이유
1. 처분개요
가. 청구법인은 2021.11.29. 광주광역시 남구OOO외 19필지 16,874.5㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 매매로 취득한 후, 같은 날 처분청으로부터 이 건 토지의 취득이 「지방세특례제한법」 제11조 제1항에 따른 농업회사법인이 영농에 직접 사용하기 위하여 취득한 것으로 하여 취득세의 100분의 75를 경감받고, 나머지 취득세 등을 처분청에 신고·납부하였다.
나. 처분청은 2025.2.10. 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 감면유예기간(1년) 이내에 영농에 직접 사용하지 않아 「지방세특례제한법」제11조 제3항 제1호에 따른 추징사유에 해당한다고 보아 기 경감한 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 청구법인에게 부과·고지하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.3.21. 이의신청을 거쳐 2025.8.28. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
청구법인은 이 건 토지에 대하여 폐기물 처리, 배수로 및 관로 공사, 자재 매입 등 농지 조성에 필요한 준비작업을 진행하였고, 뽕나무 식재 및 제초작업 등 실제 영농활동을 수행하였음에도 불구하고 회계처리가 미흡하여 일부 비용이 누락된 것에 불과함에도 불구하고 이를 사유로 청구법인이 이 건 토지를 영농에 직접 사용하지 않은 것으로 보는 것은 실질과세원칙에 위배된다.
또한, 청구법인이 재배한 다년생 작물은 생육 특성상 초기 수익 발생이 어렵고, 제초 및 예초작업 등 유지관리가 영농활동의 핵심임에도 불구하고, 법인장부에 비용이 반영되지 않았다는 사유만으로 직접 사용이 부정된 것은 직접 사용에 관한 법리를 오해한 것으로서 위법하다.
나아가, 이 건 토지에 대한 이 건 취득세 등을 추징하면서 영농에 직접 사용하지 않은 면적을 구체적으로 특정하지 못한 것은 조세법률주의 원칙에 반하는 처분이라 할 것이다.
설사, 처분청의 주장을 일부 인정한다고 하더라도, 이 건 토지는 단순히 농업활동이 이루어지지 않은 상태에 해당할 뿐, 농지 외의 다른 용도로 사용한 것으로 볼 수가 없고, 처분청이 이를 입증할 객관적인 증빙 등을 제출한바가 없으며, 청구법인은 농업경영체 등록 및 관할 행정청의 실태조사를 통해 영농활동을 인정받은바가 있으므로 처분청이 청구법인의 이 건 토지에 대하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.
나. 처분청 의견
「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」(이하 “농어업경영체법”이라 한다) 제19조 제1항에서 농업의 경영이나 농산물을 유통·가공·판매 등을 기업적으로 하려는 자가 농업회사법인을 설립할 수 있도록 규정하고 있는바, 이러한 법령 체계상 「지방세특례제한법」제11조의 ‘영농에 사용하기 위하여 취득하는 부동산’이란, 해당 농업법인이 기업적으로 농산물을 재배하거나 수확한 농산물을 출하·유통 및 가공하는 데 사용하는 부동산을 의미하는 것으로 해석함이 타당하다(조심 2017지827, 2017.9.19. 결정 등)할 것이고, ‘직접 사용’의 의미를 볼 때 단순한 준비행위나 형식적 행위가 아니라 실질적이고 구체적인 영농활동을 말한다고 볼 수 있다(조심 2023지2008, 2023.8.18. 결정 등).
청구법인이 제출한 증빙자료는 토지정비 및 일부 묘목 식재에 관한 비용일 뿐, 농업회사법인으로서 실질적인 경작활동을 입증할 만한 장부, 매출, 농자재 내역 등이 확인되지 아니한다. 또한 유예기간 내 수확물 매출이 전혀 없고, 이후 발생한 매출 역시 기존 수목에서 비롯된 것으로 보여 신규 식재와의 관련성이 인정되기 어렵다. 또한 국립농산물품질관리원의 농업경영체 등록은 농업정책의 집행을 위한 정보 등록에 불과하며, 등록확인서에 자경으로 등재되었다는 사정만으로 청구법인이 이 건 토지를 직접 경작하였다고 단정할 수 없다. 광주광역시 동구청의 농업법인 실태조사는 단순한 자료제출 요청 및 현장조사 예고에 불과하고, 그 결과에 대한 통지가 없었으며, 농업경영체 등록이 취소되지 않았다는 사정만으로 직접 경작 여부를 인정할 수는 없으므로 처분청이 청구법인의 이 건 토지에 대하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 적법하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 감면유예기간(1년) 이내에 영농에 직접 사용하지 않은 것으로 보고 이 건 취득세 등을 부과한 처분의 당부
나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.
(가) 청구법인이 제출한 법인등기를 보면, 청구법인은 2021.11.19. 집단재배 및 공동작업에 관한 사업, 농업에 관련된 공동이용시설의 설치 및 운영, 농작물의 유통, 가공 판매업 등을 목적사업으로, 광주광역시 동구 독립로 286을 본점소재지로 하여 설립된 것으로 확인된다.
(나) 청구법인은 2022.10.28. 국립농산물품질관리원장으로부터 아래와 같이 농업경영체 등록확인서를 발급받았다.
