이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2021.11.30. 서울특별시 강북구 OOO 건물 196.62㎡(이하 “쟁점주택”이라 한다) 및 토지 202㎡(이하 “쟁점토지”라 하고, 쟁점주택과 함께 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득하고, 「지방세법 시행령」(2021.4.27. 대통령령 제31646호로 개정된 것) 제28조의2 제8호 나목(이하 “이 건 중과예외규정”이라 한다)에 따른 중과세 제외 주택(주택건설사업자의 멸실 목적 취득 주택)에 해당하는 것으로 보아 일반세율을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 이후, 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 「지방세법 시행령」제26조 제1항 제3호 및 제3항에 따라 주택건설용으로 취득한 후 3년 이내에 주택건설에 착공하지 아니한 사실을 확인하고, 2025.4.11. 「지방세법」제13조 제2항에 따른 중과세율을 적용하여 취득세 등 합계 OOO원(가산세 OOO원 포함, 이하 “이 건 취득세”라 한다)을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.6.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 쟁점부동산의 취득일부터 3년이 경과할 때까지 이를 착공하지 아니한데는 정당한 사유가 있다.

청구법인은 주택건설사업자로서 공공임대주택을 건축하기 위해 쟁점부동산을 매입하였고, 쟁점토지와 함께 추가로 매입 예정이었던 인접 토지를 연계하여 건축설계를 하였으며, 쟁점토지에 건축 예정인 공공임대주택을 서울주택도시공사의 매입임대주택 매입공고에 매도신청 및 조건부 가결 통보를 받음에 따라 건축허가 업무를 추진하고 있었다. 그러나, OOO 지구단위계획(이하 “‘이 건 지구단위계획”이라 한다) 변경 고시로 인하여 토지가 편입되면서 인접 토지의 소유자들이 매도의사를 철회하였고, 쟁점토지의 일부에 건축한계선이 지정되어 불가피하게 기존 설계를 급작스럽게 변경하여야 했으며, 처분청과 협의를 통해 착공 일정을 맞추려 노력하였으나 현실적으로 불가능하였다.

지구단위계획을 변경하기 위하여 토지소유자들의 동의를 받아서 진행하여야 하는데 「개인정보보호법」 등으로 인하여 토지소유자들의 주소를 알 수도 없고, 이에 따라 설계 수정이 불가피하여 상당한 시간이 소요될 수 밖에 없었으며, 이 건 지구단위계획 변경 고시는 청구법인에는 주택건설사업의 계획에 차질이 발생할 수 밖에 없는 중대한 고시이자 법령상·사실상의 장애이므로 착공이 제한될 정당한 사유에 해당한다.

대법원은 정당한 사유란 외부적 사유는 물론 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함된다(대법원 2017.8.18. 선고 2017두42293 판결, 같은 뜻임)고 판시하였는 바, 기존 사업계획에 따라 추진하던 중에 이 건 지구단위계획 변경으로 인하여 부득이하게 사업계획을 대거 수정할 수 밖에 없었던 사정은 정당한 사유로 인정되어야 하며, 정당한 사유의 유무를 판단할 때 납세의무자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법 취지를 충분히 고려하여야 하는데, 청구법인은 2019년부터 2023년까지 15차례 서울주택도시공사에 공공임대주택을 성공적으로 공급하고 있는 주택건설사업자이므로 이러한 공공성을 감안하여 이 건 취득세 처분은 취소되어야 함이 타당하다.

(2) 청구법인이 취득일부터 3년내 멸실한 쟁점주택에 대하여 중과세율(13.4%)을 적용한 이 건 취득세의 부과처분은 경정되어야 한다.

처분청은 쟁점주택과 쟁점토지 모두 중과세율을 적용하였는데, 「지방세법」 제13조의2 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제28조의2 제8호 나목 4)에서 법인이 주택을 유상거래를 원인으로 취득하는 경우 중과세율을 적용하나, 주택건설사업자가 주택건설사업을 위하여 멸실시킬 목적으로 취득하는 경우 나목 5) 및 6) 외의 경우에는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 주택을 멸실시키지 않거나 그 취득일부터 7년이 경과할 때까지 주택을 신축하지 않은 경우가 아니라면 중과세 대상으로 보지 않는다고 규정하고 있는바, 청구법인은 쟁점주택을 3년 이내에 멸실시켰으므로 쟁점주택에 대한 중과세율을 적용한 이 건 취득세 부과처분은 부당하므로 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점토지와 함께 추가로 매입 예정이었던 인접 토지를 연계하여 서울주택도시공사에 매입임대주택 매도신청을 하며 건축허가 업무를 진행하였으나, 이 건 지구단위계획 변경으로 인하여 불가피하게 설계를 변경하여야 했으므로 쟁점부동산 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 착공하지 못한데 정당한 사유가 있다고 주장한다.

