이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2021.6.11. 서울특별시 용산구 OOO 토지 351.4㎡ 및 그 지상건물 1,029.07㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득하고, 같은 날 이 건 부동산 매매가액 OOO원을 과세표준으로 하고, 「지방세법」제11조 제7호 나목에 따른 세율(4%)를 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 청구법인이 2021년 등에 이 건 부동산 중 토지 118.91㎡ 및 건물 348.24㎡(이하 “쟁점면적”이라 한다)에 지점을 설치하고 지점용으로 사용하여 쟁점면적은 대도시 내에서 지점설치에 따른 부동산으로서 취득세 중과세율 적용대상인 것으로 보아, 2024.7.10. 청구법인에게 「지방세법」제16조 제4항에 따라 쟁점면적에 대하여 OOO원을 과세표준으로 하고 「지방세법」 제13조 제2항 제1호에 따른 중과세율(8%)을 적용하여 산출한 세액에서 기 납부한 취득세 등을 공제한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.10.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 쟁점면적을 청구법인의 지점으로 사용한 사실이 없다.

처분청은 청구법인이 이 건 부동산에 지점을 설치한 것으로 보고 이 건 처분을 하였으나, 청구법인은 이 건 부동산을 취득하면서 처분청에 제출한 사용계획서에 일부 임대, 일부 하치장 및 창고로 사용한다고 명확히 기재하였고, 실제로도 이 건 부동산의 일부 면적을 하치장 및 창고로 사용하였을 뿐 지점으로 사용한 사실이 없다.

또한, 이 건 부동산에는 실제 청구법인의 직원이 근무한 사실이 없어 2023년 회계연도에 대한 외부회계감사에서 지적을 받았다. 이에 청구법인은 2024.3.11. 처분청에 법인지방소득세 안분 관련 경정청구를 하였으며, 처분청은 이를 현재까지 처리하지 않고 있다. 그러나, 청구법인은 이 건 부동산을 일부 임대, 일부는 하치장 및 물품 보관창고 용도로 사용하였고 실제 직원이 상주하지 않아 「지방세법」이 중과세 대상으로 보고 있는 지점 요건에 해당하지 아니하므로, 이 건 처분은 위법하다.

(2) 청구법인이 영위하는 사업은 도소매업 즉 「유통산업발전법」에 따른 유통산업에 해당하므로, 「지방세법」제13조 제2항 단서에 따라 대도시 중과제외업종으로서 일반세율 적용 대상에 해당한다.

「지방세법」제13조 제2항 단서 및 같은 법 시행령 제26조 제1항 제6호는 「유통산업발전법」에 따른 유통산업을 대도시 중과제외업종으로 규정하고 있다.

「유통산업발전법」은 유통산업의 발전과 더불어 대규모 유통사업자와 중소유통사업자의 상생 및 균형발전을 도모하고자 제정된 것으로, 「지방세법」제13조 제2항 제1호 등은 대도시에서 법인 설립 이후 5년 이내에 취득하는 모든 부동산에 대하여 취득세를 중과하되 다만, 제13조 제2항 단서는 대도시에서 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대도시 중과제외업종에 직접 사용할 목적으로 취득하는 부동산을 취득세 중과의 예외로 정하고, 그 위임에 따른 「지방세법 시행령」제26조 제1항 제6호는 「유통산업발전법」에 따른 유통사업을 대도시 중과제외업종으로 규정하고 있다.

청구법인의 사업자등록증을 보면 업태가 도소매업과 제조업으로 되어 있으며, 경기도 시흥시 OOO에서 의약외품인 소독용 알콜솜을 제조하고 있으나, 이 또한 청구법인이 도소매를 통하여 판매하고 있으므로, 청구법인의 경우 도소매업이 100%이며, 이는 표준손익계산서 매출현황을 봐도 확인할 수 있다.

