이유
1. 처분개요

가. 청구법인들은 2023.5.24. OOO조합(이하 “이 건 조합”이라 한다)으로부터 대구광역시 OOO 소재한 OOO호 등 45세대[청구법인별 각 15세대(＜별지1＞ 참조)로 전용면적은 39.6022㎡임, 이하 “쟁점임대주택”이라 한다]를 취득하고, 「지방세특례제한법」제31조 제2항 제1호에서 규정하고 있는 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 최초로 분양받아 취득하는 임대주택에 해당한다고 보아 취득세 전액을 감면하여 신고하였다.

나. 처분청은 2023.7.19. 청구법인들의 2023.5.24.자 취득세 감면 신청에 대하여 「지방세특례제한법」제31조 제2항의 감면대상에 해당되지 않는다는 ‘지방세 감면 신청 결과 통지서’를 청구법인들에게 교부하였고, 청구법인들은 2023.7.24. 및 2023.7.25. 처분청에 「지방세법」제13조의2 제1항 제1호에 따라 산출된 취득세 등을 아래 ＜표1＞과 같이 각 납부하였다.

＜표1＞ 취득세 등 납부내역

○○○

다. 청구법인들은 2023.8.29. 쟁점임대주택의 취득이 「지방세특례제한법」제31조 제2항 제1호에 따른 취득세 면제대상에 해당한다며 기납부한 취득세 등의 환급을 구하는 취지의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2023.9.6. 이를 거부하였다.

라. 청구법인들은 이에 불복하여 2023.12.1. 이의신청을 거쳐, 2024.5.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인들 주장

(1) 이 건 조합이 민간건설임대주택으로 등록한 쟁점임대주택을 청구법인들이 포괄승계를 조건으로 분양받은 경우 「민간임대주택에 관한 특별법」 제43조 제2항에 의하여 임대사업자로서의 지위를 포괄적으로 승계하는 것이므로 건설임대주택사업자로서의 지위도 포괄승계되는 것이다.

(가) 「지방세특례제한법」에는 청구법인들의 경우와 같이 건설임대주택을 포괄승계하여 다시 건설임대주택으로 등록되면 매입임대주택으로 간주하라는 별도 규정도 없으므로,「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 건설임대주택인지 매입임대주택인지를 판단하여야 한다.

(나) 건설임대사업자로부터 임대사업자의 지위를 포괄승계한 경우 「민간임대주택에 관한 특별법」상 사업자등록의 형태는 매입임대주택이 아닌 건설임대주택으로 등록되고 있다.

(다) 판례도 “완성된 건설임대주택을 매입하더라도 건설임대주택에서 매입임대주택으로 변경되지 않는다.”고 판시하였다(대법원 2006.8.25. 선고OOO판결).

(2) 쟁점임대주택은 「지방세특례제한법」제31조 제2항에서 말하는 ‘최초로 분양하는 경우’에 해당한다.

(가) 「지방세특례제한법」 제31조 제1항 및 제2항은 주택취득의 형태만 규정하였을뿐 매입임대인지 건설임대인지 여부에 따라 감면을 차등 적용하지 않고 있다. 즉 임대사업자의 종류와 상관없이 임대주택의 취득 형태가 ‘건축’에 해당하면 「지방세특례제한법」 제31조 제1항을, ‘최초 분양’에 해당하면 제31조 제2항을 적용한다.

(나) 조세심판원도 “「지방세특례제한법」 제31조 제2항에서 취득세 감면요건을 규정하면서 임대사업자등록상 기재된 임대주택의 유형(민간건설임대주택, 민간매입임대주택 등)에 따라 감면여부를 달리 취급하도록 규정하고 있지 않다”고 결정하였다(조심 2022지776, 2022.9.21.)

나. 처분청 의견

(1) 「지방세특례제한법」제31조 제2항에 따른 감면대상 임대사업자는 같은 조 제1항에서 규정하고 있는데, 그 제1항에서 임대사업자를 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자(임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우)로 규정하면서, 2020.7.11. 이후 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록 신청을 한 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택은 감면대상 임대사업자에서 제외한다고 규정하고 있다.

(2) 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조 제2호에서 민간건설임대주택이란 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택으로 규정하고 있고, 같은 조 제3호에서 민간매입임대주택이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다고 규정하고 있는바, 임대주택을 건설한 임대사업자로부터 임대사업자의 지위와 함께 그 임대주택을 취득해 임대하고 있는 임대사업자의 주택은 민간건설임대주택이 아닌 민간매입임대주택에 해당한다.

