이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2024.10.31. A(주)로부터 인천광역시 OOO㎡(이하“쟁점토지”라 한다)를유상취득하고,2024.10.31. 과세표준을OOO원으로하여취득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 쟁점토지 및 사업시행자가 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」(이하 “물류시설법”이라 한다)에 따른 물류단지 및 물류단지개발사업 시행자로 의제된다고 주장하며, 쟁점토지의 취득이 물류시설법에 의한 물류단지 내에서 물류사업을 직접 하려는 자가 물류단지개발사업 시행자로 지정받은 자로부터 취득하는 물류시설용 부동산의 취득에 해당하므로 「지방세특례제한법」(2024.12.31., 법률 제20632호로 개정되기 전의 것, 이하 “지특법”이라 한다) 제71조 제2항을 적용하여 기 납부한 취득세 등의 일부를 환급하여야 한다는 취지로 2024.12.9. 및 2025.3.19. 두 차례에 걸쳐 경정정구를 제기하였으나 처분청은 2025.2.10. 및 2025.4.25. 이를 각 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.5.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점토지는 물류시설법에 따른 물류단지로 지정된 토지에 해당한다.

(가) 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」(이하 “경제자유구역법”이라 한다) 제2조의3 및 제3조에 따르면 경제자유구역에 대한 지원과 규제의 특례에 관한 규정은 다른 법률에 따른 지원과 규제의 특례에 관한 규정에 우선하여 적용하여야 하고, 경제자유구역개발계획 또한 다른 법률에 따른 개발계획에 우선한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제7조의6 제1항 제4호에는 「항만법」 제46조에 따른 OOO단지개발계획은 경제자유구역 내 경제자유구역개발계획이 이루어진 것으로 보고, 같은 법 제7조의2는 경제자유구역의 지정 또는 변경이 있은 때에는 그 경제자유구역개발계획의 내용에 따라 각 호의 지정·수립·승인 또는 변경이 각각 있는 것으로 본다고 규정하면서 제5호에 물류시설법 제22조에 따른 물류단지의 지정을 규정하고 있다.

물류시설법 제22조 제1항은 일반물류단지는 국가정책사업으로 물류단지를 개발하거나 물류단지 개발사업의 대상지역이 2개 이상의 특별시·광역시·특별자치시·도 또는 특별자치도에 걸쳐 있는 경우에는 국토교통부장관이, 이외의 경우는 시·도시자가 지정한다고 규정하고 있다.

(나) 인천광역시 OOO공구의 소관 행정기구인 OOO청이 작성한 OOO 기반시설 중 공유수면 매립사업 추진내역에 따르면, 국가정책으로 해양수산부가 2006년부터 OOO건설사업을 추진한 사업인 OOO건설사업(OOO) 지역은 경제자유구역법 제4조에 따라 지정·고시된 지역으로 경제자유구역법의 적용을 받는 지역이고, “OOO고시(2019.5.20.)”에서 개발사업의 목적으로 “제3차 전국 항만기본계획 수정계획(2016∼2020년) 중 인천항 기본계획”에 따라 OOO공구 일부를 항만 시설 및 OOO단지로 조성함으로써 적정 수요의 항만 개발 및 OOO활성화를 도모하기 위해 시작되었다.

(다) 또한, 해양수산부의 보도자료(2024.1.30.)에 따르면 공급되는 OOO㎡)는 민간자본을 유치하여 준공하는 최초의 OOO단지 민간개발사업으로, 이 사업은 사업시행자인 A(주)의 2018년 2월 사업의향서 제출을 시작으로, 2019년 7월 우선협상대상자 선정, 같은 해 12월 실시협약을 체결하였고, 2021.10.25. 착공하여 27개월 만에 성공적으로 공사를 마쳤으며, 해양수산부는 이번에 준공한 OOO 개발사업을 시작으로 인천지역의 부족한 물류부지 확보를 위해 OOO단지개발사업을 계속해서 추진해 나갈 계획이라고 밝혔다.

인천지방해양수산청 공고(2024.9.26.)인 “OOO단지개발사업 공사완료 공고”에 따르면 OOO단지(1단계 2구역)개발사업, 사업시행자는 A(주)이고, OOO단지개발사업의 위치 및 준공일(2024.8.22.) 등이 나타나며, 국가정책사업의 일환으로 추진된 사업임이 확인된다.

(라) 따라서, OOO공구는 OOO 활성화 도모를 목적으로 한 경제자유구역법 제7조의6 제1항 제4호에 따른 「항만법」에 따른 OOO단지개발계획으로 “OOO단지(B) 실시계획(변경) 승인 및 지형도면”이 고시됨에 따라 경제자유구역법 제7조의2 제5호의 물류시설법 제22조에 따른 물류단지가 지정된 경우에 해당된다고 할 것이므로 쟁점토지는 물류단지로 지정된 토지에 해당한다.

(2) 쟁점토지는 물류단지 사업시행자로부터 취득한 토지이다.

(가) 경제자유구역법 제11조 제1항은 개발사업시행자가 제9조에 따라 실시계획의 승인 또는 변경 승인을 받은 경우에는 다음 각 호의 허가·인가·지정·승인·협의 및 신고 등을 받은 것으로 보고, 제10조에 따라 실시계획의 승인이 고시된 때에는 다음 각 호의 법률에 따른 허가등의 고시 또는 공고가 있은 것으로 본다고 규정하면서 제32호에 물류시설법 제28조에 따른 물류단지개발실시계획의 승인을 규정하고 있다.

