이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2024.5.2. AAA(이하 “종전 사업자”라 한다)가 임대업에 사용하고 있는 서울특별시 양천구 OOO 소재 토지 416㎡ 및 건물 829.76㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)을 중소기업통합계약에 따라 취득(현물출자)하고, 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 이 건 부동산을「지방세특례제한법」제57조의2 제3항 제5호(이하 “이 건 감면규정”이라 한다)에서 감면대상으로 규정하고 있는 ‘중소기업 간의 통합에 따라 존속하는 법인이 양수하는 해당 사업용 재산’으로 보아, 2024.8.26. 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 이 건 감면규정의 괄호에서 ‘부동산 임대업에 해당하는 중소기업이 양수하는 재산은 제외한다’고 규정하고 있고, 이 건 부동산은 임대사업자인 종전 사업자의 임대사업용 부동산이었으므로 괄호 규정에 해당한다고 보아, 2024.10.11. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.10.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

처분청은 이 건 감면규정의 괄호(부동산 임대업에 해당하는 중소기업이 양수하는 재산)에 부동산 임대업을 시작하려는 중소기업이 양수하는 재산도 포함된다는 의견이다.

그러나 감면규정은 그 문언에 충실하게 해석해야 하는 것이고, 취득세는 취득 당시를 기준으로 하여 감면여부를 판단해야 하는 것이므로, 위 괄호 규정의 ‘부동산 임대업에 해당하는 중소기업’이란 해당 부동산의 취득 전부터 부동산 임대업을 영위하는 중소기업을 의미한다 할 것이다.

또한, 중소기업 간의 통합은 소멸기업이 자신의 사업을 동일성을 유지하면서 존속기업에 속하거나 주주가 되어 사업을 영위하게 되는 경우로서, ① 사실상 동일한 사업자가 ② 동일한 자산을 통해 법률상 지위만을 변경하여 ③ 동일한 사업을 영위하는 것인데, 단지 구조조정만을 위하여 재산을 양도·취득하는 경우에까지 취득세를 부과하는 것은 해당 규정의 취지에도 맞지 않는다.

더욱이, 이 건 감면규정의 괄호에 ‘중소기업 통합 이후에 부동산 임대업을 영위하게 된 통합기업’을 포함하는 것으로 해석한다면, 통합기업이 부동산 임대업을 전혀 영위하지 않았더라도 소멸기업이 이를 영위하였다면 취득세 감면을 받을 수 없게 되는 것이고, 이는 취득자인 통합기업의 사업 내용이 아닌 양도인인 소멸기업의 사업내용에 따라 결정되는 것이라서, 취득자가 납부하는 취득세가 양도인에 따라 결정되는 부당한 결과를 초래하게 된다.

따라서 이 건 감면규정의 문언, 취지 및 취득세의 특성 등을 종합해 보면, 위 괄호 규정에서 ‘중소기업 통합 이후에 부동산 임대업을 영위하게 된 통합기업’은 제외된다고 보아야 할 것이므로, 이 건 경정청구를 거부한 처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

행정안전부가 발행한 ‘2022년 시행 지방세특례제한법 및 하위법령 개정내용 및 적용요령’은 “중소기업 간 통합으로 인한 취득세 감면 적용 시, 부동산임대업 및 공급업을 위한 재산은 감면대상에서 제외”라고 명시함으로써, 법 개정의 취지가 부동산임대업 및 공급업에 전용될 부동산에 대한 취득세 감면을 배제하기 위한 것임을 명확히 하고 있다. 따라서 청구법인이 부동산임대업을 영위하기 위하여 취득한 이 건 부동산은 이 건 감면규정에 따른 감면대상에 해당하지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

부동산 임대업 등을 영위하지 아니한 청구법인이 임대사업자로부터 임대업에 사용하던 재산을 중소기업통합계약에 따라 취득한 것을「지방세특례제한법」제57조의2 제3항 제5호 괄호에서 감면대상에서 제외하는 것으로 규정하고 있는 ‘부동산 임대 및 공급업에 해당하는 중소기업이 양수하는 재산’으로 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구법인은 2019.3.18. BBB을 대표이사로 하고, 방송프로그램 제작업, 행사대행업 및 광고대행업을 목적으로 하여 설립되었으며, 2024.5.16. 사업목적에 부동산임대업을 추가한 것으로 나타난다.

(나) 청구법인은 2024.4.24. 종전 사업자와 중소기업통합계약을 체결하였고, 해당 계약서에는 ‘통합으로 소멸하는 기업’을 ‘CCC이라는 상호로 이 건 부동산에서 부동산임대를 목적으로 하는 개인기업’으로 명시하고 있고, 청구법인은 통합기준일 현재 피통합기업의 사업에 관한 자산 및 종업원과 거래처 전부를 인수하고, 피통합기업을 법령에 적합하게 운영하여야 한다고 정하고 있으며, 통합기준일은 2024.4.24.로 정하고 있다.