(3) 재개발 조합이 임대목적으로 건설한 아파트를 준공 전에 포괄양수자 선정을 위한 입찰 절차를 통하여 포괄양수도 계약을 체결하고 그 후 재개발 조합이 준공 및 소유권보존 등기까지 마친 쟁점임대주택을 청구법인들이 취득한 후 그 주택을 임대목적물로 하여 장기일반임대사업자 등록을 한 경우에는 비록 민간건설임대주택으로 임대사업자등록을 하였다고 하더라도 쟁점임대주택은 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택에 해당한다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점임대주택이 「지방세특례제한법」 제31조 제2항에서 규정한 취득세 등의 감면대상에 해당하는 지 여부

나. 관련 법률 : ＜별지2＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인들 및 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다.

(가) 이 건 조합은 대구광역시 OOO외 362필지에 소재한 OOO구역안의 주택재개발사업을 목적으로 2008.3.7. 설립인가된 재개발정비사업조합이다.

(나) 이 건 조합은 2021.3.29. 쟁점임대주택에 대한 임대주택 포괄양수자 선정을 위해 입찰공고를 하였고, 청구법인들 외 1개 법인이 2021.4.15. 임대주택포괄양수자로 선정되어, 청구법인들은 2021.7.1. 쟁점임대주택 중 각 15세대에 대하여 이 건 조합과 ‘임대아파트 포괄양수도 계약’을 체결하였다.

(다) 이 건 조합은 쟁점임대주택을 임대목적물로 하여 2021.2.5. 임대사업자등록(주택구분 : 건설, 주택종류 : 장기일반민간임대주택)을 하였다가 2023.5.9. 그 등록을 말소하였으며, 청구법인들은 2023.4.27. 쟁점임대주택을 임대목적물로 하여 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 주택구분을 민간건설임대주택으로, 주택종류를 장기일반민간임대주택으로 하여 임대사업자등록을 하였다.

(2) 행정안전부는 임대사업자가 재개발조합이 건설임대주택으로 등록한 아파트를 포괄양수해서 임대주택으로 등록한 경우의 감면여부에 관하여 기존 유권해석(행정안전부 지방세특례제도과-2102, 2022.9.21.)을 변경(행정안전부 지방세특례제도과-1509, 2025.5.28.)한 사실이 확인된다.

＜ 행정안전부 기존 유권해석 주요내용 ＞

○○○

＜ 행정안전부 변경 유권해석 주요내용 ＞

○○○

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」 제31조 제1항 및 제2항에서 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자[임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물{2020년 7월 11일 이후「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제5조에 따른 임대사업자등록 신청을 한 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택인 경우는 제외한다}로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말한다. 이하 이 조에서 “임대사업자”라 한다]가 임대할 목적으로 건축주로부터 공동주택을 최초로 분양받은 경우 그 공동주택 또는 오피스텔에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면한다고 규정하면서, 그 제1호에서 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택을 취득하는 경우에는 취득세를 면제한다고 규정하고 있다.

(나) 처분청은 쟁점임대주택이 아파트를 임대하는 민간매입임대주택에 해당하여 「지방세특례제한법」제31조 제2항의 취득세 감면대상이 아니라는 의견이다.

그러나, 「민간임대주택에 관한 특별법」 제43조 제2항에서 임대사업자는 임대의무기간 동안에도 민간임대주택을 다른 임대사업자에게 양도할 수 있도록 하면서, 이 경우 양도받는 자는 양도하는 자의 임대사업자로서의 지위를 포괄적으로 승계하도록 규정하고 있는바, 그 승계 범위에는 임대개시일, 임대의무기간 외에도 임대주택의 구분(건설) 및 주택종류(장기일반민간임대주택) 등도 포함되는 것으로 볼 수 있는 점, 쟁점임대주택에 대한 양수인 지위승계 계약서에 의하면, 청구법인들은 쟁점임대주택을 취득하면서 임대사업자로서의 지위를 포괄적으로 승계한 사실을 명시하고 있고, 청구법인들의 임대사업자등록증에는 쟁점임대주택의 주택구분을 건설로, 주택종류를 장기일반민간임대주택(10년)으로 기재하고 있어, 청구법인들이 취득한 쟁점임대주택은 건설임대주택으로 볼 수 있는 점, 「지방세특례제한법」제31조 제1항에서 장기일반임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택을 임대주택으로 등록한 임대사업자는 취득세의 감면대상이 되는 임대사업자의 범위에서 제외하도록 규정하고 있으나 청구법인들이 취득한 쟁점임대주택은 건설임대주택에 해당하므로 청구법인들은 위 조항에 따른 임대사업자에 해당하는 것으로 보이는 점, 행정안전부는 2025.5.14. 지방세법규해석심사위원회를 개최하여 재개발조합이 건축하여 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 건설임대주택으로 등록한 아파트를 포괄양수하고 건설임대주택으로 등록한 경우, 그 양수한 임대사업자는 「지방세특례제한법」제31조 제1항 및 제2항에 따른 임대사업자이고, 그 취득원인은 최초로 분양받은 경우에 해당한다고 유권해석한 점 등에 비추어, 쟁점임대주택은 장기건설임대사업자로서의 지위를 승계하여 임대사업자로 등록한 청구법인들이 건축주로부터 공동주택을 최초로 분양받은 경우로서 「지방세특례제한법」제31조 제2항에 따른 취득세의 감면 대상으로 보이므로, 처분청이 청구법인들의 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지1＞ 쟁점임대주택 내역

