이유
1. 처분개요

가. 유한회사 A(이하 “체납법인”이라 한다)은 2012.4.18. 토목 공사업 등을 영위할 목적으로 설립되어 2024.9.19. 폐업하였고, 청구인 A 및 청구인 B(이하 “청구인들”이라 한다)은 체납법인의 발행주식 합계 66.96%(청구인 A 48.7%, 청구인 B 18.26%)를 보유한 과점주주들로서, 이들은 「국세기본법 시행령」 제20조에서 규정하는 ‘친족 기타 특수관계에 있는 자’에 해당한다.

나. 체납법인은 2022.9.2. 처분청에 매출세금계산서를 누락하였다는 이유로 2022년 제2기 부가가치세 OOO원(이하 “쟁점세액”이라 한다)을 수정신고 하였으나 이를 납부하지 않았고, 거래상대방인 C은 2022.9.7. 처분청에 매입세금계산서를 누락하였다 하여 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

다. C은 2022.9.7. 2022년 제1기 부가가치세 국세환급금을 체납법인에게 양도하는 양도요구서를 처분청에 제출하였는데, 처분청은 국세환급금 OOO원(이하 “쟁점환급금”이라 한다) 중 OOO원을 체납법인의 미납된 국세에 충당한 뒤 2022.11.4. 체납법인에게 환급하였다.

라. 처분청은 2022.12.1. 체납법인에게 쟁점세액을 납부·고지하였으나, 체납법인이 쟁점세액을 납부하지 않자, 2024.12.10. 청구인들을 체납법인의 제2차 납세의무자로 지정·납부고지하였다.

마. 청구인들은 이에 불복하여 2025.1.17. 이의신청을 거쳐 2025.4.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

(1) 처분청은 체납법인의 쟁점세액에 쟁점환급금을 강제로 충당하였어야 한다.

「국세기본법」 제51조 제2항은 “세무서장은 국세환급금에 관한 권리의 양도 요구가 있는 경우에 양도인 또는 양수인이 납부할 국세 및 강제징수비가 있으면 그 국세 및 강제징수비에 충당하고, 남은 금액에 대해서는 양도의 요구에 지체없이 따라야 한다”라고 규정하였는데, 이는 강행규정으로 보아야 한다. C은 체납법인에게 쟁점환급금을 양도하였는데, 처분청은 쟁점환급금을 체납법인이 납부할 국세에 충당하지 않았다. 처분청은 쟁점환급금 양도요구를 받은 즉시 체납법인에게 미납세액이 존재하는지 확인하여야 하고, 미납세액이 존재한다면 즉시 충당하였어야 하는데도 이를 하지 않았으므로 「국세기본법」 제51조 제2항을 위반하였고, 이는 강행규정이므로 처분청의 처분은 부당하다. 만약, 처분청이 C의 쟁점환급금 양도통지를 받고, 체납법인의 국세에 충당하였다면 체납법인의 체납세액이 줄어들고, 줄어든 체납세액만큼 청구인들에게 제2차 납세의무자 지정처분이 되는 세액이 줄어들게 된다.

(2) 쟁점세액은 「국세기본법」 제51조 제2항 제3호에서 말하는 세법에 따라 자진납부하는 국세에서 제외되어야 한다.

체납법인은 2022.9.2. 부가가치세를 수정신고하였으나 미납하였으므로 쟁점세액의 납부기한은 2022.9.2.이 되고, 납부기한이 지나면 납세자의 기한이익은 상실됨과 동시에 처분청은 고지할 권한이 생기므로 쟁점세액은 「국세기본법」 제51조 제2항 제3호에서 규정한 자진납부한 국세의 범위에서 제외되어야 한다. 쟁점세액이 자진납부한 국세에 포함되지 않는다면 같은 법 제51조 제2항 본문에 따라 처분청은 국세환급금으로 결정한 금액을 쟁점세액에 충당하였어야 하는데도 이를 하지 않은 위법이 있게 된다.

나.처분청 의견

(1) C이 쟁점환급금을 체납법인에게 양도하면서 체납법인의 쟁점세액에 충당하지 않은 것은 적법하다.

