이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2020.4.6. 경기도 화성시 비봉면 OOO㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득한 후, 2020.4.7. 처분청으로부터 「지방세특례제한법」제11조 제2항에 따라 농업법인이 영농·유통·가공에 직접 사용할 목적으로 취득한 부동산으로 하여 취득세의 100분의 50을 경감받았고, 나머지 취득세 등을 처분청에 신고·납부하였다.

나. 처분청은 2025.2.24. 청구법인의 이 건 토지에 대하여 「지방세특례제한법」제11조 제3항 제1호에 따른 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않은 것으로 보아 기 경감한 취득세 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 청구법인에게 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.5.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 이 건 토지에 감면유예기간(1년) 이내에 해당용도에 사용하기 위하여 노력하였고, 이 건 토지의 전체가 아닌 일부에 제1종 근린생활시설(에너지공급시설) 허가를 받아 건축공사를 진행중에 있었다.

청구법인은 이 건 토지 중 일부에는 OOO나무를 조림하였고, 일부에는 각종 채소류를 경작하였다.

처분청은 위 조림 등을 위해 구입한 묘목구입 영수증이 청구법인 대표이사 a(이하 “대표이사”라고 한다) 명의로 되어 있으므로 인정할 수 없다고 주장하고 있으나, 비록 이 건 토지를 청구법인이 취득하였다고 하더라도 실질적으로는 대표이사 및 배우자의 개인회사라 할 것이며, 법인과 개인의 개념이 없는 일반인들은 이를 구별하여 영수증 처리를 하지 못한 미흡한 점이 있다.

그렇다고 할지라고 위 OOO나무 등을 구입하여 개인 토지에 식재할 이유도 없는 사안으로 현재 이 건 토지 위에 OOO나무가 식재되어 있는바 이는 청구법인이 구입한 내용으로 인정되어야 할 것이다.

청구법인은 2023.2.22. 경기도 화성시 비봉면장에게 농지대장을 신청하였고, 해당 업무 담당자가 현장을 확인한 후 농지대장을 발급하여 주었다. 이는 이 건 토지 현장이 농지로 사용되고 있음을 확인해 주는 사항이라 할 것이다.

여름도 아닌 한 겨울에 OOO나무 등을 식재할 수는 없는 것이고, 이미 오래전에 이를 이행하였기 때문에 비봉면장이 현장확인을 한 후 농지대장을 신규발급한 것으로 청구법인이 이 건 토지를 해당 용도로 사용한 것으로 볼 수가 있으므로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.

나.처분청 의견

「지방세특례제한법」제11조 제2항에서 ‘농업회사법인이 영농·유통·가공에 사용하기 위하여 취득하는 부동산’이란 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제19조 제1항의 입법 취지에 따라 해당 법인이 기업적으로 농산물을 재배하는 토지거나 수확한 농산물을 출하·유통 및 가공 등을 하는데 사용하는 부동산으로 보아야 할 것인바,

청구법인의 경우, 감면유예기간(1년)이 경과한 2022.3.21. 등에 이 건 토지에 출장하여 확인한바에 따르면 이 건 토지 지상에 차량과 건설기계만이 주차되어 있는 사실상 처분청의 출장복명서에서 확인되는 점, 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 경작에 사용하였다고 주장하면서 묘목구입 대금납부 확인서를 제출하였으나, 이는 청구법인의 대표이사 명의로 납부한 학인서에 불과하고, 이를 근거로 청구법인이 이 건 토지를 영농 등에 직접 사용하였다고 보기 어렵고, 처분청이 출장복명한 이 건 토지 사진에서도 육묘가 식재된 흔적을 찾아볼 수가 없는 점, 아울러, 청구법인의 대표이사가 이 건 토지를 취득한 날로부터 1년 이내에 이 건 토지의 일부에 전기자동차충전소 설치하기 위하여 건축허가 및 행위허가를 받은 사실이 확인되어 감면유예기간(1년) 이내에 청구법인이 이 건 토지를 영농·유통·가공 용도에 직접 사용하였다고 보기 어려운 점, 청구법인이 제출한 자료만으로 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 감면유예기간(1년) 이내에 해당용도로 사용하지 못한 것에 정당한 사유가 있는 것으로 확인되지 않는 점 등에서 볼 때 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 감면유예기간(1년) 이내에 정당한 사유없이 영농·유통·가공용도에 직접 사용하지 않은 것으로 보고 이 건 취득세 등을 부과한 처분의 당부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 서류를 보면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인의 법인등기부를 보면, 청구법인은 2017.12.8. 농산물의 생산·유통·가공·판매, 농작물의 전부 또는 일부대행, 기타 농업회사법인 제2조의 목적달성을 위하여 정관으로 정하는 사업을 목적사업으로, 경기도 화성시 비봉면 OOO을 본점소재지로 하여 설립되었다가 2020.3.25.부터 경기도 화성시에 주소를 둔 a이 대표이사가 된 것으로 확인된다.

