이유
1. 처분개요

가. 청구인은 비상장법인인 주식회사 A의 발행주식 50,000주(100%), 주식회사 B의 발행주식 30,000주(60%)(이하 양사의 발행주식을 합하여 “쟁점주식”이라 한다)와 코스닥상장법인인 C 주식회사의 발행주식 84,900주를 보유하였던 주주로,

2019.9.29. 국외전출하여 「소득세법」 제118조의9에 따른 국외전출자의 납세의무가 발생함에 따라 쟁점주식의 양도가액을 「상속세 및 증여세법」 제63조 제1항 제1호에 따라 OOO원으로 평가하여 산정한 2019년 귀속 양도소득세 OOO원(이하 “국외전출세”라 한다)을 2020.5.29. 처분청에 신고ㆍ납부하였다.

나. 중부지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2025.3.11.∼2025.4.3. 기간동안 청구인에 대한 양도소득세 세무조사를 실시한 결과, 쟁점주식의 양도가액을 「소득세법」 제99조에 따라 평가한 가액 OOO원(아래 ＜표1＞ 기재)으로 보고, 청구인이 국외전출세를 과소하게 신고한 것으로 보아 2025.4.9. 세무조사결과를 통지하였고, 2025.4.11. 청구인의 조기결정신청에 따라 처분청은 2025.5.7. 2019년 귀속 양도소득세 OOO원(이하 “이 건 국외전출세”라 한다)을 경정·고지하였다.

＜표1＞ 쟁점주식의 평가금액

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다. 청구인은 이에 불복하여 2025.6.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 과세전적부심사제도의 기능 및 취지를 고려할 때 「국세기본법」상 과세예고통지의 대상이 아니거나 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외 사유에 해당하는 특별한 사정이 없는 한, 합리적 이유 없이 장기간 과세권을 행사하지 아니함으로써 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세한 처분은 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 중대한 절차적 하자가 존재하는 위법한 처분에 해당한다.

(가) 처분청은 과세예고통지 등을 하는 날부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우 예외적으로 과세전적부심사 적용대상에서 제외하도록 규정한 「국세기본법」 제81조의15 제3항 제3호에 따라 과세예고통지일부터 부과제척기간의 만료일까지 3개월 이하인 이 건의 경우 과세전적부심사 적용대상에서 제외되는 것이기에 이 건 부과처분의 절차적 하자가 없다는 의견이나,

2019.1.1.부터 시행된 「국세기본법」 제81조의15 제1항 및 제2항에서 세무서장 또는 지방국세청장은 납부고지하려는 세액이 OOO원 이상인 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지하여야 하며, 납세자는 과세예고통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 과세전적부심사를 청구할 수 있다고 규정하고 있고, 세무조사결과통지나 과세예고통지는 과세관청이 조사한 사실 등의 정보를 납세자에게 미리 알려주어 납세자가 충분한 시간을 가지고 소명자료 등을 준비하여 과세전적부심사와 같은 의견청취절차에서 의견을 진술할 기회를 가짐으로써 자신의 권익을 보호할 수 있도록 하기 위한 처분의 사전통지로서의 성질을 가지고 있으며,

과세전적부심사제도는 과세처분 이후에 행하여지는 심사·심판청구나 행정소송은 시간과 비용이 많이 소요되어 신속하고 효율적인 구제수단으로 미흡한 측면이 있다는 점과 대비하여 볼 때 과세관청이 위법·부당한 처분을 행할 가능성을 신속히 줄이고 납세자도 과세처분 이전에 자신의 주장을 반영할 수 있도록 하는 예방적 구제제도의 성질, 즉 사전적 구제제도의 성질을 가지고 있는바,

이는 사전구제절차로서의 기능과 더불어 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙에 따라 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우 반드시 지켜져야 하는 절차이다(OOO).

따라서 과세관청이 과세처분에 앞서 필수적으로 행하여야 할 과세예고통지를 하지 아니함으로써 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 처분을 하였다면, 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수 밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재한다 할 것이고, 여기서 과세예고통지를 하지 않았다는 의미에 대한 조세심판원 선결정례(조심 2022서7132, 2023.4.10.)에 따르면 처분청이 과세전에 과세예고통지를 하였다 하나 그 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사를 청구할 수 있는 기회를 박탈한 경우에는 사실상 과세처분 이전에 과세예고통지를 누락한 경우로 넓게 해석하고 있다.

