이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2020.5.14. OOO청(이하 “A청”이라 한다)으로부터 OOO토지 9,906㎡(공장용지, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 분양받아 취득한 후, 쟁점토지의 취득이 「지방세특례제한법」제78조 제4항 및 「전라남도도세감면조례」제8조에 따른 산업단지 입주자에 대한 감면(취득세 75% 경감)을 적용하여 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 처분청에 신고·납부하였다.

나. 이후 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 정당한 사유 없이 취득일부터 4년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 경우에 해당하여 취득세 추징대상에 해당한다는 처분청 안내에 따라, 2024.7.11. 기 감면받은 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계OOO원(이하 “이 건 취득세”라 한다)을 처분청에 신고·납부하였다가, 2024.7.17. 건축행위가 늦어지고 있을 뿐 쟁점토지를 해당 용도로 직접 사용하였다고 주장하며 경정청구를 제기하였으나, 2024.9.2. 처분청이 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.11.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 쟁점토지 취득 후 산업용 건축물 없이 OOO를 제작하는 등 산업용의 용도로 직접 사용하였다.

청구법인은 쟁점토지에서 기타 OOO를 제작할 목적으로 A청과 분양계약을 체결하고 산업단지 입주계약을 체결하였고, 쟁점토지가 매립지인 관계로 지반안정화시까지는 건축행위가 제한될 수밖에 없었으나, 쟁점토지로부터 700m 인근에 위치한 청구법인의 제1공장이 협소함에 따라 쟁점토지에서 부체를 제작하며 본래의 사업목적에 맞게 사용하여 왔다.

(2) 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 존재한다.

1) 청구법인은 쟁점토지를 분양받은 직후 지반침하현상이 심하여 곧바로 건축공사를 진행할 수 없다는 전문가들의 의견에 따라 2020.8.20. B과 지반안정화공사계약을 체결하고 성토, 다짐, 파일 항타, 포장, 제작장 설치 및 윈치설치 공사 등 건축공사를 제외한 토목공사 및 부대시설 공사를 시행하였다.

B은 지반개량공사 후 건축공사계약 체결을 위해 지반침하가 진행되는 정도를 주기적으로 계측하였는데, 공사 이후에도 지반침하가 꾸준히 진행되어 공장용지의 상당 부분이 깊게 내려앉았고, 70~100cm 이상 침하된 쟁점토지의 절반만을 추가 성토한 후에야 건축공사를 진행할 수 있었고, 이후에도 계측기를 통한 측정결과 침하가 완전히 멈추지 않아 공사일정 전반이 장기간 지연될 수밖에 없었다.

2) 청구법인은 「산업입지 및 개발에 관한 법률 시행령」제40조에 따라 조성원가에 포함된 기반시설 설치비가 반영된 분양가격으로 쟁점토지를 공급받았으므로 고압전기, 상하수도 및 배수시설 등 공공 기반시설은 A청이 설치하여야 함에도 불구하고 실제 현장에는 기반시설이 전혀 설치되지 않았다.

청구법인은 2022.6.24.와 2023.3.29. 두 차례에 걸쳐 A청에 기반시설 미설치로 건축공사를 진행하지 못하고 있다는 공문을 제출하였음에도 담당부서는 설계도면만을 근거로 설치가 완료되었다는 답변을 반복하다가 2024년 9월경 언론취재가 이루어진 이후에서야 현장을 확인하고 같은 해 11월에 하수도 배관공사를 완료하였으며, 고압전기시설은 한국전력의 일정 지연을 이유로 2025년 5월경에 이르러서야 설치를 마쳤다.

이로 인해 청구법인은 2024년 9월경 사실상 산업용 건축물의 건축공사를 완료하고도 준공인가를 받을 수 없는 상태였으며, A청이 2023.5.16. 불가피한 착공지연에 따른 시정명령 유예 공문을 통해 정당한 사유를 인정하고도 실질적인 기반시설 설치를 지연시켜 청구인이 건축공사를 마무리했음에도 장기간 사용승인을 받지 못하는 상황에 놓이게 되었다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점토지 취득 후 산업용 건축물 없이 ○○○를 제작하였다는 사유만으로 쟁점토지를 직접 사용하였다고 주장하나, 「지방세특례제한법」제78조 제4항 제2호 가목에서는 ‘산업용 건축물 등을 신축하기 위하여 취득하는 토지’를 감면대상으로 규정하고 있고, 제5항 제1호에서는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 4년이 경과할 때까지 직접 사용하지 아니한 경우 감면받은 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

이와 같은 감면 및 추징규정을 둔 취지 등에 비추어 직접 사용이란 특별한 사정이 없는 한 그 신축한 건축물에 대하여 사용승인을 받은 시점에 그 토지를 직접 사용하는 것으로 보는 것이 타당해 보이는바, 청구법인이 2020년 10월경부터 산업용 건축물 없이 쟁점토지에서 ○○○를 제작하였다고 하여 해당 용도로 직접 사용하였다고 보기는 어렵다.

