하여 실질적으로 수익이 나지 않음에도 불구하고 추계결정을 받고 그 후 적절한 구제절차를 수행하지 못한 점, 처분청이 제3자의 장소에 대하여 명백한 근거 없이 수색 조사를 진행하는 등 무리한 행정처분을 이어 나간 점, 「지방세법」 제89조 제1항 제1호에서 준용하는 「소득세법」 제6조에 의한 납세지 는 고양시인 점으로 볼 때, 청구인은 애초부터 파주시장에 종합소득세 납세의무가 없었을 뿐만이 아니라 가사 추계과세로 인한 납세의무가 있다고 하더라도 그 납세지 관할 지방자치단체의 장은 고양시장으로 보는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 법인격 없는 단체의 개인지방소득세의 납세지는 단체대표의 주소지이다.

「지방세법」 제89조 제1항 제1호는 개인지방소득세의 납세지는 납세의무 성립 당시 「소득세법」 제6조 및 제7조에 따른 납세지임을 규정하고 있고 청구인은 법인격 없는 단체로 「소득세법」 납세의무가 있는 거주자로 「소득세법」 제6조 제1항 ‘거주자의 소득세 납세지는 그 주소지로 한다’는 규정을 따르며, 소득세법 기본통칙 6-0···1에서 ‘법인격 없는 단체는 대표자의 주소지를 납세지로 본다’고 해석하고 있다.

해당 사항에 대해 경기도의 질의가 있었고, 이에 2024.10.31. 행정안전부 유권해석 결과 ‘법인격 없는 단체의 납세지는 단체 대표자의 주민등록법에 등록된 주소지로 보아야 한다고 회신하였다.

청구인은 ‘기본통칙은 과세관청 내부의 세법 해석 및 집행기준으로 과세처분의 근거가 될 수 없다’고 주장하나, 제정 형식이 비록 법규명령이 아닌 행정규칙이더라도 법령을 시행하는데 필요한 구체적 사항을 정한 것이라면 상위법령의 위임한계를 벗어나지 않는 범위에서 대외적인 구속력을 가진다고 보고 있다(헌법재판소 1992.6.26. 선고 91헌마25)

해당 기본통칙의 적용은 과세관청들 사이에 발생할 수 있는 납세지 문제와 관련하여 구체적인 집행기준을 정한 것으로 처분청 내부의 세법 해석기준으로 사용되었고, 이 적용으로 인해 청구인에 유불리의 문제를 발생시키고 있지 않으며 과세처분 자체에 영향을 주는 근거로 사용되지 않았다.

(2) 종합소득세의 납세지를 예외적으로 사업장 소재지로 인정하였다고 하여 개인지방소득세 납세지를 동일하게 적용할 어떠한 근거도 없다.

청구인은 법인격 없는 단체로 「소득세법」상 거주자이며 그 주소지가 납세지이나 주민등록상 주소지가 존재하지 않기 때문에 사업장이 존재하고 대표자가 상주하며 실질적인 운영 및 관리가 이루어진 장소가 납세지가 되며, 이는 인천지방국세청과 국민권익위원회의 고충민원에서 ‘고양세무서에서 부과 처분한 해당 종합소득세의 결정은 적법하다’는 통지결과에서 보여주듯 납세지는 고양시이며 처분권자가 세무서장인지 지방자치단체장인지에 대해서만 차이가 있을 뿐 납세지는 동일하여야 한다고 주장하나, 통상적으로 법인격 없는 단체의 소득세 신고·납부 및 경정결정은 대표자의 주소지 관할세무서에서 이루어지며 개인지방소득세 납세지 또한 동일하게 운영되고 있다. 국세청에서 청구인의 특수한 상황을 이유로 종합소득세의 납세지를 사업장 소재지로 결정한 예외적 처분에 대하여 개인지방소득세의 납세지를 동일하게 적용하여야 할 어떠한 근거도 없다.

