이유
1. 처분개요

가. 특수관계인인 AAA, BBB, CCC, 유한회사 DDD(이하 “DDD”이라고 하고, 위 특수관계인들을 모두 합하여 “이 건 과점주주”라 한다)은 2019.7.31. 청구법인의 지분 100%를 매수하여 취득하였고, 2020.5.20. 특수관계인인 EEE, FFF, GGG, HHH(이하 모두 합하여 “변경 과점주주”라 한다)에게 청구법인의 지분 100%를 양도하였으며, 각 지분비율은 아래 ＜표1＞와 같다.

＜표1＞ 청구법인 지분 비율

(단위 : %)

○○○

나. 청구법인은 2020년 7월부터 2022년 4월까지 기간 동안 서울특별시 송파구 OOO에 소재한 토지 및 지상 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득한 후, 아래 ＜표2＞와 같이 쟁점부동산의 사실상 취득가격을 과세표준으로 하고 「지방세법」제11조 제1항 제7호 나목의 세율(4%)를 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

＜표2＞ 청구법인의 쟁점부동산 취득내용

(단위 : 원)

○○○

다. 처분청은 2023.4.21.∼2023.5.11. 청구법인에 대한 지방세 세무조사(이하 “이 건 1차 조사”라 한다)를 서면으로 실시한 결과, 2023.9.22. 청구법인에게 추징세액이 없음을 통보하였다.

라. 처분청은 2023.10.31. 청구법인의 과점주주 변동 현황을 파악하기 위하여 청구법인으로부터 관련 자료를 제출받아 검토한 결과(이하 “이 건 2차 조사”라 한다), 이 건 과점주주가 청구법인의 지분 100%를 양수한 2019.7.31.(이하 “이 건 인수일”이라 한다)을 기준으로, 청구법인이 이 건 인수일 이전 2년 이상 사업실적이 없고, 이 건 인수일 전후 1년간 임원 50% 이상이 교체되어, 이는 대도시 내 휴면법인을 인수한 경우로서 청구법인의 쟁점부동산 취득은 대도시 내 법인 설립(= 휴면법인 인수) 후 5년 이내 부동산 취득에 해당한다고 보아, 2024.7.9. 청구법인에게 쟁점부동산의 과세표준 OOO원에 「지방세법」제13조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제27조 제3항에 따른 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 납부한 세액을 차감한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 부과·고지하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2024.8.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 이 건 2차 조사는 중복세무조사에 해당하는바, 이에 기초한 이 건 취득세 등 부과처분은 위법하다.

(가) 먼저, 처분청의 세무조사 과정을 요약하면 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 처분청의 세무조사 내역

○○○

(나) 세무조사는 기본적으로 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위 안에서만 이루어져야 하고, 더욱이 같은 세목 및 같은 과세기간에 대한 재조사는 납세자의 영업의 자유, 프라이버시나 법적 안정성을 심각하게 침해할 뿐만 아니라, 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지할 필요가 있다.

동일한 취지에서, 「지방세기본법」 제80조 제2항은 원칙적으로 같은 세목, 같은 과세기간에 대한 재조사를 금지하고, 지방세 탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 등 법령이 규정하는 예외사유에 한하여 재조사를 허용하도록 규정하고 있다. 위와 같은 중복세무조사금지 원칙을 위반하여 같은 세목 및 과세기간에 대하여 중복하여 실시한 세무조사에 기초하여 이루어진 과세처분의 경우 비록 과세요건사실이 모두 인정되어 이를 취소함이 실체적 정의에 반하는 것처럼 보일지라도, 그 절차상 하자가 중대하므로 그 효력을 부정하는 방법으로 중대한 절차상 하자를 통제할 수밖에 없다는 것이 대법원의 일관된 입장이다(대법원 2017.12.13. 선고 2016두55421 판결).

(다) 한편, 세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서, 지방세의 부과·징수를 위하여 질문을 하거나 해당 장부·서류 또는 그 밖의 물건을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 말한다.

조세심판원은 세무조사 해당 여부 판단기준에 관하여, “세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시 경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단하여야 한다”는 입장을 일관되게 유지하고 있다(조심 2021서2190, 2021.6.2. 참조).

즉, 세무조사에 해당하는지 여부는 위 기준에 따라 실질적으로 판단되어야 한다. 동일한 취지에서 최근 서울고등법원 2022.7.8. 선고 2021누43486 판결은 ‘과세관청이 납세자에게 과세자료 제출 안내를 발송하고 관련 자료를 제출받은 것’이 세무조사에 해당하는지 여부가 문제된 사안에 관하여, “과세자료 제출 안내 역시 세무조사”에 해당한다고 판시하기도 하였다.

(라) 이 건 1차 조사는 세무조사에 해당함이 명백하고, 그 조사대상 과세기간 및 세목에 2020∼ 2022년 취득세가 포함되어 있다.