(나) 물류시설법 제27조 제1항에 물류단지개발사업을 시행하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 물류단지 지정권자로부터 시행자 지정을 받아야 한다고 규정하고 있고, 제2항에는 물류단지개발상의 시행자로 지정받을 수 있는 자로 「민법」 또는 「상법」에 따라 설립된 법인을 규정하고 있으며, 이와 관련하여 해양수산부는 민간투자를 통한 배후단지 공급으로 고부가가치물류 제조시설 유치를 위한 OOO단지(1단계2구역) 개발사업 제3자 제안공모 공고(해양수산부 2019.3.4.)를 통해 우선 협상대상자로 2019.7.3. 민간 컨소시엄인 A(주)를 선정하였고, 2019.12.20. 사업시행에 대한 협약 체결, 2019.12.23. A(주)를 사업시행자로 지정 통보하였으며, 2021.7.30. 개발사업 실시계획의 승인을 통보(2021.7.30.) 하였다.

(다) 또한, OOO청의 "OOO단지(B) 실시계획(변경) 승인 및 지형도면 고시"(2021.10.12.)에서 OOO 사업시행자가 종전 해양수산부, B에서 해양수산부, B, A(주)로 변경됨에 따라 OOO단지(1단계 2구역) 개발사업 시행자가 A(주)로 확인된다고 할 것이다.

(라) 해양수산부 보도자료(2021.10.22.)에 2021.10.25. OOO단지개발사업 착공을 밝혔고, OOO단지개발사업 공사완료 공고(2024.9.26.)에 OOO개발사업의 명칭으로 OOO단지(1단계 2구역)이며, 개발사업 사업시행자는 A(주)로 확인된다.

(마) 쟁점토지의 토지대장에 2024.10.28. 신규등록(매립준공) 및 A(주)로 소유자 등록이 되고, 등기사항전부증명서(토지)에는 2024.10.31. A(주)로부터 청구법인에게 소유권보존등기된 것이 확인된다. 따라서, 경제자유구역법 제11조 제1항 제32호에 따라 OOO단지 개발사업은 물류시설법 제28조에 따른 물류단지개발 실시계획으로 승인된 사업에 해당하고, 같은 법 제27조에 따른 물류단지 지정권자로부터 시행자로 지정받은 A(주)로부터 쟁점토지를 취득하였다.

나. 처분청 의견

(1) 지특법 제71조 제1항의 감면규정은 문언에 따라 엄격하게 해석함이 타당하다.

대법원은 “조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다”고 판시하였고(대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결), 헌법재판소 역시 “조세감면의 우대조치는 조세평등주의에 반하고 국가나 지방자치단체의 재원의 포기이기도 하여 가급적 억제되어야 하고 그 범위를 확대하는 것은 결코 바람직하지 못하므로 특히 정책목표달성에 필요한 경우에 그 면제혜택을 받는 자의 요건을 엄격히 하여 극히 한정된 범위 내에서 예외적으로 허용되어야 하는 것이다”라고 판시하였다(헌법재판소 1996.6.26. 선고 93헌바2 결정).

(2) 쟁점토지는 지특법 제71조 제2항의 감면요건을 충족하지 못한다.

(가) 쟁점토지가 소재한 지역을 물류시설법 제22조 제1항에 따라 지정된 물류단지에 해당하는 것으로 보기 어렵다.

대법원은 “주된 인·허가에 관한 사항을 규정하고 있는 어떠한 법률에서 주된 인·허가가 있으면 다른 법률에 의한 인·허가를 받은 것으로 의제한다는 규정을 둔 경우에는, 주된 인·허가가 있으면 다른 법률에 의한 인·허가가 있는 것으로 보는 데 그치는 것이고, 그에서 더 나아가 다른 법률에 의하여 인·허가를 받았음을 전제로 한 다른 법률의 모든 규정들까지 적용되는 것은 아니라고 할 것이다”라고 판시하였다(대법원 2004.7.22. 선고 2004다19715 판결).

인·허가 의제 제도는 목적사업의 원활한 수행을 위해 창구를 단일화하여 행정절차를 간소화하는 데 그 입법취지가 있고 목적사업이 관계 법령상 인·허가의 실체적 요건을 충족하였는지에 관한 심사를 배제하려는 취지는 아니므로, 승인권자가 관계 행정청과 미리 협의한 사항에 한하여 그 승인처분을 할 때에 인·허가 등이 의제된다고 보아야 한다(대법원 2018.10.25. 선고 2018두43095 판결, 대법원 2025.4.3. 선고 2024두66341 판결 등 참조)

또한 조세심판원은 “쟁점토지가 물류시설법에 따라 지정된 물류단지에 해당되려면 경제자유구역법 제11조에 따라 물류단지개발실시계획의 승인을 받은 것으로 의제되어야 하는데, 그러기 위해서는 경제자유구역법 제9조 및 같은 법 시행령 제8조에 따라 경제자유구역개발사업 실시계획에 물류단지개발 실시계획 관련 내용이 포함되어야 하고 그 내용에 대해 국토해양부장관 또는 관할 시·도지사와의 협의를 반드시 거쳐야 한다”라고 판단하였다(조심 2024지556, 2025.5.20., 같은 뜻임).

