이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2019.11.5. A 주식회사(이하 “A”라 한다)로부터 연료전지 사업부문을 물적분할하여 설립된 법인으로, 동 사업부문과 관련한 경상북도 포항시 OOO외 2필지 토지 195,815㎡ 및 건축물 57,496.67㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득한 후, 2019.12.6. 쟁점부동산의 감정평가액 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 쟁점부동산을 물적분할로 취득하였으므로 이에 대한 취득세 과세표준을 감정평가액이 아닌 법인장부가액 OOO원으로 보아야 한다고 주장하면서, 2024.12.26. 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.2.25. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.3.14. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

「지방세법」제10조 제5항 제3호 및 같은 법 시행령 제18조 제3항 제2호에 따르면, 법인장부에 따라 취득가격이 증명되는 취득의 경우 사실상의 취득가격을 취득세의 과세표준으로 하도록 정하고 있고, 여기서 사실상의 취득가격은 법인의 장부상 가액, 즉 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서상의 가액을 말한다. 또한, 지방세법령 어디에도 적격분할과 비적격분할로 인한 취득에 있어서 취득세의 과세표준을 달리 본다는 내용은 없다.

지방세법령을 소관하는 행정자치부(현 행정안전부)가 발간한 2016년도 시행 지방세법령 적용요령에 따르면 물적분할로 인한 취득의 경우 과세표준을 법인장부가액으로 하도록 하고 있고, 최근에도 행정안전부가 동일한 취지로 유권해석(행정안전부 부동산세제과-3447, 2021. 12. 23.)을 한 바 있다.

청구법인은 한국채택국제회계기준에 따라 재무제표를 작성하는데, 한국채택국제회계기준에서는 분할의 회계처리에 대한 기준을 명시적으로 제공하고 있지 않으므로, 한국채택국제회계기준을 적용하는 기업들은 물적분할에 관한 회계처리에 관하여 일반기업회계기준상의 회계처리방법, 즉 장부금액법을 사용하고 있다.

일반기업회계기준 제32장 동일지배거래(한국회계기준원 회계기준위원회, 2018. 9. 21. 의결) 32.15 문단에 따르면, 기업은 자신의 사업 전부나 일부 사업을 분할하여 새로운 기업에 이전할 때 자신의 장부금액으로 이전하며, 새로운 기업은 이전 받은 사업에 대하여 분할한 기업의 장부금액으로 인식하도록 규정하고 있다.

청구법인은 상기 회계처리 기준에 근거하여 법인장부를 작성하였고, 청구법인의 2019년 12월 31일로 종료하는 사업연도의 재무제표에 관하여 외부감사인인 삼정회계법인으로부터 동 재무제표가 한국채택국제회계기준에 따라 중요성의 관점에서 공정하게 표시하고 있다는 적정의견을 받았다.

청구법인이 물적분할로 인하여 분할법인으로부터 승계 받은 부동산에 관하여 기업회계기준에 따라 분할법인의 장부가액으로 이를 인식하였으며 이는 타당한 회계처리이다. 이에 지방세법령의 문언과 행정안전부의 유권해석에 따라 물적분할을 원인으로 취득한 자산의 취득세 과세표준은 사실상의 취득가액, 즉 청구법인의 법인장부에 기재된 금액으로 하는 것이 타당하다.

조세심판원 사건(조심 2021지5724, 2022.12.5., 조심 2021지5755, 2022.12.29. 결정)에서도 물적분할로 취득한 부동산에 관한 취득세 과세표준은 법인장부상의 가액으로 한다고 결정한바 있으므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

물적분할은 분할로 인하여 새로운 법인이 설립되면서 분할존속법인의 일부 분리독립 가능한 사업부분을 승계 받고 이에 대한 대가로 주식을 분할존속법인에게 교부하는 방식으로 이루어지는 것인바, 청구법인이 물적분할로 인하여 승계한 쟁점부동산에 대한 대가로 주식을 교부하는 경우에는 쟁점부동산의 취득과 주식의 교부는 서로 대가관계에 있다고 보아야 할 것이다.

