이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2022.7.26. 서울특별시 종로구 OOO 토지 및 그 지상 건물(이하 “이 건 부동산”이라 한다)을 OOO원에 취득하고, 「지방세특례제한법」제50조 제1항에 따라 종교단체가 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등을 면제받았다.

나. 처분청은 2024.1.8. 청구법인이 이 건 부동산 중 지하 1층 89.44㎡ 부분(이하 “쟁점부동산”이라 한다)에 대하여 이 건 부동산을 매수할 당시 쟁점부동산 부분을 임차하고 있었던 AAA(이하 “이 건 임차인”이라 한다)과 임대차계약을 갱신한 사실을 확인하고, 청구법인이 쟁점부동산을 수익사업에 사용하여 「지방세특례제한법」제50조 제1항 제1호에 따른 추징사유가 발생한 것으로 보아, 2024.5.9. 청구법인에게 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.7.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 이 건 부동산을 취득하면서 이 건 부동산에 입점해 있던 임차인들과 계약을 종료시키려 하였으나, 이 건 임차인이 이를 거부하여 「상가건물임대차보호법」에 따라 임대차계약을 갱신할 수밖에 없었다.

(가) 청구법인이 2022년 7월경 이 건 부동산을 취득할 당시 전 소유자와 이 건 부동산에 대하여 임대차계약을 체결한 두 개의 업체(BBB학원과 CCC)가 있었다. 청구법인은 이 건 부동산을 취득한 후 종교목적으로 사용하여야 했고, 수익사업을 영위하지 않았기에, 임차인들에게 임대차계약을 해지해 줄 것을 요청하였으나, 임차인들은 「상가건물임대차보호법」을 근거로 이를 거부하였다.

(나) 이에 청구법인은 임대차계약을 승계하는 것으로 하여 이 건 부동산을 취득할 수밖에 없었으나, 이 건 부동산을 교회로 이용하여야 하는 청구법인으로서는 더 큰 면적을 차지하는 BBB학원(166.45㎡)은 반드시 임대차계약을 해지하여야 했다. 이에 따라 청구법인은 2022.8.6. BBB학원을 운영하는 임차인에게 보상금으로 OOO원을 지급하기로 하고 임대차계약을 중도에 해지하는 것으로 합의하였다.

(다) 그러나, CCC를 운영하고 있는 이 건 임차인의 경우 청구법인의 제안을 거부하였다. 이 건 임차인은 이 건 부동산 매도인과 2018.7.16.부터 2019.7.15.까지 기간으로 하여 쟁점부동산을 임차하기로 하는 계약을 체결하였고, 그 이후 「상가건물임대차보호법」에 따라 2019년부터 매년 임대차계약이 갱신되었다. 청구법인은 이 건 임차인과 매도인 사이에 2022.7.16. 임대차계약이 다시 한번 갱신된 상태에서, 2022.7.26. 이 건 부동산을 취득하였다.

그런데, 이 건 임차인은 청구법인에게 임대차계약을 종결시키는 대가로 OOO원의 보상금을 요구하였는데, 청구법인은 위 금액을 감당할 수 없었다. 결국, 청구법인으로서는 이 건 임차인의 「상가건물임대차보호법」에 따른 갱신요구권을 거절할 수 있는 법적인 근거가 없었고, 임차인이 요구하는 매우 높은 보상금을 지급할 능력도 없어, 2023.6.15. 임대차계약을 재차 갱신할 수밖에 없었다.

(라) 이후 청구법인은 2023.11.22. 처분청에게 이 건 부동산을 지하 1층, 지상 4층 제2종근린생활시설(종교집회장)으로 개축하는 건축허가를 신청하였으며, 2023.12.29. 처분청으로부터 건축인허가를 받았다.

청구법인은 건축허가를 득하고, 이 건 임차인에게 2024.1.9. 내용증명을 발송하여 건축허가를 받아 더 이상 임대차갱신을 하지 못한다는 취지를 통보하였다.

한편, 청구법인은 이 건 임차인이 지급한 임차료까지도 전혀 사용하지 않고, 이 건 임차인의 퇴거비로 지급하기 위해 통장에 모아두고 있는 상황이다.

(2) 이처럼, 청구법인은 「상가건물임대차보호법」에 따라 이 건 임차인과 임대차계약을 갱신할 수밖에 없었던 것이며, 쟁점부동산의 차임을 사용한 사실이 없고, 이 건 임차인에게 차임이나 보증금을 증액해달라는 요청을 한 사실도 없으므로, 청구법인이 쟁점부동산을 수익사업에 사용하였다고 볼 수 없다.