최근 조세심판원 결정에서도 청구법인은 중과제외업종을 영위하고 있다는 이유로 본점 중과세 여부에 관한 쟁점에서 인용 결정을 받기도 하였다(조심 2024지498, 2025.7.2.).

이처럼 청구법인의 경우 「지방세법 시행령」 제26조 제1항 제6호가 정한 「유통산업발전법」에 따른 유통산업을 영위하고 있으므로, 쟁점면적은 취득세 중과세율 적용 대상으로 볼 수 없다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점면적을 청구법인의 지점으로 사용한 것으로 봄이 타당하므로 이 건 처분은 정당하다.

청구법인은 2021.6.11. 이 건 부동산을 취득할 당시 취득세 신고서와 함께 제출한 이 건 부동산에 대한 사용계획서 상 본점 사용 여부를 ‘미사용’, 지점설치 여부를 ‘미설치’로 표시하였다. 또한, 기타 사용 목적 및 계획란에 일부 층은 청구법인의 하치장 및 창고로, 일부 층은 임대 목적으로 사용한다고 기재하여 제출하였다.

그러나 처분청이 2024년 청구법인 사업장을 조사할 당시 홈페이지에는 이 건 부동산에 지점을 설치한 것으로 기재하였고, 청구법인이 직접 신고한 2021년 및 2022년 귀속 법인지방소득세 안분내역서에 따르면 이 건 부동산에 종업원은 2021년 2명, 2022년 3명으로, 사업장 면적은 2021년 208.27㎡, 2022년 556.51㎡로 각각 신고한바 있고, 2021.9.17. 청구법인의 법인등기사항증명서에 지점을 등기한 사실은 객관적인 자료로 확인된다.

청구법인은 쟁점면적을 도·소매 물품의 하치장 및 창고 등으로 사용하였고, 해당 부동산에 직원이 상주하여 근무하지 않았으므로 쟁점면적을 지점으로 사용한 것으로 볼 수 없다고 주장하나, 이 건 부동산의 실제 사용 용도 및 직원의 상주여부에 대한 객관적인 증빙자료도 제출한 바 없으며, 청구법인이 주장하는 2024.3.11. 처분청에 접수한 법인지방소득세 안분 관련 수정신고는 서울특별시장의 지도점검 기간(2024.2.29.∼3.11.) 중 처분청이 추징 관련 내용을 청구법인에게 통지한 이후에 이루어진 것으로 이를 신뢰하기 어렵다고 판단된다.

한편, 청구법인이 취득한 이 건 부동산의 건물 사진 및 사용현황을 살펴보면, 과거부터 현재까지 청구법인이 임대한 회사들의 사무실로 사용되고 있고, 지방세 법령에서 규정하고 있는 물품의 보관만을 하는 보관창고나, 물품의 적재와 반출만을 하는 하치장 등으로 사용될 수 없는 공간으로 확인된다.

그렇다면 이 건 부동산에 대해 청구법인의 법인등기사항증명서에 지점 등기를 한 사실, 이 건 부동산을 청구법인의 종된 사업장으로 하여 인원 및 면적을 기재하여 법인지방소득세 안분 신고를 한 사실, 조사 시점에 청구법인의 홈페이지에 이 건 부동산이 지점으로 표시된 사실, 이 건 부동산은 임대용 사무실로 활용되어 청구법인의 물품의 하치장이나 창고로 사용될 수 없는 사실 등을 종합적으로 고려할 때, 쟁점면적은 대도시 내에서 인적·물적 설비를 갖춘 사업장으로 지방세법령상 중과세 대상이 되는 지점설치에 따른 부동산으로 보는 것이 타당하다.

(2) 청구법인이 영위하는 사업에는 부동산 임대업이 포함되어 있는바, 중과제외업종에 해당하지 않는다.

