이유
1. 처분개요

가. 처분청은 청구법인의 대표이사 a(개명 전 이름 ‘b’)이 농업회사법인 A 주식회사(이하 “쟁점농업법인”이라 한다)의 발행주식 80,000주 중 10,400주(지분율 13%)를 보유하고 있는 상태에서 2022.12.31. 주주 c(이하 “종전주주”라 한다)으로부터 a(b)이 20,000주(지분율 25%), 청구법인이 16,000주(지분율 20%, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 각각 취득하여 a(b)과 청구법인이 최초로 과점주주(13% → 58%)가 되었음에도 취득세 등을 신고·납부하지 아니한 사실을 확인한 후,

2024.7.12. 쟁점농업법인의 취득세 과세대상 물건의 장부가액(OOO원)에 청구법인이 취득한 쟁점주식의 비율(20%)을 곱한 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 부과·고지 하였다.

＜표1＞ 쟁점농업법인의 주식 등 변동상황명세서(2022년)

(단위 : 주, %)

주주 등

기초(2022.1.1.)

변동 주식수

기말(2022.12.31.)

지배주주

와의 관계

주식수

지분율

양수

양도

주식수

지분율

합계

80,000

100

36,000

36,000

80,000

100

a

(b)

10,400

13

20,000

-

30,400

38

본인

청구법인

-

-

16,000

-

16,000

20

특수관계법인

c

(종전 주주)

36,000

45

36,000

-

-

기타

d

20,000

25

20,000

25

e

1,600

2

1,600

2

f

4,000

5

4,000

5

g

8,000

10

8,000

10

나. 청구법인은 이에 불복하여 2024.10.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 「지방세법」제7조 제5항의 과점주주에게 취득세 납세의무를 부여하는 것이 실질과세원칙에 부합된다면 법인의 과점주주에게 지방소득세의 납세의무도 부여함이 타당할 것이나, 「지방세법 시행령」제10조의2에서는 과점주주에 대하여 지방소득세의 납세의무를 부여하지 않고 있고,

과점주주인 상태에서 법인이 부동산 등을 새롭게 취득하는 경우에는 부동산 등에 대한 실질적인 소유권을 가지고 있는 과점주주에게 취득세를 부과하지 않으며,

이는 법인의 부동산 등의 관리 및 처분권을 실질적으로 취득한 것으로 보아 취득세 납세의무를 부여하는 것이 정당하다고 한다면, 과점주주인 상태에서 법인이 신규로 부동산 등을 취득하는 경우에도 취득세 등을 부과하여야 함이 타당할 것임에도 그렇지 않다는 것은 실질과세원칙이 과점주주 취득세 과세의 근거가 될 수 없다.

(2) 「지방세법」제7조 제5항은 과점주주가 되는 때에 법인의 부동산 등을 실질적으로 취득하는 것으로 보아 취득세의 납세의무를 부여하고 있으나, 과점주주 지분 내에서 과점주주 간에 지분의 양도, 증여, 상속에 대하여 최대주주가 변동하여도 취득세를 부과하고 있지 아니함에도 과점주주 이외의 자가 지분을 매수하여 새로운 과점주주가 되는 경우에는 취득세를 부여하는 것은 개인별 과세원칙의 관점에서 살펴보면 공평과세의 원칙에도 위배된다.

(3) 2021.8.20. 설립한 청구법인은 최초 설립 당시 대표이사였던 a(b)이 청구법인의 지분 100%를 소유하였고, 2021년 12월에 a(b)이 자신의 지분 전부를 액면금액으로 h에게 양도하여 주주가 변동되었으나,

청구법인은 2021년도에 사업 실적이 없어 법인세 신고를 하지 않아 주식변동에 대한 신고를 하지 못하였으며, 2022년도 법인세 신고 당시에도 2022년도 중 청구법인의 주식변동상황이 없었기에 주식변동상황명세서를 제출하지 아니하여 국세청에 청구법인의 주주현황은 설립당시 주주현황으로 보고되어 있다.

이와 같은 상황에서 국세청에 청구법인의 주주현황이 법인설립시 주주 a(b) 1인으로 되어 있었고, 처분청은 이러한 해당 자료를 기준으로 청구법인을 a(b)의 특수관계자로 보아 쟁점농업법인에 대한 과점주주 여부를 판단하였으나,

2022년 1월 청구법인의 최대주주는 a(b)이 아닌 h이고, a(b)과 청구법인은 특수관계자의 범위에 해당하지 아니한다 할 것임에도 청구법인을 쟁점농업법인의 과점주주로 간주하여 이 건 취득세 등을 부과하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인이 쟁점농업법인의 쟁점주식 취득일(2022.12.31.) 현재 청구법인과 a(b)은 특수관계자의 범위에 해당한다 할 것임이므로, 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 아래와 같은 이유로 적법하다.