그러나, 정당한 사유의 유무를 판단할 때에는 납세의무자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법 취지를 충분히 고려하면서, 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 납세의무자가 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 2017.8.18. 선고 2017두42293 판결, 같은 뜻임)인바, 서울주택도시공사에 매입임대주택 매도신청을 한 것은 청구법인이 쟁점토지를 주택건설사업에 사용할 수 있는 유일한 방법이 아닌 수익상 선택 사항일 뿐이라 할 수 있다.

또한 이 건 지구단위계획 변경으로 인하여 인접 토지 소유자들의 매도 의사 철회는 법령상·사실상의 장애사유로 보기 어렵고, 쟁점토지가 공동개발(특별지정) 가능구역으로 설정되고 일부에 건축한계선이 지정되었으나 착공이 제한되지는 않았으므로, 3년 이내에 착공하지 아니한 데 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.

(2) 청구법인은 예비적 청구로서 「지방세법」 제13조의2 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제28조의2 제8호 나목 4)에서 주택건설사업자가 주택건설사업을 위하여 멸실시킬 목적으로 취득하는 경우 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 주택을 멸실시키지 않은 경우가 아니라면 중과세 대상으로 보지 않는다고 규정하고 있고, 청구법인은 주택 부분을 3년 이내에 멸실시켰으므로 주택 부분에 대한 중과세는 취소되어야 한다고 주장하고 있다.

그러나, 「지방세법」 제13조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제27조 제3항에서 법인의 본점을 대도시로 전입한 후 5년 이내에 제11조 제1항 제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우 제13조의2 제1항 제1호에 해당하는 세율을 적용하되, 같은 법 제13조 제2항 단서에서 대도시에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우는 중과세를 제외한다고 규정하고 있는바, 「지방세법」 제13조의2 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제28조의2 제8호 나목 4)에 따라 주택건설사업자가 주택건설사업을 위하여 멸실시킬 목적으로 취득하는 경우로서 중과세 대상으로 보지 않는다고 하더라도, 청구법인은 쟁점부동산을 주택건설용으로 취득한 후 3년 이내에 착공하지 아니하여 취득일부터 3년이 경과할 때까지 대도시 중과 제외 업종(주택건설사업)에 직접 사용(착공)하지 아니하였으므로 「지방세법」 제13조 제2항 제1호에 따라 주택 부분에 대하여 중과세하는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산의 취득을 중과세 대상으로 보아 이 건 취득세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구법인은 2017.6.15. OOO을 본점으로 하여, 건축공사업, 토목 및 조경 공사업 등을 목적으로 하여 설립되었고, 2017.12.20. 상호를 ‘주식회사 AAA’로 변경하였으며, 2017.12.27. 본점을 서울특별시 강북구 OOO으로 이전하였으며, 2018.1.30. 법인의 사업 목적에 주택건설업 등을 추가한 것으로 나타난다.

(나) 청구법인은 2018.2.9. 「주택법」제4조에 따라 주택건설사업자 등록을 하고, 2021.11.30. 쟁점부동산을 매매로 취득하면서 「지방세법 시행령」 제26조 제1항 제3호에 따른 대도시 중과 제외 업종(주택건설사업자의 주택건설용 부동산) 및 제28조의2 제8호 나목 4)에 따른 중과세 제외 주택(주택건설사업자의 멸실 목적 취득 주택)에 해당하는 것으로 보아 일반세율을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

(다) 청구법인은 쟁점토지에 건축할 주택에 대하여 서울주택도시공사에 매도신청을 하였고, 서울주택도시공사는 2021.11.12. 매입심의위원회 심의 결과 ‘조건부 매입’으로 통보하였으며, 서울주택도시공사 매입임대주택 공고절차는 아래와 같다.

○○○

(라) 처분청은 2023.8.10. 쟁점토지가 편입된 이 건 지구단위계획 결정(변경) 및 지형도면을 고시(OOO)하였고, 해당 도면에 의하면 쟁점토지는 공동개발가능(특별지정) 구역에 포함되어 있으며, 쟁점토지 일부에 건축한계선(도로)이 설정되어 있는 것으로 나타난다.

＜이 건 지구단위계획 변경 도면＞

○○○

(마) 건축물대장에 의하면, 청구법인은 쟁점부동산의 취득일인 2021.11.30.부터 3년 이내인 2024.11.27. 쟁점주택을 멸실시킨 것으로 확인된다.

