이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2020.9.4. OOO지구 주택재개발 정비사업조합(이하 “이 건 재개발조합”이라 한다)과 대구광역시 남구 OOO(이하 “쟁점임대주택”이라 한다)를 OOO원에 포괄양수하는 매매계약을 체결하고, 2022.1.28. 쟁점임대주택을 이 건 재개발조합으로부터 취득한 후, 2022.2.7. 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하여 취득세 OOO원(이하 “이 건 취득세”라 한다)을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 쟁점임대주택을「지방세특례제한법」제31조 제2항에서 규정하는 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 최초로 분양받은 임대주택에 해당하므로 취득세 감면 대상에 해당한다고 주장하면서, 2024.1.8. 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.2.14. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.3.5. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

쟁점임대주택은 이 건 재개발조합이 2020.7.10. 정부의「주택시장 안정 보완대책」발표 이전에 장기일반민간임대주택으로 등록(2020.6.29.)한 것으로서, 청구법인이 이 건 재개발조합과 포괄양수도 계약에 따라 취득하여 심판청구일 현재까지 임대주택 용도로 운영하고 있으므로 쟁점임대주택은「지방세특례제한법」제31조 제2항에 따른 감면대상에 해당한다.

또한,「지방세특례제한법」제31조 제2항에서 규정하고 있는 공동주택의 최초 분양에 대하여 분양은 일반분양 뿐만 아니라 수의계약 등 다양한 형태의 분양이 존재한다고 볼 수 있어, 청구법인이 이 건 재개발조합과 수의계약 방식으로 취득한 쟁점임대주택은 청구법인이 최초로 분양받는 경우에 해당된다 할 것이므로「지방세특례제한법」제31조 제2항에 따라 이 건 취득세은 감면되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인이 이 건 재개발 조합과의 포괄양도·양수 계약에 따라 재개발조합의 임대사업자 지위를 승계하여 민간건설임대사업자로 등록을 하였다 하더라도,「민간임대주택에 관한 특별법」(이하 “민간임대주택법”이라 한다) 제2조 제2호에서 민간건설임대주택을 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택,「주택법」제4조에 따라 등록한 주택건설사업자가 같은 법 제15조에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 주택 중 사용검사 때까지 분양되지 아니하여 임대하는 주택으로 규정하고 있으므로, 청구법인이 건설하지 않은 쟁점임대주택은 민간건설임대주택이 아닌 민간매입임대주택에 해당하여 청구법인은「지방세특례제한법」제31조 제1항에 따른 감면대상 임대사업자에 해당하지 않는다.

또한, 「건축물의 분양에 관한 법률」제6조에서 분양사업자는 분양 광고에 따라 분양신청을 한 자 중에서 공개추첨의 방법으로 분양받을 자를 선정하여야 한다고 규정하고 있으므로, 공개입찰 등 분양 절차 없이 이 건 재개발 조합으로부터 포괄양도·양수 방식으로 사전 약정을 체결하여 청구법인이 취득한 쟁점임대주택은「지방세특례제한법」제31조 제2항에 따른 건축주로부터 최초로 분양받는 경우라고 할 수 없으므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점임대주택이「지방세특례제한법」제31조제2항에서 규정한 취득세 감면대상에 해당하는지 여부

나. 관련 법률 : ＜별지＞기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 이 건 재개발조합은 2020.6.29. 쟁점임대주택을 장기민간임대주택(아파트)으로 등록하였고, 청구법인이 이를 민간임대주택법에 따라 포괄양수하여 현재 장기민간임대주택으로 운용하고 있다.

(나) 청구법인은 주거용 건물 개발 및 공급업 등을 목적사업으로 설립된 법인으로, 2020년 9월 이 건 재개발조합과 쟁점임대주택을 매수하기로 하는 임대주택 포괄양도·양수 계약을 체결하였다.

