이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2020.11.2. 주식회사 A(이하 “이 건 피분할법인”이라 한다)로부터 분할되어 설립되었고, 분할로 취득한 서울특별시 관악구 OOO 소재 토지 및 건축물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)의 감정평가액 OOO원을 취득가격으로 하여 취득세 등 합계 OOO원을 처분청에 신고·납부하였다.

나. 이후 청구법인은 2024.4.24. 쟁점부동산의 취득가격을 장부가격인 OOO원으로 경정하여야 한다는 취지의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.6.14. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.9.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 물적분할을 원인으로 취득한 쟁점부동산의 취득세 과세표준은 감정가액이 아닌 장부가액으로 보아야 한다.

(가) 「지방세법」 제10조 제1항에서 “취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다.”고 규정하면서, 같은 조 제5항 제3호에서는 법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 경우에는 설령 신고가액이 시가표준액보다 적더라도 사실상의 취득가격을 과세표준으로 한다고 규정하여 법인장부에 기재된 가액이 있는 경우 이를 시가표준액보다 우선하여 취득세 과세표준으로 삼도록 하고 있다.

(나) 조세심판원은 이러한 규정취지를 고려하여 ① 특별히 그 취득가액을 조작하였다거나, 명백한 착오로 인하여 오기되었다고 인정되지 아니한 이상 그 장부상의 가액은 실제의 취득가액을 나타내는 것이라 할 것인 점, ② 물적분할 당시 작성된 청구법인의 법인장부상 가액의 신빙성을 배제할만한 특별한 사정 내지 정황은 확인되지 아니하는 점, ③ 감정가액은 이를 법인장부에 계상하지 아니한 이상 「지방세법」 제10조 제5항 제3호 및 같은 법 시행령 제18조 제3항 제2호에서 규정하고 있는 법인장부에 따라 증명되는 취득가액으로 보기는 어려운 점 등을 근거로 법인장부에 기재된 취득가액을 취득세 과세표준으로 보아야 한다고 결정(조심 2021지5755, 2022.12.29.)하였다.

(다) 행정안전부도 “감정가액은 법인이 작성한 장부의 객관성을 입증하는 수단에 불과하므로 특별한 사정이 없는 한 감정가액 자체를 과세표준으로 삼을 수는 없으며, 물적분할을 원인으로 기업회계기준 등 관련 규정에 따라 정당하게 장부가액으로 기재하였다는 점이 인정된다면 이를 「지방세법 시행령」제10조 제5항 제3호에 따른 법인장부로 확인되는 사실상 취득가액으로 볼 수 있다”고 회신하였다(부동산세제과-3447, 2021.12.23.).

(2) 비적격 물적분할의 경우 시가를 기준으로 취득 자산의 가액을 산정하여야 한다는 처분청 의견은 조세법률주의에 반한다.

(가) 「법인세법 시행령」 제72조 제2항 제3호는 「법인세법」 제46조 제2항의 적격 분할로 자산을 취득한 경우에는 장부가액을 기준으로 하되, 그 외 분할의 경우에는 해당 자산의 시가를 기준으로 취득가액을 산정하여야 한다고 규정하고 있다.

(나) 처분청은 청구법인이 부동산을 취득한 원인이 비적격 물적분할이므로 「법인세법 시행령」 제72조 제2항에 따라 시가를 기준으로 취득가액을 산정하여야 한다는 의견이나, 「지방세법」제10조 제5항 제3호 등 물적분할로 인한 부동산 취득을 과세하는 규정이 존재하는 이상 단순히 「법인세법」상 물적분할의 적격 요건을 갖추지 못하였다는 이유로 「법인세법」 규정을 유추적용하는 것은 법률의 체계에 반하여 납세자의 권리를 부당하게 침해하는 해석이다.

(다) 설령 처분청 의견에 따라 「법인세법」 규정을 유추적용하더라도 시가를 기준으로 취득가액을 산정하는 것은 기존의 해석과 모순된다.