(2) 청구법인은 쟁점토지의 지반침하 현상 및 기반시설 미설치로 인하여 쟁점토지를 유예기간 내 직접 사용하지 못한 것이므로 정당한 사유가 존재한다고 주장하나, 정당한 사유란 법령에 의한 금지·제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 해당 용도로 직접 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나, 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적 사유도 포함하며, 정당한 사유의 유무를 판단할 때에는 납세의무자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법 취지를 충분히 고려하면서, 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 납세의무자가 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 하는바(대법원 2014.2.13. 선고 OOO판결), 처분청이 제출한 취득세 신고서류에 포함된 쟁점토지의 분양계약서 제8조에서는 분양계약을 체결하고자 하는 자는 매입대상 부지의 현물에 관한 사항을 미리 확인하여야 하며 이를 확인하지 못한 책임은 청구법인에게 있다는 내용이 기재되어 있는 것으로 보아, 지반침하 등에 관한 사항은 청구법인이 쟁점토지를 취득할 당시 충분히 인지할 수 있었던 사유로 보이고, 청구법인이 제출한 자료에 의하면, 청구법인은 2023년 당시 물가 상승 및 금리인상에 따른 건축비 차입의 어려움이 있었고 사업계획 변경에 따른 공장활용 방법 변경을 고려하고 있었던 점을 고려하면, 이러한 자재가격의 상승에 따른 건축계획 변경은 청구법인의 내부사정일 뿐 이를 법령상 제한 등에 준하는 외부적 사유로 보기는 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 산업용 건축물의 신축 없이 쟁점토지의 지상에서 ○○○ 등을 제작한 경우 산업용 용도로 직접 사용하였는지 여부

② 청구법인이 산업단지 감면 부동산을 취득한 후 4년이 경과할 때까지 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 존재하는지 여부

나. 관련 법룰 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 자료에 따르면 아래와 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 해양환경컨설팅 및 해양엔지니어링 등을 영위할 목적으로 전라남도 여수시OOO을 본점으로 하여 2012.9.26. 설립되었다.

(나) 청구법인은 2020.5.14. C단지 내 소재한 쟁점토지를 취득하고, 산업단지 감면을 적용하여 취득세를 감면받았다.

＜ 쟁점토지의 분양계약서(일부발췌) ＞

○○○

(다) 처분청 담당공무원은 2023.4.21. 및 2024.2.19. 쟁점토지를 현지출장하여 확인한 결과 청구법인이 유예기간(4년)이 경과하였으나 쟁점토지를 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 확인하고, 2024.2.19. 청구법인에게 ‘감면분 취득세 자진신고 납부안내문’을 발송하였다.

(라) 청구법인이 쟁점토지상에 신축한 건축물의 건축공사와 관련하여 아래와 같은 경과가 확인된다.

1) 청구법인은 2020.8.1. OOO사무소와 건축물(건축면적 3,795㎡, 공장동 3,300㎡+사무동 495㎡)의 설계 및 감리계약을 체결하였다가, 2021.4.1. 건축물의 설계, 감리 유보협의서를 작성하였는데, 그 내용은 아래와 같다.

＜ 건축물의 설계, 감리 유보 협의서 ＞

○○○

2) 이후 청구법인은 2024.4.18. 디오건축사사무소와 건축물의 설계계약과 공사감리계약을 다시 체결하였으며, 계약면적이 당초 3,795㎡에서 1,258.49㎡로 축소된 것으로 확인된다.

(마) 청구법인은 2020.8.20. (주)B과 지반개량공사 토목공사 관련 계약을 체결(공사대금OOO원)하여 보강공사를 진행하였으며, 청구법인은 지반침하 관련 현장사진을 제출하였다.

B은 2020년 8월 말경부터 지반안정화공사계약에 따라 쟁점토지상에 슬래그 15,000㎡를 성토하고 다짐공사를 실시한 것으로 확인된다.

