이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2016.11.21. 서울특별시 강서구 OOO㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득(분양)한 후, 2017.6.20. 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고, 쟁점토지를「지방세특례제한법」제46조 제3항에서 규정하는 중소기업의 기업부설연구소 토지로 처분청에 기한 후 신고하여 취득세 등을 감면(75%)받았다.

나. 청구법인은 2018.6.8. 이 건 토지에 건축물 9,975.14㎡(지하 2층/ 지상 7층, 이하 “이 건 건축물”이라 한다)를 취득(신축)한 후, 2018.7.23. 이 건 토지의 과세표준을 본점 사업용 부속토지(30.36%)와 산업용 부속토지(69.64%)로 각각 안분하여 본점 사업용 부속토지에 대하여는「지방세법」제13조 제1항에 따라 중과세율을, 산업용 부속토지에 대하여는「지방세특례제한법」제78조 제4항 및「서울특별시 시세감면조례」제14조에 따라 산업용 건축물에 대한 감면(75%)을 적용하여 취득세을 수정신고하였고, 2018.8.3. 이 건 건축물 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고, 이 건 건축물을 본점 사업용(2,518.7㎡, 30.36%)과 산업용(기업부설연구소 4,124.58㎡ 및 제조시설 1,650.44㎡ 합계 5,775.02㎡, 69.64%)으로 구분하여, 본점 사업용(30.36%)은「지방세법」제13조 제1항에 따라 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을, 산업용(69.64%)은「지방세특례제한법」제78조 제4항 및「서울특별시 시세감면조례」제14조에 따라 산업용 건축물에 대한 감면(75%)을 적용하여 산출한 취득세 등을 신고·납부하였다.

다. 처분청은 이 건 건축물의 사용현황을 본점 사업용 15.72%, 기업부설연구소 60.24%(이하 “쟁점연구소”라 한다), 제조시설 24.04%로 보아, 2023.7.25. 본점 사업용(15.72%)은 중과세율을, ① 쟁점연구소(60.24%)는「지방세법」제13조 제1항에서 규정하는 본점 사업용 부동산에 해당한다고 보아 중과세율을 적용한 후 감면(75%)을, 제조시설(24.04%)은 일반세율을 적용한 후 감면(75%)을 적용하여 취득세 등을 산출한 후 기납부세액을 차감하여, 이 건 건축물에 대하여는 취득세 OOO원을, 이 건 토지에 대하여는 취득세 OOO원을 각각 환급하였고, 2023.8.10. ② 이 건 건축물에 대하여는 농어촌특별세 차액분 OOO원(납부지연가산세 OOO원 포함)을, 이 건 토지에 대하여는 농어촌특별세 차액분 OOO원(납부지연가산세 OOO원 포함)을 청구법인에게 부과·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2023.11.1. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

(1) 처분청은 쟁점연구소가 청구법인의 사업에 관한 주요한 업무수행 및 의사결정이 이루어지는 장소로서 본점의 ‘사무소’에 해당한다고 주장하나, 대법원 판례(2020두41832, 2020.10.15. 선고)에서 본점의 사무소로 사용하는 부동산이라 함은, 법인이 영위하는 사업에 관한 주요한 의사결정 및 업무수행과 경영, 인사, 재무, 총무, 기획 등 관리행위가 이루어지는 장소를 말한다고 볼 수 있으며, 본점의 사무소와 함께 설치되었더라도 단순하고 부수적인 행위나 사실적 행위가 이뤄지는 장소는 본점의 사무소에 해당하기 어렵다고 판시하고 있고, 조세심판원 심판결정례(조심2014지379, 2015.1.2. 결정)에서도 취득세 중과세대상이 되는 본점용 부동산에 해당되는지 여부는 법인의 목적사업의 특성과 그 수행방법, 법인의 경영활동에 필수적인 업무인 인사ㆍ기획ㆍ재무 등의 활동이 이루어지는 장소, 주요 의사결정권자, 주요 경영의사결정과정, 다른 사무소 등과의 업무상의 지휘감독체계 등을 종합하여 판단하여야 한다고 판시하고 있다.

