이유
1. 처분개요

가. 청구인은 2001.5.17. 서울특별시 OOO 다가구주택(이하 “양도주택”이라 한다)를 취득하고, 2020.11.9. 이를 양도하였는바, 청구인의 배우자인 A은 2002.11.28. 사망(이하 “피상속인”이라 한다)하였고, B는 청구인과 피상속인의 자녀이다.

나. 피상속인은 사망 당시 강원특별자치도 OOO 대 565㎡, 같은 리 450-1 전 7,174㎡, 같은 리 453-2 전 7,557㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 지상 목조주택 73.5㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)와 OOO(이하 “상속주택”이라 한다)를 소유하고 있었는데, B는 2002.11.28. 상속재산 협의분할로 쟁점부동산과 상속주택을 취득하였다.

다. 이후 청구인은 2015.1.26. B와 합가하였고, 청구인과 B는 아래 ＜표1＞과 같이 3주택(양도주택, 상속주택, 쟁점부동산)을 보유하게 되었는바, 2020.11.9. 양도주택을 OOO원에 양도한 후, 쟁점부동산이 「소득세법 시행령」 제155조 제4항 및 제7항 제1호(이하 “쟁점특례규정”이라 한다)의 ‘상속받은 주택(피상속인이 취득 후 5년 이상 거주한 사실이 있는 경우에 한한다)’에 해당하므로 양도주택은 1세대1주택 비과세 규정이 적용된다고 보아, 처분청에 양도소득세를 신고하지 않았다.

＜표1＞ 청구인 세대의 주택보유내역

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라. 처분청은 피상속인이 1991.2.19. 피상속인의 부친인 C으로부터 쟁점부동산을 상속받았고, 피상속인은 쟁점부동산에서 5년 이상 거주하지 않았으므로 쟁점특례규정이 적용되지 않는다고 보아, 2024.11.8. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정·고지하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2024.11.27. 이의신청을 거쳐, 2025.4.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 피상속인의 쟁점건물 취득시기는 피상속인의 부친인 C의 사망일인 1991.2.19.이 아닌 피상속인이 쟁점토지를 취득한 날인 1954.6.22.로 보아야 한다. 피상속인이 1954.6.22. 쟁점토지를 취득한 사실이 등기부등본에 의해 확인되나, 쟁점건물은 등기가 되어 있지 않아 구체적인 취득시기를 확인할 수 없다. 다만, 쟁점건물의 취득시기는 쟁점토지와 같은 날인 1954.6.22.로 보는 것이 합리적이다. 쟁점건물의 건축물대장에 의하면, 쟁점건물의 사용승인일이 1962년이나, 1938년생인 피상속인의 출생지가 같은 장소인 점에 비추어 보면, 쟁점건물은 1938년 이전에 신축된 것으로 추정된다. 이에 처분청은 기존 건물을 멸실하고, 쟁점건물을 신축하는 등 제적등본만으로 1938년에 쟁점건물이 존재하였다고 단정할 수 없다는 의견이나, 초가집이었던 쟁점건물은 피상속인이 1962년 OOO초등학교 교사로 부임할 당시 지붕의 함석부분만 개량하였을 뿐 멸실하거나 새롭게 신축한 사실이 없다. 따라서 쟁점건물의 취득시기는 쟁점토지의 취득시기인 1954.6.22.로 보아야 하고, 피상속인은 출생일(1938.2.22.)부터 전출일(1970.8.14.)까지 쟁점건물에 거주하였음이 주민등록상 확인되므로 쟁점특례규정의 5년 거주요건을 충족한 것으로 보아야 한다.

(2) 건축물대장상 쟁점건물의 소유자는 피상속인의 부친인 C으로 기재되어 있으나, 이는 재산세를 부과하기 위한 것으로 실질소유자는 피상속인으로 보아야 한다. 「지방세법」 제107조 제3항에 따르면, 재산세 납세의무자 지정 시 당해 건물 소유권의 귀속이 불분명한 경우 그 사용자에게 재산세를 부과한다고 규정하고 있는데, 쟁점건물도 최초 건축물대장 작성 시 관할청은 실제 소유자를 확인하지 않고, 쟁점건물에 거주하였던 피상속인의 부친인 C을 소유자로 기재한 것으로 보인다. 쟁점건물의 건축물대장은 1982년 미등기건물 일괄 정리 시 작성된 것으로 보이고, 당시 쟁점건물에 홀로 거주하였던 C을 쟁점건물의 소유자로 기재하였을 가능성이 높다. 청구인이 관할청에 전화로 문의한 결과, 쟁점건물의 위 건축물대장 작성 이전의 가옥대장은 존재하지 않는다고 답변받았고, 건축물대장상 건축허가일이 1962년지만 실제 신축연도가 맞는지 확실하지 않다고 답변하였다.