(바) A청은 2022.6.13. 청구법인을 포함하여 입주계약 체결 후 2년 동안 공장 등의 건설에 착수하지 않은 수분양자에 대하여 ‘산업단지 입주계약 업체 공장 착공기한 경과에 따른 시정명령’과 관련한 공문(기업지원과-OOO)을 발송하였다.

청구법인은 2022.6.24. A청에 이행확약서 및 사유서를 제출하였고, 그 사유서의 내용은 아래와 같다.

＜ 청구법인 제출 공장신축 지연사유서 ＞

○○○

(사) A청은 2024.4.12. 쟁점토지의 지상에 지상 1층 규모의 공장용 건축물 신축에 대한 건축허가(2024-OOO)를 승인하였고, 청구법인은 2024.5.1. 건축공사에 착공하여 2025.5.8. 처분청으로부터 위 건축물의 사용승인을 받았다.

(아) 청구법인은 쟁점토지 취득 후 산업용 건축물 없이 ○○○를 제작하였으므로, 쟁점토지를 해당 용도에 직접 사용하였다고 주장하면서 아래와 같은 자료를 제출하였다.

1) 청구법인은 본점인 제1공장에서 사업을 영위하면서 수십미터에 이르는 대형 ○○○를 제작할 야외제작장이 협소하여 제1공장과 직선거리로 약 700m 떨어진 쟁점토지를 분양받았다.

2) 청구법인은 기반시설 설치지연으로 건축물 신축공사가 지연되고 있었으나, 제1공장이 가까운 곳에 위치하고 있어 별도의 사무실을 두지 않고도 현장관리가 가능하였고, 2020년 10월경부터 중장비를 임차하여 쟁점토지에서 PE○○○ 및 소형 콘크리트 ○○○를 제작하면서 사업목적에 맞게 사용하여 왔으며, 카카오맵의 위성사진 등을 통해 관련 사실을 확인할 수 있다.

(아) 청구법인은 쟁점토지의 지반침하 현상 및 기반시설 미설치로 인해 유예기간 내 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하면서 아래와 같은 자료를 제출하였다.

1) 청구법인은 선박의 일종인 콘크리트 및 PE ○○○ 전문제조업체로서 쟁점토지의 인근의 본점 소재지의 제1공장에서 사업을 영위하고 있고, 야외제작장으로 사용하기 위하여 제1공장에서 직선거리로 700m 떨어진 쟁점토지를 분양받았으나, 매립지인 쟁점토지의 지반침하 현상으로 인하여 지반의 보강공사 및 안정화까지 시간이 필요한 상황이어서 곧바로 건축물을 신축할 수 없었다.

2) 청구법인이 쟁점토지를 분양받을 당시 OOO단지 대부분이 건축물을 신축하고 정상적으로 사용하고 있었으므로, 청구법인은 성토공사만 진행하면 곧바로 쟁점토지를 사용할 수 있었을 것으로 기대하였으나, 뒤늦게 쟁점토지가 인접토지와 연약지반으로 연결되어 있어 지반침하 현상이 심하다는 사실을 뒤늦게 알게 되었고, 이에 따라 2020년 9월경 1차 지반안정화공사를 완료하였으나, 그 이후에도 지반침하가 진행되었고 쟁점토지 안쪽부분이 도로 출입구 부분과 편차가 1m 이상인 사실을 알 수 있었고, 개당 50~150톤에 이르는 ○○○를 제작하는 것이 주력산업이었던 청구법인으로서는 쟁점토지의 지반안정화 완료 이전에는 사실상의 건축행위가 불가능하였다.

＜ 지반침하 계측자료 ＞

○○○

3) 청구법인은 2022.6.13. A청의 시정명령에 대한 안내를 받고 건축물 신축을 위해 다시 설계를 의뢰하였으나, 건축사사무소에서 쟁점토지를 방문하여 확인하는 과정에서 고압전기시설을 바로 사용할 수 없을 뿐만 아니라 도로에 설치된 맨홀과 쟁점토지 사이에 배관이 연결되지 아니한 사실을 확인하고, 2023.3.29. A청에 조속한 기반시설 설치완료를 요청하였고, A청은 청구법인 등 3개사의 경우 “불가피한 착공지연에 따른 시정명령 유예”를 승인하면서, 담당 PM을 통해 착공지연 관련부서와 자체 협의 및 착공의견을 제시하였다.

또한, 청구법인은 2024년 11월경 건축물 신축공사를 사실상 완료하였음에도 불구하고 한국전력공사의 고압전기 시설공사 일정 등의 지연으로 인해 준공검사를 완료하지 못하다가, 2025년 5월에 이르러서야 사용승인을 받을 수 있었다.