(나) 조세심판원의 선결정례들을 살펴보면, 처분청이 들고 있는 위 예외규정 역시 정상적인 세무조사 종료 이후 관련 법령 등에서 정한 기한 내에 과세예고통지 등을 하게 되면 납세자의 과세전적부심사 청구가 있을 경우 부과제척기간 내에 부과처분을 할 수 없는 문제점 등을 해소하기 위하여 불가피하게 그 절차를 생략할 수 있도록 한 것일 뿐, 과세관청이 과세자료 등으로 과세할 수 있는 사정이 있었음에도 장기간 과세권을 행사하지 아니하다가 부과제척기간 만료일에 임박한 시점에 과세하는 경우까지 예외 규정을 적용할 수는 없는 것이고, 이와 같은 사유로 부과제척기간이 임박한 사안에 대하여 「국세기본법」 제81조의15 제3항 제3호 규정이 적용된다면 과세예고통지를 의무화한 입법취지에도 부합하지 아니하게 되는 것이다라고 결정하였는바(조심 2024서143, 2024.3.18. 등 다수),

이 건의 경우 처분청이 2020.5.29. 청구인의 양도소득세 신고서를 접수한 이후 과세할 수 있는 시간과 사정이 있었음에도 과세지연에 대한 합리적인 이유를 제시하지 못하는 등 정당한 이유 없이 별도의 소명안내문 등 어떠한 과세조치 등을 하지 않는 등 장기간동안 과세권을 행사하지 아니하다가, 쟁점주식에 대한 양도소득세 신고일로부터 4년 9개월이 경과한 시점, 즉 부과제척기간 만료일(2025.5.31.)이 임박한 2025년 3월경에 이르러서야 조사청이 세무조사를 하겠다는 내용을 통보하였고, 부과제척기간의 만료일로부터 3개월 이내인 2025.3.15.∼2025.4.3. 기간동안 세무조사를 실시한 후, 2025.4.9. 청구인에게 세무조사결과통지를 하였으며, 과세전적부심사를 배제한 채 2025.5.7. 납부고지서를 송달하였다.

처분청이 과세자료 수보 등으로 과세할 수 있는 사정이 있었음에도 합리적인 이유없이 장기간 과세권을 행사하지 않음으로 인해 납세자의 사전적 권리구제 수단인 과세전적부심사청구권의 행사권이 침해당할 경우에는 「국세기본법」 제81조의15 제3항 제3호의 규정을 적용할 수 없는 것이라는 점에서, 이는 합리적 이유없이 장기간 과세권을 미행사함으로써 과세처분에 앞서 필수적으로 행하여야 할 과세예고통지를 하지 아니하여 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 않은 채 과세한 처분으로, 납세자에게 주어진 절차적 권리인 과세전적부심사청구권을 침해한 중대한 하자가 있는 위법·부당한 처분에 해당한다.

(2) 청구인의 출국 전 주소지는 OOO로 관할세무서인 처분청에 양도소득세를 신고하였으나, 조사대상기간 중 주식의 이동이 없음에도 주식변동조사를 함을 이해하기 어렵고, 양도소득세 세무조사 관할이 아닌 중부지방국세청에서 조사한 것은 「국세기본법」 제81조의6 규정에 따르지 않은 조사이므로 위법한 조사로 취소되어야 한다.

(3) 청구인은 쟁점주식을 「상속세 및 증여세법」 제63조 제1항 제1호 나목을 준용하여 평가하였으나, 조사청은 「소득세법」에 따른 평가방법에 따라 쟁점주식의 양도가액을 산정하여 이 건 양도소득세를 부과하였다.

그러나 「소득세법 시행령」의 평가기준시기를 따를 경우, 직전사업연도 종료일과 출국일 사이에 처분한 부동산을 포함하여 순자산가치를 평가하게 되고, 이 경우 부동산 등의 보유비율이 50% 이상이 되어 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 가중평균할 수 밖에 없고, 순손익가치의 경우, 「상속세 및 증여세법」에서는 직전 3년간의 가중평가액을 반영하도록 규정하고 있으나, 「소득세법」에서는 직전사업연도 1개년치만을 반영하도록 되어 있어 이를 더 적절한 평가액으로 보기도 어렵다.

청구인이 보유한 쟁점주식 중 ㈜B의 발행주식을 「소득세법」에 따라 평가할 경우, 1주당 순손익가치가 OOO원으로 산정되며, 이는 「상속세 및 증여세법」에 따른 1주당 순손익가치 OOO원의 138%에 해당한다.

따라서 청구인이 쟁점주식을 평가함에 있어 보다 합리적인 평가기준인 「상속세 및 증여세법」의 평가기준시기 및 평가액을 인정하지 아니한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 조사청은「국세기본법」에 따라 이 건 세무조사를 적법하게 수행하였다.

조사청은 청구인에게 2025.2.14. 세무조사 사전통지를 한 후 2025.3.11. 세무조사에 착수하였고, 2025.4.9. 세무조사 결과 통지를 하였으며, 2025.4.11. 청구인의 조기결정 신청서가 접수됨에 따라 2025.5.7. 이 건 국외전출세를 부과하였다.

「국세기본법」 제81조의15 제2항은 세무조사결과통지를 받은 날부터 30일 이내에 과세전적부심사를 청구할 수 있다고 규정하고 있으나, 제3항에서 세무조사결과통지를 하는 날부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에는 과세전적부심사청구를 적용하지 않는 것으로 규정하고 있다.

