이유
1. 처분개요

가. 청구인은 2020.4.16. 경기도 남양주시 OOO 소재 토지 990㎡(이하 “쟁점토지①”이라 한다) 및 건축물 495㎡을 취득하였고, 2020.4.28. 같은 면 OOO 소재 토지 995㎡(이하 “쟁점토지②”라 하고 쟁점토지①과 합하여 “쟁점토지”라 한다) 및 건축물 498㎡를 취득하고, 쟁점토지에 대한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 이후, 청구인은 쟁점토지는 기부채납을 조건으로 취득한 부동산에 해당하므로,「지방세법」제9조 제2항(이하 “이 건 비과세규정”이라 한다)에 따른 비과세대상에 해당한다는 취지로 2025.2.12. 경정청구(이하 “이 건 경정청구”라 한다)를 제기하였으나, 처분청은 기부채납 여부가 확정되지 아니한 상황에서 쟁점토지를 취득한 것으로 보아 2025.3.26. 이를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.5.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

기부채납의 대상이 되는 부동산의 위치나 면적이 구체적으로 특정된 상태에서 행정관청과 기부채납에 대한 협의가 진행중인 경우에는 그 이후에 취득하여 국가 등에 기부채납한 토지도 기부채납을 조건으로 취득한 토지로서 취득세 비과세대상에 해당된다.

쟁점토지의 경우「개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법」(이하 “개발제한구역법”이라 한다)에 따른 훼손지 정비사업(이하 “이 건 정비사업”이라 한다)의 시행을 목적으로 처분청에 기부채납할 토지이다. 청구인이 이 건 정비사업을 시행하기 위해서는 일정 규모의 토지를 처분청에 기부채납하는 것을 포함하여, 개발제한구역법령에서 정하고 있는 요건에 적합한지 여부를 사전에 처분청 담당자와 충분한 협의를 거칠 수밖에 없다. 실제로도 처분청 담당자와 쟁점토지를 기부채납하기로 하는 등에 협의를 거쳐 2020.3.31. 이 건 정비사업 신청서를 처분청에 제출하였고, 해당 신청서에는 쟁점토지를 포함하여 4필지 총 2,496.43㎡가 기부채납 예정지로 기재되어 있다. 청구인은 이러한 신청 사항을 이행하기 위해 2020.4.16. 및 2020.4.28. 쟁점토지를 취득하였다. 신청 이후에는 개발제한구역법 제4조의2에 따라 처분청은 경기도지사 및 국토교통부장관 등과 협의를 거쳐 2021.6.11. 협의결과를 청구인에게 통보하였다. 해당 공문에는 청구인이 신청한대로 “쟁점토지 기부채납 이행에 만전을 기해주시기 바랍니다”라고 되어 있다.

결국, 이 건 정비사업의 절차나 행정관청의 실무 관행 등을 고려하면, 청구인이 이 건 정비사업 신청서를 제출하기 전에 이미 기부채납과 관련한 협의가 사실상 마무리될 수밖에 없고, 이는 청구인이 제출한 이 건 정비사업 신청서와 처분청의 협의결과 통보에서도 확인된다.

따라서 처분청이 쟁점토지를 기부채납을 조건으로 취득한 부동산이 아니라고 보아 경정청구를 거부한 처분은 사실관계를 오인한 것으로, 위법하다 할 것이다.

나. 처분청 의견

청구인이 이 건 정비사업을 승인받기 전에 쟁점토지가「지방세법」에 따른 취득세 비과세 조건을 충족하기 위해서는 ‘쟁점토지 취득 당시’ 기부채납의 대상이 되는 부동산의 위치나 면적이 구체적으로 특정이 되어야 하고, 이에 관한 협의가 진행 중인 것으로 볼 수 있는 사정이 입증되어야 할 것이다.

