이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2022.5.20. 경상남도 함양군OOO외 1 토지 16,900㎡ 및 건축물 5,345.53㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 성암중공업 주식회사(이하 “전소유자”라 한다)로부터 취득하고 매매금액 OOO원을 과세표준으로 하여 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 2024.12.3. 쟁점부동산이 「경상남도 도세 감면 조례」(이하 “쟁점조례”라 한다) 제7조 제1항에 따른 농공단지에서 휴·폐업된 공장을 취득하여 입주하려는 자가 취득하는 부동산에 해당한다는 사유로 처분청에 경정청구를 하였으나, 처분청은 2024.12.13. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.5. 이의신청을 거쳐 2025.7.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

쟁점부동산의 전소유자는 폐업 신고를 하지 않았으나, 부동산 매각 직전부터 공장 가동이 중단된 상태였다. 전력 사용량을 확인해보면 2020년 7월부터 사용량이 감소하기 시작하여 2021년에는 사용량이 전혀 없었다. 또한 인터넷 지도 사진을 통해 확인한 결과, 2020년 7월 당시에는 부지가 야적장 상태였고, 정문 개폐 여부 등을 종합하면 공장이 사실상 미운영 상태였음을 알 수 있다. 반면 2023년 12월에는 공장이 다시 활성화된 모습이 확인된다. 따라서 청구인은 사실상 폐업 상태에 있던 부동산에 대해 2021년에 매매예약을 체결한 후 1년간 임차하여 사용하다가 2022년에 매매를 완료한 것이다.

한편, 「부가가치세법」상 사업의 개시 및 폐업 여부는 형식이 아닌 실질에 따라 판단되어야 한다는 것이 판례의 일관된 입장이다(대법원 2009.6.11. 선고OOO). 또한 ‘임대한 후 매각한다’는 조건으로 부동산 매매계약을 체결한 경우 관련 법령 적용이 가능하다는 경상남도 세정과의 유권해석도 존재한다.

경상남도 이의신청 결과에 따르면, 사업장의 폐업 여부는 사업장별로 그 실질에 따라 판단해야 하며, 단순히 전력 사용량이 줄어든 사실만으로는 폐업으로 인정할 수 없다는 주장이 제기되었다. 그러나 당시 전력 사용량은 주택 3채 정도의 수준으로, 최소한의 공장 유지에 필요한 최소 전력만이 사용된 것이었으며, 실질적으로는 가동이 중단된 상태였다. 또한 농공단지 입주 기업이 단지 내에서 추가로 부동산을 취득한 경우에도 감면 대상이 된다는 판례(조심 2016지0050, 2016.11.4., 참조) 역시 존재한다.

따라서 청구법인의 쟁점부동산은 입법 취지와 감면 요건에 부합하므로 이 건 경정청구 거부처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

쟁점부동산의 전소유자는 「부가가치세법」에 따른 휴업 또는 폐업 신고를 한 사실이 확인되지 않았으며, 2023.11.22. 본점을 울산광역시로 이전한 후에도 계속 사업을 영위한 사실이 법인등기사항증명서와 부가가치세 신고·납부 내역에서 나타난다. 또한, 청구인과 임대차계약을 체결한 이후에도 국세청에서 통보된 근로소득에 대한 지방소득세 특별징수분을 2023년 9월(2023년 2월 귀속분)까지 처분청에 납부하였고, 본점 이전 이후에는 납부내역이 없는 점을 볼 때 실질적으로 사업을 휴업 또는 폐업하였다고 보기 어렵다.

전소유자의 전기사용량은 점차 감소하다가 임대차계약 체결 직전인 2020.11.27. 전기사용계약이 해지되었으며, 이후 2021년 1월부터 전력 사용이 완전히 중단되었다. 그러나 전력 사용이 줄어든 사실만으로 폐업으로 단정할 수 없고, 설령 전력 사용이 완전히 중단된 시점을 공장 가동이 중단되어 실질적으로 폐업한 날로 보더라도 그로부터 3개월 이내인 2021.2.15. 청구법인에게 임대가 개시되었으므로, 쟁점부동산을 감면 요건인 ‘폐업한 날로부터 3개월이 경과한 공장’으로 보기는 어렵다.

또한, 청구법인은 농공단지 내 추가 취득도 감면 대상이라는 조세심판원 결정(조심 2016지0050, 2016.11.4., 참조)을 근거로 쟁점부동산 역시 감면 대상이라고 주장하였다.

