이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 임대(과세) 목적으로 신축한 건물(지상 15층으로, 3～15층의 오피스텔 95개호를 “쟁점오피스텔”이라 한다)의 건설비 등 매입세액 합계 OOO원을 2018년 제2기부터 2019년 제1기까지 환급(공제)받았는데, 쟁점오피스텔은 2020.4.13. 사용승인을 받은 후 실제로는 주거용(면세)으로 임대되었다.

나. 처분청은 쟁점오피스텔이 「부가가치세법」 제10조 제1항(이하 “면세전용규정”이라 한다)에 따라 면세로 전용되었다고 보아, 같은 법 시행령 제66조 제2항(이하 “과표의제규정”이라 한다)을 적용하여 의제된 과세표준을 산정한 다음, 2025.1.15. 청구법인에게 아래 ＜표＞와 같이 부가가치세를 경정·고지하였다.

ㅇㅇㅇ

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.6.16. 이의신청을 거쳐, 2025.9.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 면세전용은 그 개념상 사업전환(과세→면세)이 전제되는데, 쟁점오피스텔은 처음부터 면세로 사용(애초부터 과세사업에는 사용된 적이 없음)되었기에 면세전용이 될 수 없으며, 쟁점오피스텔이 실제 (과세사업이 아닌) 면세사업에 사용된 점이 문제가 된다면, (간주공급으로 볼 것이 아니라) 잘못 공제된 매입세액을 부인하여야 하는데, 이미 해당 과세기간의 부과제척기간은 도과하였다.

(2) 설령, 면세전용(간주공급)으로 보더라도 과세표준은 간주공급 당시의 “시가”가 되어야 한다. 처분청은 쟁점오피스텔이 감가상각자산임을 전제로 시가가 아닌 과표의제규정을 적용하였으나, 쟁점오피스텔은 간주공급규정 문언에 따른 “과세사업과 관련하여 취득한 재화”가 될 수 있을지언정, 과표의제규정 문언에 따른 “과세사업에 제공한 재화로서 감가상각자산(실제 과세사업에 사용된 경우를 전제)”으로는 볼 수 없으므로 과표의제규정은 적용될 수 없으며, 관련 판결(이하 “쟁점판결”이라 한다) 또한 이를 뒷받침하고 있다.

나. 처분청 의견

(1) 면세전용규정은 법령이 정한 요건이 충족됨에 따라 새로운 공급으로 간주하는 것으로, 법령 문언에 따른 엄격한 해석이 필요한데, 해당 문언은 “과세사업과 관련하여 취득한 재화를 면세사업을 위해 사용”이라고 규정하고 있고, 쟁점오피스텔이 이에 해당하는 이상, 면세전용규정을 적용한 이 건 처분은 적법하다.

(2) 청구법인은 “면세전용으로는 보되 과세사업에는 제공되지 않았다는” 모순된 주장을 하고 있다. 면세전용으로 본 이상 과세사업에 제공된 것이며[면세전용규정의 문언(“과세사업과 관련하여 취득”)과 과표의제규정의 문언(“과세사업에 제공”)은 서로 모순됨 없이 합목적으로 해석함이 타당하다], 한편, 쟁점판결은 과표의제규정을 적용함에 있어, 경과된 과세기간 수에 포함할지 여부를 판단한 것일 뿐, 과세사업 제공이나 감가상각자산 해당 여부 등을 판단한 것은 아니다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 건축 과정에서 매입세액공제를 받아 준공된 후, 실제로는 과세사업이 아닌 면세사업으로 임대한 경우 간주공급(면세전용) 해당 여부

② 설령, 간주공급으로 보더라도 과세사업에 사용된 적은 없어 그 과세표준은 간주공급 당시의 시가가 되어야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법

제10조(재화 공급의 특례) ①사업자가 자기의 과세사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화(이하 이 조에서 "자기생산ㆍ취득재화"라 한다)를 자기의 면세사업 및 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(이하 "면세사업등"이라 한다)을 위하여 직접 사용하거나 소비하는 것은 재화의 공급으로 본다.