이 건 1차 조사는 조사대상 과세기간을 2020∼2022사업연도, 조사대상 세목을 취득세, 재산세, 자동차세 등으로 한 세무조사로서, 2020∼2022년 청구법인의 쟁점부동산에 관한 취득세 신고의 적정성에 관하여 세무조사가 이미 이루어졌고, 그 결과 추징세액이 없는 것으로 판단되었다.

(마) 이 건 2차 조사 역시 세무조사에 해당하며, 청구법인의 2020∼2022년 취득세에 관한 세무조사가 재차 이루어졌다.

변경 과점주주의 청구법인 지분취득에 따른 과점주주의 간주취득세 납세의무 성립 여부는 이 건 1차 조사 당시 제출한 자료에 의하여 소명이 이미 완료된 사항이었다. 그럼에도 불구하고 처분청은 국세청으로부터 통보받은 주식변동자료에 따라 청구법인 과점주주의 주식보유비율 증가분이 발생하였다고 판단한 후, 2023.10.31. 청구법인에게 다시 ① 2017∼2022년 주식등변동상황명세서, ② 주식변동이 있는 사업연도의 주식·출자지분 양도명세서, 유형자산 감가상각비 명세서 및 재무상태표의 제출을 요구하였다.

이에 청구법인의 세무대리인은 2023.11.12. 담당자인 송파구청 OOO 조사관에게 ① 2017∼2021년 주식등변동상황명세서, ② 2020년 주식·출자지분 양도명세서를 이메일로 제출하였다.

처분청은 2024.1.7. 이 건 1차 조사 당시 제출하지 않았던, ① 2017∼2018년 손익계산서, ② 2017∼2018년 매출처별원장의 제출을 요구하였고, 이에 청구법인은 2024.1.11. ①은 제출하고, ②는 청구법인이 매출이 없어 자료가 없다고 회신하였다.

이후 처분청 담당자는 2024.1.15. 청구법인에게 “청구법인의 경우 과점주주 및 임원에 변동이 있는데 2017∼2018년 청구법인의 매출액 등 사업실적이 없어 쟁점 부동산은 휴면법인 인수일로부터 5년 이내에 취득한 것으로 취득세 중과세 대상에 해당하는 것으로 판단되므로 이에 대한 소명자료를 제출할 것”을 요청하였다.

이에 청구법인은 과점주주 변동 당시 휴면법인에 해당하지 않는다는 사실을 소명하기 위해 처분청 담당자에게 다양한 자료를 제출하고, 유선으로 설명하였다.

위와 같은 사정들을 살펴보면, 이 건 2차 조사는 비록 형식적으로는 세무조사라는 표현이 사용되지는 않았으나, 청구법인에게 청구법인이 2020∼2022년 취득한 쟁점 부동산에 관한 취득세를 추가로 부과하기 위하여 질문을 하거나 장부·서류·물건 등을 검사·조사하거나 그 제출을 명한 것으로서, 이를 통해 쟁점 1차 세무조사 시 제출하지 않았던 자료인 2017∼2018년 청구법인의 손익계산서 등을 수집한 행위이므로 앞서 설명드린 ‘세무조사’의 개념에 정확하게 부합한다.

특히, 처분청이 주식등변동상황명세서 등 자료제출을 요구한 2023.10.31.부터 상당한 기간에 걸쳐 담당자의 자료제출 요구 및 이에 대한 청구법인의 세무대리인을 통한 자료제출 및 서면·유선에 의한 소명이 이루어진 점, 해당 기간 동안 청구법인이 제출한 자료의 내용과 양에 비추어 보더라도, 이 건 2차 조사로 인하여 청구법인의 영업의 자유, 프라이버시가 상당한 정도로 제한되었다.

(2) 이 건 과점주주의 청구법인 지분 취득 당시 그로부터 역산하여 2년간 청구법인은 사업을 계속 영위하기 위한 인건비, 지급수수료, 단기차입금 등 경상경비가 계속 발생하여 사업실적이 존재하였으므로 휴면법인에 해당하지 않는다.

법인 인수일 이전 2년 이상 ‘휴면법인의 사업실적 존부’는 인수일 기준으로 2년의 기간을 역산하여 그 기간 동안 계속하여 사업실적이 있는지 여부로 판단하여야 한다(조심 2020지1588, 2021.6.22.).

여기서 사업실적이라 함은 “대규모 자본투자 등으로 인해 사업준비 기간이 길어지거나 일시적으로 사업이 부진한 경우 등에 있어서는 영업실적은 발생하지 않고, 급여·임차료 등 사업체의 운영과 관련된 일반경비만 발생될 수 있는 것이고, 수익사업을 하지 않는 비영리법인의 경우 매출·매입이 발생하지 아니하는 점 등”을 근거로, “「지방세법 시행령」 제27조 제1항 제6호의 사업실적이란 부가가치세 과세표준이 되는 매출·매입 실적이나 손익계산서상의 매출 뿐만 아니라 급여·임차료 등 사업체의 운영과 관련된 일반경비도 포함하는 것”이라는 입장이다(조심 2010지592, 2011.9.16.).

