이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2022.11.25. 경기도 의정부시 OOO 건축물(의료시절) 4,995.03㎡(이하 “이 건 건축물”이라 한다)를 취득(신축)한 후, 2023.1.11. 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고,「지방세특례제한법」(2021.12.28., 법률 제18656호로 일부개정된 것, 이하 같다) 제38조 제1항에 따라 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산으로 처분청에 신고하여 취득세 등을 감면(100분의 30)받았다.

나. 처분청은 청구법인이 이 건 건축물을「지방세법」(2021.12.28., 법률 제18655호로 일부개정된 것, 이하 같다) 제13조 제1항에서 규정하는 과밀억제권역에서 청구법인의 본점으로 사용하는 것으로 보아, 2024.8.9. 이 건 건축물에 대하여「지방세법」제13조 제1항의 세율(1천분의 68, 이하 “중과세율”이라 한다)을 적용하여 산출한 세액에서 기 납부한 세액을 차감한 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.11.6. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

청구법인은 이 건 건축물을 기숙사동과 병원동으로 사용중에 있고, 이 중 기숙사동(193.3㎡, 이하 “쟁점기숙사”라 한다)을 취득일부터 현재까지 직원의 숙소로 사용하고 있는바, 쟁점기숙사의 경우,「지방세법 시행령」(2021.12.31. 대통령령 제32293호로 일부개정된 것, 이하 같다) 제25조에서 법 제13조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산”이란 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 예비군 병기고 및 탄약고는 제외한다)을 말한다고 규정하고 있으므로 쟁점기숙사는 중과세율 적용대상이 아니다.

지방세법운영예규 법 13-2[중과세 대상 본점에 해당하는지 여부]에서 병원의 병실을 증축 취득하는 경우 중과세 대상 본점에 해당하지 않는다고 명시하고 있고, 대법원 판례(대법 2000두222, 2001.10.23. 선고) 및 행정안전부 예규(지방세운영과-167호, 2016.1.15.)에서 일관되게 법인의 본점이라 함은 법인의 중추적인 의사결정 등 주된 기능을 수행하는 장소를 말하고, 본사의 조직이나 중추적인 관리 기능이 없는 단순한 영업장소 및 부대시설은 취득세 중과대상에 해당하지 않는다고 보고 있다.

이 건 건축물 중 병원동은 이사장·총무과 사무실(14.79㎡)과 병원(4,786.94㎡, 진료실·병실·입원실 등, 이하 “쟁점병원”이라 한다)으로 구성되어 있고, 이사장·총무과 사무실(14.79㎡)은 청구법인의 중추적인 의사결정 등을 수행하는 본점으로 볼 수 있으나, 쟁점병원은 단순히 병원의 영업장소로 사용되는 공간이므로 취득세 중과세율 대상에서 제외하여야 한다.

나. 처분청 의견

(경기도지사 의견) 쟁점기숙사의 경우, 청구법인의 직원들이 기숙사로 사용하고 있는 사실이 확인되고,「지방세법 시행령」제25조에서 기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 예비군 병기고 및 탄약고는 “대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산”의 범위에서 제외하고 있으므로 처분청이 쟁점기숙사에 대하여 중과세율을 적용하여 한 처분은 잘못이 있다.

본점용 부동산은 법인의 중요한 의사결정을 하거나 경영, 인사, 재무, 총무, 기획 등 관리행위를 하는 곳 뿐만 아니라 청구법인의 중요한 업무를 수행하는 곳도 해당하므로 이사장과 총무과에서 사용하는 사무실과 진료실, 병실, 상담실 등으로 사용되는 쟁점병원을 본점으로 사용하고 있는 것으로 보아야 한다.

또한, 과밀억제권역에 법인 본점용 부동산 신축에 대해 중과세율을 적용하는 취지는 인구유입과 산업집중을 막기 위함인데 청구법인은 과밀억제권역에 본점인 이 건 건축물을 신축하여 근로인력 등을 유입하였으므로 쟁점병원에 대하여 중과세율을 적용하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점기숙사와 쟁점병원을 청구법인의 본점으로 보아 중과세율을 적용하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인의 등기사항전부증명서(법인)에 의하면, 청구법인의 본점 소재지 및 사업목적은 아래와 같다.