그런데 청구인의 경우 2021.6.11. 이 건 정비사업 협의 결과 전까지 쟁점토지의 기부채납에 대한 협의 등을 진행한 증빙자료를 제출하지 않았고, 승인 이전에 쟁점토지에 대해서 기부채납을 조건으로 하는 어떠한 약정이나 협약을 체결한 사실이 확인되지 아니한 점 등을 종합하여 볼 때, 청구인이 쟁점토지를 취득할 당시 처분청으로 기부채납이 예정되어 있는 토지라고 보기 어렵다 할 것이므로 처분청에서 쟁점토지를 이 건 비과세규정 따른 비과세 대상에 해당하지 않는 것으로 보아 경정청구를 거부한 것은 달리 잘못이 없다고 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점토지를 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산으로 보아 이 건 비과세규정에 따른 취득세 비과세대상으로 인정해야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 등기부등본(2025.7.19. 발급)에 따르면, 쟁점토지①은 2019.12.3. 매매를 원인으로 2020.4.17. 청구인에게 소유권이전등기되었고, 쟁점토지②는 2019.12.7. 매매를 원인으로 2020.5.8. 청구인에게 소유권이전등기되었으며, 이후의 소유권변동은 없는 것으로 확인된다.

(나) 청구인은 2016년경 훼손지 정비사업 신청서를 처분청에 제출하였으나, 처분청은 신청서 및 사업계획서 등을 검토한 결과 훼손지 정비사업의 개념 및 취지에 맞지 않는다고 보아 2017.2.15. 해당 신청서 등을 반려한 것으로 확인된다.

(다) 청구인은 AAA 등과 함께 2020.3.31. 개발제한구역법 제4조의2에 따라 경기도 남양주시 OOO 외 25필지를 대상으로 하여 훼손지 정비사업을 신청(이하 “1차 신청”이라 한다)하였고, 해당 신청서에는 신청인이 “AAA 외 3인”으로 되어 있으며, 쟁점토지를 포함한 4필지가 기부채납 예정지로 기재되어 있다.

＜신청서 일부 발췌＞

○○○

(라) 청구인은 BBB(종전의 AAA은 제외되고 BBB가 포함됨) 등과 함께 2020.12.29. 경기도 남양주시 OOO 외 14필지 14,961㎡를 대상으로 하여 훼손지 정비사업을 신청(이하 “2차 신청”이라 한다)하였고, 해당 신청서는 신청인이 “BBB 외 3인”으로 되어 있으며, 쟁점토지가 기부채납 예정지로 기재되어 있다.

(마) 처분청은 2021.6.11. “BBB 외 3인”에게 공문(개발제한구역 훼손지 정비사업 협의결과 통보)을 송부하였고, 해당 문서는 “개발제한구역 행위허가 준공에 차질이 없도록 훼손지 정비사업계획에 반영된 도시계획시설(녹지 등)사업 추진(도시관리계획입안제안, 공사, 준공, 기부채납 등) 및 흩어진 훼손지(OOO) 원상복구(기부채납) 이행에 만전을 기하시기 바랍니다”라고 되어 있다.

(바) 청구인은 2022.4.25. 쟁점토지에 대한 기부채납 확약서를 처분청에 제출하였고, 해당 확약서의 내용은 아래와 같다.

＜기부채납 확약서＞

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지를 취득하기 전에 처분청과 쟁점토지의 기부채납에 대한 협의가 진행중이 었으므로, 해당 토지의 취득에 대하여 이 건 비과세규정을 적용해야 한다고 주장한다.

이 건 비과세규정에서 규정하고 있는 ‘기부채납을 조건으로 취득하는 부동산’이라 함은 부동산의 공여 자체가 기부채납의 형식으로 되어 있고, 국가나 지방자치단체도 이를 승낙하는 채납의 의사표시가 이루어진 이후에 합의된 기부채납을 이행하기 위해 취득하는 부동산을 의미한다(대법원 2006.1.26. 선고 2005두14998 판결, 같은 뜻임). 그렇다면 청구인이 1차 신청 당시에 신청서 등을 통해 쟁점토지를 기부채납할 의사를 밝혔다 하더라도, 일방의 의사표시가 있었다는 이유만으로 이 건 비과세규정을 적용할 수는 없고, 처분청이 채납의 의사표시를 했다고 볼 만한 사정이 확인되어야 할 것이다.