과세전적부심사제도는 과세처분 이후의 사후적 구제제도와는 별도로 과세처분 이전의 단계에서 납세자의 주장을 반영함으로써 권리구제의 실효성을 높이기 위하여 마련된 사전적 구제제도이기는 하지만, 조세 부과의 제척기간이 임박한 경우에는 이를 생략할 수 있는 등 과세처분의 필수적 전제로 보기는 어렵다.

조사청은 청구인에게 충분한 소명기회를 부여하며 정상적으로 세무조사를 진행하였고, 「국세기본법」에 따른 세무조사 절차도 모두 준수하였으므로 조사청의 당초 처분은 적법하다.

(2) 세무조사 관할 및 대상자 선정은 모두 적법하다.

「국세기본법」 제81조의6에 따른 세무조사는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 수행하는 것이나, 다만, 납세자의 주된 사업장 등이 납세지와 관할을 달리하거나 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 세무조사를 수행하는 것이 부적절한 경우 등에 해당하는 경우에는 국세청장이 그 관할을 조정할 수 있다.

조사청은 「국세기본법 시행령」 제63조의3 제3호에 따라 주식발행법인 본점소재지와 주주의 납세지가 관할을 달리하는 경우에 해당하여 ‘조사사무처리규정’ 제5조에 따라 국세청장의 세무조사 사무관할 조정승인을 받아 세무조사를 실시하였고, 청구인의 신고내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에 해당하여 세무조사 대상자로 선정하였다.

(3) 국외전출세 신고시 비상장주식은 「소득세법」에 따른 기준시가로 평가하여야 한다.

청구인은 쟁점주식을 「상속세 및 증여세법」에 따라 평가하여 신고·납부하였으나, 국외전출세 신고시 비상장주식의 평가방법은 「소득세법」 제99조 및 같은 법 시행령 제165조에 따르도록 규정되어 있고, 조세법률주의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건 을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 않는다 할 것인바(OOO),

비록「상속세 및 증여세법」에 따른 평가방법이 청구인에게 유리하다 할지라도, 관련 법령에 적용예외사유 등에 대한 별도의 규정이 없으므로 「소득세법」에 따라 평가한 가액을 쟁점주식의 양도가액으로 보아야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 부과제척기간의 만료일 3개월 이내에 한 이 건 처분은 과세전적부심사청구기회를 박탈한 절차적 하자가 있다는 청구주장의 당부

② 이 건 세무조사가 「국세기본법」 제81조의6 제1항에 따른 세무조사 관할 규정에 반하여 이루어졌다는 청구주장의 당부

③ 국외전출세 신고시 쟁점주식의 시가를 「소득세법」 제99조가 아닌 「상속세 및 증여세법」 제63조 제1항 제1호 나목에 따라 평가하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구인은 2019.9.29. 현재 비상장주식인 ㈜A의 발행주식 50,000주(100%)와 ㈜B의 발행주식 30,000주(60%) 및 코스닥상장주식인 D(주)의 발행주식 84,900주를 보유한 주주이다.

(나) 청구인은 2019.9.29.을 쟁점주식의 양도일로 하고, 쟁점주식의 양도가액을 「상속세 및 증여세법」 제63조 제1항 제1호에 따라 OOO원으로 평가(아래 ＜표2＞ 기재)하여 2020.5.29. 국외전출세를 신고·납부하였다.

＜표2＞ 국외전출세 신고시 청구인의 보유주식에 대한 평가금액

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(다) 청구인은 2022.4.1. ㈜B에 ㈜A의 발행주식 50,000주를 OOO원에 양도한 후, 2022.10.6. 비거주자의 양도소득세 OOO원을 신고하면서, 해당 주식과 관련하여 기신고한 국외전출세 OOO원에 대하여 비거주자의 국내원천소득 세액공제를 신청하였다.

(라) 조사청이 제출한 관할조정승인통보에 관한 공문에 따르면, 조사청은 2025.1.20. 국세청장에게 청구인의 납세지 관할과 주식발행법인의 본점 및 계열 모법인 소재지가 상이하여 조사의 효율성 및 납세자 편의를 제고하기 위하여 관할조정을 신청하였고, 국세청장은 2025.1.22. 이를 승인한 것으로 나타난다.

＜관할조정 승인에 관한 공문＞

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(마) 주식변동조사종결보고서 등에 따르면, 조사청은 2025.2.17. 세무조사 사전통지 후 2025.3.11.∼2025.4.3. 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 세무조사를 실시한 결과, 청구인이 ㈜A의 발행주식에 대한 1주당 가액을 과대평가하고, ㈜B의 1주당 가액을 과소평가하여 2019년도 귀속 국외전출세를 과소신고하였고, 2022년도 비거주자의 국내원천소득 세액공제를 과다공제한 것으로 보아 이 건 국외전출세를 산정하여 2025.4.9. 세무조사결과를 통지한 것으로 나타난다.

