이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2012.3.16. 설립되어 건설업을 영위하는 법인으로, 청구법인은 2021년 제2기 부가가치세 과세기간에 OOO(대표자는 A이고, 이하 “쟁점매입처”라 한다)로부터 소방공사 용역에 관한 공급가액 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 하고, 쟁점세금계산서상의 거래를 “쟁점거래”라 한다)를 아래 ＜표1＞과 같이 수취하였다.

＜표1＞ 쟁점세금계산서 수취내역

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나. 동래세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 2022.8.16.∼2022.9.27. 기간 동안 쟁점매입처에 대한 세무조사를 실시한 결과, 쟁점매입처가 실제 용역의 제공 없이 쟁점세금계산서를 발급하여 사실과 다른 세금계산서로 보아, 검찰청에 고발한 뒤 처분청에 위 과세자료를 통보하였다.

다. 처분청은 조사청의 과세자료 통보에 따른 청구법인의 2021사업연도 법인통합조사를 실시한 결과, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아, 2024.10.14. 청구법인에게 2021사업연도 법인세 OOO원, 2021년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였고, 쟁점세금계산서의 공급대가 OOO원 중 OOO원은 대표자 상여로 소득금액변동통지를 하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.11.28. 이의신청을 거쳐, 2025.3.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점거래는 정상거래인데도 전액 가공거래로 보아 부가가치세 매입세액 불공제 및 「법인세법」상 손금불산입한 처분은 부당하다. 청구법인은 2021.10.1.자 세금계산서, 견적서, 대금지급 내역을 제출하였는데, 처분청은 청구법인이 증거를 제출하였는데도 그대로 부과처분을 하면서 쟁점거래를 전부 가공거래로 보았다. 그러나, 청구법인은 쟁점매입처와 가공거래가 아닌 실제로 거래를 하였다.

(2) 쟁점매입처의 공사책임자는 B 이사이고, 인부(1～3명)와 같이 공사하였으며, 공사가 완공되면 원도급업자는 하자가 있는지 확인한 후 공사대금을 청구법인의 계좌에서 쟁점매입처의 사업용계좌로 이체하였다. 청구법인이 2022.1.28. 쟁점매입처에 입금한 OOO원에 대해 처분청은 그 액수가 쟁점세금계산서 공급가액의 10%이므로 사실과 다른 세금계산서 수취에 대한 수수료 또는 부가가치세라는 의견이나, 청구법인은 2022.9.28. 및 2022.10.26.에도 입금한 금액이 있었다. 2022.1.28.자 계좌이체 금액은 쟁점세금계산서 공급가액의 10%와 금액이 우연히 일치한 것일 뿐, 쟁점세금계산서상 부가가치세를 지급한 것이 아니다.

(3) 처분청은 2022.9.28. 및 2022.10.26. 이체된 OOO원이 조사청의 조사를 착수한 이후에 지급한 것이므로 인정할 수 없다는 의견이나, 공사대금 지급은 기업의 자금 형편 등 여러 상황에 따라 달라질 수 있고, 쟁점거래가 가공거래였다면 현금으로 지급할 것이지 계좌로 이체하지 않았다. 실제로 조세심판원은 쟁점세금계산서 금액의 10%라는 우연한 사정만으로 거래관련성을 부인하기 어렵다고 판단하였다(국심 2006서557, 2006.8.30.).

(4) 처분청은 과세근거로 쟁점매입처의 대표자 A이 조사청의 세무조사 시 쟁점거래가 가공거래라는 사실을 인정했다는 확인서를 제시하고 있으나, 확인서에는 ‘2021.10.1. OOO원, 2021.12.3. OOO원 총 2매 OOO원은 일부 실제 용역제공은 하였으나 사실과 다르게 세금계산서를 발급한 사실이 있음을 확인한다’고 기재되어 있다. 쟁점매입처는 조사청의 조사 시에 가공매입 OOO원이 적출되었는데, 가공매출 OOO원이 있다고 인정되면 추징세액이 OOO원(부가가치세 OOO원, 소득세 OOO원) 정도 적어진다. 그렇다면 쟁점매입처의 대표자 A이 조사청의 조사 시에 실제 공사 사실을 입증할 수 있는 공사금액이 입금된 금융거래내역 등 구체적인 자료를 제출하지 않고, 본인에게 유리하지만 사실과 다른 진술을 한 것으로 보인다.

＜표2＞ 쟁점매입처의 부가가치세 예상세액 비교

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＜표3＞ 쟁점매입처의 종합소득세 예상세액 비교

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나.처분청 의견

(1) 쟁점세금계산서는 실질거래가 없는 사실과 다른 세금계산서로 보아야 하고, 이를 전제로 한 이 건 과세처분은 적법하다. 청구법인은 쟁점매입처로부터 실물거래 없이 세금계산서를 수취하였고, 쟁점매입처에 대한 조사과정에서 쟁점거래가 가공거래로 확정되었으며, 쟁점거래가 상당한 정도로 가공거래임이 이미 증명되었다면 쟁점거래가 정상거래라는 입증책임은 청구법인에게 있다(OOO). 청구법인이 제출한 공사계약서, 견적서, 대금증빙 등만으로는 쟁점매입처와의 거래가 정상거래라고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 객관적인 증거가 없다. 오히려, 아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 쟁점거래는 가공거래로 보아야 한다.