(나) 경제자유구역법 제7조의2 제5호는 경제자유구역의 지정 또는 변경이 있은 때에는 그 경제자유구역 개발계획의 내용에 따라 물류시설법 제22조에 따른 물류단지의 지정이 있은 것으로 본다고 규정하고 있고, 같은 법 제11조 제1항 제32호는 개발사업시행자가 같은 법 제9조에 따른 실시계획의 승인 또는 변경승인을 받은 경우에는 물류시설법 제28조에 따른 물류단지개발실시계획의 승인을 받은 것으로 보되, 제11조 제2항에서 같은 법 제9조에 따른 실시계획에 물류단지개발실시계획에 해당하는 사항이 포함되어 있으면 미리 관계 행정기관의 장과 협의하여야 한다고 규정하고 있다.

나아가 경제자유구역법 시행령 제8조 제1항 제9호는 개발사업시행자가 실시계획의 승인 또는 변경승인을 받을 때 법 제11조에 따라 의제되는 허가 등이 있는 경우 그 내용이 포함된 실시계획 승인신청서를 제출하여야 한다고 규정하고 있다. 경제자유구역법 제11조에 인·허가 의제 규정을 둔 입법취지는 경제자유구역 개발사업을 시행하는데 필요한 각종 인·허가 창구를 경제자유구역 개발사업 실시계획 승인권자로 단일화하고 그 절차를 간소화하여 일괄처리함으로서 각종 인허가에 드는 비용과 시간을 절감하여 경제자유구역의 지정·운영을 활성화하려는데 있고, 관계 법령상 인·허가의 실체적 요건을 충족하였는지에 관한 심사를 배제하려는 취지는 아닌 점 등을 고려하면, 경제자유구역개발사업 실시계획 승인권자가 관계 행정기관의 장과 미리 협의한 사항에 한하여 그 승인처분을 할 때에 인·허가 등이 의제된다고 보아야 한다(대법원 2018.10.25. 선고 2018두43095 판결 등 다수, 같은 뜻임).

(다) 지특법 제71조 제1항 및 제2항은 물류시설용 부동산에 대한 감면요건의 하나로 ‘물류시설법 제22조 제1항에 따라 지정된 물류단지에 소재’할 것을 규정하고 있으므로 쟁점토지가 물류시설법에 따라 지정된 물류단지에 해당하려면 경제자유구역법 제11조에 따라 물류단지개발실시계획의 승인을 받은 것으로 의제되어야 하는데, 그러기 위해서는 경제자유구역법 제9조 및 같은 법 시행령 제8조에 따라 경제자유구역개발사업 실시계획에 물류단지개발실시계획 관련 내용이 포함되어야 하고, 그 내용에 대해 국토교통부장관 또는 관할 시·도지사와의 협의를 반드시 거쳐야 하는데, 2013.4.1.자 OOO고시인 ‘OOO단지(B) 실시계획 승인 및 지형도면 고시’ 및 그 이후의 변경 내용에 따르면, 물류시설법에 따른 물류단지개발실시계획의 인·허가 의제에 관한 사항이 포함되어 있지 않다.

또한 토지이용계획 자료에 의하면 쟁점토지의 지목은 ‘창고용지’이고, 지역·지구 등의 지정여부에 대해 ‘지구단위계획구역(2013.4.1.)(OOO단지(B))’, 경제자유구역법에 따른 ‘경제자유구역’ 등으로 기재되어 있으나, 물류시설법에 따른 물류단지에 해당한다는 내용은 기재되어 있지 않다.

따라서 쟁점토지가 소재한 OOO단지(B)는 경제자유구역법 제11조에 따라 물류시설법에 따른 물류단지로 인·허가 의제가 되었다고 볼 수 없고, 또한 처분청이 물류단지 지정권자인 인천광역시로부터 회신받은 일반물류단지 지정 현황 관련 공문에 따르면, 쟁점토지가 소재한 OOO단지(B)를 포함한 OOO 지역 전체는 물류시설법 제22조 제1항에 의해 ‘일반물류단지’로 지정되지 않았으며, 범위를 인천광역시 전체 지역으로 확장하더라도 ‘일반물류단지’는 인천광역시 OOO에 소재한 ‘OOO 물류단지’가 유일함을 알 수 있고, C의 물류단지 현황 자료에 의해서도 같은 내용을 확인할 수 있으므로 쟁점토지는 물류시설법 제22조 제1항에 따라 지정된 일반물류단지에 해당하지 않는다고 판단된다.

(나) 쟁점토지의 매도인인 A(주)는 물류시설법 제27조에 따른 물류단지개발사업의 시행자에 해당하지 않는다.

청구법인이 제출한 자료 및 주장에 따르더라도 쟁점토지를 매도한 A(주)는 경제자유구역법에 따라 추가된 개발사업시행자이고, 물류시설법 제27조에 따라 지정된 물류단지개발사업의 시행자에 해당하지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지가 지특법 제71조 제2항에 따라 취득세 감면대상인지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 OOO단지(B)의 개발 등 관련 절차 및 고시 등의 주요 내용은 다음과 같다.

