이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2021.6.8.~2023.5.30. 경기도 파주시 OOO 외 4필지 토지 5,117㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득한 후, 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고 쟁점토지를「지방세특례제한법」제14조 제3항에 따라「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 처분청에 신고하여 취득세 등을 면제받았다.

나. 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 취득하고 유예기간(1년)내에 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 나대지로 방치한 것으로 보아, 2024.9.12. 청구법인에게 기 면제한 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.12.5. 이의신청을 거쳐 2025.4.22. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

청구법인이 건축 중인 종합청사는 도시관리계획 상 대규모 기반 시설로, 건축허가에 앞서「국토의계획 및 이용에관한법률」에 따른 시도지사의 사업인가결정이 필요한바, 청구법인은 건축 준비 과정에서 내부적으로는 농협중앙회의 고정 투자 및 건축 심의 통제를 받아야 하고, 외부적으로는 경기도 및 파주시, OOO, OOO 등 유관부서와의 협의를 통해 도시계획시설 입안에 대한 사후관리를 충실히 이행해야 하여, 2024년 11월에 비로소 건축허가를 수리받게 되었다.

또한, 쟁점토지상의 건축물은 건축 규모가 크고, 지역 상권 등에 미치는 영향이 막대하며, 사업 예산 측면에서 519억의 대규모 재원이 투입되는 건축 사업을 진행함에 있어,「지방세특례제한법」제178조에서 제시하는 직접 사용 의무 기한 1년은 너무나 짧기 때문에 ‘정당한 사유’의 개념을 도입하여 납세자에게 불이익이 과하지 않게 하도록 하기 위한 책임조각사유를 둔 것으로 보인다.

청구법인은 목적사업을 하는데 있어 부지 취득이 반드시 필요하였고, 건축허가를 받는 과정에서 많은 시간적 장애 요소를 겪고 직접 사용을 위한 ‘진지한 노력’을 다하였으며, 쟁점토지 중 일부토지는 토지의 물리적 사용이 불가능한 상황에서, ‘착공’ 내지 ‘준공’ 행위에 비견되는 개념은 ‘이행의 착수’로, 2024.1.30. 종합청사 건축설계 용역계약 체결하였으므로 해당토지에 대한 취득분에 대해서는 1년 내 직접 사용 의무 이행을 시작된 것이므로 지방세 감면 취지를 참작하여 이 건 취득세 부과처분을 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 쟁점토지를 나대지 상태로 방치하고 건축을 위한 공사의 흔적을 찾을 수 없는 사실이 확인되어, 쟁점토지를 취득일부터 1년 이내에 고유업무에 직접 사용한 것으로 볼 수 없어 취득세 추징대상에 해당한다.

아울러, 청구법인이 쟁점토지를 취득일로부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한데에 정당한 사유가 있는지 살펴보면, 청구법인은 쟁점토지의 취득 과정에서 건물 신축시 설계 변경, 의결 절차상 문제로 인한 지연이 주된 이유인 경우 대부분 정당한 사유로 불인정된다는 사실을 충분히 인지하고 있었고, 청구법인이 2023.5.9. 건축주의 개인사정(자금조달지연)을 연기사유로 착공연기신청을 처분청에 한 사실과 농기계 수리점으로 건축허가 완료 후에 종합청사 신축으로 건축물 설계 변경한 사실, 같은 법인의 일상적인 내부사정인 자금부족이나 수익상의 문제, 경영방침 변경, 설계변경 등은 청구법인이 유예기간 내 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당하지 않는다.

그 사업에 직접 사용하는 부동산이라 함은 현실적으로 그 사업에 직접 사용되고 있는 것만을 지칭하는 것이고, 단지 사업에 직접 사용하기 위한 준비를 하고 있는 것까지 포함한다고 볼 수 없다고 할 것이며, 건축물의 착공행위는 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 행위가 아니라 이를 위한 준비행위에 불과한 것으로 쟁점토지 중 일부토지에 대하여 설계용역을 계약을 체결하였다고 이를 그 사업에 직접 사용한다고 볼 수는 없다.