1.제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따른 매입세액이 공제된 재화

제29조(과세표준) ①재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

③제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

4.제10조 제1항ㆍ제2항ㆍ제4항ㆍ제5항 및 제12조 제1항에 따라 재화 또는 용역을 공급한 것으로 보는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

⑪ 제10조 제1항ㆍ제2항 및 제4항부터 제6항까지의 규정에 따라 재화의 공급으로 보는 재화가 대통령령으로 정하는 감가상각자산(이하 "감가상각자산"이라 한다)인 경우에는 제3항 제3호 및 제4호에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

(2)부가가치세법 시행령

제28조(구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기) ④법 제10조에 따라 재화의 공급으로 보는 경우에는 다음 표의 구분에 따른 때를 재화의 공급시기로 본다.

구분

공급시기

1. 법 제10조 제1항·제2항 및 제4항에 따라 재화의 공급으로 보는 경우

재화를 사용하거나 소비하는 때

제66조(감가상각자산 자가공급 등의 공급가액 계산) ①법 제29조 제11항에서 “대통령령으로 정하는 감가상각자산”이란 「소득세법 시행령」 제62조 또는 「법인세법 시행령」 제24조에 따른 감가상각자산(이하 “감가상각자산”이라 한다)을 말한다.

②과세사업에 제공한 재화가 감가상각자산에 해당하고, 해당 재화를 법 제10조 제1항·제2항 및 제4항부터 제6항까지의 규정에 따라 공급한 것으로 보는 경우에는 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 본다. 이 경우 경과된 과세기간의 수는 법 제5조에 따른 과세기간 단위로 계산하되, 건물 또는 구축물의 경과된 과세기간의 수가 20을 초과할 때에는 20으로, 그 밖의 감가상각자산의 경과된 과세기간의 수가 4를 초과할 때에는 4로 한다.

1. 건물 또는 구축물

공급가액 = 해당 재화의 취득가액 × (1 -

5/100

× 경과된 과세기간 수 )

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 쟁점오피스텔을 건축하는 과정에서 지출한 건축비 등의 매입세액에 대해 준공 이전에 환급(매입세액공제)을 받은 사실과 준공(사용승인) 이후에 쟁점오피스텔이 최초로 주거용으로 임대된 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 쟁점판결의 주요 내용을 정리하면 다음과 같다.

＜사실관계 요약＞

ㅇ원고는 건축과정에서 매입세액공제를 받은 건물(13.2기에 준공)의 (쟁점)일부가 공실 중이었다가 19.2기에 면세로 임대된 것을 면세전용으로 보아 부가가치세를 신고(단, 경과된 과세기간 수는 없는 것으로 산정)

ㅇ이후 경과된 과세기간이 상당함에도 이를 고려하지 않고 잘못 신고하였다며 과다 신고/납부한 세액을 환급해달라고 주장

→ [쟁점] 과세사업에 사용되지 않은 기간을 경과된 과세기간으로 볼지 여부

[1심 : 국승] 광주지방법원 2021.9.3. 신고 OOO 판결

과세사업에 전혀 사용되지 않은 재화의 (간주)공급가액을 산정함에 있어 경과된 과세기간은 존재하지 않는다고 봄이 상당하다. … 원고는 이 사건 건물을 신축하여 취득한 13.2기부터 경과된 과세기간의 수를 적용하여야 한다고 주장하나, 경과된 과세기간 수를 반영하여 감액하는 것은 해당 재화가 실제 과세사업에 공급되어 부가가치세를 수취한 사업에 사용된 만큼 그 공급가액을 경감하려는 것인바, 과세사업에 활용되지 않고 매입세액만 공제받은 채, 공실로 남아있던 이 사건 전용 부분을 실제 과세사업에 활용되어 감가상각된 자산과 동일하게 평가하는 것은 형평에 맞지 않는다.

[2심 : 국승] 광주고등법원 2022.6.9. 선고 OOO 판결

(1심 판결은 정당하다) 감가상각자산은 ‘과세사업에 제공’된 재화인 자산으로 ‘실제 과세사업에 사용’된 경우를 전제하고 있다고 봄이 타당하다. 과표의제규정이 ‘경과된 과세기간의 수’를 반영한 취지는, 재화가 ‘실제 과세사업에 제공되어 사용’된 기간을 감가상각기간에 반영하기 위한 것으로 보아야 하는 것이지, 단순히 위 재화를 취득한 이후 과세사업에 제공되거나 실제 사용되지 않았음에도 그 취득 이후 일정한 기간이 경과하였다는 이유만으로 그 기간까지도 당연히 감가상각기간에 반영하기 위한 것이라고 보기는 어렵다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