(가) 2003.8.11. OOO지정 고시(재정경제부고시 제OOO호) : 물류용지 배치, 관세자유지역 조성 및 물류유통업, 물류지원서비스업(은행, 보험 등) 유치 계획은 포함되어 있으나 인허가의제 관련 사항은 없다.

(나) 2013.4.1. OOO단지(B) 실시계획 승인 및 지형도면 고시(OOO청고시 제OOO호) : 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제30조에 따른 도시관리계획 결정(항만 결정, 항만 세부시설 조성계획 등)에 관한 사항과 같은 법 제52조에 따른 지구단위계획에 관한 사항 등이 기재되어 있다.

(다) 2014.4.14. OOO단지(B) 실시계획 (변경)승인 및 지형도면 고시(OOO청고시 제OOO호) : 경제자유구역법 제11조에 따라 의제되는 허가 등으로 “「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제30조에 따른 도시관리계획의 결정(항만시설의 세부시설 조성계획 변경)”이 기재되어 있다.

(라) 2015.1.3. OOO단지(B) 실시계획(변경) 승인 고시(OOO청고시 제OOO) : 경제자유구역법 제11조에 따라 의제되는 허가 등으로 “「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제86조에 따른 도시·군계획시설사업시행자의 지정, 같은 법 제88조에 따른 실시계획의 인가(폐기물처리시설)”만이 기재되어 있다.

(마) 2015.1.12. OOO단지(A), (B)〕 개발계획 변경 및 지형도면 고시(산업통상자원부고시제OOO호) : 인허가의제 관련 사항은 없다.

(2) 국토교통부에서 운영·관리하는 누리집(C)에는 인천 지역의 물류단지는 ‘OOO 물류단지’만 등록되어 있으며 OOO단지(B)는 등록되어 있지 않은 것으로 나타난다.

(3) 청구법인이 제출한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2007.1.2. 보세창고업, 창고업, 물류업, 컨테이너 야적장업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로 인천광역시 OOO 내에 본사를 두고 있다.

(나) 청구법인이 A(주)부터 취득한 쟁점토지는 OOO 물류기업 유치를 위한 OOO단지 내 토지로서, OOO청 홈페이지에서 아래 ＜표＞와 같이 OOO 기반시설 중 공유수면 매립사업 추진내역에 OOO 사업규모, 사업비, 사업기간, 관리주체 등이 확인된다.

＜표＞ 쟁점토지가 속해있는 OOO단지 사업추진 내역 등

○○○

(다) 해양수산부 OOO단지(1단계2구역) 개발사업에 대하여 2019.3.4. 제3자 제안공모 공고가 있었고, 2019.7.3. 해양수산부 OOO단지(1단계2구역) 개발사업의 우선 협상대상자로 민간 컨소시엄 (가칭) A(주)가 선정되었으며, 2019.12.20. 해양수산부와 A(주) 간 사업시행에 대하여 다음과 같은 협약이 체결되었다.

○○○

(라) 해양수산부는 2019.12.23. 「항만법」 제59조에 따라 OOO단지(1단계2구역)개발사업에 대한 A(주)를 사업시행자로 지정 통보하였고, 2021.7.30. A(주)의 “OOO단지(1단계2구역) 개발사업” OOO단지 실시계획을 승인하였다(2021.10.12.).

○○○

(마) A(주)는 2021.10.25. OOO단지(1-1단계 2구역) 개발사업에 착공하여 2024.9.26. 인천지방해양수산청장의 OOO단지(1단계 2구역)의 공사완료를 아래와 같이 공고하였다.

○○○

(바) 쟁점토지의 토지대장에 2024.10.28. 신규등록(매립준공) 및 A(주)로 소유자 등록이 되고, 등기사항전부증명서(토지)에는 2024.10.31. A(주)로부터 청구법인에게 소유권보존등기된 것이 확인된다.

(사) 2021.11.17. 분양자 A(주), 수분양자 청구법인, 주식회사 D 사이에 OOO단지(1단계 2구역)개발사업 토지분양계약서를 작성하였고, 2024.10.28. 토지분양계약서는 다음과 같이 변경되었다.

○○○

(아) 청구법인은 2024.10.31. 쟁점토지를 취득하고 취득세 등 합계 OOO원을 납부하였고, 처분청에 2024.12.9. 및 2025.3.19. 지특법 제71조 제2항을 적용하여 감면대상임을 주장하며 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.2.10. 및 2025.4.25. 이를 각 거부처분하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「행정기본법」 제24조(인허가의제의 기준)에 따르면 인허가의제를 받으려면 ‘주된 인허가를 신청할 때 관련 인허가에 필요한 서류를 함께 제출’하여야 하고, 주된 인허가 행정청은 ‘주된 인허가를 하기 전에 관련 인허가에 관하여 미리 관련 인허가 행정청과 협의’하여야 하며, 경제자유구역법 제7조의2(경제자유구역 지정의 효과)는 경제자유구역의 지정 또는 변경이 있은 때에는 그 경제자유구역개발계획의 내용에 따라 물류시설법 제22조에 따른 물류단지의 지정이 있은 것으로 본다고 규정하고 있다. 경제자유구역법 법 제11조(인가·허가 등의 의제)는 개발사업시행자가 같은 법 제9조에 따른 실시계획의 승인 또는 변경승인을 받은 경우에는 물류시설법 제28조에 따른 물류단지개발실시계획의 승인을 받은 것으로 보되, 그 실시계획에 물류단지개발실시계획에 해당하는 사항이 포함되어 있으면 미리 관계 행정기관의 장과 협의하여야 하고 실시계획의 승인이 고시된 때 물류단지개발실시계획도 고시된 것으로 본다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제8조(실시계획의 승인신청)는 개발사업시행자가 실시계획의 승인 또는 변경승인을 받을 때 법 제11조에 따라 의제되는 허가등이 있는 경우 그 내용이 포함된 실시계획 승인신청서를 제출하여야 한다고 규정하고 있다.