그러나 해당 결정례는 전소유자가 이전한 후 장기간 공장이 비어 있던 상태에서 임차 형태로 농공단지에 입주한 자가 부동산을 취득한 경우에 감면을 인정한 사례이다. 반면 청구인의 경우 2024.4.1. 중소기업 확인서에서 경상남도 함양군 OOO(이하 “기존 사업장”이라 한다)을 지점으로 신청한 사실이 확인되고, 처분청의 농공단지 입주 계약 변경 승인 및 공장등록 변경 승인 공문에 따르면 이미 쟁점부동산 인근 부지에 입주한 상태에서 기존 사업장에 쟁점부동산을 추가한 것이다. 또한 쟁점부동산은 3개월 이상 폐업 상태인 공장에 해당하지 않으므로, 해당 결정례와 동일한 사안으로 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산의 취득이 농공단지에서 ‘폐업’된 공장을 취득하는 경우에 해당하므로 쟁점조례에 따른 취득세 감경요건을 충족하였다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 쟁점부동산의 전소유자는 2015.1.6. 기계설비 설치업 등을 목적으로 설립한 후 2015.12.24. 경매로 해당 부동산을 취득하고 같은 해 12.29. 본점을 이 부동산으로 이전하였으며, 휴업 또는 폐업 신고 없이 2023.11.27. 본점을 울산광역시 울주군 OOO로 이전하였고, 울산세무서장은 2020년부터 2022년까지 부가가치세를 계속 신고·납부한 내역과 대표자·상호 및 부업종 변경 사실을 회신하였다.

(나) 지방세정보시스템에 따르면, 전소유자는 2016년 9월 귀속분부터 2023년 2월 귀속분까지 직원 급여에 대한 지방소득세 특별징수(근로소득)분을 국세청 통보자료에 따라 납부한 사실이 확인된다.

(다) 전소유자는 회사 사정(공장 매각)으로 인해 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제17조 및 제42조의 규정에 따라 함양군과의 안의농공단지 입주계약을 2022.7.20. 해지하고, 이에 따라 공장등록이 취소되었다.

(라) 청구법인이 제출한 전소유자의 전기 계약 종합정보 내역에 의하면, 전소유자의 전기 계약 신설일은 2017.7.14.이고, 해지일은 2020.11.27.로 기재되어 있으며 2019년 하반기에는 전력 사용량이 평균 14,000∼17,000kWh로 높았으나, 2020년 2분기부터 급격히 감소해 하반기에는 1,000kWh 이하로 떨어지고 2021년 1분기에는 사실상 사용이 없는 것으로 나타난다.

(마) 청구법인은 2018.6.11. 본점을 서울특별시 구로구OOO에 두고 경기도 김포시 소재 지점을 경상남도 함양군OOO로 이전하였으며, 2021.2.15.부터 2022.2.15.까지 쟁점부동산을 임차한 후, 2022.7.13.에는 지점을 다시 쟁점부동산으로 이전한 사실이 임대차계약서와 법인등기사항일부증명서에서 확인된다.

(바) 쟁점부동산의 등기사항전부증명서에 의하면, 청구법인은 2021.3.22. 매매예약을 원인으로 소유권이전청구권가등기를 한 후, 2022.5.20. 해당 가등기를 말소하고, 같은 날 2022.4.25. 매매를 원인으로 청구인 명의의 소유권이전등기를 경료한 것으로 나타난다.

(사) 처분청의 ‘안의농공단지 입주계약 변경 알림’에 따르면, 청구법인은 2021.6.8. 기존 사업장 소재지(OOO)에 더해 쟁점부동산을 추가하여 입주계약 변경 승인을 받았으며, 2021.7.1.에는 「공장등록 변경 승인」을 통해 공장소재지에 쟁점부동산을 추가하고 업종을 추가로 승인받았다.

(2) 「경상남도 도세 감면 조례」 제7조 제1항에 따르면, 농공단지 내에서 휴업 또는 폐업된 공장을 취득하여 입주하려는 자가 해당 부동산을 취득하는 경우, 취득세의 75%를 경감하되, 경감 대상이 되는 ‘휴업’은 「부가가치세법」에 따른 휴업신고일로부터 6개월이 경과한 경우를 의미하며, ‘폐업’은 「부가가치세법」 제8조에 따른 폐업일로부터 3개월이 경과한 경우를 의미한다고 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴보면, 청구법인은 쟁점부동산이 전소유자가 형식상 폐업신고를 하지 않았으나 실질적으로 공장 가동이 중단된 상태에서 청구인이 이를 임차 후 매입한 것이므로, 부가가치세법상 실질 판단의 원칙 및 관련 판례·유권해석에 비추어 감면 요건에 부합하여 이 건 취득세 등의 경정청구 거부처분은 부당하다고 주장하나,

