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심판청구
장기보유특별공제율 적용시 증여 이전 증여자와 동일세대원으로서 거주한 기간 통산 여부 등
조심 2025인3033생산일자 2025-12-17
AI 요약
요지
「소득세법」 제89조 제1항 제3호 가목 및 같은 법 시행령 제154조 제8항 제3호는 “상속받은 주택으로서 상속인과 피상속인이 상속개시 당시 동일세대인 경우에는 상속개시 전에 상속인과 피상속인이 동일세대로서 거주하고 보유한 기간”을 통산하도록 규정하고 있으나, 쟁점규정은 「소득세법」 제95조에 따른 장기보유특별공제액 산정 기준에 관한 규정으로서, 공제 대상이 되는 1세대 1주택의 범위, 보유기간 및 거주기간의 계산 등이 「소득세법」 제95조 및 같은 법 시행령 제159조의4에 별도로 규정되어 있고, 이와 같이 1세대 1주택의 양도소득 비과세 규정과 장기보유특별공제 규정은 입법취지와 규정 체계, 적용 대상 등이 상이하므로 1세대 1주택 양도소득 비과세에 적용되는 위 「소득세법 시행령」 제154조 제8항 제3호를 유추적용할 수 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단됨
상세내용

이유
1. 처분개요

가. 청구인은 1985.1.1. OOO 외 16필지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여, 2022.8.30. 청구인의 자녀인 A에게 청구인의 채무 OOO원을 승계하는 조건으로 부담부증여를 하였다.

<표1> 쟁점토지 내역

ㅇㅇㅇ

나. 청구인은 2023.1.27. 처분청에 쟁점토지에 대한 부담부증여에 대한 양도소득세 신고 시 쟁점토지에 대해 「조세특례제한법」 제69조에 의한 자경농지 세액감면을 적용하여 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

다. 처분청은 2024.10.25.∼2024.11.5. 기간 동안 쟁점토지 관련 양도소득세 세무조사 결과, 쟁점토지는 농사 등에 사용한 것이 아닌 승마장 및 초지로 사용되어 「조세특례제한법」 제69조에서 규정한 자경농지에 해당하지 않는다고 보아, 2024.12.10. 청구인에게 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2025.2.26. 이의신청을 거쳐, 2025.7.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점토지의 양도 당시, 쟁점토지는 1985년 이전부터 청구인이 직접 농작물을 경작하였으므로 「조세특례제한법」 제69조에서 규정한 자경농지에 해당한다. 이는 경작사실확인서, 농업직불금 수령내역, 종자공급확인서 등에 비추어 보면 쟁점토지 실제로 경작한 사실을 알 수 있다. 특히, 사료용 목초 종자를 공급받아 경작한 기록을 보면, 청구인이 쟁점토지를 지속적으로 경작하였음을 알 수 있다. 처분청은 쟁점토지에서 식용작물이 아닌 사료용 작물을 경작했다는 이유로 이를 목장용지 또는 초지로 보아 자경농지로 인정할 수 없다는 의견이나, 이는 법령의 취지를 잘못 해석한 것이다. 「농지법」 제2조 제1호 가목에 의하면 농지는 지목과 관계없이 실제로 농작물을 경작하거나 다년생 식물을 재배하는 토지를 의미한다. 여기서 농작물의 용도는 명시적으로 제한되지 않고, 조세심판원은 사료용 작물이 재배된 토지라 하더라도 「농지법」상 농지에 해당하므로 자경농지 감면 요건을 충족할 수 있다고 판단하였다(조심 2020광800, 2020.9.1.). 이는 경작 작물의 종류가 감면 여부를 좌우하지 않는다는 점을 분명히 한 것이다. 아울러 한국표준사업분류상 사료작물 재배업은 작물재배업의 하위 범주로 명시되었고, 「농지법」에서는 「초지법」에 따라 조성된 초지를 농지에서 제외하고 있으며, 여기서 말하는 초지는 반드시 「초지법」 제5조에 따라 허가를 받아 조성된 경우에 한정된다. 청구인의 쟁점토지는 「초지법」상 초지조성 허가를 받지 않았고, 과거부터 농업 목적의 경작이 지속된 토지이므로 쟁점토지는 감면대상 농지에 해당한다. 청구인은 2004.10.14. 인접한 토지인 같은 리 322-3 외 4필지를 양도하면서, 처분청으로부터 자경농지 감면을 인정받았다. 당시 처분청에서 발급한 양도소득세 신고서에는 감면세액이 명시되었고, 신고서상 관리번호 또한 정확히 기재되었으며, 자경농지 세액감면을 받았다. 해당 신고서의 양도소득금액 계산명세서에서 감면 종류 및 금액이 일부 공란이나, 처분청에 확인할 결과, 당시 시스템 내 코드 불일치로 인한 전산입력 누락이었으며, 자경농지 감면은 정상적으로 처리받았다. 나아가, 청구인은 이의신청 당시에도 해당 토지에서의 경작 사실을 명확히 소명하였으며, 추가적으로 제출하는 경작사실확인서에 따르면 1970년대부터 과수원을 운영하였다. 1980년대 이후에는 옥수수, 파, 고추 등 다양한 작물을 자경하였다. 특히, 고추는 군부대에 장기간 납품하였고, 청구인은 농업 활동을 지속적으로 영위하였는데, 인근 농업인의 확인서를 통해 알 수 있다.