(나) 경제자유구역법 제11조에 인·허가 의제 규정을 둔 입법 취지는, 경제자유구역개발사업을 시행하는데 필요한 각종 인·허가 창구를 경제자유구역개발사업 실시계획 승인권자로 단일화하고 그 절차를 간소화하여 일괄처리함으로서 각종 인허가에 드는 비용과 시간을 절감하여 경제자유구역의 지정·운영을 활성화하려는데 있고, 관계 법령상 인허가의 실체적 요건을 충족하였는지에 관한 심사를 배제하려는 취지는 아닌 점 등을 고려하면, 경제자유구역개발사업 실시계획 승인권자가 관계 행정기관의 장과 미리 협의한 사항에 한하여 그 승인처분을 할 때에 인허가 등이 의제된다고 보아야 한다(대법원 2012.2.9. 선고 2009두16305 판결 등 다수, 같은 뜻임).

(다) 지특법 제71조 제2항은 물류시설용 부동산에 대한 감면요건의 하나로 ‘물류시설법 제22조 제1항에 따라 지정된 물류단지 내에 소재’할 것을 규정하고 있으므로 쟁점토지가 물류시설법에 따라 지정된 물류단지에 해당되려면 경제자유구역법 제11조에 따라 물류단지개발실시계획의 승인을 받은 것으로 의제되어야 하는데, 그러기 위해서는 경제자유구역법 제9조 및 같은 법 시행령 제8조에 따라 경제자유구역개발사업 실시계획에 물류단지개발실시계획 관련 내용이 포함되어야 하고 그 내용에 대해 국토해양부장관 또는 관할 시·도지사와의 협의를 반드시 거쳐야 한다.

그런데, 경제자유구역법에 따라 의제되는 인허가 사항으로 OOO단지(B) 실시계획 (변경)승인 및 지형도면 고시(2014.4.14.)에는 ‘「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시관리계획 결정’만이, OOO단지(B) 실시계획(변경) 승인 고시(2015.1.3.)에는 ‘「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시·군계획시설사업시행자 지정 및 폐기물처리시설 실시계획 인가’만이 포함되어 있을 뿐이고 물류시설법에 따른 물류단지개발실시계획의 인허가의제에 관한 사항을 확인할 수 없으며, 국토교통부에서 관리·운영하는 누리집(C)에도 인천 지역의 물류단지는 ‘OOO 물류단지’만 등록되어 있고, OOO 물류단지(B)는 등록되어 있지 않은 것으로 확인된다.

(라) 따라서, 쟁점토지가 소재한 OOO 물류단지(B)는 경제자유구역법 제11조에 따라 물류시설법에 따른 물류단지로 인·허가의제가 되었다고 보기 어렵다고 할 것이고, 그렇다면 처분청이 쟁점톱지에 대하여 지특법 제71조 제2항의 물류단지 등에 대한 감면을 적용하지 아니하고 취득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2024지556, 2025.5.20., 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항, 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 지방세특례제한법(2024.12.31., 법률 제20632호로 개정되기 전의 것)

제71조(물류단지 등에 대한 감면) ① 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」 제27조에 따른 물류단지개발사업의 시행자가 같은 법 제22조 제1항에 따라 지정된 물류단지(이하 이 조에서 “물류단지”라 한다)를 개발하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 25를 각각 2025년 12월 31일까지 경감한다. 이 경우 지방자치단체의 장은 재산세에 대해서는 해당 지역의 재정 여건 등을 고려하여 100분의 10의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다.

② 물류단지에서 대통령령으로 정하는 물류사업(이하 이 항에서 “물류사업”이라 한다)을 직접 하려는 자가 물류사업에 직접 사용하기 위해 취득하는 대통령령으로 정하는 물류시설용 부동산(이하 이 항에서 “물류시설용 부동산”이라 한다)에 대해서는 2025년 12월 31일까지 취득세의 100분의 50을 경감하고, 2025년 12월 31일까지 취득하여 과세기준일 현재 물류사업에 직접 사용하는 물류시설용 부동산에 대해서는 그 물류시설용 부동산을 취득한 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감한다.

(2) 지방세특례제한법 시행령(2020.1.15., 대통령령 제30355호로 개정된 것)

제33조(물류사업의 범위 등) ① 법 제71조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 물류사업”이란 「물류정책기본법」 제2조 제1항 제2호에 따른 물류사업을 말한다.