＜조사종결보고서 중 일부 발췌＞

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(바) 청구인은 ㈜A와 ㈜B 발행주식의 1주당 가액을 각각 OOO원, OOO원으로 평가하였으나, 조사청은 이를 부인하고 각각 OOO원, OOO원으로 평가(＜표3＞·＜표4＞)한 것으로 나타난다.

＜표3＞ ㈜A의 1주당 평가액

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＜표4＞ ㈜B의 1주당 평가액

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(사) 청구인은 2025.4.11. 처분청에 조기결정신청서를 제출하였고, 처분청은 2025.5.7. 이 건 국외전출세에 대한 납부고지서를 송달하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대,

「국세기본법」 제81조의15 제3항 각 호는 긴급한 과세처분의 필요가 있거나 형사절차상 과세관청이 반드시 과세처분을 할 수밖에 없는 등의 일정한 사유가 있는 경우에는 과세전적부심사를 거치지 않아도 된다고 규정하면서, 이러한 예외사유 가운데 하나로 ‘세무조사결과통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’(제3호)를 규정하고 있으나,

과세관청이 정당한 사유 없이 스스로 과세행정을 장기간 해태하여 부과제척기간 만료일이 임박한 시점에야 뒤늦게 과세예고통지 등을 함으로써 납세자로부터 과세전적부심사의 기회를 박탈하기에 이른 경우에는 과세관청이 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 할 수 있는 예외사유에 해당한다고 할 수 없고, 과세예고통지가 부과제척기간 만료일부터 3개월이 남지 않은 시점에 이루어지기만 하면 아무런 제한 없이 과세전적부심사를 생략할 수 있다고 볼 경우, 과세관청이 임의로 부과제척기간 만료일이 임박한 시점에 과세예고통지를 함으로써 과세전적부심사를 회피할 수 있을 뿐 아니라, 과세전적부심사에 관한 납세자의 절차적 권리가 과세관청의 선택에 의하여 좌우되는 부당한 결과를 초래할 수 있는바,

과세관청이 「국세기본법」 제81조의15 제3항 제3호의 사유를 들어 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분으로 나아간 것이 절차상 정당성을 갖추었다고 보기 위해서는, 과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 부과제척기간의 만료일이 임박하게 되었고 이로 인하여 부과제척기간의 만료 전까지 과세전적부심사를 거칠 시간적 여유가 없게 되었다는 등의 정당한 사유가 추가로 인정되어야 하고, 이에 관하여는 과세관청이 증명하여야 할 것(OOO)인 점, 　　　

처분청은 청구인이 2020.5.29. 국외전출세를 신고한 이후 파생된 과세자료에 대하여 특별한 사유 없이 장기간 조사를 하지 않은 것으로 보이고, 이에 대한 해명자료 등을 요구하거나, 과세지연에 대한 합리적 이유를 제시하는 등의 사정은 나타나지 아니한 점,

조사청은 이 건 과세자료에 대하여 2025.1.22. 국세청장으로부터 관할조정승인통보를 받은 후, 부과제척기간의 만료일로부터 3개월 이내인 2025.3.11.에 이르러서야 청구인에 대한 양도소득세 세무조사를 실시하였고, 부과제척기간 53일 전인 2025.4.9.에 세무조사결과통지서를 송달하였는바, 이 건 과세처분은 세무조사결과통지일로부터 부과제척기간 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에 해당하여 과세전적부심사 청구대상에서 제외되어 이 건 처분에 이른 것으로 보이는 점 등에 비추어

이 건 처분은 처분청이 정당한 이유 없이 장기간 과세권을 행사하지 아니함으로써 과세처분에 앞서 납세자의 사전적 권리구제인 과세전적부심사청구권을 행사할 수 있는 권리를 침해한 중대한 절차적 하자가 있다고 봄이 상당하므로 처분청이 부과제척기간 만료일에 임박하여 청구인에게 한 이 건 국외전출세 부과처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(나) 다음으로, 쟁점②·③은 쟁점①이 인용되어 심리의 실익이 없으므로 이에 대한 심리를 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 국세기본법

제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[「국제조세조정에 관한 법률」 제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하 “국제거래”라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다.

1. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우: 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년

제81조의6(세무조사 관할 및 대상자 선정) ① 세무조사는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 수행한다. 다만, 납세자의 주된 사업장 등이 납세지와 관할을 달리하거나 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 세무조사를 수행하는 것이 부적절한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우에는 국세청장(같은 지방국세청 소관 세무서 관할 조정의 경우에는 지방국세청장)이 그 관할을 조정할 수 있다.