○○○
(다) 청구법인은 2021.11.29. 이 건 토지를 매매로 취득한 후, 같은 날 처분청으로부터 이 건 토지의 취득이 「지방세특례제한법」 제11조 제1항에 따른 농업회사법인이 영농에 사용하기 위하여 취득한 것으로 하여 취득세의 100분의 75를 경감받고, 나머지 취득세 등을 처분청에 신고·납부하였다.
(라) 청구법인의 이 건 토지는 2021.12.20. 합병을 사유로 하여 광주광역시OOO로 지적공부가 정리되었다.
(마) 처분청이 2024.6.14. 이 건 토지에 출장한 후 작성한 결과보고서를 보면 아래와 같이 기재되어 있다.
○○○
(바) 처분청이 2024.12.11. 이 건 토지에 출장한 후 작성한 결과보고서를 보면 아래와 같이 기재되어 있다.
○○○
(사) 청구법인이 제출한 자료를 보면 이 건 농지의 정비를 위한 덩굴제거 등을 한후 폐기물처리를, 배수로 및 관로공사를 위하여 장비임대를, 배수로 공사를 위하여 PE이중벽관을, 토사 유식지역 보수작업하기 위하여 모래구입을 한 후 아래와 같이 비용이 발생하였다고 주장하며, 전자세금계산세를 제출하였고, 청구법인이 그 외 비용이 발생한 것과 관련하여는 별도 장부 등을 제출한바가 없다.
○○○
(아) 청구법인은 이 건 토지에 식재하기 위하여 뽕나무를 구입한 후 그 구입비용을, 이 건 토지에서 뽕나무 실제 및 제초 작업 등을 위하여 인건비를 아래와 같이 지급하였다고 주장하며, 수기영수증을 우리원에 제출하였고, 청구법인이 수기영수증 발급사유에 대하여는 청구법인 설립초기 회계처리가 미흡하여 회계상 기재가 단순누락된 것이라고 주장하고 있다.
○○○
(자) 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 오디나무 등을 식재하였다고 주장하며 2022년 2월 촬영한 것으로 보이는 네이버 포탈의 거리뷰를 제출하였다.
(차) 광주광역시는 ‘2024년 농업법인 관리 및 세제혜택 특정감사’를 한 후 처분청에 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 감면유예기간(1년) 이내에 영농 목적으로 사용하지 않은 것으로 보아 추징하라고처분청에 결과 통보를 한 것으로 확인된다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.
「지방세특례제한법」제11조 제1항에서 농업회사법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 농지에 대하여는 취득세의 100분의 75를 경감한다고 규정하고 있고, 같은 조 제3항 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 및 같은 조 제2호에서 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 경감한 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.
청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 감면유예기간(1년) 이내에 영농에 직접 사용하였으므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분이 취소되어야 한다고 주장하나,「지방세특례제한법」제11조 제1항 등에 의한 농업회사법인이 영농에 직접 사용한 경우라 함은 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」제3조 제1호 및 같은 법 시행령 제2조에서 규정하는 바와 같이 농작물 재배업ㆍ축산업ㆍ임업 등을 직접 경영하는 것을 말하는 것으로서 사전적으로도 농작물을 효율적으로 재배하고 이를 수확하는 활동을 의미하는 것으로 볼 수 있는바(조심 2021지5644, 2022.12.13. 외 다수, 같은 뜻임), 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 객관적으로 청구법인이 직접 비용을 지출한 것으로 입증할 수 있는 것은 단지 4건에 불과하고, 나머지 비용지출은 수기 영수증으로 입증되는 건으로 객관적 자료로 보기가 어려우며, 매출은 전혀 없었던 것으로 확인되는 점, 처분청이 이 건 토지에 2차례 이상 출장한 후 작성한 결과보고서의 현황 사진을 보면 이 건 토지의 대부분이 잡풀 등이 무성한 상태인 것으로 확인되어 농작물을 효율적으로 재배한 것으로 보이지 않는 점 등에 비추어, 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 감면유예기간(1년) 이내에 영농에 직접 사용하였다고 볼 수가 없으므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
＜별지＞ 관련 법령
(1) 지방세특례제한법
제11조(농업법인에 대한 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농업법인 중 경영상황을 고려하여 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)이 대통령령으로 정하는 기준에 따라 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내(대통령령으로 정하는 청년농업법인의 경우에는 4년 이내)에 취득하는 농지, 관계 법령에 따라 농지를 조성하기 위하여 취득하는 임야 및 제6조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 대해서는 취득세의 100분의 75를 2023년 12월 31일까지 경감한다.
1. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제16조에 따른 영농조합법인
2. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제19조에 따른 농업회사법인
② 농업법인이 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2023년 12월 31일까지 경감한다.
③ 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 5년 미만인 상태에서 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제20조의3에 따라 해산명령을 받은 경우
(2) 지방세특례제한법 시행령
제5조의2(농업법인의 기준 등) ① 법 제11조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 법인"이란 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제4조 제1항에 따라 농업경영정보를 등록(이하 이 조에서 "농업경영정보 등록"이라 한다)한 농업법인(설립등기일부터 90일 이내에 농업경영정보 등록을 한 농업법인을 포함한다)을 말한다.
② 법 제11조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기준"이란 농지, 임야 및 농업용 시설의 소재지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역(개발제한구역과 녹지지역은 제외한다) 외의 지역인 것을 말한다.