「법인세법」 제46조 제1항은 제46조의3에 기재된 “분할”에서 물적분할은 제외한다고 명시하고 있다. 즉, 물적분할은 「법인세법 시행령」 제72조 제2항 제3호 가목의 적격 분할에 해당할 여지가 없으므로 적격 여부와 관계없이 ‘그 밖의 경우’로 보아 해당 자산의 시가가 취득가액이 되어야 하는 것이다.

따라서 물적분할의 경우에는 적격 여부와 무관하게 취득가액을 산정하여야 하는 이상, ① 단순히 비적격임을 이유로 위 3호 가목이 적용되지 않는다고 본 처분청의 의견은 법적 근거가 없는 주장에 불과하고, ② 적격 물적분할에 대하여 장부가액을 취득가액으로 산정하여야 한다고 본 기존 조세심판원 결정례(조심2021지5755, 2022.12.29.) 및 유권해석(부동산세제과-3447, 2021.12.23.)의 결론과 이 건의 결론이 달라질 하등의 이유가 없다.

나. 처분청 의견

(1) 물적분할을 원인으로 취득한 쟁점부동산의 취득세 과세표준은 장부가액이 아닌 감정가액으로 보는 것이 타당하다.

(가) 「지방세법 시행령」 제18조 제3항 제2호에서 취득가격이 증명되는 법인장부를 금융회사의 금융거래 내역 또는 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제6조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서로 규정하고 있으며, 대법원은 “판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 입증되는 가격이라고 하더라도 그것이 당해 물건에 관한 ‘사실상의 취득가격’에 해당하지 아니하는 경우에는 이를 취득세의 과세표준으로 삼을 수 없다”고 판시(대법원 2013.10.24. 선고 2013두11680 판결)하면서, “법인의 장부가액을 사실상의 취득가액으로 보고 이를 과세표준으로 한 취지는 객관화된 조직체로서 거래가액을 조작할 염려가 적은 법인의 장부가액은 특별히 취득가액을 조작하였다고 인정되지 않는 한 원칙적으로 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성이 있음을 전제로 하는 것이므로 법인의 장부가액이 사실상의 취득가격에 부합되는지 여부에 관계없이 무조건 법인의 장부가액을 취득세와 등록세의 과세표준으로 하여야 하는 것은 아니다”고 판시(대법원 1993.4.27. 선고 92누15895 판결)하였다.

(나) 따라서 청구법인의 관련법령에 따라 법인장부가액을 취득세 과세표준으로 인정하여야 한다는 주장은 이유가 없다.

(2) 청구법인은 비적격 물적분할로 설립되었으므로 적격 물적분할과 달리 시가를 기준으로 취득 자산의 가액을 산정하여야 한다.

(가) 「법인세법 시행령」 제72조 제2항은 자산의 취득가액을 규정하면서, 적격분할의 경우 장부가액, 그 밖의 경우에는 시가를 자산의 취득가액으로 규정하고 있다.

(나) 처분청은 비적격 분할의 경우 자산의 취득가액을 시가로 인정하고 있는 위 법인세법 관련 규정을 참조한 것일 뿐, 이 건 취득세 과세표준에 있어「지방세법」 제10조 및 「지방세법 시행령」 제18조 규정에 따라 사실상의 취득가액에 부합하는 감정평가액을 취득세 과세표준으로 삼은 것이므로, 「지방세법」이 아닌 「법인세법」 규정에 따라 시가를 기준으로 취득자산의 가액을 산정하였기에 조세법률주의에 반한다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다.

(다) 청구법인이 청구주장의 근거로 제시한 조세심판원 결정례(조심 2021지5755, 2022.12.29.) 및 행안부 유권해석(부동산세제과-3447, 2021.12.23.)은 모두 적격분할의 사례로 비적격분할인 이 건에 원용하기에 부적절하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

물적분할을 원인으로 취득한 쟁점부동산의 취득세 과세표준을 장부가액으로 경정하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법룰 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 자료에 따르면 아래와 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2020.11.2. 피분할법인이 영위하는 사업 중 방송·통신사업부문 및 디지털 사이지니·기업메세징 사업을 제외한 B2B/ICT 사업부문을 단순·물적분할 방식으로 분할하여 과밀억제권역인 서울특별시 서초구를 본점으로 하여 설립된 법인이다.