이 건 과점주주는 이 건 인수일(2019.7.31.) 청구법인의 지분을 취득하여 최초로 과점주주가 되었으므로, 이를 기준으로 역산하여 2년간 계속하여 청구법인에게 사업실적이 없어야만 청구법인은 휴면법인에 해당하게 된다.

건물관리업을 주된 사업으로 영위하던 청구법인은 2015년 중반경 관리하던 건물이 매각되면서 건물관리계약이 해지된 이후 새로운 거래처를 확보하지 못하여 2015년 중반 이후 2019.8.30.까지 매출이 발생하지 않았다. 이처럼 2015년 중반 이후 매출이 발생하지 않자, 청구법인은 직원 수를 감축하고, 남은 임직원들의 급여를 감액함으로써 합리적으로 판관비의 대부분을 차지하는 인건비 등 비용을 줄였으나, 계속 건물관리업을 영위하기 위한 최소 인력을 유지하였습니다. 이에 따라, 청구법인은 인건비(직원급여)가 2017년 OOO원, 2018년 OOO원, 2019년 OOO원이 발생하였다.

그 외에도 청구법인은 2017∼2019년 OOO 보안경비, 기장료, 보험료, 세금 및 공과금 등이 발생하였다.

＜표4＞ 청구법인의 2015∼2019년 매출액, 판관비 등

(단위 : 원)

○○○

또한, 청구법인은 단기차입금이 2017년 OOO원, 2018년 OOO원, 2019년 OOO원 존재하였는데, 이는 2015년 중반경 관리하던 건물의 매각 이후 새로운 거래처를 확보하지 못하여 경영상황이 어려워진 청구법인이 계속 건물관리업을 영위하기 위하여 2017년부터 III 대표로부터 자금을 차입하고(가수금), 2017.6.30. JJJ대표로부터 OOO원을 차입하여 운영자금으로 사용하였기 때문이다.

＜표5＞ 청구법인의 2017 ∼ 2019년 자산, 부채 등

(단위 : 원)

○○○

(3) 이 사건은 세법의 해석상 의의(疑意)로 인한 견해대립이 있는 등 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니라고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정’이 있는 경우에 해당하므로 청구법인에게는 가산세를 면제할 정당한 사유가 인정되어야 한다.

휴면법인의 요건 중 하나인 「지방세법 시행령」 제27조 제1항 제6호의 ‘사업실적’의 의미에 대하여 지방세법령은 달리 규정하고 있지 않으며, 조세심판원은 “법인의 사업실적이 있는지 여부는 그 법인의 목적사업의 특징 및 특수성 등을 고려하여 이를 수행하기 위한 준비내용, 사업활동에 따른 비용의 발생 여부, 수익(매출)의 발생 여부 등을 기준으로 종합적으로 판단하여야 한다”는 입장이다.

이처럼 「지방세법 시행령」 제27조 제1항 제6호에서 정한 요건 즉, ‘법인 인수일 이전 2년 이상 휴면법인의 사업실적이 없을 것’의 충족 여부를 그 법인의 목적사업의 특징 및 특수성 등을 고려하여 이를 수행하기 위한 준비내용, 사업활동에 따른 비용의 발생 여부, 수익(매출)의 발생 여부 등을 기준으로 종합적으로 판단하여야 한다는 것은 결국 청구법인이 「지방세법 시행령」 제27조 제1항 제6호에서 정한 요건을 충족하는지 여부에 대하여 견해의 대립이 있다는 것으로, 달리 말하면 세법이 불분명하거나 추상적이어서 청구법인을 포섭할 수 있는지 여부를 확정할 수 없다는 의미이다. 즉 세법의 적용 여부에 견해 대립이 있다는 것은 세법 해석에 다툼이 있다는 의미와 다르지 않다.

따라서, 이 건의 경우 세법해석상 견해대립이 있는 경우로서, 청구법인에게는 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다고 보아야 한다.

(4) [청구법인 항변] 이 건 2차 조사는 세무조사에 해당하고, 재조사를 할 수 있는 예외사유가 있다고 볼 수도 없다.

