이유
1. 처분개요

가. 처분청은 청구인이 2020.6.29. A 주식회사(이하 “이 건 법인”이라 한다)의 발행주식5,000주 중 4,400주(지분율 88%, 이하 “쟁점주식”이라 한다)을 취득하여 「지방세법」제7조 제5항 및 같은 법 시행령 제11조에 따른 과점주주가 되었음에도 이에 대한 과점주주 취득세를 신고하지 아니한 사실을 확인하고, 2024.1.10. 청구인에게 이 건 법인이 과점주주 성립일 현재 소유하고 있는 취득세 과세대상물건의 장부가액을 과세표준으로 하고, 「지방세법」제15조 제2항 제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계OOO원(가산세 포함, 이하 “이 건 취득세”라 한다)을 부과·고지하였다.

나. 청구인은 이에 불복하여 2024.3.21. 이의신청을 거쳐, 2024.8.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 착오로 작성된 주식등변동상황명세서를 근거로 한 이 건 취득세은 위법하다.

처분청은 최초로 제출된 주식등변동상황명세서만을 근거로 청구인을 이 건 법인의 과점주주로 보았으나, 주식상황변동명세서는 행정적 목적으로 형식적으로 제출되는 자료일 뿐이므로 그 자체만으로 실질적인 주식이전의 진정성이나 유효성을 입증하는 자료로 보기 어렵고, 주식등변동상황명세서가 객관적인 사실관계를 충실히 반영하고 있는지 여부는 그 내용에 부합하는 주식양수도계약서, 주주명부와 같은 보조적 증빙자료 및 주식의 이전흐름과 같은 정황을 종합적으로 고려할 필요가 있다.

이 건 법인의 최초 주식등변동상황명세서에는 청구인이 박근희로부터 주식을 양수했다는 계약서가 존재하지 않는 반면 이후 제출된 수정 주식등변동상황명세서에는 2020.6.29.자 주식양수도계약서가 첨부되어 있고, 이는 실제 거래 내용을 증명하는 처분문서일 뿐만 아니라, 기명날인된 계약서는 그 증명력이 추정되므로 이를 부정하려면 명확한 반증이 필요함에도 처분청은 아무런 합리적 근거 없이 수정된 주식등변동상황명세서의 신빙성을 부정하였다.

(2) 주주명부 및 실제 주식거래 관계에 비추어 볼 때 청구인은 이 건 법인의 과점주주가 아니다.

대법원 판결(대법원 2019.2.14. 선고OOO판결)에서도 ‘주주의 지위는 주주명부의 기재를 기준으로 판단한다’고 명시하고 있는바, 회사와의 관계에서 주주로서 권리를 행사할 수 있는 자는 주주명부상 기재된 자이며, 주주명부에 기재되지 않은 자는 실질소유자라 하더라도 주주권을 행사할 수 없다.

이 건 법인의 2021.7.13.자 주주명부에는 a 2,250주, 청구인 2,150주, b 600주로 등재되어 있고, 청구인은 지분율 43%의 주주에 불과하므로 과점주주 기준인 지분율 50%를 초과하지 않는다.

만약 처분청의 주장대로 청구인이 4,400주(지분율 88%)를 보유했다면, a은 주주명부에 등재될 수 없으나, 실제 a은 이 건 법인의 대표이사로 재직하는 동시에 2021.7.12. 임시주주총회 결의에서 주주로서 의결권을 행사하였는바, 이는 주식상황변동명세서상의 기재보다 주주명부 및 회사의 실제 운영형태가 실질을 반영하고 있음을 보여준다.

(3) 주식변동 경위와 전체 주식 수의 흐름에 비추어 처분청의 주장은 논리적으로 모순된다.

이 건 법인의 주식이동내역을 시간순으로 보면, 각 시점마다 주주 간의 양도·양수가 명확히 정리되어 있으며 발행주식 수는 변함없이 5,000주로 유지되어 왔다. 그러나 처분청의 주장에 따르면 청구인이 4,400주를 보유하고 있었다가 이후 a, c, d, e순으로 주식이 이전된 결과 총 발행주식 수가 7,250주가 되는 모순된 상황이 발생한다.

