이유
1. 처분개요

가. 청구인은 2006.3.30. OOO(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득하였다.

나. 청구인은 A 주식회사로부터 돈을 빌리면서, 이를 담보하기 위해 2016.7.20. 수탁자를 B 주식회사로, 우선수익자를 A 주식회사로 지정하여 쟁점부동산에 대한 부동산담보 신탁계약을 체결하였고, 청구인이 A 주식회사에게 대출금 및 이자를 상환하지 않자, A 주식회사는 쟁점부동산을 공매 의뢰하였고, 쟁점부동산은 2017.8.17. 공매로 A에게 OOO원에 양도되었으나, 청구인은 쟁점부동산 관련 2017년 귀속 양도소득세를 신고하지 않았다.

다. 처분청은 2025.3.7. 청구인에게 쟁점부동산 양도 관련 과세예고통지를 하였고, 청구인은 2025.3.31. 과세전적부심사청구를 제기하였으나, 2025.4.10. ‘세무조사결과 등 통지를 하는 날부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에 해당하여 과세전적부심사청구가 부적법한 청구’라는 이유로 심사제외 결정을 받았다.

라. 처분청은 쟁점부동산의 양도와 관련하여 2025.4.16. 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정·고지하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2025.5.3. 이의신청을 거쳐, 2025.7.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 처분청은 2025.3.7. 청구인에게 과세예고통지를 하였는데, 이는 청구인의 과세전적부심사청구에 참여할 기회를 실질적으로 박탈한 것이므로 위법하다. 처분청은 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지하여야 하는데, 부과제척기간 만료일(2025.5.31.) 직전인 2025.3.7. 과세예고통지를 하였다. 이는 청구인에게 부여된 헌법상 방어권보장이 침해된 것이고, 처분청은 「국세기본법」 제81조의15 제3항 제3호에 의하여 과세예고통지를 생략할 수 있다는 의견이나, 처분청의 합리적인 이유 없이 과세를 지연한 것이며, 이에 대한 입증도 없으므로 이 건은 과세예고통지를 생략할 수 있는 사유에 해당하지 않는다. 나아가, 이 건은 「국세기본법」 제81조의15 제3항 제1호 및 제2호에도 해당하지 않으므로 부과제척기간 만료일 직전에 과세예고통한 처분청의 과세처분은 부당하다.

(2) 처분청은 쟁점부동산이 공매된 경우도 양도로 볼 수 있으므로 쟁점부동산의 공매일인 2017.8.17.이 양도일이라는 의견이나, 당시 쟁점부동산의 양도대금이 확정되지 않았으므로 「소득세법」상 양도로 볼 수 없다. 「소득세법」상 양도일은 대금청산일인데, 쟁점부동산과 관련하여, 우선수익자가 청구인에게 제기한 소송이 2023.11.30. 대법원에서 판결이 확정되었고, 2024.3.11. 채권자와 화해조서가 작성되는 등 과세처분의 기초가 되는 사실관계가 변동되었다. 처분청이 쟁점부동산의 양도일이라고 주장하는 2017년 당시에는 관련 소송이 진행 중이었으므로 쟁점부동산의 양도대금이 얼마인지 확정되지 않았으므로 관련 대금이 확정된 2024.3.11.을 양도일로 보아야 한다. 또한, 쟁점부동산의 공매가 「소득세법」상 1세대1주택 비과세 규정이 적용될 수 있는지는 양도일이 언제인지에 따라 달라지는데, 청구인은 2014.3.31. 쟁점부동산 외의 주택을 취득하였으나, 2021.3.31. 동 주택을 처분하였으므로 쟁점부동산의 양도일은 쟁점부동산의 대금이 확정된 2024.3.11.로 보아야 하고, 당시에는 쟁점부동산 외의 다른 주택이 없었으므로 쟁점부동산의 양도는 「소득세법」상 1세대1주택 비과세 규정이 적용되어야 한다.

나.처분청 의견

(1) 부과제척기간 만료일까지의 잔여기간이 3개월 이하인 처분청의 과세예고 통지 및 고지가 납세자의 권리를 침해하지 않는다. 「국세기본법」제81조의15 제2항에서는 ‘과세예고통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사를 청구할 수 있다’고 규정하고 있으나, 같은 조 제3항 제3호에서 ‘세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우 과세예고통지를 생략할 수 있다’고 규정하고 있다. 처분청은 2025.3.4. 청구인에게 과세예고통지서를 송달하였고, 청구인은 2025.3.31. 과세전적부심사를 신청하였으며, 2025.4.10. 심사제외 결정되었다. 이에 처분청은 2025.4.16. 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세를 결정·고지하였다. 처분청은 과세예고통지서 발송 당시, 국세부과제척기간이 3개월 이하인 경우이므로 과세예고통지를 생략할 수 있고, 과세전적부심사에서 과세예고통지를 생략할 수 있는 경우에 해당한다고 보아 심사제외 결정되었으므로 부과제척기간에 임박하여 한 처분청의 과세예고통지 및 결정·고지처분은 적법하다.