나.처분청 의견

청구인은 2001.5.10. 쟁점토지를 OOO영농조합법인의 마필생산지로 이용하였고, 2003.1.2. 위 법인을 폐업한 후, OOO, OOO영농조합을 사업자등록하고, 현재까지 운영 중이다. 구글어스 위성사진 및 항공사진 등을 확인하면 쟁점토지는 대부분 원형의 승마장 트랙 및 목초지의 면적이다. 접경지역에 해당하여 이후 연도의 항공사진 등이 제공되지 않으나, 2022년 4월 촬영된 구글 위성사진 확인한 결과 변화가 없다. 국세청은 청구인이 쟁점토지를 20년 이상 마필생산에 필요한 초지 및 승마장으로 사용하였으므로 목축용 사료재배지 등을 자경농지로 볼 수 없다는 입장이고(심사양도 2014-163, 2014.12.23.), 울타리 안에 말들이 자유롭게 다닐 수 있는 토지 및 경주 트랙 등을 농지라고 보기도 어렵다. 따라서 쟁점토지는 승마장 및 사료작물 재배지로서 쟁점토지의 양도일 당시 자경농지 요건을 충족하지 않아 감면대상 토지에 해당하지 않는다고 보아야 하고, 처분청의 당초 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지가 「조세특례제한법」 제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상 농지인지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법

제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2026년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역 등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

② 농업법인이 해당 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 그 토지를 양도하거나 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 그 법인이 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 법인세로 납부하여야 한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

(2) 조세특례제한법 시행령

제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자”란 8년[제3항의 규정에 의한 농지이양은퇴보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 “한국농어촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

② 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 법인”이란 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제16조에 따른 영농조합법인 및 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인을 말한다.

③ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 경영이양직접지불보조금”이란 「농산물의 생산자를 위한 직접지불제도 시행규정」 제4조에 따른 농지이양은퇴보조금을 말한다.

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 농지이양은퇴보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{「지방자치법」 제3조 제4항에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다}에 있는 농지 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업(이하 이 호에서 “대규모개발사업”이라 한다)지역(사업인정고시일이 같은 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 대규모개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우

나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우

다. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행되고, 대규모개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우(대규모개발사업지역 안에 있는 경우로 한정한다)

2. 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지. 다만, 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 제외한다.

(3) 농지법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “농지”란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

가. 전ㆍ답, 과수원, 그 밖에 법적 지목(地目)을 불문하고 실제로 농작물 경작지 또는 대통령령으로 정하는 다년생식물 재배지로 이용되는 토지. 다만, 「초지법」에 따라 조성된 초지 등 대통령령으로 정하는 토지는 제외한다.

나. 가목의 토지의 개량시설과 가목의 토지에 설치하는 농축산물 생산시설로서 대통령령으로 정하는 시설의 부지

2. “농업인”이란 농업에 종사하는 개인으로서 대통령령으로 정하는 자를 말한다.

3. “농업법인”이란 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제16조에 따라 설립된 영농조합법인과 같은 법 제19조에 따라 설립되고 업무집행권을 가진 자 중 3분의 1 이상이 농업인인 농업회사법인을 말한다.

4. “농업경영”이란 농업인이나 농업법인이 자기의 계산과 책임으로 농업을 영위하는 것을 말한다.

5. “자경(自耕)”이란 농업인이 그 소유 농지에서 농작물 경작 또는 다년생식물 재배에 상시 종사하거나 농작업(農作業)의 2분의 1 이상을 자기의 노동력으로 경작 또는 재배하는 것과 농업법인이 그 소유 농지에서 농작물을 경작하거나 다년생식물을 재배하는 것을 말한다.