(바) 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 「지방세법 시행령」 제26조 제1항 제3호 및 제3항에 따라 주택건설용으로 취득 후 3년 이내에 주택건설에 착공하지 아니한 사실을 확인하고, 2025.4.11. 「지방세법」 제13조 제2항에 따른 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 납부한 세액을 차감한 취득세 등 합계 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 아래와 같이 부과·고지하였다.

＜이 건 취득세 부과처분 내역＞

(단위 : %, 원)

○○○

(사) 청구법인은 쟁점부동산에 대한 착공을 위하여 인근 토지소유자들의 동의를 받고자 지속적으로 노력을 하고 있으나, 「개인정보보호법」 등으로 인하여 소유자들의 정보를 알 수 없어 일정이 지연될 수 밖에 없다고 주장하고 있으며, 심판관회의일 현재까지도 착공을 하지 않은 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점부동산의 취득을 중과세 대상으로 보아 이 건 취득세를 부과한 처분은 부당하다고 주장한다.

그러나, 「지방세법」 제13조의2 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제28조의2 제1항 제8호 나목 4)에서 법인이 「주택법」 제4조에 따라 등록한 주택건설사업자로서 주택건설사업을 위하여 멸실시킬 목적으로 취득하는 주택의 경우 정당한 사유 없이 3년이 경과할 때까지 해당 주택을 멸실시키지 않은 경우는 제외한다고 규정하고 있고, 청구법인의 경우 쟁점주택의 취득일부터 3년이 경과하기 전 이를 멸실시켰으므로 이 건 중과예외규정이 적용되는 점,

반면, 「지방세법」 제13조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제27조 제3항에서 법인의 본점을 대도시로 전입한 후 5년 이내에 제11조 제1항 제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우 제13조의2 제1항 제1호에 해당하는 세율을 적용하되, 같은 법 제13조 제2항 단서에서 대도시에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우는 중과세를 제외한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제26조 제1항 제3호에서 「주택법」 제4조에 따라 등록한 주택건설사업자가 주택건설사업을 위하여 취득하는 주택의 경우 3년이 경과할 때까지 해당 주택을 착공하지 않은 경우는 제외한다고 규정하고 있으며, 여기서 ‘정당한 사유’에 대한 사항은 별도로 규정하고 있지 않는 점,

청구법인은 본점을 대도시로 전입한 후 5년 이내에 주택건설사업을 위하여 쟁점부동산을 취득하였으나, 「지방세법 시행령」 제26조 제1항 제3호에 따라 3년이 경과할 때까지 해당 주택을 착공하지 아니하여 대도시 중과 제외 업종(주택건설사업)에 해당하지 아니하는 점,

「지방세법」 제16조 제5항에서 같은 취득물건에 대하여 둘 이상의 세율이 해당되는 경우에는 그 중 높은 세율을 적용한다고 규정하고 있고, 청구법인의 경우 높은 세율이 적용되는 「지방세법」제13조 제2항에 따라 중과세율을 적용하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 타당한 것으로 보이는 점,

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는 점(대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결) 등에 비추어, 처분청이 「지방세법」제13조 제2항에 따라 중과세율을 적용하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 지방세법(2020.12.29. 법률 제17769호로 개정된 것)

제11조[부동산 취득의 세율] ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

7. 그 밖의 원인으로 인한 취득

나. 농지 외의 것 : 1천분의 40

8. 제7호 나목에도 불구하고 유상거래를 원인으로 주택[「주택법」 제2조 제1호에 따른 주택으로서「건축법」에 따른 건축물대장ㆍ사용승인서ㆍ임시사용승인서 또는「부동산등기법」에 따른 등기부에 주택으로 기재{「건축법」(법률 제7696호로 개정되기 전의 것을 말한다)에 따라 건축허가 또는 건축신고 없이 건축이 가능하였던 주택(법률 제7696호 건축법 일부개정법률 부칙 제3조에 따라 건축허가를 받거나 건축신고가 있는 것으로 보는 경우를 포함한다)으로서 건축물대장에 기재되어 있지 아니한 주택의 경우에도 건축물대장에 주택으로 기재된 것으로 본다}된 주거용 건축물과 그 부속토지를 말한다. 이하 이 조에서 같다]을 취득하는 경우에는 다음 각 목의 구분에 따른 세율을 적용한다.(이하 생략)

나. 취득당시가액이 6억원을 초과하고 9억원 이하인 주택: 다음 계산식에 따라 산출한 세율. 이 경우 소수점이하 다섯째자리에서 반올림하여 소수점 넷째자리까지 계산한다.