청구법인의 분할법인 자산 취득은「법인세법」에 따른 적격·비적격 분할 여부와 상관없이 자산의 유상 취득으로 볼 수 있고, 자산의 취득시기는 청구법인이 분할법인으로부터 분할 신설된 분할등기일(2019.11.5.)로 보아야 할 것이므로, 과거 이 건 자산의 최초 취득시기에 법인장부에 기재된 가액을 청구법인의 사실상의 취득가격으로 보고 과세표준을 적용하는 것은 타당하지 않으며, 분할 당시 취득 자산의 시가를 반영하기 위하여 감정평가기관으로부터 받은 감정평가액이 사실상의 취득가액에 더 부합한다.

또한,「법인세법 시행령」제72조 제2항 제3의2호에 따르면, 물적분할에 따라 분할법인이 취득하는 주식등의 경우 물적분할한 순자산의 시가를 취득가액으로 보고 있고, 분할 상대법인인 분할신설법인이 취득하는 순자산의 취득가액 역시 시가로 보는 것이 타당하다고 할 수 있으며, 비록「법인세법」제46조의3에 따르면 적격분할 시 분할신설법인이 분할법인 등의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 한다고 규정하고 있으나, 이는 어디까지나 법인세법에 따른 과세특례이므로 이를 적용할 수 없으므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

다. 처분청 의견에 대한 청구법인 항변

청구법인과 분할법인은 기업회계기준에 의거 분할등기 시점의 장부가액 기준으로 대가를 산정하여 순자산 취득, 주식의 발행을 하였는 바, 동 대가는 명백히 분할법인 최초 취득시점이 아닌 분할등기 시점에 산정된 것이므로, 분할법인의 최초 취득시기에 법인장부에 기재된 가액이 대가로 산정된 것이라는 처분청의 주장은 사실과 다르다.

청구법인은 물적분할에 따라 분할법인으로부터 법인장부금액 기준으로 총 OOO원 상당의 순자산을 이전받았고, 이에 청구법인은 분할법인에게 액면금액 주당 OOO원의 주식 총 10,000,000주를 OOO원에 발행하였으며, 또한, 분할법인은 동일한 금액인 OOO원으로 청구법인으로부터 교부 받은 주식을 취득하였다.

따라서, 청구법인이 쟁점부동산의 취득에 관하여 분할법인에게 교부한 주식이 감정평가액이 아닌 법인장부가액 기준으로 산정된 점에 비추어 분할등기 당시 쟁점부동산의 취득에 소요된 대가관계 측면에서 사실상의 취득가격은 법인장부가액으로 하는 것이 타당하다.

물적분할이「법인세법」상 적격 물적분할이든 비적격 물적분할이든,「법인세법」상의 자산의 취득가액은 시가로서 차이가 없고, 무엇보다도 이는 어디까지나「법인세법」의 규정인바, 「지방세법」상의 과세표준 산정 규정이 명백히 존재함에도 불구하고, 이를 무시하고 그 입법 목적 등이 전혀 다른「법인세법」의 조문을 준용하여「지방세법」상의 취득세 과세표준을 산정해야 한다는 처분청의 주장은 법률 해석 원칙에도 맞지 않으며, 자의적인 주장에 지나지 않는다.

지방세법령 소관 부처의 해석에도 불구하고 처분청은 단순히 감정평가액과 법인장부가액의 차이가 상당하다는 이유만으로「지방세법」상 근거 없이 소관 부처의 해석에 반하는 입장을 고수하고 있으나, 관련 지방세 법령 및 소관부처의 유권해석에 비추어, 물적분할(적격 물적분할이든 비적격 물적분할이든)의 경우 취득세의 과세표준을 법인장부가액으로 하는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 물적분할로 취득한 쟁점부동산의 취득세 과세표준을 법인장부가액이 아닌 감정평가액으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 지방세법

제10조(과세표준의 기준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다.

② 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.

⑤ 다음 각 호의 취득(증여ㆍ기부, 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조 제1항 또는 「법인세법」 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.

3. 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

(2) 지방세법 시행령

제18조(취득가격의 범위 등) ③ 법 제10조 제5항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.

