이유
1. 처분개요

가. 주식회사 A는 2012.10.26. 부동산 개발 및 공급업 등을 목적으로 설립된 법인으로서, 2020.7.30. 서울특별시 성동구 OOO토지(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득하고 청구법인에게 신탁하였고, 청구법인은 2023.10.29. 이 건 토지에 B센터(○○○센터, 지하 6층/지상 11층, 연면적 17,041.26㎡, 이하 “이 건 ○○○센터”라 한다)를 취득(신축)한 후, 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고「지방세특례제한법」제58조의2 제1항에서 규정하는 ○○○센터 설립자에 대한 감면을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 이 건 ○○○센터 83개호 중 301호 등 50개호(이하 “쟁점건축물”이라 한다)를 분양받은 자가 이를 직접 사업시설용으로 사용하지 아니하고 임대(임대예정 포함)를 하자, 2024.2.6. 쟁점건축물에 대하여 처분청에 취득세 등 합계 OOO원을 수정신고·납부하였다.

다. 청구법인은 쟁점건축물에 대하여 추징사유가 발생한 것으로 오인하여 취득세 등을 수정신고를 하였으므로 이에 대하여 환급하여야 한다고 주장하면서, 2024.8.13. 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.10.4. 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.12.16. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

「지방세특례제한법」제58조의2 제1항의 규정은 ○○○센터 설립자를 수범자로 하는 규정으로 ○○○센터를 신축하거나 증축하여 사업시설용으로 직접 사용하거나 사업시설용으로 분양 또는 임대하려는 자에게 세제 혜택을 주어 ○○○센터를 원활하게 설립할 수 있도록 지원하려는 데 있고(대법원 2018.4.10. 선고 2017두74085 판결, 같은 뜻임), ○○○센터 설립자가 해당 ○○○센터를 사업시설용으로 분양·임대하기 위하여 취득하였다면 취득세 감면적용 대상이고 ○○○센터 설립자가 사업시설용 외 다른 용도로 분양·임대하지 않은 이상 ○○○센터 설립자에게 감경받은 취득세 등의 추징사유가 발생하였다고 볼 수 없다(조심 2021지745, 2021.10.20., 조심 2021지744, 2022.1.25., 조심 2022지129, 2022.4.12., 조심 2022지1039, 2022.10.14. 등 다수, 같은 뜻임).

청구법인은 쟁점건축물을 신축한 후 수분양자들에게 이를 분양하였고, 분양하면서 분양계약서·분양계약상담내역서·사업자등록증 등을 통하여 사업시설용으로 분양되었는지를 확인하였다.

그럼에도 불구하고, 일부 수분양자들이 쟁점건축물에 대한 잔금을 지급한 이후, 이를 제3자에게 임대를 하였는데, 이는 임대주체가 ○○○센터의 설립주체의 지위를 가지고 있는 청구법인이 임대를 한 것이 아니라 수분양자들이 잔금 지급일 이후에 임의로 제3자에게 임대한 것으로, 사후적으로 수분양자들이 다른 용도로 사용하였다는 이유로 이미 적법하게 분양된 OOO센터에 대하여 분양 잔금수령일로 소급하여 경정청구를 거부한 처분은 청구법인이 신탁의 관리·의무 밖의 법률관계에 대한 것까지 책임지라는 것으로 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 쟁점건축물을 임대하고자 하는 사업자에게 분양하였고, 해당 수분양자들이 취득 당시부터 쟁점건축물에 입주하지 아니하고 임대하거나 임대예정으로 수정신고 후 공실로 두고 있는 이상 다른 용도로 분양한 경우에 해당된다.

비록 분양계약 체결 당시 수분양자와 계약서나 입주업종 및 자격제한에 대한 확인서 등을 작성하였다고 하더라도 분양계약을 체결할 당시에는 수분양자가 쟁점건축물을 취득한 이후 실제 사용현황을 알 수 없을 뿐만 아니라 분양계약서는 청구법인과 수분양자들 간 당사자들의 합의에 따라 체결된 사법상 계약에 불과한 것이어서 언제든지 위배될 여지가 있다는 점(행정안전부 지방세특례제도과-798, 2020.4.8.)에서 관련법의 규정에 따라 입주자 모집공고를 하고 분양계약을 체결하고 확인서 등을 교부 수령하였다는 사실만으로는 쟁점건축물을 사업시설용으로 분양하였다고 볼 수는 없다.

계약서상 명시된 내용에 따라 청구법인은 수분양자의 실입주 여부를 비롯한 당해 분양 물건을 사업시설 용도로 사용하기 위한 계약사항 준수 여부를 사후 관리하여 이를 위반한 수분양자에 대항하여 대항력을 갖추고 있고, 청구법인이 수분양자로부터 사업자등록증을 징구하여 수분양자의 업종이 사업시설용 업종임을 확인하였다 하더라도 사업자 등록증의 업종은 사업자의 신청에 따라 기재되는 사항으로 이를 확인했다고 하여 청구법인이 사업시설용으로 적법하게 분양하기 위한 책임을 다하였다고 볼 수는 없는 점을 생각해 볼 때 청구주장대로 쟁점건축물을 사업시설용으로 적법하게 분양하였다고 볼 수 없다.