＜ 청구인이 주장하는 이 건 법인의 실제 주식변동내역 ＞

○○○

이 건 법인은 유상증자나 무상증자 등 신주발행 절차를 진행한 사실이 없으므로, 처분청의 논리를 따른다면 증자 없이 주식 수가 증가한 불가능한 결과가 되어 주식변동의 체계적 흐름과도 일치하지 않으므로, 결국 처분청의 논리는 실제 계약서와 주주명부, 발행주식 수 등 객관적 자료들과 정면으로 충돌하며, 그 주장의 신빙성이 결여되어 있다.

(4) 청구인은 이 건 법인의 경영을 지배하거나 실질적으로 관여한 사실이 없으므로 과점주주로 볼 수 없다.

청구인은 이 건 법인의 경영을 실질적으로 지배한 사실이 없고,대표이사로 취임한 것은 a이었고, a은 본인 자금 5천만 원을 납입하며 주주로서 실질적 경영권을 행사했다. 만약 청구인이 과점주주였다면 자신이 직접 대표이사로 취임해 경영을 수행했을 것이므로, 제3자인 a이 대표로 선임된 사실은 청구인이 실질적 지배자가 아니었음을 뒷받침하며, 2023.3.13. 보유 주식 2,150주 전부를 양도하고, 같은 날 사내이사직에서도 사임함으로써 경영권 및 주주권 모두를 정리한 행위로, 이 건 법인으로부터 완전히 이탈한 명백한 의사표시이다.

게다가 청구인은 당시 다른 회사에 근무하며 생업을 이어갔고, 2022년 9월에는 서울특별시로 주민등록을 이전하여 이 건 법인 소재지와 생활 기반이 분리된 정황을 보더라도 청구인이 이 건 법인의 경영에 실질적으로 관여하거나 과점주주로서 영향력을 행사할 여지가 없음을 보여준다.

나. 처분청 의견

청구인은 주식등변동상황명세서의 기재가 착오에 불과하고 실제로는 이 건 법인의 과점주주가 아니라고 주장하나,

「지방세법 시행령」제11조 제1항은 법인의 과점주주가 아닌 주주가 주식을 취득하여 최초로 과점주주가 된 경우, 그가 소유하는 주식 전부를 취득한 것으로 본다고 규정하고 있는바, 과점주주 여부는 원칙적으로 주식등변동상황명세서, 주주명부 등 외관에 의해 판단하는 것이고, 외관과 다른 실질을 주장하는 자에게 그 입증책임이 있다 할 것(대법원 1991.7.23. 선고 91누1721 판결)이다.

청구인은 주주명부, 주식양수도계약서, 주주총회 의사록 등을 제시하면서 실질적으로 주식을 보유하지 않았다고 주장하나 이는 모든 법인의 내부작성문서에 불과하여 객관적·독립적 증거력이 없다 할 것(조심 2019지2089, 2019.11.21.)이고, 주주로서 권리를 행사하지 않았으므로 과점주주 납세의무가 성립하지 아니한다고 주장하나 과점주주에 해당하는지 여부는 권리행사의 실적이 아니라 주식보유비율로 판단하는 것이므로, 주주총회 불참이나 권리 불행사만으로 과점주주 지위를 부정할 수 없다(조심 2022지1594, 2023.10.31., 같은 뜻임).

또한, 청구인은 당사자들이 관련 문서를 거짓으로 작성할 이유가 없다고 주장하나, 이는 단순한 추상적 주장일 뿐 관할 세무서에 제출된 공적 자료인 주식등변동상황명세서에 기재된 내용을 번복하려면 법원의 확정판결이나 이에 준하는 명백한 증빙이 필요함에도 단순한 사후 수정신고서만으로 종전 자료의 신빙성을 배척할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인을 이 건 법인의 과점주주로 보아 이 건 취득세를 부과한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 자료에 따르면 아래와 같은 사실이 나타난다.