청구법인은 심판청구를 신청한 현재까지 건축물을 착공하지 아니한 사실이 확인되어 진지한 노력을 다하였다고 볼 수 없고, 쟁점토지의 현지출장(2025.4.30.)하여 확인한 결과 현재까지도 공터로 방치되어 공사가 시작하지 않았음이 확인되었으며, 청구법인이 쟁점토지를 해당 용도로 직접 사용하지 못한 데에 법령에 의한 금지·제한이나 행정관청의 귀책사유 등 청구법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 없었으므로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 쟁점토지를 취득하고 유예기간(1년)내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 1972.8.22. 경기도 파주시 OOO을 본점으로 소재지로 하고, 축산물의 판로확대 및 유통원활화 등을 목적사업으로 하여 설립되었다.

(나) 청구법인은 2021.6.8.~2023.5.30. 쟁점토지를 취득한 후, 쟁점토지를「지방세특례제한법」제14조 제3항에 따라「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 처분청에 신고하여 취득세 등을 면제받았다.

(다) 처분청은 2024.6.10.과 2024.6.21. 쟁점토지의 사용현황을 조사한 후 작성한 출장결과보고서에 의하면, 쟁점토지는 잡초가 무성하고 공터로 방치되어 있으며, 건축공사에 착공한 사실이 없는 것으로 나타난다.

＜처분청 출장결과보고서 내용＞

○○○

(라) 농협중앙회에서는 ‘취득세 감면 관련 유의사항 알림’을 청구법인에게 아래와 같이 통보한 것으로 나타난다.

＜농협중앙회 회신자료＞

○○○

(마) 착공연기신청서(2023.5.9.)에 의하면, 청구법인은 ‘건축주의 개인사정(자금조달지연)’을 연기사유로 기재한 것으로 나타난다.

＜건축공사 착공연기신청서 내용＞

○○○

(바) 청구법인은 아래와 같이 쟁점토지 취득 및 건축공사를 진행한 것으로 나타난다.

＜건축공사 진행내역＞

○○○

(사) 청구법인은 2021.7.7.부터 2024.11.20.까지 쟁점토지상에 건축을 위하여 아래와 같이 진지한 노력을 하였다고 주장한다.

＜건축공사 진행내역＞

○○○

(아) 처분청은 2025.4.30. 쟁점토지의 사용현황을 조사한 후 작성한 출장결과보고서에 의하면, 쟁점토지 외부에는 공사용 펜스가 설치되어 있고, 건축공사에 착공한 사실이 없는 것으로 나타난다.

＜처분청 출장결과보서서 내용＞

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지를 취득하고 유예기간내에 고유목적에 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하나,「지방세특례제한법」제178조 제1항 제1호에 의한 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 그 입법 취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어 그 업무에 직접 사용하는 데에 걸리는 준비기간의 장단, 업무에 사용할 수 없는 법령상ㆍ사실상의 장애사유 및 장애 정도, 조합이 부동산을 업무에 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것인바, 청구법인은 쟁점토지를 취득하고 건축공사를 진행하는 과정에서 당초 농기계 수리점으로 건축허가를 받은 후 이를 종합청사 신축으로 설계 변경을 하였고, 자금조달지연을 사유로 하여 건축공사 착공연기를 처분청에 신청하였는데 이는 청구법인의 내부적인 사유에 해당하는 점, 청구법인이 쟁점토지 중 일부토지에 대하여 건축설계용역계약을 체결하였다 하더라고 이러한 사실만으로 청구법인의 고유 목적사업에 직접 사용한 것으로 보기 어려운 점, 청구법인은 쟁점토지를 최초로 취득한 후 약 4년이 되는 시점(처분청 2025.4.30. 조사)까지 건축공사에 착공하지 아니하는 등 쟁점토지를 유예기간 내 고유업무에 직접 사용하기 위한 정상적인 노력을 다한 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점토지를 취득하고 정당한 사유 없이 유예기간내에 고유업무에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

지방세특례제한법(2020.12.29. 법률 제17771호로 개정된 것)

제14조(농업협동조합 등의 농어업 관련 사업 등에 대한 감면) ③ 「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다), 「수산업협동조합법」에 따라 설립된 조합(어촌계 및 조합공동사업법인을 포함한다), 「산림조합법」에 따라 설립된 산림조합(산림계 및 조합공동사업법인을 포함한다) 및 엽연초생산협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각 2023년 12월 31일까지 면제한다.

제178조(감면된 취득세의 추징) ① 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우