제13조의2[법인의 주택 취득 등 중과] ① 주택(제11조 제1항 제8호에 따른 주택을 말한다. 이 경우 주택의 공유지분이나 부속토지만을 소유하거나 취득하는 경우에도 주택을 소유하거나 취득한 것으로 본다. 이하 이 조 및 제13조의3에서 같다)을 유상거래를 원인으로 취득하는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제11조 제1항 제8호에도 불구하고 다음 각 호에 따른 세율을 적용한다.

1. 법인(「국세기본법」제13조에 따른 법인으로 보는 단체,「부동산등기법」제49조 제1항 제3호에 따른 법인 아닌 사단ㆍ재단 등 개인이 아닌 자를 포함한다. 이하 이 조 및 제151조에서 같다)이 주택을 취득하는 경우 : 제11조 제1항 제7호 나목의 세율을 표준세율로 하여 해당 세율에 중과기준세율의 100분의 400을 합한 세율

(2) 지방세법 시행령(2021.4.27. 대통령령 제31646호로 개정된 것)

제28조의2[주택 유상거래 취득 중과세의 예외] 법 제13조의2 제1항을 적용할 때 같은 항 각 호 외의 부분에 따른 주택(이하 이 조 및 제28조의3부터 제28조의6까지에서 “주택”이라 한다)으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 중과세 대상으로 보지 않는다.

8. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택으로서 멸실시킬 목적으로 취득하는 주택. 다만, 나목6)의 경우에는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 주택을 멸실시키지 않거나 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 주택을 신축하여 판매하지 않은 경우는 제외하고, 나목6) 외의 경우에는 정당한 사유 없이 3년[나목5)의 경우 2년]이 경과할 때까지 해당 주택을 멸실시키지 않은 경우는 제외한다.

가.「공공기관의 운영에 관한 법률」제4조에 따른 공공기관 또는 「지방공기업법」제3조에 따른 지방공기업이「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」제4조에 따른 공익사업을 위하여 취득하는 주택

나. 다음 중 어느 하나에 해당하는 자가 주택건설사업을 위하여 취득하는 주택. 다만, 해당 주택건설사업이 주택과 주택이 아닌 건축물을 한꺼번에 신축하는 사업인 경우에는 신축하는 주택의 건축면적 등을 고려하여 행정안전부령으로 정하는 바에 따라 산정한 부분으로 한정한다.

1)「도시 및 주거환경정비법」제2조 제8호에 따른 사업시행자

2)「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」제2조 제1항 제5호에 따른 사업시행자

3)「주택법」제2조 제11호에 따른 주택조합(같은 법 제11조 제2항에 따른 “주택조합설립인가를 받으려는 자”를 포함한다)

4)「주택법」제4조에 따라 등록한 주택건설사업자

5)「민간임대주택에 관한 특별법」제23조에 따른 공공지원민간임대주택 개발사업 시행자

6) 주택신축판매업[한국표준산업분류에 따른 주거용 건물 개발 및 공급업과 주거용 건물 건설업(자영건설업으로 한정한다)을 말한다]을 영위할 목적으로「부가가치세법」제8조 제1항에 따라 사업자 등록을 한 자

(3) 지방세법 시행규칙

제7조의2[주택 유상거래 취득 중과세의 예외] 영 제28조의2 제8호 나목 본문에 따른 주택건설사업이 주택과 주택이 아닌 건축물을 한꺼번에 신축하는 사업인 경우 다음 각 호의 구분에 따라 산정한 부분에 대해서는 중과세 대상으로 보지 않는다.

1.「도시 및 주거환경정비법」제2조 제2호에 따른 정비사업 중 주거환경을 개선하기 위한 사업,「주택법」제2조 제11호 가목에 따른 지역주택조합 및 같은 호 나목에 따른 직장주택조합이 시행하는 사업 : 해당 주택건설사업을 위하여 취득하는 주택의 100분의 100에 해당하는 부분

2.「도시 및 주거환경정비법」제2조 제2호 나목에 따른 재개발사 업 중 도시환경을 개선하기 위한 사업 : 해당 주택건설사업을 위하여 취득하는 주택 중 다음의 비율에 해당하는 부분

3. 그 밖의 주택건설사업 : 다음 각 목의 구분에 따라 산정한 부분

가. 신축하는 주택의 연면적이 신축하는 주택 및 주택이 아닌 건축물 전체 연면적의 100분의 50 이상인 경우 : 해당 주택건설사업을 위하여 취득하는 주택의 100분의 100에 해당하는 부분

나. 신축하는 주택의 연면적이 신축하는 주택 및 주택이 아닌 건축물 전체 연면적의 100분의 50 미만인 경우 : 해당 주택건설사업을 위하여 취득하는 주택 중 제2호의 비율에 해당하는 부분