(가) 「상가건물임대차보호법」은 임차인을 보호하기 위하여 제10조에서 임차인이 임대차기간이 만료되기 6개월 전부터 1개월 전까지 사이에 계약갱신을 요구할 경우 정당한 사유 없이 거절하지 못한다고 규정하고 있다. 그리고 임차인은 위 갱신요구권을 최초 임대차 기간부터 10년간 행사할 수 있다(제10조 제2항). 반면 임대인인 청구법인으로서는 법에 정해져 있는 거부사유가 없는 한 갱신요구를 거절할 수 없다.

(나) 청구법인은 이 건 임차인에게 임대차계약의 종료를 요청하였으나, 이 건 임차인은 청구법인이 감당하기 어려운 보상금을 요구하며 「상가건물임대차보호법」에 따라 계약갱신을 계속 요청하고 있는 상황이며, 청구법인은 위 법령에 정한 예외 사유에 해당하지 아니하여, 이 건 임차인의 갱신요구에 응할 수밖에 없었던 상황이다.

(다) 한편, 청구법인은 쟁점부동산을 수익사업용으로 사용하지 않고 있었기에, 이 건 임차인에게 별도로 차임이나 보증금을 증액해달라는 요청을 하지 아니하고, 기존 임대차계약 내용과 동일하게 계약을 연장하였다.

(라) 결국, 청구법인과 같이 쟁점부동산을 취득한 후 임대차계약을 종결시키기 위하여 최선의 노력을 다하였으나, 이 건 임차인이 이를 거부하고 「상가건물임대차보호법」에 따른 갱신요구권을 행사함에 따라, 어쩔 수 없이 임대차계약을 갱신한 경우라면, 또한 청구법인이 보증금이나 차임을 증액한 사실도 없다면, 청구법인이 부동산임대업 등 수익사업을 영위하였다고 보기 어렵다 할 것이므로, 이 건 취득세 등 부과처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

비영리사업자는 부동산 취득과 관련하여 그 부동산이 공익적 목적에 사용될 것이라는 것을 전제로 취득세 등을 면제받고 3년의 유예기간 부여라는 혜택까지 받게 되므로 3년의 유예기간 동안에도 해당 부동산을 원래의 공익적 목적을 위하여만 사용하여야 한다고 보는 것이 타당한바, 임대차계약을 체결하여 스스로 임대인으로서 권리를 취득하고 의무를 부담하는 행위를 한 것은 이미 존재하는 의무를 승계한 것과 동일하다고 볼 수는 없고, 임대차계약을 체결하고 임차인으로부터 차임을 얻을 수 있는 권리를 취득함으로써 수익사업을 개시하였으므로 이는 지방세법령에서 의미하는 수익사업에 해당한다(대법원 2015.5.14. 선고 2015두35888 판결 참조).

청구법인의 경우, 이 건 부동산 취득 당시부터 쟁점부동산을 종교목적에 사용하고자 하였으나, 「상가건물임대차보호법」에 따라 어쩔 수 없이 임대차계약을 갱신한 것이라고 주장하나, 청구법인은 이 건 부동산에 임차인이 존재하였던 사실은 이 건 부동산을 취득하기 전부터 알고 있었고, 이 건 부동산 취득 후 기존 임차인과 명도 협의가 진행될 것이라는 합리적인 기대를 할 수 있는 근거가 없음에도, 이 건 부동산 매매계약 체결 시 임차인들과의 명도협의를 매도인의 책임으로 하지 않고, 청구법인이 임대차보증금을 공제하고 잔금을 지급하기로 한 점, 이 건 임차인과 임대차계약을 체결할 때 향후 재건축 진행시 임대차계약을 갱신하지 않기로 하는 등의 내용 없이 통상적인 임대차계약 갱신을 한 것으로 보이는 점 등을 고려하면, 청구법인은 사실상 쟁점부동산에서 수익사업인 임대업을 운영한 것이라고 봄이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산을 수익사업에 사용한 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구법인은 2022.7.26. 이 건 부동산을 OOO원에 매매로 취득하고, 같은 날 「지방세특례제한법」제50조 제1항에 따라 종교단체가 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등을 면제받았다.

(나) 청구법인은 이 건 부동산 매매계약 체결 당시 다음과 같은 특약사항을 매매계약서에 기입하였다.

＜특약사항＞

1. 현장답사, 등기부등본 확인 후 쌍방 합의 계약임

2. 임대차보증금 총 OOO원은 공제하고 지급한다.

3. 하자부분은 매도인이 명도이전에 보수하기로 한다.