② 법 제71조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 물류시설용 부동산”이란 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」 제2조 제7호에 따른 일반물류단지시설(「유통산업발전법」 제2조 제3호에 따른 대규모점포는 제외한다)을 설치하기 위해 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」 제27조에 따른 물류단지개발사업의 시행자로부터 취득하는 토지와 그 토지 취득일부터 5년 이내에 해당 토지에 신축하거나 증축하여 취득하는 건축물(토지 취득일 전에 신축하거나 증축한 건축물을 포함한다)을 말한다.

(3) 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법

제2조의2(다른 법률과의 관계) 이 법에 따른 경제자유구역에 대한 지원과 규제의 특례에 관한 규정은 다른 법률에 따른 지원과 규제의 특례에 관한 규정에 우선하여 적용한다. 다만, 다른 법률에 이 법에 따른 규제에 관한 특례보다 완화되는 규정이 있으면 그 법률에서 정하는 바에 따른다.

제4조(경제자유구역의 지정 등) ① 시·도지사는 지식경제부장관에게 경제자유구역의 지정을 요청할 수 있다. 다만, 대상구역이 둘 이상의 특별시·광역시·도 또는 특별자치도(이하 “시·도”라 한다)에 걸쳐 있는 경우에는 해당 시·도지사가 공동으로 지정을 요청하여야 한다.

② 시·도지사는 제1항에 따라 경제자유구역의 지정을 요청하려는 경우에는 제6조 제1항 각 호의 사항이 포함된 경제자유구역개발계획(이하 “경제자유구역개발계획”이라 한다)을 작성하여 이를 제출하여야 한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 주민의 의견을 미리 들어야 한다.

③ 시·도지사는 경제자유구역개발계획에 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제2조 제5호 가목부터 다목까지의 규정에 따른 산업단지에 관한 사항이 포함되어 있으면 제1항에 따라 경제자유구역의 지정을 요청하기 전에 국토해양부장관과 협의를 하여야 한다. 이 경우 국토해양부장관은 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제3조에 따른 산업입지정책심의회의 심의를 거쳐야 한다.

④ 제1항에 따라 경제자유구역의 지정을 요청받은 지식경제부장관은 관계 행정기관의 장과의 협의와 경제자유구역위원회의 심의·의결을 거쳐 경제자유구역개발계획을 확정하고 경제자유구역을 지정한다. 이 경우 제1항에 따라 경제자유구역의 지정을 요청한 시·도지사의 의견을 들어야 한다.

⑧ 지식경제부장관은 제4항이나 제5항에 따라 경제자유구역을 지정한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 내용을 관보에 고시하고, 지체 없이 이를 관할 시·도지사에게 통지하여야 한다. 이 경우 지형도면의 고시에 관하여는 「토지이용규제 기본법」 제8조에 따른다.

⑨ 제8항에 따른 통지를 받은 시·도지사는 그 내용을 14일 이상 일반인이 열람할 수 있게 하여야 한다.

제7조의2(경제자유구역 지정의 효과) 경제자유구역의 지정이 있은 때에는 그 경제자유구역개발계획의 내용에 따라 다음 각 호의 지정·수립·승인 또는 변경이 각각 있은 것으로 본다.

5. 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」 제22조에 따른 물류단지의 지정

6. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제22조에 따른 도시·군기본계획의 수립 또는 변경과 이에 관한 국토해양부장관의 승인(경제자유구역 외의 지역에 대한 도시·군기본계획 변경안을 마련하여 국토해양부장관에게 제출하여 승인받은 경우만 해당한다)

제9조(경제자유구역개발사업 실시계획의 승인) ① 개발사업시행자는 개발사업시행자로 지정된 날부터 2년 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 경제자유구역개발사업 실시계획(이하 “실시계획”이라 한다)을 작성하여 관할 시·도지사의 승인을 받아야 한다. 승인받은 사항을 변경할 때에도 또한 같다. 다만, 제4조 제7항에 따라 경제자유구역의 개발을 단계적으로 시행하는 경우 최종 단계의 실시계획의 승인신청은 제4조 제8항에 따른 고시일부터 10년의 범위에서 따로 정하는 때까지 하여야 한다.

② 시·도지사는 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 실시계획을 승인하거나 변경승인을 하는 경우에는 미리 지식경제부장관과 협의하여야 한다.

③ 시·도지사는 개발사업시행자가 외국인투자의 지연, 자연재해 등의 불가피한 사유로 실시계획의 승인기한의 연장을 요청하는 경우에는 1년 이내의 범위에서 그 기한을 연장할 수 있다.

④ 실시계획에는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제52조에 따라 작성된 지구단위계획이 포함되어야 한다.

⑤ 시·도지사는 개발사업시행자와 관할 경제자유구역의 특성 및 여건을 고려하여 산업·유통시설용지 일부를 외국인투자기업에게 임대하거나 분양용지로 공급하는 방안 등을 협의하여 이를 실시계획에 반영하도록 하여야 한다.

제10조(실시계획 승인의 고시 등) ① 시·도지사는 제9조에 따라 실시계획을 승인하거나 변경승인한 경우에는 지체 없이 이를 공보에 고시하고 관계 서류의 사본을 지식경제부장관에게 송부하여야 한다.