(다) 이 건 재개발조합은 2021.3.24. 공동주택 431세대를 신축하여 이 중 65세대는 조합원에게, 342세대는 일반인에게, 쟁점임대주택 24세대는 청구법인에게 각각 매각하였다.

(라) 청구법인은 2022.1.11. 주택임대사업자 등록을 하면서 쟁점임대주택을 임대목적물로 등록하였고, 2022.1.28. 쟁점임대주택을 이 건 재개발조합으로부터 취득한 후, 2022.2.7. 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하여 취득세 등을 신고·납부하였다.

(마)「지방세특례제한법」제31조는 2021.12.28. 개정되면서, 2020년도에「주택시장 안정 보완대책」(2020.7.10.)을 통해 단기 임대 및 아파트 장기임대유형이 폐지됨에 따라, 대책 발표 다음날(2020.7.11.) 부터 개정법률 시행 전일(2020.8.17.) 사이에 폐지유형으로 등록·변경한 경우 지방세 감면을 배제하도록 개정되었다.

(바) 국토교통부는 건설임대주택을 포괄양수 받은 경우 건설임대주택으로 승계되는지 여부에 관하여 아래와 같이 회신(민간임대정책과-OOO, 2021.1.20.)하였다.

＜국토교통부 질의회신 주요내용＞

○ (질의요지) 임대의무기간 내에 민간임대주택법 제43조 제2항에 따라 건설임대주택을 포괄양수받는 경우 건설임대주택으로 인정받을 수 있는지 문의

○ (답변내용) 민간임대주택법 제43조 제2항에 따라 임대의무기간 동안에도 시장·군수·구청장에게 신고한 후 민간임대주택을 다른 임대사업자에게 양도할 수 있으며, 이 경우 양도받는 자는 양도하는 자의 임대사업자로서의 지위를 포괄적으로 승계하여, 이러한 뜻을 양수도계약서에 명시하여야 합니다. 이때의 임대사업자의 지위를 포괄적으로 승계한다는 의미는 임대사업자 등록에 따른 주택 구분, 종류, 임대개시일, 임대의무기간 등을 그대로 승계받는 것을 의미합니다. 따라서 건설임대주택을 다른 임대사업자가 양도받은 경우라면 건설임대주택으로 유지됨을 알려드립니다.

(사) 행정안전부는 임대사업자가 재개발조합이 건설임대주택으로 등록한 아파트를 포괄양수해서 임대주택으로 등록한 경우의 감면여부에 관하여 기존 유권해석(행정안전부 지방세특례제도과-2102, 2022.9.21.)을 변경(행정안전부 지방세특례제도과-1509, 2025.5.28.)한 사실이 확인된다.

＜행정안전부 기존 유권해석 주요내용＞

o 행정안전부 지방세특례제도과-2102, 2022.9.21.

귀문 관련, 재개발조합이 임대목적으로 건설한 아파트를 준공 전에 포괄양수자 선정을 위한 입찰 절차를 통하여 포괄양수도 계약을 체결하고, 아파트 준공 후 임대사업자 지위와 함께 그 아파트를 임대목적물로 하여 장기일반임대사업자 등록을 한 경우에는 비록 민간건설임대주택으로 임대사업자 등록을 하였다고 하더라도 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이므로 취득세 감면대상에 해당하지 않습니다.

＜행정안전부 변경 유권해석 주요내용＞

o 행정안전부 지방세특례제도과-1509, 2025.5.28.

2. '감면대상 임대사업자의 범위'와 관련된 기존 유권해석(행정안전부 지방세특례제도과-2102, 2022.9.21.)을 「지방세관계법규 해석민원 처리지침」제16조제1항에 따라 '지방세법규해석심사위원회 심의'(2025.5.14.)를 거쳐 변경하였음을 알려드립니다.