＜청구법인 법인등기부등본 내용＞

본점

(이 건 건축물 취득일 이전 청구법인 본점 소재지는 생략)

경기도 의정부시 녹양동 309, 316, 317번지

2017.5.25. 변경

2017.6.27. 등기

청구법인 목적사업

1. 이 법인은 비영리 의료법인으로서의 의료기관을 설치 운영하고 보건 의료에 관한 연구개발등을 통하여 국민보건 향상에 이바지 함을 목적으로 한다.

1. 의교기관의 설치운영

5. 지역영세민을 위한 구료사업 및 무의촌 순회진료

2. 한양병원 의료사업

6. 노인을 위한 의료복지사업

3. 종합, 요양병원 설치운영

7. 의료법인의 교육훈련 및 양성

4. 보건의료에 관한 조사연구 및 개발

8. 기타 목적달성에 필요한 부대사업

(나) 청구법인은 2022.11.25. 이 건 건축물을 취득(신축)한 후,「지방세특례제한법」제38조 제1항에 따라 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산으로 처분청에 신고하여 취득세 등을 감면(100분의 30)받았다.

(다) 처분청은 청구법인이 이 건 건축물을 청구법인의 본점으로 사용하는 것으로 보아, 2024.8.1. 이 건 건축물에 대하여 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 납부한 세액을 차감한 이 건 취득세 등을 부과하였다.

(라) 이 건 건축물은「수도권정비계획법」제6조에서 규정하는 과밀억제권역에 소재하고 연면적은 4,995.03㎡(쟁점병원 4,786.94㎡, 쟁점기숙사 193.3㎡, 이사장실 및 총무과 14.79㎡)로 나타난다.

(마) 처분청은 2024.5.8.~5.27. 이 건 건축물 현황을 조사하고 작성한 출장보고서에 의하면, 이 건 건축물은 직원들의 기숙사로 사용되는 기숙사동과 병원동으로 구성되어 있고, 병원동은 진료실, 병실, 상담실 등으로 구성되어 있으며, 병원동에 이사장실 등이 있는 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점기숙사와 쟁점병원을 청구법인의 본점으로 보아야 한다는 의견이나, 법인의 본점용 부동산은 법인이 고유업무의 수행에 필요한 사무실 등으로 직접 사용되고 있는 부동산과 그 부대시설용 부동산을 말하고, 이 중에서 기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 예비군 병기고 및 탄약고는 제외하여야 하며, 이에 해당하는지 여부는 법인의 목적사업의 특성과 그 수행방법, 법인의 경영활동에 필수적인 업무인 인사·기획, 재무 등의 주요한 업무수행 및 중추적인 의사결정을 하는 장소를 말하는바,

쟁점기숙사의 경우,「지방세법 시행령」제25조에서 기숙사를 본점의 부대시설용 부동산의 범위에서 제외하도록 하고 있고, 청구법인의 직원들이 기숙사로 사용하고 있는 사실에 대하여 처분청과 청구법인 사이에 다툼이 없으므로, 처분청이 쟁점기숙사를 본점으로 보아 중과세율을 적용하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

쟁점병원의 경우, 과밀억제권역 안에서 법인의 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산 취득에 대하여 취득세를 중과세하는 것은 과밀억제권역 내에서 인구유입과 산업집중을 현저하게 유발시키는 본점 또는 주사무소의 신설 및 증설을 억제하려는 것으로, 하나의 건물에 본점과 영업장소가 함께 설치되는 경우라도 그 영업장소는 취득세 중과세 대상에 해당하지 않는다 할 것(대법원 2001.10.23. 선고, 2000두222 판결)인바, 쟁점병원은 청구법인의 중추적인 의사결정 등 주된 기능을 수행하는 장소가 아닌 의료업을 영위하는 영업장소에 해당하므로 쟁점병원을 본점으로 보아 중과세율을 적용하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2025. 10. 15.

주심조세심판관 홍 삼 기

배석조세심판관 이 화 진

구 본 풍

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2021.12.28., 법률 제18655호로 개정된 것)

제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ①「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용으로 신축하거나 증축하는 건축물(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산 중 위탁자가 신탁기간 중 또는 신탁종료 후 위탁자의 본점이나 주사무소의 사업용으로 사용하기 위하여 신축하거나 증축하는 건축물을 포함한다)과 그 부속토지를 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지ㆍ유치지역 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다.

(2) 지방세법 시행령(2022.6.30., 대통령령 제32747호로 개정된 것)

제25조(본점 또는 주사무소의 사업용 부동산) 법 제13조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산”이란 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 예비군 병기고 및 탄약고는 제외한다)을 말한다.