(가) 이 건 법인의 법인등기사항전부증명서에 의하면, 이 건 법인은 부동산개발업, 부동산 취득 및 관리업 등을 목적사업으로 하여 2012.7.3. 설립되었으며, 발행주식(보통주식) 총수는 5,000주으로 자본금의 액은 OOO원인 것으로 확인된다.

(나) 처분청은 국세청 통보자료에 따라, 청구인이 이 건 법인의 주식 4,400주를 취득하여 이 건 법인의 과점주주가 되었음에도 이에 대한 과점주주 취득세를 신고하지 아니한 것으로 보아 2024.1.10. 이 건 취득세를 부과하였다.

(다) 이 건 법인은 2024.1.30. 광주세무서장에게 주식등변동상황명세서 미제출을 사유로 2020사업연도 법인세 과세표준수정신고서 및 추가자진납부계산서를 제출한 자료를 제출하였다.

(라) 청구인은 청구인이 이 건 법인의 과점주주에 해당하지 아니한다고 주장하면서 아래와 같이 항변한다.

1) 청구인은 2020.6.29. a, b과 함께 OOO, OOO 소유의 이 건 법인의 주식 100%를 취득하였다고 주장하면서, 주식양도·양수계약서를 제출하였고, 계약서상 주식수 변동내역은 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ 2020.6.29.자 주식양도·양수내역

○○○

2) 청구인은 주주명부상 2,150주(지분율 43%)를 보유한 주주임을 주장하면서 이 건 법인의 주주명부(2021.7.13.자)를 제출하였고, 주주명부 내역은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 이 건 법인의 주주명부(2021.7.13.자)

○○○

3) 청구인은 2023.3.23. c에게 이 건 법인의 주식 2,150주를 양도하기로 하는 내용의 주식(출자지분) 양도·양수계약서를 제출하였다.

4) a은 2020.6.5. 이 건 법인의 대표이사로 취임한 후 2024.4.5. 사임하였고, 청구인은 2020.6.29. 사내이사로 취임하였다가 2023.3.13. 사임하였으며, 이 건 법인의 주주이자 대표이사로서의 실질적인 영향력을 행사한 것은 a이라고 주장한다.

5) 청구인은 a이 청구인 및 b과 함께 2021.7.21. 이 건 법인의 주주로서 임시주주회를 갈음하여 주주서면결의를 하였다고 주장하면서, 주주서면결의 동의서를 제출하였고, 해당 결의서 하단에 청구인, b 외 a의 도장이 날인되어 있다.

위 결의시 청구법인의 정관일부변경의 건이 상정되었고, 이 건 법인의 법인등기사항전부증명서상 목적사업이 위 결의내용과 동일하게 변경된 것으로 확인된다.

6) 청구인은 청구인이 이 건 법인의 주요한 의사결정에 관여한 사실이 없다고 주장하면서, 청구인이 이 건 법인이 아닌 타 사업장에 근무하였음을 증명하는 자료로서 ‘건강보험자격득실확인서’를, 이 건 법인 소재지와 거리가 있는 곳에 거주 중이라는 증빙으로 청구인의 ‘주민등록표(초본)’을 제출하였다.

7) 청구인은 이 건 법인의 주식양도·양수계약과 관련하여, 이 건 법인 소유의 토지와 건축물을 14억으로 평가하고, 광주은행 차입금 8억원과 주주차입금 6억원만을 상환하고 사실상 주식매매대금을 0원으로 하는 계약을 체결한 것으로, 종전 주주들이 출자금은 포기하고 대출금과 주주차입금만을 상환받는 방식으로 이루어진 것이나, 단지 매매계약서에는 액면금액으로 양도·양수한 것처럼 작성한 것이라 주장한다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