청구법인의 사업자등록증 및 법인등기사항증명서상 목적사업을 살펴보면, 청구법인의 사업자등록증에는 업태로 제조업과 도소매업이 모두 포함되어 있고, 법인등기사항증명서에도 의료기기 제조업, 의료용품 도소매업, 부동산 임대업 등 다양한 목적사업이 열거되어 있고,

청구법인의 재무제표를 살펴보더라도 손익계산서상 매출액을 보면, 상품매출뿐 아니라 제품매출과 부동산 임대수입이 있고, 매출원가에서도 상품매출원가 뿐 아니라 제품매출원가, 임대매출원가 등의 금액이 기재되어 있으므로, 청구법인이 유통산업으로 지방세 법령에서 규정하고 있는 중과제외업종인 도·소매업 뿐만 아니라 중과대상업종인 제조업 및 부동산 임대업 등을 병행하고 있다는 점에서, 쟁점면적이 순수하게 공산품의 도·소매업을 위한 유통산업으로 사용되었다고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점면적을 청구법인의 지점으로 보아 취득세 등을 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인이 제출한 사업자등록증에 의하면, 청구법인은 2015.5.11. 서울특별시 서초구 OOO을 본점으로 하여 개업하였으며, 의료기기 제조업, 의료기기, 가공식품, 무역업, 비알콜음료 도소매업을 영위하고 있는 것으로 나타난다.

(나) 청구법인의 법인등기사항증명서에 의하면, 청구법인은 2020.2.26. 서울특별시 서초구 OOO에 지점을 설치한 후, 2021.9.17. 이 건 부동산으로 지점을 이전하였다가, 2022.6.27. 지점을 폐지한 것으로 나타나며, 2020.7.6. 부동산 임대업을 목적사업에 추가한 것으로 확인된다.

(다) 청구법인은 2021.6.11. 매매가액 OOO원에 이 건 부동산을 취득하였다.

(라) 처분청은 청구법인의 이 건 부동산 조사 당시 청구법인의 홈페이지 기재 내역, 법인지방소득세 신고 내역, 법인 등기사항증명서 등을 확인하였는데, 위 자료에는 이 건 부동산에 지점이 설치되어 있는 것으로 나타나 있다.

(마) 처분청은 이 건 부동산 사진을 증빙으로 제시하면서, 이 건 부동산은 사무실로 사용될 수 있는 공간이 존재할 뿐, 물품의 보관만 하는 보관창고나 물품의 적재와 반출만을 하는 하치장 등으로 사용할 수 있는 공간이 없다는 의견을 제시하였다. 다만 청구법인의 인적·물적 시설이 설치된 내역을 확인하지는 못한 것으로 나타난다.

(바) 청구법인의 2022년 손익계산서에 의하면, 청구법인은 상품매출원가, 제조원가, 임대원가 등을 매출원가로 기재하고 있다.

(사) 청구법인이 이 건 부동산을 취득할 당시 작성한 취득 부동산 사용계획서에 의하면, 청구법인은 이 건 부동산에 본점 및 지점은 미설치, 일부층은 청구법인 하치장 및 창고로 사용하고, 일부층은 임대용으로 사용하는 것으로 기재되어 있다.

(아) 청구법인은 이 건 부동산에 지점을 둔 사실이 없다고 주장하면서 다음과 같은 자료들을 제시하였다.

1) 청구법인은 이 건 부동산을 지점 등기를 한 이유에 대하여 이는 외부에 회사의 규모가 크다는 것을 과시하기 위한 목적으로 지점 등기를 한 것일 뿐이고, 실제 이 건 부동산에 직원이 상주하지 않았으며, 실효성이 없어 2022.6.27. 지점폐지 등기를 한 것이라고 주장하였다.

2) 청구법인이 이 건 부동산을 창고로 사용한 모습을 찍은 사진이라고 주장하며 증거로 사진을 제시하였는데, 위 사진에는 사무실 같은 공간에 물품 박스가 가득 차 있는 모습이 찍혀있다.