(나) 청구법인은 이 건 분할로 피분할법인으로부터 쟁점부동산 등을 포함한 자산 및 부채를 승계받았고, 분할 당시 처분청 관내 부동산인 쟁점부동산의 가액은 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ 분할로 승계한 부동산 명세

○○○

(다) 청구법인이 취득한 쟁점부동산의 장부가액과 감정평가액은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 쟁점부동산의 장부상가액과 감정평가액

(단위 : 원)

○○○

(라) 일반기업회계기준 제32장(동일지배거래)에는 “새로운 기업은 이전받은 사업에 대하여 분할한 기업의 장부금액으로 인식”한다고 정하고 있고, K-IFRS에서는 이와 관련한 내용이 확인되지 아니한다.

＜ 일반기업회계기준(일부발췌) ＞

분할의 회계처리

32.15 기업은 자신의 사업 전부나 일부 사업을 분할하여 새로운 기업에 이전할 때 자산의 장부금액으로 이전한다. 새로운 기업은 이전받은 사업에 대하여 분할한 기업의 장부금액으로 인식하고, 이전대가로 발행한 주식의 액면금액과의 차이는 적절한 자본항목으로 반영한다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

처분청은 청구법인이 쟁점부동산의 취득가격을 감정평가액으로 하여 취득세 등을 신고·납부하였으므로 사실상의 취득가격을 입증하지 못하는 이상, 이를 경정할 수 없다는 의견이다.

처분청 의견대로 사실상의 취득가격이 신고가액에 우선하여 적용되어야 하고, 법인장부에 따라 증명되는 사실상의 취득가격은 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직·간접비용의 합계액 전부가 계정별 원장 등에 따라 확인되는 경우에만 인정되는 것이므로, 자산의 장부가액 자체가 곧바로 사실상의 취득가격이 되는 것은 아니다.

그러나 경정청구 제도가 조세채권의 확정절차의 하나로서 당초 납세자가 신고한 취득가격에 오류가 있으면 관련 법령에 어긋나지 않는 범위 내에서는 신고가액의 경정을 허용코자 도입된 점을 고려하면, 신고가액과 경정청구한 가액이 모두 사실상의 취득가격에 해당하지 않는다 하더라도 경정청구한 취득가격의 신빙성이 인정되면 신고가액에 우선하여 이를 과세표준으로 삼을 수 있어야 할 것이고(대법원 2017.1.12. 선고 2015두45380 판결, 같은 뜻임),

특히, 사업을 포괄적으로 양수하는 경우에 있어서는 각 자산별로 그 대금이 지급되는 형태가 아니라서 당사자 간의 합의에 따라 해당 자산의 취득가격을 산정하거나 이를 안분할 수밖에 없고, 이러한 합의나 안분방식이 조세회피 목적에서 비롯되었다거나 통념에 반하는 것이 아닌 이상, 이렇게 평가된 장부가액은 인정되어야 할 것이다.

처분청은 청구법인의 장부가액을 쟁점부동산의 취득가격으로 보기 어렵다는 의견이나, 청구법인은 이 건 분할 당시 작성된 분할법인의 장부에 기재된 가액을 승계하여 청구법인의 장부가액으로 기재하였고, 이는 회계기준 및 이 건 분할법인과의 합의 등에 따른 것이어서 그 가액의 신빙성을 부인하기는 어려운 점, 이 건 감정평가액은 2개 감정평가법인의 의견에 불과할 뿐, 이를 법인장부에 계상하지 아니한 이상 그 감정평가액이 법인장부에 따라 증명되는 취득가액에 해당한다고 보기는 어려워 보이는 점(조심 2021지5274, 2022.12.5., 같은 뜻임), 취득가격은 취득물건의 객관적 가치를 평가하는 것이 아니라 매매계약 등 그 거래의 원인이 되는 계약 등을 기초로 산정하거나 취득에 소요된 직·간접 비용에 따르는 것이라서 이 건 분할법인과의 합의에 기반한 장부가액이 감정평가액보다 쟁점부동산의 취득가격에 부합하는 가액으로 보이는 점(조심 2023지5383, 2024.11.21., 같은 뜻임) 등에 비추어, 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세기본법