② 시·도지사는 실시계획 승인 또는 변경승인의 내용을 14일 이상 일반인이 열람할 수 있게 하여야 한다.

제11조(인가·허가 등의 의제) ① 개발사업시행자가 제9조에 따라 실시계획의 승인 또는 변경승인을 받은 경우에는 다음 각 호의 허가·인가·지정·승인·협의 및 신고 등(이하 “허가등”이라 한다)을 받은 것으로 보며, 제10조에 따라 실시계획의 승인이 고시된 때에는 다음 각 호의 관계 법률에 따른 허가등의 고시 또는 공고가 있은 것으로 본다.

16. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제30조에 따른 도시·군관리계획의 결정, 같은 법 제32조에 따른 지형도면 고시, 같은 법 제56조에 따른 토지의 분할·형질변경 허가, 같은 법 제86조에 따른 도시·군계획시설사업시행자의 지정, 같은 법 제88조에 따른 실시계획의 인가

32. 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」 제28조에 따른 물류단지개발실시계획의 승인

② 시·도지사는 제9조에 따라 실시계획을 승인하거나 변경승인하는 경우 그 실시계획에 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사항이 포함되어 있으면 미리 관계 행정기관의 장과 협의하여야 하며, 협의를 요청받은 행정기관의 장은 대통령령으로 정하는 기간 내에 의견을 제출하여야 한다. 이 경우 관계 행정기관의 장이 그 기간 내에 의견을 제출하지 아니하면 의견이 없는 것으로 본다.

(4) 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 법률 시행령

제8조(실시계획의 승인신청) ① 개발사업시행자는 법 제9조 제1항에 따라 실시계획의 승인 또는 변경승인을 받으려는 경우에는 다음 각 호의 사항이 포함된 실시계획 승인신청서를 작성하여 시·도지사에게 제출하여야 한다.

9. 법 제11조 제1항 각 호에 따라 의제되는 허가등이 있는 경우에는 그 내용

(5) 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

6. “물류단지”란 물류단지시설과 지원시설을 집단적으로 설치·육성하기 위하여 제22조에 따라 지정·개발하는 일단(一團)의 토지를 말한다.

7. “물류단지시설”이란 화물의 운송·집화·하역·분류·포장·가공·조립·통관·보관·판매·정보처리 등을 위하여 물류단지 안에 설치되는 다음 각 목의 시설을 말한다.

8. “지원시설”이란 물류단지시설의 운영을 효율적으로 지원하기 위하여 물류단지 안에 설치되는 다음 각 목의 시설을 말한다. 다만, 가목 또는 나목의 시설로서 제7호 가목부터 자목까지의 시설과 동일한 건축물에 설치되는 시설을 제외한다.

제22조(물류단지의 지정) ① 물류단지는 국토해양부장관이 지정한다. 다만, 대통령령으로 정하는 규모 이하의 물류단지는 관할 시·도지사가 지정한다.

② 국토해양부장관은 물류단지를 지정하려는 때에는 물류단지개발계획을 수립하여 관할 시·도지사의 의견을 듣고 관계 중앙행정기관의 장과 협의한 후 「물류정책기본법」 제19조 제1항 제2호의 물류시설분과위원회의 심의를 거쳐야 한다. 물류단지개발계획 중 대통령령으로 정하는 중요 사항을 변경하려는 때에도 또한 같다.

③ 시·도지사는 물류단지를 지정하려는 때에는 물류단지개발계획을 수립하여 관계 행정기관의 장과 협의한 후 「물류정책기본법」 제20조의 지역물류정책위원회의 심의를 거쳐야 한다. 물류단지개발계획 중 대통령령으로 정하는 중요 사항을 변경하려는 때에도 또한 같다.

④ 관계 행정기관의 장과 제27조 제2항 제2호부터 제5호까지의 어느 하나에 해당하는 자는 물류단지의 지정이 필요하다고 인정하는 때에는 대상지역을 정하여 국토해양부장관 또는 시·도지사(이하 “물류단지지정권자”라 한다)에게 물류단지의 지정을 요청할 수 있다. 이 경우 중앙행정기관의 장 이외의 자는 물류단지개발계획안을 작성하여 제출하여야 한다.

⑤ 제2항 및 제3항에 따른 물류단지개발계획에는 다음 각 호의 사항이 포함되어야 한다. 다만, 물류단지개발계획을 수립할 때까지 제3호의 시행자가 확정되지 아니하였거나 제8호의 세부목록의 작성이 곤란한 경우에는 물류단지의 지정 후에 이를 물류단지개발계획에 포함시킬 수 있다.

제23조(물류단지지정의 고시 등) ① 물류단지지정권자는 제22조에 따라 물류단지를 지정하거나 지정내용을 변경한 때에는 대통령령으로 정하는 사항을 관보 또는 특별시·광역시·도 또는 특별자치도(이하 “시·도”라 한다)의 공보에 고시하고, 관계 서류의 사본을 관할 시장·군수·구청장에게 보내야 한다.

② 물류단지로 지정되는 지역에 수용하거나 사용할 토지, 건축물, 그 밖의 물건이나 권리가 있는 경우에는 제1항에 따른 고시내용에 그 토지 등의 세부목록을 포함시켜야 한다.