1. 국세청장이 납세자의 신고 내용에 대하여 과세자료, 세무정보 및 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」에 따른 감사의견, 외부감사 실시내용 등 회계성실도 자료 등을 고려하여 정기적으로 성실도를 분석한 결과 불성실 혐의가 있다고 인정하는 경우

2. 최근 4과세기간 이상 같은 세목의 세무조사를 받지 아니한 납세자에 대하여 업종, 규모, 경제력 집중 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고 내용이 적정한지를 검증할 필요가 있는 경우

3. 무작위추출방식으로 표본조사를 하려는 경우

제81조의15(과세전적부심사) ① 세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 “과세예고통지”라 한다)하여야 한다.

1. 세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

2. 세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

3. 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우. 다만, 다음 각 목의 경우는 제외한다.

가. 「감사원법」 제33조에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우

나. 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자가 납부하여야 할 세액을 납부하지 아니하거나 과소납부한 경우로서 세무서장 또는 지방국세청장이 해당 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액과 동일하게 과세표준 및 세액을 결정하는 경우

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 “과세전적부심사”(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.

1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지

2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.

1. 「국세징수법」 제9조에 규정된 납부기한 전 징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우

2. 「조세범 처벌법」 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우. 다만, 고발 또는 통고처분과 관련 없는 세목 또는 세액에 대해서는 그러하지 아니하다.

3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우

④ 과세전적부심사 청구를 받은 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장은 각각 국세심사위원회의 심사를 거쳐 결정을 하고 그 결과를 청구를 받은 날부터 30일 이내에 청구인에게 통지하여야 한다.

⑧ 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 과세전적부심사를 청구하지 아니하고 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지받은 내용의 전부 또는 일부에 대하여 과세표준 및 세액을 조기에 결정하거나 경정결정해 줄 것을 신청할 수 있다. 이 경우 해당 세무서장이나 지방국세청장은 신청받은 내용대로 즉시 결정이나 경정결정을 하여야 한다

(2) 국세기본법 시행령

제63조의3(세무조사의 관할 조정) 법 제81조의6 제1항 단서에서 “납세자의 주된 사업장 등이 납세지와 관할을 달리하거나 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 세무조사를 수행하는 것이 부적절한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 납세자가 사업을 실질적으로 관리하는 장소의 소재지와 납세지가 관할을 달리하는 경우

2. 일정한 지역에서 주로 사업을 하는 납세자에 대하여 공정한 세무조사를 실시할 필요가 있는 경우 등 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 세무조사를 수행하는 것이 부적절하다고 판단되는 경우

3. 세무조사 대상 납세자와 출자관계에 있는 자, 거래가 있는 자 또는 특수관계인에 해당하는 자 등에 대한 세무조사가 필요한 경우

4. 세무관서별 업무량과 세무조사 인력 등을 고려하여 관할을 조정할 필요가 있다고 판단되는 경우

제63조의15(과세전적부심사의 범위 및 청구 절차 등) ④ 법 제81조의15 제2항에 따라 과세전적부심사 청구를 받은 세무서장ㆍ지방국세청장 또는 국세청장은 그 청구부분에 대하여 같은 조 제4항에 따른 결정이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 유보(留保)하여야 한다. 다만, 법 제81조의15 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 또는 같은 조 제8항에 따른 신청이 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

⑤ 법 제81조의15 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 과세전적부심사 청구를 할 때 해당 통지를 한 세무서장ㆍ지방국세청장(같은 항 단서에 해당하는 경우에는 국세청장을 말한다)에게 다음 각 호의 사항을 적은 과세전적부심사청구서를 제출하여야 한다. 이 경우 증거서류나 증거물이 있으면 첨부하여야 한다.

1. 청구인의 주소 또는 거소와 성명

2. 세무조사 결과 통지 또는 법 제81조의15 제1항 각 호의 통지를 받은 날짜

3. 청구 세액

4. 청구 내용 및 이유

⑥ 과세전적부심사청구서가 법 제81조의15 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 한 세무서장ㆍ지방국세청장 외의 세무서장ㆍ지방국세청장 또는 국세청장에게 제출된 경우에는 해당 과세전적부심사청구서를 소관 세무서장ㆍ지방국세청장 또는 국세청장에게 지체 없이 송부하고, 그 뜻을 해당 청구인에게 통지하여야 한다.

⑦ 제1항 및 제3항부터 제6항까지에서 규정한 사항 외에 과세전적부심사청구의 결정 통지 등에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

(3) 소득세법(2019.12.31. 법률 제16834호로 일부개정된 것)

제99조(기준시가의 산정) ① 제100조 및 제114조 제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.

4. 제3호에 따른 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 주식등 중 제3호에 해당하지 아니하는 것과 제94조 제1항 제3호 나목에 따른 주식등 : 「상속세 및 증여세법」 제63조 제1항 제1호 나목을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 평가기준시기 및 평가액은 대통령령으로 정하는 바에 따르되, 장부 분실 등으로 취득 당시의 기준시가를 확인할 수 없는 경우에는 액면가액을 취득 당시의 기준시가로 한다.