「국세기본법」 제53조는 양수인에게 환급금을 지급할 시 같은 법 제51조를 준용하도록 규정하였고, 같은 법 제51조는 환급금을 양도할 시 체납된 국세에 대해서만 충당을 강제하고 있으며 체납된 국세가 아닌 납부고지에 의하여 납부하는 국세, 세법에 따라 자진납부하는 국세에의 충당에는 납세자의 동의한 경우에만 하도록 규정하고 있다. C의 쟁점환급금 결정 당시, 쟁점세액은 고지된 세액도 아니었고, 체납법인의 국세환급금 충당요구도 없었다. 처분청은 C이 제출한 국세환급금 양도요구서 내용대로 쟁점환급금 중 체납법인의 체납세액에 충당하고 남은 금액을 체납법인에게 지급하였다. 「국세기본법」 제51조 제2항 단서조항은 충당에 동의하는 경우에만 충당할 수 있는데, 쟁점세액은 수정신고를 한 것으로, 세법에 따라 자진납부하는 국세이므로 체납법인의 동의가 있는 경우에만 충당할 수 있다. 체납법인은 쟁점세액의 충당에 대한 어떠한 의사표시도 하지 않았으므로 처분청은 쟁점환급금을 쟁점세액에 충당할 수 없었고, 쟁점환급금을 쟁점세액에 충당하여야 한다는 청구인들의 주장은 이유가 없다.

(2) 처분청이 「국세기본법」에 따라 청구인들을 체납법인의 제2차 납세의무자로 지정하여 납부고지한 처분은 적법하다.

청구인들은 친족관계에 해당하는 2촌(형제자매의 배우자)으로 특수관계자에 해당하고, 체납법인의 발행주식을 66.96% 소유하다가 2022.8.30. 주식을 D 외 1인에게 양도하였다. 청구인들은 2019.3.21.∼2022.3.21. 기간 동안 체납법인의 사내이사로 재직하였고, 청구인 A는 2019.3.21.∼2022.08.30. 기간 동안 대표이사로 재직하였으며, 청구인 A가 과거 체납법인과 동일 업종을 경영했다는 점, 법인 소유 부동산을 청구인 B의 배우자에게 양도했다는 점, 주주명의 도용 등 청구인들이 쟁점법인의 실제 주주가 아닌 형식적인 주주에 불과하다라고 볼 만한 객관적인 증빙도 없는 점, 청구인들이 쟁점법인의 이사로 재직한 사실이 확인되는 점 등에 비추어 2022년 제1기 부가가치세 납세의무 성립일 당시 청구인들은 법인에 경영에 지배적인 영향력을 끼쳤다고 보아야 한다. 따라서 쟁점법인의 재산으로 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우로 보아 2022.6.30. 납세의무 성립일 당시 과점주주에 해당하는 청구인들을 쟁점법인의 제2차 납세의무자로 지정한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인들을 체납법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정·납부고지한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제39조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주 또는 제3호에 따른 과점조합원의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주 또는 과점조합원이 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액(제3호 단서의 경우 그 부족한 금액과 과점조합원 간에 정한 손익분배비율을 곱한 금액으로 한다)을 한도로 한다.

1. 무한책임사원으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원

가. 합명회사의 사원

나. 합자회사의 무한책임사원

제51조(국세환급금의 충당과 환급) ① 세무서장은 납세의무자가 국세 및 강제징수비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액(세법에 따라 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있을 때에는 공제한 후에 남은 금액을 말한다)이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부·이중납부로 인한 환급청구는 대통령령으로 정하는 바에 따른다.

② 세무서장은 국세환급금으로 결정한 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 다음 각 호의 국세 및 강제징수비에 충당하여야 한다. 다만, 제1호(「국세징수법」 제9조에 따른 납부기한 전 징수 사유에 해당하는 경우는 제외한다) 및 제3호의 국세에의 충당은 납세자가 그 충당에 동의하는 경우에만 한다.

1. 납부고지에 의하여 납부하는 국세

2. 체납된 국세 및 강제징수비(다른 세무서에 체납된 국세 및 강제징수비를 포함한다)

3. 세법에 따라 자진납부하는 국세

④ 납세자가 세법에 따라 환급받을 환급세액이 있는 경우에는 그 환급세액을 제2항 제1호 및 제3호의 국세에 충당할 것을 청구할 수 있다. 이 경우 충당된 세액의 충당청구를 한 날에 해당 국세를 납부한 것으로 본다.

제53조(국세환급금에 관한 권리의 양도와 충당) ① 납세자는 국세환급금에 관한 권리를 대통령령으로 정하는 바에 따라 타인에게 양도할 수 있다.