(다) 청구법인이 이 건 부동산을 취득할 당시 매도인과 아래 ＜표＞와 같이 임대차계약이 체결되어 있었다.

＜표＞ 2022.7.26. 당시 임대차계약 체결 현황

(단위 : 원)

○○○

(라) 청구법인은 2022.8.6. BBB학원 임차인과 임대차계약을 종결하고, 2022.12.6.까지 이 건 부동산 1층, 2층을 명도하는 대가로 OOO원을 지급하기로 하는 중도해지 합의서를 작성하였다.

(마) BBB학원을 운영하던 임차인은 2022년 10월 경 이 건 부동산 중 1층과 2층을 청구법인에게 명도하였고, 청구법인은 해당 장소에서 교회 비전센터를 운영하고 있다.

(바) 청구법인은 2022.8.30. 이 건 임차인에게 아래와 같은 문서를 발송하였다.

＜부동산 임대차 계약 관련 문서＞

○○○

(사) 녹취록에 따르면, 청구법인은 2023.1.18. 이 건 임차인과 전화통화로 임대차계약 해지에 관한 협의를 하였으나, 이 건 임차인은 퇴거 합의금으로 청구법인에게 최종 OOO원을 요구하여, 결국 합의에 이르지 못한 사실이 확인된다.

(아) 청구법인은 결국 쟁점부동산에 대하여 2023.6.15. 기존 계약과 동일한 내용으로 임대차계약을 갱신하기로 하는 임대차계약을 체결하였는데 그 당시 추가된 내용은 아래와 같다.

＜임대차계약서 추가 기재 사항＞

(계약연장) 청구법인과 이 건 임차인(CCC)은 2023.7.16.∼2024.7.15.까지

(1년간) 임차료를 5% 인상하지 않고 당초 계약 내용을 그대로 적용하여 연장하기로 한다.

2023.6.15.

(자) 청구법인은 2022.11.22. 처분청에 건축허가 신청을 하였고, 처분청은 2023.12.29. 건축허가 통보를 하였다. 이에 청구법인은 2024.1.4. 이 건 임차인에게 향후 임대차계약을 갱신할 수 없음을 통지하였으나, 이 건 임차인은 2024.1.9. 청구법인에게 내용증명을 발송하여 임대차 갱신요구권을 행사할 예정이며, 퇴거 요청시에는 보상금을 지급할 것을 요구하였다.

＜2023.1.18.자 녹취록 내용 중 발췌＞

○○○

(차) 청구법인은 2024.3.12. 이 건 임차인을 상대로 서울중앙지방법원에 쟁점부동산에 대한 점유이전금지 가처분을 신청하였고, 서울중앙지방법원은 2024.3.26. OOO호로 청구법인의 점유이전금지 가처분 신청을 인용하였으며, 청구법인은 2024.6.11. 이 건 임차인을 상대로 쟁점부동산을 인도하라는 취지의 소송을 제기하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 이 건 임차인과 임대차계약을 갱신함으로써 쟁점부동산을 수익사업에 사용하였으므로 「지방세특례제한법」제50조 제1항 제1호에 따른 추징사유가 발생하였다는 의견이다.

그러나, 부동산의 임대행위가 지방세법령상 수익사업으로서 부동산임대업에 해당하는지 여부는 그 임대행위가 수익을 목적으로 함은 물론, 그 규모·횟수·태양 등에 비추어 사업활동으로 볼 수 있을 정도로 계속성과 반복성이 있는지 여부를 고려하여 사회통념에 비추어 가려야 할 것이므로, 일부가 임대되어 있는 부동산을 매수하여 스스로 새로이 계속 반복하여 임대할 의사가 없이 기존의 임대차관계가 종료되는 대로 자신이 사용할 의사로 임대인의 지위를 승계하였을 뿐인 경우에는 부동산임대 자체를 계속적·반복적으로 사업을 하는 것이라고 하기는 어려워 이를 수익사업을 영위하는 것으로 볼 수 없다(대법원 1995.6.30. 선고 94누14575 판결, 같은 뜻임).