또한 「지방세법」 제89조에서 개인지방소득세 납세지와 관련하여 소득세법 제6조 및 제7조는 준용하지만, 같은 법 제9조 ‘국세청장은 납세자의 신청 또는 납세의 이행에 불편하다고 인정되는 등의 사유로 납세지를 지정할 수 있다’는 규정은 배제하고 있다. 이는 종합소득세는 국세로 납세지 관할세무서가 어디든 관리의 문제일 뿐 세입이 단일금고로 귀속되지만, 개인지방소득세는 지방세(시세)로 납세지에 따라 세입의 귀속 금고가 달라지기에 지방자치단체 간 과세질서를 유지하기 위함이므로, 예외적으로 인정한 종합소득세 납세지를 개인지방소득세에서 동일하게 적용할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인의 「지방세법」 제89조 제1항 제1호에 따른 납세지가 대표자 주소지인지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구인의 폐업사실증명원에 따르면, 청구인은 2007.5.19. 경기도 고양시 OOO를 소재지로 하여 개업한 후 2020.10.5. 폐업한 것으로 나타나고, 청구인의 대표자 AAA의 주민등록등초본에 따르면 AAA는 2010.1.21. 경기도 고양시 OOO에 전입한 후 2013.1.30. 경기도 파주시 OOO에 전입하였으며, 2023.12.26. 경기도 고양시 OOO로 전입한 것으로 나타난다.

(나) 이 건 쟁점에 대해서 경기도지사는 행정안전부장관에게 질의를 하였고, 행정안전부의 회신(지방소득소비세제과-OOO) 내용은 아래와 같은바, 법인 아닌 단체의 납세지는 단체 대표자의 「주민등록법」에 따라 등록된 주소지로 보아야 한다고 회신한 것으로 나타난다.

○○○

(다) 청구인이 제출한 청구인에 대한 종합소득세의 납세지에 대한 인천지방국세청의 고충민원 결정문의 내용에 따르면 청구인은 대표자 주소지인 경기도 파주시가 납세지라고 주장하였고 이에 대하여 청구인의 사업장소재지를 납세지로 보아 종합소득세를 결정한 것은 적정하다고 기재되어 있는 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세법」 제86조에서는 지방소득세 납세의무자란 「소득세법」에 따른 소득세 납세의무가 있는 자로 규정하고 있고, 「소득세법」 제2조에서는 법인으로 보는 단체 외의 법인 아닌 단체는 국내에 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 경우에는 1거주자로 보아 납세의무를 진다고 규정하고 있으며,「지방세법」 제89조 제1항 제1호에서는 개인지방소득세의 납세지는 납세의무 성립 당시의 「소득세법」 제6조 및 제7조에 따른 납세지라고 규정하고 있고, 「소득세법」 제6조 제1항에서는 거주자의 소득세 납세지는 그 주소지로 한다고 규정하고 있으며, 소득세법 기본통칙 6-0···1에서 법인격 없는 단체는 대표자의 주소지를 납세지로 본다고 규정하고 있다.

(나) 청구인은 종합소득세의 과세처분에 대하여 인천지방국세청장이 고양세무서가 관할세무서라고 결정하였으므로 이와 동일하게 개인지방소득세 납세지도 경기도 고양시로 보아야 한다고 주장한다.

그러나, 청구인은 법인 아닌 단체로 1거주자로 보아 납세의무가 있는바, 종합소득세의 납세지가 고양세무서라고 하여 개인지방소득세 납세지도 경기도 고양시로 볼 법적 근거가 없는 점, 행정안전부는 법인 아닌 단체의 납세지를 단체의 대표자 주소지로 보는 것이 타당하다고 회신(지방소득소비세제과-2926, 2024.10.31.)하였는데, 이는 종합소득세는 국세 및 단일 세수로 국가로 귀속되지만 개인지방소득세는 납세지에 따라 지방자치단체별 세입귀속과 직결되어 과세질서가 필요하여 이를 명확히 한 것으로 보이는 점

청구인은 종합소득세에 관하여 인천지방국세청장에 고충민원시 납세지가 경기도 파주시라고 주장하였다가 고충민원이 기각되자 이 건 개인지방소득세에 대해서는 이와 반대로 주장하여 청구주장에 일관성이 없는 점 등에 비추어 청구인의 대표자의 「주민등록법」에 따라 등록된 주소지가 이 건 납세의무성립일 현재 처분청으로 보이는 이상 위와 같은 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

따라서, 처분청이 청구인에게 이 건 개인지방소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세기본법

제34조(납세의무의 성립시기) ① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 성립한다.