② 세무서장은 국세환급금에 관한 권리의 양도 요구가 있는 경우에 양도인 또는 양수인이 납부할 국세 및 강제징수비가 있으면 그 국세 및 강제징수비에 충당하고, 남은 금액에 대해서는 양도의 요구에 지체 없이 따라야 한다.

(2) 국세기본법 시행령

제18조의2(짜고 한 거짓 계약으로 추정되는 계약의 특수관계인의 범위) 법 제35조 제6항 각 호 외의 부분 후단에서 “특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자”란 해당 납세자와 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

1. 친족관계

2. 경제적 연관관계

3. 경영지배관계 중 제1조의2 제3항 제1호 가목 및 같은 항 제2호 가목 및 나목의 관계. 이 경우 같은 조 제4항을 적용할 때 같은 항 제1호 가목 및 제2호 나목 중 “100분의 30”은 “100분의 50”으로 본다.

제20조(출자자의 제2차 납세의무의 적용 범위) ② 법 제39조 제2호 각 목 외의 부분에서 “특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자”란 해당 주주 또는 법 제39조 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원과 제18조의2 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

제43조의4(국세환급금의 양도) ① 법 제53조에 따라 국세환급금에 관한 권리를 타인에게 양도하려는 납세자는 세무서장이 국세환급금통지서를 발급하기 전에 다음 각 호의 사항을 적은 문서로 관할 세무서장에게 양도를 요구하여야 한다.

1. 양도인의 주소와 성명

2. 양수인의 주소와 성명

3. 양도하려는 권리의 내용

다. 사실관계 및 판단

(1)청구인들과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 체납법인은 2012.4.18. 토목 공사업 등을 영위할 목적으로 설립되었으나, 2024.9.19. 폐업하였다. A는 2019.3.21.∼2022.8.30. 기간 동안 체납법인의 대표이사였으나, D은 2022.8.30. 체납법인의 대표이사로 취임한 뒤 현재까지 대표이사로 등기되어 있다.

＜표1＞ 체납법인의 임원 현황

ㅇㅇㅇ

(나) 체납법인의 주주인 B·E·A는 2022.8.30. F·D에게 115,000주를 양도하였는데, 구체적인 체납법인 주식변동 내역은 아래 ＜표2＞와 같고, 납세의무 성립일(2022.6.30.) 당시 과점주주인 A와 B의 지분은 66.96%이다.

＜표2＞ 체납법인 주식변동 내역(2022사업연도)

ㅇㅇㅇ

(다) 체납법인은 2022.9.2. 처분청에 2022년 제2기 부가가치세 OOO원을 수정신고하였으나, 위 납부세액 중 OOO원을 납부하지 않아 체납하였다.

(라) 한편, C은 2022.9.7. 처분청에 쟁점환급금의 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 같은 날 처분청에 쟁점환급금을 체납법인에게 양도한다는 내용의 양도요구서를 제출하였다. 처분청은 쟁점환급금 OOO원 중 OOO원을 미납된 국세에 충당한 뒤 이를 2022.10.28. 체납법인에게 통지하였고, 2022.11.4. 체납법인에게 환급하였다.

(마) 처분청은 2024.12.10. 청구인들에게 체납법인의 위 체납세액(OOO원, 가산세 포함) 중 청구인들의 지분율에 상응하는 2022년 제2기 부가가치세를 부과하였는데, 그 구체적인 내용은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 체납법인의 체납으로 인한 청구인들의 제2차 납세의무 요약

ㅇㅇㅇ

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인들은 처분청이 쟁점환급금을 쟁점세액에 충당하지 않았으므로 이를 전제로 한 제2차 납세의무자 지정 및 납부고지처분이 위법하다고 주장하나, 「국세기본법」 제51조 제2항은 체납된 국세가 아닌 세법에 따라 자진 납부하는 국세에의 충당은 납세자가 동의한 경우에만 한다고 규정하고 있는 점, C이 쟁점환급금을 양도하여 체납법인이 이를 환급받은 시점에는 체납법인에게 체납액이 없었던 점, 체납법인은 부가가치세를 수정신고하였는데, 이는 「국세기본법」 제51조 제2항 제3호에서 규정한 세법에 따라 자진 납부하는 국세이므로 처분청이 체납법인의 동의 없이 강제로 충당할 수 없는 것인 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.