③ 제1항에 따라 관계 서류를 받은 시장·군수·구청장은 이를 14일 이상 일반인이 열람할 수 있도록 하여야 한다.

제27조(물류단지개발사업의 시행자) ① 물류단지개발사업을 시행하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 물류단지지정권자로부터 시행자 지정을 받아야 한다.

② 제1항에 따라 물류단지개발사업의 시행자로 지정받을 수 있는 자는 다음 각 호의 자로 한다.

1. 국가 또는 지방자치단체

2. 대통령령으로 정하는 공공기관

3. 「지방공기업법」에 따른 지방공사

4. 특별법에 따라 설립된 법인

5. 「민법」 또는 「상법」에 따라 설립된 법인

6. 물류단지 예정지역의 토지소유자 또는 그 토지소유자가 물류단지개발을 위하여 설립한 조합

③ 제1항에 따라 물류단지개발사업의 시행자로 지정받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 물류단지지정권자에게 시행자 지정을 신청하여야 한다.

④ 물류단지지정권자는 제1항에 따라 물류단지개발사업을 시행하는 자로 지정받은 자(이하 “시행자”라 한다) 중 제2항 제5호 또는 제6호에 해당하는 자가 제28조에 따라 승인을 받은 물류단지개발실시계획에서 정하여진 기간 내에 물류단지개발사업을 완료하지 아니하면 제2항의 각 호의 자 중에서 다른 시행자를 지정하여 그 시행자에게 해당 물류단지개발사업을 시행하게 할 수 있다.

⑤ 제2항 제1호부터 제4호까지의 시행자는 물류단지개발사업을 효율적으로 시행하기 위하여 필요하다고 인정하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 물류단지에 입주하거나 입주하려는 물류시설의 운영자(이하 “입주기업체”라 한다) 및 지원시설의 운영자(이하 “지원기관”이라 한다)에게 물류단지개발사업의 일부를 대행하게 할 수 있다.

제28조(물류단지개발실시계획의 승인) ① 시행자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 물류단지개발실시계획(이하 “실시계획”이라 한다)을 수립하여 물류단지지정권자의 승인을 받아야 한다. 승인을 받은 사항 중 대통령령으로 정하는 중요 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.

② 실시계획에는 개발한 토지·시설 등의 처분에 관한 사항이 포함되어야 한다.

③ 물류단지지정권자가 제1항에 따라 실시계획을 승인하거나 승인한 사항을 변경승인할 때에는 제30조 제1항 각 호의 관계 법률에 적합한지를 미리 소관 행정기관의 장과 협의하여야 한다.

제29조(실시계획승인의 고시) ① 물류단지지정권자는 제28조에 따라 실시계획을 승인하거나 승인한 사항을 변경승인한 때에는 대통령령으로 정하는 사항을 관보 또는 시·도의 공보에 고시하고, 관계 서류의 사본을 관할 시장·군수·구청장에게 보내야 한다.

② 제1항에 따라 관계 서류의 사본을 받은 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 이를 14일 이상 일반인이 열람할 수 있도록 하여야 한다.

③ 제1항에 따라 관계 서류의 사본을 받은 시장·군수·구청장은 실시계획에 도시·군관리계획 결정사항이 포함되어 있으면 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제32조에 따라 지형도면의 고시 등에 필요한 절차를 취하여야 한다. 이 경우 시행자는 도시·군관리계획에 관한 지형도면의 고시 등에 필요한 서류를 작성하여 시장·군수·구청장에게 제출하여야 한다.

(6) 행정기본법

제24조(인허가의제의 기준) ① 이 절에서 “인허가의제”란 하나의 인허가(이하 “주된 인허가”라 한다)를 받으면 법률로 정하는 바에 따라 그와 관련된 여러 인허가(이하 “관련 인허가”라 한다)를 받은 것으로 보는 것을 말한다.

② 인허가의제를 받으려면 주된 인허가를 신청할 때 관련 인허가에 필요한 서류를 함께 제출하여야 한다. 다만, 불가피한 사유로 함께 제출할 수 없는 경우에는 주된 인허가 행정청이 별도로 정하는 기한까지 제출할 수 있다.

③ 주된 인허가 행정청은 주된 인허가를 하기 전에 관련 인허가에 관하여 미리 관련 인허가 행정청과 협의하여야 한다.

④ 관련 인허가 행정청은 제3항에 따른 협의를 요청받으면 그 요청을 받은 날부터 20일 이내(제5항 단서에 따른 절차에 걸리는 기간은 제외한다)에 의견을 제출하여야 한다. 이 경우 전단에서 정한 기간(민원 처리 관련 법령에 따라 의견을 제출하여야 하는 기간을 연장한 경우에는 그 연장한 기간을 말한다) 내에 협의 여부에 관하여 의견을 제출하지 아니하면 협의가 된 것으로 본다.

⑤ 제3항에 따라 협의를 요청받은 관련 인허가 행정청은 해당 법령을 위반하여 협의에 응해서는 아니 된다. 다만, 관련 인허가에 필요한 심의, 의견 청취 등 절차에 관하여는 법률에 인허가의제 시에도 해당 절차를 거친다는 명시적인 규정이 있는 경우에만 이를 거친다.