3. ＜질의 요지＞

○ 재개발조합이 건축하고 건설임대주택으로 등록한 아파트(이하 "쟁점 아파트"이라 함)를「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 임대사업자가 포괄양수하고 임대주택(임대사업자등록증 상 ‘건설임대’로 등록)으로 등록한 경우,

- 「지방세특례제한법」(2024.12.31. 법률 제20632호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제31조제2항에 따른 취득세 감면대상에 해당하는지 여부

4. ＜회신 내용＞

□ 「지방세특례제한법」제31조 제2항 본문에서는 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 공동주택을 최초로 분양받은 경우 그 공동주택에 대해서는 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면한다고 규정하고 있고,

○ 같은 조 제1항(이하 "쟁점 규정"이라 함)에서 임대사업자 범위를 「민간임대주택에 관한 특별법」(이하 "「민간임대주택법」"이라 함)에 따른 임대사업자로서 임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말하되,

○ 임대목적물이 2020년 7월 11일 이후 「민간임대주택법」(2020.8.18. 법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말함) 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택, 같은 조 제6호에 따른 단기민간임대주택 또는 단기민간임대주택을 공공지원민간임대주택이나 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택이 아닐 것으로 규정하고 있습니다.

□ 먼저, 쟁점 아파트를 포괄양수한 임대사업자가 쟁점 규정에 따른 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 등록한 임대사업자에 해당하는지 살펴보겠습니다.

○ 쟁점 규정에 의하면 감면대상자인 임대사업자라 함은 '「민간임대주택법」에 따른 임대사업자로서 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 등록한 자'를 의미하고, 이때 감면대상이 되는 '임대목적물'에서 ‘「민간임대주택법」에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택'을 제외하고 있습니다.

- 「민간임대주택법」 제43조 제2항에서는 임대사업자가 임대의무기간 동안에도 일정한 절차를 거쳐 민간임대주택을 다른 임대사업자에게 양도할 수 있도록 하면서, 이 경우 양도받는 자는 양도하는 자의 임대사업자로서의 지위를 포괄적으로 승계하도록 규정하고 있는바,

- 임대의무기간 중 건설임대사업자가 양수받는 임대사업자와 포괄양수계약을 체결하고 소유권 이전 절차를 완료하게 되면 양도인의 건설임대사업자 지위를 포괄 승계하면서 기존 유형 그대로 민간건설임대주택으로 양도되는 것으로(국토부 민간임대정책과-5375, 2024.11.1.),

- 임대사업자가 건설임대주택을 다른 임대사업자에게 매각하였다고 하여 그 임대주택이 건설임대주택에서 매입임대주택으로 변경되는 것이 아니라고 할 것(대법원 2006.8.25. 선고 2006다14103 판결)입니다.

○ 아울러, 쟁점 규정을 개정하여 임대목적물에서 ‘「민간임대주택법」에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택'을 제외한 입법 취지를 살펴보면,

- 정부는 2020.7.10. 부동산대책에서 당시 주택시장의 과열 요인이 될 수 있는 아파트 민간매입임대 제도 폐지를 발표하고, 이에 대한 후속조치로서 「민간임대주택법」(아파트 민간매입임대주택 등록제도 폐지)과 「지방세특례제한법」(아파트 민간매입임대주택 감면 제외)을 개정하였습니다.

- 당시 「민간임대주택법」 개정의 취지가 매물잠김 등에 영향이 크지 않을 것으로 판단되는 민간건설임대주택(포괄양수도 포함)까지 등록임대주택에서 제외하고자 하는 것은 아니었으며(국토부 민간임대정책과-5375, 2024.11.1.), 아파트 민간매입임대 등록제도가 폐지된 이후에도 「민간임대주택법」에 따라 법인이 건설임대주택(아파트)을 포괄 양수한 경우에는 이를 건설임대주택으로 보아 임대목적물 등록을 허용하고 있습니다.

