이유
1. 처분개요 가. 청구법인은 2004.8.19. ‘A 주식회사’라는 상호로 토목건축 공사업 등을 영위할 목적으로 설립된 법인으로, 2018.7.11. 상호를 ‘주식회사 B’로 변경하였고, 2019.12.16. 본점을 ‘경기도 가평군 OOO’에서 ‘경기도 화성시 OOO’으로 이전하였다. 나. 청구법인은 아래 <표1>과 같이 사업소득과 이자소득 원천징수분에 대한 지방소득세 특별징수분을 2020.1.10. 2019년분에 대하여 경기도 가평군수(이하 “처분청1”이라 한다)에게, 2021.1.11. 등에 2020~2023년 분에 대하여 경기도 화성시장(이하 “처분청2”라 한다)에게 신고·납부하였다. <표1> 청구법인의 지방소득세 특별징수분 납부 내역 (단위 : 원) ○ ○ ○ 다. 서울특별시는 2024.6.17.~2024.7.2. 기간 동안 청구법인에 대한 지방세 세무조사를 실시한 결과, 청구법인의 실질적인 사업이 서울특별시 강남구 OOO’에 본점을 두고 있는 주식회사 C(이하 “C”이라 한다)에서 총괄하여 처리하고 있으므로 청구법인의 근로소득, 퇴직소득, 사업소득 및 이자소득에 대한 지방소득세 특별징수분 납세지가 서울특별시 강남구(이하 “강남구”라 한다)라고 통보하였고, 이에 따라 서울특별시 강남구청장(이하 “처분청3”이라 하고, 처분청1·2와 합하여 “처분청들”이라 한다)은 2024.8.10. 아래 <표2>와 같이 청구법인에게 지방소득세 특별징수분 합계 OOO원(가산세 포함)을 부과·고지(이하 “쟁점1처분”이라 한다)하였다. <표2> 강남구청장의 지방소득세(특별징수분) 부과 내역 (단위 : 원) ○ ○ ○ 라. 청구법인은 2024.8.14. 처분청1·2에 당초 납부한 지방소득세를 환급하여 줄 것을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청1·2는 청구법인의 본점은 등기부등본상의 소재지인 경기도 화성시라고 하며 2024.8.23. 및 2024.9.9. 이를 각 거부(이하 “쟁점2처분”이라 하고, 쟁점1처분과 합하여 “쟁점처분”이라 한다)하였다. 마. 청구법인은 이에 불복하여 2024.10.14. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 「지방세법」 제89조 제2항은 법인지방소득세의 납세지를 사업연도 종료일 현재의 「법인세법」 제9조에 따른 납세지로 규정하고 있고, 같은 조 제3항 제4호에서는 “소득세 및 법인세의 원천징수사무를 본점 또는 주사무소에서 일괄처리하는 경우 그 소득에 대한 지방소득세 : 그 소득의 지급지”로 규정하고 있다. 이와 같이 「지방세법」에서는 “원천징수사무를 본점 또는 주사무소에서 일괄처리하는 경우 그 소득에 대한 지방소득세의 납세지를 소득의 지급지”로만 규정할 뿐 별도의 예외를 두고 있지 아니하다. (1) 쟁점1처분에 대한 청구주장은 다음과 같다. 청구법인은 위의 규정에 따라 법인세 원천징수 2019년분은 남양주세무서장에게, 2020년부터 2023년까지는 화성세무서장에게 각 신고·납부하였고, 이에 따라 지방소득세의 납세지를 처분청2로 본 것이다. 청구법인의 법인등기부상 본점은 경기도 화성시 OOO으로, 법인지방소득세의 납세지는 경기도 화성시라고 할 것이므로 처분청3이 부과·고지한 쟁점1처분은 취소하여야 한다. (2) 쟁점2처분에 대한 청구주장은 다음과 같다. (가) 청구법인은 2019.12.16. 