(3) 설령, 피상속인의 쟁점건물 취득시점을 상속개시일(1991.2.19.)로 보더라도, 쟁점특례규정의 거주기간 계산은 동일 세대원이었던 피상속인과 그 부친인 C의 거주기간을 통산하여 계산하여야 한다. 국세청 질의회신(부동산거래관리과-764, 2010.6.3.)에 따르면, 1세대1주택 판정 시 양도일 현재 같은 세대원이 주택과 그 부수토지를 각각 소유하고 있는 경우, 당해 주택 부수토지의 1세대1주택 보유기간 및 거주기간 계산은 같은 세대원으로서 함께 보유하였거나 거주한 기간만을 통산하여 「소득세법」 제89조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제154조 제1항을 적용한다고 해석하였다. 쟁점특례규정의 거주기간도 피상속인과 그 부친인 C이 같은 세대원으로서 쟁점건물에 거주한 기간을 통산하여야 한다. 1세대1주택 판정시 일정한 거주요건을 두는 것은 부동산 취득목적이 투기가 아닌 거주목적에 해당하는 경우에 혜택을 부여하기 위한 것으로, 위 유권해석은 1세대1주택을 판정하기 위한 법 조항 내에서는 동일하게 적용되어야 한다. 따라서 피상속인과 C이 같은 세대원으로 쟁점건물에 거주한 기간은 1962년(건축물대장상 신축시점)부터 1970년(C의 전출시점)까지이므로 쟁점특레규정의 5년 이상 거주요건은 충족하였다.

나.처분청 의견

(1) 피상속인이 쟁점주택을 취득한 시기는 상속개시일인 1991.2.19.로 보아야 한다. 청구인은 피상속인이 1954.6.22. 쟁점토지를 취득하였으므로, 같은 시기에 쟁점건물도 취득하였다고 주장하나, 이를 뒷받침할 만한 증빙이나 근거서류를 제시하지 않았고, 피상속인이 쟁점토지를 취득할 당시 16세였으며, 함께 거주하던 피상속인의 부친인 C이 44세의 세대주였음을 고려하면 쟁점토지 소유자가 피상속인이라는 사실만으로 쟁점건물의 소유자까지 피상속인이라고 단정할 수 없다. 또한, 피상속인이 1954년부터 1970년까지 실거주했으므로 그 소유자가 피상속인이라고 주장하나, 당시 미성년자(16세)였던 피상속인이 쟁점토지와 쟁점건물을 증여받은 것으로 추정하기보다 쟁점건물의 건축물대장상 사용승인일인 1962년 당시 소유자인 피상속인의 부친인 C이 쟁점건물의 소유자라고 판단하는 것이 합리적이다.

(2) 사실관계가 불분명한 경우에는 공부상의 등재내용에 따라 판정하여야 한다. 청구인은 건축물대장과 달리 쟁점건물의 실제 소유자는 피상속인이라고 주장하나, 무허가주택의 실질소유자를 판단함에 있어서 사실상 소유자가 확인되지 않는 경우에는 공부상 소유자로 판단하여야 하고(조심 2011서277, 2011.6.3.), 건축물대장상 쟁점건물의 사용승인일은 1962년으로 확인되며, 그 소유자는 1991.2.19.까지 C이다. 피상속인은 1991.2.19. C의 사망으로 쟁점건물을 상속받았고, 주민등록상 피상속인은 1982.7.9. 이후 쟁점건물에서 거주한 사실도 없다. 사실관계가 불분명한 경우에는 과거 작성된 공부상 내용을 신뢰할 수밖에 없고 공부상의 등재내용과 사실상의 현황이 다른 경우 이에 대한 입증책임은 그 다름을 주장하는 청구인에게 있다. 청구인은 이를 입증할 수 있는 객관적 증빙자료를 제출하지 못하였으므로 C이 사망하여 상속이 개시되기 전까지는 쟁점건물의 소유자는 C으로 보아야 한다. 피상속인이 C의 사망일인 1991.2.19. 쟁점건물을 취득하였고, 1982.7.9. 이후 쟁점건물에 거주한 사실이 없으므로 청구인은 쟁점특례규정을 적용할 수 없고, 이를 전제로 한 처분청의 2020년 귀속 양도소득세 과세처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산이 「소득세법 시행령」 제155조 제7항 제1호의 ‘피상속인이 취득 후 5년 이상 거주’ 요건을 충족하는 상속받은 농어촌주택에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득

2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 발생하는 소득

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

(2) 소득세법 시행령

제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일(주택의 매매계약을 체결한 후 해당 계약에 따라 주택을 주택 외의 용도로 용도변경하여 양도하는 경우에는 해당 주택의 매매계약일을 말한다. 이하 이 항에서 같다) 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

1. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간건설임대주택이나 「공공주택 특별법」에 따른 공공건설임대주택 또는 공공매입임대주택을 취득하여 양도하는 경우로서 해당 임대주택의 임차일부터 양도일까지의 기간 중 세대전원이 거주(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 거주하지 못하는 경우를 포함한다)한 기간이 5년 이상인 경우

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 이 경우 가목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다.