쟁점연구소는 연구개발본부내 총 10개 연구개발팀으로 구분되어 있고, 각 팀별로 주어진 연구과제와 관련된 연구활동만을 수행하고 있으며, 이 건 건축물로 이전 설치된 쟁점연구소는 서울특별시 금천구 OOO 기업부설연구소에서 수행하던 연구과제를 쟁점연구소에서 종결하는 등 계속해서 연구업무만을 성실히 수행하고 있다.

또한, 쟁점연구소는「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법」에서 규정한 요건에 따른 연구인력 및 시설 등 요건을 갖추어 인정된 기업부설연구소로, 쟁점연구소 내의 연구전담요원, 연구보조원 및 연구관리직원은 연구활동에 전념할 뿐, 그 외의 기업활동을 하고 있지 않다.

쟁점연구소는 청구법인의 사업을 위한 연구에 전념하고 있을 뿐, 외부 연구용역계약을 체결하는 등의 외부와의 거래로 인한 매출이 발생하고 있지 않다.

정리하자면, 쟁점연구소는 연구개발본부내 주요 연구과제에 따라 총 10개 팀으로 구분되어 주어진 연구과제와 관련된 연구활동만을 담당하고 있고, 연구소의 최초설치시점부터 기업부설인증을 받은후 연구활동을 진행해오다가 쟁점건축물을 신축하면서 이전설치되어 기존의 연구활동을 계속해서 영위하고 있으며, OOO로부터 기업부설인증을 받은 면적만을 연구시설로 구분하여 사용하고 있고, 연구를 통한 매출활동이 없이 내부 사업부문을 위한 기술개발에 전념하고 있다.

따라서, 쟁점연구소는 중추적인 의사결정행위를 하는 본점 및 그 부대시설에 속하지 않으므로「지방세법」 제13조 제1항에서 규정하는 취득세 중과대상 면적에서 제외되어야 한다.

(2) 농어촌특별세는 본세인 취득세를 감면받음으로써 부과되는바, 부과된 농어촌특별세는 취득세와 밀접한 관계에 있는 세목이므로, 청구법인에게 부과된 납부지연가산세를 계산할 경우 취득세에서 발생한 환급세액을 농어촌특별세의 납부할 세액에 충당한 이후의 추징세액을 기준으로 납부지연가산세를 계산하여야 한다.

청구법인의 경우, 동일한 물건에 감면이 적용되면서 기납부한 취득세 및 지방교육세가 환급되고 농어촌특별세가 추징되는 밀접한 관계에서, 이미 과세관청에 납부하였던 기납부세액이 있음에도 불구하고, 이자성격에 해당하는 납부지연가산세를 부담하는 것은 불합리한 처사이므로 본세(취득세)의 환급세액을 기납부세액(농어촌특별세)으로 보아 공제한 후 추징세액을 기준으로 납부지연가산세를 부과하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 본점의 사무소로 사용하는 부동산이라 함은 법인이 영위하는 사업에 관한 주요한 의사결정 및 업무수행과 경영, 인사, 재무, 총무, 기획 등 관리행위가 이루어지는 장소를 말한다고 볼 수 있고, 반면 본점의 사무소와 함께 설치되었더라도 본점에서 이루어지는 주요한 의사결정, 업무수행, 관리행위 등과 구분되는 단순하고 부수적인 행위나 사실적 행위 또는 대외적으로 제품 및 서비스를 제공하거나 영업활동 등이 이루어지는 장소는 본점의 ‘사무소’에 해당한다고 보기는 어려운바, 위 사무소에 해당하는지 여부는 해당 법인이 영위하는 사업의 종목이나 특성 등을 모두 고려하여 개별적·구체적으로 판단하여야 할 것이다.

기업부설연구소가 연구개발 활동만을 수행하고 법인의 주된 기능 즉, 주요한 의사결정이나 인사, 재무, 총무 등의 업무를 수행하지 않는 경우에는 본점 또는 주사무소에 해당하지 않는다고 보아야 할 것이나, 연구개발 외에 윤리경영· 경영지원BG(Business Group)·글로벌 영업 등을 위해 사용되는 경우라면 그 부분은 본점 또는 주사무용 부동산에 해당하므로 취득세를 중과세하는 것이 타당하다.