(가) 청구법인은 2021.10.1. 수취한 세금계산서(공급가액 OOO원)와 관련하여, 현장별 공사계약서와 견적서, 작업일보, 현장사진, 도면도를 제출하였는데, 청구법인이 제출한 공사계약서는 세금계산서의 당사자인 쟁점매입처와 청구법인 사이의 공사계약서가 아닌, 발주처와의 도급계약서이다. 또한 일일 작업보고서, 현장시공 사진은 쟁점매입처가 시행한 소방관련 공사만이 아닌 공사전반에 대한 내역으로, 해당 현장의 소방공사에 투입된 용역의 주체를 쟁잼매입처로 단정할 수 없고, 쟁점매입처가 공급한 용역의 공급가액도 불분명하다.

(나) 청구법인이 제출한 견적서에는 자재비와 노무비가 기재되었는데, 쟁점매입처의 대표자인 A의 심문조서에 의하면, 청구법인의 매출과 관련된 매입자료와 인건비 자료를 추후에 제출하기로 하였으나, 조사청의 세무조사 종결일까지 이와 관련된 자료를 제출하지 않았다. 처분청은 쟁점매입처가 자료를 제출하지 않아 쟁점거래의 자재비와 노무비를 확인할 수 없었다.

(다) 과세관청이 세무조사하는 과정에서 납세의무자로부터 일정한 부분의 거래가 가공거래임을 자인하는 내용의 확인서를 받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치는 쉽게 부인할 수 없다(OOO). 쟁점매입처의 대표자 A은 청구법인에 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 허위로 발급하였다는 확인서를 제출하였다. 확인서는 A이 자유로운 의사에 의해 작성하였고 기재된 내용이 쟁점거래가 가공거래라는 구체적인 사실이 기재되었으므로 특별한 사정이 없는 한 쟁점거래는 가공거래로 보아야 한다.

(라) 쟁점매입처 세무조사 과정에서 작성된 심문조서에 의하면, 쟁점매입처의 대표자 A은 사업용계좌 관리(명판, 공인인증서, OTP, 사업관련 이메일) 등의 중요 업무를 수행하였고, 쟁점매입처의 계약체결과 세금계산서 발급 및 수취 업무의 최종 결재권자라고 하였다. 또한, 청구인은 쟁점세금계산서와 관련하여 2022.1.28. 지급한 OOO원은 쟁점세금계산서의 공급가액 OOO원의 부가가치세가 아닌 우연한 사정에 의한 금액이라 주장하나, 이는 통상적인 가공거래에서 나타나듯, 부가가치세 상당액을 지급한 것으로 보인다. 쟁점매입처와 청구법인 사이에 일반적인 경우에는 세금계산서 발급시기에 대금이 지급되고 있으나, 쟁점세금계산서의 발급일인 2022.1.28. 이후 대금 지급이 없다가, 쟁점매입처에 대한 조사가 착수되자 대금을 추가로 지급하였다.

(마) 청구인은 조세심판원(국심 2006서557, 2006.8.30.) 결정을 인용하였으나, 위 결정은 2003.7.24. 쟁점세금계산의 10%가 계좌이체되고 수일 이내에 반복적으로 계좌이체된(2003.8.20.) 사실이 확인되는 거래이고, 이 건의 경우 청구인의 일반적인 대금 지급 형태(정상 세금계산서의 경우 부가가치세 포함된 전체금액 지급)와 다름이 확인되고 부가가치세 상당액만큼 입금되고 수개월 후인 조사종결 이후 추가대금이 지급된 점에 비추면 위 결정례와 이 건 사실관계는 다르다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수수한 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제26조의2(국세의 부과제척기간) ② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다.

2. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 “부정행위”라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급·공제를 받은 경우 : 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년(역외거래에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 15년). 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급·공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 또한 같다.

제47조의3(과소신고ㆍ초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」 제9조에 따른 신고 중 금융·보험업자가 아닌 자의 신고와 「농어촌특별세법」에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “과소신고”라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “초과신고”라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “과소신고납부세액등”이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.

1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액

가. 부정행위로 인한 과소신고납부세액등의 100분의 40(역외거래에서 발생한 부정행위로 인한 경우에는 100분의 60)에 상당하는 금액

나. 과소신고납부세액등에서 부정행위로 인한 과소신고납부세액등을 뺀 금액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 제1호 외의 경우 : 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액

(2) 국세기본법 시행령

제12조의2(부정행위의 유형 등) ① 법 제26조의2 제2항 제2호 전단에서 “대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위”란 「조세범 처벌법」 제3조 제6항에 해당하는 행위를 말한다.

(3) 조세범처벌법

제3조(조세 포탈 등) ⑥ 제1항에서 "사기나 그 밖의 부정한 행위"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.