(단위 : 원)

○○○

＜별지2＞ 관련 법률

(1) 지방세특례제한법(2023.12.29. 법률 제19862호로 개정된 것)

제31조(임대주택 등에 대한 감면) ①「공공주택 특별법」에 따른 공공주택사업자 및「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자[임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물{2020년 7월 11일 이후「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위하여 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 “장기일반민간임대주택”이라 한다) 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이거나 같은 조 제6호에 따른 단기민간임대주택(이하 이 조에서 “단기민간임대주택”이라 한다)인 경우 또는 같은 법 제5조에 따라 등록한 단기민간임대주택을 같은 조 제3항에 따라 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제2조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택이나 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다}로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말하되, 토지에 대해서는「주택법」제15조에 따른 사업계획승인을 받은 날 또는「건축법」제11조에 따른 건축허가를 받은 날부터 60일 이내로서 토지 취득일부터 1년 6개월 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 “임대사업자”라 한다]가 임대할 목적으로 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 임대용 복리시설을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 건축하는 경우 그 공동주택에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면한다.

1. 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택을 취득하는 경우에는 취득세를 면제한다.

② 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 공동주택 또는「민간임대주택에 관한 특별법」제2조 제1호에 따른 준주택 중 오피스텔(그 부속토지를 포함한다. 이하 이 조에서 “오피스텔”이라 한다)을 최초로 분양받은 경우 그 공동주택 또는 오피스텔에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면한다. 다만,「지방세법」제10조에 따른 취득 당시의 가액이 3억원(「수도권정비계획법」제2조 제1호에 따른 수도권은 6억원으로 한다)을 초과하는 경우에는 감면 대상에서 제외한다.

1. 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택 또는 오피스텔을 취득하는 경우에는 취득세를 면제한다.

(2) 민간임대주택에 관한 특별법(2020.8.18. 법률 제17482호로 개정된 것)

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “민간건설임대주택”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 말한다.

가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택

나. 「주택법」 제4조에 따라 등록한 주택건설사업자가 같은 법 제15조에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 주택 중 사용검사 때까지 분양되지 아니하여 임대하는 주택

3. “민간매입임대주택”이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

5. “장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택(아파트를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다)을 말한다.

제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.

1. 삭제

2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택

3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택

제43조(임대의무기간 및 양도 등) ① 임대사업자는 임대사업자 등록일 등 대통령령으로 정하는 시점부터 제2조제4호 또는 제5호의 규정에 따른 기간(이하 "임대의무기간"이라 한다) 동안 민간임대주택을 계속 임대하여야 하며, 그 기간이 지나지 아니하면 이를 양도할 수 없다.

② 제1항에도 불구하고 임대사업자는 임대의무기간 동안에도 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 시장·군수·구청장에게 신고한 후 민간임대주택을 다른 임대사업자에게 양도할 수 있다. 이 경우 양도받는 자는 양도하는 자의 임대사업자로서의 지위를 포괄적으로 승계하며, 이러한 뜻을 양수도계약서에 명시하여야 한다.

※ 부 칙

제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제6조 제1항 제12호, 제48조 제2항 및 법률 제17452호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 제5조, 제5조의6, 제5조의7, 제6조, 제43조, 제67조의 개정규정은 2020년 12월 10일부터 시행한다.

제5조(폐지되는 민간임대주택 종류에 관한 특례) ① 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 또는 단기민간임대주택을 등록한 임대사업자 및 그 민간임대주택은 임대사업자 및 그 민간임대주택의 등록이 말소되기 전까지 이 법에 따른 임대사업자 및 장기일반민간임대주택으로 보아 이 법을 적용한다. 다만, 임대의무기간은 종전의 규정에 따른다.

② 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 등록한 단기민간임대주택은 이 법 시행 이후 장기일반민간임대주택 또는 공공지원민간임대주택으로 변경 등록할 수 없다.