그런데, 1차 신청(2020.3.31.)에 따른 정비사업계획은 실제 사업으로 이어지지 못했고, 쟁점토지 취득 후의 2차 신청(2020.12.29.)에 따른 정비사업계획이 국토교통부장관 등과의 협의를 거쳐 이 건 정비사업으로 결정된 점을 고려하면, 이 건 정비사업과 관련한 구체적인 협의는 2차 신청서를 제출할 즈음이 되어서야 진행된 것으로 보이므로, 1차 신청 당시에 기부채납 대상지 등과 관련한 구체적인 협의가 진행되었다고 보기 어렵다.

따라서 청구인이 쟁점토지를 기부채납하겠다는 의사를 처분청에 밝혔다 하더라도 처분청이 채납의 의사표시를 했다고 볼 만한 자료가 확인되지 아니한 이상, 쟁점토지의 취득에 대하여 이 건 비과세규정을 적용할 수는 없다 할 것이므로, 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법

제9조(비과세) ② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 “국가등”이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 “귀속등”이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 「사회기반시설에 대한 민간투자법」제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다.

(2) 개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법

제4조의2(토지소유자 등의 훼손지 정비사업) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 축사 등 동물ㆍ식물 관련 시설이 밀집된 훼손지의 정비사업(이하 “정비사업”이라 한다)을 시행할 수 있다.

1. 국유지ㆍ공유지를 제외한 해당 훼손지의 토지소유자

2. 제1호에 따른 토지소유자가 정비사업을 위하여 설립하는 조합

3. 지방자치단체

4.「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관

5.「지방공기업법」에 따른 지방공기업

② 제1항에 따라 정비사업을 시행하는 자는 해당 정비사업 구역 면적의 100분의 30 이상에 해당하는 정비사업 부지에 「도시공원 및 녹지 등에 관한 법률」제2조에 따른 도시공원 또는 녹지를 조성하여 같은 법 제20조에 따른 공원관리청(이하 “공원관리청”이라 한다)에 기부채납(寄附採納)하여야 한다. 다만, 정비사업 시행을 위하여「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제30조에 따라 도시ㆍ군관리계획으로 결정된 도로의 개설이 필요한 경우, 정비사업 구역 면적의 100분의 5 이내에서 공원ㆍ녹지로 조성하여 기부채납해야 하는 면적을 도로의 면적으로 대체할 수 있다.

③ 제2항에도 불구하고 정비사업 구역 내에 도시공원 또는 녹지를 조성하기 어려운 경우 정비사업 구역 내 도시공원 또는 녹지 대신「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제30조에 따라 도시ㆍ군관리계획으로 결정된 개발제한구역 내 도시공원 부지로 정비사업 구역에 포함되는 토지의 총 가액(감정평가업자 2인 이상이 평가한 평가액의 산술평가액을 말한다)의 70분의 30(제2항 단서에 따라 도로 면적이 포함되는 경우에는 그 비율만큼을 제외한다)에 해당하는 금액과 국토교통부장관이 정하는 공원조성비용을 합한 금액 이상에 해당하는 도시공원 부지를 기부채납하여야 한다.

④ 제1항에 따라 정비사업을 시행하려는 자는 대통령령으로 정하는 서류를 갖추어 관할 시장ㆍ군수ㆍ구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에게 신청하여야 한다.

⑤ 제4항에 따른 신청을 받은 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 정비사업 요건에 적합하다고 인정하는 경우 시ㆍ도지사와 협의하여야 한다.