청구법인은 2018.6.8. 이 건 건축물을 취득한 후 2018.6.11. 이 건 건축물로 본점을 이전하였고, 이 건 건축물의 사용현황 및 사업보고서 등에서도 종전 본점 소재지인 서울특별시 금천구 OOO에 근무하던 인력 대부분이 이 건 건축물로 이전하여 근무하고 있는 사실이 확인된다.

또한, 청구법인이 제출한 기업부설연구소 인력조직 구성 및 연구개발활동 내역 등을 보면 이 건 건축물에서 청구법인의 주요 매출을 이루는 OOO 및 소프트웨어 등에 관한 대부분의 연구활동이 이루어지고 있음을 알 수 있고, 이러한 청구법인의 연구개발 활동은 청구인의 사업영역에서 주요한 의사결정 및 주된 영업활동과 직결되는 매우 중요한 업무수행이라 할 것이다.

나아가, 청구법인의 연구개발 활동은 청구법인의 주력사업 및 미래사업 등을 수행하는 연구 활동으로서 그 연구 산출물은 청구법인의 매출에 상당한 영향을 미치고 있고, 수시로 변화하는 납품처의 요구를 반영하기 위한 연구를 위해 장기간 개발비를 투자하고 수많은 시행착오가 수반되는 지식·기술집약적 기업 활동으로 기업부설연구소가 별도의 연구단지로 구획되어 있는 것이 아닌 대표이사를 포함한 임직원이 상주하면서 법인 전체의 사업수행에 필요한 중요한 관리행위 및 의사결정, 연구 행위가 동시에 이루어지고 있으므로 이 건 건축물 전체가 유기적으로 결합되어 본점으로서 중추적인 의사결정을 수행하는 역할을 하고 있으므로 쟁점연구소를 본점 사업용 부동산으로 보아야 한다.

(2) 청구법인은 취득세 감면으로 인하여 증가된 농어촌특별세에 대한 납부지연가산세를 계산할 때 본세인 취득세 및 지방교육세의 환급세액을 기납부세액으로 보아 이를 농어촌특별세에 충당하지 않고 과세한 것은 부당하다고 주장하나,

「지방세징수법」제21조에서 지방자치단체의 징수금과 지방자치단체에 대한 금전의 급부(給付)를 목적으로 하는 채권은 법률에 따로 규정이 있는 것을 제외하고는 상계(相計)할 수 없도록 규정하고 있고, 취득세와 농어촌특별세에 대하여 달리 규정하고 있지 아니한 이상 처분청은 농어촌특별세를 기납부된 취득세 및 지방교육세와 상계하지 않고 납부지연가산세를 산정·부과한 처분은 정당하다(조심 2020지0328, 2021. 5. 12. 같은 취지).

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점연구소가「지방세법」제13조 제2항에서 규정하는 본점 사업용 부동산에 해당하는지 여부

② 기납부한 취득세 등을 농어촌특별세의 기납부세액으로 보아 이를 상계하여 납부지연가산세를 부과하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 1999.3.25. 서울특별시 강서구 OOO을 본점 소재지로 하고 OOO의 개발 및 제조, 유통업 등을 목적사업으로 하여 설립되었다.

(나) 청구법인은 2002년 7월 서울특별시 영등포구 OOO에 본점 및 연구소를 설치하였고, 2009년 9월 서울특별시 구로구 OOO로 본점 및 연구소를 이전한 뒤, 2018년 6월 이 건 건축물로 본점 및 연구소를 이전하였다.

(다) 청구법인은 2016.11.21. 이 건 토지를 취득(분양)한 후, 2017.6.20. 쟁점토지를「지방세특례제한법」제46조 제3항에서 규정하는 중소기업의 기업부설연구소 토지로 처분청에 기한 후 신고하여 취득세 등을 감면(75%)받았다.