3) 청구법인은 2024.3.11. 법인지방소득세를 수정신고하였다. 이와 관련하여 청구법인은 감사인(AAA 공인회계사)의 사실확인서를 증빙으로 제시하였는데, 사실확인서에는 “청구법인의 2023회계연도 기말감사를 진행하고 현장감사 종료시점에 첨부와 같은 회계감사 발견사항 문서를 회사측 회계담당 부서장에게 제출함”이라고 기재되어 있고, 첨부 문서에는 “11. 회사의 사업장별 인건비 신고내역과 지방세신고서상 안분내역의 차이가 있으므로 정확한 안분비율을 적용하여 수정신고 요청”이라고 기재되어 있다.

4) 청구법인은 이 건 부동산에 입주한 회사의 사실확인서를 제시하였는데, 사실확인서에는 “최초에 건물 입주 시부터 건물 소유주인 청구법인 직원이 동 건물에 출근을 하는 등 상주하고 있는 것을 본 사실이 없음을 확인합니다”라고 기재되어 있다.

5) 청구법인은 이 건 부동산에 지점을 폐지할 당시인 2022.6.9. 등 작성하였던 회의록을 증빙으로 제시하였는데, 해당 회의록에는 “OOO빌딩에 지점등기하였으나 직원이 상주하여 근무하지 않고 임대를 제외한 공간에 물품 등의 창고로만 사용하고 있어 등기의 실효성이 없어 지점을 폐지 검토”라고 기재되어 있다.

6) 청구법인은 조직도를 증빙으로 제출하였는데, 청구법인의 조직도에 의하면 청구법인은 이 건 부동산에 직원을 두고 있지 아니한 것으로 나타난다.

7) 청구법인은 2021년∼2022년 직원들의 출근기록부를 증빙으로 제시하였는데, 출근기록부에 의하면 이 건 부동산으로 출근한 직원은 없는 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인의 홈페이지 기재내역, 법인지방소득세 신고내역, 법인등기사항증명서 기재내역에 따르면 이 건 부동산 중 쟁점면적을 청구법인의 지점으로 볼 수 있으므로 쟁점면적에 대하여 「지방세법」제13조 제2항에 따른 중과세율을 적용하여 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다는 의견이다.

「지방세법」제13조 제2항 제1호, 같은 법 시행령 제27조 제3항 및 같은 법 시행규칙 제6조의 규정을 종합하면, 과밀억제권역 내에서 인적 및 물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소인 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 당해 지점 등의 설치에 따른 부동산에 대하여 취득세를 중과세하도록 규정하고 있고, 이러한 규정에서의 지점 또는 분사무소라 함은 「법인세법」, 「부가가치세법」또는 「소득세법」의 규정에 의하여 등록대상 사업장으로서 그 명칭 여하를 불문하고 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 당해 법인의 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다고 규정하고 있다.

한편, 과세요건에 대한 입증책임은 처분청에게 있으므로, 쟁점면적이 「지방세법」제13조 제2항에 따른 중과세율 적용 대상이라는 사실을 입증하기 위해서는 처분청이 쟁점면적이 ‘「부가가치세법」등의 규정에 의한 등록대상 사업장인 사실’과 ‘인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 청구법인의 사무 또는 사업이 행하여지는 장소에 해당한다는 사실’을 입증하여야 할 것이다.

그런데, 처분청은 인적·물적 설비와 관련하여 청구법인의 법인등기사항증명서, 법인지방소득세 신고내역, 청구법인의 홈페이지 내역을 제시하였으나, 실제 청구법인이 쟁점면적에 인적·물적 시설을 설치하였다는 사실을 입증할 수 있는 직접적인 증거를 제시하지는 못하고 있는 점, 오히려 청구법인이 제출한 청구법인의 조직도, 출근기록부, 입주기업의 사실확인서 등에 의하면 이 건 부동산에는 청구법인의 직원이 출근하거나 근무한 사실이 없는 것으로 나타나고 있는 점, 특히 처분청은 쟁점면적이 「부가가치세법」등의 규정에 의한 등록대상 사업장에 해당하는지 여부와 관련된 요건사실 즉 청구법인이 쟁점면적에서 구체적으로 어떠한 영업활동을 하였는지 여부, 쟁점면적에서 사업을 위하여 거래의 전부 또는 일부가 이루어졌는지 여부(「부가가치세법」제6조 제2항) 등에 관한 주장·입증을 한 사실이 없으므로, 처분청이 제출한 증거만으로는 쟁점면적을 청구법인의 지점에 해당한다고 단정하기는 어렵다할 것이다.