경기도 가평군 OOO에서 경기도 화성시 OOO으로 본점을 이전하였으나, 이 곳에는 C 직원 1명만이 근무하고 있고, 청구법인의 직원은 근무하지 않고 있다. (나) 서울특별시의 세무조사에서 확인하였듯이 청구법인의 주식은 주식회사 D이 100% 소유하고 있고, 주식회사 D의 주식은 회장인 a이 100% 소유하고 있으며, C의 주식은 a이 100% 소유하고 있는바, 청구법인의 경영은 사실상 C 등에서 근무하는 임직원이 수행하고 있으므로 법인지방소득세의 납세지는 강남구라고 할 것이다. (다) 청구법인의 실질적인 기획, 총무, 회계 등의 모든 업무는 C에서 수행되었고, C의 조직도를 보면 회장을 중심으로 모든 업무가 수행됨을 알 수 있다. 따라서 청구법인의 지방소득세 납세지는 강남구이므로 청구법인의 2019년부터 2023년까지 신고·납부한 사업소득과 이자소득에 대한 지방소득세(특별징수분)은 전액 감액경정됨이 타당하다. 나. 처분청들 의견 (1) 처분청1·2의 의견은 다음과 같다. (가) 지방소득세(원천분)의 납세의무지와 관련하여 다음과 같은 법령 규정에 따르면 법인의 등기부에 따른 본점을 본점 소재지로 보아야 한다. 1) 「지방세법」 제89조 제1항 제2호에서 법인지방소득세는 사업연도 종료일 현재의 「법인세법」제9조에 따른 납세지를 따른다고 하고 있고, 「법인세법」 제9조 제4항 및 같은 법 시행령 제7조 제6항 제2호 가목에 내국법인의 이자소득에 따라 원천징수한 법인세의 납세지는 원천징수의무자가 법인인 경우 해당 법인의 본점·주사무소 소재지로 규정하고 있다. 2) 「지방세법」 제103조의29에 따르면, “「법인세법」에 따른 원천징수의무자가 내국법인으로부터 법인세를 원천징수하는 경우에는 원천징수하는 법인세의 100분의 10에 해당하는 금액을 법인지방소득세로 특별징수하여야 한다”고 규정하고 있고, “법인지방소득세의 특별징수에 관하여 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 「법인세법」에 따른 원천징수에 관한 규정을 준용한다”고 명시하고 있다. 3) 「법인세법」 제9조 제1항에 본점·주사무소는 그 법인의 등기부에 따른 본점이나 주사무소의 소재지로 말하고 있어 같은 조 제4항도 동일하게 보아야할 것이고, 「법인세법」의 원천징수에 관한 규정을 준용하는 「지방세법」에 따라 특별징수의무자의 납세지로 나와있는 본점·주사무소 또한 동일하게 법인 등기부에 따른 본점 소재지로 보아야 할 것이다. (나) 청구법인의 본점 소재지는 등기부등본상 본점 소재지인 경기도 화성시로 보는 것이 타당하다. 1) 청구법인은 2004.8.19. 설립되었고, 2019.12.16. 경기도 가평군에서 경기도 화성시 향남읍으로 본점을 이전하였음이 법인등기부등본을 통해 확인되며, 등기부등본 및 사업자등록증상 청구법인과 C은 별개의 법인의 형태를 보이고 있다. 2) 청구법인은 「지방세기본법」 제17조 실질과세의 원칙에 따라 C 서울사업장이 청구법인의 실질적인 대부분의 업무를 수행하며 경영적으로 면밀한 관계가 있어 청구법인의 본점임을 주장하나, 「지방세기본법」 제17조 제1항의 실질과세원칙의 규정은 과세의 대상이 되는 납세의무자가 명의만 있는 경우에 해당하는 경우에 적용할 수 있는 것으로, 청구법인은 실제로 경기도 화성시에 본점을 두고 있고, 종업원과 사업장이 존재해 인적설비와 물적설비의 실체를 모두 갖추고 있는 독립된 별개의 법인으로 확인됨에 따라 「지방세기본법」 제17조 제1항을 적용할 수 없다. 3) 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석 하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하여야 하며(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결 참조), 따라서 지방소득세(특별징수)의 본점의 정의는 특별한 규정을 두지 않는 