(2) 공매에 의한 부동산의 소유권 이전은 양도소득세 과세대상에 해당하므로 2017.8.17.을 양도일로 보아야 한다. 처분청은 담보신탁의 위탁자인 청구인이 수탁자인 B 주식회사에게 소유권을 이전한 당해 소유권 이전등기를 양도로 보지 않았고, 수탁자인 B 주식회사가 2017.8.17. A에게 OOO원에 매매(신탁공매)를 양도대상 및 양도일로 보았다. 청구인은 신탁공매대금 청산(배분) 불법행위에 대한 민사 손해배상책임 등을 이유로 우선수익자와의 소송이 종료되지 않아 실질적 과세처분의 정당성을 상실하였다고 주장하나, 이 건 양도소득세의 과세대상은 2017.8.17. 양도인 것이지 공매대금의 사후적 공매배분의 분쟁은 「소득세법」상 양도대상 및 양도일과 상관없고, 쟁점부동산의 양도는 1세대1주택 비과세 규정을 적용할 수 없다. 청구인은 2017.8.17. 쟁점부동산을 양도하였고, 양도 당시 쟁점부동산 외 다른 주택(OOO)을 소유하여 2주택이 되므로 청구인은 1세대1주택 비과세 규정을 적용할 수 없으며, 쟁점부동산 외 다른 주택의 취득일인 2014.3.31. 이후 3년을 초과한 2017.8.17. 쟁점부동산을 양도하여 일시적 2주택 특례 대상에도 해당하지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

② 쟁점부동산의 양도일은 화해조서가 작성된 2024.3.11.인지, 신탁재산의 공매일인 2017.8.17.인지 여부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

제16조(근거과세) ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다.

④ 행정기관의 장은 해당 납세의무자 또는 그 대리인이 요구하면 제3항의 결정서를 열람 또는 복사하게 하거나 그 등본 또는 초본이 원본과 일치함을 확인하여야 한다.

⑤ 제4항의 요구는 구술(口述)로 한다. 다만, 해당 행정기관의 장이 필요하다고 인정할 때에는 열람하거나 복사한 사람의 서명을 요구할 수 있다.

제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

제81조의15(과세전적부심사) ① 세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 “과세예고통지”라 한다)하여야 한다.

1. 세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

2. 세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

3. 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우. 다만, 다음 각 목의 경우는 제외한다.

가. 「감사원법」 제33조에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우

나. 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자가 납부하여야 할 세액을 납부하지 아니하거나 과소납부한 경우로서 세무서장 또는 지방국세청장이 해당 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액과 동일하게 과세표준 및 세액을 결정하는 경우

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 “과세전적부심사”(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.

1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지

2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.

1. 「국세징수법」 제9조에 규정된 납부기한 전 징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우

2. 「조세범 처벌법」 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우. 다만, 고발 또는 통고처분과 관련 없는 세목 또는 세액에 대해서는 그러하지 아니하다.

3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우

(2) 소득세법

제2조의3(신탁재산 귀속 소득에 대한 납세의무의 범위) ① 신탁재산에 귀속되는 소득은 그 신탁의 이익을 받을 수익자(수익자가 사망하는 경우에는 그 상속인)에게 귀속되는 것으로 본다.

② 제1항에도 불구하고 위탁자가 신탁재산을 실질적으로 통제하는 등 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 신탁의 경우에는 그 신탁재산에 귀속되는 소득은 위탁자에게 귀속되는 것으로 본다.

제88조(정의) 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “양도”란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 부담부증여 시 수증자가 부담하는 채무액에 해당하는 부분은 양도로 보며, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도로 보지 아니한다.

가. 「도시개발법」이나 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 보류지(保留地)로 충당되는 경우

나. 토지의 경계를 변경하기 위하여 「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」 제79조에 따른 토지의 분할 등 대통령령으로 정하는 방법과 절차로 하는 토지 교환의 경우

다. 위탁자와 수탁자 간 신임관계에 기하여 위탁자의 자산에 신탁이 설정되고 그 신탁재산의 소유권이 수탁자에게 이전된 경우로서 위탁자가 신탁 설정을 해지하거나 신탁의 수익자를 변경할 수 있는 등 신탁재산을 실질적으로 지배하고 소유하는 것으로 볼 수 있는 경우

(3) 소득세법 시행령

제151조(양도의 범위) ① 법 제88조 제1호를 적용할 때 채무자가 채무의 변제를 담보하기 위하여 자산을 양도하는 계약을 체결한 경우에 다음 각호의 요건을 모두 갖춘 계약서의 사본을 양도소득 과세표준 확정신고서에 첨부하여 신고하는 때에는 이를 양도로 보지 아니한다.