따라서, 쟁점건축물의 수분양자들이「지방세특례제한법」제58조의2 제2항에 따라 취득세 감면을 신청한 후 입주하지 아니하여 수정신고를 통해 당초 감면받은 취득세 등을 신고·납부하였으므로 청구법인에게도 동일하게 적용하여야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

○○○센터 설립자가 사업시설용으로 분양하였으나, 수분양자가 사업시설용 이외의 용도(임대, 임대예정)로 사용한 경우 기 감면받은 취득세 등을 추징하는 것이 타당한지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 주식회사 A는 2012.10.26. 부동산 개발 및 공급업 등을 목적으로 설립된 법인으로서, 2020.7.30. 이 건 토지를 취득하고 청구법인에게 신탁하였다.

(나) 청구법인은 2023.10.29. 이 건 토지에 이 건 ○○○센터(○○○센터, 지하 6층/지상 11층, 연면적 17,041.26㎡)을 취득(신축)한 후, 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고「지방세특례제한법」제58조의2 제1항에서 규정하는 ○○○센터 설립자에 대한 감면을 적용하여 산출한 취득세 등을 신고·납부하였다.

(다) 청구법인은 이 건 ○○○센터를 신축한 후, 수분양자들이 ○○○센터를「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의5에 따른 사업시설용으로 사용하는 것을 조건으로 분양하였고, 수분양자들로부터 해당 용도로 사용하겠다는 계약자 확인서, 사전입주조사서 및 확인사항을 받은 것으로 나타난다.

(라) 청구법인은 아래와 같이 쟁점건축물(이 건 ○○○센터 83개호 중 301호 등 50개호)을 분양받은 자가 이를 직접 사업시설용으로 사용하지 아니하고 임대(임대예정 포함)를 하자, 2024.2.6. 쟁점건축물에 대하여 처분청에 취득세 등 합계 OOO원을 수정신고·납부하였다.

＜쟁점건축물 임대 현황＞

○○○

(마) 청구법인은 쟁점건축물에 대하여 추징사유가 발생한 것으로 오인하여 취득세 등을 수정신고를 하였으므로 이에 대하여 환급하여야 한다고 주장하면서, 2024.8.13. 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.10.4. 이를 거부하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 수분양자가 사업시설용으로 입주하도록 할 의무를 게을리하였으므로 경정청구를 거부한 처분은 정당하다는 의견이나, 청구법인은 이 건 ○○○센터를 신축한 후, 수분양자들에게 ○○○센터를 사업시설용으로 사용하는 것을 조건으로 분양하였고, 수분양자들로부터 해당 용도로 사용하겠다는 계약자 확인서, 사전입주조사서 및 확인사항을 받은 것으로 확인되는 점, 청구법인이 사업시설용으로 분양한 83개호 중 다른 용도로 사용된 곳은 50개호로서, 수분양자의 잔금납부 등으로 소유권이 모두 이전된 이후 해당 시설이 제3자에게 임대(임대예정)되었으므로 청구법인이 수분양자가 사업시설용으로 입주하도록 할 의무를 게을리한 것으로 보기 어려운 점, 쟁점건축물의 소유권이 청구법인으로부터 수분양자로 이전된 이후 수분양자가 이를 사업시설용으로 직접 사용하지 않고 다른 용도로 사용하거나 임대하였다고 하여 책임을 분양자인 청구법인에게 묻는 것은 ○○○센터의 신축과 분양에 대한 책임과 한계를 넘어서는 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구법인이 쟁점건축물을 취득하고 사업시설용으로 분양하지 아니하거나 다른 용도로 사용한 것으로 보기 어려우므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법

제58조의2(○○○센터 등에 대한 감면) ①「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의2에 따라 ○○○센터를 설립하는 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2025년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.

1.「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 “사업시설용”이라 한다)으로 직접 사용하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업시설용으로 분양 또는 임대(「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업을 대상으로 분양 또는 임대하는 경우로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

가. 직접 사용하기 위하여 부동산을 취득하는 경우로서 다음의 어느 하나에 해당하는 경우

1) 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우

2) 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 사업시설용으로 직접 사용하지 아니한 경우

3) 해당 용도로 직접 사용한 기간이 4년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

나. 분양 또는 임대하기 위하여 부동산을 취득하는 경우로서 다음의 어느 하나에 해당하는 경우

1) 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우

2) 그 취득일부터 5년 이내에 사업시설용으로 분양ㆍ임대하지 아니하거나 다른 용도로 사용하는 경우

2. 과세기준일 현재 사업시설용으로 직접 사용하거나 그 사업시설용으로 분양 또는 임대 업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 해당 부동산에 대한 재산세 납세의무가 최초로 성립한 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감한다.