(가) 이 건 2차 조사는 비록 세무조사의 형식을 취하지 않았더라도 처분청은 청구법인이 2020 ∼ 2022년 취득한 쟁점 부동산에 관한 취득세를 추가로 부과하기 위한 과세요건사실인 쟁점 부동산이 휴면법인 인수일로부터 5년 이내에 취득된 것인지 여부를 조사·확인하기 위하여, 청구법인에게 주식등변동상황명세서 등 자료제출 요청서 및 담당자의 이메일을 통해 세무공무원의 질문·조사권을 행사하였고, 이를 통해 그 과세에 필요한 2017 ∼ 2018년 손익계산서를 새로이 추가적으로 수집하는 행위가 실질적으로 이루어졌으므로, 이 건 2차 조사는 조사대상 과세기간을 ‘2020 ∼ 2022사업연도’, 조사대상 세목을 ‘취득세’로 하여 실시된 세무조사로 볼 수밖에 없다.

(나) 한편, 처분청은 이 건 2차 조사의 경우 “세무조사 중 서면조사만 하였으나 법 또는 지방세관계법에 따른 경정을 다시 할 필요가 있는 경우”에 해당한다는 의견이다.

그러나, 위 규정은 아래와 같이 개정되었다. 즉 위 규정의 내용은 개정 전후에 의미 변화가 없다고 봄이 타당하므로, “실지조사를 하지 아니하고 재경정하는 경우”와 그 의미가 동일하다고 보아야 한다. 따라서 “세무조사 중 서면조사만 하였으나 법 또는 지방세관계법에 따른 경정을 다시 할 필요가 있는 경우”라 함은 “당초 세무조사 시 수집된 과세자료를 기초로 실지조사를 하지 않고 서면조사에 따라 재경정하는 경우”라고 해석하여야 한다.

2017.3.27. 개정 전 지방세기본법 시행령

2017.3.27. 개정된 지방세기본법 시행령

제89조 (재조사 금지의 예외)

법 제108조 제2항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 지방세 범칙사건(법 제134조 제2항에서 준용하는 조세범 처벌절차법에 따른 범칙사건을 말한다)을 조사하는 경우

2. 실지조사를 하지 아니하고 재경정하는 경우

3. 지방세환급금의 결정을 위하여 확인조사를 하는 경우

제52조 (재조사 금지의 예외)

법 제80조 제2항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 법 제102조부터 제109조까지의 규정에 따른 지방세에 관한 범칙사건을 조사(이하 “범칙사건조사”라 한다)하는 경우

2. 법 제76조 제2항 제2호에 따른 지방세의 부과·징수에 필요한 조사(이하 “세무조사”라 한다) 중 서면조사만 하였으나 법 또는 지방세관계법에 따른 경정을 다시 할 필요가 있는 경우

3. 각종 과세정보의 처리를 위한 재조사나 지방세환급금의 결정을 위한 확인조사 등을 하는 경우

그런데, 이 건 2차 조사에서 처분청 담당자는 2024.1.8. 청구법인의 세무대리인에게 이메일로 이 건 1차 조사 당시 제출하지 않았던 ① 2017∼2018년 손익계산서, ② 2017∼2018년 매출처별원장의 제출을 요구하였고, 2024.1.11. 청구법인의 세무대리인으로부터 2017∼2018년 손익계산서를 이메일로 제출받아 검토한 후, 2024.1.15. 청구법인의 세무대리인에게 이메일로 “청구법인의 경우 과점주주 및 임원에 변동이 있는데 2017∼2018년 청구법인의 매출액 등 사업실적이 없어 쟁점부동산은 휴면법인 인수일로부터 5년 이내에 취득한 것으로 취득세 중과세 대상에 해당하는 것으로 판단되므로 이에 대한 소명자료를 제출할 것”을 요청하였다.

따라서 이 건 2차 조사는 서면조사에 따라 재경정한 경우이긴 하나, 이 건 2차 조사 시 새로이 추가적으로 수집한 청구법인의 2017∼2018년 손익계산서를 기초로 재경정한 경우이므로 「지방세기본법 시행령」 제52조 제2항에 따른 재조사가 허용되는 예외사유인 ‘당초 세무조사 시 수집된 과세자료를 기초로 실지조사를 하지 않고 서면조사에 따라 재경정하는 경우’에 해당하지 않는다.

(다) 이 건 2차 조사는 ‘각종 과세정보의 처리를 위한 재조사를 하는 경우’에도 해당하지 않는다.

각종 과세정보의 처리에서 “처리”의 사전적 의미는 ‘사무나 사건 따위를 절차에 따라 정리하여 치르거나 마무리를 함’을 의미하므로 ‘새로이 과세정보를 수집하는 것’은 ‘과세정보의 처리’에 포함되지 않는다.

그런데, 처분청은 이 건 2차 조사 당시 기존에 수집한 정보나, 국세청으로부터 받은 자료의 처리에서 벗어나, 추가적으로 청구법인의 2017∼2018년 손익계산서를 수집하였으므로 이 건 2차 조사는 「지방세기본법 시행령」 제52조 제3항에 따른 재조사가 허용되는 예외사유가 존재하지 않는다.