청구법인의 경우 이 건 부동산을 취득하면서 이 건 임차인과 종전 임대차계약을 갱신하였다고는 하나, 청구법인은 쟁점부동산을 종교목적에 사용하기 위하여 이 건 임차인에게 OOO원이라는 보상금을 지급하겠다는 의사표시를 하였음에도 불구하고, 이 건 임차인이 이를 거부하고 「상가건물임대차보호법」제10조 제1항에 따른 계약갱신을 요구하여, 청구법인으로서는 어쩔 수 없이 임대차계약을 갱신할 수밖에 없었던 것으로 보이는 점, 청구법인은 「상가건물임대차보호법」제10조 제1항 단서가 정한 임대차계약 갱신을 거절할 수 있는 예외사유에 해당하지 않는 점, 청구법인은 이 건 임차인과 임대차계약을 갱신하면서 보증금과 임대료를 증액한 사실이 없는 점, 청구법인은 쟁점부동산을 명도받기 위하여 명도소송을 제기하는 등 쟁점부동산을 종교목적으로 직접 사용하기 위하여 최선의 노력을 다하였다고 보이는 점 등에 비추어, 설령 청구법인이 쟁점부동산에 대한 임대차계약을 갱신하여 임대료 수입을 얻었다 하더라도 이는 「상가건물임대차보호법」에 따라 종전 임대차계약을 갱신함에 따라 발생한 것에 불과하고, 청구법인이 계속적·반복적으로 임대사업을 영위하기 위한 것으로 보기 어려우므로, 청구법인이 수익사업을 영위하는 것으로 보기는 어렵다고 판단된다.

그러므로, 청구법인에게 「지방세특례제한법」제50조 제1항 제1호에 따른 추징사유가 발생한 것으로 보아, 처분청이 취득세 등을 부과한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세법

제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제) ① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우

(2) 상가건물 임대차보호법

제3조(대항력 등) ① 임대차는 그 등기가 없는 경우에도 임차인이 건물의 인도와 「부가가치세법」 제8조, 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조에 따른 사업자등록을 신청하면 그 다음 날부터 제3자에 대하여 효력이 생긴다.

② 임차건물의 양수인(그 밖에 임대할 권리를 승계한 자를 포함한다)은 임대인의 지위를 승계한 것으로 본다.

③ 이 법에 따라 임대차의 목적이 된 건물이 매매 또는 경매의 목적물이 된 경우에는 「민법」 제575조 제1항ㆍ제3항 및 제578조를 준용한다.

④ 제3항의 경우에는 「민법」 제536조를 준용한다.

제10조(계약갱신 요구 등) ① 임대인은 임차인이 임대차기간이 만료되기 6개월 전부터 1개월 전까지 사이에 계약갱신을 요구할 경우 정당한 사유 없이 거절하지 못한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나의 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 임차인이 3기의 차임액에 해당하는 금액에 이르도록 차임을 연체한 사실이 있는 경우

2. 임차인이 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 임차한 경우

3. 서로 합의하여 임대인이 임차인에게 상당한 보상을 제공한 경우

4. 임차인이 임대인의 동의 없이 목적 건물의 전부 또는 일부를 전대(轉貸)한 경우

5. 임차인이 임차한 건물의 전부 또는 일부를 고의나 중대한 과실로 파손한 경우

6. 임차한 건물의 전부 또는 일부가 멸실되어 임대차의 목적을 달성하지 못할 경우

7. 임대인이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사유로 목적 건물의 전부 또는 대부분을 철거하거나 재건축하기 위하여 목적 건물의 점유를 회복할 필요가 있는 경우

가. 임대차계약 체결 당시 공사시기 및 소요기간 등을 포함한 철거 또는 재건축 계획을 임차인에게 구체적으로 고지하고 그 계획에 따르는 경우

나. 건물이 노후ㆍ훼손 또는 일부 멸실되는 등 안전사고의 우려가 있는 경우

다. 다른 법령에 따라 철거 또는 재건축이 이루어지는 경우

8. 그 밖에 임차인이 임차인으로서의 의무를 현저히 위반하거나 임대차를 계속하기 어려운 중대한 사유가 있는 경우

② 임차인의 계약갱신요구권은 최초의 임대차기간을 포함한 전체 임대차기간이 10년을 초과하지 아니하는 범위에서만 행사할 수 있다.

③ 갱신되는 임대차는 전 임대차와 동일한 조건으로 다시 계약된 것으로 본다. 다만, 차임과 보증금은 제11조에 따른 범위에서 증감할 수 있다.

④ 임대인이 제1항의 기간 이내에 임차인에게 갱신 거절의 통지 또는 조건 변경의 통지를 하지 아니한 경우에는 그 기간이 만료된 때에 전 임대차와 동일한 조건으로 다시 임대차한 것으로 본다. 이 경우에 임대차의 존속기간은 1년으로 본다.

⑤ 제4항의 경우 임차인은 언제든지 임대인에게 계약해지의 통고를 할 수 있고, 임대인이 통고를 받은 날부터 3개월이 지나면 효력이 발생한다.