(1) 쟁점농업법인의 주식등변동상황명세서에 의하면, 청구법인의 대표이사 a(b)은 쟁점농업법인의 발행주식 10,400주(13%)을 소유하고 있는 상태에서 2022.12.31. 종전주주로부터 a(b)이 20,000주(25%)를, a(b)의 특수관계법인인 청구법인이 16,000주(20%)를 취득하여 쟁점농업법인의 주식 58%를 보유한 최초의 과점주주가 되어 과점주주 취득세 납세의무가 성립하였다.

(2) 청구법인은 2021.12.10. a(b)이 청구법인의 주식을 h에게 모두 양도하여 쟁점주식 취득일 현재 a(b)과 청구법인은 특수관계가 아니라고 주장하나,

청구법인의 2021사업연도 및 2022사업연도 주식등변동상황명세서에서 a(b)이 청구법인의 주식 100%를 소유하고 있는 사실이 확인되고 있고, 쟁점농업법인의 2022사업연도 주식등변동상황명세서에 지배주주인 a(b)과 청구법인의 관계를 특수관계법인으로 신고하였으며,

a(b)은 청구법인의 설립 시부터 현재까지 대표이사로 등재되어 있어 법인의 의사결정에 실질적으로 관여할 수 있는 지위에 있었던 것으로 보일 뿐만 아니라, 청구법인이 제출한 a(b)과 h의 주식 매매(양수도)계약서 등은 공증을 받은 것이 아니어서 객관적인 자료로 보기는 어렵다.

(3) 아울러, 지방소득세와 취득세는 별개의 세목으로 과점주주에 대한 취득세 납세의무가 있다 하여 지방소득세도 납세의무를 부여하여야 하는 것은 아니다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인을 쟁점농업법인의 과점주주로 보아 이 건 취득세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 쟁점농업법인은 “농축산업의 경영”, “집단재배 및 공동작업에 관한 사업” 등을 목적으로 하여 2014.9.18. 설립되었으며, 대표이사는 a(b)인 것으로 나타난다.

＜표2＞ 쟁점농업법인 현황(일부 발췌)

○ ○ ○

(나) 청구법인은 “건강식품 연구개발업”, “건강식품 유통 및 도매업” 등을 목적으로 하여 2021.8.4. 설립되었으며, 대표이사는 a(b)인 것으로 나타나며, 청구법인의 2021~2022사업연도 주식등변동상황명세서에 따르면, a(b)이 청구법인의 발행주식 총수인 1,000주(지분율 100%)를 소유하고 있고, 주식변동상황 등은 없는 것으로 확인된다.

＜표3＞ 청구법인 현황(일부 발췌)

○ ○ ○

(다) 쟁점농업법인의 주식변동상황명세(2022.1.1. ~ 2022.12.31.)에 따르면, 쟁점농업법인의 주주는 위 ＜표1＞과 같이 변동되었으며, 청구법인의 대표이사 a(b)은 쟁점농업법인의 발행주식 80,000주 중 10,400주(지분율 13%)를 보유하고 있는 상태에서 2022.12.31. 종전주주(c)로부터 a(b) 20,000주(25%), 청구법인 16,000주(20%, 쟁점주식)를 각각 취득하여 80,000주 중 36,000주를 소유한 과점주주(13% → 58%)가 된 것으로 나타난다.

(라) 쟁점농업법인의 2022년 재무상태표, 유형자산 감가상각비 명세서 및 계정별원장등에 의하면, 청구법인이 과점주주가 될 당시인 2022.12.31. 현재 쟁점농업법인의 취득세 과세대상 물건의 장부상 가액은 OOO원인 것으로 나타난다.

＜표4＞ 쟁점농업법인의 유형자산 내역(2022.12.31. 현재)

(단위 : 원)

○ ○ ○

(마) (청구법인 제출자료) 청구법인은 대표이사 a(b)이 2021.12.10. 청구법인의 주식 1,000주(지분율 100%)를 h에게 매도하였다고 주장하며, 주식매매(양수도)계약서(계약일 2021.12.10.) 및 주주명부(작성일 2021.12.31.), a(b)의 증권거래세 및 양도소득세 기한 후 신고서(2024.6.5.) 등의 자료를 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 「지방세법」제7조 제5항에 따른 과점주주에 해당하는지 여부를 판단함에 있어서 주식의 소유사실은 과세관청이 주주명부나 주식이동상황명세서 또는 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 입증하면 되고, 다만 위 자료에 비추어 일견 주주로 보이는 경우에도 실은 주주명의를 도용당하였거나 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수는 없으나 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 입증하여야 한다(대법원 2004.7.9. 선고 2003두1615 판결 등 참조) 할 것이며,