나. 처분청 의견

(1) 이 건 2차 조사는 세무조사에 해당하지 아니하거나, 설령 세무조사에 해당한다고 하더라도 재조사를 할 수 있는 예외 사유에 해당한다.

「지방세기본법」제2조 제36호에서 “세무조사란 지방세의 부과ㆍ징수를 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 말한다“라고 규정하고 있고, 같은 법 제80조 제1항은 ”지방자치단체의 장은 적절하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다“라고 규정하고 있으며, 제2항은 “다음 각 호의 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세연도에 대하여 재조사를 할 수 없다”라고 하면서 “지방세 탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우(제1호)”를, “거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우(제2호)” 등과 “그 밖에 제1호부터 제6호까지의 경우와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우(제7호)”를 규정하고 있다.

이에 재조사를 할 수 있는 예외 사유로 「지방세기본법 시행령」제52조 제2호에서 “세무조사 중 서면조사만 하였으나 법 또는 지방세관계법에 따른 경정을 다시 할 필요가 있는 경우”를, 제3호에서 “각종 과세정보의 처리를 위한 재조사나 지방세환급금의 결정을 위한 확인조사 등을 하는 경우”를 규정하고 있다.

이 건 2차 조사는 국세청으로부터 과점주주 변동 자료가 통보되어 청구법인의 과점주주 변동이라는 사실관계를 확인하기 위하여 이루어진 것이다. 이에 따라 청구법인이 제출한 자료들을 보면 대부분 법인 영업행위에 있어서 통상적으로 구비하거나 구비하여야 할 서류들로서, 납세자인 청구법인으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나, 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없었을 것으로 보인다. 따라서 이 건 2차 조사는 세무조사에 해당하지 않는다.

설령, 이 건 2차 조사를 세무조사에 해당한다고 하더라도, 「지방세기본법」제52조에서 규정하고 있는 “세무조사 중 서면조사만 하였으나 법 또는 지방세관계법에 따른 경정을 다시 할 필요가 있는 경우” 또는 “각종 과세정보의 처리를 위한 재조사나 지방세환급금의 결정을 위한 확인조사 등을 하는 경우”에 해당하므로, 재조사를 할 수 있는 예외에 해당한다. 따라서 이 건 2차 조사를 위법한 세무조사라고 할 수 없다.

(2) 청구법인은 휴먼법인에 해당한다.

영리법인은 당장의 수익이 발생하지 않는다고 하더라도 임차료, 관리비 및 각종 공과금 등의 경상적인 법인 유지비용의 발생, 소속 직원의 급여 지급 및 그에 따른 원천징수, 법인세 및 부가가치세 등의 신고 등이 수반되는 것이 일반적이고 이와 같은 거래 및 활동내역 등은 주로 법인장부, 각종 신고서 및 계약서 등을 통하여 확인된다 할 것이므로 이러한 내역이 객관적 자료에 나타나지 않는다면 사업실적이 있다고 보기는 어렵다고 할 것인데(조심 2016지401, 2016.11.28., 조심 2023지4754, 2024.5.20. 참조), 청구법인은 2017∼2018년 손익계산서상 매출액이나 매출원가가 나타나지 않는 점, 2019년에 매출이 OOO원이 발생하였다고 하나, 해당 매출액은 2019.8.31. 이후 발생한 관리비수입이므로, 이 건 인수일 후의 매출에 해당하므로 사업실적으로 볼 수 없는 점, 손익계산서상 직원 급여가 계상되어 있으나 청구법인의 지방소득세(특별징수) 과세내역상 2018년 1월 귀속분을 제외하고는 확인되지 않는 등 청구법인이 목적사업에 근거하여 어떠한 사업활동을 수행하였는지 여부를 확인할 수 있는 자료가 제출되지 아니한 점,

비록 조세심판원 결정례에 비추어 직원 급여, 단기차입금, 부동산 임차보증금 등이 계상되어 있어 휴면법인으로 볼 수 없다고 주장하나, 해당 심결례들은 급여, 임차료 등을 지급한 사실에 더하여 목적사업(주택건설업, 주택신축판매업)에 근거한 분양계약 체결 및 해지 경위, 계약 해지에 따른 위약금 수령을 기타이자수익으로 계상하는 등 정상적인 사업을 영위하는 법인으로 보이는 경우, 인수일 이전 2년 이내 목적사업(부동산 매매업)에 근거한 부동산 매입 사실이 있는 경우 등을 고려한 것인 반면, 청구법인의 경우 목적사업에 근거한 사업활동이라던가 매출액, 매출원가 등이 발생하지 않아 위 사례와 비교하여 청구법인에게 사업실적이 있다고 볼 수는 없다.