제118조의9(거주자의 출국 시 납세의무) ① 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 출국하는 거주자(이하 “국외전출자”라 한다)는 제88조 제1호에도 불구하고 출국 당시 소유한 제94조 제1항 제3호 가목 및 나목, 같은 항 제4호 다목 및 라목에 해당하는 주식등을 출국일에 양도한 것으로 보아 양도소득에 대하여 소득세를 납부할 의무가 있다.

1. 출국일 10년 전부터 출국일까지의 기간 중 국내에 주소나 거소를 둔 기간의 합계가 5년 이상일 것

2. 출국일이 속하는 연도의 직전 연도 종료일 현재 소유하고 있는 주식등의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주에 해당할 것

② 삭제 ＜2018. 12. 31.＞

③ 국외전출자의 범위 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제118조의10(국외전출자 국내주식등에 대한 과세표준의 계산) ① 제118조의9 제1항에 따른 주식등(이하 "국외전출자 국내주식등"이라 한다)의 양도가액은 출국일 당시의 시가로 한다. 다만, 시가를 산정하기 어려울 때에는 그 규모 및 거래상황 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따른다.

② 제1항에 따른 양도가액에서 공제할 필요경비는 제97조에 따라 계산한다.

③ 양도소득금액은 제1항에 따른 양도가액에서 제2항에 따른 필요경비를 공제한 금액으로 한다.

④ 양도소득과세표준은 제3항에 따른 양도소득금액에서 연 250만원을 공제한 금액으로 한다.

⑤ 제4항에 따른 양도소득과세표준은 종합소득, 퇴직소득 및 제92조제2항에 따른 양도소득과세표준과 구분하여 계산한다.

⑥ 제1항에 따른 시가의 산정 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제118조의11(국외전출자 국내주식등에 대한 세율과 산출세액) 국외전출자의 양도소득세는 제118조의10 제4항에 따른 양도소득과세표준에 다음의 계산식에 따라 계산한 금액을 그 세액(이하 이 절에서 “산출세액”이라 한다)으로 한다.

제118조의12(조정공제) ① 국외전출자가 출국한 후 국외전출자 국내주식등을 실제 양도한 경우로서 실제 양도가액이 제118조의10 제1항에 따른 양도가액보다 낮은 때에는 다음의 계산식에 따라 계산한 세액(이하 이 절에서 “조정공제액”이라 한다)을 산출세액에서 공제한다.

[제118조의10 제1항에 따른 양도가액 - 실제 양도가액] × 제118조의11에 따른 세율

② 제1항에 따른 공제에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제118조의14(비거주자의 국내원천소득 세액공제) ① 국외전출자가 출국한 후 국외전출자 국내주식등을 실제로 양도하여 제119조 제11호에 따른 비거주자의 국내원천소득으로 국내에서 과세되는 경우에는 산출세액에서 조정공제액을 공제한 금액을 한도로 제156조 제1항 제7호에 따른 금액을 산출세액에서 공제한다.

② 제1항에 따른 공제를 하는 경우에는 제118조의13 제1항에 따른 외국납부세액의 공제를 적용하지 아니한다.

③ 제1항에 따른 공제에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제118조의15(국외전출자 국내주식등에 대한 신고ㆍ납부 및 가산세 등) ① 국외전출자는 국외전출자 국내주식등의 양도소득에 대한 납세관리인과 국외전출자 국내주식등의 보유현황을 출국일 전날까지 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 이 경우 국외전출자 국내주식등의 보유현황은 신고일의 전날을 기준으로 작성한다.

② 국외전출자는 제118조의10 제4항에 따른 양도소득과세표준을 출국일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내(제1항에 따라 납세관리인을 신고한 경우에는 제110조 제1항에 따른 양도소득과세표준 확정신고 기간 내)에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

(4) 소득세법 시행령

제165조(토지·건물외의 자산의 기준시가 산정) ④ 법 제99조 제1항 제4호 후단에 따른 평가기준시기 및 평가액은 다음 각 호에 정하는 바에 따른다.

1. 1주당 가액의 평가는 가목의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 이 항에서 "순손익가치"라 한다)과 나목의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 이 항에서 "순자산가치"라 한다)을 각각 3과 2의 비율(법 제94조 제1항 제4호 다목에 해당하는 법인의 경우에는 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다)로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 그 가중평균한 가액이 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액보다 적은 경우에는 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액을 평가액으로 한다.

가. 양도일 또는 취득일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 1주당 순손익액 ÷ 「금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률」 제2조제1호에 따른 금융기관이 보증한 3년만기회사채의 유통수익률을 고려하여 기획재정부장관이 정하여 고시하는 이자율

나. 양도일 또는 취득일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 해당 법인의 장부가액(토지의 경우는 법 제99조제1항제1호가목에 따른 기준시가) ÷ 발행주식총수

제178조의9(출국일 시가 등) ② 법 제118조의10 제1항 단서에서 "대통령령으로 정하는 방법"이란 다음 각 호의 구분에 따른 방법을 말한다.