4) 청구법인은 쟁점토지의 지반침하가 계속되고 있다는 증빙으로 이미 건축물이 완공되어 사용 중인 주변 공장들의 지반침하사실과 관련한 사진자료를 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

청구법인은 쟁점토지 취득 후 산업용 건축물 없이 ○○○를 제작등 해당 용도에 직접 사용하였다고 주장하나,

조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 하여야 하고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 하겠고(대법원 2009.8.20. 선고 OOO등 판결, 같은 뜻임), 「지방세특례제한법」제78조 제4항에서 산업용 건축물등의 용도에 직접 사용한다 함은 산업단지 내의 토지를 취득하여 산업용 건축물등을 신축하고 그 신축한 건축물을 산업용등으로 직접 사용하는 것을 의미한다고 보는 것이 타당한 것으로 보이는 점, 청구법인이 실제 쟁점토지를 ○○○ 등의 제작 등에 사용하였다 하더라도 이는 쟁점토지상에 건축물을 신축하여 해당 용도로 사용하기 이전 일시적으로 이용하는 것에 불과해 보이는 점 등에 비추어 쟁점토지를 감면 용도대로 사용하였다는 청구주장을 받아들이기 어렵다 하겠다.

(나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

처분청은 지반침하 현상 및 기반시설의 미설치 등의 사유를 청구법인이 유예기간 내 쟁점토지를 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유로 인정하기 어렵다는 의견이나,

청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 곧바로 건축공사를 위한 준비를 시작하여 2020.8.1. 건축설계 및 감리계약을 체결하였으나, 지반침하의 장기화가 예상되어 지반안정화 후 설계 등을 재진행할 필요가 있었던 것으로 보이는 점, 청구법인은 지반안정화를 위하여 2020.8.20. 지반계량공사 토목 관련 계약을 체결한 후 보강공사를 진행하였음에도, 2024.3.26.까지 측정한 수치상 1m가 넘는 지반침하가 발생한 것으로 확인되는 점, 개당 50~150톤에 이르는 ○○○ 제작을 주업으로 하는 제조업자인 청구법인로서는 산업용 건축물의 신축공사를 진행하기에 앞서 지반침하정도의 안정화가 반드시 필요했을 것으로 보이는 점, 지반침하 외에도 쟁점토지에 필요한 기반시설이 설치되지 아니하여 A청에 조속한 기반시설 설치완료를 요청하였고, A청이 이를 인정하여 2023.5.16. ‘불가피한 착공지연에 따른 시정명령 유예’를 승인한 사실이 확인되는 점 등에 비추어, 비록 청구법인이 쟁점토지를 취득한 날로부터 기산하여 유예기간인 4년 이내에 그 지상에 산업용 건축물의 신축을 완료하지 못한 사실은 인정되나, 꾸준한 노력에도 불구하고 발생하는 장애사유를 해소하기 위하여 진지한 노력을 다한 것으로 보인다.

따라서, 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 정당한 사유 없이 유예기간 내 직접 사용하지 아니하였다고 보아 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18656호로 일부개정되기 전의 것)

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

2. 경감 내용

가. 산업용 건축물등을 신축하기 위하여 취득하는 토지와 신축 또는 증축하여 취득하는 산업용 건축물등에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2022년 12월 31일까지 경감한다. 이 경우 공장용 건축물(「건축법」 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 신축 또는 증축하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

⑧ 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25(같은 항 제2호 나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다. 이 경우 제4조 제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제6항 및 제7항을 적용하지 아니한다.

(2) 지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18656호로 일부개정된 것)

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

2. 경감 내용

가. 산업용 건축물등을 신축하기 위하여 취득하는 토지와 신축 또는 증축하여 취득(취득하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다)하는 산업용 건축물등에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2022년 12월 31일까지 경감한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년(2019년 1월 1일부터 2020년 12월 31일까지의 기간 동안 취득한 경우에는 4년)이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(3) 전라남도 도세 감면조례

제8조(산업단지 등에 대한 감면) ① 법 제78조제8항에 따른 “조례로 정하는 율”은 다음 각 호와 같다.

1. 법 제78조제4항제2호가목의 경감률에 추가하는 경감률은 100분의 25로 한다.

2. 법 제78조제4항제2호나목의 경감률에 추가하는 경감률은 100분의 15로 한다.

② 제1항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우