또한, 이 건 과점주주가 청구법인을 인수하면서 그 대금을 얼마나 지급하였는지는 밝히진 않았으나, 이 사건 인수일 이전 2년간 매출액 등이 전무하여 당기순손실이 누적된 청구법인을 자본금(OOO원) 규모 이상을 지급하였을 것이라 판단되지 않고, 그렇다면 이 건 과점주주는 급여 등 경상경비만 발생한 것으로 외관을 꾸민 청구법인을 소액을 주고 인수한 후, 부동산을 취득하여 사실상 대도시 부동산 취득 중과세 회피 효과를 누리고자 하였을 것이라 쉽게 추단되는바,

「지방세법」제13조 제2항의 입법취지는 “법인을 설립하는 대신 휴면법인의 과점주주가 된 다음 법인의 임원·자본·상호·목적사업 등을 변경함으로써 실질적으로는 법인 설립의 효과를 얻으면서도 대도시 내 법인 설립에 따른 취득세의 중과세를 회피하는 행위를 규제하기 위한 것(대법원 2016. 1. 28. 선고 2015두54832 판결 등 참조)”이라 할 것인 점 등을 종합하면, 청구주장을 받아들이기 어렵다할 것이다.

(3) 이 건의 경우 견해의 대립이 있는 경우로 보기 어려우므로, 청구법인에게는 가산세를 감면할 정당한 사유가 인정된다고 볼 수 없다.

법인이 2년 이상 사업실적이 없는 휴면법인을 인수한 것으로 보아 대도시 중과세율을 적용하여 취득세 등을 부과한 것에 대해 기존 조세심판원의 다수 선결정례가 존재하는 점을 고려할 때, 청구주장과 같이 이 부분 해석에 대한 견해대립이 있다고 보기 어렵고, 오히려 납세자인 청구법인의 과실 및 법령의 부지나 오인에 해당한다고 봄이 타당하다.

따라서, 청구법인에게는 가산세를 면제할 만한 정당한 사유가 인정된다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 이 건 2차 조사가 재조사가 금지되는 중복세무조사에 해당하는지 여부

② 청구법인은 휴면법인에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부

③ 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구법인은 1996.4.16. 서울특별시 강남구에서 ‘유한회사 KKK’을 상호명으로 하고, 자본금은 OOO원, 목적사업으로는 부동산의 종합관리업, 부동산투자컨설팅업 등으로 하여 설립된 법인이다.

(나) 이 건 과점주주의 청구법인 주식 취득 내역은 아래 ＜표6＞과 같다.

＜표6＞ 이 건 과점주주 주식 취득 내역

(단위 : 주)

○○○

(다) 청구법인 등기사항증명서에 의하면, 이 건 인수일(2019.7.31.) 전후 1년 이내 종전 임원 3인이 모두 사임하였고, 이 건 과점주주(CCC 2019.7.31. 취임, BBB 2019.8.12. 취임, CCC 2020.5.20. 취임)가 취임한 사실, 청구법인의 목적사업에 건축물 수리·수선업, 건물 리모델링업 등이 2019.11.14. 추가되었고, 고객관리 및 예약서비스업이 2020.5.2. 추가된 사실이 확인된다.

(라) 변경 과점주주들은 2020.5.20. 이 건 과점주주들로부터 청구법인의 지분 100%를 양수받았다.

(마) 청구법인은 위 ＜표2＞와 같이 쟁점부동산을 취득하고, 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

(바) 처분청은 2023.3.17. 청구법인을 2023년 법인 지방세 인터넷 세무조사 선정 대상자로 통보하고, 2023.4.13. ① 조사기간 : 2023.4.21. ∼ 2023.5.11., ② 조사세목 : 취득세, 재산세, 자동차세, 주민세, 지방소득세(특별징수 등), ③ 조사대상 : 2020∼2022사업연도로 한 세무조사(서면)를 실시한 후, 2023.9.25. ‘추징세액 없음’의 세무조사 결과를 통지하였다.

(사) 처분청은 2023.10.31. 국세청으로부터 주식변동자료를 통보받고, 청구법인에게 ① 주식등변동상황명세서(2017∼2022년), ② 주식·출자지분 양도명세서(주식변동이 있는 당해연도분), ③ 유형자산 감가상각비 명세서(주식변동이 있는 당해연도분), ④ 재무상태표(주식변동이 있는 당해연도분)의 자료를 2023.11.17.까지 요청하는 문서를 발송하였다.

＜자료제출 요청 문서 내용 중 발췌＞

○○○

(아) 처분청의 청구법인에 대한 세무조사 내역 및 청구법인이 이 건 1차/2차 조사 당시 제출한 서류내역은 위 ＜표3＞과 같다.

1) 2017∼2018년 청구법인 손익계산서 : 매출액, 매출원가, 법인세등이 0원이고, 판매비관리비와 영업외 수익 및 당기순손실이 계상되어 있다.