따라서, 처분청이 쟁점면적을 청구법인의 지점으로 보아 쟁점면적에 대하여 「지방세법」제13조 제2항에 따른 중과세율을 적용하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법

제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산을 포함한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율(제11조 제1항 제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우에는 제13조의2 제1항 제1호에 해당하는 세율)을 적용한다. 다만, 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 “대도시”라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.

1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 “휴면법인”이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(「수도권정비계획법」 제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조제2항에서 같다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우

제16조(세율 적용) ④ 취득한 부동산이 대통령령으로 정하는 기간에 제13조 제2항에 따른 과세대상이 되는 경우에는 같은 항의 세율을 적용하여 취득세를 추징한다.

(2) 지방세법 시행령

제27조(대도시 부동산 취득의 중과세 범위와 적용기준) ③ 법 제13조 제2항 제1호에 따른 대도시에서의 법인 설립, 지점ㆍ분사무소 설치 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점ㆍ분사무소의 대도시 전입에 따른 부동산 취득은 해당 법인 또는 행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장(이하 이 조에서 “사무소등”이라 한다)이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이전에 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위한 부동산 취득(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산 취득은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)으로 하고, 같은 호에 따른 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득은 법인 또는 사무소등이 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용의 모든 부동산 취득으로 한다. 이 경우 부동산 취득에는 공장의 신설ㆍ증설, 공장의 승계취득, 해당 대도시에서의 공장 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산 취득을 포함한다.

(3) 지방세법 시행규칙

제6조(사무소 등의 범위) 영 제27조 제3항 전단에서 “행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장”이란 「법인세법」 제111조ㆍ「부가가치세법」 제8조 또는 「소득세법」 제168조에 따른 등록대상 사업장(「법인세법」ㆍ「부가가치세법」 또는 「소득세법」에 따른 비과세 또는 과세면제 대상 사업장과 「부가가치세법 시행령」 제11조 제2항에 따라 등록된 사업자단위 과세 적용 사업장의 종된 사업장을 포함한다)으로서 인적 및 물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다. 다만, 다음 각 호의 장소는 제외한다.

1. 영업행위가 없는 단순한 제조ㆍ가공장소

2. 물품의 보관만을 하는 보관창고

3. 물품의 적재와 반출만을 하는 하치장

(4) 부가가치세법

제6조(납세지) ① 사업자의 부가가치세 납세지는 각 사업장의 소재지로 한다.

② 제1항에 따른 사업장은 사업자가 사업을 하기 위하여 거래의 전부 또는 일부를 하는 고정된 장소로 하며, 사업장의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

③ 사업자가 제2항에 따른 사업장을 두지 아니하면 사업자의 주소 또는 거소(居所)를 사업장으로 한다.

④ 제1항에도 불구하고 제8조 제3항 후단에 따른 사업자 단위 과세 사업자는 각 사업장을 대신하여 그 사업자의 본점 또는 주사무소의 소재지를 부가가치세 납세지로 한다.

⑤ 다음 각 호의 장소는 사업장으로 보지 아니한다.

1. 재화를 보관하고 관리할 수 있는 시설만 갖춘 장소로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 하치장(荷置場)으로 신고된 장소

2. 각종 경기대회나 박람회 등 행사가 개최되는 장소에 개설한 임시사업장으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고된 장소

⑥ 재화를 수입하는 자의 부가가치세 납세지는 「관세법」에 따라 수입을 신고하는 세관의 소재지로 한다.

제8조(사업자등록) ① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다.