2. 주권비상장법인의 주식등: 다음 각 목의 방법을 순차로 적용하여 계산한 가액

가. 출국일 전후 각 3개월 이내에 해당 주식등의 매매사례가 있는 경우 그 가액

나. 법 제99조 제1항 제4호부터 제6호까지의 규정에 따른 기준시가

(5) 상속세 및 증여세법

제63조(유가증권 등의 평가) ① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 주식등의 평가

가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주식등 중 대통령령으로 정하는 주식등(이하 이 호에서 “상장주식”이라 한다)은 평가기준일(평가기준일이 공휴일 등 대통령령으로 정하는 매매가 없는 날인 경우에는 그 전일을 기준으로 한다) 이전·이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따라 거래소허가를 받은 거래소(이하 “거래소”라 한다) 최종 시세가액(거래실적 유무를 따지지 아니한다)의 평균액(평균액을 계산할 때 평가기준일 이전·이후 각 2개월 동안에 증자·합병 등의 사유가 발생하여 그 평균액으로 하는 것이 부적당한 경우에는 평가기준일 이전·이후 각 2개월의 기간 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 기간의 평균액으로 한다). 다만, 제38조에 따라 합병으로 인한 이익을 계산할 때 합병(분할합병을 포함한다)으로 소멸하거나 흡수되는 법인 또는 신설되거나 존속하는 법인이 보유한 상장주식의 시가는 평가기준일 현재의 거래소 최종 시세가액으로 한다.

나. 가목 외의 주식등은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

(6) 상속세 및 증여세법 시행령

제54조(비상장주식등의 평가) ① 법 제63조 제1항 제1호 나목에 따른 주식등(이하 이 조에서 “비상장주식등”이라 한다)은 1주당 다음의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 “순손익가치”라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율[부동산과다보유법인(「소득세법」 제94조제1항제4호다목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다]로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 그 가중평균한 가액이 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액 보다 낮은 경우에는 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액을 비상장주식등의 가액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다.

1주당 가액 ＝ 당해법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수(이하 “순자산가치”라 한다)

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 제2항에 따른 순자산가치에 따른다.

1. 법 제67조 및 법 제68조에 따른 상속세 및 증여세 과세표준신고기한 이내에 평가대상 법인의 청산절차가 진행 중이거나 사업자의 사망 등으로 인하여 사업의 계속이 곤란하다고 인정되는 법인의 주식등

2. 사업개시 전의 법인, 사업개시 후 3년 미만의 법인 또는 휴업ㆍ폐업 중인 법인의 주식등. 이 경우 「법인세법」 제46조의3, 제46조의5 및 제47조의 요건을 갖춘 적격분할 또는 적격물적분할로 신설된 법인의 사업기간은 분할 전 동일 사업부분의 사업개시일부터 기산한다.

3. 법인의 자산총액 중 「소득세법」 제94조제1항제4호다목1) 및 2)의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 80 이상인 법인의 주식등

4. 삭제 ＜2018. 2. 13.＞

5. 법인의 자산총액 중 주식등의 가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 80 이상인 법인의 주식등 시행령

6. 법인의 설립 시 정관에 존속기한이 확정된 법인으로서 평가기준일 현재 잔여 존속기한이 3년 이내인 법인의 주식등

⑤ 제2항을 적용할 때 “발행주식총수”는 평가기준일 현재의 발행주식총수에 따른다.

⑥ 비상장주식등을 평가할 때 납세자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 평가한 평가가액을 첨부하여 제49조의2 제1항에 따른 평가심의위원회에 비상장주식등의 평가가액 및 평가방법에 대한 심의를 신청하는 경우에는 제54조 제1항ㆍ제4항, 제55조 및 제56조에도 불구하고 평가심의위원회가 심의하여 제시하는 평가가액에 의하거나 그 위원회가 제시하는 평가방법 등을 고려하여 계산한 평가가액에 의할 수 있다. 다만, 납세자가 평가한 가액이 보충적 평가방법에 따른 주식평가액의 100분의 70에서 100분의 130까지의 범위 안의 가액인 경우로 한정한다.

1. 해당 법인의 자산ㆍ매출액 규모 및 사업의 영위기간 등을 고려하여 같은 업종을 영위하고 있는 다른 법인(제52조의2 제1항에 따른 유가증권시장과 코스닥시장에 상장된 법인을 말한다)의 주식가액을 이용하여 평가하는 방법

2. 향후 기업에 유입될 것으로 예상되는 현금흐름에 일정한 할인율을 적용하여 평가하는 방법

3. 향후 주주가 받을 것으로 예상되는 배당수익에 일정한 할인율을 적용하여 평가하는 방법

4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 방법으로서 일반적으로 공정하고 타당한 것으로 인정되는 방법

(7) 조사사무처리규정

제5조(조사사무의 관할) ① 세무조사사무는 국세청장, 지방국세청장, 세무서장이 수행한다.