(라) 청구법인은 2018.6.8. 이 건 토지에 이 건 건축물을 취득(신축)한 후, 2018.7.23. 이 건 토지의 과세표준을 본점 사업용 부속토지(30.36%)와 산업용 부속토지(69.64%)로 각각 안분하여 본점 사업용 부속토지에 대하여는「지방세법」제13조 제1항에 따라 중과세율을, 산업용 부속토지에 대하여는「지방세특례제한법」제78조 제4항 및「서울특별시 시세감면조례」제14조에 따라 산업용 건축물에 대한 감면을 적용하여 취득세 등을 수정신고하였다.

(마) 청구법인은 2018.8.3. 이 건 건축물 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고, 이 건 건축물을 본점 사업용(2,518.7㎡, 30.36%)과 산업용(기업부설연구소 4,124.58㎡ 및 제조시설 1,650.44㎡, 합계 5,775.02㎡, 69.64%)으로 구분하여, 본점 사업용(30.36%)은「지방세법」제13조 제1항에 따라 중과세율을, 산업용(69.64%)은「지방세특례제한법」제78조 제4항 및「서울특별시 시세감면조례」제14조에 따라 산업용 건축물에 대한 감면(75%)을 적용하여 산출한 취득세 등을 신고·납부하였다.

(바) 처분청은 이 건 건축물의 사용현황을 본점 사업용 15.72%, 기업부설연구소 60.24%(이하 “쟁점연구소”라 한다), 제조시설 24.04%로 보아, 2023.7.25. 본점 사업용(15.72%)은 중과세율을, ① 쟁점연구소(60.24%)는「지방세법」제13조 제1항에서 규정하는 본점 사업용 부동산에 해당한다고 보아 중과세율을 적용한 후 감면(75%)을, 제조시설(24.04%)은 일반세율을 적용한 후 감면(75%)을 적용하여 취득세 등을 산출한 후 기납부세액을 차감하여, 이 건 건축물에 대하여는 취득세 OOO원을, 이 건 토지에 대하여는 취득세 OOO원을 각각 환급하였다.

＜이 건 건축물 사용현황＞

(단위 : ㎡)

○○○

(사) 처분청은 2023.8.10. 이 건 건축물에 대하여는 농어촌특별세 차액분 OOO원(납부지연가산세 OOO원 포함)을, 이 건 토지에 대하여는 농어촌특별세 차액분 OOO원(납부지연가산세 OOO원 포함)을 청구법인에게 각각 부과고지하였다.

(아) 쟁점연구소는 2013년 6월 OOO로 지정되어 우수한 연구개발능력과 기술혁신 역량을 인정받았고, 연구개발본부 조직을 10개의 팀으로 구성하여 OOO 기술을 표준 규격으로 정착시키기 위한 연구업무를 수행하고 있으며, 이 건 건축물의 지하 2층·4·5·6층에 설치되어 있다.

＜청구법인 기업부설연구소 조직현황＞

○○○

＜기업부설연구소 내 팀별 주요 연구분야＞

○○○

(자) 청구법인은 서울특별시 성북구 OOO에 설치한 연구소에서 기업부설연구소 인증을 받은 후, 2018.6.11. 이 건 건축물(3,286.9㎡)로 이전하였다.

(차) 청구법인은 기존의 서울특별시 금천구 OOO 소재하는 기업부설연구소를 이 건 건축물로 이전하였고 종전에 수행하던 연구과제를 계속해서 진행하였으며 연구과제 내역은 아래와 같다.