가. 주택 및 그 부수토지(사업인정 고시일 전에 취득한 주택 및 그 부수토지에 한한다)의 전부 또는 일부가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우

나. 「해외이주법」에 따른 해외이주로 세대전원이 출국하는 경우. 다만, 출국일 현재 1주택을 보유하고 있는 경우로서 출국일부터 2년 이내에 양도하는 경우에 한한다.

다. 1년 이상 계속하여 국외거주를 필요로 하는 취학 또는 근무상의 형편으로 세대전원이 출국하는 경우. 다만, 출국일 현재 1주택을 보유하고 있는 경우로서 출국일부터 2년 이내에 양도하는 경우에 한한다.

3. 1년 이상 거주한 주택을 기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 양도하는 경우

5. 거주자가 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우로서 해당 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우

⑧ 제1항에 따른 거주기간 또는 보유기간을 계산할 때 다음 각 호의 기간을 통산한다.

1. 거주하거나 보유하는 중에 소실·무너짐·노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택인 경우에는 그 멸실된 주택과 재건축한 주택에 대한 거주기간 및 보유기간

2. 비거주자가 해당 주택을 3년 이상 계속 보유하고 그 주택에서 거주한 상태로 거주자로 전환된 경우에는 해당 주택에 대한 거주기간 및 보유기간

3. 상속받은 주택으로서 상속인과 피상속인이 상속개시 당시 동일세대인 경우에는 상속개시 전에 상속인과 피상속인이 동일세대로서 거주하고 보유한 기간

⑪ 법 제89조 제1항 제3호 나목에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 제155조에 따른 1세대1주택의 특례에 해당하여 이 조를 적용하는 주택을 말한다.

제155조(1세대1주택의 특례) ④ 1주택을 보유하고 1세대를 구성하는 자가 1주택을 보유하고 있는 60세 이상의 직계존속(다음 각 호의 사람을 포함하며, 이하 이 조에서 같다)을 동거봉양하기 위하여 세대를 합침으로써 1세대가 2주택을 보유하게 되는 경우 합친 날부터 10년 이내에 먼저 양도하는 주택은 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.

1. 배우자의 직계존속으로서 60세 이상인 사람

2. 직계존속(배우자의 직계존속을 포함한다) 중 어느 한 사람이 60세 미만인 경우

3. 「국민건강보험법 시행령」 별표 2 제3호 가목 3), 같은 호 나목 2) 또는 같은 호 마목에 따른 요양급여를 받는 60세 미만의 직계존속(배우자의 직계존속을 포함한다)으로서 기획재정부령으로 정하는 사람

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택으로서 수도권 밖의 지역 중 읍지역(도시지역안의 지역을 제외한다) 또는 면지역에 소재하는 주택(이하 이 조에서 “농어촌주택”이라 한다)과 그 밖의 주택(이하 이 항 및 제11항부터 제13항까지에서 “일반주택”이라 한다)을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 일반주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 다만, 제3호의 주택에 대해서는 그 주택을 취득한 날부터 5년 이내에 일반주택을 양도하는 경우에 한정하여 적용한다.

1. 상속받은 주택(피상속인이 취득 후 5년 이상 거주한 사실이 있는 경우에 한한다)

2. 이농인(어업에서 떠난 자를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)이 취득일후 5년이상 거주한 사실이 있는 이농주택

3. 영농 또는 영어의 목적으로 취득한 귀농주택

(3) 주택법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “주택”이란 세대(世帶)의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지를 말하며, 단독주택과 공동주택으로 구분한다.

2. “단독주택”이란 1세대가 하나의 건축물 안에서 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 주택을 말하며, 그 종류와 범위는 대통령령으로 정한다.

(4) 건축법

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “건축물”이란 토지에 정착(定着)하는 공작물 중 지붕과 기둥 또는 벽이 있는 것과 이에 딸린 시설물, 지하나 고가(高架)의 공작물에 설치하는 사무소ㆍ공연장ㆍ점포ㆍ차고ㆍ창고, 그 밖에 대통령령으로 정하는 것을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구인은 2001.5.17. 양도주택을 취득하였는데, 이후 피상속인은 2002.11.28. 사망하였고, 그 상속인으로 아래 ＜표2＞와 같이 청구인, B, D, E가 있다. 피상속인은 사망 당시 쟁점부동산과 상속주택을 소유하고 있었는데, B는 2002.11.28. 청구인과 상속재산 협의분할하여 쟁점부동산과 상속주택을 상속을 원인으로 취득하였다.