○ 이상의 관련 법령 및 입법 취지를 살펴볼 때, 「민간임대주택법」에 따라 건설임대주택으로 등록된 쟁점 아파트를 임대사업자가 포괄양수한 경우 쟁점 아파트는 「민간임대주택법」에 따른 건설임대주택으로서, 쟁점 규정에서 규정하고 있는 임대목적물에서 제외되는 「민간임대주택법」에 따른 아파트를 임대하는 민간매입임대주택으로 보기 어려우며, 쟁점 아파트를 포괄양수한 임대사업자는 쟁점 규정에 따른 임대사업자에 해당한다고 판단됩니다.

□ 다음으로 재개발조합이 건축한 임대아파트를 포괄양수 계약으로 취득한 경우가 「지방세특례제한법」제31조제2항에 따른 건축주로부터 공동주택을 최초로 '분양'받은 경우에 해당하는지 살펴보겠습니다.

○ '분양'의 개념에는 불특정 다수를 상대로 광고 등의 방법으로 매수하기를 원하는 사람을 모집한 후 건축물 중 일부를 쪼개어 판매하는 통상적인 의미의 일반분양뿐만 아니라, 특정인들을 상대로 정해진 규정이나 절차에 따라 건축물을 일괄해서 매도하는 특별분양이나 광고 등을 통한 일반경쟁입찰이 아닌 수의계약 방식을 통해 상대방을 정하여 건축물의 일부를 판매하는 형태의 임의분양 등 다양한 형태의 '분양'이 존재하므로 재건축임대주택과 같이 관계법령에 따라 임대주택을 공법인에게 일괄적으로 공급하는 것도 '분양'의 한 형태로 충분히 포섭할 수 있다(대법원 2012.5.9. 선고 2012두751 판결)할 것입니다.

○ 「지방세특례제한법」제31조제2항에서 '최초로 분양받은 경우'를 취득세의 감면 요건으로 정하고 있는 취지를 살펴보더라도 신축 주택을 임대주택 시장의 민간임대주택으로 유입하기 위한 인센티브를 제공하는 것이므로, 신축 주택을「민간임대주택법」에 따른 민간임대주택으로 등록한 이상 거래 방식에 관계없이 감면을 적용하는 것이 당초 감면 취지에 부합한다고 판단됩니다.

○ 따라서,「민간임대주택법」에 따라 재개발조합의 건설임대주택을 포괄승계의 방식으로 최초로 취득한 경우,「지방세특례제한법」제31조제2항에서 말하는 최초로 '분양'받은 경우에 해당한다고 볼 수 있습니다.

□ 이상의 사항을 종합적으로 고려할 때, 재개발조합이 건축한 건설임대주택을 「민간임대주택법」에 따른 포괄양수도계약을 통해 소유권을 양수받은 경우,

○ 해당 임대주택을 양수한 임대사업자는 「민간임대주택법」에 따른 건설임대사업자로서 임대목적물인 아파트는 건설임대주택에 해당하므로 「지방세특례제한법」 제31조제2항에 따른 임대사업자에 해당한다고 봄이 타당하고,