＜기업부설연구소 이전 및 확장 후 종결된 연구과제 내역＞

○○○

(카) 쟁점연구소는 출입구에 주식회사 A의 보안통제장치를 설치하여 연구소 직원만 출입할 수 있는 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 쟁점①의 경우, 처분청은 쟁점연구소를「지방세법」제13조 제2항에서 규정하는 본점으로 보아야 한다는 의견이나,「지방세법」상 본점의 정의는 없으나 본점의 사무소란 경영, 인사, 재무, 총무, 기획 등 관리행위 외에도 법인이 영위하는 사업에 관한 주요한 의사결정 및 업무수행이 이루어지는 장소로 볼 수 있고, 반면 본점의 사무소와 함께 설치되었더라도 본점에서 이루어지는 주요한 의사결정, 업무수행, 관리행위 등과 구분되는 단순하고 부수적인 행위나 사실적 행위 또는 대외적으로 제품 및 서비스를 제공하거나 영업활동 등이 이루어지는 장소는 본점의 사무소에 해당한다고 보기 어려운 바, 본점에 해당하는지 여부는 해당 법인이 영위하는 사업의 종목이나 특성 등을 고려하여 개별적·구체적으로 판단(대법원 2020.10.15. 선고 2020두41832 판결 참조)해야 할 것인바, 쟁점연구소는 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법령에 따라 연구인력 및 시설 등 요건을 갖추어 인정된 기업부설연구소로서,「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조의4 제1호 및 제14조의3 제1항 제7호에서 기업부설연구소등에 근무하는 자는 연구개발 활동과 관련된 업무 외에 생산ㆍ판매ㆍ영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 않도록 규정하고 이를 위반하는 경우 기업부설연구소등의 인정을 취소할 수 있도록 하고 있어 쟁점연구소는 연구개발 활동만을 담당할 뿐 생산ㆍ판매ㆍ영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 않는 것으로 보이는 점, 독립된 연구소, 연구단지, 연구개발부서 등 다양한 규모와 형태의 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서를 본점 사무소의 부대시설로 보기는 어려운 점, 청구법인이 본점사무실과 별도로 기업부설연구소를 설치하여 본점 사무실과 구분하여 관리하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점연구소를 본점 사업용 부동산으로 보아 취득세 등의 환급세액을 결정한 처분은 잘못이 있다고 판단된다(조심 2023지1631, 2024.7.25., 같은 뜻임).

(나) 쟁점②의 경우, 청구법인은 기납부한 취득세 등을 농어촌특별세의 기납부세액으로 보아 이를 상계하여 납부지연가산세를 부과하여야 한다고 주장하나,「지방세징수법」제21조에서 지방자치단체의 징수금과 지방자치단체에 대한 금전의 급부(給付)를 목적으로 하는 채권은 법률에 따로 규정이 있는 것을 제외하고는 상계(相計)할 수 없도록 규정하고 있는바, 지방세인 취득세의 환급금과 국세인 농어촌특별세의 징수금에 대한 조세채권의 상계 등에 대하여 달리 규정하고 있지 아니하므로 청구법인이 기납부한 취득세 등을 농어촌특별세의 기납부세액으로 보아 이를 상계하여 납부지연가산세를 부과할 수 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항,「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2021.7.8. 법률 제18294호로 일부개정된 것)

제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ①「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용으로 신축하거나 증축하는 건축물(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산 중 위탁자가 신탁기간 중 또는 신탁종료 후 위탁자의 본점이나 주사무소의 사업용으로 사용하기 위하여 신축하거나 증축하는 건축물을 포함한다)과 그 부속토지를 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지ㆍ유치지역 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다.

(2) 지방세법 시행령

제25조(본점 또는 주사무소의 사업용 부동산) 법 제13조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산”이란 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 예비군 병기고 및 탄약고는 제외한다)을 말한다.

(3) 지방세특례제한법(2021.4.20. 법률 제18128호로 개정된 것)

제46조(연구개발 지원을 위한 감면) ① 기업이 대통령령으로 정하는 기업부설연구소(이하 이 조에서 “기업부설연구소”라 한다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)에 대해서는 취득세의 100분의 35[대통령령으로 정하는 신성장동력 또는 원천기술 분야를 연구하기 위한 기업부설연구소(이하 이 조에서 “신성장동력ㆍ원천기술 관련 기업부설연구소”라 한다)의 경우에는 100분의 50]를, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 35(신성장동력ㆍ원천기술 관련 기업부설연구소의 경우에는 100분의 50)를 각각 2025년 12월 31일까지 경감한다.

③ 제1항에도 불구하고 「조세특례제한법」 제10조 제1항 제1호 가목 2)에 따른 중견기업이 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50(신성장동력ㆍ원천기술 관련 기업부설연구소의 경우에는 100분의 65)을, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50(신성장동력ㆍ원천기술 관련 기업부설연구소의 경우에는 100분의 65)을 각각 2025년 12월 31일까지 경감한다.