6. “위탁경영”이란 농지 소유자가 타인에게 일정한 보수를 지급하기로 약정하고 농작업의 전부 또는 일부를 위탁하여 행하는 농업경영을 말한다.

6의2. “농지개량”이란 농지의 생산성을 높이기 위하여 농지의 형질을 변경하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다.

가. 농지의 이용가치를 높이기 위하여 농지의 구획을 정리하거나 개량시설을 설치하는 행위

나. 농지의 토양개량이나 관개, 배수, 농업기계 이용의 개선을 위하여 해당 농지에서 객토ㆍ성토 또는 절토하거나 암석을 채굴하는 행위

7. “농지의 전용”이란 농지를 농작물의 경작이나 다년생식물의 재배 등 농업생산 또는 농지개량 외의 용도로 사용하는 것을 말한다. 다만, 제1호 나목에서 정한 용도로 사용하는 경우에는 전용(轉用)으로 보지 아니한다.

8. “주말ㆍ체험영농”이란 농업인이 아닌 개인이 주말 등을 이용하여 취미생활이나 여가활동으로 농작물을 경작하거나 다년생식물을 재배하는 것을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구인은 1985.1.1. 쟁점토지를 취득하여, 2022.8.30. 청구인의 자녀인 A에게 쟁점토지의 채무 OOO원을 승계하는 조건으로 부담부증여를 하였다.

<표2> 쟁점토지 내역

ㅇㅇㅇ

(나) 처분청은 2024.10.25.∼2024.11.5. 기간 동안 쟁점토지의 양도에 대한 양도소득세 세무조사 결과, 쟁점토지는 자경농지 감면대상이 아니라고 보아, 2024.12.10. 청구인에게 쟁점토지의 양도에 대한 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 아래 <표3>과 같이 경정·고지하였다.

<표3> 2022년 귀속 양도소득세 경정내역

ㅇㅇㅇ

(다) 쟁점토지의 대부분 승마장과 초지로 구성되어 있고, 쟁점토지 중 같은 리 296, 296-1, 298-1, 298-8, 647-3, 647-8, 647-11은 직불금을 수령하지 않았고, 쟁점토지 중 나머지는 직불금을 수령하였으며, 이의신청 결정서에 의하면, 쟁점토지에 대한 연천군청의 2022년 정기과세내역은 쟁점토지 중 OOO 296-1은 공부상 전이나 목장용지로 사용되고 있고, 같은 리 296-3, 298-1, 298-9, 325도 공부상 지목과 실제로 사용되는 지목이 다르다고 기재되어 있다.

(라) 청구인은 2023.7.21. OOO으로부터 2022년 춘파용 종자 켄터키블루그라스 2포, 티모시 1포를 공급하였다는 내용의 확인 및 종자 구입 확인을 받아 제출하였다. 청구인은 농지소재지 이(통)장으로부터 OOO에서 경작하였다는 확인서를 제시하였는데, ‘농지이용’ 항목에는 벼외 품목으로 기재되어 있다.

(마) 청구인은 국립농상물품질관리원장으로부터 받은 농업경영체 등록 확인서를 제시하였는데, 청구인은 농지 등으로 18,458㎡를, 가축·곤충 사육시설로 2,910㎡를 사용하였다고 기재되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 8년 이상 쟁점토지를 경작하였으므로 「조세특례제한법」 제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상이라고 주장하나, 처분청이 제시한 사진에 의하면, 쟁점토지는 실제로 승마장 등으로 사용된 것으로 보이고, 청구인은 경작된 작물을 확인할 수 있는 매출자료 등을 제시하지 아니하는 점, 「조세특례제한법」 제69조 제1항의 농지에 대하여는 「조세특례제한법」에서 별도의 규정이 없어 「농지법」상의 농지의 개념을 차용하여야 하는데, 「농지법」 제2조 제1호 가목 단서에서 초지법에 따라 조성된 초지를 제외한다고 규정하고 있는바, 청구인이 제출한 경작사실 확인서의 농지 이용란에는 ‘벼외’로 기재되어 있고, 종자 구입 대금 확인서 등에서 기재된 켄터키블루그라스와 티모시는 목축 종자의 일종인 잔디의 종자이므로 쟁점토지는 목장용지 및 초지로 사용된 것으로 보이는 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.