이에 해당하는지 여부 등은 당해 주식이나 지분의 취득 경위와 목적, 취득자금의 출처, 그 관리와 처분과정, 귀속명의자의 능력과 그에 대한 지배관계 등 제반 사정을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다(대법원 2012. 1. 19. 선고 2008두8499 전원합의체 판결, 대법원 2008. 10. 23. 2006두19501 판결 등 참조) 할 것인바,

청구법인은 대표이사 a(b)이 청구법인의 주식 1,000주(지분율 100%)를 2021.12.10. h에게 사실상 매도하였으므로, 청구법인과 a(b)은 특수관계자의 범위에 해당하지 아니한다고 주장하지만,

청구법인이 제시하고 있는 주식매매(양수도)계약서 및 주주명부 등은 공증 등이 되어 있지 아니할 뿐만 아니라, 주식 매매(양수도) 등을 뒷받침할 만한 계좌거래 내역 등의 자료는 제출하지 아니하지 아니하고 있으므로 이를 객관적인 입증자료로 보기는 어려워 보이는 점, 쟁점농업법인의 주식등변동상황명세서(2022.12.31. 기준) 등에 의하면, 청구법인과 대표이사 a(b)은 쟁점농업법인의 주식 13%를 소유하고 있던 상태에서 종전주주로부터 주식을 추가로 취득하여 58%(청구법인 20%, a 38%)를 소유한 과점주주가 된 것으로 나타나고 있는 점 등에 비추어,

처분청이 쟁점농업법인의 주식등변동상황명세서를 근거로 청구법인이 취득한 쟁점농업법인의 쟁점주식의 비율(20%)에 대하여 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과·고지한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법

제7조(납세의무자 등) ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주(이하 "과점주주"라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 「신탁법」에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기·등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 「지방세기본법」 제44조를 준용한다.

제10조(과세표준) ④ 제7조 제5항 본문에 따라 과점주주가 취득한 것으로 보는 해당 법인의 부동산등에 대한 과세표준은 그 부동산등의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 금액으로 한다. 이 경우 과점주주는 조례로 정하는 바에 따라 과세표준 및 그 밖에 필요한 사항을 신고하여야 하되, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 과세표준보다 적을 때에는 지방자치단체의 장이 해당 법인의 결산서 및 그 밖의 장부 등에 따른 취득세 과세대상 자산총액을 기초로 전단의 계산방법으로 산출한 금액을 과세표준으로 한다.

제15조(세율의 특례) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 중과기준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 취득물건이 제13조 제1항에 해당하는 경우에는 중과기준세율의 100분의 300을, 같은 조 제5항에 해당하는 경우에는 중과기준세율의 100분의 500을 각각 적용한다.

3. 제7조 제5항에 따른 과점주주의 취득. 이 경우 과세표준은 제10조 제4항에 따른다.

(2) 지방세법 시행령

제11조(과점주주의 취득 등) ① 법인의 과점주주(「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주를 말한다. 이하 같다)가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분(이하 “주식등”이라 한다)을 취득하거나 증자 등으로 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 해당 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식등을 모두 취득한 것으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다.

(3) 지방세기본법

제46조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(주식을 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에 상장한 법인은 제외한다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목의 경우에는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 소유주식수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

1. 무한책임사원

2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)

(4) 지방세기본법 시행령

제2조(특수관계인의 범위) ① 「지방세기본법」(이하 “법”이라 한다) 제2조 제1항 제34호 가목에서 “혈족ㆍ인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 “친족관계”라 한다)를 말한다.

1. 6촌 이내의 혈족

2. 4촌 이내의 인척

3. 배우자(사실상의 혼인관계에 있는 사람을 포함한다)

4. 친생자로서 다른 사람에게 친양자로 입양된 사람 및 그 배우자ㆍ직계비속

② 법 제2조 제1항 제34호 나목에서 “임원ㆍ사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 “경제적 연관관계”라 한다)를 말한다.

1. 임원과 그 밖의 사용인

2. 본인의 금전이나 그 밖의 재산으로 생계를 유지하는 사람

3. 제1호 또는 제2호의 사람과 생계를 함께하는 친족

제24조(제2차 납세의무를 지는 특수관계인의 범위 등) ② 법 제46조 제2호에서 “대통령령으로 정하는 자”란 해당 주주 또는 유한책임사원과 제2조의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.