②「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의4에 따라 ○○○센터를 신축하거나 증축하여 설립한 자로부터 최초로 해당 ○○○센터를 분양받은 입주자(「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업을 영위하는 자로 한정한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 2025년 12월 31일까지 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

나. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 4년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

2. 과세기준일 현재 사업시설용으로 직접 사용하는 부동산에 대해서는 해당 부동산에 대한 재산세 납세의무가 최초로 성립한 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 2025년 12월 31일까지 경감한다.

(2) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률

제28조의5(○○○센터에의 입주) ① ○○○센터에 입주할 수 있는 시설은 다음 각 호의 시설로 한다.

1. 제조업, 지식기반산업, 정보통신산업, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사업을 운영하기 위한 시설

2.「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조제1항에 따른 벤처기업을 운영하기 위한 시설

3. 그 밖에 입주업체의 생산 활동을 지원하기 위한 시설로서 대통령령으로 정하는 시설

② 제1항 제1호에 따라 ○○○센터에 입주할 수 있는 시설의 범위 및 규모는 대통령령으로 정한다.

(3) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령

제36조의4(○○○센터에의 입주) ① 법 제28조의5 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 사업”이란 다음 각 호의 사업을 말한다.

1. 제6조 제2항 및 같은 조 제3항에 따른 ○○○ 및 정보통신산업

제6조(산업단지 입주자격) ② 법 제2조 제18호에서 “○○○”이란 창의적 정신활동에 의하여 고부가가치의 지식서비스를 창출하는 산업으로서 다음 각 호의 산업을 말한다.

1. 한국표준산업분류에 따른 연구개발업

2.「고등교육법」 제25조에 따른 연구소의 연구개발업

3.「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조 제1항 각 호에 따른 기관 또는 단체(같은 법 제6조 제1항 제3호에 따른 대학은 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 대학이나 「대학설립ㆍ운영 규정」 제2조의7에 따라 산업단지 안에서 운영하는 대학만 해당한다)의 연구개발업

가. 법 제2조 제8호의2에 따른 산학융합지구에 입주할 것

나. 건축연면적 2만제곱미터 이하일 것

다. 기업과의 공동연구를 위한 연구실, 연구개발을 위한 장비 지원시설 및 기업부설연구소를 위한 시설의 면적이 건축연면적의 100분의 50 이상을 차지할 것

4. 건축기술, 엔지니어링 및 그 밖의 과학기술서비스업

5. 광고물 작성업

6. 영화, 비디오물 및 방송프로그램 제작업

7. 출판업

8. 전문 디자인업

9. 포장 및 충전업

10. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 교육서비스업

가.「국민 평생 직업능력 개발법」 제2조 제3호에 따른 직업능력개발훈련시설에서 운영하는 경우

나. 제3호 각 목의 요건을 모두 갖춘 대학의 경우

다. 「대학설립ㆍ운영 규정」 제2조의7에 따라 산업단지 안에서 운영하는 대학의 경우

11. 경영컨설팅업(재정ㆍ인력ㆍ생산ㆍ시장 관리나 전략기획에 관한 자문업무 및 지원을 하는 기업체만 해당한다)

12. 번역 및 통역 서비스업

13. 전시 및 행사 대행업

14. 환경 정화 및 복원업

15. 영화, 비디오물 및 방송프로그램 제작 관련 서비스업

16. 음악 및 기타 오디오물 출판업

17. 시장조사 및 여론조사업

18. 사업 및 무형 재산권 중개업

19. 물품감정, 계량 및 견본 추출업

20. 무형재산권 임대업

21. 광고 대행업

22. 옥외 및 전시 광고업

23. 사업시설 유지관리 서비스업

24. 보안시스템 서비스업

25. 콜센터 및 텔레마케팅 서비스업

26.「이러닝(전자학습)산업 발전 및 이러닝 활용 촉진에 관한 법률」 제2조 제3호 가목에 따른 업(이 항 제7호, 제10호 또는 제3항 각 호에 따른 산업을 경영하는 입주기업체가 운영하는 경우로 한정한다)

27. 한국표준산업분류에 따른 그 외 기타 전문, 과학 및 기술 서비스업으로서 관리기관이 인정하는 산업. 이 경우 관리기관의 인터넷 홈페이지에 해당 산업을 게시해야 한다.

③ 법 제2조 제18호에서 “정보통신산업”이란 정보의 수집ㆍ가공ㆍ저장ㆍ검색ㆍ송신ㆍ수신 및 그 활용과 이에 관련되는 기기ㆍ기술ㆍ역무, 그 밖에 정보화를 촉진하기 위한 산업으로서 다음 각 호의 산업을 말한다.

1. 컴퓨터 프로그래밍, 시스템 통합 및 관리업

2. 소프트웨어 개발 및 공급업

3. 자료처리, 호스팅(서버 대여, 운영 등의 서비스를 말한다) 및 관련 서비스업

4. 데이터베이스 및 온라인 정보제공업

5. 전기 통신업