⑥ 시ㆍ도지사는 정비사업의 시행이 필요하다고 인정하는 경우 국토교통부장관과 협의하여야 한다. 이 경우 시ㆍ도지사는 국토교통부장관과의 협의 결과를 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 통보하여야 한다.

⑦ 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 제5항에 따라 정비사업 요건을 검토한 결과 및 제5항 또는 제6항에 따라 시ㆍ도지사로부터 통보받은 협의 결과를 제4항에 따라 신청한 자에게 통보하여야 한다.

⑧ 정비사업의 내용ㆍ방법, 제1항에 따른 훼손지의 구체적인 범위, 같은 항 제2호에 따른 조합의 설립요건ㆍ절차 등 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(3) 개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법 시행령

제2조의6(정비사업 구역의 요건 등) ① 법 제4조의2 제1항에 따른 동물ㆍ식물 관련 시설이 밀집된 훼손지(이하 “밀집훼손지”라 한다)의 정비사업(이하 “정비사업”이라 한다) 구역은 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어야 한다.

1. 밀집훼손지는 다음 각 목의 요건을 모두 갖출 것

가. 밀집훼손지의 총 규모는 1만제곱미터 이상일 것. 이 경우 밀집훼손지가 2개 이상인 경우에는 각 밀집훼손지의 규모는 3천제곱미터 이상이어야 하고, 그 위치는 동일한 특별자치시ㆍ특별자치도ㆍ시ㆍ군 또는 구(구는 자치구를 말하며, 이하 “시ㆍ군ㆍ구”라 한다)의 관할구역 내에 있어야 한다.

나. 해당 동물ㆍ식물 관련 시설은 2016년 3월 30일 전에 건축허가를 받았거나 설치된 것일 것

다. 밀집훼손지에서 동물ㆍ식물 관련 시설이 설치된 토지(해당 필지의 면적에서 동물ㆍ식물 관련 시설의 건축면적이 차지하는 비율이 100분의 20 이상인 토지를 말한다. 이하 같다)가 차지하는 면적이 100분의 70 이상일 것

라. 동물ㆍ식물 관련 시설이 설치된 토지 외의 밀집훼손지 내 토지에는 임야가 포함되지 아니할 것. 다만, 정비사업 구역의 정형화와 사업의 효율적 시행을 위하여 부득이한 경우에는 밀집훼손지 면적의 100분의 5 범위에서 임야(개발제한구역에 대한 환경평가 결과 보존가치가 높게 나타나는 임야는 제외한다)를 포함할 수 있다.

2. 제1호 각 목의 요건을 갖춘 밀집훼손지 주변에 흩어져 있는 개발제한구역 내의 토지로서 동물ㆍ식물 관련 시설(2016년 3월 30일 전에 건축허가를 받았거나 설치된 시설로 한정한다)이 설치된 토지는 해당 토지를 「도시공원 및 녹지 등에 관한 법률」제2조에 따른 도시공원 또는 녹지로 조성하거나 원상복구하는 경우에만 정비사업 구역에 포함할 것

3. 다음 각 목의 시기에 해당 동물ㆍ식물 관련 시설에 대한 이행강제금의 체납이 없을 것

가. 법 제4조의2 제6항 전단에 따라 시ㆍ도지사가 정비사업에 관한 협의를 국토교통부장관에게 요청할 때

나. 정비사업의 시행을 위하여 법 제12조에 따른 행위허가를 신청할 때

② 법 제4조의2 제4항에서 “대통령령으로 정하는 서류”란 다음 각 호의 사항이 포함된 서류를 말한다.

1. 정비사업 구역의 위치 및 면적

2. 제2조의7에 따른 정비사업의 내용 및 방법에 관한 사항

3. 토지이용계획

4. 정비사업 구역 밖에 기반시설을 설치하여야 할 경우 시설 설치비용의 부담계획

5.「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시ㆍ군관리계획(이하 “도시ㆍ군관리계획”이라 한다)의 수립 또는 변경에 관한 사항

6. 그 밖에 국토교통부령으로 정하는 사항