1. 당사자간에 채무의 변제를 담보하기 위하여 양도한다는 의사표시가 있을 것

2. 당해 자산을 채무자가 원래대로 사용ㆍ수익한다는 의사표시가 있을 것

3. 원금ㆍ이율ㆍ변제기한ㆍ변제방법 등에 관한 약정이 있을 것

② 제1항의 규정에 의한 계약을 체결한 후 동항의 요건에 위배하거나 채무불이행으로 인하여 당해 자산을 변제에 충당한 때에는 그 때에 이를 양도한 것으로 본다.

제159조의3(양도소득세 과세대상에서 제외되는 수익권) 법 제94조 제1항 제6호 본문에서 “투자신탁의 수익권 등 대통령령으로 정하는 수익권”이란 다음 각 호의 수익권 또는 수익증권을 말한다.

1. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제110조에 따른 수익권 또는 수익증권

2. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제189조에 따른 투자신탁의 수익권 또는 수익증권으로서 해당 수익권 또는 수익증권의 양도로 발생하는 소득이 법 제17조 제1항에 따른 배당소득으로 과세되는 수익권 또는 수익증권

3. 신탁의 이익을 받을 권리에 대한 양도로 발생하는 소득이 법 제17조 제1항에 따른 배당소득으로 과세되는 수익권 또는 수익증권

4. 위탁자의 채권자가 채권담보를 위하여 채권 원리금의 범위 내에서 선순위 수익자로서 참여하고 있는 경우 해당 수익권. 이 경우 법 제115조의2에 따른 신탁 수익자명부 변동상황명세서를 제출해야 한다.

(4) 신탁법

제98조(신탁의 종료사유) 신탁은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 종료한다．

1. 신탁의 목적을 달성하였거나 달성할 수 없게 된 경우

2. 신탁이 합병된 경우

3. 제138조에 따라 유한책임신탁에서 신탁재산에 대한 파산선고가 있은 경우

4. 수탁자의 임무가 종료된 후 신수탁자가 취임하지 아니한 상태가 1년간 계속된 경우

5. 목적신탁에서 신탁관리인이 취임하지 아니한 상태가 1년간 계속된 경우

6. 신탁행위로 정한 종료사유가 발생한 경우

제101조(신탁종료 후의 신탁재산의 귀속) ① 제98조 제1호, 제4호부터 제6호까지, 제99조 또는 제100조에 따라 신탁이 종료된 경우 신탁재산은 수익자(잔여재산수익자를 정한 경우에는 그 잔여재산수익자를 말한다)에게 귀속한다. 다만, 신탁행위로 신탁재산의 잔여재산이 귀속될 자(이하 “귀속권리자”라 한다)를 정한 경우에는 그 귀속권리자에게 귀속한다.

② 수익자와 귀속권리자로 지정된 자가 신탁의 잔여재산에 대한 권리를 포기한 경우 잔여재산은 위탁자와 그 상속인에게 귀속한다.

③ 제3조 제3항에 따라 신탁이 종료된 경우 신탁재산은 위탁자에게 귀속한다.

④ 신탁이 종료된 경우 신탁재산이 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 귀속될 자에게 이전될 때까지 그 신탁은 존속하는 것으로 본다. 이 경우 신탁재산이 귀속될 자를 수익자로 본다.

⑤ 제1항 및 제2항에 따라 잔여재산의 귀속이 정하여지지 아니하는 경우 잔여재산은 국가에 귀속된다.

다. 사실관계 및 판단

(1)청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구인은 2006.3.30. 쟁점부동산을 취득하였고, 쟁점부동산 양도 당시, 아래 ＜표1＞과 같이 쟁점부동산을 포함하여 OOO를 보유하고 있었다.

＜표1＞ 청구인의 부동산 보유내역

ㅇㅇㅇ

(나) 쟁점부동산에 대한 신탁계약서에 의하면, 청구인은 2016년경 C 주식회사와 신탁계약을 체결하였는데, 청구인은 쟁점부동산의 위탁자이고, 수탁자는 B 주식회사이며, 신탁수익의 우선수익자는 A 주식회사이다. 쟁점부동산은 수의계약으로 소유권이 이전되었고, 쟁점부동산의 등기부등본에 의하면, 쟁점부동산은 2017.8.17. OOO원에 양도되었다고 기재되어 있다.