○ 포괄양수도 계약을 통해 신축 임대주택을 최초로 이전받는 경우에 해당한다고 한다면 「지방세특례제한법」제31조제2항에서 말하는 최초로 '분양'받은 경우에 해당하므로 취득세 감면 대상에 해당한다고 할 것입니다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점임대주택을「지방세특례제한법」제31조제2항에서 규정한 취득세 감면 대상에 해당하지 아니한다는 의견이나, 쟁점임대주택은 이 건 재개발조합이 2020.7.10. 정부의「주택시장 안정 보완대책」발표 이전에 장기일반민간임대주택으로 등록(2020.6.29.)한 것으로서, 청구법인이 이 건 재개발조합과 포괄양수도 계약에 따라 취득하여 심판청구일 현재까지 임대주택 용도로 운영하고 있으므로 쟁점임대주택은「지방세특례제한법」제31조 제2항에 따른 감면대상에 해당하는 점, 쟁점임대주택이 「건축물의 분양에 관한 법률」제2조 제2호의 적용대상이라서 이 건 재개발조합의 주택판매 행위가 그 ‘분양’에 해당하는지 여부를 보면, 이 건 재개발조합은 2021.3.24. 공동주택 431세대를 신축하여 이 중 65세대는 조합원에게, 342세대는 일반인에게, 쟁점임대주택 24세대는 청구법인에게 각각 매각하였는데, 이는 건축주인 이 건 재개발조합이 신축된 공동주택을 2인 이상에게 판매하는 것이기 때문에 분양의 정의에 부합한다고 볼 수 있는 점 등에 비추어 쟁점임대주택은 임대사업자인 청구법인이 임대할 목적으로 건축주인 이 건 재개발조합으로부터 최초로 분양받은 공동주택에 해당하여「지방세특례제한법」제31조 제2항의 취득세 감면요건을 충족한 것으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세특례제한법(2023.12.29. 법률 제19862호로 개정된 것)

제31조[임대주택 등에 대한 감면] ①「공공주택 특별법」에 따른 공공주택사업자 및「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자[임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물{2020년 7월 11일 이후「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위하여 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 “장기일반민간임대주택”이라 한다) 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이거나 같은 조 제6호에 따른 단기민간임대주택(이하 이 조에서 “단기민간임대주택”이라 한다)인 경우 또는 같은 법 제5조에 따라 등록한 단기민간임대주택을 같은 조 제3항에 따라 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제2조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택이나 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다}로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말하되, 토지에 대해서는「주택법」제15조에 따른 사업계획승인을 받은 날 또는「건축법」제11조에 따른 건축허가를 받은 날부터 60일 이내로서 토지 취득일부터 1년 6개월 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 “임대사업자”라 한다]가 임대할 목적으로 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 임대용 복리시설을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 건축하는 경우 그 공동주택에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면한다.

② 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 공동주택 또는「민간임대주택에 관한 특별법」제2조 제1호에 따른 준주택 중 오피스텔(그 부속토지를 포함한다. 이하 이 조에서 “오피스텔”이라 한다)을 최초로 분양받은 경우 그 공동주택 또는 오피스텔에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면한다. 다만,「지방세법」제10조에 따른 취득 당시의 가액이 3억원(「수도권정비계획법」제2조 제1호에 따른 수도권은 6억원으로 한다)을 초과하는 경우에는 감면 대상에서 제외한다.

1. 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택 또는 오피스텔을 취득하는 경우에는 취득세를 면제한다.

(2) 민간임대주택에 관한 특별법(2020.8.18. 법률 제17482호로 개정된 것)

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “민간건설임대주택”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 말한다.

가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택

나.「주택법」제4조에 따라 등록한 주택건설사업자가 같은 법 제15조에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 주택 중 사용검사 때까지 분양되지 아니하여 임대하는 주택

3. “민간매입임대주택”이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

5. “장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택(아파트를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다)을 말한다.

제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.

1. 삭제

2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택

3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택

＜부칙＞

제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제6조 제1항 제12호, 제48조 제2항 및 법률 제17452호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 제5조, 제5조의6, 제5조의7, 제6조, 제43조, 제67조의 개정규정은 2020년 12월 10일부터 시행한다.

제5조(폐지되는 민간임대주택 종류에 관한 특례) ① 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 또는 단기민간임대주택을 등록한 임대사업자 및 그 민간임대주택은 임대사업자 및 그 민간임대주택의 등록이 말소되기 전까지 이 법에 따른 임대사업자 및 장기일반민간임대주택으로 보아 이 법을 적용한다. 다만, 임대의무기간은 종전의 규정에 따른다.

② 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 등록한 단기민간임대주택은 이 법 시행 이후 장기일반민간임대주택 또는 공공지원민간임대주택으로 변경 등록할 수 없다.