④ 제1항에도 불구하고 「중소기업기본법」 제2조제1항에 따른 중소기업(이하 이 장에서 “중소기업”이라 한다)이 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 60(신성장동력ㆍ원천기술 관련 기업부설연구소의 경우에는 100분의 75)을, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50(신성장동력ㆍ원천기술 관련 기업부설연구소의 경우에는 100분의 65)을 각각 2025년 12월 31일까지 경감한다.

⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 토지 또는 건축물을 취득한 후 1년(「건축법」에 따른 신축ㆍ증축 또는 대수선을 하는 경우에는 2년) 이내에 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의2에 따른 기업부설연구소로 인정받지 못한 경우

2. 기업부설연구소로 인정받은 날부터 3년 이내에 「조세특례제한법 시행령」 제9조 제11항에 따른 신성장동력ㆍ원천기술심의위원회로부터 해당 기업이 지출한 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비의 연구개발 대상 기술이 같은 영 별표 7에 해당된다는 심의 결과를 받지 못한 경우(신성장동력ㆍ원천기술 분야 기업부설연구소로 추가 감면된 부분에 한정한다)

3. 기업부설연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

2. 경감 내용

가. 산업용 건축물등을 신축하기 위하여 취득하는 토지와 신축 또는 증축하여 취득(취득하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다)하는 산업용 건축물 등에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2025년 12월 31일까지 경감한다.

(4) 지방세특례제한법 시행령

제23조(기업부설연구소) ① 법 제46조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 기업부설연구소”란 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의2 제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소를 말한다. 다만, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단등이 「수도권정비계획법」 제6조 제1항 제1호에 따른 과밀억제권역 내에 설치하는 기업부설연구소는 제외한다.

② 법 제46조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 신성장동력 또는 원천기술 분야를 연구하기 위한 기업부설연구소”란 제1항에 따른 기업부설연구소로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업의 부설 연구소를 말한다.

1. 「연구산업진흥법」 제2조 제1호 가목 또는 나목의 산업을 영위하는 국내 소재 기업으로서 「조세특례제한법 시행령」 제9조 제2항 제1호 가목에 따른 신성장ㆍ원천기술연구개발업무(이하 이 조에서 “신성장ㆍ원천기술연구개발업무”라 한다)를 수행(신성장ㆍ원천기술연구개발업무와 그 밖의 연구개발을 모두 수행하는 경우를 포함한다)하는 기업일 것

2. 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의2 제1항에 따라 기업부설연구소로 인정받은 날부터 3년 이내에 「조세특례제한법 시행령」 제9조 제12항에 따른 신성장ㆍ원천기술심의위원회로부터 해당 기업이 지출한 신성장ㆍ원천기술연구개발비의 연구개발 대상 기술이 같은 영 별표7에 해당된다는 심의 결과를 통지받은 기업일 것

(5) 서울특별시 시세 감면 조례(2021.5.20. 조례 제7995호로 일부개정된 것)

제13조(산업단지 등에 대한 감면) 법 제78조 제8항에 따른 "조례로 정하는 율"은 다음 각 호와 같다.

1. 법 제78조 제4항 제2호 가목의 경감률에 추가하는 경감률은 100분의 25로 한다.

2. 법 제78조 제4항 제2호 나목의 경감률에 추가하는 경감률은 100분의 15로 한다.

(6) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률

제14조의2(기업부설연구소 또는 연구개발전담부서의 인정 등) ① 과학기술정보통신부장관은 기업의 연구개발활동을 효율적으로 지원하고 관리하기 위하여 연구 인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업부설 연구기관 또는 기업의 연구개발부서를 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서로 인정할 수 있다.

② 소속 기업부설 연구기관 또는 기업의 연구개발부서에 대하여 제1항에 따른 인정을 받으려는 기업은 과학기술정보통신부령으로 정하는 바에 따라 과학기술정보통신부장관에게 인정을 신청하여야 한다.