(다) 행정안전부는 2022년 1월경 ‘2022년 시행 지방세특례제한법 및 하위법령 개정내용 및 적용요령’을 처분청에 송부하였고, 여기에는 이 건 감면규정과 관련한 내용도 포함되어 있는데, 이 건 감면규정의 개정개요에는 ‘부동산임대업·공급업 감면 제외’라고 되어 있고, 개정내용에는 ‘중소기업 간 통합으로 인한 취득세 감면 적용 시, 부동산임대업 및 공급업을 위한 재산은 감면대상에서 제외’라고 되어 있다.

(라) 청구법인이 2024.5.2. 처분청에 제출한 ‘부동산사용계획서’에는 청구법인이 2024.5.2. 이 건 부동산을 기업통합계약을 원인으로 취득하였고, 통합기업간 관계를 ‘통합으로 소멸하는 부동산임대를 목적으로 하는 기업의 기업주 AAA가 통합으로 취득하는 회사의 1인주주인 BBB의 부친으로 특수관계인임’이라고 되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 감면규정의 괄호에서 규정하고 있는 ‘부동산 임대업에 해당하는 중소기업이 양수하는 재산’에서 ‘중소기업 통합 이후에 부동산 임대업을 영위하게 된 통합기업이 양수하는 재산’은 제외된다고 보는 것이 그 문언에 부합하는 해석이라고 주장한다.

그러나 이 건 감면규정은 ‘중소기업 간의 통합에 따라 설립되거나 존속하는 법인이 양수하는 해당 사업용 재산’을 감면대상으로 하고 있으므로, 그 괄호에서 ‘부동산 임대업에 해당하는 중소기업’에 해당하는지 여부도 ‘통합에 따라 존속하는 법인’을 기준으로 판단해야 할 것이다. 즉, 재산을 양수하는 주체는 통합 전의 청구법인이 아니라 통합에 따라 존속하는 청구법인을 의미한다는 것이다.

또한, 이 건 감면규정을 적용받는 ‘통합에 따라 존속하는 법인’은 중소기업 간의 통합으로 승계한 사업의 동일성을 유지하는 것을 조건으로 하고 있다는 점을 보더라도, 이 건 감면규정에서의 업종은 통합 이후의 업종을 기준으로 판단하는 것이 타당하다.

청구법인의 경우, 부동산 임대업을 영위하던 종전 사업자와 통합하였고, 이렇게 존속하는 청구법인도 역시 부동산 임대업을 영위하는 법인에 해당하므로, 청구법인이 양수한 이 건 부동산은 이 건 감면규정에 따른 감면대상으로 보기 어렵다.

따라서 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법 제57조의2(기업합병ㆍ분할 등에 대한 감면) ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재산을 2024년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 취득세의 100분의 75를 경감한다. 다만, 제1호의 경우 2019년 12월 31일까지는 취득세의 100분의 75를, 2020년 12월 31일까지는 취득세의 100분의 50을, 2024년 12월 31일까지는 취득세의 100분의 25를 각각 경감하고, 제7호의 경우에는 취득세를 면제한다.

5. 「조세특례제한법」 제31조에 따른 중소기업 간의 통합에 따라 설립되거나 존속하는 법인이 양수하는 해당 사업용 재산(「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른 부동산 임대 및 공급업에 해당하는 중소기업이 양수하는 재산은 제외한다). 다만, 사업용 재산을 취득한 날부터 5년 이내에 같은 조 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 경감받은 취득세를 추징한다.

(2) 조세특례제한법 제31조(중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등) ① 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령으로 정하는 사업용고정자산(이하 “사업용고정자산”이라 한다)을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합 후 존속하는 법인(이하 이 조에서 “통합법인”이라 한다)에 양도하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.

② 제1항의 적용대상이 되는 중소기업 간 통합의 범위 및 요건에 관하여는 대통령령으로 정한다.

③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.

(3) 조세특례제한법 시행령 제28조(중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등) ①법 제31조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합”이란 제29조 제3항에 따른 소비성서비스업(소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 부동산양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 소비성서비스업의 사업별수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자(「중소기업기본법」에 의한 중소기업자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다. 이 경우 설립 후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인(「국세기본법」 제39조제2항의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다.

1. 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자가 통합후 존속하는 법인 또는 통합으로 인하여 설립되는 법인(이하 이 조에서 “통합법인”이라 한다)의 주주 또는 출자자일 것

2. 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다)이상일 것

②법 제31조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 사업용고정자산”이란 당해 사업에 직접 사용하는 유형자산 및 무형자산(1981년 1월 1일 이후에 취득한 부동산으로서 기획재정부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산의 판정기준에 해당되는 자산을 제외한다)을 말한다.

③법 제31조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 통합일이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 통합법인과 함께 기획재정부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.