(나) 청구법인은 2020.4.6. 이 건 토지를 취득한 후, 2020.4.7. 처분청에 이 건 토지를 「지방세특례제한법」제11조 제2항에 따른 농업법인이 영농·유통·가공에 직접 사용할 목적으로 취득한 부동산으로 하여 취득세의 100분의 50을 감면신청하여, 감면을 받았고, 그 감면신청당시 청구법인이 처분청에 제출한 사용목적확인서는 아래와 같다.

○○○

(다) 청구법인의 대표이사는 2020.12.15. 처분청으로부터 이 건 토지 중 일부에 대하여 건축허가 및 행위허가를 아래와 같이 받은 것으로 확인된다.

○○○

(라) 처분청은 2022.3.21. 및 2022.3.22.에 이 건 토지에 출장한 후 작성한 결과보고서를 아래와 같이 제출하였다.

○○○

(마) 처분청은 2022.12.14. 2020년도부터 2024년도까지 「농업ㆍ농촌 공익기능 증진 직접지불제도 운영에 관한 법률」에 따른 직불금을 수령한 자가 없었다는 것을 확인한 경기도 화성시 비봉면장의 공문(비봉면-OOO호)을 우리 원에 제출하였다.

(바) 처분청이 제출한 2021년대 재산세 과세내역을 보면 청구법인은 처분청 관내에 이 건 토지에 대하여만, 대표이사는 경기도 화성시 비봉면 OOO㎡에 대하여 재산세를 납부하고 있고, 그 중 경기도 화성시 비봉면 OOO㎡에 대하는 현황을 농지로 하여 재산세를 납부한 것으로 확인된다.

(사) 청구법인은 이 건 토지에 대한 경기도 화성시 비봉면장이 농지대장을 발급해 준 것은 청구법인이 이 건 토지를 농지로 사용하였기 때문이라고 주장하며 아래와 같이 농지대장을 우리 원에 제출하였다.

○○○

(아) 청구법인은 2020.4.14. OOO나무 200편을 A로부터 구입하였다고 주장하며, A가 2020.4.14. 대표이사에게 발급한 육묘대금납부확인증을 우리 원에 제출하였다.

○○○

(자) 청구법인은 이 건 토지에서 생산한 농산물을 판매하였다고 주장하며, 2024.11. 7.부터 2024.11.9.까지 감자를 판매한 증빙으로 청구법인 소유의 OOO 계좌의 입출금거래내역조회결과를 제출하였고, 그 거래내역에는 b 외 8명에게서 감자 판매대금으로 OOO원이 입금된 것으로 기재된 것이 확인된다.

(차) 처분청은 2022.6.7. 청구법인이 쟁점토지에 대하여 「지방세특례제한법」제11조 제3항 제1호에 따른 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않은 것으로 보아 기 경감한 취득세 등을 부과·고지하였으나, 청구법인은 이에 대하여 과세예고통지서 및 납세고지서를 모두 적법하게 송달되지 않아 그 부과처분이 무효에 해당한 사유로 소를 제기하여 수원지방법원으로부터 2024.10.17. 그 부과처분이 무효로 판결(OOO)을 받았으나, 그 판결문에 청구법인이 이 건 토지를 감면유예기간(1년) 내에 감면받은 용도로 사용하였는지에 대한 판단은 포함되지 않은 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다.

「지방세특례제한법」제11조 제2항에서 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2020년 12월 31일까지 경감한다고 규정하고 있고, 같은 조 제3항에서 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 하면서 그 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우라고 규정하고 있다.

청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 감면유예기간(1년) 이내에 영농·유통·가공용도에 직접 사용하였다고 주장하나, 처분청은 2022.3.21. 및 2022.3.22.에 이 건 토지에 출장한 후 작성한 결과보고서를 보면 이 건 토지에 차량 및 건설기계들이 주차되어 있는 것으로 확인되는 점, 청구법인의 대표이사가 2020.12.15. 처분청으로부터 받은 이 건 토지(OOO㎡) 중 일부(3,250㎡)에 대하여 에너지공급시설 건축허가 및 형질변경허가를 받은 점, 청구법인은 2020.4.14. OOO나무 200편을 A로부터 구입하였고, 청구법인이 생산한 농산물을 판매하였다고 주장하고 있으나, 처분청 관내에 청구법인 대표이사 개인소유의 농지가 있어 청구법인 소유의 이 건 토지에 식재 등을 하였거나 이 건 토지에서 생산한 농작물을 판매한 것으로는 확인되지 않는 점 등에 비추어 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 감면유예기간(1년) 이내에 영농·유통·가공용도에 직접 사용하였다고 볼 수가 없으므로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세특례제한법

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.

제11조(농업법인에 대한 감면) ② 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2020년 12월 31일까지 경감한다.

1. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제16조에 따른 영농조합법인

2. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제19조에 따른 농업회사법인

③ 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 5년 미만인 상태에서 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제20조의3에 따라 해산명령을 받은 경우