③ 제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서(이하 "기업부설연구소등"이라 한다)가 소속된 기업은 과학기술정보통신부령으로 정하는 사항을 변경하는 경우에는 과학기술정보통신부장관에게 신고하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지에서 규정한 사항 외에 기업부설연구소등의 인정 및 변경신고 절차 등에 관하여 필요한 사항은 과학기술정보통신부령으로 정한다.

제14조의3(기업부설연구소등의 인정취소) ① 과학기술정보통신부장관은 기업부설연구소등 또는 기업부설연구소등이 소속된 기업이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 기업부설연구소등의 인정을 취소할 수 있다. 다만, 제1호 또는 제2호에 해당하는 경우에는 그 인정을 취소하여야 한다.

1. 거짓 또는 그 밖의 부정한 방법으로 인정을 받거나 변경신고를 한 경우

2. 기업부설연구소등이 소속된 기업이 기업부설연구소등의 인정취소를 요청한 경우

3. 기업부설연구소등이 소속된 기업이 폐업하거나 기업부설연구소등의 폐쇄 사실을 과학기술정보통신부장관이 확인한 경우

4. 제14조의2 제1항에 따른 인정기준에 미달되어 과학기술정보통신부장관이 그 보완을 명한 날부터 1개월이 지날 때까지 미달된 사항을 보완하지 아니한 경우

5. 제14조의2 제3항에 따른 변경신고를 변경사유가 발생한 날부터 1년 이내에 하지 아니한 경우

6. 기업부설연구소등의 연구개발활동이 없다고 과학기술정보통신부장관이 인정한 경우

7. 기업부설연구소등이 제14조의4에 따른 준수사항을 위반한 경우

8. 「연구실 안전환경 조성에 관한 법률」 제17조 등 다른 법률에 따라 기업부설연구소등의 연구개발활동이 제한된 경우

② 과학기술정보통신부장관은 제1항에 따라 기업부설연구소등의 인정을 취소하려는 경우에는 청문을 실시하여야 한다. 다만, 제1항 제2호 또는 제3호에 해당하는 경우에는 청문을 실시하지 아니할 수 있다.

③ 제1항 제1호에 따라 소속 기업부설연구소등의 인정이 취소된 기업은 취소된 날부터 1년이 지날 때까지 제14조의2 제2항에 따른 인정을 신청할 수 없다.

제14조의4(기업부설연구소등의 준수사항) 기업부설연구소등은 다음 각 호의 사항을 준수하여야 한다.

1. 기업부설연구소등에 근무하는 자는 연구개발활동과 관련된 업무 외에 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 아니할 것(다만, 창업일로부터 3년이 경과하지 아니한 「중소기업기본법」 제2조 제2항에 따른 소기업의 기업부설연구소등에 근무하는 자가 해당 소기업의 대표자를 겸하는 경우에는 제외한다)

2. 「건축법」에 따라 허가받지 아니한 건물 또는 가건물, 건축물의 용도가 주거용인 건물에는 기업부설연구소등을 설치하지 아니할 것

3. 그 밖에 기업부설연구소등의 건실한 운영을 위하여 대통령령으로 정하는 사항

(7) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령

제16조의2(기업부설연구소 또는 연구개발전담부서의 인정기준) ① 법 제14조의2 제1항에서 "연구인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업부설 연구기관"이란 다음 각 호의 구분에 따라 해당 연구기관에서 근무하는 연구전담요원을 상시 확보하고, 과학기술정보통신부령으로 정하는 기준에 적합한 연구시설을 갖춘 기관을 말한다. 이 경우 과학기술정보통신부장관은 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정하는 경우에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다.

1. 「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업자가 설립한 기업부설 연구기관: 5명 이상. 다만, 「중소기업기본법 시행령」 제8조제1항에 따른 소기업자가 설립한 기업부설 연구기관은 3명 이상으로 하되, 해당 기업의 창업일부터 3년까지는 2명 이상으로 한다.