1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장

2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취

3. 장부와 기록의 파기

4. 재산의 은닉, 소득·수익·행위·거래의 조작 또는 은폐

5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작

6.「조세특례제한법」제5조의2 제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작

7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위

(4) 부가가치세법

제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 청구법인의 거래형태는 다음과 같이 확인된다.

(가) 국세청 전산자료에 의하면, 청구법인은 2012.3.16. 건설업을 영위할 목적으로 부산광역시 OOO에 설립된 내국법인이고, 대표이사는 C이다.

＜표4＞ 청구법인 사업자등록 기본사항

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(나) 쟁점매입처는 2019.7.1. 건설업(방염공사)을 영위할 목적으로 부산광역시 OOO에서 설립되었고, 대표자는 A이다.

＜표5＞ 쟁점매입처의 사업자등록 기본사항

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(다) 조사청은 2022.8.16.∼2022.9.27. 기간 동안 세무조사를 실시한 결과, 쟁점세금계산서가 고액인데도 하도급계약서를 작성하지 않았고, 대금 수령내역도 확인되지 않는 등 쟁점거래를 가공거래로 보아, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 확정하였다. 쟁점매입처의 대표자인 A은 쟁점매입처의 계약체결, 세금계산서 발급·수취 업무의 최종 결재권자는 본인이고, 업무를 총괄하였으며, 쟁점매입처의 사업용계좌도 자신이 관리하였다고 진술하였다. 또한 A은 청구법인에게 발급한 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라고 진술하였고, 쟁점세금계산서 외 나머지 소액거래는 전부 실제 존재하는 거래라고 답하였으며, 처분청에 제출한 확인서에 의하면, 청구법인에게 발급한 세금계산서 중 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서라고 기재되어 있다.

(라) 처분청은 조사청의 과세자료 통보에 따른 청구법인에 대한 세무조사 결과, 아래 ＜표6＞과 같이 청구법인이 쟁점매입처로부터 수취한 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아, 2024.10.14. 청구법인에게 2021사업연도 법인세 OOO원, 2021년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였고, 쟁점세금계산서의 공급대가 OOO원 중 OOO원을 대표자 상여로 소득금액변동통지를 하였다.

＜표6＞ 쟁점세금계산서 내역

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(마) 청구법인은 쟁점세금계산서의 공급대가 OOO원 중 OOO원은 미지급금으로, OOO원은 보통예금에서 출금하는 회계처리를 하였고, 청구법인의 미지급금 반제금액 OOO원 중 쟁점매입처에게 OOO원을, OOO(대표자 D)에게 OOO원을 각 지급하였다.

＜표7＞ 청구법인의 금융거래내역

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＜표8＞ 쟁점세금계산서 관련 요약

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(바) 쟁점세금계산서 중 2021.10.1.자 공급대가 OOO원의 거래라며 ① OOO 전시관 공사, ② 거제 OOO 공사, ③ 김해 OOO 공사의 아래 견적서 3개를 제시하였는데, ① OOO 전시관 공사와 관련하여, 청구법인은 2021.8.31. 주식회사 A 사이에 OOO 전시관 공사계약을 체결하였고, 쟁점매입처와의 견적서상 공사금액은 OOO원이나 자필로 ‘협의가 OOO원(부가가치세 별도)’이라고 기재되어 있다. ② 거제 OOO 공사와 관련하여, 청구법인은 2021.9.24. OOO 사이에 인테리어 도급계약을 체결하였고, 쟁점매입처와의 견적서상 공사금액은 OOO원이나 자필로 ‘협의가 OOO원(부가가치세 별도)’이라고 기재되어 있다. ③ 김해 OOO 공사와 관련하여, 청구법인은 김해 OOO 공사를 체결하였고, 쟁점매입처와의 견적서에 의하면, 쟁점매입처의 공사금액은 OOO원이나 자필로 ‘협의가 OOO원(부가가치세 별도)’이라고 기재되어 있다.

(사) 청구법인과 쟁점매입처 사이의 견적서상 금액과 자필로 기재된 협의가액을 비교한 내용은 아래 ＜표9＞와 같다.

＜표9＞ 쟁점세금계산서 관련 견적서 내용

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(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 견적서, 도급계약서 등으로 확인되는 바와 같이 쟁점거래가 실제로 존재하는 거래라고 주장하나, 공사견적서상의 금액(OOO원)이 쟁점세금계산서상의 금액(OOO원)과 서로 다르고, 공사견적서에는 부동문자가 아닌 자필로 공사금액이 수정(OOO원)되어 있으며, 이는 당사자의 서명 등이 없어 이를 신뢰하기 어려운 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

다만, A이 처분청의 세무조사 과정에서 한 진술에 의하면 쟁점거래 중 일부는 실제 거래라고 인정하고 있는 점, 청구법인이 제출한 공사견적서와 세금계산서 수취내역 및 청구법인이 쟁점매입처에게 입금한 내역 등으로 보아 실제 거래가 있었던 것으로 보이는 점, 처분청은 쟁점매입처의 대표자인 A의 진술 외에는 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라는 직접적인 증거를 제출하지 않은 점 등에 비추어, 처분청은 청구법인이 쟁점매입처에게 송금한 OOO원을 실제 거래금액으로 보아 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.