2. 법인장부: 금융회사의 금융거래 내역 또는「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」제6조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서. 다만, 법인장부의 기재사항 중 중고자동차 또는 중고기계장비의 취득가액이 법 제4조 제2항에서 정하는 시가표준액보다 낮은 경우에는 그 취득 가액 부분(중고자동차 또는 중고기계장비가 천재지변, 화재, 교통사고 등으로 그 가액이 시가표준액보다 하락한 것으로 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 인정한 경우는 제외한다)은 객관적 증거서류에 의하여 취득가액이 증명되는 법인장부에서 제외한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2019.11.5. A로부터 연료전지 사업부문을 물적분할(비적격 분할)하여 설립된 법인이다.

(나) 청구법인은 동 사업부문과 관련한 쟁점부동산을 취득한 후, 쟁점부동산의 감정평가액 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등을 신고·납부하였다.

(다) 청구법인은 쟁점부동산을 물적분할로 취득한 부동산이므로 취득세의 과세표준을 감정평가액이 아닌 법인장부가액 OOO원으로 보아야 한다고 주장하면서, 2024.12.26. 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.2.25. 이를 거부하였다.

(라) 청구법인은 물적분할에 따라 분할법인으로부터 법인장부금액 기준으로 총 OOO원 상당의 순자산을 이전받았고, 이에 청구법인은 분할법인에게 액면금액 주당 OOO원의 주식 총 10,000,000주를 OOO원에 발행하였다.

＜청구법인의 2019 사업연도에 관한 감사보고서 내용＞

○○○

＜분할법인의 2019 사업연도에 관한 사업보고서 내용＞

○○○

(마) 일반기업회계기준 제32장 동일지배거래에 의하면, 기업은 자신의 사업 전부나 일부 사업을 분할하여 새로운 기업에 이전할 때 자신의 장부금액으로 이전하며, 새로운 기업은 이전 받은 사업에 대하여 분할한 기업의 장부금액으로 인식하도록 규정하고 있고, 청구법인은 상기 회계처리 기준에 근거하여 법인장부를 작성하였고, 청구법인의 2019년 12월 31일로 종료하는 사업연도의 재무제표에 관하여 외부감사인인 OOO법인으로부터 동 재무제표가 한국채택국제회계기준에 따라 중요성의 관점에서 공정하게 표시하고 있다는 적정의견을 받았다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점부동산에 대한 취득세 과세표준을 감정평가액으로 보아야 한다는 의견이나,「지방세법」제10조 제2항에서 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 하되, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 시가표준액 보다 적을 때에는 시가표준액으로 한다고 규정하고 있고, 같은 조 제5항 제3호에서 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득의 경우 같은 법 제10조 제2항에도 불구하고 사실상 취득가격을 과세표준으로 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제18조 제3항 제2호에서 법인장부란 금융회사의 금융회사의 금융거래 내역 또는「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」제6조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서를 말한다고 규정하고 있는바, 여기서 법인의 장부가액을 사실상 취득가격으로 보고 이를 취득세 과세표준으로 하는 취지는 객관화된 조직체로서 거래가액을 조작할 염려가 적은 법인의 장부가액은 특별히 취득가격을 조작하였다고 인정되지 않는 한 원칙적으로 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성이 있음을 전제로 하는 것 인점, 청구법인은 A로부터 분할한 법인으로서, A는 연료전지 사업부문을 분할하여 청구법인에 이전하면서 자신의 장부금액으로 이전하였고, 청구법인은 이를 반영하여 장부금액으로 인식하였으며, 이러한 회계처리방식은 기업회계기준을 준수한 것으로 이는「지방세법 시행령」제10조 제5항 제3호에 따른 법인장부로 확인되는 사실상 취득가액으로 볼 수 있는 점,「지방세법」에 따르면 법인장부가액이 사실상 취득가격으로 인정되지 않는다고 하여 시가표준액 외의 감정평가액을 취득가격으로 본다는 규정이 없는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점부동산에 대한 취득세 과세표준을 감정평가액으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.