2) 2019년 청구법인 계정별 원장 : 부동산임대 등 관리비수입 OOO원이 계상되어 있으나, 수익발생일이 이 건 인수일 이후인 2019.8.31.부터 확인된다.

3) 기타 청구법인의 매출액 등 자료는 위 ＜표4＞, ＜표5＞와 같다.

(자) 이 건 2차 조사 과정에서 청구법인 담당 세무사와 처분청 간 주고받은 메일들의 주요 내용은 아래 ＜표7＞과 같다.

＜표7＞ 청구법인과 처분청이 제출한 메일 내용 요약

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 2차 조사는 세무조사에 해당할 뿐만 아니라 재조사가 허용되지 아니하는 세무조사에 해당하므로, 이에 기초한 이 건 취득세 등 부과처분은 위법하다고 주장한다.

세무공무원의 조사행위가 ‘세무조사’에 해당하는지의 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없을 것인데, 세무공무원의 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실·사업장·공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부·서류·물건 등을 검사·조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보아야 할 것이다(대법원 2017.3.16. 선고 2014두8360 판결, 같은 뜻임).

처분청은 설령 이 건 2차 조사가 세무조사에 해당한다 하더라도, 「지방세기본법 시행령」제52조 제2호 내지 제3호에 따라 재조사가 허용되는 세무조사에 해당한다는 의견을 제시하고 있으므로, 이에 관하여 살펴보면, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석 하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다 할 것인데(조심 2024지952, 2025.7.18. 같은 뜻임), 「지방세기본법 시행령」제52조 제2호는 재조사가 허용되는 세무조사로 “세무조사 중 서면조사만 하였으나 법 또는 지방세관계법에 따른 경정을 다시 할 필요가 있는 경우”를 규정하고 있고, 이 건 1차 조사가 서면조사에 해당한다는 사실은 양측 다툼이 없으므로, 이 건의 경우 재조사가 허용되는 세무조사에 해당한다고 봄이 타당하다.

한편, 청구법인은 2017.3.27.「지방세기본법 시행령」제52조 제2호가 개정된 경위에 비추어 그 의미를 문언과 달리 기존 「지방세기본법 시행령」제89조 제2호와 같이 “실지조사를 하지 아니하고 재경정하는 경우”로 해석하여야 한다고 주장하나, 이와 같이 볼 아무런 근거가 없고, 2017.3.27. 「지방세기본법 시행령」제89조 제3호 “지방세환급금의 결정을 위하여 확인조사를 하는 경우”가 제52조 제3호로 개정되면서 “각종 과세정보의 처리를 위한 재조사나 지방세환급금의 결정을 위한 확인조사 등을 하는 경우”로 개정되어 재조사가 허용되는 범위가 확대된 경위에 비추어 보더라도, 2017.3.27. 개정된「지방세기본법 시행령」제52조는 개정 전 규정보다 재조사의 범위를 넓히기 위한 규정으로 이해하는 것이 타당하므로, 구 「지방세기본법 시행령」제89조와 동일한 의미로 해석하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

(나) 다음으로, 쟁점②에 관하여 살피건대, 청구법인은 이 건 인수일 전 2년 기간 동안 인건비, 지급수수료, 단기차입금 등 경상경비가 계속 발생하여 사업실적이 있었다 할 것이므로 휴면법인에 해당하지 않는다고 주장한다.

그런데, 「지방세법 시행령」제27조 제1항 제6호는 “법인 인수일 이전 2년 이상 사업 실적이 없고, 인수일 전후 1년 이내에 인수법인 임원의 100분의 50 이상을 교체한 법인”이라고 규정하고 있고, 청구법인이 이 건 인수일 전후 1년 이내에 인수법인 임원의 100분의 50 이상을 교체한 법인에 해당한다는 점에 대해서는 다툼이 없으므로, 이 건의 경우 청구법인이 법인 인수일 이전 2년 이상 사업 실적이 없는 경우에 해당하는지 여부에 따라 판단하여야 할 것이다.

법인의 사업 실적이 있는지 여부는 그 법인의 목적사업의 특징 및 특수성 등을 고려하여 이를 수행하기 위한 준비내용, 사업활동에 따른 비용의 발생 여부, 수익(매출)의 발생 여부 등을 기준으로 종합적으로 판단하여야 할 것인바, 영리법인은 당장의 수익이 발생하지 않는다 하더라도 임차료, 관리비 및 각종 공과금 등의 경상적인 법인 유지비용의 발생, 소속 직원의 급여 지급 및 그에 따른 원천징수, 법인세 및 부가가치세 등의 신고 등이 수반되는 것이 일반적이고 이와 같은 거래 및 활동내역 등은 주로 법인장부, 각종 신고서 및 계약서 등을 통하여 확인된다 할 것이므로 이러한 내역이 객관적 자료에 나타나지 않는다면 사업실적이 있다고 보기는 어렵다 할 것이다(조심 2016지401, 2016.11.28. 같은 뜻임).