2. 국외에 있는 기업부설 연구기관: 5명 이상

3. 제1호에도 불구하고 과학기술정보통신부령으로 정하는 과학기술 분야 연구기관의 연구원 및 대학의 교원이 창업한 연구개발형 중소기업 또는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조에 따른 벤처기업이 설립한 기업부설 연구기관: 2명 이상

4. 「중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법」 제2조 제1호에 따른 중견기업으로서 직전 3개 사업연도의 평균매출액(사업연도가 1개인 경우에는 해당 사업연도의 매출액으로, 2개인 경우에는 2개 사업연도의 평균매출액으로 하고, 사업기간이 1년 미만인 사업연도의 매출액은 1년으로 환산하여 계산한다)이 5천억원 미만인 중견기업이 설립한 기업부설 연구기관: 7명 이상

5. 그 밖의 기업부설 연구기관: 10명 이상

② 법 제14조의2 제1항에서 "연구 인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업의 연구개발부서"란 해당 부서에서 근무하는 연구전담요원을 1명 이상 상시 확보하고, 과학기술정보통신부령으로 정하는 기준에 적합한 연구시설을 갖춘 기업의 연구개발부서를 말한다.

③ 제1항 및 제2항에서 규정한 사항 외에 기업부설 연구기관 및 기업의 연구개발부서가 확보하여야 하는 연구전담요원의 자격기준은 과학기술정보통신부령으로 정한다.

제17조(기업부설연구소 등의 준수사항) ① 법 제14조의4 제3호에서 “대통령령으로 정하는 사항”이란 다음 각 호의 사항을 말한다.

1. 법 제14조의2 제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서(이하 “기업부설연구소등”이라 한다)를 설립 또는 설치한 기업은 해당 기업부설연구소등에서 근무하는 연구전담요원, 연구보조원 및 연구관리직원(이하 이 조에서 “연구전담요원등”이라 한다)이 연구에만 전념할 수 있도록 연구활동 외에 생산ㆍ판매ㆍ영업 등의 기업활동과 관련된 업무에 종사하는 별도의 상시 종업원을 확보할 것

(8) 지방세기본법

제55조(납부지연가산세) ① 납세의무자가 지방세관계법에 따른 납부기한까지 지방세를 납부하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 “과소납부”라 한다)한 경우 또는 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 “초과환급”이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 계산식에 따라 산출한 금액을 합한 금액을 가산세로 부과한다. 이 경우 가산세는 납부하지 아니한 세액, 과소납부분(납부하여야 할 금액에 미달하는 금액을 말한다. 이하 같다) 세액 또는 초과환급분(환급받아야 할 세액을 초과하는 금액을 말한다. 이하 같다) 세액의 100분의 75에 해당하는 금액을 한도로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(지방세관계법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액을 더한다) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 부과결정일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

(9) 지방세징수법

제21조(지방세에 관한 상계금지) 지방자치단체의 징수금과 지방자치단체에 대한 채권으로서 금전의 급부(給付)를 목적으로 하는 것은 법률에 따로 규정이 있는 것을 제외하고는 상계(相計)할 수 없다. 환급금에 관한 채권과 지방자치단체에 대한 채무로서 금전의 급부를 목적으로 하는 것에 대해서도 또한 같다.

(10) 농어촌특별세법

제8조(부과ㆍ징수) ② 제7조에 따라 농어촌특별세의 신고ㆍ납부 및 원천징수 등을 하여야 할 자가 신고를 하지 아니하거나 신고내용에 오류 또는 누락이 있는 경우와 납부하여야 할 세액을 납부하지 아니하거나 미달하게 납부한 경우에는 다음 각 호에 따른다.

3. 제3조 제1호의 납세의무자 중 취득세 또는 등록에 대한 등록면허세의 감면을 받는 자와 제3조 제5호에 따른 납세의무자에 대하여는 시장ㆍ군수 및 자치구의 구청장(이하 “시장ㆍ군수”라 한다)이 해당 본세의 부과ㆍ징수의 예에 따라 부과ㆍ징수한다.

(11) 농어촌특별세법 시행령

제7조(부과ㆍ징수) ① 법 제8조의 규정에 의하여 농어촌특별세를 부과ㆍ징수하는 때에는 당해 본세의 납세고지서에 당해 세액과 농어촌특별세액 및 그 합계액을 각각 기재하여 고지하여야한다.