② 세무조사는 납세지를 관할하는 세무서장 또는 지방국세청장이 수행한다. 다만, 다음 각 호에 정하는 사유에 해당하는 경우에는 국세청장(같은 지방국세청내 소관 세무서 관할 조정의 경우에는 지방국세청장)이 그 관할을 조정할 수 있다.

1. 납세자가 사업을 실질적으로 관리하는 장소의 소재지와 납세지가 관할을 달리하는 경우

2. 일정한 지역에서 주로 사업을 하는 납세자에 대하여 공정한 세무조사를 실시할 필요가 있는 등 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 세무조사를 수행하는 것이 부적절하다고 판단되는 경우

3. 세무조사 대상 납세자와 출자관계에 있는 자, 거래가 있는 자 또는 특수관계인에 해당하는 자 등에 대한 세무조사가 필요한 경우

4. 세무관서별 업무량과 세무조사 인력 등을 고려하여 관할을 조정할 필요가 있다고 판단되는 경우

5. 조세불복 청구의 결정에 따라 재조사를 하는 경우

③ 조사관할의 조정이 필요하다고 인정되는 경우에는 세무서장은 지방국세청장에게, 지방국세청장은 세무서장에게 각각 조사관할의 상향 또는 하향조정을 신청하거나 위임할 수 있다.

④ 제2항 및 제3항에 따라 조사관할 조정의 신청을 받은 관할 지방국세청장 또는 국세청장은 세금 탈루의 규모, 조사의 난이도 및 가용 조사인력 등을 종합적으로 검토하여 공정하고 합리적으로 조사관할을 조정해야 한다.

⑤ 세무조사를 개시한 이후에 납세자의 납세지가 변경되거나, 조세불복 청구의 결정에 따라 재조사를 하는 때에는 당초 조사관서에서 관할한다. 다만, 조세불복 청구의 결정에 따라 당초 조사관서에서 재조사를 하는 경우로서 조사관할 조정이 필요한 때에는 제2항에 따라 관할 조정을 하여야 한다.

⑥ 제2항부터 제5항까지의 규정에 따라 조사관할이 조정되는 등의 경우에도 조사결과에 따른 결정ㆍ경정의 조사사무는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 수행한다.

제5조의2(관할 조정 사유) ① 납세지 관할 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 있는 경우에는 관할 조정을 신청할 수 있다.

1. 「국세기본법 시행령」 제63조의3제1호에 따라 납세자가 사업을 실질적으로 관리하는 장소의 소재지와 납세지가 관할을 달리하는 경우

2. 「국세기본법 시행령」 제63조의3제2호에 따라 일정한 지역에서 주로 사업을 하는 납세자에 대하여 공정한 세무조사를 실시할 필요가 있는 경우 등 납세지 관할 지방국세청장이 세무조사를 수행하는 것이 부적절하다고 판단되는 경우

3. 「국세기본법 시행령」 제63조의3 제4호에 따라 세무관서별 업무량과 세무조사 인력 등을 고려하여 관할을 조정할 필요가 있다고 판단되는 경우

② 납세지 외 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 있는 경우에는 관할 조정을 신청할 수 있다.

1. 「국세기본법 시행령」 제63조의3 제1호에 따라 납세자가 사업을 실질적으로 관리하는 장소의 소재지와 납세지가 관할을 달리하는 경우

2. 「국세기본법 시행령」 제63조의3 제3호에 따라 세무조사 대상 납세자와 출자관계에 있는 자, 거래가 있는 자 또는 특수관계인에 해당하는 자 등에 대한 세무조사가 필요한 경우

3. 「국세기본법 시행령」 제63조의3 제4호에 따라 세무관서별 업무량과 세무조사 인력 등을 고려하여 관할을 조정할 필요가 있다고 판단되는 경우

제5조의3(관할 조정 신청) 세무서장 또는 지방국세청장은 제5조의2에 따라 관할 조정이 필요하다고 판단되는 경우 조사 관할 조정 검토서(별지 제48호 서식)를 첨부하여 지방국세청장 또는 국세청장에게 문서로 신청하여야 한다.

제5조의4(관할 조정 배정 및 결과통보) ① 국세청장은 제5조의2 제1항에 따른 관할 조정 신청 시 그 신청사유 등을 감안하여 관할 조정 대상자의 조사관할 지방국세청을 공정하고 합리적으로 배정하여야 한다.

② 지방국세청장 또는 국세청장은 관할조정 결과를 세무서장 또는 지방국세청장에게 문서로 통보하여야 한다.