한 「법인세법」을 준용해야 하고, 「법인세법」 제9조에 따라 본점은 등기부에 따른 본점이나 주사무소로 봄이 타당하므로 청구법인의 등기부등본상 본점 소재지인 경기도 화성시가 청구법인의 사업소득, 이자소득 지방소득세(특별징수) 납세지라고 할 것이다. (3) 처분청3의 의견은 다음과 같다. (가) 청구법인은 법인세와 법인지방소득세의 납세지가 동일하게 운영되어야 한다는 전제하에 「법인세법」 규정에 비추어 쟁점1처분의 납세지가 등기부상의 경기도 화성시라는 주장이나, 「지방세법」제89조 제1항 제1호에서 개인지방소득세 납세지를 「소득세법」제6조, 제7조에 따른 납세지로, 같은 항 제2호에서 법인지방소득세 납세지를「법인세법」 제9조에 따른 납세지로 규정하여, 개인·법인지방소득세 납세지를 「소득세법」과 「법인세법」상의 납세지와 동일하게 운영하겠다고 보이는 것과 달리, 이 건의 쟁점이 되는 지방소득세 특별징수분에 관한 납세지를 규정한 「지방세법」 제89조 제3항 제4호는 「소득세법」이나 「법인세법」상의 납세지로 한다는 명시적인 내용 없이 “제1호부터 제3호까지에서 규정한 소득 외의 소득에 대한 소득세 및 법인세의 원천징수사무를 본점 또는 주사무소에서 일괄처리하는 경우 그 소득에 대한 지방소득세는 그 소득의 지급지”로 한다고 규정하고 있을 뿐, 「지방세법」상의 지방소득세 특별징수분 납세지를 「법인세법」상의 법인세 원천징수분 납세지와 반드시 동일하게 운영하여야 한다는 명시적인 규정은 없다. (나) 또한 「법인세법」 제9조 제1항에서 “내국법인의 법인세 납세지는 그 법인의 등기부에 따른 본점이나 주사무소의 소재지(국내에 본점 또는 주사무소가 있지 아니하는 경우에는 사업을 실질적으로 관리하는 장소의 소재지)로 한다. 다만, 법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 장소로 한다”라고 규정하고 있고, 그 위임에 따른 「법인세법 시행령」 제7조 제1항은 “대통령령으로 정하는 장소란 당해 단체의 사업장 소재지를 말하되, 주된 소득이 부동산임대소득인 단체의 경우에는 그 부동산의 소재지를 말한다. 이 경우 2 이상의 사업장 또는 부동산을 가지고 있는 단체의 경우에는 주된 사업장 또는 주된 부동산의 소재지를 말한다”라고 규정하는 등 이미 「지방세법」상의 지방소득세 납세지 규정에 존재하지 않는 여러 조문을 「법인세법」에서 규정하고 있는 점에서 반드시 「지방세법」상의 지방소득세 특별징수분 납세지와 법인세 원천징수분의 납세지가 동일하게 운영되어야 한다는 청구주장은 이유없다고 할 것이다. (다) 「지방세법」상 본점이라 함은 법인이 영위하는 사업에 관한 주요한 의사결정 및 업무수행과 경영, 인사, 재무, 총무, 기획 등 관리행위가 이루어지는 장소라 할 것인데(대법원 2020.10.15. 선고 2020두41832 판결 참조), 청구법인의 등기부상 본점인 경기도 화성시에는 C의 직원 1명만이 근무하고 있고, 청구법인의 직원이 근무하고 있지 않은 반면, 서울특별시의 청구법인에 대한 세무조사 결과 청구법인의 실질적 본점 업무는 강남구에 소재한 C에서 이루어지고 있다고 확인되었으며, 청구법인 또한 원천징수사무를 포함한 본점 경영 업무를 강남구에 소재한 C에서 근무하는 임직원이 수행하고 있다고 스스로 인정하고 있는바, 처분청3이 청구법인의 납세지를 ‘강남구’로 보아 부과·고지한 쟁점1처분은 잘못이 없다고 판단된다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 이 건 지방소득세 납세지가 법인의 실질적인 본점 업무를 수행하는 장소인지, 공부상 본점 주소지인지 여부 나. 