＜표2＞ 청구인 등 기초사항

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(나) 청구인은 2015.1.26. B와 합가하였고, 청구인과 B 세대는 아래 ＜표3＞과 같이 3주택(양도주택, 상속주택, 쟁점부동산)을 보유하게 되었다.

＜표3＞ 청구인 세대의 주택보유내역

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(다) 청구인은 2020.11.9. 양도주택을 OOO원에 양도하면서, 쟁점부동산이 쟁점특례규정의 ‘상속받은 주택(피상속인이 취득 후 5년 이상 거주한 사실이 있는 경우에 한한다)’에 해당하므로 양도주택은 1세대1주택 비과세 규정이 적용된다고 보아, 처분청에 양도소득세를 신고하지 않았다. 이에 처분청은 피상속인이 1991.2.19. 피상속인의 부친인 C으로부터 쟁점부동산을 상속받았고, 피상속인은 쟁점부동산에 5년 이상 거주하지 않았으므로 쟁점특례규정이 적용되지 않는다고 보아, 2024.11.8. 청구인에게 아래 ＜표4＞와 같이 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정·고지하였다.

＜표4＞ 청구인의 2020년 귀속 종합소득세 결정내역

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(라) 피상속인의 제적등본에 의하면, 피상속인은 1938.2.15. 강원도 OOO에서 출생하였고, B, F를 자녀로 두고 있다. 피상속인의 주민등록초본에 의하면, ‘OOO’에서 ‘OOO’로 1970.8.14. 전입하였고, 이후 1982.3.20. ‘OOO’에 전입하여 1982.7.9. 전출하였다. C의 주민등록표는 1968.10.20. 수기로 최초 작성하였고, 피상속인은 ‘OOO’에서 1938년 출생하여 1970.8.14. 전출하였다고 기재되어 있다.

(마) 건축물대장에 의하면, 쟁점건물의 건축허가일은 1962년이고, 구조는 목조아연, 용도는 주택, 소유자란에 피상속인의 부친인 C이라고 기재되어 있다. 청구인은 쟁점건물 사진을 제출하였는데, 사진에서 보이는 건물은 바닥이 갈라졌고, 벽을 지지하기 위해 임시 지지대가 세워졌고, 나무로 된 자재가 외부로 나와 있다.

(바) 쟁점건물은 OOO으로부터 2022년 6월경 건축물 해체신고 수리를 받았는데, 그 내용은 2022.6.21.∼2022.7.14. 기간 동안 쟁점건물의 해체기간으로 한다고 기재되어 있다. 처분청은 2022.3.17. 봉편면장에게 쟁점건물의 무허가건출 확인요청을 하였고, 2023.3.18. 봉편면장으로부터 ‘쟁점건물은 1962년 C 소유였으나, 1991.2.19. 피상속인이 호주사망승계하였고, 2002.11.28. B가 호주승계하였다’는 내용의 회신을 받았다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 피상속인이 1954년에 쟁점부동산을 취득하였고, 취득 시부터 거주하였으므로 ‘피상속인이 취득 후 5년 이상 거주’ 요건을 충족한다고 주장하나, 건축물대장상 쟁점건물의 사용승인일은 1962년이고, 당시 소유자가 피상속인의 부친인 C으로 기재되어 있는 점, 피상속인은 C의 사망일인 1991.2.19. 쟁점부동산을 상속을 원인으로 취득하였고, 피상속인은 주민등록상 1982.7.9. 이후 쟁점부동산에서 거주한 사실이 없으므로 「소득세법 시행령」 제155조 제4항 및 제7항 제1호의 ‘상속받은 주택(피상속인이 취득 후 5년 이상 거주한 사실이 있는 경우에 한한다)’에 해당하지 않는 점, 청구인이 제시한 질의회신(부동산거래관리과-764, 2010.6.3.)은 1세대1주택 비과세 규정의 적용 여부를 판단할 때, 양도일 현재 동일 세대원이라는 전제로 해석한 것이므로, 이 건에 적용하기 어려운 점, 설령, 피상속인이 쟁점건물을 취득한 이후 쟁점부동산에서 5년 이상 거주하였다고 하더라도, 쟁점특례규정은 1세대 2주택을 전제로 하였고, 1세대 3주택인 경우에는 적용할 수 없으므로 3주택을 소유한 청구인 세대는 1세대1주택 비과세 규정을 적용받을 수 없는 것인 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.