이러한 법리에 비추어 이 건을 살펴보면, 청구법인의 경우 이 건 인수일 이전 2년 기간 동안 인건비, 지급수수료 등 지출내역이 존재하기는 하나, 위 기간 중 매출액은 물론이고 법인세 및 부가가치세의 납부실적이 없는 것으로 확인되는 점, 뿐만 아니라 법인이 기본적으로 사업을 영위하기 위한 최소한의 비용으로 볼 수 있는 지출 즉 통신비, 임차료, 소모품비 등의 비용도 0원에 불과한 점, 청구법인은 실제 사업활동을 하였다고 볼 수 있는 증빙 등을 제시하지 아니하고 있는 점 등에 비추어보면 청구법인은 사업실적은 물론 기본적인 사업활동 조차 없었던 것으로 보인다.

따라서, 이 부분 청구주장도 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(다) 마지막으로, 쟁점③에 관하여 살피건대, 청구법인은 이 건의 경우 휴면법인에 대하여 세법 해석상 견해대립이 있는 등 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다고 주장한다.

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로, 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것이다(조심 2018서2410, 2018.11.20. 같은 뜻임).

그러나 이 건의 경우 「지방세법 시행령」제27조 제1항이 명확하게 규정하고 있는 ‘휴면법인’에 해당되는지 여부 즉 청구법인이 위 규정의 요건사실에 포섭되는지 여부에 관한 개별 판단 사안에 해당할 뿐, 위와 같이 법 규정이 명확한 사안에 대하여 세법 해석상 의의(疑意)로 인한 견해 대립이 있는 것으로 보기는 어려우므로, 이 부분 청구주장도 받아들이기는 어렵다 할 것이다.

(라) 따라서, 처분청이 청구법인을 휴면법인으로 보아 이 건 취득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리 결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세기본법

제80조(조사권의 남용 금지) ① 지방자치단체의 장은 적절하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.

② 지방자치단체의 장은 다음 각 호의 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세연도에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 지방세 탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 둘 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제88조 제5항 제2호 단서, 제96조 제1항 제3호 단서 또는 제100조에 따라 심판청구에 관하여 준용하는 「국세기본법」 제65조 제1항 제3호 단서에 따른 필요한 처분의 결정에 따라 조사를 하는 경우

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

6. 제84조의3 제3항에 따른 조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지의 경우와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

③ 세무공무원은 세무조사를 하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 장부등의 제출을 요구하여야 하며, 조사대상 세목 및 과세연도의 과세표준과 세액의 계산과 관련 없는 장부등의 제출을 요구해서는 아니 된다.

④ 누구든지 세무공무원으로 하여금 법령을 위반하게 하거나 지위 또는 권한을 남용하게 하는 등 공정한 세무조사를 저해하는 행위를 하여서는 아니 된다.

제57조(가산세의 감면 등) ① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제26조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 가산세를 부과하지 아니한다.

(2) 지방세기본법 시행령

제52조(재조사 금지의 예외) 법 제80조 제2항 제7호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 법 제102조부터 제109조까지의 규정에 따른 지방세에 관한 범칙사건을 조사(이하 “범칙사건조사”라 한다)하는 경우

2. 세무조사 중 서면조사만 하였으나 법 또는 지방세관계법에 따른 경정을 다시 할 필요가 있는 경우

3. 각종 과세정보의 처리를 위한 재조사나 지방세환급금의 결정을 위한 확인조사 등을 하는 경우

(3) 지방세법

제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산을 포함한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율(제11조 제1항 제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우에는 제13조의2 제1항 제1호에 해당하는 세율)을 적용한다. 다만, 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 “대도시”라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.

1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 “휴면법인”이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(「수도권정비계획법」 제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조 제2항에서 같다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우

(4) 지방세법 시행령

제27조(대도시 부동산 취득의 중과세 범위와 적용기준) ① 법 제13조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

1. 「상법」에 따라 해산한 법인(이하 “해산법인”이라 한다)

2. 「상법」에 따라 해산한 것으로 보는 법인(이하 “해산간주법인”이라 한다)

3. 「부가가치세법 시행령」 제13조에 따라 폐업한 법인(이하 “폐업법인”이라 한다)

4. 법인 인수일 이전 1년 이내에 「상법」 제229조, 제285조, 제521조의2 및 제611조에 따른 계속등기를 한 해산법인 또는 해산간주법인

5. 법인 인수일 이전 1년 이내에 다시 사업자등록을 한 폐업법인

6. 법인 인수일 이전 2년 이상 사업 실적이 없고, 인수일 전후 1년 이내에 인수법인 임원의 100분의 50 이상을 교체한 법인