(다) A 주식회사(우선수익자)는 2017.8.17. B 주식회사(수탁자)에 ‘대출금 이자 연체에 따른 기한이익 상실로 공매 진행되었던 담보신탁부동산(쟁점부동산)이 공개 매각되어 계약이 완료(잔금 입금)됨에 따라 그 매각대금에 대한 정산을 요청한다’는 내용의 정산 요청서를 보냈고, 채권액 OOO원(대출원금 OOO원, 대출이자 OOO원)이라고 기재되어 있다.

(라) 처분청은 2025.3.7. 청구인에게 ‘쟁점부동산 양도하였는데도 2017년 귀속 양도소득세 무신고하여 결정·고지한다’는 내용의 과세예고통지서를 송달하였다. 이에 청구인은 2025.3.31. 과세전적부심사청구를 제기하였으나, 2025.4.10. ‘세무조사결과 등 통지를 하는 날부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에 해당하여 과세전적부심사청구가 부적법한 청구’라는 이유로 심사제외 결정을 받았다.

(마) 처분청은 쟁점부동산을 양도하였는데도 이에 대한 양도소득세를 신고하지 않았다고 보아, 2025.4.16. 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 아래 ＜표2＞와 같이 결정·고지하였다.

＜표2＞ 청구인에 대한 2017년 귀속 양도소득세 결정내역

ㅇㅇㅇ

(바) 국세청 전산자료에 의하면, 쟁점부동산의 양도자료와 관련하여, 2020.5.6. 삼성세무서에서 노원세무서로, 2020.6.8. 노원세무서에서 창원세무서로 2021.2.17. 창원세무서에서 강남세무서로, 2024.5.22. 강남세무서에서 삼성세무서로 관할이 변경되었다.

(사) 청구인의 주민등록초본에 의하면, 2020.3.27. 서울특별시 OOO로 전입하였고, 2020.6.5. 경상남도 OOO로 전입하였다. 이후 2021.2.9. 서울특별시 OOO로 전입한 뒤, 2024.4.30. 서울특별시 OOO로 전입하였다. 강남세무서장은 2024.1.18. 청구인에게 쟁점부동산의 양도에 대한 양도소득세 기한 후 신고 안내문을 발송하였다.

(아) 청구인은 D 주식회사로부터 OOO원 및 이에 대한 이자를 지급하라는 취지의 대여금 지급청구를 받는 등 소송이 진행되었는데, 이는 2023.11.30. 대법원에서 판결이 확정되었다. 또한, 청구인은 2024.3.11. D 주식회사(채권자)와 OOO원을 변제하기로 하는 채무금 변제 합의서를 작성하였다.

(자) 2020년 「소득세법」 제88조 개정안에 의하면, 신탁재산에 대한 양도소득세 과세기준을 명확하기 위해 개정되었는데, 신탁재산에 대해서 원칙적으로 신탁 설정 시 양도로 보지 않고, 신탁재산 양도 시 위탁자를 양도자로 보아 과세한다고 기재되어 있다.

＜표3＞ 2020년 「소득세법」 제88조 개정안

현 행

개 정 안

＜신 설＞

□ 신탁재산에 대한 양도소득세 과세기준

ㅇ (원칙) 신탁 설정 시 양도로 보지 않고, 신탁재산 양도 시 위탁자를 양도자로 보아 과세

ㅇ (예외) 위탁자의 지배를 벗어나는 경우*에 한해 신탁 설정 시에 양도소득세 과세

* 신탁계약 해지권·수익자변경권·해지시 신탁재산 귀속권 등이 위탁자에게 부여되지 않아, 신탁재산이 수탁자에게 실질적으로 이전된 경우

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 이 건 처분이 「국세기본법」 제81조의15 제3항 제3호의 과세예고통지를 생략할 수 있는 경우에 해당한다는 의견이나, 처분청은 부과제척기간 만료일(2025.5.31.) 직전인 2025년 3월경 청구인에게 과세예고통지를 한 뒤, 2025년 4월경 납부고지를 하였는데, 처분청은 과세자료를 장기간 방치하다가 국세부과제척기간 만료일이 임박하자 과세예고통지를 한 점, 처분청은 청구인의 빈번한 주소 변경으로 과세가 지연되었다는 의견이나, 청구인이 주소 변경으로 관할세무서 및 담당자가 변경되었다는 사정은 과세지연의 합리적인 이유로 보기 어려운 점, 처분청이 정당한 이유 없이 장기간 과세권을 행사하지 아니함으로써 청구인이 사전적인 권리구제인 과세전적부심사청구권을 행사할 수 있는 권리를 보장받지 못한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 합리적인 이유 없이 과세를 지연하여 청구인의 과세전적부심사 청구권을 침해한 것이므로 이 건 과세처분은 잘못인 것으로 판단된다.

다음으로, 쟁점②는 쟁점①의 청구주장의 인용으로 심리의 실익이 없으므로 심리를 생략한다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.