청구인은 회계법인 직원의 실수로 2020사업연도 주식상황변동명세서가 착오로 기재된 것이므로 청구인이 이 건 법인의 과점주주에 해당하지 아니한다고 주장하나,

과점주주 주식소유비율이 증가되었는지 여부 등을 판단함에 있어 과세관청은 해당 주식의 소유사실 등을 주식등변동상황명세서 등의 자료에 의하여 이를 입증하면 충분하고, 다만 외견상 주주로 보이는 경우에도 자신이 주주가 아님을 주장하는 자는 법원의 확정판결이나 이에 준하는 객관적 심리자료 등에 의해 입증하여야만 그 입증책임을 다하였다고 할 것인 점(조심 2022지1594, 2023.10.31. 등 다수, 같은 뜻임), 처분청은 2021년 및 2022년 주식상환변동과 관련한 국세청 통보자료에 의하여 청구인이 이 건 법인의 과점주주가 되었음을 특정하고 이 건 취득세를 부과한 데 반해, 청구인은 이 건 취득세 부과처분이 있은 후인 2024.1.30.에 이르러 주식등변동상황명세서 미제출을 사유로 법인세 과세표준수정신고서 및 추가자진납부계산서를 제출한 사실이 있고, 이 건 법인의 주식을 취득하는 과정에서 매도인들에게 주식양수대금을 지급한 사실을 정확히 입증하지 못하거나 사실과 다른 것으로 보이고, 이 건 법인의 임시주주총회결의서, 주주명부 등은 이 건 법인의 내부문서로서 사후작성이 가능하여 쟁점주식 취득일자를 확인할 수 있는 객관적이고 구체적인 증거서류로 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 주식상황변동명세서의 기재사항을 기준으로 청구인을 이 건 법인의 과점주주로 보아 이 건 취득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세기본법

제46조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(주식을 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에 상장한 법인은 제외한다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목의 경우에는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 소유주식수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

1. 무한책임사원

2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)

(2) 지방세법

제7조(납세의무자 등) ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」제46조 제2호에 따른 과점주주(이하 “과점주주”라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 「신탁법」에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기ㆍ등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 「지방세기본법」 제44조를 준용한다.

(3) 지방세법 시행령

제11조(과점주주의 취득 등) ① 법인의 과점주주(「지방세기본법」 제46조제2호에 따른 과점주주를 말한다. 이하 같다)가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분(이하 “주식등”이라 한다)을 취득하거나 증자 등으로 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 해당 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식등을 모두 취득한 것으로 보아 법 제7조제5항에 따라 취득세를 부과한다.

② 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 해당 법인의 주식등을 취득하여 해당 법인의 주식등의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식등의 비율(이하 이 조에서 "주식등의 비율"이라 한다)이 증가된 경우에는 그 증가분을 취득으로 보아 법 제7조제5항에 따라 취득세를 부과한다. 다만, 증가된 후의 주식등의 비율이 해당 과점주주가 이전에 가지고 있던 주식등의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다.

③ 과점주주였으나 주식등의 양도, 해당 법인의 증자 등으로 과점주주에 해당되지 아니하는 주주 또는 유한책임사원이 된 자가 해당 법인의 주식등을 취득하여 다시 과점주주가 된 경우에는 다시 과점주주가 된 당시의 주식등의 비율이 그 이전에 과점주주가 된 당시의 주식등의 비율보다 증가된 경우에만 그 증가분만을 취득으로 보아 제2항의 예에 따라 취득세를 부과한다.

④ 법 제7조제5항에 따른 과점주주의 취득세 과세자료를 확인한 시장·군수·구청장은 그 과점주주에게 과세할 과세물건이 다른 특별자치시·특별자치도·시·군 또는 구(자치구를 말한다. 이하 "시·군·구"라 한다)에 있을 경우에는 지체 없이 그 과세물건을 관할하는 시장·군수·구청장에게 과점주주의 주식등의 비율, 과세물건, 가격명세 및 그 밖에 취득세 부과에 필요한 자료를 통보하여야 한다.