제22조(기업회계의 존중) 세무공무원이 지방세의 과세표준과 세액을 조사ㆍ결정할 때에는 해당 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행이 일반적으로 공정하고 타당하다고 인정되는 것이면 존중하여야 한다. 다만, 지방세관계법에서 다른 규정을 두고 있는 경우에는 그 법에서 정하는 바에 따른다.

(2) 지방세법

제10조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다.

② 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.

⑤ 다음 각 호의 취득(증여ㆍ기부, 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조 제1항 또는 「법인세법」 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.

1. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득

2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득

3. 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

4. 공매방법에 의한 취득

5. 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제3조에 따른 신고서를 제출하여 같은 법 제5조에 따라 검증이 이루어진 취득

(3) 지방세법 시행령

제18조(취득가격의 범위 등) ① 법 제10조 제5항 각 호에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

1. 건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용

2. 할부 또는 연부(年賦) 계약에 따른 이자 상당액 및 연체료. 다만, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우는 취득가격 또는 연부금액에서 제외한다.

3. 「농지법」에 따른 농지보전부담금, 「문화예술진흥법」 제9조 제3항에 따른 미술작품의 설치 또는 문화예술진흥기금에 출연하는 금액, 「산지관리법」에 따른 대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용

4. 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비ㆍ수수료

5. 취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액

6. 부동산을 취득하는 경우 「주택도시기금법」 제8조에 따라 매입한 국민주택채권을 해당 부동산의 취득 이전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 행정안전부령으로 정하는 금융회사 등(이하 이 조에서 “금융회사등”이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융회사등에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.

7. 「공인중개사법」에 따른 공인중개사에게 지급한 중개보수. 다만, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우는 취득가격 또는 연부금액에서 제외한다.

8. 붙박이 가구ㆍ가전제품 등 건축물에 부착되거나 일체를 이루면서 건축물의 효용을 유지 또는 증대시키기 위한 설비ㆍ시설 등의 설치비용

9. 정원 또는 부속시설물 등을 조성ㆍ설치하는 비용

10. 제1호부터 제9호까지의 비용에 준하는 비용

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용은 취득가격에 포함하지 아니한다.

1. 취득하는 물건의 판매를 위한 광고선전비 등의 판매비용과 그와 관련한 부대비용

2. 「전기사업법」, 「도시가스사업법」, 「집단에너지사업법」, 그 밖의 법률에 따라 전기ㆍ가스ㆍ열 등을 이용하는 자가 분담하는 비용

3. 이주비, 지장물 보상금 등 취득물건과는 별개의 권리에 관한 보상 성격으로 지급되는 비용

4. 부가가치세

5. 제1호부터 제4호까지의 비용에 준하는 비용

③ 법 제10조 제5항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.

1. 판결문: 민사소송 및 행정소송에 의하여 확정된 판결문(화해ㆍ포기ㆍ인낙 또는 자백간주에 의한 것은 제외한다)

2. 법인장부: 금융회사의 금융거래 내역 또는 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제6조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서. 다만, 법인장부의 기재사항 중 중고자동차 또는 중고기계장비의 취득가액이 법 제4조 제2항에서 정하는 시가표준액보다 낮은 경우에는 그 취득 가액 부분(중고자동차 또는 중고기계장비가 천재지변, 화재, 교통사고 등으로 그 가액이 시가표준액보다 하락한 것으로 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 인정한 경우는 제외한다)은 객관적 증거서류에 의하여 취득가액이 증명되는 법인장부에서 제외한다.