7. 지방소득세 : 과세표준이 되는 소득에 대하여 소득세ㆍ법인세의 납세의무가 성립하는 때

제38조(부과의 제척기간) ① 지방세는 대통령령으로 정하는 바에 따라 부과할 수 있는 날부터 다음 각 호에서 정하는 기간이 만료되는 날까지 부과하지 아니한 경우에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)에 따라 상호합의절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제51조에서 정하는 바에 따른다.

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준 신고서를 제출하지 아니한 경우 : 7년. 다만, 다음 각 목에 따른 취득으로서 법정신고기한까지 과세표준 신고서를 제출하지 아니한 경우에는 10년으로 한다.

3. 그 밖의 경우 : 5년

(2) 지방세법

제86조(납세의무자 등) ① 「소득세법」에 따른 소득세 또는 「법인세법」에 따른 법인세의 납세의무가 있는 자는 지방소득세를 납부할 의무가 있다.

② 제1항에 따른 지방소득세 납부의무의 범위는 「소득세법」과 「법인세법」에서 정하는 바에 따른다.

제89조(납세지 등) ① 지방소득세의 납세지는 다음 각호와 같다.

1. 개인지방소득세 : 「지방세기본법」 제34조에 따른 납세의무 성립 당시의 「소득세법」제6조 및 제7조에 따른 납세지

(3) 소득세법

제2조(납세의무) ③ 국세기본법 제13조 제1항에 따른 법인 아닌 단체 중 같은 조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다) 외의 법인 아닌 단체는 국내에 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 경우에는 1거주자로, 그 밖의 경우에는 1비거주자로 보아 이 법을 적용한다.

제6조(납세지) ① 거주자의 소득세 납세지는 그 주소지로 한다. 다만, 주소지가 없는 경우에는 그 거소지로 한다.

② 비거주자의 소득세 납세지는 제120조에 따른 국내사업장(이하 “국내사업장”이라 한다)의 소재지로 한다. 다만, 국내사업장이 둘 이상 있는 경우에는 주된 국내사업장의 소재지로 하고, 국내사업장이 없는 경우에는 국내원천소득이 발생하는 장소로 한다.

③ 납세지가 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지를 결정한다.

제9조(납세지의 지정) ① 국세청장 또는 관할 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제6조부터 제8조까지의 규정에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지를 따로 지정할 수 있다.

1. 사업소득이 있는 거주자가 사업장 소재지를 납세지로 신청한 경우

2.제1호 외의 거주자 또는 비거주자로서 제6조부터 제8조까지의 규정에 따른 납세지가 납세의무자의 소득 상황으로 보아 부적당하거나 납세의무를 이행하기에 불편하다고 인정되는 경우

② 제1항에 따라 납세지를 지정하거나 같은 항 제1호의 신청이 있는 경우로서 사업장 소재지를 납세지로 지정하는 것이 세무관리상 부적절하다고 인정되어 그 신청대로 납세지 지정을 하지 아니한 경우에는 국세청장 또는 관할 지방국세청장은 그 뜻을 납세의무자 또는 그 상속인, 납세관리인이나 납세조합에 서면으로 각각 통지하여야 한다.

③ 제1항에서 규정한 납세지의 지정 사유가 소멸한 경우 국세청장 또는 관할 지방국세청장은 납세지의 지정을 취소하여야 한다.

④ 제1항에 따른 납세지의 지정이 취소된 경우에도 그 취소 전에 한 소득세에 관한 신고, 신청, 청구, 납부, 그 밖의 행위의 효력에는 영향을 미치지 아니한다.

(4) 소득세법 시행령

제2조(주소와 거소의 판정) ① 「소득세법」(이하 “법”이라 한다) 제1조의2에 따른 주소는 국내에서 생계를 같이 하는 가족 및 국내에 소재하는 자산의 유무등 생활관계의 객관적 사실에 따라 판정한다.

(5) 소득세법 기본통칙

6-0···1(거주자로 보는 법인격 없는 단체의 납세지) 거주자로 보는 법인격 없는 단체에 대한 소득세 납세지는 동 단체의 대표자 또는 관리인의 주소지로 한다. 다만, 법 제9조에 의하여 당해 단체의 업무를 주관하는 장소 등을 납세지로 지정받은 경우에는 그 지정받은 장소를 납세지로 한다.