먼저 쟁점①에 대해 보건대, 청구법인은 쟁점오피스텔이 준공 후 과세사업으로 임대되지 않은 채, 처음부터 주거용(면세)으로 임대되었기에 면세전용이 될 수 없다면서, 쟁점오피스텔을 주거용으로 임대한 것을 새로운 공급으로 간주할 것이 아니라 당초 잘못 공제받은 매입세액을 부인함이 타당하다고 주장하나,

청구법인은 쟁점오피스텔의 건축과 관련한 지출에 대한 매입세액을 면세사업자가 아닌 과세사업자의 지위에서 공제받았던바, 당시 기준으로는 매입세액공제를 받은 것에 명백한 잘못이 있었다고 보기 어려운 반면(공제받을 당시 청구인이 쟁점오피스텔을 면세사업에 직접 사용한 것도 아니어서 잘못된 공제로 확인되었다고 보기도 어렵다), 공제받은 이후 다른 과세기간에 이르러서야 과세 원인(면세로 사용)이 발생함에 따라, 처분청이 청구인의 매입세액공제 측면에서 부당한 공제로 보지 않고, 새로운 과세 원인의 발생을 새로운 공급(간주공급)으로 보아 과세한 것으로, 이를 위법한 처분으로 단정하기 어려운 점, 청구법인이 제시한 쟁점판결 또한, 준공 후 공실 상태에 있다가 최초로 면세사업으로 임대한 경우를 간주공급으로 전제하고 있는 점 등에 비추어, 쟁점오피스텔의 주거용 임대를 면세전용이 아닌 부당한 매입세액공제로 보아야 하고, 그 경우 해당 과세기간의 부과제척기간은 도과하였다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

다음으로 쟁점②에 대해 보건대, 청구법인은 설령 쟁점오피스텔이 면세로 전용(간주공급)된 것으로 보더라도, 애초부터 과세사업에 사용되지 않아 감가상각된 것으로 볼 수 없어 과표의제규정을 적용할 수 없음에도, 그와 달리 처분청이 과표의제규정을 적용하여 과세표준을 산정한 이상, 이 건 처분은 위법하다고 주장하나,

과표의제규정에 따르면, 간주공급의 대상이 되는 재화가 「법인세법」 또는 「소득세법」상 감가상각자산에 해당할 경우, 그 공급가액은 “시가”가 아닌 과표의제규정을 적용하여 계산한 금액이 되어야 하는데, 이 사건 쟁점오피스텔이 건축물임에는 다툼이 없어, 「법인세법」 또는 「소득세법」상 감가상각자산이 되어야 하는 반면, 감가상각자산의 감가상각이 진행되지 않았다는 이유로 감가상각자산을 감가상각자산이 아닌 다른 자산으로 해석할 법적 근거는 달리 찾기 어려운 점[과세사업에 제공되지 않았다는 점도 청구주장으로 제시하고 있으나, 앞서 면세전용으로 판단한 이상, 과세사업에 제공(취득)되어 매입세액공제를 받은 것으로 봄이 타당하다], 쟁점판결 또한 해당 재화(공실로 있다가 최초로 면세로 임대된 부분)가 과표의제규정이 적용되어야 함을 전제하되, 과세사업에 사용되지 않은 기간을 경과된 과세기간의 수에 산입할지 여부를 다툰 것으로 청구주장을 뒷받침한다고 보기 어려운 점, 설령 청구주장에 따라 감가상각이 진행되지 않았다는 이유로 감가상각자산이 아닌 재화로 보아 (과표의제규정을 적용하여 계산한 금액이 아닌) 시가를 공급가액으로 보려 해도, 그 시가가 과표의제규정을 적용하여 계산한 금액보다 낮을 것이라고 기대하기 어려워 보이는 점(청구주장의 실익이 없을 뿐만 아니라, 오히려 청구법인에게 불리한 결과가 되므로 불이익변경금지의 원칙에 따라 그와 같은 결정은 할 수 없다) 등에 비추어, 이 건 간주공급의 공급가액이 과표의제규정이 아닌 시가로 산정되어야 한다는 청구주장 또한 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 따라 주문과 같이 결정한다.