관련 법령 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청들이 제출한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2004.8.19. 토목건축 공사업, 포장 공사업, 전기 공사업, 주택건설 및 분양업 등을 영위할 목적으로 설립되었고, 2018.7.11. ‘주식회사 B’로 상호를 변경하였으며, 2019.12.16. 경기도 가평군 OOO에서 경기도 화성시 OOO으로 본점을 이전한 사실이 법인등기사항증명서를 통해 확인된다. (나) 서울특별시가 2024.6.17.~2024.7.2. 기간 동안 청구법인에 대하여 세무조사를 한 내용은 다음과 같다.<지방소득세(특별징수)추징조서>
ㅇ 조사내용 - 납세자의 법인등기부등본에 의하면, 납세자는 2019.12.20. 부동산 개발업, 주택건설 분양업 등을 목적사업으로 하여 설립되었으며, 조사일 현재 법인등기상 본점 소재지는 경기도 화성시 OOO임 - 한편, 납세자의 지분은 ㈜D이 100%소유하고 있고, ㈜D의 지분은 a이 100%소유하고 있으며, 또한 a은 C의 지분 100%를 소유하는 점과 더불어 시티그룹 내 관계회사에 대한 회계업무를 C이 총괄하여 처리하고 있고, 각 관계회사는 별도의 회계업무처리 조직이 없음 - C의 법인등기부등본에 의하면, 해당 법인은 2012.6.12. 부동산 개발업, 주택건설 분양업 등을 목적사업으로 하여 설립되었으며, 법인등기 상 본점 소재지는 서울시 강남구 봉은사로 418임 - 세무조사일 현재 C의 조직도는 다음과 같음 ○ ○ ○
- 세무조사일 현재 납세자가 제출한 원친징수 업무처리 품의서는 다음과 같음 ○ ○ ○ ㅇ 추징사유 - 「지방세법」제103조의13 제1항에서 소득세 원천징수의무자는 특별징수의무자가 되어 원천징수하는 소득세의 100분의 10에 해당하는 금액을 개인지방소득세로 특별징수하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제89조 제3항 제1호에서 특별징수하는 지방소득세 중 근로소득 및 퇴직소득의 납세지는 납세의무자의 근무지로 규정하고 있으며, 또한 같은 법 제89조 제3항 제4호에서 위에 규정한 소득 외의 소득의 납세지는 원천징수사무를 본점에서 일괄처리하는 경우 그 소득의 지급지로 규정하고 있음 - 따라서 납세자가 특별징수하는 지방소득세 중 근로소득 및 퇴직소득의 납세지는 직원의 실제 근무지이며 납세자가 제출한 서울 소재 직원 현황 및 근로소득 세액은 아래와 같음 (단위 : 원) ○ ○ ○ - 위 규정에서 납세자가 특별징수하는 지방소득세 중 사업소득, 법인원천소득의 경우 그 납세지는 그 소득의 지급지인 본점인데, 여기서 ‘본점’이라 함은 법인이 영위하는 사업에 관한 주요한 의사결정 및 업무수행과 경영, 인사, 재무, 총무, 기획 등 관리행위가 이루어지는 장소라 할 것임 - 업무기술서를 보면 시티그룹 내 각 관계회사의 회계업무를 C 재경부가 총괄하는 것으로 나타나고, 품의서에서 C의 원천징수 사무가 C 재경부 산하 회계팀에서 이루어진 것으로 구체적으로 확인되는 점을 종합하면 원천징수 사무를 C이 수행한 것으로 판단됨 - 따라서 납세자는 근로소득, 퇴직소득, 법인원천소득에 관한 지방소득세 특별징수분의 납세지가 서울 사업장임에도 불구하고 타 시도에 착오 신고·납부하였으므로 실제 근무지와 소득지급지를 기준으로 과세표준과 세율을 적용하여 산출한 지방소득세 특별징수분을 추징하고자 함 - 그 외, 서울시 소재 사업장 면적과 종업원 수와 다른 지역의 사업장 면적과 종업원수 대비 이를 재계상하여 안분한 2019년부터 2023년까지의 법인지방소득세 세액을 재계산하여 세액을 산출하여야 함 |