전소유자는 2022년도까지 부가가치세를 지속적으로 신고·납부하였고, 2023년 2월까지 근로소득세 특별징수분을 납부하였으며, 2023년 11월에는 본점을 울산으로 이전하여 계속 사업을 영위한 점, 단순한 전력 사용량 감소만으로 폐업으로 단정하기는 어려워 보이는 점, 설령 2020.11.27. 전기사용계약 해지 시점을 폐업시점으로 보더라도, 그로부터 3개월 이내인 2021.2.15. 청구법인이 해당 부동산을 임차하여 사용하기 시작하였으므로, 감면요건인 “폐업 후 3개월 이상 경과한 공장”에 해당하지 않는 점 등에 비추어 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 경상남도 도세 감면 조례(조례 제5189호로 개정되어 2022.4.14. 시행된 것)

제7조(농공단지 대체입주자에 대한 감면) ① 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 농공단지에서 휴업(「부가가치세법」제8조에 따라 휴업 신고한 날부터 6개월이 경과한 경우에 한정한다) 또는 폐업(「부가가치세법」제8조에 따라 폐업한 날부터 3개월이 경과한 경우에 한정한다)된 공장을 취득하여 입주하려는 자가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2024년 12월 31일까지 100분의 75를 경감한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제1항에 따라 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 공장 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 공장 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 농공단지 관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 부가가치세법(법률 제18577호로 개정되어 2022.1.1. 시행된 것)

제5조(과세기간) ①∼② 생략

③ 사업자가 폐업하는 경우의 과세기간은 폐업일이 속하는 과세기간의 개시일부터 폐업일까지로 한다. 이 경우 폐업일의 기준은 대통령령으로 정한다.

④∼⑤ 생략

제8조(사업자등록) ① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다.

②∼⑥ 생략

⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에 따라 신청을 받은 사업장 관할 세무서장(제3항부터 제5항까지의 규정에서는 본점 또는 주사무소 관할 세무서장을 말한다. 이하 이 조에서 같다)은 사업자등록을 하고, 대통령령으로 정하는 바에 따라 등록된 사업자에게 등록번호가 부여된 등록증(이하 “사업자등록증”이라 한다)을 발급하여야 한다.

⑧ 제7항에 따라 등록한 사업자는 휴업 또는 폐업을 하거나 등록사항이 변경되면 대통령령으로 정하는 바에 따라 지체 없이 사업장 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 제1항 단서에 따라 등록을 신청한 자가 사실상 사업을 시작하지 아니하게 되는 경우에도 또한 같다.

⑨ 사업장 관할 세무서장은 제7항에 따라 등록된 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 지체 없이 사업자등록을 말소하여야 한다.

1. 폐업한 경우

2. 제1항 단서에 따라 등록신청을 하고 사실상 사업을 시작하지 아니하게 되는 경우

⑩∼⑫ 생략

(3) 부가가치세법 시행령(대통령령 제32419호로 개정되어 2022.2.15. 시행된 것)

제7조(폐업일의 기준) ① 법 제5조 제3항에 따른 폐업일은 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 합병으로 인한 소멸법인의 경우: 합병법인의 변경등기일 또는 설립등기일

2. 분할로 인하여 사업을 폐업하는 경우: 분할법인의 분할변경등기일(분할법인이 소멸하는 경우에는 분할신설법인의 설립등기일)

3. 제1호 및 제2호 외의 경우: 사업장별로 그 사업을 실질적으로 폐업하는 날. 다만, 폐업한 날이 분명하지 아니한 경우에는 제13조제1항에 따른 폐업신고서의 접수일

②∼③ 생략

제13조(휴업ㆍ폐업의 신고) ① 법 제8조 제1항 본문 및 같은 조 제3항부터 제7항까지의 규정에 따라 사업자등록을 한 사업자가 휴업 또는 폐업을 하거나 같은 조 제1항 단서 및 같은 조 제7항에 따라 사업자등록을 한 자가 사실상 사업을 시작하지 않게 되는 경우에는 같은 조 제8항에 따라 지체 없이 다음 각 호의 사항을 적은 휴업(폐업)신고서를 관할 세무서장이나 그 밖에 신고인의 편의에 따라 선택한 세무서장에게 제출해야 한다.

1. 사업자의 인적사항

2. 휴업 연월일 또는 폐업 연월일과 그 사유

3. 그 밖의 참고 사항

②∼⑤ 생략

⑥ 제1항에 따른 휴업을 하는 날은 사업장별로 그 사업을 실질적으로 휴업한 날(실

질적으로 휴업한 날이 분명하지 아니한 경우에는 제1항에 따른 휴업신고서의 접수일)로 한다.

⑦ 생략